3NMUA

Crystal structure of substrate-bound halfmer box c/d rnp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
366
structure length
366
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDVDKVINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIDRLYQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 117
structure length 366
sequence length 366
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nmuA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nmuA01
3GQUA 2NNWA 3T7ZA 3SIVB 3GQXA 3NMUA 4BY9C 3NVKA 3ID6A 5GINA 1NT2B 5GIOA 3NVIA 5GIPA 3PLAA 2OZBB 3SIUB 3NVMA 3ICXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJ4A 2ZJRL 1YTAA 2G8VA 4EP4A 4B9MA 4JKGB 3AO4A 3JSMA 1LWFA 3BF3A 3SBTA 1YVNA 3O8MA 3F2KA 3ZT0A 1VQNN 1VSMA 3SUNA 5B8HA 5HOOA 3BF1A 4YOYA 1VSDA 4W5RA 1FKPA 4BC5A 5GAGP 3KLIA 2EFCA 3U8XA 5K14A 4X66K 4H4MA 2XY5A 3QNOA 3B6PA 2P51A 1RT7A 4CF1A 4CJSA 1BOTO 1KFDA 3CMEN 3DXKB 5DBYA 1TUUA 3CFPA 4K2CA 3NE6A 4QOZB 1RT6A 3SQ0A 4AHVA 1TKDA 2O8CB 3GBTA 3SAFA 2HHHK 4HVJA 4LFBK 2KZMA 2HBMA 5FDLA 4OKKA 3OVNA 3CERA 2OPRA 3DRRA 3NH2A 3LU6A 3AO1A 2A6AA 3FZKA 4IDHA 1SL2A 4FJLA 1TKXA 3TANA 5C15A 1BQMA 1RBRA 1HKGA 4FJ7A 5HROA 1CXQA 1JLFA 1VSHA 1NJIO 3QEVA 2O8EA 4FPAA 4WA6B 1NJYA 3DRSA 4JI2K 2AJEA 5HRPA 4A5AA 1KD1O 4NXMK 3KD1E 4M70B 3VQAA 3W3DA 1KXPA 1T44A 2BXCA 3CI5A 2OPQA 3QMLA 2RPIA 4HTLA 4JRQA 2W6KA 4PUOA 4Z69A 4WF9L 4J2EA 1HNZK 4IWVA 5I3UA 4JKEA 5M1QA 3KWGA 3BDPA 3QFPA 4FZYA 1D4XA 3H37A 5EX5A 4DTOA 3S3OA 1JNBA 4BRGA 3L6QA 3TU5A 3HPOA 4B9SA 1C1CA 3LALA 3QDKA 2BE2A 1NKEA 2QA4N 5CYMA 2VGNA 1TK5A 3QFUA 5LMUK 2GUPA 4A59A 4DS4A 5B5TA 3M3ZA 3WEEA 4O8KA 4NYNA 2PY5A 3WXKA 1QS4A 4O8UA 4KFBA 4BGBA 3KIKA 1FJGK 3ASMA 3HT3A 4KHPK 3SZ2A 2HMIA 4ZTJA 1TAQA 4J2BA 4CHNA 5GIPA 1HYSA 5ADXH 3K0SA 1NK0A 1XMOK 3BZCA 3L2UA 1T3VA 3M1FA 3OYJA 4FL9A 1HQEA 4LH5A 3M5RA 2NRHA 3ISNC 3A5MC 1D9FA 3MN7A 4IFVA 1YJWN 4E1NA 1OVYA 4H5WA 3ZEUA 1ZBFA 1QSSA 2ITGA 4C8LA 2IVOA 4CD3A 4CJTA 3RWUA 2R7YA 3BZKA 1RT3A 4GMJB 1TV6A 1TUYA 4JI1K 5BRHA 2O8CA 1NGBA 3O9UA 4CEQA 2GWKA 3HSTB 4M7YA 3V9XA 4O0IA 3ZSOA 1IH7A 3P1GA 3NFAA 4KB1A 4HUGA 3AAPA 3VQ5A 1HNVA 4CGDA 3BP8A 4LH4A 4FLUA 1IV0A 3SIVB 4CJPA 1KAZA 1EKEA 3TTFA 3CM5A 1BWFO 5DMRA 4DM0A 2AP1A 4O5BA 3NBPA 2D0BA 2P9PB 2YNGA 1DTQA 3AVIA 5AQYA 3VQDA 4FK5B 2ZGYA 3KTQA 1RTIA 4KH6A 4F2RA 4B9TA 4JNEA 5GAHP 1UWBA 4U67L 4DV6K 1KLNA 5A2QO 1K73O 1KDXA 1XQSC 1GLBG 4GDKB 1HMVA 1MWMA 3CHWA 3LPUA 4V19S 2AA4A 4Z4EA 3FR0A 5BREA 2FF6A 4LSLA 4ISFA 1L3SA 4DV3K 2KTQA 1JKHA 3HPHA 3CJBA 4JS5A 4DTUA 3VQBA 4GDXA 2BXQA 3L2VA 2WFBA 4N56A 3M8PA 1KW2A 3CCJN 1LWEA 5C25A 4W4UB 3AGKA 4FJKA 5IFOA 1S22A 1SQKA 3C94A 3UKRB 4I7FA 1KFSA 5KPRA 3HVTA 4FJXA 4FOEA 3VESA 3LL3A 4JYAK 3J8AA 2GTDA 3QO9A 1JJ2M 4ICLA 2ATQA 1VQPN 3OYHA 2XVQA 1CZ9A 2ETJA 4NO7A 3VPZA 3B9MA 3M99C 1H1VA 3FZMA 4DU3A 1L5UA 2E8AA 5CYQA 3VETA 5E84A 3S9HA 2E1ZA 1NGHA 3NGZA 2DBXA 5SWMA 1NOZA 1Y64A 3VQ9A 1ZBIA 3KLGA 4C8NA 4LC9B 4DB3A 4MLEA 5HL7L 1X9MA 4FSVA 1JCGA 1WAFA 3W0LA 3HSCA 3VN5A 4B08A 2QKKA 4DU1A 4ZHRA 4XH4A 1XHXA 3CIPA 3SYZA 4ILJA 4RW9A 1U2VA 4YOWA 4BY9C 1VSEA 3N4PA 3VQ6A 4BE2A 3RMAA 5GINA 1X3MA 2IAJA 1DLOA 2P9PA 1MIVA 4IJAA 3C6UA 1O9XA 2P9SB 4BRDA 1TL3A 3N4QA 4YFUA 4OR0A 1JL2A 1LW2A 4N76A 3LDPA 3FLCO 1IG8A 1NGEA 2KWFA 5JMVA 4CK1A 3OYKA 2HNDA 4DQQA 4FJ8A 2FBXA 5FRMA 3OHRA 4GY2B 5HRRA 5C42A 3DLBA 4DSKA 1E7CA 1SL0A 2HVHA 1BIUA 3T69A 2RE2A 4CI6A 5J2MA 4OVLA 1GLEG 4DV4K 2XMOA 4DR2K 5FRNA 3CPEA 3ATUA 1X9SA 2YNHA 4FWSA 2G8UA 3P38A 4MLHA 1YT3A 3VQ8A 5LJWA 3FNMA 4FWKA 4IOCL 3I56N 3UKRA 3C6TA 3IUCA 1VK0A 2VGMA 1IBMK 2CKXA 2BXEA 3O80A 1MUHA 3VEVA 1ASWA 2PFUA 4IDKA 3KWIA 2PZSA 2ZQBA 3SQ1A 4GDLB 5FPDA 4KH5A 4DSFA 1ZYQA 1GOCA 3AVGA 3VTHA 2P9NA 3O1WA 4N0UD 4PWDA 4B3SK 3SI6A 2QW9A 4R5PA 4DSIA 3I8BA 4FJCB 3B8AX 1GLJO 4D7XA 2E5LK 3MN5A 2BTFA 1A5VA 2BANA 4H0PA 1Q9XA 3TSUA 4DTRA 2GV9A 4JKBA 3MN9A 3LP1A 1BIZA 5IJEA 2BH1A 2ZF5O 4JKDA 1TVRA 3SK3A 4HCBA 2HSTA 4OPHA 2XSIA 1B92A 2JGUA 3OYDA 3CYMA 1HKCA 1ILYA 3F9KA 1KVCA 3SPYA 2HBJA 1BJ5A 1H5WA 1YAGA 4CHQA 2VDBA 3ID6A 5BR9A 4LFAK 3PO4A 3HVRA 4IG0A 2A1RA 1OH7A 4Q0BA 3SAHA 4FWMA 2OZBB 1RT4A 1HNIA 5HRSA 3ZLJA 3HM8A 4G01A 1KSPA 4H0TB 1N5YA 4DR6K 3IFRA 4I2QA 4L8RB 4WQ5A 3SV4A 3ZSZA 3E9OA 2DBWA 2QKBA 3D2EB 3S41A 1JXBA 4CK2A 4LD0A 2BXPA 1HYVA 4E19A 4MO4A 2A5XA 1N32K 3P31A 5AQSA 4NCBA 5JLHA 1JLQA 3QLHA 5DQFA 3TTCA 3OA9A 4CERA 5AQLA 1L3TA 4C1NK 2IVNA 4DG1A 2HHUA 4DCHA 2HNZA 2LSNA 3DI6A 4Z4CA 1TK8A 3V9ZA 3PLAA 1OVQA 1ATSA 4PKHA 4CGGA 4A57A 5LMNK 1CLQA 5IJ5A 4BC2A 2B4JA 4CIGA 1WSEA 1E7BA 3VF4A 4G9ZA 4CF0A 4DFKA 4I6MB 3D7EO 4CZIA 2QMCA 3SQ2A 4CJ5A 3CG7A 3DAWA 1KVAA 3C7NA 1KLMA 1HQUA 3ECPA 2P9UA 1G15A 3SPZA 4KPYA 1HPMA 2G8HA 2F4VK 2QM1A 3A5LC 1UA0A 1GNJA 4E0DA 4W5NA 3MHSB 4H5NA 2Z1HA 3TI0A 4C1NI 4K8XA 1C0UA 2BXFA 3FWBC 4M3RA 1SKRA 4C8MA 2VWBA 1LOTB 4KKOA 1IBLK 2Q31A 2RN2A 2BGGA 4CESA 4FPBA 4J2DA 3O9SA 4KREA 1T03A 4KHNA 3NVKA 2J4RA 1BU6O 1JCFA 3D2FB 3MN6A 3SUOA 3KK7A 4JK7A 4W5TA 5CY4A 3NF6A 1Z6RA 1U49A 4CBXA 3KJVA 2EFDA 3ZSYA 1RT1A 4FJHA 3EL2A 4IBNA 2KBZA 3VEZA 1WBBA 3CF5L 4DUZK 1XC3A 3CCQN 1T6CA 5M1KA 1K8AO 1VQ5N 2EFEA 5EOYA 4CZJA 4FLZA 4IEIA 4O55A 4DSEA 1RBSA 5C2DA 1S9GA 4N0FD 3AARA 3V9WA 4L9QA 2NUBA 4Z4HA 1RDCA 3CQYA 3ZSQA 2P9LB 3KK2A 5AQJA 4B9QA 4I9LA 2EHGA 4CF2A 2IOCA 4FVMA 4H8KA 4B8CA 3QB0A 4ID1A 3DOLA 4YORA 1KAXA 2O8FB 4WQ5C 3UIVA 3CXCM 4M3TA 1D8YA 1V4SA 3OYNA 4IW1A 3AO5A 2Z8JA 3WXLA 5HBMA 2P9KA 2UYTA 3RR7A 1BDGA 2YJFA 4FOIA 2DTUA 2GWJA 3IKMA 1HJOA 4RCHA 2Q0UA 4DFPA 5CR4A 4JI7K 5AQGA 2EX3A 3THYB 2ASPA 4B1UB 5C12A 5J2PA 3NH0A 3DYAA 2DPNA 1KAYA 3AVCA 1ZBHA 3TSQA 1HNWK 1YXQA 4C23A 4JKAA 3HI0A 1RBUA 1NK9A 4FW2A 4YOXA 3HM9A 4DLGA 3G71N 3PIOL 1VQKN 4JI0K 1NJWA 3ALYA 5KPTA 3CCVN 4FIPB 1NBWA 5ID9A 3UKUB 1ZXOA 1X1PA 3THXB 2VG7A 3VENA 5KQ8A 2H3GX 3EO3A 4XH5A 3QEPA 1WLJA 1YITN 1NK7A 5E41A 2DG5A 1LOTA 5EXWA 1SZ2A 4GV3A 1J9AA 4BRCA 3HYFA 3KVGA 4JAXA 2VWKA 3MX2A 2V36A 1MWKA 5LJVA 4GVEA 4OLBA 3HP9A 4WCEL 1EWQA 4EIAA 3VA0A 4DQPA 3DLRA 4CJ3A 1MA9B 1EO1A 1EX4A 4WE1A 3ZT2A 3OTOK 3THVA 4GKKK 4DTXA 1IO2A 2QWLA 3ZCMA 3VTIA 2HHTA 2FSNA 4GV9A 2PYLA 4ILHA 4H0XB 4IFYA 1QQOA 1NKBA 5KPZA 2F8TA 4CEFA 3WXJA 2BXBA 4ZCGA 3HPGA 2FXUA 1EXQA 2CGLA 1NKCA 3V09A 1IKWA 3CC7N 1HK3A 3BGRA 4ELTA 3DXMA 1C0TA 1VQMN 4DQ8A 2VUFA 2OZMA 5BPNA 4PY5A 5BPMA 5M1FA 2I5JA 4DTMA 4DV5K 1WN7A 2QI2A 4CJUA 1S6PA 4JRPA 1QVGM 5J2QA 1VQ9N 5AZIB 1VRUA 4H4OA 3ATVA 2DYMA 2O4IA 2BXDA 3E01A 3LDLA 3MAQA 2BX8A 3NH1A 2QM6A 3U3YA 1U6ZA 4PKIA 3JYTA 5EVZA 2A1SA 2W6LA 3T1YK 3R8EA 1S9EA 2IGIA 3TR8A 3OBYA 2WOMA 3H45C 2HHSA 2NRZA 2XRIA 5J1EA 1ESVA 5E26A 4CBWA 1LAWA 1R59O 1NMDA 4CEAA 4L9KA 3ULDA 2FSKA 4E7HA 4DR4K 3VQEA 4ZUXV 1J78A 5ADXA 2KFZA 4ID5A 3L2QA 1KCFA 4BQZA 4TQ0A 1RTHA 2V7ZA 3RVCA 3AVJA 2FBVA 3MXMA 4FK4A 3NAEA 4LF7K 3LDQA 4FW1A 4JHDB 1LCUA 3Q7CA 1CZBA 3A0IX 2ZM6K 2KHOA 4F5VA 3HOTA 1VSIA 5FPNA 4DQIA 4WFNL 4KO0A 3MEEA 4BR0A 4AH9A 4JKGA 1HLUA 1WOQA 1Z26A 3MK6A 1NM1A 4A2BA 3A5OC 3MCAB 3NF9A 4R79A 1N6QA 4KH4A 3AVFA 3CC4N 3MHHB 3O4QA 3I33A 3BY5A 3DOKA 1WSFA 1ATRA 4RW7A 1E7EA 4O44A 3LWLA 3OYBA 3SLCA 2KFNA 2OZSA 1OH6A 2YNIA 3DXKA 1CXUA 1C1BA 4BDYA 2DYOA 1CZAN 3KIOA 1GLFO 3AVKA 3V08A 1NGGA 3R6MA 2Q3SA 5TKYA 3IAYA 3WXIA 2QWNA 4DKWA 4KI6A 4RWTA 3FE1A 5AZJB 2XHBA 1YJNN 3LU7A 2ITMA 4JK9A 5BPKA 2LQIA 3QNNA 3WQTA 2ZJPL 2ZE2A 2NRWA 1HK4A 3QBWA 2GUTA 4DV1K 4HUEA 4EHTA 4JLHA 4B1WB 2IC3A 4M45A 4A2AA 1TYQB 2KLAA 2LXTA 2NLXA 4FM0A 1FOUA 3SUPA 3AV9A 1WSJA 4B3OA 4DTNA 2LXSA 1YJ9N 4PL7A 3J81O 1SKSA 2WONA 5JVHL 1VZSA 3TDLA 1TL1A 2E4LA 4HCCA 3CJ7A 1SB0A 3ZX2A 1T6DA 1RBTA 3LAMA 5FUOA 3K5MA 1EETA 1NGCA 2LQHA 4KHYA 4IG3A 4CJQA 5M1PA 3DRPA 4H5TA 4AILC 4CEOA 3ENOA 1UA1A 2HMPA 3VEXA 3LDNA 1N33K 1YHQN 4M7XA 3MDQA 4B3MK 1XMQK 3MEDA 1B9FA 1BISA 5T7BA 3KHYA 4FLVA 1OH5A 2V52B 3K57A 3B6OA 3WHRA 4GVMA 3H1QA 1LV5A 5AQUA 3L4QA 1C6VA 4IFEA 5BPLA 3ZSRA 2VG5A 1VQ8N 3F9MA 4CZHA 4LF9K 3V1OA 2W40A 4DTSA 3O9QA 2XVUA 4U7BA 3EKSA 4JEPA 2XY8A 4CECA 4RW4A 3MXIA 3OJUA 1R0AA 1E4FT 2G8FA 3K5NA 1G99A 5BR8K 3KLFA 5EY4A 4BR9A 4DWIA 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1ATSA 4WFAL 4PKHA 1K8KB 1N5UA 4A57A 4FWOA 2BXGA 3O6WA 5IJ5A 4BC2A 4BREA 3ENHA 4LUHA 1K9MO 1E7BA 3VF4A 2E1YA 3AY9A 1J6ZA 3OBWA 4G9ZA 4LB9A
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GQU A;  2NNW A;  3T7Z A;  3SIV B;  3GQX A;  3NMU A;  4BY9 C;  3NVK A;  3ID6 A;  5GIN A;  1NT2 B;  5GIO A;  3NVI A;  5GIP A;  3PLA A;  2OZB B;  3SIU B;  3NVM A;  3ICX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CJ4 A;  2ZJR L;  1YTA A;  2G8V A;  4EP4 A;  4B9M A;  4JKG B;  3AO4 A;  3JSM A;  1LWF A;  3BF3 A;  3SBT A;  1YVN A;  3O8M A;  3F2K A;  3ZT0 A;  1VQN N;  1VSM A;  3SUN A;  5B8H A;  5HOO A;  3BF1 A;  4YOY A;  1VSD A;  4W5R A;  1FKP A;  4BC5 A;  5GAG P;  3KLI A;  2EFC A;  3U8X A;  5K14 A;  4X66 K;  4H4M A;  2XY5 A;  3QNO A;  3B6P A;  2P51 A;  1RT7 A;  4CF1 A;  4CJS A;  1BOT O;  1KFD A;  3CME N;  3DXK B;  5DBY A;  1TUU A;  3CFP A;  4K2C A;  3NE6 A;  4QOZ B;  1RT6 A;  3SQ0 A;  4AHV A;  1TKD A;  2O8C B;  3GBT A;  3SAF A;  2HHH K;  4HVJ A;  4LFB K;  2KZM A;  2HBM A;  5FDL A;  4OKK A;  3OVN A;  3CER A;  2OPR A;  3DRR A;  3NH2 A;  3LU6 A;  3AO1 A;  2A6A A;  3FZK A;  4IDH A;  1SL2 A;  4FJL A;  1TKX A;  3TAN A;  5C15 A;  1BQM A;  1RBR A;  1HKG A;  4FJ7 A;  5HRO A;  1CXQ A;  1JLF A;  1VSH A;  1NJI O;  3QEV A;  2O8E A;  4FPA A;  4WA6 B;  1NJY A;  3DRS A;  4JI2 K;  2AJE A;  5HRP A;  4A5A A;  1KD1 O;  4NXM K;  3KD1 E;  4M70 B;  3VQA A;  3W3D A;  1KXP A;  1T44 A;  2BXC A;  3CI5 A;  2OPQ A;  3QML A;  2RPI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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