3NDZ | Genus

Total Genus 148

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	148
sequence length	345
structure length	345
Chain Sequence	STAFTGVRDVPAQQIVNEMKVGWNLGNTMDAIGGETNWGNPMTTHAMINKIKEAGFNTLRLPVTWDGHMGAAPEYTIDQTWMKRVEEIANYAFDNDMYVIINLHHENEWLKPFYANEAQVKAQLTKVWTQIANNFKKYGDHLIFETMNEPRPVGASLQWTGGSYENREVVNRYNLTAVNAIRATGGNNATRYIMVPTLAASAMSTTINDLVIPNNDSKVIVSLHMYSPYFFAMDINGTSSWGSDYDKSSLDSEFDAVYNKFVKNGRAVVIGEMGSINKNNTAARVTHAEYYAKSAKARGLTPIWWDNGYSVAGKAETFGIFNRSNLTWDAPEVMKAFIKGIGGSS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The structure of the catalytic and carbohydrate binding domain of endoglucanase D bound to cellotriose rcsb
molecule keywords	Endoglucanase D
molecule tags	Hydrolase
source organism	Clostridium cellulovorans
total genus	148
structure length	345
sequence length	345
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date	2010-06-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3ndzA00

3VX1A 5A2BA 4MJ4A 1J12A 4NSBA 3BMWA 3WDJA 5FOOA 5I24A 2XM1A 1GQKA 1RPKA 1PX4A 4YN5A 1EH9A 3I3EA 1XHGA 4NI3A 1HN1A 2XSAA 1UD5A 3MSDA 1MXGA 4U2YA 3WUGA 3ARVA 1GJWA 1JXKA 2Y8KA 1JIBA 3OGSA 1LL6A 1OGGA 1XD1A 4TVDA 5I77A 2QHAA 5D9NA 3MKKA 5LYRA 4CU7A 1CXFA 3SCTA 4M56A 2WC7A 2J7BA 2VRJA 2DQXA 2Q8XA 1JDCA 4J27A 3ALFA 1OD0A 1VBRA 3N17A 3M6DA 4GXPA 1GOIA 2J25A 2FHBA 3NCOA 3FW6A 2WZHA 4KGJA 4PMNA 3W6LA 1K9EA 1P6WA 3FXYA 1KXQA 2EO7A 1LLOA 3AHZA 1OCQA 3WQWA 4CU8A 1G1YA 2ZIDA 1WDRA 2XGIA 2VCAA 4CD7A 1JG9A 1V3HA 1GJUA 1DTUA 5BXRA 4HU0A 2E3ZA 2X2YA 1GONA 2AMGA 3VGGA 4M82A 1LF1A 4MNKA 3ARTA 4W5UA 2WVTA 1E5NA 1PPIA 4PUDA 4AYSA 3AIWA 4AD1A 3M07A 4FLSA 4E4PA 4KRTA 1J0JA 1WB0A 4MB4A 3MO4A 1WZMA 4JKMA 4BA0A 3UETA 4R5EA 2YL8A 1UD8A 2AAAA 1UHVA 1B9ZA 4M1RA 4D6IA 2CKRA 1QOXA 3VDCA 4ATWA 1MW3A 1H41A 3W38A 5FCZA 2VZSA 4QAWA 4CCCA 6A3HA 2G4FA 3SURA 1RP9A 1EDQA 3VIHA 4QLKA 3A6OA 5JUVA 1JF5A 1IZJA 4X9YA 1OBAA 4HPGA 2DSUA 4PUEA 5BXTA 5A6KA 1JYXA 4AD4A 2UWFA 2ZX8A 2VVNA 1CGVA 3T08A 4MAVA 2WCSA 2Y2WA 3RM4A 1R85A 2PBOA 1EDGA 4P8WA 3CGTA 1YQ2A 2QPSA 2J8GA 3PZUA 1BAGA 4BQ3A 3DC0A 2WZIA 4RE2A 1UWQA 4IPNB 3SUWA 3EBVA 3PTMA 5CPSA 1TFVA 1MQQA 4W7WA 2XFRA 4URIA 1VFFA 2XWEA 1JI1A 3VIGA 5TD4A 5I79A 1J0YA 3GH5A 2GJRA 1X6NA 3KL5A 2F2HA 2J4GA 3EDJA 1EXPA 1WP6A 1EDTA 2WHKA 4MDOA 1R7AA 3ARZA 1WZLA 3AS2A 4UQDA 1TUXA 1B3VA 4D1JA 4WK9A 3AI0A 2YLLA 4TVCA 3N15A 1E0XA 3BAJA 3CHFA 1R7OA 3UEQA 2XYLA 1UD4A 2ZUVA 4TVUA 4W86A 1XV8A 2CETA 1HP4A 5A1AA 1UKTA 2GDUA 4EKJA 4JL2A 1V6XA 1Q6EA 2PI6A 2GJXA 3NYDA 1XH2A 1C93A 3VDBA 4W7UA 1KCLA 1E6NA 2FGZA 4PMUA 4BS0A 1V08A 1OT1A 1S46A 4RE4A 2J62A 4JCLA 2YL9A 2GK1B 3GXDA 3TONA 3WIJA 3S6TA 1QI5A 2XVKA 1W1PA 1I1WA 2WSPA 4CD4A 3PHAA 4UFMA 3VPLA 5CGMA 2J7EA 4CD8A 3WD2A 1TVPA 1E55A 2D2OA 3UR8A 3VD7A 4MB3A 5LA0A 3O6AA 1QBAA 3PZTA 2CCRA 4F8XA 1E73M 3QOMA 2CBIA 3VM5A 3IJ8A 4HU8A 3WNOA 4GZJA 4BF7A 1MQRA 1BVZA 2EXOA 1XH1A 4U33A 3ZM8A 5HPCA 2CHNA 4M29A 3UG3A 2DGAA 3BSHA 1PIFA 2HISA 2GVYA 2OYLA 5GNZA 3AIUA 2YIHA 1DWFM 4PN2A 4U5IA 5A69A 5IFTA 3MU7A 1J0KA 4CKQA 3W0KA 4P8UA 3AICA 2ZX7A 4AMCA 2YBTA 2ESCA 3UCQA 3RM8A 1WZKA 3WNPA 1NP2A 2AOSA 3CMGA 1WKYA 4WSKA 4AZIA 2Z1SA 2BHUA 1ISXA 1GHRA 3AQUA 4D1IA 3HMCA 2NW0A 1XYZA 1JGIA 2WPGA 1OIFA 5M5DA 5BXSA 3I3DA 2XTKA 3BH4A 5A94A 3MANA 2ZICA 1G94A 3WH5A 4TOQA 4AC1X 4DWSA 3WF2A 1W3LA 2VCCA 3CZEA 1WDSA 1B3WA 1EHAA 1UYQA 1V6WA 3WQ8A 1FP8A 1PX8A 4FF5A 4AEEA 1L0PA 3L4WA 5A8MA 4N0RA 3WQ4A 5M03A 4XX6A 4ZXLA 4FLOA 3SUTA 4XZWA 1NWRA 2DSWA 3SEPA 5A8QA 3WDRA 2EPLX 1C3FA 2PWGA 5DEZA 1NOWA 5JBEA 2VZUA 1U30A 4PTVA 1ISVA 1W32A 1Q6CA 3U5UA 1L8NA 1BLIA 3NDYA 3KZSA 3W29A 1CENA 4W84A 1E6SM 2O92A 4J7RA 1PEZA 5BCAA 1UD3A 3VIJA 4QCEA 1JFXA 3CHCA 3ARRA 4K68A 4JFTA 1CNVA 1GQIA 1XSJA 2YLAA 1QNQA 4DM1A 1XD0A 3VILA 5F7UA 2ZE0A 4OJYA 1BTCA 2WAGA 4A4AA 1TR1A 1VEMA 3W24A 4ACZA 4U31A 3WDHA 5KZ6A 1OD8A 1TG7A 2ZWYA 2W63A 3ZJ6A 3WQ5A 1ITCA 3BAKA 3KWXA 4AISA 1DEDA 2XVPA 4JAWA 1XGZA 3CHEA 3AXIA 3VVGA 4AZCB 4FLRA 1UD2A 1KWKA 3VDAA 4L4PA 2WVVB 2VRKA 4H7VA 1ZJBA 1JZ8A 1KGXA 3MS8A 1B30A 1W9BM 2YBUA 4H2CA 2E4TA 4Q7NA 2X0YA 5FIPA 3VDHA 3T2OA 1G9HA 1M53A 5C71A 5CPQA 4CVUA 1KXHA 2GFTA 4AD0A 3ZT6A 3K8KA 2D20A 2GSJA 5C8BB 1KCKA 3VIPA 1BGGA 1O6IA 3ZSTA 1X6LA 2BY2A 2V5CA 1K6AA 1QI2A 4IUGA 3WD0A 4D71A 3QHOA 4YHEA 2J7CA 4UQAA 4HMDA 1GVYA 1M03A 2WC4A 3OLGA 1BQCA 2ZUTA 1GUVA 3WSUA 2W4XA 2YDRA 3GDBA 3AROA 5I2UA 2VQUA 5IHRA 1BF2A 3POHA 1W3HA 3CUIA 2PWFA 1CLXA 4B15A 4HA3A 3E1F1 1VB9A 2JALA 1V3MA 4M81A 3POCA 5ABFA 2UY4A 3RJXA 4GI8A 2VC9A 1W1TA 2NT0A 1C7SA 4NZCA 3THCA 3W28A 1ODUA 3W53A 2E8ZA 4CCDA 1A3HA 2DIJA 1FHDA 3AHTA 1E72M 7CGTA 3W81A 5E6YA 4LYPA 2A3EA 4QLLA 4UFIA 3ALGA 3GNOA 3L4YA 2EPNA 2J7FA 4B3KA 2DDXA 2WKLA 2BY3A 3TTQA 1C90A 4FLQA 5EFDA 3MUY1 2XWDA 1G01A 4ZE4A 2ZUNA 5D9MA 4BQ2A 1ISYA 2D1ZA 4E8CA 2ZUMA 1BYAA 1QI3A 2J8FA 3OZPA 1QNPA 1TZ7A 1NM9A 2D3NA 4GPNA 4KMQA 4CUCA 2WB5A 2WHMA 3GXMA 5IHSA 3IK2A 1V6VA 3OLEA 2V38A 4GZEA 2OSXA 1UH2A 3WN6A 4H41A 2XJ7A 4EAMA 4CN1A 1HL8A 1R86A 1B0IA 4D6GA 4HMEA 4OOZA 5M3WA 3CUHA 3AMCA 1PAMA 2EJ1A 1UKOA 3AS1A 1KB3A 4N42A 1M04A 1U2YA 1LQ0A 1CGTA 3VGEA 1DWIM 1BG9A 1FH7A 3L2LA 1UKPA 6CGTA 3D5HA 1PJ9A 4PSPA 1ODZA 4TX8A 1GNXA 1W3JA 4JKKA 2JEPA 1JYWA 2XG9A 1TVNA 3BSGA 2PF0A 3SUUA 3UERA 3RM9A 1HJWA 1XYFA 3WMCA 3F5KA 2CPUA 1OIMA 1UA3A 4UNIA 2C7FA 1NOFA 2VZVA 2ZUSA 3OGVA 2BFGA 5BRQA 4V27A 1E3ZA 5A95A 1UQZA 2WWCA 3K8MA 2E9MA 1KR0A 3SCPA 2PB1A 5E6ZA 3WDQA 2UY3A 4MB1A 1HX0A 1BYBA 1AQHA 3ZIZA 3WL0A 1CXLA 1MW1A 4P7NA 4NRSA 4U3AA 3HJEA 1O7AA 1XRVA 5I23A 3VGHA 1JDDA 3W26A 3ZJKA 1QHOA 4ATLA 2QF8A 4AZHA 3WD4A 1FH9A 4XB3A 5I6SA 4QLJA 3SCUA 1WZAA 4JFWA 4J3VA 3GTNA 3MMDA 1JXJA 4GQRA 1UUQA 4UOZA 1JYVA 3KL3A 3HN3A 1UWIA 1F4AA 2G3NA 3N1AA 3IAQA 2WMGA 1KGWA 1XSIA 5A6SA 3W25A 2F8QA 1ESWA 4OBRA 3OLDA 1JZ5A 1J0ZA 4GZIA 1DHKA 2D24A 2JFEX 3A47A 3WF1A 3WH7A 4JZ5A 2O9TA 2CIPA 3SCOA 1VFOA 3VMOA 3QHNA 5FL1A 1W91A 1QPKA 1BYDA 3IJ7A 1B3XA 3NSNA 2XVNA 2YDQA 3GNPA 4RE3A 1V3JA 2O9PA 1RP8A 4FK9A 3WD3A 3KE0A 3A4AA 5FKYA 3K46A 4Z2KA 1H1NA 3JUGA 3WMBA 3U7VA 2IXUA 8CGTA 1TA3B 1JNDA 1MFVA 2DH2A 3WENA 1BYCA 3QOKA 1DWJM 4DWSC 5JBFA 3AS3A 2X0HA 4GINA 1EQCA 4PTWA 1GCYA 4XV0A 3AZRA 3NIYA 2W62A 2YL5A 4WLCA 5D8ZA 4CD6A 1E6PA 1SMDA 3VU2A 1JI2A 2VURA 4H8HA 3GH4A 3G6LA 2WLYA 1E6ZA 3NSMA 2VJXA 3MV11 1AQ0A 3DYPA 1UR9A 1JDAA 1MXDA 3T2QA 4P8VA 1LL4A 3L4ZA 3TTYA 2W5FA 1UD6A 3OGRA 4GI9A 4D6FA 3DYOA 5A6LA 1GORA 1MWOA 4AEFA 2E40A 3L4TA 1W1YA 2XPKA 1UR2A 1GW1A 1QHZA 1XCWA 4AZ7A 3PTKA 4HOXA 2CBVA 4PCTA 1HKIA 1X1NA 3RILA 1R8LA 3RIKA 2J74A 1US2A 1YHTA 4AW7A 4JFSA 4AD2A 1H49A 3GH7A 2UY2A 4BCEA 1VENA 2WW5A 4AZBA 3ARUA 2FGLA 1V02E 3U5YA 2VX6A 4F66A 3VD9A 4A3YA 3F4VA 2WSKA 2DIEA 2X09A 3KEHA 4HA1A 1V3IA 1GOKA 1Q4NX 3EDDA 1UH3A 3IAPA 4W8BA 2A3BA 5AYIA 2A3HA 3CH9A 4R27A 1CXEA 2XUCA 3WUBA 1U33A 4AIUA 3PZQA 3VIKA 4ACYA 3RJYA 1UWUA 2NSXA 3AHYA 1HP5A 4PTXA 4CN4A 1VBUA 5AC4A 2EQDA 1LG2A 3WEOA 3EDKA 3CMJA 3VKKA 1V3KA 2DSKA 3BLKA 1VJZA 3NUKA 3VMNA 1WCGA 2J78A 2WMIA 4HMCA 4P7QA 2Y24A 1OINA 3AMGA 3BC9A 4MNJA 1J0IA 4HZ7A 3ZSSA 4QP0A 4JHOA 4C7FA 1FH8A 1GQLA 4J3XA 2W91A 3MUAA 3PZNA 3WNNA 2WHLA 2F61A 2HVMA 2NT1A 4H04A 4PTMA 1Z32X 2ZXDA 3N04A 3VGDA 3WFZA 3EMCA 5CLTA 3OG2A 2J75A 1C8YA 4Z2LA 2WYSA 1G0CA 2YOCA 4WSJA 2G3MA 2J79A 1UG6A 1QI0A 4TTGA 1UR1A 1HVXA 1ZBKA 1B1YA 3CPUA 3IANA 4UFLA 1ITXA 1UKQA 5IFPA 4WKAA 1CYGA 2OLHA 3B9EA 4P8XA 3QGVA 3BLPX 4AD5A 2D22A 1NWTA 1WAWA 3RPMA 4YHGA 2XIIA 2VZTA 4JL1A 4GO9A 3PZGA 4MADA 1K9FA 4TTUA 3EDFA 2A3AA 2X8RA 4W89A 4M8UA 2WANA 4PEEA 3UESA 1JZ6A 1H11A 2G3IA 3SCQA 1LG1A 5BXPA 1CXIA 2QMJA 5D9OA 3SCSA 1BG4A 3VGBA 4B3LA 3AYSA 3T09A 5DT5A 1HJXA 3CTTA 1NWSA 4J3UA 1HJQA 3OIHA 1V3LA 4W5ZA 2XHYA 3PTQA 1H5VA 3MV01 1HIZA 5EB8A 1CGWA 4UFJA 2CBUA 1E71M 2CNCA 2J77A 3GYCA 1DWHM 1W3KA 4BZYA 1CECA 4NF7A 4FMVA 4QCFA 5CXPA 1HJVA 4Y7EA 2WMJA 4P7OA 2VCBA 2QMKA 2E8YA 4QFUA 1HJSA 2YJQA 4PMZA 4MPKA 5A8OA 1EO5A 1BGAA 3L4UA 1JL8A 1HXJA 2ZUWA 2D3LA 2BNJA 1W9VA 3VINA 1CXHA 2C8NA 1R87A 1OSEA 3CZJA 1KFWA 4UQCA 4YPJA 1NH6A 4V28A 4C7DA 3DHPA 1LWJA 3WNKA 1V6YA 1IZKA 2CXGA 3RCNA 4HZ8A 4Z2GA 4J3TA 1AVAA 4AIEA 4KGLA 3FAXA 5D4YA 3WF0A 4PRWA 1PZ3A 3BAIA 1GOMA 3WNLA 3CBWA 1NOUA 4PMQA 2VX7A 3CZKA 3O9NA 2WC3A 4ZFMA 3VD3A 3CUGA 2VO5A 4JFVA 1TCMA 4PMYA 1V03A 1IT0A 3ZT5A 5LA2A 4UQBA 2DT3A 5ECUA 2D0GA 3TOPA 1F4HA 4OIFA 1D7FA 4OUEA 5CLWA 3AIEA 1TMQA 2GJXB 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1C92A 4D6JA 3CUFA 2JF6A 4W87A 2V5DA 1FFQA 4PYSA 1ZJAA 9CGTA 3TP4A 2YA0A 4ACZB 2B31A 4S3JA 3VD5A 4DUVA 1RH9A 3A4WA 3OBAA 3LPFA 2OWXA 5HDRA 4S3KA 3N12A 3HU7A 4DUXA 3S2CA 4IM4A 2D0FA 1HNYA 2FHFA 1Y7VA 5EFFA 4PMOA 3VTRA 1JD9A 3AIRA 2Y8VA 1W9DM 4PCSA 3D3AA 2O9OA 3SCVA 5DF0A 4JKLA 4Z2IA 1JZ2A 2YKKA 1W9XA 4TX6A 2J47A 1V6UA 4CGTA 1NP0A 1JZ7A 2FH6A 1E1FA 3ZMRA 2DH3A 4KH2A 1HKKA 3A4XA 3J7HA 4W8AA 1FOBA 1VEOA 1RD6A 4W8LA 1VIWA 1H09A 3MSGA 4H8UA 1KR1A 5JBDA 2W66A 2VMFA 1V0KA 2X05A 2RGLA 1VFMA 4UCFA 5I78A 3VGFA 4HOWA 1XH0A 1HJUA 4JIEA 4UFKA 1ZU8A 2OWWA 3DECA 3KL0A 4E8DA 1EGZA 3ARYA 1ISWA 4AIOA 1W9PA 5A6BA 1OWQA 3CUJA 5D9PA 3CZ8A 1GPFA 3PZMA 4HOZA 1MQPA 4AXNA 4EE9A 5DMYA 3VNYA 2EPMX 1WDQA 5ABFB 5I0DA 2WHJA 4B9YA 3T2PA 3WL1A 1CZ1A 2ZOXA 4LX4A 3DYMA 2W67A 2WCGA 4M80A 2E9BA 4PBGA 1H0GA 3B9DA 4J3WA 1CTNA 2OSYA 1FP9A 1NQ6A 3GBDA 4X0VA 7TAAA 1G5AA 1EQPA 3BGAA 5E09A 4HPHA 1HT6A 3T0BA 2WM0A 1GOOA 4EK7A 3T0DA 3VIIA 2WKGA 5GQBA 4Z2JA 3AS0A 2WZEA 1MW0A 3WUEA 2WMHA 3WH8A 3VIOA 3ZR6A 3NJ3A 3RO8A 5JIPA 2EEXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3NDZA

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Chord Diagram

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