3NVMA

Structural basis for substrate placement by an archaeal box c/d ribonucleoprotein particle
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
355
structure length
342
Chain Sequence
FISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Pyrococcus furiosus
molecule keywords NOP5/NOP56 related protein
total genus 89
structure length 342
sequence length 355
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 3nvmA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3nvmA01
3SIVB 3NMUA 3SIUB 4BY9C 3NVKA 3NVIA 1NT2B 3PLAA 3T7ZA 2OZBB 5GINA 3GQXA 5GIPA 3ID6A 3ICXA 5GIOA 2NNWA 3NVMA 3GQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N5SA 3LDSA 4FXDA 2QEXN 4FVMA 1HJRA 3LDLA 4I6MA 4KTWA 4IEEA 2XW0A 3CYMA 4PO0A 2GUPA 1NGDA 2QM6A 2QWQA 4FM0A 3ATVA 4FSVA 4IKFA 1NGBA 4IFVA 3ZX0A 1X1PA 3EEQA 1OH5A 4IEIA 3K0SA 4FCYA 4MO4A 4KHSA 3MN7A 4CHQA 2E6LA 2RF2A 2LSNA 3AVCA 2A5XA 1QTMA 2YHWA 1WSFA 2P9PB 1JXEA 1NWKA 4DF4A 3TTDA 5M1FA 4DHXB 3LM2A 4FWRA 5GINA 1KD1O 4Z4FA 2E0YA 1KW2A 3SQ1A 4BRGA 4K8ZA 3CCVN 2HVHA 3M99C 1GOBA 3GOIA 1S1TA 3S9HA 3JRYA 1QHTA 3DMJA 3RTVA 2CGJA 5SZTA 4O8KA 3S3NA 4Z94A 1QHAA 4DU4A 1VSJA 3AO5A 4JRQA 5C10A 1VQPN 3DLLL 4CEAA 3W3DA 3SMSA 1VQ5N 3PLAA 4AHVA 1ATRA 4FJ8A 1ILYA 1MIWA 2YX6A 2DG5A 4BDPA 3M8QA 3AVLA 1K8KB 1QE1A 2OZSA 3K5LA 4ZCGA 4JKGB 3O6WA 1RBSA 5AQSA 1NGGA 4BKEA 2WTUA 4OLBA 2O8EA 2W40A 2RHKA 1X9JA 4C31B 3QEXA 4OO1J 5IJEA 2D1KA 1JL2A 1JXBA 4EZ6A 4BRHA 1HLUA 1Y97A 1MU2A 4RW9A 4OVLA 4QS8A 5F1XA 4JEPA 4XEIA 3DXMB 1BDGA 3O1BA 4JKDA 3ZSQA 1IKVA 4FLXA 1SAZA 1IKYA 3PV8A 3TAFA 3NF7A 4A57A 1Q9YA 2IOCA 3QEVA 3ZX2A 1SS6A 3O3GA 4E1JA 2EFCA 4CJFA 4IFEA 1VSMA 3VESA 1DTQA 3ID8A 1IG8A 3GE1A 3ZSZA 4K41A 5KGWA 4CZLA 3F9KA 3V9WA 1MWKA 2FLOA 3D45A 3SLCA 3TR8A 1W2BM 1YTUA 2DY4A 1WSHA 1BUPA 1TYQA 1Q82O 1VQMN 4JI1K 2HB5A 4CK3A 3U8XA 3K57A 2NRHA 3VQ9A 2ZM6K 3MDQA 5GAHP 5FPEA 3WUHA 1ZYQA 1BU6O 2NRTA 2HHUA 3EYZA 2GTDA 3ITHA 5EX5A 3DLHA 1ASUA 1X3NA 3BF1A 3MWTA 3MN6A 3O4QA 3DI6A 3QIOA 1SUQA 1J7EA 3ULEA 4M3UA 4C8OA 3AAQA 1TK0A 3MHHB 4KI4A 3QLHA 4WFAL 4CJ5A 1KTQA 3C6HA 4B9MA 1RT7A 2RPIA 3V9ZA 4M41A 1S1WA 4JKCA 5AJ3K 1KSPA 2XHBA 3VQ6A 5HOOA 2BXMA 2CGKA 4DSJA 3P39A 4O8UA 3ZETA 1OH8A 4Z4IA 5IFOA 4GMJB 3QEWA 3AO4A 5ADXH 3H3OB 5KQDA 3VA0A 4M45A 4YOWA 1KCFA 2ATQA 1RBUA 3PIOL 3BP8A 2FBXA 1VSFA 1LCUA 4NO7A 1NOZA 5AQRA 3UKUA 1VQON 2Z8JA 3SZ2A 1UWBA 2IVOA 4H5WA 1HKBA 2DFEA 4ISGA 2GUTA 3A2FA 3QESA 3VQBA 3THXA 4LH4A 1GLCG 1LW0A 3AVFA 5AQMA 2QTDA 4X66K 1TKZA 3OW2M 1K9MO 1MIYA 3OJUA 4IO9L 3EKUA 3THYB 4DV4K 5KPRA 2BXHA 5ADXA 1IKXA 1XC9A 4WQ5C 3K9JA 3AVJA 3TSPA 3P83D 1HA2A 3CC2N 5KPTA 4IBNA 1JL1A 4H0PA 3V6DA 2BE2A 3AA2A 1EWRA 5F0XA 3OYEA 3KTQA 4EZ9A 3HJFA 4OT2A 1ZBSA 2BXGA 3NAEA 4DR1K 4PKIA 2VG6A 4JK7A 3K5OA 4MDBA 2OCEA 2P9KB 1S9EA 4CE9A 5CHIA 2IC3A 3VQCA 3WNFA 1WB9A 2UUCK 2Q3SA 4E7HA 4K8XA 1NGHA 4IDHA 5AQOA 3KJVA 3WT0A 3CD6N 5M1KA 3HI0A 4GNIA 4YOUA 1OVYA 3ECPA 5AFUH 3MX2A 3N4PA 2ROHA 3T1AA 3L4IA 4CHYA 4A5BA 1HK4A 1LW2A 3S3MA 3LPUA 4CJRA 4X62K 2QKKA 3DAWA 4CF0A 4CZHA 3F2KA 4LY7A 5EY4A 4Z4GA 4FLWA 3DXKB 5LJVA 2BXBA 2XVQA 2FSNA 2Z8KA 2B5JA 4KH6A 3NGZA 2Q2RA 5C2DA 3C95A 4BY9C 4YOXA 2ZE2A 4L9QA 2K0NA 1RTJA 1WOQA 2O8CB 1RDBA 3O9QA 5AFUA 3F9MA 3AVIA 1QSYA 1IO2A 4ZTFA 1WAJA 3AGRA 2ZGYA 3WNEA 4E0DA 3G25A 3CFOA 2QWLA 3NF8A 2EHGA 3KWIA 4ILHA 4NAWB 3JS6A 4ZTJA 1ZBHA 2I30A 5C12A 1ZBFA 2EWSA 4QS7A 1KFSA 4CFCA 2YNFA 3C0BA 3KHYA 2D0PA 4JN4A 5AZJA 5BRFA 4KHYA 1NJWA 1FKOA 5FRMA 3DJCA 4ISEA 2DBUA 5I9EB 1C6VA 3D2EB 4DTPA 5DBYA 5M1PA 3H37A 3NFAA 4DV5K 5AQVA 1KC8O 2E88A 1VQ9N 2ZJRL 1NK0A 4JD2A 4H8KA 5AZIB 4DQSA 3CQYA 3DLGA 3LPTA 4BWMA 4S1YA 3QDKA 2XY7A 3PX0A 1ASVA 3VQ7A 1TL3A 4NCAA 3HM8A 2EFHA 2YKNA 1HNWK 2G8UA 1T44A 3CX9A 3L2VA 1RT2A 3CCLN 2PFUA 3QBWA 4PKHA 1JLAA 3LL3A 1UA0A 2A3ZA 2FC0A 3O4NA 1VQ7N 2ASPA 3FNMA 3JXUA 4DMNA 3DOLA 1FK9A 2BANA 2VQEK 3A75A 4Z9OA 4DQIA 4OKKA 4CJKA 1U45A 3DLEA 3J81O 4DV1K 4ELUA 4NB4A 4DFPA 1FJGK 4K2CA 3IG1A 1WLJA 3M5RA 1CXUA 3AA5X 4W5RA 1RBRA 1ATNA 4DU3A 3CC7N 2HHWA 3FZMA 2CH6A 4FLYA 5DM7L 2WONA 1ZBIA 1T8EA 4B8CA 2ASOA 3CFRA 3WEEB 4E7JA 3QFUA 5FPMA 1WSIA 3LAKA 2KZMA 4PQUA 2ZWHA 1B92A 1J54A 4I7FA 2Z8IA 1NK5A 3R1XA 3QFPA 4CJQA 4YOTA 2QWOA 1LWEA 4IZ9A 2LXTA 1RDAA 3SUOA 3WNGA 2VWBA 4IFYA 3BZKA 2EFDA 3I0SA 1DEJA 2HBKA 5B8HA 1S72N 1KRPA 3DOKA 4EIAA 2G8HA 3C7NB 3CM6A 4G9ZA 3MEGA 4DS4A 4IG3A 4WQ5A 4BREA 1S1UA 3VQ5A 3KIOA 3KLIA 1NMDA 3HSTB 5D7GA 3VEZA 1GLLO 3LDNA 3ZT3A 4FJNA 4CEZA 2E2QA 2GWJA 1C1AA 3MCAB 1RBTA 4RW7A 3NH2A 3VTIA 3M6GA 2RE2A 1HQUA 3H1VX 4CZGA 2QI2A 4CJWA 2QA4N 4ZBQA 3K59A 4M63C 4GV3A 2VG5A 1S1VA 1DLOA 1U47A 4BRIA 4H5TA 3LU6A 4EP5A 3IMXA 4ILGB 2KBZA 1W7AA 3LM9A 1J78A 3ZSYA 1D4XA 1D5AA 3AVBA 3EY1A 3KKRA 1R59O 1QZ5A 4DB3A 3KJLA 2D0CA 1JLQA 4BRCA 1IBMK 5DMRA 4C1NK 1L3TA 4RW8A 3PO4A 2QKBA 1H5WA 4YOYA 4BR9A 3VEYA 4HGMB 1P8ZA 2QMCA 4N0UD 3ENOA 3B9LA 3Q7CA 4JNEA 1TF0A 4DFJA 3UE5A 3VF2A 3HPHA 3L2WA 1W97L 4FWKA 3SUQA 4DR7K 3H3AA 3OYBA 3HP9A 3FFIA 2D4WA 1TKDA 4F5TA 1KVCA 3WQUA 4B3RK 4FJIA 4DF8A 2WC9A 4CD1A 4CGHA 1NK7A 2E5LK 2BXIA 3AA4A 2P9UB 1ZXOA 4AHUA 4AHTA 1SL0A 4FWQA 3SQ0A 1O13A 1KVAA 2P51A 4CF1A 3RMCA 4U67L 5HL7L 3MXMA 2Z1JA 4L3QA 1V4TA 2XMOA 1VK0A 5JS1A 1MA9A 2P9LA 5GAGP 1HK3A 3SBTA 4AH9A 4OPJA 2F8TA 2I7NA 3UIVA 3TTFA 2GEMA 4DTRA 4A59A 2Q31A 1LAWA 4IW2A 1KAZA 3D0PA 2W41A 1Q9XA 3TI0A 4F9OA 5J2PA 4JYAK 2KW4A 3KLGA 5KPZA 5C2FA 3J7ZO 2YV0X 4FJ9A 1WUAA 3G10A 4WFNL 1RTHA 1C1CA 4JKAA 4XH5A 2KFZA 4YY3K 4OLAA 3D2FB 4H4MA 1I39A 5GADP 3RSEB 3QNOA 2YNGA 1E3MA 2YNHA 3QERA 4B3OA 2HBMA 4Q5VA 4LUFA 1NGIA 4M3WA 1QZ6A 1VRUA 4L8UA 2BX8A 2H3GX 1I94K 4G04A 4IOCL 4CJ4A 1N5UA 1KAYA 1E7BA 3PX6A 3TABA 3JQZA 2I2ZA 4YORA 3OYIA 4B9QA 3SPYA 4TQ1A 3SAHA 5AR0A 3E9PA 1BL3A 1RDUA 4GVMA 1H1VA 4NXMK 3O08A 4WCEL 4FJHA 3O9RA 2BXCA 3HXMA 3PO5A 2O8FB 1QQMA 4JI6K 3C6UA 1HQEA 1J9AA 3WHSA 4OPKA 5AQQA 4N41A 4CI6A 3SV4A 1NKCA 3A0IX 3TAGA 5JMVA 3WXJA 3OBWA 2OTJN 4OKEA 4EAHD 4MQ3A 5B5TA 2AJEA 5CYMA 4KTQA 4HVJA 4KKOA 2DFFA 2GUIA 3CCRN 4NXNK 4LFCK 4H5NA 1NK6A 2IS3A 1K73O 3HO1A 4FL9A 4BRDA 3B6OA 4DKWA 2P1JA 2JWLA 1REVA 3GG4A 4KHWA 4NCGA 3RMBA 1JKHA 3KLHA 4CJSA 1QVGM 1NNEA 1XQSC 4KV8A 2V7ZA 5IIXA 1U4BA 3RRHA 5AQWA 2P9PA 3QB0A 3TWHA 3SYZA 3DLRA 5AQLA 1J5EK 1T7PA 2F96A 3G0ZA 2IVNA 1NJIO 2BXNA 2NUBA 1LWFA 1NT2B 1Z25A 2D5RA 4AQYK 1WBBA 1E7EA 4E99A 5JICA 1A5XA 4A61A 4M42A 3NDKA 4DSLA 5AQYA 3VQ8A 1RT3A 2D0BA 4CJ7A 4DV2K 2V36A 3PY8A 3G71N 3OS0A 3QICA 3QBXA 1IH7A 4DS5A 1S3XA 2G8FA 4H0OA 2ZJQL 4Z4EA 3KWGA 2HHHK 3MEEA 3FWBC 1F21A 2A1SA 1QQOA 4OPAA 5BR8K 3OYNA 4ZHRA 3ZLJA 1RCHA 4W5OA 4ISFA 1KAXA 2BXOA 5BPMA 3I8DA 4JKHA 3ISNC 2A1RA 3ENBA 4BC4A 3G4SN 4Y1CA 1M1KO 4FM2A 5EVZA 4DSKA 5AQGA 3IUCA 1TUUA 4JK4A 4JI4K 2XVUA 2PBDA 2A6AA 2YJFA 2RKIA 4RW4A 3L2RA 4CFAA 4KB1A 4FK0A 2KHOA 3UB5A 4BDYA 1RT4A 1A5VA 4H0TB 3VEXA 4G03A 1BI4B 4IDKA 4DQQA 3DXMA 2BUPA 1ATSA 3S41A 3PSIA 3OYKA 3EE8A 4KFBA 3VQQA 2VGNA 4E19A 4F5VA 1L3VA 2ZJPL 3CETA 1SZ2A 2HMIA 1B9FA 2KZZA 2O8DB 2O8EB 2EFEA 3G9KD 2G8WA 3THWB 3O1WA 1NGFA 3LDOA 2FBTA 1YVNA 4CEBA 1BOTO 1RDDA 1YITN 5HRSA 5F2RA 4W5QA 4G1QA 3KK2A 5AQUA 4KO0A 4DWIA 3K2PA 4DTXA 2OPQA 1BJ5A 2VUFA 3OHRA 4H0VB 3SJJA 3HBTA 1RBVA 4CHPA 4BACA 2UU9K 4DQ8A 4B1UB 4GDXA 1S5JA 3SIUB 4KBOA 1XMQK 1JJ2M 3CJ1A 3QEPA 4CEFA 3R8EA 4QAGA 3IDHA 1NJZA 2XSIA 4BRAA 5HBMA 4MLEA 5AQPA 1RGIA 3ZYYX 4O4GA 4DTJA 1V4SA 2BTFA 2PYJA 4W5NA 1X9SA 3CXCM 4X65K 3MHSB 4GG2A 1CXQA 3KK1A 1OH6A 2E6MA 4CEEA 3V4IA 4FK4A 2ITMA 1Q86O 3OA9A 4NYNA 3BDPA 4JKFA 3AO1A 3CPEA 4F3TA 4BGAA 4BRFA 5EU7A 3FZFA 3QMLA 4CJ3A 3OJSA 5BPKA 1YT3A 4BRMA 1BIZA 4J2EA 4GKKK 2YHXA 5C24A 3KD5E 1T3VA 2OPSA 2NZTA 4CFBA 1YAGA 4DR3K 2YCHA 2HHSA 1X3MA 2QM1A 1J6ZA 1GLAG 3L3VA 4QCLA 4U7BA 4CEQA 1IBKK 3ZEUB 4CJPA 1SB0A 4H0YB 4LA0A 1M90O 1VQKN 4CEOA 4BRQA 1QSLA 4FJXA 2KFNA 5BN9A 1RILA 4I9LA 1GLBG 4MLHA 1ITGA 3QO9A 1GLJO 4IG0A 5SWMA 4M70B 1EXQA 1YTAA 1X9WA 1U6ZA 3CCUN 3SJHA 2NQOA 4O44A 4IOAL 4YNQA 4LF9K 1YJNN 3UKUB 1EKEA 5K14A 4K43A 4YHHK 1NKEA 1VSIA 4O5FA 1E4GT 2BXAA 3B9MA 3THXB 2HHTA 2NRWA 5IWAK 1N5YA 4A2BA 1GOCA 3VEVA 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4H5TA 3LU6A 5AQHA 2FSJA 5BRDA 4JKBA 3DWLA 5AQIA 4GDKB 3IMXA 4C1NI 3FR0A 4ILGB 1N8RO 1KQSM 3O9TA 1Q81O 1VQLN 2KBZA 5DQFA 3LM9A 1J78A 1JCFA
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SIV B;  3NMU A;  3SIU B;  4BY9 C;  3NVK A;  3NVI A;  1NT2 B;  3PLA A;  3T7Z A;  2OZB B;  5GIN A;  3GQX A;  5GIP A;  3ID6 A;  3ICX A;  5GIO A;  2NNW A;  3NVM A;  3GQU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4N5S A;  3LDS A;  4FXD A;  2QEX N;  4FVM A;  1HJR A;  3LDL A;  4I6M A;  4KTW A;  4IEE A;  2XW0 A;  3CYM A;  4PO0 A;  2GUP A;  1NGD A;  2QM6 A;  2QWQ A;  4FM0 A;  3ATV A;  4FSV A;  4IKF A;  1NGB A;  4IFV A;  3ZX0 A;  1X1P A;  3EEQ A;  1OH5 A;  4IEI A;  3K0S A;  4FCY A;  4MO4 A;  4KHS A;  3MN7 A;  4CHQ A;  2E6L A;  2RF2 A;  2LSN A;  3AVC A;  2A5X A;  1QTM A;  2YHW A;  1WSF A;  2P9P B;  1JXE A;  1NWK A;  4DF4 A;  3TTD A;  5M1F A;  4DHX B;  3LM2 A;  4FWR A;  5GIN A;  1KD1 O;  4Z4F A;  2E0Y A;  1KW2 A;  3SQ1 A;  4BRG A;  4K8Z A;  3CCV N;  2HVH A;  3M99 C;  1GOB A;  3GOI A;  1S1T A;  3S9H A;  3JRY A;  1QHT A;  3DMJ A;  3RTV A;  2CGJ A;  5SZT A;  4O8K A;  3S3N A;  4Z94 A;  1QHA A;  4DU4 A;  1VSJ A;  3AO5 A;  4JRQ A;  5C10 A;  1VQP N;  3DLL L;  4CEA A;  3W3D A;  3SMS A;  1VQ5 N;  3PLA A;  4AHV A;  1ATR A;  4FJ8 A;  1ILY A;  1MIW A;  2YX6 A;  2DG5 A;  4BDP A;  3M8Q A;  3AVL A;  1K8K B;  1QE1 A;  2OZS A;  3K5L A;  4ZCG A;  4JKG B;  3O6W A;  1RBS A;  5AQS A;  1NGG A;  4BKE A;  2WTU A;  4OLB A;  2O8E A; 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