3MQ9A

Crystal structure of ectodomain mutant of bst-2/tetherin/cd317 fused to mbp
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
454
structure length
454
Chain Sequence
EGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITAARDGLRAVMEARNVTHLLQQELTEAQKGFQDVEAQAATANHTVMALMASLDAEKAQGQKKVEELEGEITTLNHKLQDASAEVERLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural insight into the mechanisms of enveloped virus tethering by tetherin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Antiviral protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords Bone marrow stromal antigen 2 fused to Maltose-binding perip
total genus 158
structure length 454
sequence length 454
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mq9A01
1FQFA 1HSLA 1URGA 3TTNA 3BFTA 2XXQA 5H8SA 1R1NA 1R9LA 3PD9A 3G3JA 3H3GA 3TFLA 2LAOA 3FIRA 4IY6A 3K4UA 3CI8A 2PMSA 4EF2A 4BDRA 4QRZA 4PQJA 3T9HB 4ZE9A 4G8NA 1GR2A 2QMXA 4LVQA 3PPOA 4F2OA 1NFTA 3IORA 1HSEA 1H45A 4XXUA 2DWAA 4WXJA 4ESXA 3T9VA 3HHGA 2NXOA 1N3WA 1M5DA 5I58A 2PX1A 1I6QA 2DVCA 5JK4A 4E0WA 3MZ9A 3CFLA 4U4XA 1SDXA 1QW0A 2QMWA 1EZOA 3OSQA 4NTLA 2F7AA 3MAMA 1MS7A 4FIMA 3P7IA 5HBCA 4EQ9A 2X7PA 2I6EA 3PU5A 1BP5A 1B51A 5B70A 3HHFA 2HXWA 1BKAA 5LOMA 3K2DA 2QSXA 4GXAA 3K6UA 2F7BA 3U72A 1JETA 2O68A 1IUDA 1LAXA 3F11A 2O1MA 1OLAA 3T93B 4G68A 1MPBA 3EN3A 4OFOA 3N94A 3K6WA 3LSFB 3VXCA 4X1BA 3MZ1A 4BDNA 2AL4A 3EHSA 3UN6A 3MW0A 4OMBA 4FECA 4QFKA 3IO6A 2ONRA 3JYRA 2P1SA 5TP9A 3IK6B 5TU0A 1AMFA 4BDQA 4QFPA 2DOJA 2A5SA 3C34A 4TOZA 5F7VA 4YU0A 4MFIA 5DVIA 4JDFA 2ZYOA 3D4GA 4FE8A 2Z8EA 1Y1MA 1ATGA 4RK9A 5ELVA 1EH3A 4G8MA 1SI0A 5A5XB 1NNFA 3E4RA 5K2YA 4PFYA 1N7XA 2VOZA 4G2ZA 1UTBA 4DCYA 2V25A 3K1PA 4GL0A 4G68C 3Q25A 1SI1A 1UQWA 4FAJA 3FVKA 1MY2A 1B2HA 3V83A 1MDP1 2O7IA 5AA2A 2W7YA 2B3FA 4WEPA 3K00A 3KJTA 2XX7A 1B6HA 3DLNA 5I59B 5H8FA 1VFEA 1QUKA 3M3KA 2XX8A 2HAUA 3RQTA 2D3IA 3CSGA 1B7UA 2ZNTA 4IGTA 3G3FA 3KSJA 2P0SA 4AB5A 3KOTA 4ZEDA 1LBBA 5TPAB 4JSDA 2DWJA 4GL8A 3HN0A 1QKAA 3TELA 2Y84A 4NF8B 5CRYA 3MJNA 4ELRA 4DDDA 4JSOA 3CFZA 5L9SA 1PB8A 1AOVA 4KQPA 1T0KA 3SKPA 3A3UA 3TTRA 1PEBA 4EF1A 1OQGA 4KI0E 1H43A 4R73A 3T22A 3RUMA 5ICQA 3O97A 4U23A 1O7TA 4ZECA 1B0LA 3MVXA 4ZDMA 3K01A 4ZEFA 4EUOA 2DE4A 3SERA 3MPKA 4OWDA 2I4CA 1POTA 1MQGA 1MQDA 2Q88A 3A09A 2XXIA 1B0HA 3T9UA 1LAGE 1US4A 2YPNA 3OSRA 1TFDA 4NE4A 5I2NB 4F18A 5BUUA 3RPWA 4MH5A 5AA2D 1Y3QA 4OVJA 1WVJA 3B6QA 4GQOA 4C0RA 1FTMA 1XHYA 3S9MC 3FJGA 3RTFB 1MY1A 4XKRA 3USDA 1R6ZA 2RC9A 2VD2A 3VFJA 1NNTA 5FTHA 3FATA 3M3LA 4YAHX 5I57B 1KWHA 3KJ7A 3LSWA 3KN8A 3FJMA 1PB7A 2OWSA 5CBRA 4Z7EA 4FATA 5ISUA 1M5FA 2Q2CA 4XTCQ 3SEUA 2BJJX 5ITPA 1LFIA 4O3CA 2YJPA 1XS5A 2XXXA 2KLFA 4NF4B 3R7XA 1IEJA 3QYTA 4M4GA 2FNCA 3T96B 1IXIA 3VDFA 1B5JA 1USYH 2GH9A 3OEKA 3PUWE 4Z0IA 3L6GA 2PT2A 4JWXA 1SBPA 3O28A 1AL3A 5EYFA 3S9NC 3OO8A 3O6GA 3PPPA 2ALUA 3KG2A 4GVOA 5L9MA 3TCGA 3PPQA 1YCJA 1IIWA 3TDJA 1D3KA 2PBWA 2DWIA 4H1XA 1A7LA 4OZ9A 3HSTA 2I49A 4PETA 4EXLA 2XD2A 2V3UA 5L8DA 3K6VA 4KCDA 3QSLA 4N13A 4I9DA 1P1WA 2DVZA 3LSLA 4HCWA 3O66A 3E13X 2THIA 2DS9A 4TLMB 4POXA 1PBQA 4R9GA 4R72A 4JWOA 1URDA 3H6WA 1NH8A 1M5CA 3THIA 5AA1A 4IB2A 2CMOA 2REJA 3MVYA 3RNNA 3IOWA 3VVDA 1JEUA 3FUZA 4G8HA 3BBRA 4FEBA 2QS4A 2OWTA 5A5XA 3PD8A 4OETA 4LZ8A 4IO3A 1QUIA 1TT1A 3GZGA 1H76A 4L17A 1OIBA 3M8UA 3TCFA 1N04A 1YAEA 2Z8FA 1PB9A 2QRYA 2XXTA 3G3IA 1FTJA 1I6BA 3RN8A 3RTWB 2DXYA 5I59A 3TTKA 3UIFA 4ISUA 5K2XA 3ILUB 3ZKLA 1SW4A 1GVCA 1CE2A 2NUVA 4I62A 1O64A 1NL5A 1TWYA 4OQOA 1MY3A 2ZYKA 3MVZA 4KR5A 5TPAA 2AL5A 3IB0A 1I6AA 5AE4A 4HW8A 4U1ZA 4NF8A 4F31B 2QJEA 1LFGA 1JW1A 5F1QA 4FEDA 2O7UA 2ZNUA 3L6HA 3HPIA 5KCJB 1B3FA 3C9HA 4QHQA 1QKBA 4Q5TA 3VLVA 1MXXA 4F2QA 3N26A 4R6KA 1USYE 3MVWA 4I1DA 2FYIA 3K1MA 1JNFA 1M5BA 2XXVA 2Q9TA 4HS7A 3PPNA 2ONKE 4YICA 4QSDA 1A54A 2VP1A 1OQHA 1DTGA 2DWHA 1ANFA 4F19A 1LFHA 2F5XA 3MP6A 3FVGA 1BLFA 3Q27A 4YKKA 4H8JA 2OCUA 4U2RA 1B58A 1CB6A 3TTLA 2GRVA 5I2NA 3WAEA 3DP4A 3FV1A 1S7YA 4LP2B 1JVXA 1Y1ZA 3GXAA 1QVSA 2V93A 4OENA 1UIUA 4KYDA 3C4MA 2Y7WA 1GV8A 2F34A 4QFNA 2UYFA 1QJMA 3ODBA 3QUFA 2Q2AA 1B4ZA 3K0VA 1Y20A 5I57A 4IGRA 4G4PA 3TUSA 1MPCA 3MQ9A 1PBPA 2XX9A 1O63A 2I0BA 1NNKA 4E0XA 3IL1B 4LATA 1XOCA 4NWCA 5M2VA 1MM6A 2QS2A 5FTIA 3E9XA 3BFUA 3SEVA 3CRBA 2VGQA 3H4ZA 2X7QA 3QUJA 4EQ7A 2D21A 4JWYA 2ONSA 2ZYNA 4NF4A 2G93A 4BDMA 3B6TA 2UVIA 4DCXA 2F8DA 4NWDA 2I58A 1OVBA 1MM7A 4XIGQ 4YMAA 2Y7KA 1SW5A 3N6UA 2PVUA 3UGWA 1M5EA 1UIVA 1AIVA 3IOUA 1ZLQA 1DSNA 5IKBA 3W9VA 2I48A 1LGBC 4F3BA 3H6VA 4IO2A 4PFUA 3CR9A 1MQIA 1OVTA 1MRPA 3MUQA 4F1UA 4OHNA 4QFOA 2F7CA 4KCCA 1B46A 3AXFA 5L9OA 1HSJA 5DTBA 4YKPA 2Z8DA 3CVGA 3S4UA 1ZKBA 3RLFE 1FW0A 4LONB 1DTZA 4QSEA 5JTYB 4RJZA 5CBSA 3LR1A 4IO7A 2XXRA 4GXSB 3S2VA 5J1DA 4DZ1A 1QULA 2PYYA 1P1UA 3B6WA 2HCAA 5FHOA 4F1YA 4RK2A 3FV2A 4ESWA 4EXKA 1ZJLA 3G3HA 4PFTA 3FD3A 4OFLA 2OZZA 3FXUA 4RY1A 5CMCA 2Y7RA 1S50A 3ZS6A 2NOOA 4H5FA 1B7HA 2FA7A 4MLQA 4GWOA 2OJTA 1F9BA 3PUZE 3Q29A 4YB6A 4AQ4A 3TEPA 3V5AA 2DYXA 3ILTB 3IOVA 3TCHA 5AA3A 2H99A 3H03A 1B4HA 3SEWA 2B65A 2A5TA 4DXBA 3IX1A 3O6IA 5B7DA 4OYVA 3G3KA 3VXBA 2AYSA 3KEIA 2H98A 1YTVA 3U8QA 1EZ9A 4FJPA 1JQFA 3MC2A 2V3TA 3K6XA 3MZBA 2O51A 4YMBA 1XVYA 2HAVA 5CMBA 4OFJA 2I0CA 2RC8A 4GFRA 4M1VA 4KYSA 3TQWA 2UXAA 3OMBA 3VVEA 1Y4CA 5KCJA 4GF8A 2Y7PA 4WKMA 3QK6A 3FXRA 4BDOA 1RYOA 4JBZA 1MH3A 3VLUA 1LCFA 3V8XB 1Z7ME 2R71A 1A55A 3VVFA 1Q35A 4G77A 1B1HA 3OOAA 3PV0E 4ZEBA 4ZZAA 4ONYA 1MDQA 3IR1A 1WODA 4H65A 1MXVA 4Q8RA 4QSCA 4RPNA 3O9PA 1POY1 1FTOA 3PGFA 3UA8A 2PT1A 2E0SA 4YZZA 4IY5A 3OEMA 4MF3A 4F3PA 4IO6A 2DSFA 3IJXB 4POWA 1JW4A 1LB8A 1GGGA 3PUYE 4PP0A 4R2BA 5IAIA 1XVXA 4OXVA 1D4NA 4HTGA 4AB6A 4R6HA 3BKIB 4U1OA 2E1SA 1UTHB 5KDTB 1JEVA 3I5OA 3FXQA 2RCBA 1AH5A 4RYAA 4YB5A 1L5TA 2AIXA 1SW1A 1MY4A 4IO5A 5CI5A 5ITOA 5KZTA 1Y4TA 2HZLA 3WAFA 1US5A 3IB2A 4OEUA 3PPRA 2OLBA 3K02A 1GTKA 1ZBMA 1XT8A 4GD5A 1SW2A 2OK2A 4O3BA 2RINA 4K3FA 4LZ5A 2DP8A 4RA1A 5HPQA 1LAFE 3TKDA 1Q1KA 3DP8A 1ZTYA 4X48A 1VSOA 3CFXA 2QS1A 2RCAA 1N84A 3U1OA 3RT6B 1B5HA 2HZKA 4NF5B 4R75A 3U93A 1SVXB 3C36A 2O84X 4N07A 1IZ1A 2F78A 3GLBA 4LUBA 1B3HA 3O29A 3KOSA 1TXFA 1Z7NE 1LB9A 2ESNA 1OLCA 4TLLB 3DM0A 1LLSA 3HV1A 1URSA 1MY0A 4C1TA 2UVGA 3C35A 2A5TB 4UACA 1Y3NA 2F97A 2V3QA 2ANJA 2I3VA 4KYEA 3MP1A 3SEYA 1FQEA 2B3BA 1B3EA 3C32A 5JTYA 3MWBA 1B32A 3VLWA 3LC8A 1H44A 3TZAA 1H3DA 3LUYA 4R9FA 3MP8A 1LSTA 3DELB 4DXUA 4JXIA 1VR5A 2ZXTA 4DLDA 1LAHE 3R6UA 5DYHA 4P0IA 4RXLA 2F36A 1PC3A 2XXHA 3CSBA 2DE3A 3KZGA 2Q89A 3ZKKA 3TTMA 4H8IA 4QF9A 2WKYA 4GLIA 1DOTA 5DVJA 3OXNA 5I56B 3PUVE 3W15C 1JVYA 1FQCA 3SESA 5FHMA 2XXUA 4R6YA 3A3CA 3OENA 3RGYA 4ELQA 3JV9A 2H9BA 2Q8JA 1DMBA 1Y3PA 1LBCA 5EHMA 1N0TA 2YLNA 1R9QA 4HCYA 2HQ0A 1EU8A 5H8NB 3H6UA 2NVUB 5H8HA 2O1LA 1MG1A 2RF1A 3OO9A 1FQBA 1TFAA 3E3KA 2UYEA 2UVJA 4PFWA 2M8CA 1A8EA 3ZSFA 2UVHA 1NNPA 3O2AA 1B52A 1MXYA 3SEXA 3VV5A 4DXCA 4X9TA 4RNSA 4DIGA 2RKMA 3PMWA 4ZE8A 1B05A 3S9EA 1DPEA 5H8QB 2RC7A 4ZZEA 2IA4A 4GRKA 1P99A 4XKPA 4MBPA 4MLVA 4BDLA 4F3GA 3H6TA 3T9XB 3IO4A 3TMGA 3FJ7A 4F39A 4GIZA 4EQBA 2XHDA 3G7WA 4NF6B 4Q0CA 5JEIA 3H7MA 1P1NA 3IOTA 2R9JA 3DP6A 1SYIA 2F6GA 2REGA 3QXMA 4ZS9A 2D5WA 2F6PA 3W9WA 1B1XA 2XXPA 3EF7A 3U92A 5I84A 4THIA 2H25A 3PMVA 4UA8A 4U22A 4WEDA 1J1NA 5I2KB 3CG1A 2Y7IA 3GBAA 2O69A 2VHAA 3C33A 3KN7A 1SYHA 4P11A 3O6HA 3EQ1A 1S9TA 4ND9A 1UTHA 5KDTA 5AA4B 1MQJA 3UK4A 4P0GA 1BIYA 5CC2A 4ZEIA 4H6DA 2GFEA 1FTLA 5CMKA 2F35A 3U94A 2GHBA 4ELOA 2I4BA 1N7WA 1P1QA 3JZJA 4F1VA 2QS3A 1LCTA 3C31A 4KPTA 2I3WA 4LZ7A 5DEXB 3K1NA 4OERA 4Q30B 4F3SA 3SETA 4QFLA 5FHNA 1VFDA 1PDAA 4KFQA 2DQVA 3SDFA 1B9JA 2HFBA 1OMPA 4H0WA 1MXZA 3OELA 4PE5B 1NKXA 1NH7A 5DT6A 1MXUA 1EZPA 3EPEA 1ZMGA 3Q28A 2DXRA 4NF5A 2QPQA 2Z23A 2VD3A 1IXHA 4OTEA 3KGCA 1MQHA 3MPLA 1DPPA 3ECRA 1IXGA 3FASA 2XXYA 4YKIA 3OO6A 4LQ2A 3RT8A 2R6GE 4DE8A 1RYXA 3CIJA 1VE4A 5I58B 3R26A 3EHUA 1WDNA 3S9LC 3UORA 2QL3A 1SQYA 5H8HB 2XD3A 3FVOA 3TQLA 1IXCA 3RY3A 5BWJA 1MPDA 1B3LA 3ONMA 1RKMA 3MBPA 1I69A 1B3GA 2ZMBA 4LQ5A 1IQ7A 1A40A 1N76A 3IJOB 4N6PA 1ZU0A 3KSXA 3G3GA 4XKQA 3TAJA 4R2FA 1SD3A 1A99A 1XC1A 3N5LA 1N3XA 1IITA 4KHZE 3B7DA 2DE2A 4I8CA 5I56A 1QUJA 3TODA 1FCKA 1B5IA 3CG3A 2ABHA 3EHTA 3FZVA 4ZEKA 1D9YA 4G68B 4R74A 4RPOA 2ZYMA 4OEVA 3KFMA 3HO7A 1MH4A 3PUXE 3IAZA 4F22A 4O3AA 3UP9A 4X1DA 3D4CA 3IB1A 5TP9B 4GOTA 4OESA 3FGSA 5H8NA 2V84A 2GHAA 2OBGA 5HM4B 4IO4A 3T66A 1Y9UA 4C1UA 2Z22A 1ZIUA 4ECFA 4NMYA 4F29A 2H5YA 3LSXA 3LBSA 4ELPA 3OD7A 4H67A 3HCQA 4NEDA 1UTBB 5H8QA 1FQAA 3FVNA 3Q26A 1B7ZA 2CZLA 4FORA 4LA9A 5AA2B 3GBBA 3OO7A 4TQUQ 3KN3A 4NF6A 3KBRA 5H8FB 1D9VA 1B40A 5EHSA 1II5A 1ELJA 2G29A 3H06B 1BTJA 4EDPA 2HEUA 4U4SA 5CMMA 3I6VA 1JW5A 1YPNA 3M3FA 5I2KA 1FTKA 2X26A 3PMXA 3N6TA 2XXWA 5DVFA 5CM6A 2P2AA 3I3VA 3V89B 2H4IA 2O6AA 5AA4A 3TPAA 3QIMA 4XKNA 5ICTA 1A8FA 1MXWA 2IEEA 4U21A 4KD5A 1NMUA 1P1OA 4BLAA 4YB7A 3VE1B 4JB7A 1FQDA 4H5GA 2ZNSA 2NWJA 3TYHA 5DEXA 3QAXA 4YKJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FQFA 1HSLA 1URGA 3TTNA 3BFTA 3RYDA 4P56A 2XXQA 1INPA 5H8SA 1R1NA 1R9LA 3PD9A 3G3JA 3H3GA 3TFLA 2LAOA 2JJKA 3FIRA 4P1LA 4IY6A 1RDXA 3K4UA 3CI8A 2PMSA 4EF2A 4BDRA 4N8GA 2XWOA 4PQJA 4QRZA 3T9HB 4ZE9A 4PF6A 4G8NA 1GR2A 2QMXA 4LVQA 3PPOA 4F2OA 1NFTA 4P8BA 3IORA 1HSEA 1H45A 4XXUA 2DWAA 4WXJA 4ESXA 3T9VA 5IZZA 3HHGA 2NXOA 4MAGA 4N6KA 1FJ9A 1N3WA 1M5DA 4IR8A 5I58A 4GBWA 2PX1A 1I6QA 2P3VA 2DVCA 5JK4A 3CHGA 4E0WA 3MZ9A 3CFLA 4U4XA 1SDXA 1QW0A 2QMWA 3ISPA 1EZOA 3OSQA 3E79A 4NTLA 2F7AA 2Y5KA 3MAMA 1MS7A 4FIMA 4PAKA 3P7IA 5HBCA 4EQ9A 2FHYA 2X7PA 5ET5A 2I6EA 3PU5A 1LBVA 1BP5A 1B51A 1EYJA 5B70A 3HHFA 2HXWA 1BKAA 5LOMA 3K2DA 2QSXA 4GXAA 3K6UA 2F7BA 3U72A 1JETA 2O68A 1IUDA 1LAXA 4NQ8A 1IMFA 3F11A 1VDWA 1OLAA 2O1MA 3T93B 4G68A 1MPBA 4PDDA 3EN3A 4OFOA 3BIGA 3N94A 3K6WA 3LSFB 3VXCA 4X1BA 3MZ1A 4BDNA 2AL4A 3EHSA 3UN6A 3MW0A 4OMBA 4FECA 4QFKA 3IO6A 2ONRA 3JYRA 2P1SA 5TP9A 3IK6B 5TU0A 1AMFA 4BDQA 4QFPA 2DOJA 1IMDA 2A5SA 3C34A 1FBCA 4TOZA 5F7VA 2VPOA 4YU0A 1NV0A 4MFIA 5DVIA 4JDFA 2ZYOA 3D4GA 4FE8A 2Z8EA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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