3PPQA

Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solutes binding specificities of bacillus subtilis abc transporter opuc
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
271
structure length
271
Chain Sequence
TIKIGAQSMTESEIVANMIAQLIEHDTDLNTALVKNLGSNYVQHQAMLGGDIDISATRYSGTDLTSTLGKEAEKDPKKALNIVQNEFQKRFSYKWFDSYGFDNTYAFTVTKKFAEKEHINTVSDLKKNASQYKLGVDNAWLKRKGDGYKGFVSTYGFEFGTTYPMQIGLVYDAVKNGKMDAVLAYSTDGRIKAYDLKILKDDKRFFPPYDCSPVIPEKVLKEHPELEGVINKLIGQIDTETMQELNYEVDGKLKEPSVVAKEFLEKHHYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solute binding specificities of the Bacillus subtilis ABC transporter OpuC
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bacillus subtilis
molecule keywords Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein
total genus 100
structure length 271
sequence length 271
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ppqA01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3ppqA02
3LSXA 3MP8A 3FVOA 2DOJA 1VE4A 3MZBA 3MPKA 1B3FA 1XHYA 1D4NA 1BIYA 2THIA 1US5A 3FGSA 3JYRA 3QUFA 5L8DA 2PT1A 4OESA 5AA2B 3V83A 4QHQA 3TYHA 3L6HA 1SYHA 4LA9A 5KDTA 4R2FA 1MXYA 1MDP1 2I4BA 2A5SA 2GRVA 5H8HB 4ESWA 1B2HA 4X48A 3IJOB 1TXFA 5CBSA 5I59A 3E9XA 3PPPA 3GBAA 4DXUA 1O63A 1QUKA 5DVIA 3O29A 3FXQA 1RYOA 3LBSA 4GRKA 2YLNA 3G3FA 4I1DA 4DIGA 5AA4A 4YKKA 1Y1MA 3V89B 4I8CA 2I3VA 1PEBA 3IB1A 3T9UA 2FYIA 1FQBA 3TQLA 3C36A 1MXVA 4THIA 1P1OA 2R71A 3C33A 3A09A 4Q30B 5DEXB 2PT2A 5ELVA 4EUOA 3EHSA 2RC7A 3TZAA 4F31B 1P1QA 3K2DA 1Y3QA 2Y7PA 3IOTA 4FAJA 4KI0E 2V3QA 2DXYA 1AMFA 2ZYNA 3SEVA 3EPEA 3B6WA 2OWSA 3A3CA 4MLQA 5ICTA 3KN7A 4OVJA 3I3VA 1PC3A 4ZZEA 5DTBA 4H8JA 5L9SA 1DTGA 4K3FA 3MVZA 5I59B 1VR5A 3IO4A 1N3WA 4G8HA 1US4A 3H3GA 2YPNA 1BKAA 1NKXA 4ZEFA 1NNTA 4HCYA 4FE8A 5I58A 1B1HA 1NNPA 5EHMA 1I6QA 4U2RA 2OZZA 3C35A 1PBQA 3TQWA 1DSNA 2ZNSA 4HCWA 1NNKA 1USYH 2DWAA 4IO6A 4G4PA 3IL1B 5ITPA 1MM7A 3FASA 3JV9A 3HSTA 5KZTA 3KG2A 1H43A 2H98A 5M2VA 1LB9A 3G3GA 3MVYA 3TCFA 2Y7IA 3DP4A 3TCHA 4PE5B 1LAGE 4G77A 1FCKA 5CMBA 2Y7RA 2P1SA 4G2ZA 2X7PA 2PBWA 2O1MA 3HO7A 3TMGA 1AL3A 2OJTA 1B5JA 2DE3A 1B0HA 4QFKA 2F7CA 4LONB 3PD8A 2E0SA 3MBPA 3MP1A 2R6GE 4OHNA 3VXCA 1S7YA 3THIA 1XVXA 3ECRA 4MH5A 2CZLA 4PFWA 2BJJX 1LBCA 1N76A 3S9LC 1N04A 4BDOA 3TTRA 4GVOA 3QXMA 3S9NC 1WVJA 4H8IA 3UORA 4WEPA 1B3EA 1A99A 4KYSA 3FZVA 3KGCA 5CM6A 5I58B 1SI1A 2QS1A 2DE4A 3VVDA 3EN3A 1MDQA 1SBPA 4Z0IA 5H8QA 2VP1A 1QVSA 4BDQA 4GXSB 2R9JA 4AB6A 5I56A 2I4CA 3LSLA 4IO2A 4RXLA 4NF5A 1GV8A 2DSFA 3T96B 2Y7WA 3TDJA 3C34A 4F1UA 4OMBA 1AOVA 1IXGA 3K6VA 3KSXA 2B3FA 3FV2A 2X7QA 5I2KA 2ZYKA 3K00A 5JTYA 2XXRA 4QSEA 2HFBA 4R74A 1B0LA 4U23A 3O6GA 1ZLQA 3VXBA 2E1SA 2DVZA 4RJZA 4N6PA 1B40A 3SKPA 4ZE9A 3KZGA 2QS3A 3VLWA 2VD2A 3FJGA 3M3FA 3TTNA 5F1QA 2I6EA 3GZGA 3SESA 4NWDA 2ONSA 2G93A 2B3BA 3A3UA 2V3TA 2A5TA 3SERA 4OEVA 4NEDA 3QUJA 1S50A 3OSQA 3OO6A 2Q8JA 2PVUA 1B9JA 3HHGA 2XXHA 3USDA 1SW4A 3B6QA 1O7TA 4YU0A 3PUYE 4KQPA 1Y20A 3MW0A 4IO4A 3TTKA 3LR1A 4F3BA 1MG1A 4XKRA 3CI8A 3K6WA 1NH8A 3FXRA 2RCAA 2H5YA 3CSGA 4NF5B 1N84A 1LSTA 1A54A 4ZECA 1YPNA 2X26A 5AA2A 2DE2A 1NMUA 3OO7A 5H8NB 2I0CA 3ILTB 4ELPA 1IEJA 5HBCA 5I2KB 5JTYB 4QFNA 2O7IA 5J1DA 3M3LA 1ZBMA 4YZZA 1B6HA 3MPLA 3Q26A 4U1ZA 3C4MA 4DLDA 3OSRA 4F39A 2QL3A 4QRZA 4F3PA 1LFIA 1I6AA 1HSJA 4OEUA 3K4UA 4R6HA 1JW5A 4GL8A 3QAXA 4X9TA 1P99A 4X1DA 4ELQA 2DWHA 3RGYA 1OQHA 4F2OA 4KPTA 4TLMB 3PUZE 2A5TB 1OIBA 4DXBA 1B51A 3CFXA 3K1PA 2HZKA 4LUBA 1ZTYA 3K1MA 1Y4TA 3BKIB 4LATA 2XXQA 2VHAA 3VVFA 4TQUQ 5CMCA 3ZS6A 4YMAA 3HHFA 3CG1A 5K2XA 1VFEA 4M1VA 3GBBA 1TFAA 3R7XA 1N3XA 1URDA 3OELA 3H7MA 2I49A 2QRYA 4GQOA 1IXCA 3OEMA 3G3KA 4ZDMA 3TODA 3SEUA 4DCYA 4E0WA 3U8QA 1F9BA 3RQTA 4MBPA 3IK6B 2RC9A 5DT6A 4YAHX 1B3HA 3TKDA 3CSBA 3OEKA 4BLAA 1SD3A 1A40A 1VFDA 1FTMA 4OTEA 5EYFA 1XS5A 4U4XA 4ZEKA 3RTWB 4R6KA 2GFEA 3EHUA 1JQFA 3QIMA 1H3DA 3C32A 4H1XA 4XIGQ 2ONKE 1SVXB 1LBBA 2XX7A 1P1NA 1MY4A 3R26A 3O9PA 1BLFA 2M8CA 3M3KA 1NH7A 4WKMA 1QULA 2D21A 1B7ZA 1B5IA 4PFUA 1B7HA 1S9TA 4I9DA 4JXIA 2DWJA 2RKMA 2GHAA 2HZLA 2Z8FA 2F97A 3UN6A 1MS7A 4XKQA 5A5XB 1SI0A 5BWJA 4R75A 3MWBA 2NUVA 3W15C 1MXXA 3IORA 3IOVA 4M4GA 3FJ7A 4POXA 2O7UA 4IB2A 2ALUA 2PX1A 1ZMGA 1JETA 4FEDA 4RYAA 2QMWA 4XKPA 4Z7EA 1DPPA 5CBRA 3TTLA 3OENA 4O3BA 2O84X 1BP5A 4ELRA 5JEIA 1JW1A 3ZKKA 1B3LA 1POY1 1DPEA 4H67A 4RNSA 4YICA 3O6HA 4EQBA 1JW4A 1B4HA 4FATA 2O1LA 2H25A 3OD7A 3H6UA 2F34A 2Q88A 1UIUA 2REGA 1MPDA 3VV5A 4ISUA 3TFLA 2NWJA 1Q35A 4JSDA 3AXFA 2O68A 3IB2A 1SW2A 4JBZA 3V5AA 3H6TA 4R9FA 1PB7A 4F18A 4DXCA 2HAUA 3RTFB 3ONMA 4GF8A 3T93B 2XXXA 3FV1A 1RKMA 2HCAA 3KSJA 2DYXA 3KOTA 3BFTA 4F22A 3TPAA 1HSEA 2XXVA 3DP6A 5IAIA 4C1TA 3T9VA 2FNCA 4NF6B 3SEYA 4FECA 4ZZAA 1B5HA 2XD3A 3UGWA 4EXLA 3IOWA 2G29A 1OMPA 2UVGA 3MC2A 2Q9TA 3FVKA 2ZMBA 2H9BA 3KFMA 4AQ4A 2D3IA 4U4SA 1MQGA 1EU8A 1Y4CA 4X1BA 4KYEA 3Q29A 3LUYA 2OLBA 1YCJA 1JNFA 3PPOA 1USYE 2RINA 2V3UA 4KHZE 3C31A 4NWCA 1R9QA 1FQAA 4POWA 1FTOA 3PPRA 3VDFA 2XX8A 1XC1A 4MFIA 4JSOA 3U94A 3FUZA 2QS2A 4IGTA 4IY6A 3K02A 1PB8A 1O64A 4FIMA 2PMSA 1Y3NA 2XXYA 3RN8A 2P0SA 1M5FA 3D4GA 2VOZA 2ZYOA 2B65A 1QKAA 2VGQA 3C9HA 4U21A 4G8MA 1MXWA 2ONRA 3E13X 3O97A 1JVYA 3CG3A 1UTHB 3MJNA 3RY3A 1P1WA 2O69A 4R73A 4OERA 5DVFA 4C1UA 4ND9A 3PMVA 2Z22A 4RPOA 2ANJA 4R2BA 3MAMA 2DXRA 3G3JA 4U1OA 1OVTA 3MZ9A 1QUJA 3P7IA 1A7LA 5I84A 5H8NA 3G3HA 2DQVA 4F3GA 3S4UA 1OQGA 1M5CA 1ZIUA 2F6GA 2RC8A 3RUMA 1BTJA 3KJ7A 1Q1KA 2ZNTA 3U1OA 5I57A 3H6VA 3N5LA 2F35A 4LP2B 3O66A 4F1VA 3EF7A 3O6IA 1XOCA 1L5TA 2XXTA 2XXWA 4DDDA 4ECFA 4ZS9A 4ONYA 3JZJA 3W9WA 5ITOA 2ABHA 1UIVA 3G3IA 2DS9A 1A8FA 2XHDA 4XKNA 4EDPA 3V8XB 4NF4A 2CMOA 1KWHA 3SEXA 3SETA 4RK9A 3FATA 4WEDA 3IR1A 1NNFA 4ZEDA 1IUDA 4RA1A 3VVEA 1LB8A 1TWYA 3K6UA 3PUWE 1OVBA 1POTA 3FXUA 2HAVA 3T22A 1ANFA 1B3GA 4OFOA 1DTZA 2RCBA 4XXUA 2UVJA 4KCDA 5HPQA 2F7AA 4C0RA 2F5XA 3N6UA 1SQYA 5LOMA 3PPQA 1MY2A 4PP0A 3S9EA 4DZ1A 4H6DA 3IJXB 5FTIA 4OZ9A 4I62A 4LVQA 4UA8A 3H4ZA 2UVIA 4RK2A 5I57B 3ZKLA 2NVUB 4OETA 4AB5A 3W9VA 2XXPA 2UVHA 2W7YA 3KEIA 4F1YA 4JWXA 1D3KA 1HSLA 1NL5A 4ZEBA 2I0BA 3DLNA 4EF2A 3VLVA 3MZ1A 2PYYA 3PUXE 4QFOA 4R9GA 3HV1A 1EZ9A 3RLFE 5CMKA 2UXAA 1M5EA 4E0XA 1YAEA 4NF4B 1GGGA 4BDNA 1FQCA 4MLVA 4G68C 3PD9A 4O3CA 2QMXA 3T9XB 3Q28A 2RF1A 2KLFA 4OXVA 3VE1B 3G7WA 1LFHA 3U93A 4G68A 5A5XA 1H44A 4BDLA 1LGBC 4NE4A 1IXHA 1QJMA 3N26A 2I48A 1LLSA 2H4IA 2XXUA 1WDNA 2ZNUA 3TCGA 1ZJLA 4TOZA 4BDMA 2Y84A 4H5FA 3PUVE 2DWIA 3B6TA 3EHTA 4P0IA 2IA4A 1SDXA 4IO7A 5CI5A 3RNNA 3Q25A 1MQDA 3FD3A 1LAHE 5AA1A 4HW8A 4Q0CA 5IKBA 2Q89A 4R6YA 4LZ5A 5FTHA 4GLIA 1DMBA 5ISUA 2IEEA 2Y7KA 4KFQA 2O51A 4NF8A 3T66A 1IXIA 5I2NA 1MH4A 5EHSA 5L9MA 3DM0A 4EF1A 1MXUA 2OWTA 3PMWA 3CR9A 4R72A 1R1NA 5FHMA 1FTJA 1B4ZA 3I5OA 3FIRA 4F19A 3KJTA 3H06B 2F8DA 3IB0A 1IZ1A 3ODBA 3H6WA 3MP6A 1WODA 1B46A 3S2VA 2Z8DA 1JVXA 3PGFA 5BUUA 1OLCA 2D5WA 4PQJA 1MRPA 4YKPA 1II5A 3EQ1A 4NF6A 3BFUA 2UYFA 2OK2A 4G68B 1N7XA 3KN3A 1AIVA 1GR2A 4YKJA 5TP9A 3I6VA 3E4RA 1M5DA 1MH3A 4OFLA 4P0GA 2DVCA 1IITA 3DELB 4FEBA 4FORA 1P1UA 1CB6A 4KYDA 3M8UA 5TPAA 5K2YA 1QW0A 3KBRA 4YKIA 3MQ9A 2VD3A 1GVCA 1PBPA 2Z8EA 1H45A 3RT6B 4F29A 1LAFE 2HEUA 2Z23A 3WAFA 4JDFA 3FJMA 4NF8B 3SEWA 1R9LA 3FVNA 5I2NB 4KD5A 3FVGA 3HPIA 3VLUA 2NXOA 5KDTB 4L17A 2GHBA 1TT1A 5FHNA 3CIJA 1Y3PA 2YJPA 1B52A 3TAJA 3K1NA 3RT8A 2Q2AA 5H8SA 4DE8A 4QSCA 3U72A 3TTMA 1B7UA 4GXAA 1MPBA 1ZU0A 1MXZA 1J1NA 4OENA 4GD5A 1UTHA 2GH9A 4DCXA 3HCQA 1URSA 5AA4B 4F2QA 1D9YA 3LC8A 5B70A 1XVYA 2QS4A 4GL0A 3H03A 2UYEA 4LZ8A 1IQ7A 5TP9B 1EZOA 3N6TA 4JWYA 2REJA 1ELJA 1VSOA 4GOTA 4XTCQ 2AYSA 5CC2A 5L9OA 3KN8A 4Q8RA 5ICQA 4F3SA 1LCTA 1FQDA 3LSFB 5TU0A 1B32A 3T9HB 5TPAB 1Y9UA 1LFGA 4NMYA 5CRYA 2OBGA 5CMMA 3QSLA 3TUSA 1R6ZA 1FQFA 4JWOA 3MUQA 1H76A 2QPQA 2ESNA 4U22A 1URGA 3K0VA 4QFLA 2ZXTA 4YB5A 1RYXA 4QSDA 1EH3A 4OFJA 4TLLB 1CE2A 5KCJA 4RY1A 3O28A 3K6XA 3GXAA 4LQ5A 5H8FA 2F7BA 4LQ2A 4H0WA 3CFLA 4FJPA 1QKBA 2F6PA 1I6BA 3MVWA 3TELA 4ZEIA 3OO9A 2AL5A 3HN0A 1A55A 1Z7NE 2AL4A 3R6UA 2DP8A 3OMBA 1D9VA 2ZYMA 5B7DA 3ZSFA 1ZKBA 5HM4B 1N0TA 1T0KA 3IAZA 4QF9A 3IOUA 3PPNA 2HQ0A 3PU5A 3QYTA 2NOOA 3SDFA 5F7VA 3LSWA 2HXWA 2P2AA 3KOSA 4QFPA 2QJEA 3UA8A 5AE4A 5AA3A 4HTGA 3UIFA 1Y1ZA 1YTVA 2XXIA 4UACA 2H99A 1NFTA 3ILUB 5FHOA 3QK6A 1Z7ME 4P11A 1A8EA 3O2AA 4YB6A 3IX1A 5KCJB 3VFJA 1GTKA 4H65A 3U92A 5DVJA 4EQ9A 1LCFA 5H8FB 3K01A 4PFYA 3L6GA 4JB7A 4GFRA 1N7WA 1SYIA 3S9MC 4O3AA 3MVXA 1QUIA 3WAEA 1UTBA 3D4CA 2XX9A 3PMXA 3CFZA 4IGRA 2OCUA 1PB9A 1I69A 4OQOA 3CRBA 2F36A 4LZ7A 5H8QB 3BBRA 1MQJA 5AA2D 1SW5A 4ESXA 5DYHA 2AIXA 3B7DA 1MPCA 1MQIA 5I56B 2V84A 1IIWA 4WXJA 4IO3A 3Q27A 4NTLA 2FA7A 1LAXA 4GWOA 2Q2CA 4KR5A 1FQEA 2LAOA 4H5GA 3OOAA 4PETA 1MY0A 1PDAA 2V25A 1JEUA 3F11A 4EQ7A 1FTLA 4HS7A 1UQWA 3OO8A 1M5BA 5H8HA 2O6AA 4YB7A 1ATGA 1B1XA 4Q5TA 1OLAA 3CVGA 1MY3A 3RPWA 1SW1A 1JEVA 3GLBA 4GIZA 3UP9A 1MY1A 4EXKA 4IO5A 2XD2A 3IO6A 1FW0A 1EZPA 1B05A 2V93A 2WKYA 2F78A 5JK4A 1B58A 3TEPA 4YMBA 3OXNA 1MQHA 4ELOA 1FTKA 1MM6A 4ZE8A 2QSXA 3E3KA 4BDRA 1DOTA 1AH5A 4KCCA 2I58A 4RPNA 4PFTA 4OWDA 4MF3A 1UTBB 2I3WA 3N94A 3DP8A 4N07A 3UK4A 4IY5A 3PV0E 1XT8A 4OYVA 4N13A 5DEXA 4G8NA 1TFDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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