3MVXA

X-ray structure of the reduced nika/1 hybrid, nika/1-red
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 161
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mvxA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mvxA01
3B6QA 1B0HA 3DP8A 3IB2A 1IXCA 3JV9A 1XC1A 4LUBA 3O9PA 4R75A 2DYXA 2F35A 3O6PA 4YICA 4KCDA 1O64A 3C35A 1MPCA 4ZEKA 3KN7A 1S9TA 4GWOA 2I0CA 1N7XA 2Z8DA 1PBQA 2ZYNA 4HCWA 1A55A 1LFIA 1WVJA 1LAXA 3S9MC 1JNFA 1A7LA 4RYAA 1B46A 3L6HA 3W15C 4Q0CA 4DZ1A 1EH3A 1D4NA 1NNPA 4NF8A 2DSFA 2Y7RA 3K6UA 4BDQA 1D3KA 3PD9A 3FUZA 1N84A 3W9VA 2A5SA 2NWJA 4C1UA 4MBPA 4PQJA 1H76A 3D4CA 3I5OA 1P1NA 2CZLA 4R6HA 3FATA 4JBZA 1B5JA 4Q30B 1B40A 2RKMA 3UA8A 3VXCA 3QAXA 1M5EA 3LR1A 5CC2A 3T9XB 5TU0A 3V83A 2VD3A 3BFTA 3OEMA 5JEIA 1VR5A 2B3FA 4F3BA 1N3XA 4ZEFA 3RNNA 4F22A 2ZMBA 1UTBB 2ZYOA 2HQ0A 5AE4A 4JWYA 4KCCA 2XXYA 2QMXA 3B7DA 3U92A 4QSEA 1OVBA 4O3BA 5AA2D 5FHNA 1D9VA 1I6BA 4OHNA 1SVXB 3O97A 3SEVA 2VHAA 3C36A 3CFLA 4OEUA 1BP5A 4YKKA 4EF1A 3EHUA 2V84A 2PVUA 1N04A 2HXWA 3FXQA 3CG1A 3RPWA 4G8MA 4H8IA 3UGWA 1US4A 2OWSA 3I3VA 1LFHA 1LAHE 1B3FA 1NH8A 1URSA 5CMMA 3G3HA 3TCHA 2GH9A 1MM6A 5L9OA 3PU5A 5H8SA 4IY6A 1MXZA 1SDXA 4FIMA 5M2VA 1RYOA 3TTRA 1ZMGA 5H8NB 2B4MA 4FECA 1B32A 5TP9B 2F8DA 3R6UA 1N0TA 1F9BA 5HBCA 1VFEA 3MP1A 1UTHA 4RNSA 3QK6A 1JW4A 4LP2B 1ANFA 3I6VA 5ITOA 3HN0A 3EQ1A 3ODBA 3GXAA 4G68B 4G2ZA 3PPRA 4LATA 4YMBA 5AA2B 4QFPA 1HSLA 1PB8A 5DVFA 1VFDA 2R71A 1O63A 4E0XA 2IA4A 1IXHA 5DTBA 1P99A 4YKJA 1TFDA 2I4BA 1DPEA 4TLMB 4UACA 3A3UA 4X1DA 4IO5A 1XT8A 1P1WA 3R26A 5ICTA 3JYRA 4XXUA 3O2AA 4G4PA 2ZNTA 1RYXA 1P1QA 5I2KA 3ZSFA 3KG2A 3T9UA 4RK9A 4HS7A 5CBRA 3O6GA 3RYBA 1DMBA 4OFLA 3DRIA 2O1MA 4YKIA 3OO8A 1BLFA 4F3PA 1B3EA 3W9WA 1FW0A 2G93A 4H5FA 1Q35A 3DP6A 3H7MA 5I84A 4LZ7A 2DE3A 3TAJA 4WEDA 3T96B 2XX7A 3ZKLA 1FTOA 4NF6B 5CM6A 4RXLA 4NWCA 3TKDA 1QUIA 5EHMA 4GFRA 4ZEDA 2Z8FA 3B6TA 1XVYA 1OLCA 3N5LA 4GIZA 3TZAA 2UVGA 1B3LA 4BDMA 4OFOA 4OERA 2RF1A 1MY2A 3A3CA 1B7ZA 1PC3A 1ZTYA 2X26A 2QMWA 3CSBA 4N6PA 3TDJA 1ELJA 4U23A 4IO6A 1USYH 5TPAB 2R6GE 5B70A 4NF5A 4FJPA 4ELRA 2RCAA 5I57B 1LBCA 4EDPA 3T9VA 3L6GA 5AA4A 5IKBA 4THIA 3E9XA 3U93A 4U1OA 4BDRA 5A5XA 2O7IA 2QSXA 4X1BA 4DLDA 2PT1A 4F2OA 1GGGA 2UYEA 3RN8A 5FTIA 3KGCA 3SESA 2F7CA 3C33A 1JEUA 1PDAA 2X7QA 1YCJA 1AH5A 3HCQA 3SDFA 3OO7A 3KBRA 1MRPA 1P1UA 3C9HA 4FATA 3N6TA 1B2HA 1FTKA 3FD3A 3M3LA 1BTJA 5L9SA 3MVXA 3MVYA 1B1XA 5DEXA 1TXFA 3IB0A 5ISUA 1MXXA 1EZOA 4WXJA 4JWXA 1PEBA 3HV1A 4AB5A 3U8QA 4I8CA 3LUYA 1UTHB 4HCYA 3UN6A 1TFAA 2QS3A 4H6DA 4RY1A 3TELA 3C31A 5BUUA 1N3WA 2VD2A 1IQ7A 1QJMA 5IAIA 2Q88A 4U4SA 4RA1A 2F34A 4GRKA 4ZEBA 1B5IA 3H3GA 2V3QA 5CMKA 1MQIA 3HHGA 3PPQA 1Y1ZA 3DRKA 3DP4A 3CI8A 2P0SA 3PMWA 3K01A 2QS2A 4QFNA 3C34A 3H6VA 4DXCA 3S9NC 4L17A 3TEPA 1H44A 3G3KA 2UXAA 2Y7PA 4H0WA 1MXVA 4M4GA 3LVUA 2H98A 4PE5B 2ZNSA 3IAZA 2ESNA 3O29A 2OWTA 2O1LA 5ELVA 4U4XA 4KR5A 4F3SA 2ALUA 1TWYA 1GVCA 1CB6A 2GRVA 4I9DA 3TTLA 2V3TA 1VE4A 3V8XB 3MUQA 2THIA 1JETA 4F19A 4TQUQ 5H8FB 4EQ7A 3FIRA 3PUWE 3MZ1A 4IGTA 3HSTA 2F36A 5CI5A 4KFQA 1WDNA 2UVIA 5JTYB 1MS7A 3GBBA 3PUYE 4NTLA 2CMOA 2B4LA 1ZBMA 1MY4A 4FAJA 3BKIB 1B58A 1A54A 3KSXA 3QXMA 2XXWA 3WAEA 1IUDA 1LBBA 2AYSA 5FHOA 3LBSA 4ZDMA 4OENA 2R9JA 4PFYA 2VP1A 4GLIA 3RQTA 3V89B 3FASA 4JSDA 3Q27A 1FCKA 1NFTA 3FVNA 1GTKA 5CBSA 3MZ9A 5AA4B 1ATGA 4JSOA 5HM4B 3OSQA 1LLSA 3FJMA 1IITA 3FJ7A 3PPNA 5DT6A 4P11A 5H8QA 4NEDA 4BDLA 3O6IA 4YKPA 2UYFA 1ZLQA 2Y7KA 3G3JA 2H25A 1DTZA 4XKPA 3IOVA 1XOCA 3FXRA 3RT6B 4R9FA 5I58A 1QULA 3FV2A 4PFTA 4X9TA 4IO7A 2OBGA 1OQHA 4KYSA 1SYIA 1I6AA 1EZPA 1SW2A 2E1SA 1CE2A 3PMXA 3SEYA 3MPLA 4Z7EA 4NF4A 3QUFA 4N07A 3MAMA 1NH7A 2FYIA 2HEUA 3IK6B 2VGQA 2QS1A 5I56A 4YZZA 3RTFB 3IOUA 1NNTA 3H6TA 1MH4A 1DTGA 1FQFA 4PP0A 3PAMA 1N7WA 3F11A 5EYFA 4OMBA 4RK2A 4C1TA 2XXXA 4NMYA 2XD3A 3H4ZA 4QSDA 1QKAA 1XHYA 4U21A 2XXHA 3PPPA 3CHGA 2XX8A 3DLNA 4ECFA 1B51A 1P1OA 3CRBA 2ONRA 1UIUA 1L5TA 2H4IA 4ZZAA 3U1OA 2XHDA 1Y4CA 4IGRA 1B9JA 2GFEA 3GLBA 2M8CA 2ZNUA 1A8EA 3IR1A 4KYDA 1Y3QA 4YU0A 1QKBA 1MDP1 5KCJA 4R73A 3OMBA 4LA9A 2DWIA 4RPNA 5K2XA 1QW0A 4YAHX 3FZVA 3S2VA 1T0KA 1B4HA 4KI0E 4KQPA 2I48A 1SI0A 1ZIUA 2HAUA 1PB7A 2IEEA 2F5XA 3K00A 5B7DA 1A99A 1SD3A 1O7TA 1NMUA 3IL1B 4MLQA 3FGSA 1SI1A 5KDTA 1UIVA 2Y7WA 2RC9A 3IOTA 4EXKA 2NUVA 3ZKKA 2D5WA 1AOVA 2XXIA 3OD7A 4NF8B 2WOKA 2G29A 2DE4A 1NNFA 1IXIA 2Q2CA 3DRHA 4ESXA 2I4CA 2DWJA 4N13A 2H5YA 1GR2A 3OOAA 3N26A 3MBPA 4QRZA 3MW0A 3CIJA 2I3WA 5BWJA 3RGYA 3OEKA 3QIMA 4HTGA 1JVYA 3T93B 3K2DA 2PBWA 4IO4A 1MQGA 4AB6A 3MVZA 2ABHA 3B6WA 3K1NA 3TFLA 2O6AA 1I69A 3UIFA 2XXQA 4IO2A 4BLAA 2I58A 1URDA 2DXRA 3LSXA 1R6ZA 4F18A 3UORA 3QSLA 4XKQA 4BDNA 1PB9A 4YB7A 5FHMA 2DVZA 3SEXA 3KEIA 2F7BA 2WOLA 4NF4B 3RYAA 4R2BA 4DCXA 1Y20A 1EU8A 4X48A 2OZZA 1FTLA 1KWHA 3CG3A 3VLUA 2RC8A 4GF8A 1WODA 1NNKA 4F1YA 4C0RA 2DP8A 2DS9A 2H9BA 2DWAA 2WOPA 3EHTA 3H03A 1B7UA 1D9YA 3BFUA 2I0BA 2HZKA 4F39A 2B65A 2RINA 3TCGA 3T66A 2WKYA 1B1HA 5ITPA 2PMSA 4IY5A 2XX9A 3OO9A 4QFOA 3IB1A 2A5TA 3VDFA 1MPDA 4OETA 4QFKA 1B52A 4IO3A 1MXUA 2NOOA 1TT1A 2HCAA 3UK4A 3O6HA 1SQYA 4YMAA 3OO6A 4OXVA 1FQBA 4FEBA 3OSRA 4ZEIA 4R9GA 4OYVA 2UVHA 1S7YA 4XKNA 1MXWA 3RUMA 1MXYA 1H3DA 3FVKA 4ISUA 3DELB 2DVCA 3HPIA 3RTWB 1N76A 4OVJA 1BKAA 3C4MA 2Y84A 3LSWA 3PUVE 3KFMA 4I1DA 1FTMA 2Z23A 1B3GA 2KLFA 4JDFA 1JEVA 3VXBA 1PBPA 2RCBA 2AL5A 2V3UA 5I2KB 1MQJA 3ONMA 3U72A 2GHBA 3E13X 5DVJA 5KDTB 1LGBC 2O84X 4O3CA 3S9LC 2NXOA 2W7YA 4U1ZA 3LC8A 5H8NA 2FNCA 3VLVA 5TP9A 3ILUB 4OQOA 4YB6A 1M5BA 3TQWA 1OLAA 3DM0A 5CMCA 1ZJLA 4ELOA 1Y3NA 4WEPA 4F1UA 4FEDA 1OMPA 4GXSB 3TTNA 1R9QA 5EHSA 3U94A 3KZGA 2NVUB 5HPQA 3OXNA 4G68A 2E0SA 2XXRA 4JB7A 4Q5TA 5AA2A 3FXUA 3FVGA 2O51A 4Z0IA 3RLFE 4ELPA 3S9EA 1B7HA 2QL3A 1URGA 4GD5A 1DSNA 2PX1A 4G8HA 3PUXE 3CFXA 3MZBA 1VSOA 4HW8A 2LAOA 1S50A 4G68C 3TQLA 4I62A 4NF5B 4OZ9A 3SETA 5DYHA 1LAGE 3FJGA 4OESA 4XKRA 3K4UA 1IZ1A 3E4RA 2ONSA 3MWBA 4LONB 3SERA 5A5XB 2OLBA 4H8JA 4F1VA 3PGFA 2I6EA 4IB2A 4K3FA 1B3HA 4XIGQ 4NWDA 3KN3A 4E0WA 3SEUA 2V93A 4U2RA 1LCTA 2YJPA 4TLLB 1DPPA 2ZYMA 2RC7A 3PD8A 3KSJA 4KYEA 4NF6A 4ZZEA 1Z7ME 4LZ5A 5DEXB 2A5TB 2D3IA 3TTKA 3K0VA 1ZU0A 4H1XA 4ZE9A 4MFIA 1IXGA 1NL5A 3THIA 1JQFA 2I49A 2DWHA 2X7PA 1OQGA 4BDOA 2OCUA 4KD5A 1M5FA 1HSEA 5I59A 1LFGA 3N94A 3IORA 1MPBA 4GXAA 4R72A 2HZLA 2F78A 5TPAA 4ESWA 4OFJA 3CR9A 3IJOB 3H6WA 4UA8A 3PUZE 4OTEA 4DCYA 1MY0A 1OVTA 5I57A 3LSLA 1US5A 3G3IA 3T9HB 4DE8A 1YTVA 4JWOA 1QVSA 1SW5A 3EPEA 3IO6A 3SKPA 3A09A 3Q25A 3BBRA 2ZXTA 3GZGA 4ZECA 2DOJA 1AIVA 4PETA 1MM7A 4JXIA 5FTHA 3PV0E 1II5A 5I2NA 3M8UA 1BIYA 1FQCA 3MPKA 4KHZE 2FA7A 4EF2A 4PFUA 1Z7NE 1FQEA 4ZE8A 4ONYA 2BJJX 2F6GA 3K1MA 4DIGA 1EZ9A 2V25A 4FORA 3HO7A 4EQBA 5JK4A 5ICQA 2AL4A 1RKMA 3SEWA 4EXLA 5AA1A 4H67A 2REJA 3R7XA 5CRYA 4QHQA 4QF9A 2QJEA 3VFJA 1HSJA 3MP8A 2Y7IA 3QUJA 1IEJA 4GL8A 4R6YA 3EN3A 1Y1MA 1Y4TA 2P1SA 2D21A 4FE8A 4H5GA 4U22A 3VE1B 1YAEA 4PFWA 3CSGA 1SW1A 4P0IA 5L8DA 2O7UA 1IIWA 3VVDA 3IO4A 2GHAA 2HAVA 3DRFA 2XXUA 1YPNA 3KN8A 3TODA 3GBAA 1Y9UA 2Z8EA 3K02A 2QPQA 2XXTA 1B4ZA 1MDQA 2XXPA 3C32A 3OELA 3VV5A 4MH5A 3N6UA 1R9LA 1LCFA 2P2AA 4OEVA 3IX1A 4F2QA 4GOTA 1QUJA 2Z22A 3DRGA 4GQOA 3K6VA 1R1NA 1SYHA 4YB5A 3VVEA 5H8QB 3DRJA 5H8HA 1H43A 4EUOA 2REGA 3H06B 4M1VA 4MF3A 1LAFE 1M5CA 4NE4A 5H8FA 1B0LA 2F97A 4G77A 5I58B 2VOZA 3VVFA 3K1PA 3Q26A 3O66A 3FTOA 2Q9TA 4LQ2A 3MJNA 5L9MA 4Q8RA 4LQ5A 2DE2A 5JTYA 2YPNA 3T22A 2YLNA 2O68A 1DOTA 1MY1A 5K2YA 2ONKE 4H65A 1I6QA 3ECRA 3PMVA 4QFLA 5I59B 3AXFA 1LB9A 3Q28A 4DDDA 4GVOA 3UP9A 4F29A 1MH3A 3P7IA 4GL0A 5DVIA 3IJXB 1Q1KA 1ZKBA 3G3FA 1USYE 3K6XA 2AIXA 3TTMA 5I56B 5AA3A 1B6HA 2QS4A 3O28A 4R74A 1UQWA 1FTJA 1LB8A 1MG1A 3E3KA 1B05A 4QSCA 2Q2AA 3KOSA 1JW5A 3MVWA 1A40A 5J1DA 3USDA 3PPOA 3G7WA 4F31B 2F7AA 5I2NB 3H6UA 3RY3A 1POY1 5CMBA 4POXA 1AL3A 2ANJA 1UTBA 1SBPA 2F6PA 4DXBA 3FV1A 1XS5A 3QYTA 4RPOA 1LSTA 2H99A 2DXYA 4G8NA 4R2FA 2PYYA 5F1QA 3RT8A 3LSFB 2ZYKA 4ND9A 4MLVA 2UVJA 1MQDA 4LVQA 4ZS9A 1POTA 1SW4A 2B3BA 3TYHA 5KCJB 4EQ9A 1M5DA 1GV8A 4O3AA 3Q29A 4ELQA 1FQDA 4P0GA 1A8FA 4DXUA 3IOWA 3KJ7A 2PT2A 4R6KA 3TPAA 1JVXA 4F3GA 2Q89A 2OK2A 3JZJA 3TCFA 1FQAA 1J1NA 3V5AA 4KPTA 3KJTA 4RJZA 4WKMA 1QUKA 4TOZA 3M3KA 2I3VA 1AMFA 2DQVA 4AQ4A 3WAFA 1OIBA 1XVXA 3EF7A 3ZS6A 2OJTA 1MQHA 4OWDA 4XTCQ 3VLWA 3CVGA 2XXVA 3HHFA 3CFZA 3MQ9A 4POWA 3K6WA 2QRYA 3D4GA 3G3GA 5H8HB 3S4UA 3MC2A 5KZTA 4LZ8A 2O69A 3KOTA 1NKXA 5LOMA 3TUSA 3ILTB 3MP6A 2HFBA 3OENA 1MY3A 1B5HA 3EHSA 1H45A 1JW1A 3FVOA 3M3FA 1Y3PA 2XD2A 5F7VA 2Q8JA 3TMGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RPLB 3B6QA 1B0HA 3DP8A 4JVDA 3IB2A 1VDWA 1IXCA 3JV9A 1XC1A 5IGAA 4LUBA 3O9PA 4R75A 2DYXA 4PCDA 2F35A 3O6PA 4YICA 4KCDA 1O64A 3C35A 5ESYA 5ET5A 1MPCA 4ZEKA 3KN7A 4P1EA 1S9TA 4GWOA 4GWSA 2I0CA 1FPJA 1N7XA 1KA1A 2Z8DA 1PBQA 2ZYNA 4HCWA 1A55A 1LFIA 1WVJA 1LAXA 3S9MC 2P3VA 1JNFA 1A7LA 4RYAA 1B46A 3L6HA 2WX9A 3W15C 4Q0CA 4DZ1A 1EH3A 1D4NA 1NNPA 4NF8A 2DSFA 3ISPA 2Y7RA 3K6UA 4BDQA 1D3KA 3PD9A 3FUZA 1N84A 3W9VA 2A5SA 2NWJA 4C1UA 4MBPA 4PQJA 1H76A 3D4CA 3I5OA 1P1NA 2CZLA 4R6HA 3FATA 4JBZA 1B5JA 4Q30B 1B40A 2RKMA 3UA8A 3VXCA 5IZ3B 3QAXA 1M5EA 3LR1A 4HE2A 5CC2A 3T9XB 5TU0A 3V83A 2VD3A 2XWKA 3BFTA 3OEMA 5JEIA 1VR5A 2B3FA 4F3BA 1N3XA 4ZEFA 3RNNA 4F22A 2ZMBA 1UTBB 2ZYOA 2HQ0A 5AE4A 4JWYA 4KCCA 2XXYA 2QMXA 3B7DA 3U92A 4QSEA 1OVBA 4O3BA 5AA2D 5FHNA 1D9VA 1I6BA 4PGPA 4OHNA 1SVXB 1JP4A 3O97A 3SEVA 2VHAA 3C36A 3CFLA 4OEUA 1BP5A 1K9ZA 4YKKA 4EF1A 5ET6A 3EHUA 2V84A 2PVUA 1N04A 2HXWA 3FXQA 3CG1A 3RPWA 4G8MA 4OANA 4H8IA 1YXIA 3UGWA 4N8YA 1US4A 2OWSA 3I3VA 4OVRA 1LFHA 1LAHE 1B3FA 4XF5A 1NH8A 1URSA 5CMMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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