3OOAA

Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
MSVSDGNGPITFGSNYSDEAPKAAFASLMQQATTSTTVPVTVNTTDHNTFQNNISNYLQGTPDSLATWFAGYRLQFFAAQGLLTPIDDVWDKIGGTFNDAAKSLSKGLDGHYYLVPLYNYPWVVFYNKSVFQSKGYEVPASWEAFIALARKMQSDGLVPLAFADKDGWPALGTFDILNLRINGYDYHIKLMKHEVPWTDPGVTKVFDQWRELAAYQQKGANGRTWQDAAKALENKQAGMMFQGSNQVAANYSAKNLPDLDFFVFPAINPQYGTDYMDAPTDGFILPKKGKNAAAAKKVLQYIGTAEAEAAFLKTDHWDVGLANGLIAPTYNDIQKKSVAEIGKCKSVSQFMDADTVPDMANAMIKLIQQFIDQPTPETIATVQKSAEDQAKTIFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the bacterial solute receptor AcbH displaying an exclusive substrate preference for beta-D-galactopyranose
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Actinoplanes
molecule keywords ABC transporter binding protein AcbH
total genus 138
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ooaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ooaA02
2Q89A 2HEUA 3O2AA 1SW5A 1P1OA 2UYEA 3O66A 3TEPA 2XXIA 3RNNA 4KYSA 4GF8A 1WODA 4ONYA 5ELVA 3HN0A 4EUOA 1MXVA 4OFLA 3O9PA 3FVOA 1NH8A 4ZECA 4JBZA 4DZ1A 2O51A 1TFAA 5L9OA 4F22A 4OVJA 3EHSA 1LBCA 3FZVA 3UGWA 4JDFA 1NNFA 5DVIA 1D9VA 3CSGA 1IITA 3B7DA 3T66A 3UP9A 1JVXA 4IO4A 1UQWA 2RCAA 3E13X 3IOUA 2B3FA 3O6HA 1XOCA 1B6HA 1H44A 3IOWA 1B1XA 4OQOA 5H8QA 3LR1A 4N13A 3QSLA 3MVZA 1AIVA 5TPAB 4F1UA 1LBBA 2LAOA 4YB5A 1KWHA 4H1XA 1B05A 3VLWA 4BLAA 5ITOA 4EXKA 1UIUA 3CG1A 4F31B 2DSFA 1MXZA 5EHSA 3MP6A 4BDLA 5I59B 3IJOB 2ZNSA 3MZ9A 5H8HB 3O29A 2Z23A 2HCAA 2YJPA 3CRBA 1D3KA 1PBQA 2OCUA 1ELJA 2HXWA 2O1LA 3K01A 1MPBA 2XXXA 1UTBB 4G68B 1OLAA 3GBAA 2OLBA 4OENA 1S7YA 4R72A 1QUKA 1FQEA 4DE8A 3PMVA 4E0WA 4LA9A 2O1MA 4U21A 4FE8A 4IY5A 1ZTYA 3UA8A 1B5IA 2HZKA 3DP4A 3OMBA 2V25A 3K0VA 4X1DA 4NF8B 1I6BA 1UTBA 3BFUA 1SYIA 4HTGA 1NNPA 3LBSA 4RNSA 4BDQA 2NWJA 1EZ9A 3E9XA 1QW0A 4WXJA 2XXHA 3SETA 3Q26A 2OWTA 2RC9A 1O64A 2XD2A 2REGA 4GWOA 3TKDA 5CBSA 4NF8A 1MQHA 3L6GA 5H8SA 1Q1KA 3OO8A 3G3KA 1ZLQA 3MPLA 3Q25A 5CBRA 1FQCA 3FJMA 5IAIA 1B4HA 2ESNA 4NTLA 1M5EA 1SI0A 4FJPA 1B7ZA 3FV1A 4PFYA 3PPOA 3E3KA 1ZJLA 4NEDA 4IO3A 3K6UA 5I56B 4U23A 2I3VA 1B1HA 4AB6A 1POY1 1A55A 4LONB 2Y7KA 4YZZA 4ZZAA 3GBBA 3LSFB 1D4NA 3H6VA 1YTVA 4QHQA 5BUUA 4F1YA 1IIWA 2I6EA 1MQIA 3GLBA 3OENA 5AA2B 4KYDA 2D3IA 4C1UA 4LUBA 4R9FA 1Y3PA 2DXRA 2DVZA 4M4GA 1JQFA 1URDA 3PMWA 2DE2A 1UTHA 1XC1A 2P2AA 2ZMBA 4JSDA 1IXHA 3KJTA 2X7QA 3PV0E 3A3CA 4FEBA 2Y7IA 2R71A 1JW1A 1OQGA 4TLLB 2Z22A 3PUVE 4LZ5A 1HSEA 4IO7A 4UACA 2QL3A 3IOTA 4N07A 3ILTB 3T9XB 4I1DA 1DTGA 2B65A 3OSRA 1F9BA 4RXLA 4R73A 2ZYOA 4OTEA 3U72A 1Y1MA 4YB7A 4ESXA 2Y7PA 3R26A 4NF4B 1Y4CA 4GXSB 1O63A 1EZOA 1B7UA 3K1NA 3VDFA 3PGFA 2QPQA 3ZS6A 2RINA 2F35A 4R2FA 2E1SA 2O84X 1RKMA 1SW4A 3IB0A 4RJZA 2F34A 2THIA 3FUZA 2HQ0A 4NF4A 3S4UA 2QRYA 5JTYB 2FNCA 1IEJA 3FJ7A 2GHAA 4GRKA 2NOOA 3DM0A 1TWYA 3ZKLA 4NF6B 3KG2A 4MLQA 3H4ZA 2Q2CA 3TUSA 4JXIA 3K1MA 1SQYA 5KCJB 3FXRA 2UVJA 4ELPA 4F18A 5KZTA 1NMUA 2BJJX 3RT8A 3EHTA 1UIVA 3IB2A 3OD7A 2GH9A 4KR5A 5JTYA 1FQAA 1VSOA 2QMXA 1OVTA 3SERA 1B3FA 1PB8A 2R6GE 4KFQA 4ISUA 3WAFA 2ZYMA 4HS7A 4RK2A 4POXA 4THIA 5KCJA 1O7TA 5J1DA 4R2BA 3L6HA 2V3QA 4OMBA 3UIFA 1NH7A 4QRZA 1II5A 4F29A 3TMGA 5DEXB 1DSNA 1URGA 4G8MA 2VGQA 1R9QA 3MAMA 1B2HA 1B3LA 2KLFA 4ZE8A 3N94A 2HAUA 4FORA 1B3HA 4PE5B 3TFLA 1N76A 1SYHA 3T9HB 1LFIA 1B0LA 1A40A 2Y7RA 3EF7A 1POTA 1FTJA 3PPRA 4R74A 4X48A 4JB7A 4R6YA 5DEXA 4IO2A 1FTKA 3C4MA 2CMOA 4Z7EA 1P1QA 2A5TA 2XXYA 1MY0A 5I57B 4YKJA 2GHBA 1IZ1A 1MDP1 3T22A 3EN3A 2F36A 3USDA 4FATA 4BDRA 3P7IA 3FASA 5CMCA 3OOAA 3PPPA 3M3KA 1Y1ZA 3FJGA 2RCBA 4NMYA 2F7CA 4LZ8A 3SEYA 5I57A 1M5FA 4ZEKA 1QUIA 1I69A 1MY2A 5CM6A 3QIMA 1AMFA 1QUJA 1Q35A 1P99A 4U4XA 5I58A 2ZYNA 3O28A 3OXNA 4I62A 2OZZA 5IKBA 3U1OA 4DXCA 3ONMA 4FEDA 2DWJA 2V93A 3SKPA 3RT6B 2I0CA 1JVYA 3TTLA 2Z8DA 4L17A 1GR2A 4XXUA 3O97A 3U93A 4I8CA 3D4GA 2Z8EA 2QS4A 5H8QB 1VR5A 1ZMGA 4GOTA 4IGTA 2NVUB 3H03A 4KCDA 3LSLA 1ZIUA 2XHDA 4EF2A 4G77A 3MP1A 2PBWA 3T9UA 1B4ZA 3HPIA 2WKYA 1IXIA 4YMBA 1DMBA 4XIGQ 2I49A 1T0KA 4GVOA 1ZBMA 1GTKA 4RPOA 2FYIA 2DQVA 3CFLA 1JETA 2DXYA 3ODBA 1MRPA 1EH3A 3IJXB 1B0HA 4IO5A 4F39A 2O69A 3MZ1A 5A5XA 4XKNA 3FVKA 2DWAA 1B46A 1EZPA 4XKPA 4ESWA 5DT6A 1DPEA 4OHNA 1MXYA 3C31A 3LUYA 3Q29A 3QUJA 1SD3A 2H9BA 2V3TA 3FVGA 5BWJA 3LSWA 3HHFA 4M1VA 4YU0A 2V84A 2B3BA 4U4SA 3IAZA 1JEVA 1OVBA 3A3UA 1EU8A 4H5GA 5B7DA 3I5OA 3R6UA 1LAGE 4Z0IA 4H8IA 2R9JA 3RUMA 3R7XA 1B3GA 2OBGA 5EHMA 1FTLA 4ND9A 2HZLA 2FA7A 1PBPA 1Y3NA 1LAHE 3CIJA 3TQWA 3TCFA 3PPNA 4G4PA 3VV5A 2GRVA 4PETA 2IEEA 1FQDA 1B58A 2H5YA 1I6QA 1IUDA 3T93B 1A99A 3EHUA 4IB2A 1NNKA 1NNTA 3TCHA 4DXUA 1SI1A 3IORA 2OJTA 2ZYKA 4P0GA 3VXBA 3S9NC 2ONKE 3N6UA 2VD2A 4F2OA 5TU0A 3D4CA 3ZSFA 3OSQA 3H6WA 4NWDA 1PC3A 4RPNA 3SEUA 4F3BA 2UVIA 4U22A 2F78A 1CB6A 4PP0A 4YB6A 3TCGA 3AXFA 1XVXA 4O3BA 4MLVA 1TXFA 3H3GA 5L9SA 5I2KB 4NWCA 1SVXB 3OEMA 5DTBA 4QSDA 3F11A 1Y9UA 4GQOA 3VFJA 1QULA 3H7MA 4Q0CA 4GD5A 2XXRA 3JYRA 3FIRA 4OETA 3Q27A 1ANFA 2REJA 3PD8A 4IO6A 1VFDA 3SEVA 4P11A 3QXMA 3RY3A 1UTHB 5I2KA 2Q8JA 2PVUA 2QSXA 5HPQA 1USYE 4F2QA 3MW0A 3RQTA 4YICA 4IGRA 1OIBA 4BDMA 1FQBA 3C36A 3VE1B 1CE2A 4IY6A 1MQJA 4R9GA 2XX8A 1QJMA 5FHOA 4HCYA 2QS1A 3IX1A 3G3GA 3W9VA 1H43A 3PU5A 4QFKA 2ANJA 4RYAA 1S9TA 4H8JA 3TTMA 4GXAA 3TDJA 2H4IA 2YPNA 3PMXA 3BKIB 4G8NA 3C35A 3VVFA 3EQ1A 1GGGA 2PYYA 3HSTA 2F97A 4U2RA 3CVGA 3FVNA 4NE4A 4WKMA 1H76A 4FIMA 1GV8A 2DWIA 3HCQA 3QYTA 5ICTA 4FECA 4X9TA 1LAFE 4G2ZA 1LFGA 1N84A 4KD5A 3TZAA 4H0WA 4ZEBA 2F5XA 3MPKA 4ELOA 3B6WA 5AA4B 3K1PA 3GXAA 1B3EA 4HCWA 1MQDA 4F3SA 5DVFA 5HM4B 3PUXE 4C0RA 2OWSA 3EPEA 1N7XA 1WDNA 2HFBA 4ELQA 2DS9A 3U94A 2QS3A 4O3CA 5AA4A 2DOJA 5H8NB 1TFDA 5L8DA 1H45A 1LAXA 1MDQA 3SDFA 4PFUA 4I9DA 3LC8A 4EQBA 1XS5A 1US4A 3Q28A 2P0SA 3VVEA 1ZU0A 4ZE9A 3W15C 4XKRA 2X7PA 2ABHA 3CFXA 3O6GA 5H8NA 1FCKA 4RY1A 2A5TB 1BIYA 1L5TA 2AL4A 4DCXA 2D5WA 3TQLA 4QFPA 1LB8A 2Y7WA 4LZ7A 5FTHA 1LCFA 1GVCA 1R9LA 2UYFA 1WVJA 3M3FA 3V5AA 1XVYA 3U8QA 2F7AA 5K2XA 1ATGA 1Y20A 2RKMA 3FXUA 5B70A 4OXVA 2XD3A 2PT2A 1FTMA 3KEIA 1AOVA 4BDOA 4QF9A 1B51A 5I58B 3CR9A 1MXXA 2ONSA 4ECFA 4OEVA 1YAEA 4NF5A 3TPAA 3FGSA 1MQGA 4XKQA 1US5A 5CMKA 3H6UA 1VFEA 5K2YA 2VOZA 3IB1A 4C1TA 4MF3A 3BFTA 4ZDMA 3DP8A 3S9MC 4MFIA 3V8XB 1B5JA 1BLFA 2V3UA 3TTNA 1FQFA 4JWYA 4ELRA 2DP8A 4R6HA 2UXAA 3TYHA 3BBRA 2Q88A 2I4CA 5ICQA 2X26A 3OEKA 1M5CA 2H25A 4E0XA 2XXTA 1SW1A 4JSOA 3MVWA 1IQ7A 3PD9A 5FTIA 1USYH 3OO9A 3CI8A 3K6XA 3SEXA 3KJ7A 5A5XB 4DDDA 3KOTA 3THIA 1AL3A 3IOVA 1XHYA 3KSXA 4F3PA 3O6IA 3MJNA 2UVHA 4MBPA 1OLCA 1QVSA 3PUZE 1I6AA 3KN7A 2I3WA 3FV2A 4YKIA 2AIXA 2CZLA 1VE4A 1P1NA 3IO4A 3VLUA 1H3DA 5CI5A 4OYVA 3U92A 4U1OA 1B52A 4GL8A 5LOMA 4F1VA 2ONRA 3N6TA 3C34A 4EF1A 3KZGA 4ZZEA 4X1BA 1M5BA 5CRYA 4PQJA 5CMMA 4DIGA 2F7BA 3MC2A 1PB7A 1MH3A 1Y3QA 4GL0A 3TAJA 4YAHX 4OWDA 2ZXTA 3SEWA 2F6GA 5M2VA 3MVYA 1R1NA 5TPAA 2QS2A 1A8EA 4KQPA 3VXCA 1BKAA 4EQ9A 2I58A 2P1SA 3B6QA 3E4RA 4K3FA 1N3XA 3ECRA 1MH4A 2M8CA 4Q8RA 2G93A 4DCYA 3H06B 1LB9A 4LQ2A 4OFJA 4H6DA 4QFOA 1LCTA 5I59A 1P1WA 1MY3A 1QKAA 3MVXA 2O68A 1ZKBA 2VP1A 5H8HA 1MPDA 1J1NA 1YPNA 4Q30B 3IL1B 1A7LA 3C33A 4N6PA 3S2VA 1FTOA 4LATA 5FHNA 3CFZA 3DP6A 4G68A 4KCCA 5I2NB 3I3VA 5I84A 3RLFE 1DTZA 3K6VA 1BTJA 1TT1A 3PPQA 1N04A 1D9YA 2I4BA 3M3LA 4UA8A 3G3IA 5DVJA 1B40A 3DLNA 5JK4A 3RPWA 5H8FB 4KHZE 5L9MA 5I2NA 4Q5TA 3GZGA 2W7YA 1RYOA 4JWXA 4ZEFA 3QAXA 1DPPA 3UN6A 2DE4A 2RF1A 1NL5A 3K2DA 3T9VA 2I48A 3MUQA 3V89B 1DOTA 3FXQA 1SW2A 3K6WA 3KFMA 3FD3A 4O3AA 5H8FA 3M8UA 2Z8FA 3W9WA 3G3JA 3A09A 1BP5A 2NUVA 2XX7A 4G68C 4HW8A 4LP2B 3IO6A 3IK6B 2Q2AA 3K00A 3OO6A 4GIZA 2VHAA 2ALUA 4MH5A 2QMWA 5JEIA 1MM7A 3KBRA 1PEBA 1Y4TA 2H98A 3N26A 4KI0E 1N0TA 2O7UA 1QKBA 2XXQA 5ITPA 3PUYE 2UVGA 5I56A 1RYXA 3UORA 4LQ5A 3RN8A 3KN8A 4RA1A 3OELA 1JEUA 2O7IA 4LVQA 1JNFA 4F3GA 5F7VA 1LSTA 1SDXA 1MPCA 1M5DA 3VLVA 3TTRA 1N7WA 4FAJA 4DXBA 2DYXA 5AA2A 2O6AA 4OERA 1NFTA 4R6KA 2YLNA 3T96B 2HAVA 4BDNA 1PB9A 4QSCA 4ZEDA 4H65A 2PX1A 4U1ZA 2XXWA 4ZS9A 2PT1A 1MM6A 4TOZA 4POWA 3MP8A 1Z7NE 2AL5A 4H67A 1JW5A 2QJEA 4YKPA 3HHGA 3TTKA 2A5SA 4EXLA 3I6VA 3VVDA 1R6ZA 5AE4A 3OO7A 1OMPA 4YMAA 1A8FA 2IA4A 4TQUQ 1YCJA 4GLIA 3MWBA 3HV1A 3DELB 4P0IA 3KN3A 4EDPA 4YKKA 2H99A 1A54A 2RC7A 1LLSA 3K02A 4PFWA 3TODA 5KDTB 5FHMA 1JW4A 4OESA 2NXOA 3JZJA 1B7HA 1IXGA 1LFHA 1MY4A 4F19A 4WEDA 4OZ9A 2Y84A 2AYSA 2ZNTA 2XXVA 3G3FA 2DE3A 2D21A 5AA1A 3KGCA 3ILUB 4GFRA 5KDTA 1MY1A 4AB5A 3C32A 3MQ9A 1AH5A 2OK2A 5CMBA 2I0BA 3UK4A 5ISUA 3WAEA 3HO7A 5CC2A 4NF6A 1URSA 4ZEIA 4G8HA 3JV9A 4EQ7A 4RK9A 4OEUA 1B9JA 5AA3A 1MG1A 3G3HA 2E0SA 1OQHA 2F8DA 1P1UA 1HSJA 4TLMB 1N3WA 1IXCA 3CG3A 1MXWA 4WEPA 5DYHA 4KPTA 3S9LC 3PUWE 4PFTA 3LSXA 1XT8A 2ZNUA 4KYEA 3ZKKA 1PDAA 1NKXA 3FATA 1Z7ME 4NF5B 5TP9B 5HBCA 1B5HA 2RC8A 2XXPA 3CSBA 2XX9A 3V83A 2F6PA 1LGBC 3C9HA 5F1QA 3QUFA 2G29A 3KOSA 5EYFA 3B6TA 4QFLA 3H6TA 3IR1A 5AA2D 1MXUA 2XXUA 1S50A 1B32A 3S9EA 2DWHA 5TP9A 3RTWB 1FW0A 3KSJA 3TELA 2DVCA 4JWOA 3RTFB 4R75A 1MS7A 3K4UA 1SBPA 4QSEA 4XTCQ 2VD3A 4DLDA 3RGYA 3MBPA 3N5LA 4AQ4A 2Q9TA 2GFEA 1HSLA 3G7WA 4OFOA 4QFNA 3SESA 3QK6A 4H5FA 3MZBA 2PMSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q89A 2HEUA 3O2AA 1SW5A 1P1OA 2UYEA 3O66A 3TEPA 2XXIA 3RNNA 4P56A 4KYSA 4GF8A 1WODA 4ONYA 5ELVA 4PBHA 3HN0A 4EUOA 1MXVA 4OFLA 3O9PA 3FVOA 1NUXA 4MNPA 1NH8A 4ZECA 4JBZA 4DZ1A 2O51A 1TFAA 5L9OA 4F22A 5IZZA 4OVJA 3EHSA 1LBCA 3FZVA 1VDWA 3B8BA 3UGWA 4JDFA 1NNFA 5DVIA 1D9VA 3CSGA 1IITA 3B7DA 3T66A 3UP9A 1JVXA 4IO4A 1UQWA 2RCAA 3E13X 3IOUA 2B3FA 4GWXA 3O6HA 1XOCA 1B6HA 1H44A 3IOWA 1B1XA 4OQOA 5H8QA 3GYYA 3LR1A 4MJOA 4N13A 2CZIA 4MMPA 2FBPA 2XA5A 5J16A 3QSLA 3MVZA 1AIVA 5TPAB 2XXKA 4F1UA 1LBBA 2LAOA 4YB5A 1KWHA 4H1XA 4PFRA 1B05A 4G61A 3VLWA 1FRPA 4BLAA 5ITOA 4EXKA 1UIUA 3CG1A 3QMFA 2DSFA 4F31B 5ET8A 4N8YA 2FIEA 1MXZA 5EHSA 3MP6A 4BDLA 5I59B 3IJOB 2ZNSA 2HPGA 3MZ9A 4NN3A 2HHMA 5H8HB 1LBZA 3O29A 2Z23A 2HCAA 3RYDA 2YJPA 3CRBA 1D3KA 1PBQA 2OCUA 1ELJA 4GWZA 2HXWA 1FJ6A 2O1LA 1K9YA 3K01A 1MPBA 2XXXA 1UTBB 4G68B 1OLAA 3GBAA 2OLBA 4R72A 1S7YA 4OENA 1QUKA 5EQ9A 1FQEA 4DE8A 3PMVA 2XWVA 4E0WA 4LA9A 2O1MA 4U21A 4FE8A 4IY5A 1ZTYA 3UA8A 1B5IA 2HZKA 5IM2A 4PC9A 3DP4A 3OMBA 2V25A 3K0VA 4MNCA 4X1DA 2ZZVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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