The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
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sequence length |
106
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structure length |
106
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Chain Sequence |
GIGSWVLHMESGRLEWSQAVHDIFGTDSATFDATEDAYFQRVHPDDRARVRRELDRHVLGDRPFDVEYRIVRPDGQVRELLERNHIQRQASGQVDHLWGTVIDMTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of the PAS domain of a GGDEF family protein from Chromobacterium violaceum ATCC 12472.
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Chromobacterium violaceum
|
| molecule keywords |
Probable GGDEF family protein
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| total genus |
20
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| structure length |
106
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| sequence length |
106
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-06-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08447 | PAS_3 | PAS fold |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Ribbon | Complement Module; domain 1 | Complement Module; domain 1 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ODV A; 2L1M A; 3NOP C; 5A8B A; 1LL8 A; 2A24 B; 2B02 A; 1LSX A; 1XJ6 A; 4KUO A; 3LIE A; 1LSV A; 2PR6 A; 4WF0 A; 4WN5 A; 4GS9 A; 2OOL A; 4JGP A; 4HY8 A; 3UME A; 2WKQ A; 1Y28 A; 3FG8 A; 4L9G A; 2PDR A; 4YWZ A; 5IU1 A; 4HOI A; 5KIZ A; 2M1C A; 1KOU A; 4HQA A; 5I5L A; 5HWW A; 5HZH A; 1LSW A; 1TS0 A; 3NJA A; 2VEA A; 3KX0 X; 4R6L A; 1N9N A; 4I3I A; 5F68 A; 2WKP A; 2ZOI A; 1X0O A; 3A0S A; 4PKY A; 4WL9 A; 4HNB A; 2D01 A; 3BWL A; 4I3A A; 5HDC A; 4JGQ A; 2H28 A; 1T1B A; 3LI8 A; 1N9O A; 4HJ6 A; 3LYX A; 3HJK A; 5AVF A; 4GW9 A; 4F3L B; 3LIF A; 4LLO B; 2WKR A; 1DP9 A; 3VE4 A; 3GDI A; 3CWF A; 3IS2 B; 5F6A A; 5G4Z A; 4BBT A; 2QWS A; 1MZU A; 5TBM A; 3H7W B; 3BY8 A; 1UWP X; 3H82 A; 2V0W A; 2J80 A; 4I3J A; 5HDD A; 3NOT C; 3UE6 A; 4GHI A; 1OTE A; 4JGO A; 3UB8 A; 3MJQ A; 4XT2 A; 1D06 A; 2L0W A; 2V0U A; 3RH8 B; 4PKY G; 4K08 A; 3PYP A; 2QKP A; 1S4S A; 3F1N A; 3K3C A; 2BAS A; 3MFX A; 1V9Z A; 3C8C A; 2P7J A; 1DP6 A; 4HI4 A; 5J7E A; 5F5Y A; 2I9V A; 3MQO A; 4GCZ A; 1JNU A; 2QHK A; 3MR0 A; 3EWK A; 3HJI A; 3E4Q A; 4EXO A; 2PYP A; 1DP8 A; 1T19 A; 3UMD A; 4NXB A; 2K7S A; 4LPZ A; 4I38 A; 4WLA A; 1VB6 A; 2OWH A; 1V9Y A; 4I5S A; 5HSQ A; 1G28 A; 1GSW A; 4BBU A; 4HJ4 A; 4I39 A; 1XFQ A; 4KUK A; 3OLO A; 2A24 A; 4NXG A; 1S4R A; 5HWV A; 4HH2 A; 1OTB A; 1GSX A; 1UWN X; 4R70 A; 2D02 A; 3G6O A; 4RQ9 A; 4HJ3 A; 1OTD A; 2GJ3 A; 5J3W A; 3UB7 A; 5DJT A; 4HHD A; 4H6J B; 5HDS A; 1D7E A; 2VLG A; 3VE3 A; 2VV6 A; 1S66 L; 4NXE A; 1WA9 A; 1TS6 A; 2V1B A; 3ULF A; 3B33 A; 3NOU C; 5HD5 A; 4E04 A; 1P97 A; 3P7N A; 1OJG A; 4EEP A; 3T50 A; 2OWJ A; 3GEC A; 4M4X A; 3D72 A; 4GS9 B; 2R78 A; 1T1A A; 4HH3 A; 4NXF A; 1XJ3 A; 2QJ7 A; 1TS8 A; 3BY9 A; 4F3L A; 3LIB A; 1XFN A; 4MN5 A; 4B9O A; 4LRY C; 1XJ2 A; 2PYR A; 1S1Z A; 4R3A A; 1T1C A; 4HP4 A; 3NHQ A; 3ZQ5 A; 4JGR A; 3IS2 A; 1F9I A; 2W0N A; 3MXQ A; 5DKK A; 4EET B; 4LRX C; 2ZBB A; 5J4E A; 5HWT A; 1XJ4 A; 2L4R A; 3H7W A; 1BYW A; 2KDK A; 3A0R A; 3CAX A; 5AVE A; 4EES A; 3UB9 A; 2YKH A; 2JN7 A; 2ZOH A; 4DJ3 A; 4LRZ E; 3LIA A; 2W27 A; 1LT0 A; 3C2W A; 1OTA A; 3LI9 A; 3E4O A; 2V9A A; 5EFW A; 4KQD A; 3F1O B; 4HP9 A; 2KX6 A; 4DJ2 A; 1DRM A; 3UB6 A; 3F1P B; 2Z6C A; 1F98 A; 2VV8 A; 5TBM B; 5DKL A; 3FC7 A; 4BBV A; 5HD3 A; 3EEH A; 2VV7 A; 3H82 B; 5F69 A; 2QJ5 A; 4MN6 A; 3VOL A; 2PD7 A; 1OT9 A; 2EA9 A; 1UGU A; 5DJU A; 4GHI B; 4EQ1 A; 3PHY A; 3F1O A; 4XT2 B; 1GSV A; 3E4P A; 2JHE A; 5IS1 A; 1OJ5 A; 4EW7 A; 2INW A; 4R38 A; 3F1P A; 3F1N B; 3A0V A; 3CLO A; 1TS7 A; 1EW0 A; 4HIA A; 5G4Y A; 2PD8 A; 2PHY A; 3LID A; 2V1A A; 3IBR A; 4EEU A; 4L9F A; 1S67 L; 2CMN A; 2YKF A; 3H9W A; 4EER A; 1NWZ A; 3SW1 A; 1OTI A; 1N9L A; 1T18 A; 3K3D A; 1OT6 A; 4H6J A; 1P0Z A; 4L9E A; 3ICY A; 2Z6D A; 3MQQ A; 1S1Y A; 2PR5 A; 2HV1 A; 3RTY A; 3LUQ A; 3LIC A; 4WUJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3NOP C; 4E3K A; 4S2L A; 3CMZ A; 1J3W A; 3IX4 A; 2A24 B; 5F1G A; 2OV5 A; 3NDG A; 3KZJ A; 4WF0 A; 1IYS A; 3JVU A; 1Q2Q A; 3QHY A; 1PZO A; 3NY4 A; 1ONH A; 3FG8 A; 4L9G A; 4YWZ A; 4Y0O A; 1U5M A; 2VJW A; 3ZFZ A; 4X25 A; 3JYI A; 2GDN A; 4P0M A; 2VK3 A; 5DVA A; 5E43 A; 4O0P A; 4PM9 A; 2A3U A; 3R7W A; 3GOV A; 3EGX C; 2BLS A; 3GVB A; 5FDS A; 1HCC A; 5I5L A; 5HWW A; 1H3Q A; 1LSW A; 1KE0 A; 4JXG A; 5IHV A; 5F82 A; 3ZCZ A; 5KZH A; 2QY0 A; 3I7J A; 2FZ0 A; 1Z09 A; 5CEB A; 5DTS A; 5HYU B; 4WL9 A; 2WYX A; 1VVC A; 5F83 A; 5HAI A; 3BM6 A; 1J9M A; 5CGX A; 3WS2 A; 3ZVW A; 1NRF A; 3DTK A; 1HTZ A; 1DP9 A; 3VE4 A; 3A3I A; 4N1H A; 3Q07 A; 3HUO A; 5G18 A; 1PWD A; 1SCW A; 2DNS A; 4RA7 A; 5HAR A; 5FEF A; 3T1S A; 2W3D A; 4K0X A; 1MZU A; 1YPR A; 2XRB A; 3C38 A; 3UN7 A; 1SRZ A; 1G4G A; 1E3U D; 3H7W B; 3T4S A; 3BY8 A; 1JTG A; 3NEC A; 4P87 A; 1NZO A; 2FFF B; 4PZ5 A; 4ZJ2 A; 2O39 C; 2H0Y A; 3EQU A; 3JPU A; 1FCO A; 3OP8 A; 2V0W A; 3E0Y A; 2VGK A; 1XA7 A; 5FQQ A; 1LI9 A; 2BG1 A; 4FOF A; 3U4L P; 1W5D A; 4BD1 A; 3HLF A; 3IWQ A; 3BJN A; 3BQA A; 2W3G A; 3ZYT A; 3CJM A; 2Y2K A; 1ACF A; 4Y7P A; 3UB8 A; 4G3W A; 1YLP A; 3ISG A; 4S2M A; 4GD8 A; 3HLE A; 4XT2 A; 3T1R A; 2L0W A; 2ZL1 A; 4KZ7 A; 4ARZ B; 2M7U A; 1YM1 A; 4PKY G; 1BZA A; 4OPY A; 3PYP A; 2DMW A; 4IUK A; 2JRA A; 4E3M A; 1ERO A; 2VGL S; 3K3C A; 3U2A A; 3BFG A; 2PBD P; 3T4K A; 5TR7 A; 4WEJ A; 5F5Y A; 2IZ4 A; 1HFH A; 5IT5 A; 3NDE A; 2A49 A; 2V20 A; 4JXW A; 2PYP A; 4FD8 A; 1T19 A; 2HJ9 C; 5MC7 A; 3TRC A; 4WZ4 A; 2K7S A; 3AGF A; 5EEC A; 4GB7 A; 4O01 A; 5HSQ A; 4YNX A; 4QD4 A; 3RXW A; 4MEZ A; 2WAD A; 3FWL A; 3O5Y A; 1H5X A; 3V50 A; 1MKI A; 3N8L A; 3ZD2 A; 3KSI A; 4HH2 A; 4WEL A; 4X6T A; 4DMZ A; 2J8Y A; 4X55 A; 4FCF A; 2D02 A; 2UV0 E; 5TFQ A; 5F1F A; 3Q7V A; 4S2N A; 3ZG9 B; 5I94 A; 4WJG 2; 1HLU P; 4RQ9 A; 4HJ3 A; 4UQI S; 3T4L A; 1K57 A; 1DJA A; 3INB C; 5J3W A; 4H6J B; 5HDS A; 1MD7 A; 2EX6 A; 4CSY A; 2ZC4 B; 1G5U A; 4NXE A; 3C7V A; 3HLG A; 4S2O A; 3GR2 A; 5E2F A; 1FSY A; 5EM1 A; 3WS4 A; 3CUE A; 3GV9 A; 3IF5 A; 5A91 A; 2OWJ A; 1L3L A; 2HJE A; 3UPO A; 3D72 A; 1H2P P; 1RGZ A; 2R78 A; 1T1A A; 4GJ4 A; 1K57 C; 1K56 A; 1QMF A; 1XJ3 A; 2QJ7 A; 3DTM A; 1BLC A; 4OQ0 A; 3WS1 A; 3D4F A; 5D3O A; 1PRQ A; 2ACG A; 4F3L A; 4LRY C; 3SS3 A; 3PBN A; 5EUA A; 3UPN A; 4HP4 A; 1GHP A; 2JKG A; 3FKW A; 3ZRZ A; 4JGR A; 4KZ9 A; 4DKI A; 3IS2 A; 1KE3 A; 3V67 A; 2W0N A; 3WWX A; 4Y0T A; 2ZD8 A; 4D60 A; 4LRX C; 2ZBB A; 3ZNT A; 5J4E A; 2L4R A; 4ZRR A; 2FFY A; 4ME4 A; 4NG2 A; 2WGW A; 3IXD A; 2JKT I; 2KDK A; 5AVE A; 5J8X A; 4EES A; 1YT4 A; 3UB9 A; 4PO7 A; 1XKZ A; 1RLH A; 4ZJ3 A; 2ZOH A; 4E3J A; 5DF8 A; 3MZD A; 3RJU A; 1AXB A; 4QU3 A; 3VV4 A; 3C2W A; 3KYZ A; 4S2P A; 2V9A A; 3OOV A; 1GKG A; 1XA1 A; 3T4O A; 4DJ2 A; 1DRM A; 2A55 A; 4AYI A; 1F98 A; 2VV8 A; 3T1Q B; 4DJZ A; 5EVE A; 2J3W A; 3FC7 A; 4BBV A; 4LOT A; 5HD3 A; 2GZA A; 4QY6 A; 3S7N A; 2OLU A; 1FIK A; 3S22 A; 4B2S A; 4AYM A; 1GHM A; 2QJ5 A; 3P98 A; 1PI4 A; 3UPP A; 4MN6 A; 1W8Q A; 3LGO A; 2JKF A; 2XR0 A; 4N9L A; 4MBK A; 1MY8 A; 2RLP A; 1UGU A; 4R0Q A; 3WSX A; 5BOH A; 4BL3 A; 4OOL A; 1IYO A; 4JHS A; 4DDY A; 2JE5 A; 1YLW A; 1SKO B; 2XF3 A; 1ZG6 A; 4Y17 A; 1EI5 A; 1HFI A; 3R4K A; 4XT2 B; 2WKH A; 5GLC A; 1VEU A; 2Y55 A; 2HZ5 A; 3OCL A; 3E4P A; 4MMN A; 2W80 A; 2DCF A; 1K56 D; 4RVA A; 1KDS A; 3T1X A; 3Q82 A; 4HIA A; 5JYP A; 2PHY A; 2P9V A; 4FTX A; 4O8G A; 2CMN A; 3H9W A; 4EER A; 4N92 A; 4YIZ A; 3KSF A; 2KMS A; 1NLZ A; 5FAP A; 1C1Z A; 3CG5 A; 1YLZ A; 4LV2 A; 1NRJ A; 1C3B A; 5M19 A; 4MLL A; 3VOY A; 3ZG5 A; 2P08 A; 2Z6D A; 3MQQ A; 3PXP A; 2IZ3 A; 3PR6 A; 1P9R A; 2CG7 A; 5CEC A; 2J7V A; 1YSP A; 1LI0 A; 4Y13 A; 5HZP B; 2J3T D; 4E6W A; 3M6B A; 1ELV A; 1VET A; 3GTC A; 4GDN A; 5TGF A; 2XWJ I; 5EE8 A; 1XJ6 A; 1PWC A; 2W3H A; 4ONT D; 2ZYC A; 4GS9 A; 4O7D A; 3L9K A; 1QME A; 4JGP A; 3SOI A; 4HY8 A; 2WKQ A; 3C4O A; 1K38 A; 1XGI A; 2ZLY A; 4ETX A; 1ALQ A; 4PPR A; 2Y2L A; 3Q7V B; 4KZ5 A; 3MXS A; 3VP4 A; 4DF6 A; 1KOU A; 2JBF A; 2XWB F; 4HQA A; 5GHZ A; 1CJF A; 1WYC A; 4JKT A; 2VKS A; 2R9X A; 4R4R A; 3P01 A; 2ZQA A; 3OED C; 4LFU A; 3EEA A; 1IKG A; 4R6L A; 5F68 A; 2WKP A; 2ZOI A; 1IYP A; 1HZO A; 5EM0 A; 3VP1 A; 1W63 M; 1X0O A; 3A0S A; 2Y4A A; 3WS0 A; 4FH2 A; 2WK0 A; 4LV3 A; 1M6K A; 2JKT M; 5HDC A; 3DBA A; 4DXC A; 5CGS A; 2ZQ8 A; 3VSL A; 2H28 A; 1T1B A; 4HJ6 A; 3SH9 A; 3LYX A; 1G6A A; 3PBT A; 3N8S A; 3MS6 A; 4F3L B; 2LOJ A; 3LIF A; 3KXV A; 1SDE A; 1F5M A; 1ERQ A; 2XD1 A; 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