3O66A

Crystal structure of glycine betaine/carnitine/choline abc transporter
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
276
structure length
274
Chain Sequence
TKNDVKITALSTSESQIISHMLRLLIEHDTHGKIKPTLVNNLGSSTIQHNALINGDANISGVRYNGTDLTGALKEAPIKDPKKAMIATQQGFKKKFDQTFFDSYGFANTYAFMVTKETAKKYHLETVSDLAKHSKDLRLGMDSSWMNGDGYEGFKKEYGFDFGTVRPMQIGLVYDALNTEKLDVALGYSTDGRIAAYDLKVLKDDKQFFPPYAASAVATNELLRQHPELKTTINKLTGKISTSEMQRLNYEADGKGKEPAVVAEEFLKKHHYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus mu50
molecule keywords Glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter
total genus 100
structure length 274
sequence length 276
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-07-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o66A01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3o66A02
4BDQA 4EQ9A 1JW1A 4FEDA 1UTBB 5CI5A 1RKMA 3PMVA 4HW8A 1SI0A 1IZ1A 1SW5A 3MP6A 2RC9A 1JVYA 2H4IA 4Q0CA 1H45A 1O64A 2ZXTA 2Z22A 1UQWA 2UXAA 3RY3A 1QJMA 3GXAA 2UYFA 4NWCA 3IOVA 1DOTA 3USDA 3H7MA 5FHMA 3FXRA 4POXA 1BLFA 1EU8A 2Q2AA 4U1ZA 2Z8FA 1FW0A 1NKXA 1SBPA 2HXWA 2W7YA 1O63A 5K2XA 3HO7A 3OO9A 1MY1A 3O28A 5H8QB 2F8DA 1MQGA 1PB7A 3MZ1A 1H3DA 2KLFA 1MH3A 5H8NA 3LSWA 4GWOA 3K4UA 3MUQA 2DXRA 2ONRA 4NF6B 2DS9A 1MPDA 3RN8A 3PD8A 1LBCA 4H5GA 4R2BA 5F1QA 5AA4A 4IO2A 4LZ8A 1B0LA 4U1OA 3B6QA 5H8FA 3L6HA 2VD2A 4L17A 1N7XA 4R72A 1N04A 2O1LA 3SERA 3U93A 5CMBA 3WAFA 3KOSA 3FV1A 4DE8A 1PC3A 1A99A 5DTBA 1MXUA 4X1BA 2ZYKA 5CM6A 1YAEA 3C31A 4R74A 5DVJA 5KCJB 4YAHX 3H06B 4IY5A 4OFLA 4DXUA 3KSXA 3N6UA 5EYFA 2I6EA 4F1YA 1B5HA 3TUSA 3FVKA 2ABHA 3OO6A 4RPOA 1TFAA 3MWBA 2ZNUA 2XD2A 1SW1A 5AA1A 2OWTA 4ZS9A 1B0HA 3RNNA 3TMGA 3IOUA 1F9BA 4GVOA 2ONKE 1VFEA 5AA2D 4NF8A 1Y4CA 3P7IA 1D9VA 3S9NC 2V93A 4H1XA 3K6VA 2PBWA 3MVYA 1B7UA 1TT1A 4O3CA 1B58A 4GL0A 5I57A 4R2FA 4WKMA 1MQJA 2VP1A 4NF5B 4ISUA 5TPAA 1PEBA 3IOTA 1XVYA 4Z0IA 3LUYA 2H98A 3PUZE 1M5EA 3UA8A 4I62A 2OZZA 1ZTYA 4O3AA 3UK4A 4C1UA 5IAIA 2B3BA 1FTMA 1B3GA 1NNPA 4WEDA 2NUVA 4ELOA 2NOOA 5H8SA 4Q30B 4U21A 3K00A 4GF8A 2H25A 3V5AA 3FIRA 2G93A 1I69A 2DQVA 2QJEA 1ZKBA 3C4MA 2DOJA 3I6VA 4F3GA 5CBSA 4F19A 4N6PA 1SVXB 4MBPA 1M5DA 1SW4A 1VE4A 2RC7A 3LSXA 1PBPA 2RF1A 4DXCA 3KJTA 1LSTA 4NF4A 2XX9A 3IJOB 3FUZA 1URDA 4RJZA 3MW0A 2DE4A 3K1MA 1JNFA 4ZEFA 4H8JA 3VVFA 2ZYMA 3O6HA 4GL8A 5L9OA 3RGYA 1B1HA 3EHTA 2P2AA 3KN3A 2O7UA 3G3JA 2E1SA 4U23A 3VLVA 1ELJA 1EZPA 4XXUA 2XXXA 1M5CA 3Q29A 5I2NB 1IXHA 2HZLA 2O1MA 3T9HB 1MS7A 3OXNA 5H8HA 5B70A 1GGGA 2H9BA 3VVDA 4U22A 3VFJA 4RNSA 1B32A 1MXVA 4LA9A 2GFEA 4X9TA 4MLVA 2DVCA 5L9SA 1USYE 4LVQA 4GXAA 3Q26A 2ZNTA 4R75A 1SD3A 1WODA 5AA2B 2CMOA 4MLQA 4EXLA 3C33A 1AH5A 1NH8A 4GLIA 4C1TA 3MVWA 3RPWA 1VSOA 1N76A 1XT8A 1EZOA 4F29A 5ITPA 1MM7A 1NMUA 3ZKKA 1AIVA 3TCGA 2F6PA 1I6BA 4PFUA 5H8HB 2AL5A 3M3LA 3MVXA 2XXVA 4NTLA 4ELQA 4YU0A 4ELPA 5CRYA 1DSNA 2RC8A 4H6DA 1A7LA 5TP9B 4PFTA 4K3FA 3Q25A 2XXUA 5DVFA 1L5TA 3HHFA 4BDNA 5ITOA 4AB5A 3S9MC 3MJNA 3R6UA 1FQCA 4HS7A 3KEIA 4GXSB 5CMCA 1OQGA 2I0BA 2VD3A 3A3UA 1OLAA 1ZMGA 2A5TB 4IO7A 3IB0A 3I3VA 1GR2A 5CMKA 1PDAA 3M3KA 2XHDA 3H6UA 3ZKLA 4R6HA 4GIZA 1MXXA 3FJGA 3B6TA 4I8CA 5L8DA 1P1QA 2Q89A 4FIMA 5JK4A 3ECRA 1R1NA 2XXRA 3RT6B 1WDNA 3OSRA 2V3TA 4HCYA 4U2RA 3GZGA 3O6IA 4EQBA 2FNCA 2DE2A 1Z7NE 1TWYA 3ILTB 3IJXB 4ZE9A 1Q35A 4F3BA 3TPAA 2DVZA 3H03A 1SI1A 3TQLA 4OTEA 1FQBA 2QMXA 3IORA 2XXPA 1OLCA 5I58A 1NH7A 3QAXA 4OZ9A 3O2AA 1Y1MA 4N13A 3GBAA 3UORA 4Q5TA 2D3IA 2DYXA 3DM0A 4H5FA 1JETA 3ZS6A 1JW5A 3E3KA 1B46A 4FECA 1GV8A 3OELA 3HV1A 1ZBMA 2I58A 3DLNA 2F7AA 1FTLA 3KN7A 1POTA 4EUOA 2D21A 4NMYA 5AE4A 1B1XA 4QSCA 3LBSA 3TTKA 2THIA 2OJTA 5EHSA 2Z8DA 3RT8A 1IIWA 1MH4A 3KN8A 1IXGA 3H6TA 2PVUA 1OMPA 1CE2A 1BTJA 1A40A 3GBBA 3Q27A 4GFRA 1B3EA 4LQ2A 3U72A 1LFHA 4OQOA 2X7QA 1NNFA 3IAZA 1DTZA 3VXBA 4IB2A 4F3PA 4NWDA 4KR5A 3OOAA 3IK6B 2VHAA 4F2OA 1OQHA 5FTHA 4X48A 1B3LA 2FA7A 1O7TA 3PUXE 1LCFA 3TTMA 4LATA 3U1OA 4R9FA 1UIVA 4LZ5A 4DCXA 1URSA 3O66A 1LGBC 4BDMA 3H4ZA 4YKIA 3IB2A 2Q9TA 1IXCA 1BKAA 1WVJA 5L9MA 1LLSA 5H8NB 2REGA 4NEDA 4I9DA 3T93B 1US4A 2QS3A 3PUVE 1LB8A 3S4UA 3T9UA 5K2YA 1M5FA 4G2ZA 3MZBA 5AA4B 4ND9A 3FVNA 4KHZE 3C9HA 5H8FB 2BJJX 4FEBA 4GOTA 1LFIA 2DE3A 5I84A 4IY6A 1IITA 4H65A 1H43A 3FVGA 1P1UA 3EQ1A 4JXIA 2Z8EA 4QFNA 4LONB 1AOVA 3VLUA 4POWA 3PMXA 1JVXA 4MFIA 2ZYNA 1Y4TA 3DP4A 4EQ7A 1B51A 5FHOA 2VOZA 4M1VA 3OMBA 4QFLA 2REJA 2UYEA 3I5OA 3R7XA 3PPOA 4KQPA 3VV5A 3E9XA 2OWSA 2V3QA 3G7WA 3MP1A 2AIXA 4QFPA 4ONYA 4DZ1A 2V84A 3PV0E 3MQ9A 2Q88A 2GRVA 2M8CA 4NF8B 3FJMA 2Y84A 4R6KA 4U4XA 4RK2A 3CR9A 2O68A 3T96B 1QULA 2HQ0A 5JTYA 3SEVA 1B05A 2QRYA 1XC1A 3H3GA 3W9WA 4ZDMA 4JB7A 4KCDA 2V25A 4Q8RA 1IXIA 2I3VA 3V83A 5I57B 3PUYE 3TTLA 4IO4A 2ESNA 3VDFA 1B4HA 1XHYA 5TPAB 1Y3QA 4F2QA 4H8IA 4XKPA 3PGFA 3T22A 3A3CA 5I2KA 3G3GA 5CC2A 3TKDA 4LQ5A 1BP5A 3CRBA 3S2VA 5I59A 3EHSA 1SYIA 4TLMB 3TDJA 4FORA 1LBBA 1N0TA 3QK6A 4G68C 1MXWA 5BWJA 1PB8A 1LFGA 3VLWA 4YKPA 4EDPA 4PP0A 3UGWA 4F18A 3R26A 2O6AA 3OD7A 2RKMA 2I4BA 4JBZA 3BBRA 2F5XA 2XX8A 1UTHA 4WXJA 2LAOA 4JSDA 3JYRA 4TLLB 3KZGA 2GH9A 4ZECA 2HEUA 1HSLA 1XS5A 4QF9A 3EHUA 4G77A 1B2HA 3ILUB 2ZYOA 3PD9A 1ANFA 1S9TA 4R73A 4G68A 4NF4B 3TCFA 3TQWA 2VGQA 5I2KB 3W15C 3TFLA 1HSEA 3A09A 1Y3NA 4G8MA 5I59B 3CI8A 2OBGA 4N07A 1LAHE 2B65A 1B52A 3H6VA 3JZJA 4YB7A 3CVGA 1I6AA 1R6ZA 3KFMA 1MXZA 3QSLA 5I56A 1NNTA 3VXCA 2E0SA 3K2DA 3IOWA 2XXHA 1UTHB 2Z23A 4OERA 3B7DA 2XXTA 3S9EA 5TU0A 2F7CA 4HTGA 3FV2A 1B4ZA 3CIJA 4OENA 4EF2A 1Y20A 4DIGA 3DP8A 3FATA 1N3XA 5DT6A 1UIUA 3PMWA 3TCHA 1II5A 4RA1A 5M2VA 4RPNA 2IA4A 2DP8A 1ATGA 2I48A 4YKKA 3H6WA 1LAGE 3D4CA 3MP8A 5B7DA 2XXWA 2Y7KA 3FXUA 2F36A 4XKNA 5CMMA 3IR1A 2AL4A 3LSLA 5A5XA 4C0RA 3O6GA 5KDTA 3CFXA 3U8QA 3ZSFA 4RXLA 2R6GE 3FD3A 2H5YA 2F7BA 3K1NA 3TZAA 2QS4A 3K6UA 1UTBA 3E13X 4ZE8A 2F35A 4KPTA 2XXIA 3SEYA 2ZNSA 4YMBA 1FTJA 4GQOA 2H99A 3K01A 3ODBA 3T9VA 1XOCA 1N3WA 1MY0A 3HSTA 1EH3A 1MRPA 1SYHA 2ONSA 1MDQA 1N84A 4XTCQ 1J1NA 4G8NA 3N6TA 4JWYA 1RYOA 1P1WA 3SETA 1NL5A 2D5WA 1OIBA 5BUUA 3RTFB 4OESA 3W9VA 5A5XB 3O9PA 5KDTB 4KYSA 3MZ9A 5JEIA 2P0SA 1QUIA 1QKAA 3L6GA 3RLFE 1ZIUA 1IQ7A 5IKBA 2RCBA 2R71A 4NF6A 1MDP1 3O97A 4PQJA 2PT2A 2WKYA 4IGRA 4IO3A 1YCJA 1MQIA 2F97A 1MXYA 3MPLA 3OENA 1B7ZA 3QIMA 2RCAA 3DELB 1B6HA 2I0CA 2ANJA 3CG1A 2PT1A 3RTWB 1FTKA 4BDRA 5KZTA 3PU5A 1BIYA 1QVSA 4IO6A 1MQHA 3CSBA 1D3KA 3TTNA 3VVEA 1ZJLA 1KWHA 1EZ9A 3PPPA 3FJ7A 2F78A 3RQTA 5DEXA 3OEMA 2OCUA 2Y7RA 4ZEBA 3BFTA 4TOZA 5LOMA 1B3FA 1MY3A 1B3HA 5KCJA 2O7IA 2DWJA 2I3WA 4EF1A 4BDOA 4F1UA 1PBQA 5I58B 4F39A 3C34A 1YTVA 1MY2A 2ALUA 4G4PA 4LZ7A 2DWHA 4P0GA 1JW4A 4GD5A 1Q1KA 3V89B 1DPEA 3CG3A 1LAFE 4YICA 3TTRA 3K1PA 3RUMA 4OEVA 2ZMBA 2HCAA 1A55A 1S50A 4IO5A 3HHGA 2HZKA 2YPNA 4OWDA 3ONMA 2O51A 2G29A 5DEXB 3G3FA 4ZZAA 3C36A 4YZZA 3BKIB 3PPNA 4OXVA 1S7YA 2I4CA 1URGA 1AMFA 1M5BA 1NFTA 3SKPA 4OYVA 2XXQA 4DXBA 4FATA 1HSJA 3IX1A 1H44A 4NF5A 2GHAA 2HAVA 4QSDA 3Q28A 2NWJA 1I6QA 4JWXA 3PUWE 3MPKA 4ECFA 1SDXA 5CBRA 4DCYA 3B6WA 2HFBA 1JEUA 5ELVA 3IO6A 2UVIA 4MF3A 3IB1A 2XX7A 5ICTA 4OFOA 1B5JA 1CB6A 3KG2A 4OETA 3K6WA 3O29A 3T66A 2PX1A 4E0WA 1MM6A 1A8EA 4AB6A 1FQFA 4X1DA 1QKBA 1US5A 2X7PA 3T9XB 1DMBA 4QHQA 4JDFA 2F6GA 5FTIA 5DYHA 3M3FA 1H76A 1GTKA 4AQ4A 2UVGA 1P1NA 3JV9A 4ESWA 4FAJA 3CFLA 1B5IA 1NNKA 2FYIA 2QS1A 1LAXA 1N7WA 1LCTA 4PFWA 1Y3PA 1TXFA 1B40A 3SEXA 1AL3A 4PFYA 3DP6A 3GLBA 1LB9A 5DVIA 4ESXA 3KBRA 3U92A 2Y7IA 3C32A 2B3FA 1POY1 4R6YA 4YMAA 5HBCA 1ZLQA 5AA3A 2Y7PA 4P0IA 1JQFA 1TFDA 3FXQA 3QYTA 4RK9A 3LSFB 4M4GA 5I2NA 1IEJA 1T0KA 3KSJA 2UVHA 4F1VA 4YB6A 3OEKA 2X26A 2QPQA 5FHNA 2DXYA 2F34A 4I1DA 2Q2CA 4UACA 3MVZA 4JWOA 4XKRA 4BDLA 3QXMA 1DPPA 3K02A 3MC2A 1R9QA 4OHNA 3G3KA 3SDFA 4G8HA 4E0XA 2XXYA 4KYDA 4U4SA 1USYH 3LR1A 1YPNA 5EHMA 3V8XB 1P1OA 4TQUQ 3TYHA 5JTYB 4JSOA 3K6XA 4OMBA 1FQEA 4Z7EA 5AA2A 4F3SA 4ZEKA 1MQDA 2HAUA 5HM4B 3TEPA 4PE5B 3HPIA 3FVOA 3N5LA 1XVXA 3BFUA 1D4NA 1DTGA 2PMSA 4LUBA 4QFOA 1R9LA 4LP2B 3G3IA 2R9JA 2OLBA 4ZEDA 1A8FA 1MPBA 1MPCA 2GHBA 4ELRA 1OVTA 3N26A 3M8UA 3VE1B 4MH5A 2A5SA 4DLDA 2DWAA 1D9YA 1FCKA 4PETA 3EPEA 1IUDA 1VR5A 4O3BA 2YLNA 4UA8A 2IEEA 2I49A 3F11A 5TP9A 1GVCA 3CSGA 4OEUA 4R9GA 3SESA 4QSEA 3OO7A 3UP9A 1JEVA 3WAEA 4OFJA 1VFDA 4FJPA 4KI0E 4F22A 2CZLA 3MAMA 1FQAA 2Q8JA 4NE4A 2QSXA 4P11A 4DDDA 4YB5A 4YKJA 2A5TA 4GRKA 3PPRA 2UVJA 2YJPA 3TELA 5ISUA 4OVJA 4H0WA 3LC8A 1PB9A 3QUFA 2OK2A 1P99A 4BLAA 2Y7WA 2O84X 2NXOA 3IO4A 4G68B 2NVUB 3QUJA 4XKQA 3EN3A 2V3UA 3U94A 1Y1ZA 1OVBA 4ZZEA 1B7HA 3THIA 4RY1A 3G3HA 2RINA 3K0VA 4IGTA 2QS2A 4F31B 5HPQA 3N94A 1SW2A 3UIFA 3OSQA 3D4GA 3S9LC 5J1DA 4HCWA 3FZVA 1QUJA 3OO8A 3CFZA 4QFKA 5ICQA 5I56B 3TAJA 1SQYA 3FGSA 1Z7ME 2DSFA 4XIGQ 1RYXA 2QMWA 3FASA 2PYYA 4WEPA 4KCCA 4KD5A 3UN6A 1FTOA 2O69A 1A54A 2P1SA 5F7VA 3KGCA 1Y9UA 1MY4A 3SEWA 4FE8A 3KJ7A 4H67A 3E4RA 3TODA 1FQDA 2XD3A 3KOTA 4QRZA 1QUKA 1MG1A 1ZU0A 3AXFA 4THIA 4ZEIA 3MBPA 3HCQA 3IL1B 3EF7A 1QW0A 5H8QA 3PPQA 1B9JA 2QL3A 4KFQA 3C35A 4RYAA 4EXKA 2DWIA 3HN0A 2AYSA 4KYEA 3SEUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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