The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
39
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sequence length |
123
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structure length |
123
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Chain Sequence |
SAQLEGSYIFCMNPLLDKLSDEDIREQLKAFVTGKTDSIRTDTELSFDIYVSETDYALIRYADSLCERLNDAGADVQIKQYSGTMLRSRAVSGKYEAFLSESDLVSTDALENADYIILDSAEM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a putative peptide binding protein (RUMGNA_00914) from Ruminococcus gnavus ATCC 29149 at 1.60 A resolution
rcsb |
| molecule tags |
Peptide binding protein
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| source organism |
Ruminococcus gnavus
|
| molecule keywords |
putative peptide binding protein
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| total genus |
39
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| structure length |
123
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| sequence length |
123
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-06-25 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NOH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4WEP A; 2XA5 A; 2DVC A; 4YIC A; 2DS9 A; 3SET A; 1B0H A; 2A5T B; 5I2N B; 5I2K B; 1ZTY A; 2XX7 A; 1IXG A; 2Z8E A; 2UVJ A; 3KN7 A; 2OK2 A; 2QPQ A; 1NNP A; 4KI0 E; 4NED A; 1A40 A; 4FEB A; 3T96 B; 5TPA B; 4ISU A; 5J16 A; 1LFI A; 5AA2 A; 2NOO A; 2Q89 A; 3B50 A; 3KOS A; 1H45 A; 5EQ7 A; 1R9Q A; 2HXW A; 3V83 A; 1B1H A; 2FNC A; 4R75 A; 3H3G A; 2GQ1 A; 5H8F B; 4Q8R A; 1FQC A; 4RPN A; 1DPE A; 4F1U A; 4U21 A; 1GR2 A; 1FPB A; 2RF1 A; 1SW5 A; 3ZKL A; 4ZEB A; 4G8H A; 1N7X A; 3TQL A; 5AA4 B; 4G8N A; 4R74 A; 4GX3 A; 2UVG A; 4Z7E A; 1G0I A; 4HTG A; 2QVR A; 2NVU B; 4ONY A; 5CRY A; 4YZZ A; 1A8F A; 4MFI A; 5HBC A; 5IKB A; 2A5T A; 5DYH A; 5I2N A; 5I2K A; 1FQE A; 2QS3 A; 3SER A; 3HPI A; 3TTK A; 5I5P A; 1N84 A; 1IIT A; 5AA3 A; 3UIF A; 1GGG A; 1OLC A; 4LQ5 A; 1B4H A; 4KD5 A; 1S9T A; 1HSL A; 2PFY A; 5ET6 A; 4POX A; 5TPA A; 1FCK A; 1B58 A; 4GWW A; 2DVZ A; 4LP2 B; 1MY3 A; 2P3N A; 5H8F A; 4EUO A; 3C36 A; 4RK2 A; 2XD3 A; 3EHS A; 5AA4 A; 4XKN A; 3MUQ A; 3LBS A; 2Y7R A; 4JWO A; 4YMA A; 4QSE A; 5CBS A; 4M4G A; 4O3C A; 5AA2 D; 3PUW E; 2Z8D A; 1H3D A; 4R6Y A; 1D9Y A; 3IOW A; 1LBZ A; 4GWY A; 1QVS A; 5I58 B; 3S4U A; 1LAG E; 4F19 A; 1DBZ A; 1MQI A; 1D9V A; 2GHA A; 1NV7 A; 2NWJ A; 3MQ9 A; 1IMC A; 4QRZ A; 2O51 A; 1JVX A; 1DTG A; 1AIV A; 3FZV A; 4GL0 A; 3TZA A; 4ZS9 A; 1XT8 A; 1Y3N A; 4F2O A; 3LSL A; 3H7M A; 4XIG Q; 3D4G A; 1A54 A; 1LCF A; 1K9Y A; 1FW0 A; 1B7Z A; 1FTL A; 1PC3 A; 1D3K A; 1IME A; 4ESW A; 1YTV A; 1H76 A; 1L5T A; 3P7I A; 2FIE A; 4JVD A; 4C0R A; 4R6K A; 5I7I A; 5M2V A; 1LB9 A; 4R2B A; 4GWS A; 3E78 A; 1PBP A; 1VFE A; 4PGP A; 3T66 A; 2ZXT A; 1WVJ A; 5I58 A; 3S9E A; 4H8J A; 3V89 B; 4BDQ A; 3F11 A; 2R71 A; 4WXJ A; 4R2F A; 4LZ8 A; 2XXU A; 1NNT A; 1S7Y A; 1DOT A; 5I56 B; 4H5G A; 1MM6 A; 3DP4 A; 4JSD A; 1UTB B; 4NE4 A; 3C31 A; 1N3W A; 3SEU A; 4DXB A; 3ZKK A; 4POW A; 2REJ A; 4Q0C A; 4QSC A; 4Q5T A; 3FBP A; 4U22 A; 4LUB A; 5I57 B; 4OFO A; 4BDL A; 1MXW A; 5H8H B; 4OXV A; 3EQ1 A; 2UYE A; 5FHO A; 3BIG A; 4NQ8 A; 1QGX A; 3LSW A; 4XTC Q; 3UGW A; 3W15 C; 4WED A; 2OWS A; 3O28 A; 3TCH A; 4HE1 A; 2Z22 A; 4JWY A; 4I3E A; 3LC8 A; 1QUJ A; 4C1T A; 2PFZ A; 3K00 A; 5CMM A; 4IY6 A; 3TQW A; 5JEI A; 5I56 A; 3RPW A; 1SW1 A; 3GBB A; 1UTH B; 2I6E A; 3H6T A; 4XEQ A; 4N6D A; 1UTB A; 4OES A; 2ZZX A; 4H67 A; 1P1O A; 2O1M A; 3THI A; 2VD3 A; 1B52 A; 1B3G A; 3B6W A; 3CFL A; 1MQG A; 4PBH A; 5I57 A; 3MST A; 1DPP A; 1VFD A; 2B4M A; 5H8H A; 4LON B; 3USD A; 3H4Z A; 3TCF A; 4EQ9 A; 1FBD A; 1EU8 A; 2LAO A; 3FXQ A; 2NXO A; 4P8B A; 5CMB A; 4FAJ A; 4OA4 A; 1O63 A; 2O68 A; 4YAH X; 5DW8 A; 1FTA A; 1SW4 A; 3MZ9 A; 2VHA A; 4ZEF A; 4OZ9 A; 3LR1 A; 1UTH A; 1NUZ A; 2I49 A; 3MBP A; 3BBR A; 3PPO A; 3U72 A; 3PUY E; 3DP8 A; 5KDT B; 3N5L A; 1MY0 A; 4MCO A; 3PPR A; 3B8B A; 5HPQ A; 1XOC A; 1ZBM A; 1LFH A; 1LAH E; 3EKI A; 4KCC A; 3KBZ A; 4FIM A; 4U4S A; 1Z7M E; 2XXP A; 4ZZE A; 3VVF A; 2O7I A; 4RK9 A; 3OSQ A; 4KYS A; 4N07 A; 4AS5 A; 1LEV A; 2F6P A; 2HZK A; 1FRP A; 1IMA A; 3OEK A; 3UOR A; 1AH5 A; 2F36 A; 1SI1 A; 1US4 A; 1IXH A; 3BIH A; 4LAT A; 3OEM A; 4JVC A; 4GLI A; 2CZI A; 4Z0I A; 3K6U A; 4MNC A; 1BLF A; 4YMB A; 3IFA A; 4N17 A; 3FAT A; 3E3K A; 4MX6 A; 1MH3 A; 1KA0 A; 5KDT A; 4X1D A; 4AQ4 A; 1NV1 A; 3G3G A; 1II5 A; 4MH5 A; 5LOM A; 1DK4 A; 2ZYO A; 3FGS A; 4R9F A; 5ICQ A; 1B46 A; 3FJM A; 1BP5 A; 3UP9 A; 4QFN A; 5T3J A; 4E0X A; 1POY 1; 1J1N A; 2HFB A; 3RPL B; 4MLV A; 4OFJ A; 3RY3 A; 2WEF A; 4P47 A; 4DDD A; 3VE1 B; 5F24 A; 4H5F A; 4HS7 A; 4OYV A; 2DE4 A; 2Y7W A; 1EYJ A; 4EDP A; 2R8T A; 2FIX A; 1B3H A; 4NF6 B; 3O6G A; 3TPA A; 1P1N A; 1KZ8 A; 3A29 A; 2XXV A; 4JSO A; 3LSF B; 1S50 A; 5CC2 A; 2WBB A; 5ITO A; 2MKZ A; 1N04 A; 3WAE A; 4OQO A; 3Q28 A; 4PGN A; 4MHF A; 3N26 A; 3MAM A; 1B4Z A; 3HHG A; 4OTE A; 4AB6 A; 3IOU A; 5EQ8 A; 3FXB A; 1PDA A; 3PUZ E; 1EZO A; 2B65 A; 1RDZ A; 2DSF A; 3RPL A; 3SKP A; 4HE0 A; 2ONK E; 3IO4 A; 4IB2 A; 3C4M A; 2DDK A; 3CG1 A; 3ECR A; 2PYY A; 1FSA A; 3S9M C; 1ELJ A; 2UYF A; 2WBD A; 2XHD A; 2Q74 A; 3MPL A; 4ZED A; 2NUV A; 3OO6 A; 2KQZ A; 4NF6 A; 1YYZ A; 3H6U A; 4FED A; 4NN3 A; 2ABH A; 4RNS A; 3U93 A; 4MBP A; 3TUS A; 4FEC A; 1R1N A; 4E0W A; 3TYH A; 3PPN A; 1XI6 A; 3M3L A; 2V25 A; 2BJJ X; 4EQB A; 1LGB C; 1WOD A; 2XXR A; 1MY2 A; 1ATG A; 3LSX A; 1OIB A; 3KFM A; 3MWB A; 1PB7 A; 4YKK A; 1Q35 A; 4X9T A; 1I6B A; 3G3K A; 1Y1M A; 4P1E A; 4LZ7 A; 3FV2 A; 2H9B A; 2QVU A; 2ZYN A; 1DTZ A; 4HW8 A; 4PDD A; 3C34 A; 2UXA A; 3T9U A; 3G3I A; 2XXQ A; 1JEV A; 2ZYK A; 1URD A; 3QYT A; 4R72 A; 4LQ2 A; 2P0S A; 4K3F A; 4H45 A; 3JZJ A; 1IXI A; 2F35 A; 2A5S A; 3CIJ A; 4OVJ A; 2FYI A; 1AL3 A; 2G93 A; 2O1L A; 1LB8 A; 4F39 A; 1QKB A; 4N91 A; 2W7Y A; 4O7M A; 2L5V A; 3RYD A; 4G68 C; 1D9Q A; 4FE8 A; 2VT5 A; 2QS2 A; 3T9V A; 1IQ7 A; 1SBP A; 3FUZ A; 4MEV A; 3D4C A; 2BJI A; 1OMP A; 1OVB A; 1FBC A; 4BLA A; 1DMB A; 4I9D A; 1BIY A; 4EQ7 A; 3KG2 A; 4FOR A; 4OWD A; 3NOH A; 3K1N A; 3KOT A; 2V4C A; 3A3U A; 1SYI A; 3OMB A; 4F3B A; 4BDM A; 2XXT A; 3SES A; 1G0H A; 1B3E A; 4EF1 A; 1CNQ A; 2WX9 A; 4X1B A; 2QMX A; 5I84 A; 3N94 A; 3R26 A; 3PMV A; 1SQY A; 4FBP A; 4JXI A; 1NV0 A; 3N6U A; 2ZZV A; 1B5J A; 3K1M A; 1NL5 A; 3U1O A; 1P1Q A; 1P1U A; 2HXR A; 1YAE A; 2O69 A; 3DP6 A; 3TCG A; 1KA1 A; 2V93 A; 3S9L C; 3VLW A; 3I6V A; 1DSN A; 2Z8F A; 4RPO A; 2R9J A; 1JQF A; 2FA7 A; 2PBW A; 1POT A; 2ZMB A; 3TEL A; 3MP8 A; 1VDW A; 3A3C A; 5I59 B; 4OER A; 5BUU A; 1NUX A; 1JET A; 4TOZ A; 2X26 A; 2I48 A; 2DWA A; 2I58 A; 4GFR A; 2VGQ A; 3RTW B; 2VP1 A; 4OEU A; 2OCU A; 1MQH A; 1H44 A; 3V5A A; 2F8D A; 1FBF A; 4OEN A; 3VVE A; 4GX6 A; 1PB8 A; 3W9V A; 3MW0 A; 2ANJ A; 4FJP A; 4I40 A; 5FBP A; 5DT6 A; 4PF6 A; 2YPN A; 4YU0 A; 2B3F A; 3ROJ A; 1JW4 A; 1LBX A; 2RC9 A; 3I3V A; 1ZLQ A; 4XFE A; 4KCD A; 4YB5 A; 2O7U A; 4GD5 A; 3TFL A; 2QL3 A; 4Q30 B; 1UIV A; 4H0W A; 5K2Y A; 5KZT A; 4U1Z A; 3GBA A; 4P56 A; 4DIG A; 3IO6 A; 4PAK A; 3I5O A; 3OSR A; 1VR5 A; 5I59 A; 2RC7 A; 4UAC A; 4PFB A; 2Y5L A; 3TDJ A; 1OLA A; 4IO6 A; 3G7W A; 3BFU A; 3K02 A; 1NKX A; 4MMP A; 4ELQ A; 3U92 A; 4H8I A; 1IIW A; 2DQV A; 2DXR A; 5DVJ A; 3MVZ A; 1MXU A; 4JB7 A; 1NNF A; 4RA1 A; 3IB2 A; 1ZKB A; 3IOV A; 1A7L A; 3IOR A; 4PTK A; 4QFP A; 3Q25 A; 2WYK A; 2OX3 A; 1FBH A; 1B3F A; 4F22 A; 2IEE A; 3E13 X; 1BTJ A; 2DYX A; 1XS5 A; 1MPD A; 4F3P A; 4DZ1 A; 1RDX A; 4WKM A; 1TXF A; 3OXN A; 1FTM A; 3C32 A; 3O9P A; 3E79 A; 4XKQ A; 1Y9U A; 3RTF B; 4EF2 A; 1MRP A; 1YPN A; 3PUV E; 5HM4 B; 4HCY A; 3FXR A; 3O6H A; 2XWV A; 3KEI A; 1UQW A; 1QUK A; 3CSG A; 4AB5 A; 4DI4 B; 4QF9 A; 2PX1 A; 4PFI A; 3RN8 A; 3RT6 B; 2DXY A; 3U94 A; 3O97 A; 2HQ0 A; 4O3B A; 1Y3Q A; 5A5X B; 4QBA A; 3TTL A; 4P0I A; 5LDZ A; 3VXB A; 2I3V A; 3L6G A; 1GV8 A; 2AL4 A; 3KN3 A; 3HFU A; 3T1B A; 1M5C A; 2PT2 A; 4KQP A; 4DCX A; 1NUW A; 3VLU A; 3G3H A; 4AS4 A; 1MXZ A; 3PPP A; 2H98 A; 2ZNS A; 3QAX A; 3MYU A; 4MNP A; 4ECF A; 5IZZ A; 4O3A A; 1FPK A; 2P1S A; 1EZ9 A; 1FJ9 A; 1USY E; 1ZIU A; 5ESY A; 1JEU A; 3VVD A; 1FBG A; 1TFD A; 3ODB A; 3OO7 A; 1B3L A; 4UA8 A; 1SYH A; 4MAG A; 3OD7 A; 4QSD A; 5EQ9 A; 1IUD A; 4GL8 A; 2DP8 A; 1QUL A; 4DCY A; 2Y7I A; 3K0V A; 5A5X A; 1ZMG A; 2XWI A; 4YB6 A; 3MC2 A; 4NF0 A; 2Z23 A; 4F1Y A; 1ZJL A; 5DEX B; 5TP9 B; 3GYY A; 2KLF A; 5DVF A; 5L9S A; 3ONM A; 3IB0 A; 3K2D A; 5ELV A; 1FPJ A; 2VPO A; 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3K1P A; 2HEU A; 3PV0 E; 1Y4C A; 5FHN A; 3TKD A; 3B6Q A; 3TMG A; 5TU0 A; 4QFO A; 2F5X A; 2HZL A; 4P9K A; 1JW5 A; 1LBV A; 3IJX B; 4NF4 A; 3M8U A; 4ZEI A; 2E0S A; 1YXI A; 1TFA A; 1YCJ A; 1FPF A; 4KXP A; 1NFT A; 4JVI A; 5H8N A; 5IAI A; 2F7A A; 4OMB A; 4OVR A; 4IO3 A; 1NH8 A; 1SW2 A; 3MP6 A; 3IJO B; 5FHM A; 3A09 A; 1MDP 1; 4JBZ A; 4U2R A; 2GFE A; 3M3K A; 1B32 A; 1YZ0 A; 4F18 A; 4DXU A; 1EYK A; 4PBQ A; 1K9Z A; 2QS1 A; 4U4X A; 2CZH A; 4IO5 A; 4P3L A; 2QJE A; 1LCT A; 4GWZ A; 3K6V A; 3DM0 A; 2HCA A; 1RKM A; 5CBR A; 3SEX A; 4XF5 A; 1MXV A; 2PCR A; 1PB9 A; 5EYG A; 2R6G E; 5ISU A; 3KJT A; 1M5E A; 3HST A; 1B7H A; 4YB7 A; 2VD2 A; 3H06 B; 5CMC A; 4HXV A; 4YKJ A; 4HE2 A; 5CMK A; 1MDQ A; 2I0B A; 2Y84 A; 2XD2 A; 1CB6 A; 3T9X B; 5F7V A; 3O29 A; 3IAZ A; 2ZYM A; 4KHZ E; 1B1X A; 2IA4 A; 5CI5 A; 4X04 A; 4QHQ A; 3KN8 A; 1BK4 A; 2AL5 A; 2M8C A; 3RQT A; 1QJM A; 1AOV A; 1FPL A; 4EXK A; 4PQJ A; 2OLB A; 4GWU A; 4P11 A; 3UA8 A; 1NV2 A; 1SDX A; 1MM7 A; 2H5Y A; 1ZU0 A; 4NF8 B; 1N3X A; 1VE4 A; 2OJT A; 5AA1 A; 4LZ5 A; 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