3MVWA

X-ray structure of a "nika+iron complex" hybrid, nika/1
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 160
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvwA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvwA01
1NMUA 1AMFA 1ZBMA 1QULA 5CMMA 3TUSA 5I57B 4LONB 2B4MA 1POTA 3QYTA 3OOAA 1B51A 4PFYA 3FVGA 4NF8B 2ZYNA 1NNPA 1SBPA 2NVUB 3RGYA 3PPOA 1MY0A 3FJGA 3C31A 1QW0A 3H7MA 2E0SA 2Y7WA 3PUVE 2KLFA 4O3CA 3VDFA 4HW8A 3IL1B 1NL5A 5I58B 2O7UA 4OXVA 2O7IA 3ILUB 2HXWA 3U94A 4F19A 3CHGA 3THIA 4P0GA 1Y3QA 4N07A 1ZTYA 2RKMA 2B65A 4L17A 2ZXTA 3FUZA 1CE2A 1ZMGA 2X7PA 1UTBB 5A5XA 1B3EA 2XHDA 4MF3A 2HAVA 2Q9TA 2G93A 2YLNA 3PMWA 4F31B 1GTKA 5I59B 4M4GA 5DVFA 1O63A 1IXCA 4GFRA 4GXSB 1B52A 4WEDA 4BDOA 4NEDA 1A55A 1MY4A 3KEIA 3TPAA 1P1QA 3DELB 1JVYA 2I58A 3A09A 2PX1A 2REJA 2F34A 1USYH 3RT8A 3OMBA 1DTZA 3IJXB 4R9FA 1N3XA 3EF7A 2DOJA 5H8NB 1MQGA 1H45A 4H0WA 4I9DA 4NF4B 4YZZA 1A40A 3FGSA 4KPTA 5AA4A 4DCYA 4M1VA 4IO2A 3IJOB 5DEXB 1LBCA 3VVEA 3HV1A 1B0HA 2IA4A 2Q89A 1B3FA 1H3DA 1AH5A 1HSJA 2XXPA 4ECFA 2H25A 4BDMA 3MVYA 2O51A 4H1XA 5TP9A 1SI0A 3OD7A 3KN7A 4NF6A 5M2VA 3LC8A 4NMYA 1ATGA 3CVGA 3SKPA 4AB5A 2QL3A 2HFBA 3KJTA 1Y9UA 3FVKA 1XOCA 1R9LA 4QF9A 5JTYB 2ZYOA 5I84A 4BLAA 3QUJA 1JW1A 1LFGA 3KSJA 4GL0A 3K2DA 3TCFA 1LFHA 2F6PA 3U1OA 4F2QA 4C1UA 2VHAA 2Y7KA 4DDDA 3B7DA 3R26A 5ITOA 4DXBA 3ZKKA 2XXUA 3KOTA 4YAHX 1MPCA 3PPQA 3IB0A 1D9VA 4Q30B 5CMBA 3H6WA 3W9VA 4HCYA 1PB7A 4YKKA 4R6YA 2RCAA 4R6HA 1OQHA 3VVDA 3PU5A 4QHQA 1MPBA 2NWJA 4GWOA 3DRHA 1WVJA 3VXBA 4R75A 3HPIA 1MS7A 3BKIB 3VLVA 4X9TA 4LVQA 1MH3A 3E3KA 4OENA 3C4MA 2B3BA 5K2YA 1MQJA 2ZYKA 2AL5A 3E4RA 5H8HA 1VSOA 2DVZA 2DVCA 1IEJA 3OEMA 1YCJA 4KFQA 3O97A 3IOWA 4GRKA 4F3GA 4PFUA 4U4XA 3QK6A 3HO7A 3IX1A 4POWA 3FIRA 4F3SA 1DOTA 1ZJLA 3I3VA 4K3FA 4O3AA 2ZNSA 3UGWA 5B7DA 4KYSA 2O6AA 1TXFA 2QS1A 4RY1A 4GQOA 4ZEFA 3RT6B 1MXUA 3C34A 1RYXA 3EQ1A 3ONMA 3P7IA 3FATA 3RYAA 2QRYA 1MH4A 5BUUA 2FA7A 4H6DA 1EZOA 1UTHB 3GZGA 1LFIA 3G3GA 4FEDA 2XXRA 3TZAA 2V93A 2RF1A 3K00A 4Z0IA 1O64A 1P99A 2CMOA 4E0WA 1S9TA 3O6GA 4WEPA 5FTHA 3FJMA 4KCDA 2DE2A 4YB6A 1MDQA 3T22A 3TAJA 2Z8DA 3K6UA 4DZ1A 2ONRA 4IO3A 4JB7A 3IORA 1B3LA 2Y84A 2OK2A 1TT1A 1AOVA 3BFUA 4R74A 3BFTA 5DVJA 4GLIA 5I56A 4TOZA 4JWYA 4JDFA 4F18A 4H5GA 3IB2A 3FV2A 3ZKLA 1PB9A 1URDA 2ZMBA 4F1VA 1D3KA 3DP6A 4YKJA 3RTFB 4F1UA 2YPNA 1POY1 1VFDA 4U1OA 3I5OA 1IUDA 4JSDA 3ODBA 3TFLA 3USDA 1BLFA 2HCAA 3RNNA 1XS5A 2WOKA 2IEEA 4FORA 3EN3A 5EHSA 2O68A 3JZJA 2Q2CA 3TEPA 3IAZA 4IO6A 3O29A 3AXFA 4G68A 2OBGA 1VR5A 5DTBA 3GBAA 3MPKA 2OWSA 4ZEBA 3VLUA 1QUKA 3C36A 1P1UA 1B0LA 3L6HA 4FAJA 3D4CA 3SEUA 2ANJA 5CBSA 4P11A 2E1SA 3Q26A 4GL8A 5ISUA 1ZLQA 5AA1A 3PPPA 4ONYA 1USYE 4MH5A 5AA2A 1Q35A 2Y7IA 1JW5A 1MDP1 4R6KA 4I1DA 3PMXA 1FW0A 2H5YA 3S9LC 3FTOA 2VOZA 1I6AA 1TFDA 1XT8A 3MQ9A 2REGA 4ZE8A 3O66A 5CMKA 4KYDA 3M3FA 1IQ7A 4C0RA 5I2KB 2NOOA 1LCTA 4U1ZA 4AB6A 2Q88A 2DWAA 3EHUA 4ELOA 2HZKA 3CI8A 1MQDA 4IO4A 1MXXA 3CSBA 3RLFE 3GBBA 4Q0CA 3G3FA 2QJEA 3IK6B 2RC7A 3KJ7A 4QSEA 3IO4A 4MLVA 4BDRA 2HEUA 2XX7A 4XKPA 3CR9A 4C1TA 4IGRA 1RYOA 1OVBA 2DXYA 3W15C 3RYBA 1HSEA 4TQUQ 3DRFA 3FZVA 3CIJA 3T93B 4OQOA 1UTBA 5H8FB 4QFOA 3PUXE 5L9MA 4ZEIA 2I3WA 4I62A 3K6XA 1CB6A 3DRGA 4H67A 1OVTA 4QFPA 4ZZEA 4OFLA 5H8QB 1N04A 4H5FA 4GD5A 1H43A 4JWOA 4LZ7A 2DP8A 4ZS9A 3K02A 4XKQA 1FQEA 5DT6A 2XD2A 2VD3A 4ESWA 3T9HB 2GFEA 3TMGA 1FTOA 1NNTA 4WKMA 1FTJA 4PQJA 3MVZA 3T9XB 1LCFA 2DSFA 3PAMA 1WDNA 3SEWA 1D9YA 5ICQA 5CMCA 2H9BA 3UP9A 2PMSA 1EH3A 2R71A 2V3TA 4N6PA 1JEVA 1MRPA 2F36A 4P0IA 2ZNTA 3MJNA 2O84X 2D3IA 5IKBA 3WAFA 2DE3A 1HSLA 2XXHA 4HCWA 3PUWE 4N13A 4ND9A 2CZLA 4GOTA 4IO7A 3N94A 1EU8A 1MG1A 1DTGA 2ALUA 4XIGQ 3BBRA 1N3WA 2PT1A 3S4UA 1B2HA 5FHMA 1ZU0A 2X7QA 3TTNA 4OVJA 1YPNA 2PVUA 3UK4A 2DYXA 3TELA 1FTLA 2I6EA 1BTJA 1MXZA 1A8EA 4OEUA 4FEBA 4OFJA 4PP0A 1MXVA 3PPNA 4OWDA 2VP1A 4MLQA 2Q2AA 4THIA 5A5XB 3PGFA 4F22A 2QMXA 3IOVA 3FVOA 1NNFA 2BJJX 1N84A 5CI5A 2WOLA 5JK4A 3RQTA 2PYYA 1JW4A 4POXA 5HPQA 4HS7A 1FQAA 1YTVA 1IZ1A 4QSCA 4YB5A 4EQ9A 1N7WA 2RINA 4E0XA 4EXKA 4Z7EA 4TLLB 3MZ1A 1UIUA 1P1OA 5AA4B 2B3FA 3DLNA 3OXNA 4OEVA 1PBPA 2V3QA 3PD8A 4U22A 1XVYA 4OMBA 2V25A 5TP9B 3PUYE 2WOPA 4NF6B 1B3HA 4QFNA 1LLSA 3DM0A 3MC2A 3O6HA 2OZZA 2XXWA 3VVFA 1RKMA 2OWTA 1NFTA 3G7WA 3U8QA 1N0TA 3B6WA 2P1SA 5TU0A 1GR2A 4U21A 4OFOA 4PFWA 4IGTA 3MZBA 4F3PA 3QAXA 3V8XB 4DCXA 2DWIA 2I0CA 1MM7A 2THIA 3HHFA 1B4HA 4BDNA 1MM6A 2A5SA 3MP6A 1OMPA 3H4ZA 5KDTA 2DWJA 1Y20A 3H03A 5H8SA 4WXJA 1DPPA 4OTEA 3MP8A 4RPOA 2XXVA 1J1NA 4O3BA 3MAMA 1B6HA 4IB2A 1MY2A 3H06B 4U23A 2Y7RA 1ZIUA 1R6ZA 4G2ZA 5IAIA 3VLWA 5B70A 3HN0A 4LZ5A 3LBSA 3GLBA 3MWBA 4UACA 3Q27A 5L9OA 4DE8A 1L5TA 1SQYA 5ELVA 3K0VA 2HAUA 3OEKA 4HTGA 4LQ2A 1H76A 1LSTA 1XHYA 3S9NC 3LVUA 1SYHA 4LQ5A 3F11A 5TPAA 2ABHA 3S9MC 1A8FA 3JV9A 3KN8A 2I4BA 3N6TA 2FYIA 4YKPA 3T9UA 3LUYA 3TTMA 2RCBA 3RY3A 5ITPA 2D21A 3V89B 1I6QA 1QVSA 3R7XA 1OLAA 2QMWA 3SEVA 3EHSA 1B7UA 4GVOA 3QIMA 1FQDA 4Q8RA 1KWHA 2I0BA 5JEIA 3FASA 1MQHA 1B3GA 1XC1A 4U4SA 1B46A 2F7AA 1R1NA 1Y1ZA 3RPWA 4PE5B 1I6BA 3KZGA 4RPNA 1LAFE 4ISUA 4FIMA 2O1LA 2QPQA 1FQCA 4R72A 3PPRA 3S9EA 3IB1A 1PBQA 1VFEA 2ESNA 1LB8A 3KFMA 3FD3A 4G8NA 2UVGA 3DP4A 3G3HA 1JVXA 2DS9A 1GVCA 2OCUA 5AA3A 2RC8A 3VE1B 4G8HA 3CG3A 1PB8A 3M8UA 1AL3A 3Q29A 4ELRA 3IO6A 4ZDMA 3TCGA 4NTLA 3TTRA 3KBRA 4X1DA 1D4NA 1B5JA 4EXLA 5I2NA 3C9HA 2F97A 4NF5A 4DLDA 1A7LA 2F78A 3EPEA 2A5TA 4ELQA 4EF2A 3H6VA 5I56B 3B6QA 1P1WA 3M3LA 5BWJA 3O6PA 2HZLA 1GV8A 3H3GA 4FATA 4LA9A 3QUFA 2XXIA 4GIZA 4OYVA 3RTWB 4IO5A 4LATA 3MVXA 4YICA 1B1XA 5I57A 3SERA 1N76A 5L9SA 2OLBA 4NF8A 4F1YA 3G3IA 5H8QA 1A99A 2ZNUA 3OELA 4NE4A 4G68B 2XXQA 2R9JA 4QRZA 3W9WA 3TYHA 1FTMA 2LAOA 3V83A 1JETA 2ONKE 1B4ZA 5KZTA 4F39A 3O2AA 2F5XA 3K01A 5I58A 1B05A 3KG2A 4XTCQ 1II5A 2H99A 2PT2A 1TFAA 3T9VA 2UVIA 1LAXA 3L6GA 3IOUA 1M5FA 5AA2B 2V84A 3Q28A 2VGQA 1H44A 3DRKA 1B58A 1Y4CA 2GHBA 1OQGA 5I59A 1Z7NE 3TCHA 3O9PA 2XXYA 2G29A 3C33A 1NKXA 3UORA 4BDLA 3KSXA 3LSLA 3SEXA 4JXIA 1QKBA 3ZSFA 4KHZE 1QUJA 1QJMA 1MQIA 2XX8A 3OENA 4KD5A 2Z23A 1B9JA 3K6VA 2ZYMA 3DP8A 2DQVA 5H8NA 2Z22A 4NF4A 3T96B 1Y3PA 1B32A 2UYFA 3MBPA 3E13X 5KCJB 1UIVA 1PC3A 3CSGA 4BDQA 4ZECA 1URGA 3VFJA 2AIXA 5DEXA 2D5WA 3OO7A 2AYSA 3MUQA 4ELPA 1PEBA 4JWXA 1JQFA 3VXCA 2DWHA 2M8CA 2B4LA 1DPEA 4JSOA 4XKNA 4QFKA 1VE4A 3HCQA 3EHTA 5JTYA 4G77A 3HHGA 4R2FA 1XVXA 4OESA 2QS3A 2VD2A 3JYRA 1SW5A 4ESXA 2XD3A 3FXQA 2F6GA 1SYIA 3RUMA 2AL4A 1ANFA 1NH8A 4YMBA 1O7TA 4NWDA 2WKYA 3CFLA 1Y1MA 2F7BA 3K6WA 2NUVA 3OO8A 3MW0A 3A3UA 4DIGA 1EZ9A 3TQLA 3VV5A 1LGBC 4EQ7A 3K4UA 3LSXA 1UQWA 2I48A 4EF1A 1A54A 3DRJA 2I4CA 3B6TA 3U72A 2XXXA 4IY6A 4R2BA 2UXAA 4QSDA 3MP1A 4YU0A 4EUOA 3TTLA 1SD3A 2QS2A 1I69A 1NNKA 3T66A 1MY1A 1IXHA 4YB7A 3D4GA 1Y4TA 3M3KA 2QS4A 4YMAA 1FCKA 3IR1A 3LSWA 4Q5TA 4FE8A 2V3UA 1B40A 2RC9A 2GHAA 4JBZA 3FXRA 3C32A 3UA8A 1B7ZA 3SETA 1SW1A 1LBBA 4LZ8A 3FVNA 2I3VA 4G4PA 2UYEA 1MPDA 3IOTA 2HQ0A 1B1HA 4UA8A 2X26A 4F29A 4KQPA 1SDXA 1YAEA 1ELJA 3KOSA 3V5AA 4ZEDA 3QXMA 2F8DA 1TWYA 2ONSA 3HSTA 3PV0E 3N6UA 2QSXA 2H98A 1F9BA 5FHNA 1IXGA 4EQBA 1S7YA 5EYFA 5K2XA 1UTHA 3E9XA 5CBRA 1OIBA 4F2OA 1BP5A 3G3KA 4AQ4A 3R6UA 1M5DA 4TLMB 5AA2D 3FJ7A 3K1MA 4H8JA 4GXAA 3G3JA 1S50A 1FTKA 4KCCA 3H6UA 2DXRA 3CFZA 3O6IA 1PDAA 4X1BA 4OETA 4OZ9A 3LSFB 2Y7PA 3A3CA 1DMBA 2UVJA 3MPLA 5EHMA 1US5A 1IXIA 1BKAA 3S2VA 3FXUA 1QUIA 4ZZAA 1B7HA 1GGGA 1SVXB 4RK9A 3N5LA 1T0KA 5CM6A 1P1NA 2F7CA 1SI1A 2NXOA 2GH9A 5H8HB 4RJZA 3ECRA 3SDFA 2OJTA 4X48A 4KI0E 4KYEA 3TODA 3H6TA 2F35A 4ZE9A 1URSA 3K1NA 5KDTB 4OHNA 1B5HA 1M5EA 4MBPA 4F3BA 3DRIA 4G68C 4XKRA 3SESA 3MVWA 1DSNA 1BIYA 3O28A 3TQWA 3OO9A 4RXLA 3TKDA 4H65A 1JNFA 1Q1KA 3K1PA 3C35A 1QKAA 4OERA 5F1QA 2R6GE 5HM4B 3PMVA 3CFXA 3Q25A 4LUBA 4FJPA 3OSQA 3PUZE 4I8CA 3FV1A 1JEUA 4G8MA 4NWCA 2I49A 3QSLA 2UVHA 5J1DA 5LOMA 1IITA 3UIFA 5TPAB 5I2KA 4H8IA 3ILTB 2O69A 1B5IA 3OSRA 1MY3A 4PETA 1LAGE 1SW2A 4IY5A 1FQFA 2XXTA 1MXWA 4PFTA 3LR1A 2Q8JA 4GF8A 2DE4A 3KGCA 3U92A 5CRYA 5CC2A 2O1MA 5L8DA 1R9QA 1M5CA 4ZEKA 4EDPA 2P2AA 2H4IA 3UN6A 4FECA 4MFIA 1Y3NA 2GRVA 4R9GA 4DXCA 4RA1A 5FTIA 2Z8FA 4DXUA 1LAHE 1ZKBA 1WODA 1Z7ME 2P0SA 2W7YA 1LB9A 4KR5A 5H8FA 3CG1A 5ICTA 4U2RA 3N26A 2PBWA 3WAEA 5F7VA 4RYAA 1MXYA 4LP2B 3CRBA 5HBCA 4YKIA 4RK2A 5FHOA 1EZPA 4XXUA 5AE4A 3MZ9A 3GXAA 3I6VA 3OO6A 2FNCA 3PD9A 1IIWA 3KN3A 1US4A 1AIVA 3RN8A 5DVIA 4QFLA 1M5BA 2Z8EA 5I2NB 1SW4A 2XX9A 1N7XA 4RNSA 3TDJA 2YJPA 1NH7A 4NF5B 5KCJA 3TTKA 2A5TB 5DYHA 3SEYA 4R73A 3U93A 1FQBA 1OLCA 3ZS6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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