3MW0A

X-ray structure of the doubly hydroxylated iron complex-nika species, nika1/o2
Total Genus 152
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
152
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of the reaction of aromatic C-H with O(2) catalysed by a protein-bound iron complex
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 152
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2010-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3mw0A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mw0A01
1IIWA 1DMBA 1OQHA 3GBBA 4KQPA 3F11A 3PUWE 1TWYA 2QMWA 1VFEA 2I6EA 2REJA 3LSFB 3UN6A 3PPPA 5L9MA 1ZJLA 3PD8A 4F31B 3TEPA 1D4NA 1R9LA 5TP9A 1SYIA 3W15C 5CMKA 2WOKA 3RYAA 2XD3A 4RNSA 3IL1B 1HSLA 4GWOA 1DSNA 2RCAA 1UTBB 3PUXE 1AH5A 2A5TB 1MXXA 4LP2B 4YB6A 3L6HA 1Y9UA 3O28A 1D9VA 1ELJA 1MPDA 3N26A 3T9VA 1QULA 1TFDA 1B3FA 4FECA 2HAVA 1A54A 4AQ4A 4U4XA 1LFHA 1R9QA 2XHDA 4NWCA 2LAOA 4F2QA 1H45A 2NOOA 1Y4CA 2H98A 5B70A 3IX1A 3VVDA 3KSXA 2VHAA 1MY3A 3T9UA 2PX1A 4KYEA 4LZ8A 4U21A 2RC8A 3S9EA 1CB6A 3R7XA 4FIMA 2Y7WA 4YB7A 4JWXA 1RYXA 3FVNA 3FXQA 4R9FA 3FXRA 3G3HA 3UORA 4BDRA 2NUVA 2QPQA 4G68B 4NF6B 1WDNA 4JSOA 4XTCQ 4XXUA 3R6UA 4FAJA 3HHFA 3MPKA 4X1BA 3MP1A 4C1UA 1WVJA 1ZLQA 5H8FA 2ONSA 4NF8A 4KCCA 3TCHA 3Q25A 3VLUA 2GFEA 1LBCA 5CC2A 4XKQA 1N04A 4OFLA 1PB8A 4ELRA 4H67A 1FQDA 1Q1KA 3N5LA 1B46A 1O7TA 1N0TA 4F2OA 2ZMBA 1MY0A 3FVGA 3N6UA 1SQYA 3ZS6A 2H9BA 4GF8A 2XX8A 2F35A 3PMVA 3M3FA 3FUZA 1XHYA 4QFKA 4ZZEA 3SDFA 2XXPA 4ZEFA 2M8CA 3P7IA 4N6PA 3DP8A 4HCYA 3V8XB 1L5TA 5DT6A 5JTYB 5HM4B 4E0XA 3G3IA 1FQAA 5HPQA 3C9HA 3FJMA 4RJZA 3PAMA 4EQ7A 2O7UA 4GXSB 3BFTA 1ZTYA 2QMXA 4F1VA 3B6TA 4DXUA 2P2AA 2V93A 3UP9A 1MRPA 3IO4A 3ZKLA 2HAUA 4Z0IA 4FEBA 1LSTA 5AA4A 1SVXB 1B1XA 3C33A 5HBCA 1PC3A 2Q9TA 2B3BA 3TDJA 1R6ZA 5H8QA 1DPPA 1PDAA 4X1DA 1N7XA 5CBSA 3TCGA 4ZECA 3GZGA 4OQOA 4QF9A 1UTBA 2A5TA 3IK6B 1ATGA 3VVFA 3KBRA 4ND9A 3LVUA 4DCXA 3MWBA 4UA8A 4HS7A 1Q35A 1OIBA 1MDQA 4PFWA 3E4RA 3LUYA 3RYBA 3PPQA 2PYYA 3IR1A 3VFJA 1N84A 1JW4A 4F1UA 2ESNA 4AB6A 2IA4A 3FV2A 3ILTB 2VP1A 3FJ7A 4YB5A 2AYSA 2CZLA 3EHTA 3K1PA 4YMBA 5FTHA 4C0RA 3PUYE 4EQ9A 3RT6B 1XVYA 5I59B 1BLFA 2QSXA 2QS4A 5K2YA 1MXYA 4NF6A 2B65A 4M4GA 2H99A 2Y7KA 2XXUA 1BTJA 3IB2A 5CBRA 4BDOA 2G93A 2FA7A 1B3EA 3Q27A 4R72A 1POY1 3I5OA 3FD3A 1LAHE 1IXIA 1BKAA 4IO3A 1B4HA 2V84A 1IZ1A 4KR5A 3FZVA 3UA8A 4BDNA 4U2RA 2Y7RA 2ZNSA 2P1SA 1TT1A 5AA2B 2UYFA 3OO6A 3G7WA 4OENA 4P0IA 2ZNUA 1AMFA 4I1DA 1Z7NE 5IAIA 4Q30B 3LBSA 4R2FA 5JTYA 2F5XA 4JXIA 3PU5A 1IUDA 3KJTA 1ZMGA 1A55A 4G8HA 1LCFA 1FTLA 4QFNA 1MQGA 5ICTA 1KWHA 2DS9A 3U1OA 3QUFA 2I58A 4KFQA 1T0KA 4YZZA 4GLIA 3VLVA 2D21A 2I49A 3MP8A 1MH3A 4U23A 3RLFE 5CMCA 1XS5A 4H8JA 2OBGA 5H8NB 4OXVA 2Y7IA 4RXLA 3FASA 4ZEIA 2I3WA 3RGYA 1URSA 1OVTA 3M3KA 1QUIA 5EHSA 4RA1A 3VVEA 2KLFA 4F22A 2AIXA 1YPNA 1LFGA 3S4UA 2AL4A 3SEVA 4LUBA 1B1HA 1B05A 3MZBA 3JZJA 2DYXA 1M5CA 3V89B 5H8HB 3TPAA 1QKAA 5I58B 3DRHA 2HXWA 3HO7A 2REGA 2HEUA 4PP0A 3OEMA 3T22A 5ICQA 2XX7A 4IGTA 3PGFA 4QRZA 2V25A 2HZKA 2Y84A 3KEIA 4HTGA 3OD7A 1HSEA 1UTHB 3O97A 2UYEA 2W7YA 4ECFA 4O3CA 2R9JA 3SEUA 5I59A 5L9OA 2Y7PA 4ZS9A 2DVZA 1B6HA 1LAGE 2PBWA 1SW4A 4JWOA 4DLDA 1A99A 2E1SA 4O3AA 4G68C 5B7DA 3I3VA 3QSLA 3TQWA 2HZLA 3O29A 5I56B 4OZ9A 2V3QA 1SYHA 1Y20A 3W9VA 3E9XA 1MXVA 3G3JA 2XXYA 1FTKA 2RC7A 2XXHA 3H6UA 3RTWB 3HSTA 1LLSA 3BKIB 1Y4TA 4TQUQ 4RK2A 1S9TA 3QUJA 1USYE 2PT1A 3IB1A 3FIRA 4FJPA 4G77A 2PT2A 3EQ1A 4GQOA 3MZ1A 2Q89A 4P0GA 1MXWA 2YJPA 3PPRA 3O2AA 3RN8A 3K1MA 4EF2A 3SEYA 1NNTA 2VGQA 3HN0A 4L17A 1ANFA 5I84A 2X7PA 4JBZA 5DEXB 4YKPA 4YKKA 3W9WA 1IEJA 3C35A 1XVXA 3IAZA 1FTMA 1OLCA 3KOSA 1UIVA 1B4ZA 4ESWA 3K6WA 3CFZA 4YKIA 1SW1A 3RY3A 3IJXB 3PUVE 2B4LA 1B3HA 2UVIA 4LVQA 1SW5A 4PFYA 5FTIA 4ELQA 4IGRA 1J1NA 4ZE8A 1Y1MA 3ILUB 3LSXA 1JW1A 1XT8A 1B40A 3CVGA 4YKJA 1P1OA 3E13X 3H6TA 3KFMA 4BDLA 2ABHA 4IO6A 3O6GA 1GGGA 3EPEA 5I2NB 4THIA 2GH9A 1JEVA 4TLMB 5I58A 2F6GA 4X48A 2DXRA 4RPNA 1D3KA 4LATA 1GV8A 4LQ2A 5H8SA 1IXHA 2ZYNA 1I6QA 1GR2A 4IO2A 4POWA 5JK4A 5KCJB 3EHUA 1VSOA 3OENA 1A7LA 3LSWA 5ITPA 1UTHA 1PEBA 2DP8A 4GL8A 3V5AA 3IB0A 1FCKA 3LR1A 2XX9A 1B5JA 2ONRA 1ZBMA 5FHOA 1B9JA 2ALUA 1POTA 4QFOA 1YAEA 3HHGA 1NH8A 1LCTA 4M1VA 5A5XB 4G4PA 1B7HA 5I57B 1URDA 2F36A 1EZ9A 1LBBA 2XXXA 2YPNA 3TKDA 3DM0A 5I56A 3Q29A 4U22A 1JW5A 4G8MA 1B58A 3H4ZA 2B3FA 2DE2A 4FORA 1A8FA 4OHNA 1O63A 1FQFA 4WEPA 3UIFA 4R73A 2F7AA 2OJTA 2DSFA 3K1NA 3MBPA 3CI8A 4JDFA 1R1NA 4OMBA 3H7MA 5CRYA 3MVWA 5ISUA 4FE8A 1MY2A 5M2VA 1P1NA 1TFAA 5DEXA 2DOJA 2F7CA 1PB9A 4R2BA 4PFTA 4LONB 5LOMA 1FTJA 1LAXA 2ANJA 4KI0E 3QK6A 2DWJA 4YU0A 3EF7A 2O68A 5ELVA 5DYHA 2NWJA 3CSGA 4DZ1A 4F19A 4QFPA 3DLNA 1YTVA 3O6PA 5DTBA 1B5HA 1NMUA 1P1QA 3N6TA 3DP4A 5FHMA 2Q8JA 4IO7A 3S2VA 1OLAA 3LC8A 4G68A 3DRIA 2FNCA 3I6VA 1JQFA 4Q5TA 3TUSA 1ZIUA 4N13A 3FJGA 4DE8A 4H0WA 3FXUA 2HQ0A 1MQDA 5FHNA 4ELOA 1OMPA 5F1QA 3DRGA 4MH5A 3S9MC 5I2NA 1Z7ME 4ZDMA 3K6UA 1M5FA 4RK9A 2I0BA 4NMYA 4EF1A 1B3LA 5AA3A 3HV1A 1SD3A 4F18A 4DXBA 1VR5A 1NNFA 2Z23A 1P99A 1DOTA 3K6XA 1II5A 2OWSA 5KCJA 4K3FA 3IO6A 3KN7A 3CIJA 4R6KA 2OK2A 5TP9B 3B6WA 4F3PA 4KYDA 3OO9A 4FEDA 2I4CA 4P11A 1US4A 4XKRA 4PETA 2IEEA 4H65A 3WAFA 4TOZA 3K6VA 2F78A 3CRBA 3SEWA 4R75A 4H5GA 3B6QA 2V3UA 4POXA 5I57A 1PB7A 1MXZA 3CFXA 2AL5A 3AXFA 3PD9A 5CM6A 2O1LA 4FATA 3M8UA 2R6GE 2RKMA 4QFLA 1MM7A 2XXWA 3TZAA 3VV5A 1I69A 4F29A 4OEVA 3MQ9A 1M5DA 3TTLA 1IXGA 3K01A 4DIGA 3N94A 3SESA 4YICA 1B0HA 2D3IA 4LZ5A 1RYOA 4JSDA 4YMAA 2QL3A 4AB5A 3U8QA 2G29A 2OLBA 3H3GA 3TFLA 2DWIA 2UVJA 3QAXA 4F3BA 3T9HB 4KPTA 2P0SA 1MPCA 2QJEA 4H8IA 2UVHA 1P1UA 4WXJA 5K2XA 3OSRA 4NF4B 1H43A 1PBQA 1RKMA 5J1DA 4R9GA 4G2ZA 2DWAA 3TQLA 1FQBA 2V3TA 2BJJX 1B7ZA 3E3KA 3H6WA 1B0LA 4F3GA 3R26A 5TU0A 1S7YA 5I2KB 3IOWA 3VLWA 2QRYA 3KG2A 2F7BA 5EHMA 3OXNA 1B3GA 1JVYA 3IOTA 3FVOA 5CI5A 3MVYA 3T66A 4GL0A 4BDQA 3MUQA 3TAJA 4LA9A 5AA1A 3OEKA 3FVKA 3KOTA 2ZNTA 4I8CA 4Q0CA 2Z8FA 1LB9A 4XIGQ 5CMMA 2THIA 2XXIA 1P1WA 4WKMA 3THIA 4RYAA 3CG3A 4XKNA 4O3BA 2ZYOA 1EH3A 3PPNA 1DPEA 2DXYA 4UACA 5AA2A 5BUUA 5AA4B 1EU8A 1N7WA 3SKPA 3CFLA 3RT8A 4GOTA 1VE4A 3PMXA 3VDFA 3RNNA 1MG1A 3SEXA 5H8QB 1BIYA 3SETA 2QS2A 1H76A 1QUJA 4RY1A 1LAFE 3S9LC 3C32A 3G3GA 4DCYA 3MPLA 1Y3PA 4GFRA 3RTFB 1N3WA 4WEDA 4HW8A 2DE4A 3ONMA 3KJ7A 4U1ZA 3FTOA 5DVFA 4EQBA 3CSBA 5AE4A 2VOZA 1DTZA 1GTKA 1EZOA 2DE3A 3HPIA 4MFIA 4F1YA 4ELPA 2Q88A 3BBRA 4QSCA 3C4MA 3DELB 3G3FA 2OCUA 1FW0A 1SDXA 5H8NA 2H25A 3MP6A 4QSEA 3ODBA 1Y3NA 3EHSA 3QXMA 3K4UA 1SI1A 3MVXA 4GRKA 4IO5A 3T93B 1AOVA 2RCBA 4JB7A 4MBPA 2GRVA 3C34A 1D9YA 2FYIA 2O69A 3TTNA 4OVJA 2CMOA 5L9SA 4IY6A 4X9TA 3FV1A 2GHBA 1S50A 4I9DA 3ECRA 3S9NC 1XOCA 4MLVA 3JV9A 2Z8DA 1MQJA 3O6HA 4NF5B 1MS7A 1URGA 4LZ7A 1QUKA 2DVCA 2R71A 2O84X 4EDPA 3ZKKA 5H8HA 3V83A 1QKBA 1QVSA 5CMBA 4NEDA 4EXKA 2QS3A 3H6VA 4OEUA 4NTLA 2HCAA 2H4IA 2Q2AA 3U94A 3CG1A 3KZGA 2I4BA 4R6HA 4ESXA 2WOPA 4OTEA 3MZ9A 1JETA 4NF4A 1IITA 2RF1A 2DQVA 2Q2CA 1N3XA 4OFOA 3D4CA 5TPAB 4ZZAA 4RPOA 1MPBA 4H1XA 4G8NA 3K2DA 1SI0A 5I2KA 1UQWA 1H44A 1DTGA 3U93A 4DXCA 3EN3A 4ZEDA 1A8EA 1B7UA 1NKXA 4QSDA 3IJOB 4XKPA 4GVOA 3TTRA 2D5WA 1NNPA 3TODA 2ZYMA 2A5SA 1FTOA 1BP5A 2NVUB 4U4SA 3JYRA 4LQ5A 1XC1A 2HFBA 4ZEBA 2O51A 4F39A 1M5EA 3QYTA 1EZPA 3CHGA 1MM6A 3OSQA 2UVGA 1JNFA 3MAMA 3A3CA 3RPWA 1PBPA 5EYFA 3O9PA 1US5A 3OO8A 4OESA 2PMSA 2B4MA 2WOLA 2OZZA 2ZXTA 5L8DA 4OERA 1LB8A 1O64A 1I6AA 1OVBA 3VE1B 1F9BA 1MDP1 4GXAA 3C36A 1N76A 2XXTA 3B7DA 1MY1A 4KD5A 3A3UA 1B32A 3D4GA 1NNKA 3T96B 3GXAA 3GBAA 3TYHA 1USYH 5KDTB 1JVXA 4Q8RA 2F97A 3IOUA 4GIZA 4H6DA 3UK4A 3TELA 1IQ7A 2VD2A 3QIMA 3M3LA 3MW0A 3PUZE 3OOAA 4NF5A 4H5FA 2E0SA 4HCWA 4YAHX 3FATA 5DVIA 3VXBA 4DDDA 3DP6A 1B52A 1MXUA 1WODA 2PVUA 1MH4A 4MLQA 5ITOA 1A40A 3DRKA 1B5IA 4OWDA 1Y3QA 4F3SA 4OETA 3PMWA 2ONKE 3DRFA 2F34A 3KN3A 3MC2A 4GD5A 3OELA 4Z7EA 3G3KA 3LSLA 1MY4A 2RINA 4ZEKA 3PV0E 3UGWA 4KYSA 5TPAA 3L6GA 1B51A 2O1MA 4KCDA 3TTKA 4C1TA 3K02A 1JEUA 2F8DA 2H5YA 5IKBA 4IB2A 2XXVA 4MF3A 5A5XA 1NL5A 3ZSFA 1MQIA 3FGSA 1YCJA 1MQHA 3IOVA 2XXRA 2WKYA 1LGBC 4R6YA 4U1OA 1SW2A 3O66A 4TLLB 4PE5B 3Q28A 3U92A 3DRJA 2XD2A 4E0WA 1H3DA 1HSJA 1I6BA 2ZYKA 3K0VA 2OWTA 1ZKBA 3TCFA 4ONYA 5AA2D 1QJMA 2QS1A 2VD3A 2X26A 1NH7A 4EXLA 1TXFA 3USDA 1FQEA 3OMBA 2UXAA 3H06B 4QHQA 1NFTA 3KGCA 4NWDA 1IXCA 3C31A 3TTMA 4PFUA 4I62A 5KZTA 3BFUA 3RQTA 3KSJA 1VFDA 4IO4A 1M5BA 4IY5A 4BDMA 4OFJA 3T9XB 3SERA 2O7IA 5F7VA 2I0CA 1Y1ZA 1B2HA 1SBPA 1GVCA 4KHZE 3TMGA 1ZU0A 3O6IA 1CE2A 3VXCA 3IORA 5H8FB 3KN8A 4OYVA 4BLAA 4NF8B 1OQGA 1QW0A 2X7QA 4JWYA 4EUOA 1AIVA 2O6AA 5DVJA 4N07A 3OO7A 3U72A 2XXQA 5JEIA 4NE4A 4R74A 2RC9A 2I3VA 3CR9A 2Z8EA 3MJNA 2YLNA 1UIUA 2I48A 4ZE9A 1FQCA 3A09A 2NXOA 5KDTA 5BWJA 1AL3A 3H03A 2Z22A 3PPOA 4PQJA 3MVZA 2DWHA 1LFIA 3RUMA 3WAEA 2F6PA 3GLBA 3Q26A 2GHAA 3K00A 4ISUA 3HCQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IIWA 1DMBA 4GX6A 1OQHA 3GBBA 4KQPA 1NV1A 3F11A 4GWZA 3PUWE 1TWYA 5IZ3B 4PTKA 2QMWA 1VFEA 2I6EA 2REJA 3LSFB 3UN6A 3PPPA 5L9MA 1ZJLA 3PD8A 4F31B 3TEPA 1D4NA 1R9LA 5TP9A 1SYIA 3W15C 3E78A 4JVIA 3U65A 5T3JA 1AWBA 2WOKA 5CMKA 3RYAA 2XD3A 4RNSA 3IL1B 1HSLA 4GWOA 4MMPA 1DSNA 2RCAA 1UTBB 3PUXE 1AH5A 2A5TB 1MXXA 4GWXA 4DI3D 4LP2B 4YB6A 3L6HA 1Y9UA 3O28A 1D9VA 1ELJA 1MPDA 3N26A 3T9VA 4PBHA 1QULA 4GWUA 1TFDA 1B3FA 4FECA 2HAVA 1A54A 4AQ4A 4U4XA 1LFHA 1R9QA 2XHDA 4NWCA 2LAOA 4F2QA 1H45A 2NOOA 3LV0A 1Y4CA 2H98A 5B70A 3IX1A 3VVDA 3KSXA 2VHAA 1MY3A 3T9UA 2PX1A 4KYEA 4LZ8A 4U21A 1D9QA 2RC8A 1LBYA 4O7IA 3S9EA 1CB6A 3R7XA 4FIMA 2Y7WA 4YB7A 4JWXA 1RYXA 3FVNA 3FXQA 4R9FA 3FXRA 3G3HA 2XWVA 3UORA 4BDRA 2NUVA 2QPQA 3IFAA 4G68B 4NF6B 1WDNA 2L5VA 4JSOA 3B50A 4XTCQ 4XXUA 3R6UA 4FAJA 3HHFA 3MPKA 4X1BA 4N8GA 3MP1A 4C1UA 1WVJA 1ZLQA 5H8FA 2ONSA 4NF8A 4KCCA 3TCHA 3Q25A 3VLUA 2GFEA 4P56A 1LBCA 5CC2A 4XKQA 1N04A 4OFLA 1FPFA 3QMFA 1PB8A 4ELRA 4H67A 1FQDA 1Q1KA 3N5LA 1B46A 1O7TA 1N0TA 4F2OA 4P47A 4AS4A 2ZMBA 1MY0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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