3P66A

Time-dependent and protein-directed in situ growth of gold nanoparticles in a single crystal of lysozyme
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Time-dependent, protein-directed growth of gold nanoparticles within a single crystal of lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3p66A00
4A7DA 1LHMA 1TDYA 4WO6A 3IJVA 1LSDA 4NSGA 1YKZX 4NGIA 1GDXA 4UWUA 3WXTA 3GXKA 4H91A 4HTQA 4R0FA 1IX0A 1LCNA 5LAFA 4DWXA 2C8OA 3A93A 1QSAA 1HEQA 2HEAA 4OW1A 1LJGA 1V7SA 5HNLA 2GV0A 4DT3A 1GPQC 4G9SA 2YBNA 2I6ZA 3LYZA 1GE1A 3WVXA 4TSCA 4H8XA 4PRUA 5APDA 5I54A 1G7JC 1LJJA 2CWIA 1HMLA 1JTPL 1FBIX 3RU5A 4LYCA 2DKVA 3TMVA 5LYMA 2MECA 3AGIA 3EXDA 5APFA 2FYCA 1GEZA 2NWDX 4NG1A 4YENA 1B7QA 1G7LC 2XTHA 2BQIA 3AGGG 1CKFA 1UIFA 3SP3A 2BQNA 1F0WA 5FDJA 3WH1A 1BWIA 5LIOA 1B0DA 1OUEA 4DDBA 1YL0X 5LA8A 4B1AA 5I4YA 4GCBA 4G4BA 4HJYA 3AW6A 1ZMYL 4NFVA 2D4KA 2N5ZA 4WLXA 3A96A 1JKBA 3A6BY 3FE0A 2G4PA 2DQAA 5F9XA 3TXDA 1LJHA 1B7SA 2EIZC 1BB7A 4QDNA 5EBHA 2BQLA 1GEVA 2DQEY 2ZNXY 5T3FA 4HP0A 1DZBX 1QTEA 4MCKA 1BVKC 1GFGA 2D4IA 1VDPA 1LSGA 5LVHA 1NQIA 1XGPC 1XGTC 2HEEA 1LJIA 3EMSA 5AMYA 1B5YA 3WW6A 3A90A 4D9ZA 1LYZA 4Z3MA 1GXV2 4RW2A 3WU9A 4CGEA 4LZTA 1LJKA 1LMNA 1LZSA 1LYYA 3WUNA 1LJ3A 1VEDA 1HNLA 4L41A 4N1EI 4XJGA 4TWSA 5KXSA 2DQGY 1LSNA 5A3EA 3LYMA 4LYZA 5K7OA 5L9JA 3AYQA 4RLMA 3A3QA 1B5VA 4I0CA 1CJ9A 1P2CC 2C8PA 1AM7A 2EKSC 3LZ2A 4II8A 4KXIA 6LYZA 1UIHA 2F30A 3TXJA 5DLAA 1YAPA 1G7MC 1WTNA 1LZTA 1CNSA 2EPEA 2ZYPA 4Z46A 1WQOA 2Z37A 1BWHA 3TXEA 194LA 4YEMA 6LYTA 1DI3A 1GBSA 193LA 1GDWA 1LYOA 1C43A 1RE2A 3TXBA 4GCDA 3W3EA 2DQJY 4ANRA 4LGKA 1IY4A 1REZA 2D4JA 2LYMA 4OOOA 4H8YA 5FELA 5APEA 132LA 2B5ZA 4WM6A 1V7TA 1BHZA 2BQDA 4PGJB 4XN6A 4CFOA 1LHJA 1GD6A 4H9IA 5F81A 2LYOA 1B5ZA 4GCEA 4HTNA 4M4OA 1JJ0A 4FDYA 1GF7A 4B49A 1GBOA 1JKAA 1CJ8A 1RFPA 5DN5A 4CHXA 5HLLA 3CT5A 4WOAA 5IELA 1REXA 1GFHA 1VDQA 5E9RA 1HERA 4WLYA 2LHMA 1F6RA 2HECA 1REYA 3HFMY 1IEEA 4LT3A 4DD7A 1EQ4A 4H9EA 1YQVY 4YEOA 1IC4Y 4XJFA 1CJ6A 5JENB 1JISA 1GB8A 1OUJA 2ZIJA 1HFYA 1DI5A 2VB1A 1YROA 4ET9A 4ZEEA 1JJ3A 1FKQA 5B05A 1SLYA 4H94A 4ZIXA 1OUGA 3LN2A 1IO5A 1VDTA 2BLYA 1LYSA 5LVGA 4ETCA 5KXOA 1GE3A 4XJBA 1D6QA 2F4GA 1IWVA 2ZYCA 1VDSA 1YAMA 3QNGA 1GFEA 1GB7A 2Z19A 3CSZA 3LHMA 3ULRA 4NGOA 2YBLA 4PRQA 5KXXA 3WU7A 3BKVA 3WVYA 1FLUA 2Z38A 1IOTA 1LMOA 2LYZA 4QEQA 5HQ1A 4AGAA 1NBZC 1HSXA 1JUGA 1XEIA 2YVBA 1GFVA 2Z18A 133LA 2BQEA 3AW7A 4ETDA 3A67Y 4NHSA 1CKGA 5KKIA 3AB6A 1NMMA 2A7FA 1T3PA 1MELL 2HEBA 5KXRA 3TXKA 1HELA 1NDMC 1J1OY 1WQPA 2XBSA 1FN5A 2XBRA 3HBHA 1LJFA 3J4GA 2DQDY 4YM8A 4PPOA 3E3DA 1XEJA 1BB4A 1WVUA 1B5WA 2MEGA 3AGHA 1LZ1A 1GXXA 4LYOA 1OUAA 2F2NA 4DD0A 1DPXA 2G4QA 2HTXA 4H90A 1LZEA 4G4HA 1QDRA 1UIAA 1LZBA 1A2YC 5F16A 1KXWA 3TXGA 5LAGA 1LHIA 5C6IA 4HV1A 1LPIA 4NWEA 4NGVA 4WMGA 5LA5A 2FBDA 3MGWA 1IWUA 2MEEA 1F6SA 2MEIA 4DD1A 4NGWA 4B0DA 4XYYA 4BADA 3AZ5A 4HJVA 5DN4A 2H5ZA 4DDAA 1NHEA 1B7MA 3AJNA 4HJZA 3WU8A 3B72A 1J1PY 3N9AA 4N5RA 1GFJA 3A91A 1XGRC 4TX7A 3RZ4A 1IWXA 1XGQC 3TXFA 1GFAA 1D6PA 1IP6A 1GF5A 2BQAA 1LHHA 2F4AA 2YSSC 3B0KA 4XJHA 4B4IA 1LTMA 4G4CA 1BB3A 1FDLY 5FHWA 1LZCA 4X3BA 4DDCA 1G7IC 1IOSA 1GBZA 4C3WA 1C10A 2I25L 3W6AA 1FKVA 1XSFA 1YAOA 1AKIA 1INUA 3IWRA 4NHTA 1B7OA 7LYZA 4NSHA 2YBHA 2HU1A 3W6CA 4IJ4A 3W6EA 4H9AA 5LYZA 1YAQA 3RT5X 3WULA 1C46A 2XJWA 1WTMA 1HSWA 1IP5A 3P68A 4J7VA 4KL7A 1YL1X 1E8LA 208LA 3ZEKA 1QDTA 4BAFA 4LYTA 5KKJA 2W1YA 1UCOA 4H9HA 134LA 1CKDA 1N4FA 1H87A 5KXYA 3ZVQA 1JSEA 4NSIA 1GE2A 4DD9A 4EMNA 3GXRA 1DI4A 4ML7A 3CSQA 2IHLA 3WUMA 1GAYA 1GBYA 3G3AB 1C45A 1DXJA 2BQHA 1EL1A 1BQLY 1DKKA 1IP2A 1LMQA 1TAYA 1QIOA 1REMA 3D3DA 5HMJA 4NHQA 1HF4A 3AZ4A 1IR9A 1VAUA 153LA 1HMKA 1BB5A 1LMPA 4LFXA 1A4VA 3WXUA 3RNXA 4OOTA 1PS5A 4MR1A 3WUAA 5IHGA 1IOQA 1KIRC 4M6DA 1OUBA 3F6ZA 3EBAB 4AXTA 1IWYA 2BQMA 3TMXA 1LKSA 2Z39A 1LZRA 1I56A 1HEOA 4BAPA 2DQCY 2Q0MX 2YBJA 5KXTA 1GF8A 1AT6A 4WM4A 3K3TA 1GE0A 2W1MA 3M18B 5I5QA 1OUFA 1QQYA 4ETAA 4WG1A 4N9RA 4H92A 4OWHA 2ZNWY 4H9FA 1IR8A 4GCFA 4HPEA 4LFPA 1FLWA 4EOFA 1LAAA 5KY1A 1GF3A 1WQNA 3WPLA 1UA6Y 3LZTA 4IATA 2EQLA 1HEPA 1KIQC 4R6CA 5B07A 3A94A 4LYBA 1IOCA 1GF0A 1LKRA 2Z2FA 4H8ZA 4KPMA 3WMKA 1YILA 1D9UA 1LSPA 1LZ6A 5II3A 1TBYA 1EQ5A 2BQBA 1ZV5L 1C08C 1B9OA 1NDGC 3A8ZA 3WW5A 1LSYA 2LZTA 2ZQ3A 4XJIA 1GHLA 1WVVA 1SQ2L 1FLYA 1XEKA 4HSFA 1IORA 1BB6A 1JIYA 1YANA 5KXZA 3J6KA 1LZ9A 4PJ2C 4GLVA 4NHPA 4WM5A 3CSRA 4U3XB 4OWBA 4QY9A 4G49A 3BKHA 3W6DA 5APCA 1LMCA 5KXMA 1MLCE 2IFFY 2CJLA 1IP7A 3ATNA 1IWTA 3T6UA 2D6BA 1HENA 1LSBA 4XADA 5FSTA 2BQKA 1LZ4A 1DPWA 4H9CA 4XJDA 1F10A 1B7RA 4ETEA 5KJ9A 3CQLA 1TCYA 2BQGA 4PHIA 1GB0A 1NF5A 1GB6A 1QTKA 2AUBA 2BQFA 1IWZA 5B1FA 1JTTL 4H1PA 2DQHY 2Z12A 3D9AC 1WQQA 4O34A 4QGZA 2ZILA 1IY3A 1GF6A 1D0MA 1LMTA 3A95A 5B59A 135LA 1CKCA 1LZ8A 2HUBA 1LHKA 1RI8B 2LZ2A 1WQRA 5LINA 1HEWA 1D0KA 1UUZC 2ZWBA 3M3UA 1LSCA 4CFPA 5A3ZA 5KXLA 2MEHA 3WL2A 5IDDA 4GN5C 4RLNA 5HNCA 1LZDA 4NHIA 1OUCA 1LSEA 3ATOA 1IP3A 1XFPL 3AZ6A 4MSTA 1B5UA 2DBTA 1JPOA 3RW8A 1CJ7A 3OJPA 3QY4A 4YOPA 5M1YA 3A34A 3TMWA 1GFKA 1KXXA 4DYGA 4OWCA 4XENA 3W6FA 4LT0A 1GWDA 1QUSA 1RJCB 4W96A 2MEAA 5LVIA 5J7CA 5E4PA 1BVXA 5FCPA 4B4JA 1GBXA 5LXWA 4NSJA 1HFXA 2Y8PA 1GFRA 1UIEA 1OQMA 2PC2A 5DL9A 1G7HC 3T36A 1T6VL 2ZIKA 1JTOL 1GE4A 2FBBA 1HC0A 5KXKA 1LSFA 1KXYA 3TMUA 4LT2A 5LVKA 1WQMA 1PZYA 4I8SA 3P66A 2A7DA 3LYOA 1OUHA 4HPIA 4GCCA 1UIGA 1TEWA 3B6LA 4WG7A 4TSBA 1B7NA 2G4NA 4NIJA 2YBMA 2MEDA 4WLTA 3EO5A 5I4XA 1B2KA 5ILCA 4N1CC 1C7PA 1UACY 1QSWA 4LYMA 4NGJA 1NWGA 1QUTA 5I53A 4LT1A 5L3HA 3W6BA 1GBWA 1UC0A 1JSFA 2HU3A 1GB2A 1YIKA 2CDSA 4H93A 4N0JA 1OP9B 3N9EA 4DC4A 3FI7A 4ET8A 4RW1A 1BWJA 1H6MA 4DD2A 5LVJA 4WM1A 3N9CA 4NGKA 1HFZA 4DD3A 4NGZA 4TUNA 1J1XY 1DQJC 1NKHA 1LZYA 3A6CY 1AT5A 5ILFA 3VWOA 5KXWA 1FLQA 1LSMA 4TTDA 5D5FA 1LJEA 5B06A 1LZGA 5KXPA 8LYZA 1D0LA 2DQIY 3OK0A 4BS7A 3CT0A 3TXHA 1LJ4A 207LA 2ZQ4A 1GAZA 1XGUC 2DQFC 1UIDA 1Z55A 1LJNA 1LSZA 4ZFPA 4J0LA 4WLDA 5L3IA 5I4WA 1I20A 1LMAA 1B7LA 4WM3A 1W08A 1ZVHL 2MEBA 9LYZA 1GB5A 4HV2A 1KIPC 1OUDA 1IIZA 1JWRA 2D91A 4NWHA 1AZFA 4NG8A 4C5FA 1UBZA 4KT3A 2W1LA 4NY5A 1OUIA 3HBEX 1IP4A 4H9BA 4J1BA 5KXNA 1JJ1A 1YKXX 5C6JA 5HMVA 3WYHA 3P65A 5C6LA 4NEBA 1LZAA 4WO9A 2BQJA 1IR7A 3A3RX 4NGLA 4W94A 2WARA 1ALCA 1LZ5A 1VFBC 1O23A 2MEFA 2BAAA 2Z2EA 3LYTA 4J1AA 1GFUA 4CJ2A 4IASA 4OWEA 2BLXA 4N8ZA 5FEKA 4WL6A 3WPJA 1DKJA 4NGYA 3B0OA 2HEDA 3A92A 3ZVQB 4RDSA 1GFTA 5D5CA 2FYDA 1HHLA 1EQEA 3CT1A 1UICA 4WL7A 4B4EA 1GB9A 1W6ZA 4GLAA 4UWNA 5F9UA 1I1ZA 1LHLA 1RCMA 4UWVA 4WM2A 2BQCA 2X0AA 1CKHA 4YF2A 2YDGA 3WPKA 1GB3A 1HEMA 1VATA 3TXIA 4OWAA 1JEFA 2I26L 1LSAA 3QE8A 1IC7Y 3HBDA 1UIBA 1ZVYB 1IVMA 4Z98A 2RSCA 4GN3A 1IP1A 3IJUA 4P2EA 1YKYX 2CGIA 2BQOA 5DM9A 3G3BB 1NBYC 1JKDA 5LYTA 2BPUA 5F14A 2H9KA 4GN4A 4ETBA 154LA 1LZNA 2H9JA 5B1GA 4E3UA 1JHLA 4HTKA 1GF4A 1B7PA 3P64A 3CB7A 1JITA 1GF9A 2YBIA 2HEFA 1IC5Y 1B5XA 1IWWA 3P4ZA 4Z41A 1JKCA 2W1XA 3AZ7A 4FJRA 1BGIA 1LOZA 3B0IA 3KAMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A7DA 4HTQA 1IX0A 1ZURA 5LAFA 2OU9A 3A93A 1QSAA 1KS3A 1LJGA 147LA 4DT3A 252LA 3LYZA 3WVXA 1LJJA 1HMLA 1L92A 232LA 3TMVA 102LA 104LA 217LA 4YENA 128LA 1B7QA 1G7LC 3HUAA 1SX2A 1F0WA 4DDBA 4B1AA 5I4YA 172LA 4GCBA 4K5YA 1OV7A 4NFVA 2D4KA 4WLXA 1JKBA 3FE0A 140LA 2DQAA 1LJHA 3C80A 1LYHA 4MCKA 2D4IA 5I14A 257LA 1LSGA 1L01A 4D9ZA 4Z3MA 3WU9A 4CGEA 1LMNA 230LA 170LA 184LA 4I7OA 2DQGY 3LYMA 1B5VA 1AM7A 3LZ2A 1UIHA 4PK0A 4S0WA 2EPEA 3C7WA 1WQOA 1BWHA 4W56A 1DI3A 2LCBA 3TXBA 4GCDA 4ARQB 1IY4A 1CV4A 4OOOA 5FELA 5APEA 1BHZA 1LHJA 1GD6A 2LYOA 1B5ZA 4GCEA 4OO9A 5HLLA 139LA 3CT5A 1REXA 150LA 3DMXA 1F6RA 1I6SA 1KW5A 123LA 1L36A 1L67A 1CJ6A 235LA 1JISA 1GB8A 1DI5A 1L28A 4ZIXA 1OUGA 3LN2A 1VDTA 1L02A 2F4GA 1IWVA 189LA 4EXMA 1GFEA 3HUKA 3WU7A 4W52A 4QEQA 3C83A 5HQ1A 1XEIA 2YVBA 4W57A 2Z18A 4ETDA 1L63A 1NMMA 2A7FA 4W54A 5KXRA 1J1OY 1DYBA 1LI6A 1NDMC 2RBRA 3HBHA 2DQDY 4PPOA 1BB4A 1WVUA 262LA 1C6LA 2F2NA 1DPXA 2HTXA 4H90A 1LZEA 1A2YC 5F16A 4WMGA 3MGWA 1IWUA 2MEIA 4NGWA 4B0DA 1L44A 3RUNA 4DDAA 3AJNA 2RB0X 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4A7D A;  1LHM A;  1TDY A;  4WO6 A;  3IJV A;  1LSD A;  4NSG A;  1YKZ X;  4NGI A;  1GDX A;  4UWU A;  3WXT A;  3GXK A;  4H91 A;  4HTQ A;  4R0F A;  1IX0 A;  1LCN A;  5LAF A;  4DWX A;  2C8O A;  3A93 A;  1QSA A;  1HEQ A;  2HEA A;  4OW1 A;  1LJG A;  1V7S A;  5HNL A;  2GV0 A;  4DT3 A;  1GPQ C;  4G9S A;  2YBN A;  2I6Z A;  3LYZ A;  1GE1 A;  3WVX A;  4TSC A;  4H8X A;  4PRU A;  5APD A;  5I54 A;  1G7J C;  1LJJ A;  2CWI A;  1HML A;  1JTP L;  1FBI X;  3RU5 A;  4LYC A;  2DKV A;  3TMV A;  5LYM A;  2MEC A;  3AGI A;  3EXD A;  5APF A;  2FYC A;  1GEZ A;  2NWD X;  4NG1 A;  4YEN A;  1B7Q A;  1G7L C;  2XTH A;  2BQI A;  3AGG G;  1CKF A;  1UIF A;  3SP3 A;  2BQN A;  1F0W A;  5FDJ A;  3WH1 A;  1BWI A;  5LIO A;  1B0D A;  1OUE A;  4DDB A;  1YL0 X;  5LA8 A;  4B1A A;  5I4Y A;  4GCB A;  4G4B A;  4HJY A;  3AW6 A;  1ZMY L;  4NFV A;  2D4K A;  2N5Z A;  4WLX A;  3A96 A;  1JKB A;  3A6B Y;  3FE0 A;  2G4P A;  2DQA A;  5F9X A;  3TXD A;  1LJH A;  1B7S A;  2EIZ C;  1BB7 A;  4QDN A;  5EBH A;  2BQL A;  1GEV A;  2DQE Y;  2ZNX Y;  5T3F A; 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 1GB5 A;  4HV2 A;  1KIP C;  1OUD A;  1IIZ A;  1JWR A;  2D91 A;  4NWH A;  1AZF A;  4NG8 A;  4C5F A;  1UBZ A;  4KT3 A;  2W1L A;  4NY5 A;  1OUI A;  3HBE X;  1IP4 A;  4H9B A;  4J1B A;  5KXN A;  1JJ1 A;  1YKX X;  5C6J A;  5HMV A;  3WYH A;  3P65 A;  5C6L A;  4NEB A;  1LZA A;  4WO9 A;  2BQJ A;  1IR7 A;  3A3R X;  4NGL A;  4W94 A;  2WAR A;  1ALC A;  1LZ5 A;  1VFB C;  1O23 A;  2MEF A;  2BAA A;  2Z2E A;  3LYT A;  4J1A A;  1GFU A;  4CJ2 A;  4IAS A;  4OWE A;  2BLX A;  4N8Z A;  5FEK A;  4WL6 A;  3WPJ A;  1DKJ A;  4NGY A;  3B0O A;  2HED A;  3A92 A;  3ZVQ B;  4RDS A;  1GFT A;  5D5C A;  2FYD A;  1HHL A;  1EQE A;  3CT1 A;  1UIC A;  4WL7 A;  4B4E A;  1GB9 A;  1W6Z A;  4GLA A;  4UWN A;  5F9U A;  1I1Z A;  1LHL A;  1RCM A;  4UWV A;  4WM2 A;  2BQC A;  2X0A A;  1CKH A;  4YF2 A;  2YDG A;  3WPK A;  1GB3 A;  1HEM A;  1VAT A;  3TXI A;  4OWA A;  1JEF A;  2I26 L;  1LSA A;  3QE8 A;  1IC7 Y;  3HBD A;  1UIB A;  1ZVY B;  1IVM A;  4Z98 A;  2RSC A;  4GN3 A;  1IP1 A;  3IJU A;  4P2E A;  1YKY X;  2CGI A;  2BQO A;  5DM9 A;  3G3B B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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