3OO8A

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GNGPITFGSNYSDEAPKAAFASLMQQATTSTTVPVTVNTTDHNTFQNNISNYLQGTPDSLATWFAGYRLQFFAAQGLLTPIDDVWDKIGGTFNDAAKSLSKGLDGHYYLVPLYNYPWVVFYNKSVFQSKGYEVPASWEAFIALARKMQSDGLVPLAFADKDGWPALGTFDILNLRINGYDYHIKLMKHEVPWTDPGVTKVFDQWRELAAYQQKGANGRTWQDAAKALENKQAGMMFQGSNQVAANYSAKNLPDLDFFVFPAINPQYGTDYMDAPTDGFILPKKGKNAAAAKKVLQYIGTAEAEAAFLKTDHWDVGLANGLIAPTYNDIQKKSVAEIGKCKSVSQFMERDTVPDMANAMIKLIQQFIDQPTPETIATVQKSAEDQAKTIFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Actinoplanes
molecule keywords ABC transporter binding protein AcbH
total genus 145
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oo8A02
5FHOA 3TEPA 3TELA 1B7HA 2I4CA 2I48A 1B7ZA 3SKPA 3KN7A 4OFJA 4KPTA 1JNFA 4WEDA 2E1SA 1N76A 1OVTA 1ZBMA 2M8CA 1B51A 3KZGA 1EH3A 3C9HA 1B5HA 3C34A 4MLVA 3TQWA 4X1BA 3VLWA 2HAUA 4YICA 4F31B 4C0RA 1BLFA 3FV1A 3FV2A 3VLVA 1H3DA 1P1QA 2Y7IA 3FVGA 4RXLA 5AE4A 1T0KA 2HCAA 5DEXA 3N94A 1SBPA 4PE5B 2XXIA 4YAHX 2UYFA 4POXA 3FVNA 5ICTA 1YPNA 1SW4A 4F3BA 1UTHA 3MJNA 3K1PA 2NVUB 4BDLA 3TMGA 1PBPA 4BDNA 2Z23A 3FJMA 2ANJA 4ZEIA 3KJTA 4JBZA 2ZYMA 3LSWA 1R9QA 1XVYA 5FTIA 2DVZA 2HQ0A 2CMOA 4KQPA 4R6YA 4H6DA 4YMBA 1QULA 5ITOA 4YB5A 5TP9A 1QJMA 4JWOA 1LAHE 3K6WA 2XD2A 4FECA 3H6UA 3T9VA 4XKNA 3IOWA 3PD9A 3SEXA 2B3BA 3CFZA 1OMPA 1SW1A 2QS4A 4FORA 5I58B 3HHFA 3MP8A 3SEVA 2ZXTA 3JYRA 4ZDMA 1RYXA 1US4A 4ZE8A 4C1TA 3DP6A 1IIWA 1N04A 2FYIA 1VFDA 4MH5A 5ISUA 3T9XB 3Q25A 2RCBA 4U2RA 5AA3A 4ELOA 1POY1 2UVGA 3ODBA 4AB6A 5I2NA 4H8IA 4IB2A 3OENA 4QRZA 4RJZA 1HSJA 2AYSA 1IXCA 1Y9UA 4XKPA 2ZMBA 1NKXA 3MC2A 3HN0A 4GRKA 4BDOA 1OIBA 2E0SA 3W9WA 1R1NA 1FQEA 4OMBA 3D4GA 3PPNA 2OZZA 4IO7A 2NWJA 5ICQA 3CSBA 1EZOA 4Q5TA 2PT1A 1SI0A 2XXQA 4ESXA 2H25A 1A54A 4DDDA 1A99A 5LOMA 3RUMA 1LGBC 3OMBA 4DIGA 4NF5B 4WKMA 3CR9A 3M3KA 1LLSA 1MXXA 3IL1B 2F5XA 4F19A 3W9VA 1XVXA 4PETA 4JB7A 1Z7ME 4R2BA 3JZJA 5ITPA 2QPQA 5H8FB 3KFMA 3C35A 4KR5A 4I62A 2XXUA 3FGSA 1URSA 4F1VA 4F1YA 4H5GA 4IGTA 1MM6A 2H99A 1O63A 3H6WA 1FQBA 2REGA 5I58A 2XXVA 5EHMA 4N07A 1QW0A 2QS3A 4IO4A 3ZKKA 2LAOA 4X9TA 5KDTA 4U1OA 2Y84A 1ELJA 4ONYA 1SD3A 3R6UA 3QXMA 1S9TA 5AA1A 3BFTA 1JETA 3K1NA 3T22A 4OERA 1A55A 2F34A 4P11A 3V83A 2GRVA 3EF7A 4OFOA 4MFIA 3G7WA 4HCWA 2VD2A 3K0VA 1OLAA 1GGGA 3EHUA 3U1OA 3THIA 4YZZA 4HCYA 5HBCA 1LCTA 5IKBA 3FASA 2F97A 4GIZA 2XXPA 2AL4A 3OELA 3KOSA 1AL3A 4JWYA 4HW8A 1MDP1 3O28A 1I6QA 4NWDA 4HS7A 4KYSA 2DXRA 3CVGA 5KCJB 4GD5A 3KN8A 2XXTA 4GL8A 4LZ8A 3UORA 3S9LC 3T93B 1CB6A 1PBQA 4EDPA 2Y7WA 4YKJA 3I5OA 4JSDA 3B7DA 1URDA 1DPEA 4K3FA 1URGA 1Z7NE 4NF5A 4N13A 1JEVA 1FQDA 3FJ7A 2YLNA 3N6UA 2WKYA 4GVOA 3PV0E 3MZ9A 4PFYA 5I57A 2XX9A 4ZZEA 3MP1A 1SI1A 4GL0A 4DLDA 1MH4A 1B6HA 3VDFA 3SETA 5TPAA 3TODA 1DTGA 3OD7A 4THIA 1M5BA 4YB7A 3KEIA 3K2DA 3O6GA 1USYH 3A09A 4EQBA 3RN8A 1PB7A 1ZIUA 3TTNA 4OEUA 2R9JA 1ANFA 1UIUA 3E13X 4RA1A 4OFLA 3VVFA 1R9LA 3C31A 2F35A 2O7IA 1FTOA 2QMWA 4AQ4A 1MH3A 4RPNA 1MM7A 3C36A 4KCCA 1QUKA 2Q9TA 1SYHA 4G4PA 2V3TA 1JVXA 1H76A 2O69A 4IGRA 3KBRA 4DXCA 3MVXA 2ZYOA 2Q88A 1D9VA 2ONSA 1OQGA 2DXYA 2V93A 2XXYA 1R6ZA 1B3HA 3FVOA 1GV8A 2F36A 5DYHA 2OCUA 5DEXB 1MQDA 1LFIA 3O6HA 2Q2AA 3QUJA 3MAMA 4BDMA 3C4MA 5BUUA 1MDQA 4DCYA 3H3GA 2H5YA 2BJJX 5DT6A 1YTVA 4U23A 3OSQA 4U22A 2A5TA 4PP0A 1BTJA 3SEWA 2REJA 3IO6A 2DWHA 1MRPA 4UA8A 4NEDA 4LZ5A 3K6UA 3MP6A 4KCDA 4BDRA 2CZLA 3U8QA 3V8XB 3RTWB 1ZJLA 4H1XA 3MBPA 5TP9B 2DE2A 1I6AA 4LP2B 3GLBA 1IITA 3BKIB 2I3WA 1PEBA 2DYXA 3QIMA 1N84A 1B2HA 1USYE 1FTMA 3E9XA 1XT8A 1MQJA 1OQHA 3B6WA 4M4GA 3A3UA 4WEPA 2YPNA 3IOTA 2QSXA 3E3KA 3ZS6A 4FE8A 2O7UA 1NNKA 3GZGA 4R74A 1QUJA 4NMYA 2IEEA 3G3FA 3MPKA 5F7VA 2HEUA 3HV1A 2DS9A 4LZ7A 1UTBA 3OSRA 2V3UA 5DVFA 4H5FA 1MY2A 4F3GA 2B3FA 3Q29A 4F39A 5I2NB 1NNTA 1O64A 3TTKA 2HZLA 1Y1ZA 3U92A 2P2AA 1Y4CA 5FTHA 4Z0IA 2RF1A 3OOAA 3PPPA 4IY6A 1ZTYA 1FQAA 3EHSA 1MXVA 1US5A 2OWTA 4P0GA 3CRBA 3OO6A 5CRYA 2DWJA 4WXJA 5JK4A 3M3FA 4R6KA 4O3AA 3HPIA 3MVZA 2Q89A 2B65A 4E0XA 1RYOA 3RPWA 5HPQA 3I3VA 1FCKA 3VXBA 3H03A 3ZSFA 1DTZA 2R6GE 4YU0A 3KG2A 2XXRA 1XC1A 3SESA 2OK2A 2PBWA 5AA2B 2PT2A 4RNSA 1LAGE 3U93A 5CI5A 3EN3A 1EZPA 2F78A 1NFTA 3TTRA 5I56B 3KJ7A 2KLFA 4IO2A 1Y4TA 2RCAA 2UXAA 1B3FA 3PUXE 3BBRA 4POWA 2YJPA 2O68A 2HZKA 3D4CA 1DPPA 4ELPA 1B05A 1GVCA 5AA4B 4KD5A 4I9DA 4KI0E 4N6PA 2DWAA 3PUWE 5FHMA 3FATA 5KDTB 4GXSB 3QSLA 4GLIA 4OENA 3TCGA 5AA2D 3CFLA 1I6BA 4PFUA 1P1OA 4YB6A 4X48A 3RTFB 3OO8A 1L5TA 1XOCA 2GH9A 4DXUA 3K4UA 1QKAA 4ZEKA 1N3XA 4RK2A 3F11A 4H8JA 4LQ5A 1M5EA 2PVUA 4YKIA 5CM6A 1VFEA 1B4ZA 1WDNA 3QUFA 1B58A 3M3LA 5TU0A 5K2YA 2I0CA 3IK6B 3UP9A 3C32A 3FXRA 2VP1A 1B9JA 1LSTA 1MXUA 3IR1A 3L6GA 1B1XA 3MW0A 2I0BA 4KYDA 4NE4A 2XHDA 4LQ2A 1GTKA 3VVEA 4ESWA 4QFPA 5AA2A 5CBSA 1AOVA 4Q30B 3HHGA 3MQ9A 5I56A 5I57B 3EPEA 5I2KA 4G8NA 5CMBA 3P7IA 3FIRA 1N7XA 2NUVA 1RKMA 5TPAB 3KSJA 5L9MA 5L9OA 3S9NC 2H98A 4GF8A 4H0WA 4OETA 3RLFE 5AA4A 4G8HA 1MPBA 1XS5A 3C33A 3K6VA 5H8HB 3PUVE 4GXAA 1TT1A 5CMKA 2Y7PA 1MY3A 1VSOA 1JVYA 3MVYA 4G77A 2H4IA 3DP4A 2Z8FA 1BIYA 5H8NA 5CMMA 1MXZA 3FXQA 4GWOA 3FJGA 3HCQA 4Z7EA 2F7CA 2I49A 4GOTA 2V25A 1B0HA 1F9BA 3RQTA 4H65A 1B3EA 4NF4B 1WVJA 4R72A 1NL5A 4XXUA 3MVWA 1TXFA 1NMUA 1S7YA 4LVQA 1POTA 1OLCA 4EXKA 2HAVA 2HFBA 4ELRA 4F2QA 3O66A 2ZYNA 5JTYA 2PYYA 2A5TB 4DCXA 4R9FA 3M8UA 3PPQA 3O6IA 4NWCA 3RNNA 4R2FA 3GBAA 2D5WA 1LCFA 1JW5A 3ILTB 4EQ9A 3Q28A 4XIGQ 3FUZA 2QL3A 4GQOA 1LBBA 3U94A 3K6XA 3LR1A 4DXBA 4RPOA 4MLQA 1MPDA 3FXUA 3PUZE 5DVJA 3N26A 2XXXA 3S9MC 1DMBA 3PMWA 3TZAA 1B3LA 2Z8DA 1TWYA 5K2XA 4R6HA 2H9BA 2ZNSA 3MPLA 4OYVA 4O3CA 5H8HA 3MZ1A 3TAJA 1UTBB 1O7TA 1IQ7A 4ZE9A 1SQYA 1MPCA 4TOZA 4MBPA 4OVJA 3CG3A 1PC3A 2OWSA 3W15C 4JSOA 2RKMA 2XXWA 4E0WA 2D21A 3G3JA 1MXWA 3CSGA 4H67A 1BKAA 4ZEFA 5J1DA 2P0SA 3G3GA 1UQWA 1M5CA 1LAFE 1Q1KA 4NF4A 4OTEA 4EXLA 4X1DA 3CFXA 1Y3PA 4ZS9A 3R26A 1UIVA 2I6EA 1I69A 3KN3A 4PFTA 4QFLA 1YCJA 3LSFB 3G3HA 2HXWA 1B5IA 1B7UA 2OBGA 4RY1A 1B5JA 4I1DA 2ESNA 5B70A 3SEYA 1QVSA 1OVBA 1LFGA 4OESA 3VFJA 1MY0A 4LA9A 1Y1MA 5CC2A 3O29A 2THIA 2NXOA 2AIXA 3LSXA 4ECFA 3KSXA 2W7YA 4L17A 3JV9A 1MY4A 4ZECA 4IO3A 1ZLQA 1MG1A 1H43A 4JDFA 1B3GA 4U4SA 3TCFA 5HM4B 1ZU0A 1D4NA 3TTMA 1N7WA 5B7DA 1GR2A 3CIJA 2XX8A 2G93A 3FVKA 1A8FA 3S2VA 3S9EA 3EQ1A 4FAJA 3IB1A 2O84X 1ATGA 2O6AA 3OO9A 3V5AA 1MQGA 1TFDA 3UA8A 1P1UA 2DVCA 2FNCA 1Y20A 2AL5A 1WODA 2O1MA 3S4UA 1IUDA 3IB0A 3LSLA 1N3WA 4NF6A 2VOZA 2OJTA 1XHYA 1M5FA 3H7MA 4IY5A 2P1SA 1LB8A 2UVHA 4YKKA 3IAZA 4OQOA 1PB9A 3SERA 3UIFA 1B0LA 2DOJA 4KHZE 3CG1A 1DOTA 2O51A 4F18A 1SYIA 3E4RA 3MZBA 1JW1A 3RY3A 3DLNA 2UVJA 2GFEA 3T66A 4F1UA 2QS2A 4F3PA 1NNPA 2QS1A 1MXYA 3K01A 4XKRA 4ELQA 3U72A 2O1LA 2DP8A 3LBSA 2FA7A 5A5XA 5I2KB 4QSEA 4FIMA 2R71A 4EF2A 3OEMA 1JW4A 3PMXA 1KWHA 5H8QA 1FQFA 3LC8A 3MUQA 1AMFA 3GBBA 1H45A 2F7AA 4UACA 3SEUA 1NH7A 3VV5A 1FTLA 3OEKA 3H6VA 4G8MA 4O3BA 4AB5A 2VHAA 4RYAA 3PU5A 2ONKE 3PGFA 2XX7A 4G68A 5EHSA 3O9PA 3ECRA 3OXNA 4TLLB 3QAXA 4GFRA 3O97A 4PQJA 3IX1A 3IO4A 2DE3A 5H8NB 2V3QA 4I8CA 4HTGA 3VXCA 2XD3A 4OHNA 4LUBA 4IO6A 4JWXA 1LBCA 3TUSA 5L8DA 4BLAA 3K00A 4KFQA 1B52A 1BP5A 4PFWA 2VGQA 1FQCA 3QK6A 4R9GA 3IB2A 2QMXA 3VVDA 3EHTA 4BDQA 3HSTA 4FEBA 1A8EA 3WAFA 4JXIA 4NF8B 1IXIA 4EUOA 2ONRA 3LUYA 5JTYB 1H44A 2F8DA 5FHNA 4KYEA 3KGCA 3DP8A 2RC8A 3DM0A 1IZ1A 3PMVA 5DVIA 3TPAA 5KZTA 2PX1A 4C1UA 2DQVA 2Y7RA 4OWDA 2ABHA 2RINA 2GHBA 2NOOA 3UGWA 3TTLA 2Z8EA 4U1ZA 5H8SA 1MS7A 4XKQA 3RGYA 5CBRA 2UYEA 4YMAA 5L9SA 2DWIA 3TDJA 1A40A 3ZKLA 4F22A 1NH8A 1MQIA 5F1QA 3PPRA 2OLBA 2IA4A 1MY1A 1QUIA 4MF3A 3B6QA 1P1NA 1M5DA 2ALUA 3N6TA 3ILUB 1D3KA 2PMSA 4FEDA 4EF1A 1FW0A 1QKBA 3G3KA 4ZEDA 3KOTA 3QYTA 1MQHA 3RT8A 1SVXB 3MWBA 1IXHA 3OO7A 3IOUA 5IAIA 3TYHA 3DELB 3PPOA 3FD3A 4F29A 2ZNUA 2I58A 3RT6B 4XTCQ 4IO5A 1A7LA 2ZNTA 1HSEA 1JQFA 3CI8A 3IJOB 1B4HA 2GHAA 2ZYKA 1B46A 5EYFA 3USDA 4FJPA 3V89B 4NF8A 5DTBA 1B40A 4ZEBA 3BFUA 1Y3QA 4LONB 4OEVA 4ZZAA 5M2VA 2VD3A 3O2AA 4U4XA 1VE4A 1SW5A 2D3IA 3AXFA 3Q26A 4NTLA 1NNFA 2I4BA 4Q8RA 2I3VA 1D9YA 1LAXA 4YKPA 4DZ1A 5CMCA 1CE2A 1JEUA 2F7BA 3TKDA 3UK4A 2RC7A 4RK9A 3H6TA 5BWJA 1ZKBA 5I84A 1S50A 1YAEA 4QHQA 3VE1B 1EU8A 3ONMA 5H8FA 3IJXB 1ZMGA 1DSNA 1FTJA 3TCHA 2Z22A 2X7QA 5I59B 2F6PA 3FZVA 3H06B 4DE8A 4R73A 1SW2A 3N5LA 1VR5A 3IOVA 4OZ9A 1LB9A 3IORA 2X7PA 2F6GA 3VLUA 2RC9A 3WAEA 1PB8A 3K1MA 2Q2CA 3H4ZA 3TQLA 1N0TA 1IXGA 3K02A 3TFLA 3GXAA 4G2ZA 4TLMB 2X26A 2UVIA 4NF6B 4F2OA 1B32A 1SDXA 1AH5A 4OXVA 3PD8A 4G68C 1LFHA 3UN6A 2DSFA 4ND9A 3Q27A 1P99A 4U21A 4P0IA 2QRYA 4QFOA 4QF9A 4QSDA 2QJEA 1J1NA 1PDAA 2DE4A 2G29A 3SDFA 4FATA 1EZ9A 5ELVA 1B1HA 5KCJA 1UTHB 3T9HB 3HO7A 4ISUA 5A5XB 2XXHA 2V84A 2Q8JA 4QFKA 1II5A 2Y7KA 3L6HA 2A5SA 1P1WA 3R7XA 4EQ7A 4M1VA 3T96B 3G3IA 4TQUQ 1HSLA 1Q35A 5H8QB 3PUYE 1Y3NA 4R75A 4QFNA 4F3SA 1AIVA 1TFAA 3I6VA 3A3CA 1FTKA 1IEJA 3T9UA 3B6TA 5JEIA 4LATA 4QSCA 5I59A 4G68B 4Q0CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FHOA 1Q9DA 3TEPA 3TELA 1B7HA 2I4CA 2I48A 3BIHA 1B7ZA 3SKPA 3KN7A 4OFJA 4KPTA 1JNFA 4WEDA 2E1SA 3EKIA 1N76A 1OVTA 1ZBMA 2M8CA 4P56A 1B51A 3IFCA 3KZGA 1EH3A 3C9HA 5J16A 1B5HA 3C34A 4MLVA 2B4MA 3TQWA 4X1BA 3VLWA 2HAUA 4YICA 4F31B 4C0RA 1BLFA 3FV1A 1FPIA 3FV2A 3VLVA 1H3DA 1P1QA 2MKZA 2Y7IA 3FVGA 4RXLA 5AE4A 1T0KA 2HCAA 5DEXA 3N94A 1SBPA 4PE5B 2XXIA 4YAHX 2UYFA 4POXA 3FVNA 5ICTA 4JVCA 1YPNA 1SW4A 4F3BA 4PBQA 1UTHA 3MJNA 3K1PA 2NVUB 4BDLA 3TMGA 1PBPA 4BDNA 1KA1A 2Z23A 3FJMA 2ANJA 4ZEIA 3KJTA 4MAGA 4PGPA 4JBZA 2ZYMA 5EQ8A 3LSWA 1R9QA 1XVYA 5FTIA 2DVZA 2HQ0A 2ZZXA 4PFRA 4FBPA 1FPJA 2CMOA 4KQPA 4R6YA 4H6DA 4YMBA 1QULA 5ITOA 4YB5A 5TP9A 1QJMA 4JWOA 1LAHE 3K6WA 2XD2A 4FECA 3H6UA 3T9VA 4XKNA 2F3BA 3IOWA 3PD9A 5IM2A 3SEXA 2B3BA 4XF5A 3CFZA 1OMPA 1SW1A 2QS4A 4FORA 5I58B 3HHFA 3MP8A 3SEVA 2ZXTA 3JYRA 4ZDMA 1RYXA 1US4A 4ZE8A 4C1TA 3DP6A 1IIWA 5I3SA 1N04A 2FYIA 1VFDA 4MH5A 5ISUA 3T9XB 3Q25A 2RCBA 4MCOA 4U2RA 5AA3A 4P3LA 3RPLB 4ELOA 1POY1 2UVGA 3ODBA 4AB6A 4N6DA 5I2NA 4H8IA 4IB2A 3OENA 4QRZA 4RJZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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