3PU5A

The crystal structure of a putative extracellular solute-binding protein from bordetella parapertussis
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
322
structure length
322
Chain Sequence
LADDHIYVTSSGGSFLENVRKHMAEPFEKQSGVKVTLVPGTNPAHALKILSSRGTPPYDVAAFGGNDMYRLIRAKKLAQVDEKSVPSLADVPEKFKADWEGCGSLYDYSSVGIAYRPDKIQGGVKSWKEFVERTVAGEFGKQVFFNNLSSNVRGAEVLSMFGKIYGSGYGDIEASIATLERMKPHIFKFFTAFNDPVVLLTSGEGAIGPGWDGRTFIAEDSTKGMVKWVDPTEGAVSSGPVMAVVKGGKEDLAKAFMNYALGEEAQKAFCEAMYYGAVNRKVQYSEKLKHRLPSIDSVQLVDTALLIKNMSALLDLWNKRIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The crystal structure of aa putative extracellular solute-binding protein from Bordetella parapertussis
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bordetella parapertussis
molecule keywords extracellular solute-binding protein
total genus 99
structure length 322
sequence length 322
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pu5A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pu5A01
3RTWB 3TCFA 2NXOA 2DWHA 3QK6A 4XKPA 3FXUA 3T9VA 1P1WA 1I6QA 5DT6A 5CRYA 2ZMBA 2DQVA 3UA8A 1LAXA 1VSOA 4OVJA 4ONYA 4PFTA 4Z0IA 3H06B 3VFJA 4WEPA 4F3BA 1PDAA 1M5BA 3RTFB 3JYRA 2V25A 1MRPA 4H5GA 5KZTA 3M8UA 2QPQA 1AMFA 2DWIA 3THIA 3QUJA 4RPOA 3VVEA 1VFEA 2X26A 3RUMA 3E4RA 4U23A 1LCTA 1PEBA 4EQBA 2A5SA 3PPQA 4YKPA 1MXWA 5FHOA 4LP2B 3FXQA 1JNFA 2LAOA 1ZJLA 4HW8A 5CBRA 3QIMA 4GOTA 2OCUA 4RY1A 5F1QA 2RC8A 4ZEDA 4GXAA 4NTLA 4EF1A 5EYFA 2XXIA 1B4HA 3CG1A 2NUVA 1P99A 1MXVA 2ZYKA 4GQOA 1R6ZA 2YPNA 1H44A 1HSLA 3IB0A 5FTIA 2G29A 5I2NA 3W9VA 2XXRA 3RQTA 1B7ZA 3FVKA 4FATA 3EQ1A 1LLSA 2QRYA 4H5FA 1O7TA 3PUVE 4HTGA 5H8NA 2DWAA 4F3SA 3HN0A 5H8QB 2O1LA 1A8EA 1JVXA 1B5JA 2REGA 1GTKA 4LQ2A 1B3EA 2ESNA 4JXIA 4G8NA 4LONB 2Q8JA 4FJPA 1MXUA 1NH8A 3IJOB 1SI0A 5A5XA 3U93A 5TPAB 2DSFA 2ZNTA 1JEVA 3S9EA 4GIZA 4OQOA 4NF5B 3HPIA 3ILUB 2HZKA 1IXHA 2V93A 1B05A 1I6BA 3LSXA 5K2YA 4G68B 3O6HA 3LSFB 1VE4A 1SW4A 1FTMA 3MVXA 3K02A 5L8DA 4QFKA 1YPNA 3O6GA 2WKYA 2OWSA 4P11A 1FQCA 4U2RA 1A40A 5DEXB 4GRKA 3G3HA 3MZ9A 1FW0A 4RK2A 3FVNA 1XC1A 5ICTA 3MZ1A 3TELA 2ONSA 1B1XA 4YMAA 2DXYA 5H8HB 3RPWA 1DPPA 1P1OA 4ECFA 2R71A 3G3JA 5H8FB 4BDOA 2PMSA 3AXFA 2QMXA 1O64A 5HBCA 1XOCA 1H45A 3PPNA 4OENA 4ZZAA 1NFTA 2PYYA 1MQIA 4WEDA 4X1DA 5AA4A 2RC9A 2F6GA 2VP1A 5AA2D 3PMXA 3T93B 2BJJX 2Y7RA 4NF6A 1WVJA 5I57A 4NWDA 3KG2A 1SVXB 2O7UA 2ONKE 4TOZA 2F6PA 3IOTA 1WODA 4FIMA 1B32A 1UTHA 4DDDA 1IZ1A 4XTCQ 4DXUA 2H99A 3C34A 4IO5A 4TQUQ 4NF4A 3C33A 3N5LA 4ESWA 1N3XA 1NNPA 1L5TA 2ABHA 4E0WA 3G3FA 3Q27A 2HEUA 3TZAA 2P1SA 1B4ZA 5EHMA 3SKPA 3SEUA 3MW0A 2FNCA 3U8QA 2OBGA 4ELPA 4TLMB 5AA2B 1WDNA 1MPBA 4KQPA 2Z22A 2QS4A 4G8MA 4RA1A 1EH3A 4YB5A 2DWJA 5I56B 1GGGA 4QSCA 3E3KA 1I6AA 3IR1A 3OSQA 4WXJA 5JTYB 1NNTA 3R26A 4POXA 2OZZA 1B5IA 4EUOA 4HCWA 1IUDA 3QSLA 3FATA 3K4UA 3HHFA 5LOMA 5CI5A 3H6WA 3RGYA 3BFUA 3I6VA 3B6TA 1VFDA 1A55A 3OXNA 4OMBA 5I58B 4AQ4A 3FVGA 3Q28A 4QHQA 1OVTA 2XX7A 1MM6A 3KBRA 1GVCA 3K0VA 3FASA 4QSEA 3KN7A 2QSXA 2RF1A 3K6UA 2F8DA 1MY1A 1P1QA 4KYEA 2E1SA 1XVXA 3SEXA 1MY0A 2DOJA 3K00A 4ZEKA 4ESXA 4G77A 3OO7A 4JWXA 2HAUA 4P0IA 4YMBA 2O7IA 4ZE8A 1ZU0A 2XD3A 2H5YA 1T0KA 3O9PA 1NNFA 4OFOA 3D4GA 4I1DA 4IO7A 1MG1A 5CMCA 4ZDMA 1EZOA 2DVCA 5TU0A 3V8XB 3TTMA 2AYSA 2B3FA 4IO3A 3TQWA 3H4ZA 2UYEA 1Y1ZA 1TXFA 2I0CA 4ZEIA 5I84A 1O63A 2OLBA 3MP1A 3EPEA 3PUXE 1NKXA 1MQJA 4K3FA 4F3PA 3OENA 3VXBA 3C36A 1JVYA 3SEYA 1ZTYA 1B3GA 2RCAA 4Q8RA 3OO6A 3IJXB 1LAFE 5AA1A 4IY6A 3KGCA 2Q88A 4C1TA 3T9UA 5I2NB 3QYTA 1MM7A 1LFGA 4R6KA 3CVGA 1M5EA 2I48A 3T9HB 3UIFA 4F39A 2ZNUA 3FJ7A 5CMBA 2XX9A 2FA7A 5H8NB 2I0BA 3K01A 2DE3A 3LSLA 4ELRA 3P7IA 2Q2CA 3U92A 1A7LA 4YB6A 2F97A 2UXAA 1CE2A 2Y7WA 5F7VA 4FECA 5A5XB 4F19A 1FTLA 1B2HA 1YAEA 3KJ7A 1SW2A 4RNSA 3L6HA 4POWA 3O2AA 5ISUA 1B1HA 1GR2A 4ZECA 3JZJA 2XXPA 4R6HA 3K1PA 2H25A 4PFWA 1URGA 3PU5A 3MQ9A 4DLDA 4ZEFA 1UTBA 1D9VA 1IQ7A 4AB6A 2ALUA 1A99A 3PUYE 2VD3A 3SESA 4P0GA 3UP9A 5TP9A 3CIJA 4O3CA 3O6IA 3IK6B 1MXZA 1JQFA 3SDFA 4NWCA 4OXVA 3USDA 3EN3A 3CR9A 2Q89A 1DMBA 1USYH 1N76A 4FEDA 3S9MC 3DP4A 3R7XA 3PV0E 2H4IA 3O29A 4OEUA 3N26A 1POTA 1MY2A 4M4GA 2X7PA 3PD8A 5CBSA 4F2OA 1AOVA 1MY3A 5AA4B 3UORA 3OSRA 4NF6B 5ITPA 1UIUA 4M1VA 5I57B 2OK2A 4JDFA 1B0HA 2V3TA 3B7DA 3KFMA 2ZYMA 4PP0A 4EQ7A 1ZBMA 4RK9A 1UTHB 1LAGE 3FGSA 1Q35A 2PT2A 3G3GA 4UA8A 2F35A 2UVJA 1NMUA 4NF4B 2IEEA 3OO9A 3FJMA 3PMWA 2VGQA 1LFHA 3E13X 4F3GA 1Y4CA 3LUYA 2M8CA 1QKBA 3MJNA 2XX8A 3FVOA 1QW0A 2OJTA 1R9LA 4HS7A 3HSTA 1IXGA 3W9WA 3KZGA 1JW5A 3G3IA 1UIVA 5DTBA 3MZBA 4JWOA 3FV2A 2HQ0A 1XVYA 4C0RA 2HFBA 1LCFA 3OEKA 1SYHA 1FTOA 5DVFA 3FXRA 1A8FA 5CMMA 2G93A 2NOOA 5H8SA 4KYSA 1URSA 3A3UA 2D21A 3I5OA 3S2VA 4L17A 4DXCA 2I58A 5DVJA 4IY5A 5K2XA 2HCAA 1R9QA 4RYAA 1M5FA 4IO6A 1DTGA 1PB7A 4R74A 2PT1A 3CG3A 2AL5A 4H8JA 3HV1A 2W7YA 2RKMA 1Q1KA 4N07A 1YCJA 2AL4A 3MC2A 2CZLA 1XS5A 1YTVA 1FTKA 3VE1B 4G2ZA 2O84X 3H6TA 3FZVA 2P2AA 2UVGA 1Y1MA 3K2DA 1MXXA 2Z8EA 1IXIA 5IKBA 3LBSA 5B70A 4ND9A 3KOTA 2YJPA 3LC8A 3ILTB 3IOUA 1XT8A 1ANFA 2F7BA 4GLIA 2V84A 4NE4A 4YB7A 4RXLA 2NVUB 4EF2A 3UN6A 4X1BA 1S50A 1OVBA 1A54A 3TAJA 1QUIA 3G7WA 3CRBA 4YICA 4NMYA 4LZ5A 2Q2AA 3S9LC 3GBAA 4QFPA 2ZYOA 1B9JA 5KCJA 1SD3A 3PPOA 5BUUA 3B6WA 2OWTA 2E0SA 4EQ9A 4QFOA 4PETA 3SEVA 3SEWA 4Q30B 4LVQA 3N6TA 2RCBA 4QFLA 1MDP1 5I2KA 1B7HA 1LBCA 2X7QA 4DZ1A 4ZE9A 2DXRA 2H9BA 2ZYNA 3CFZA 3IOWA 4I62A 2Z8DA 4OESA 3T22A 1JETA 1NL5A 2QS3A 3QXMA 1S7YA 3M3FA 1N7WA 4XKRA 1PBQA 3D4CA 2HZLA 2XXQA 3U94A 4G68A 1UQWA 1IIWA 2XXTA 4E0XA 1PBPA 3GZGA 4XKNA 3C31A 2ZXTA 3TYHA 4BLAA 2A5TA 1OLAA 3W15C 2VHAA 1FQFA 3FV1A 4H65A 3ZKLA 4OFJA 1JEUA 3PMVA 4MLQA 4YKJA 3TODA 4YZZA 1UTBB 3MP8A 2DYXA 2O69A 3KSXA 2H98A 1AIVA 1DPEA 3TTLA 3M3LA 5TP9B 4FAJA 4I9DA 4FORA 3PD9A 4IGTA 2I3WA 2QJEA 3K6XA 3EHSA 4NEDA 4TLLB 1S9TA 4KCCA 4F31B 3H6UA 5AA3A 3VLVA 2ZNSA 4DE8A 3FIRA 4LATA 3O66A 1QJMA 4QSDA 1LB9A 1RYXA 3F11A 4OETA 3ONMA 3FJGA 4BDLA 3U1OA 4KFQA 3KN8A 1H43A 4FEBA 4F1VA 4OERA 1JW4A 2Z23A 1B7UA 1PC3A 3GXAA 4IO4A 3SERA 2XXYA 4BDNA 3C4MA 1ATGA 4OZ9A 1J1NA 3DM0A 4RPNA 4YKIA 1B3LA 1MPDA 1DTZA 2F34A 3MAMA 2DE2A 2PBWA 4KI0E 2I49A 1SBPA 2R6GE 4JB7A 1IEJA 2I4BA 1US4A 4AB5A 5M2VA 4KYDA 2DS9A 1EZPA 1R1NA 3BFTA 2XXUA 1BP5A 5DVIA 3IO6A 3H3GA 4R2FA 1BIYA 4PQJA 5JTYA 3JV9A 1BKAA 3RN8A 1ZKBA 3SETA 4ZS9A 5KDTA 5B7DA 4ISUA 3RNNA 3ECRA 1SQYA 4BDMA 4YKKA 3TDJA 4XIGQ 1Y3NA 3MUQA 4LUBA 5J1DA 4EXKA 1QUJA 1LGBC 1B46A 5I58A 3CSGA 3TCGA 1LBBA 3CFXA 3BBRA 2B65A 3TUSA 1QUKA 3MWBA 4I8CA 5DYHA 1NH7A 1ZLQA 2RC7A 2GHBA 4KR5A 1B3HA 1URDA 3K6WA 4GL0A 4HCYA 3K1MA 3S9NC 1FQEA 3MPKA 3B6QA 4R6YA 1KWHA 3TCHA 4LQ5A 3KOSA 4DXBA 2KLFA 5IAIA 1N0TA 1Y9UA 2XXXA 2XHDA 1Y3PA 3C32A 2QL3A 1PB8A 4PFYA 2XXWA 1JW1A 1B58A 1MH3A 1MQGA 4KPTA 1FQBA 3HHGA 4MH5A 3E9XA 3ZSFA 1SW1A 4U1OA 3VVDA 1SYIA 1P1NA 2O68A 5I59A 1B3FA 1HSEA 2XD2A 3I3VA 4MBPA 2XXHA 3BKIB 3OELA 3O97A 2F7CA 1M5CA 4DCYA 4LZ8A 4NF8A 3GBBA 1B5HA 2GH9A 1LB8A 3IORA 4EDPA 1Y20A 3OOAA 5EHSA 2DP8A 1OIBA 1VR5A 3DP8A 3KSJA 4QF9A 2PX1A 1FQAA 3K6VA 2NWJA 4N6PA 1I69A 4MLVA 3TPAA 5L9SA 5ITOA 1POY1 2FYIA 3VLUA 3EHUA 3MVYA 1D4NA 4U4SA 5KCJB 4MFIA 4MF3A 3VVFA 2HAVA 5ELVA 3IOVA 1SDXA 2V3UA 3TKDA 3IX1A 3TTKA 1M5DA 1CB6A 3LSWA 4XXUA 2R9JA 4JBZA 4F22A 2Y7PA 1MQHA 5FHMA 5I2KB 1D9YA 3OO8A 1N3WA 3UK4A 1Z7ME 3Q29A 4GVOA 1AH5A 2I4CA 4GXSB 3CFLA 5CC2A 1OQHA 4OTEA 4GF8A 2AIXA 3L6GA 1II5A 3LR1A 4IB2A 3KEIA 5JEIA 1N7XA 4Z7EA 3MVZA 4F1YA 4ELOA 3KN3A 4BDQA 1TT1A 4JWYA 4X48A 5FTHA 2A5TB 4GD5A 1LFIA 4THIA 3TTRA 4R9FA 1USYE 4WKMA 1MS7A 4DIGA 1ELJA 5L9OA 2Y7KA 4O3BA 1US5A 3UGWA 4OFLA 4BDRA 2YLNA 4U22A 3MPLA 1QVSA 3C9HA 2I3VA 4R75A 2Q9TA 3H7MA 1B52A 4ZEBA 3ZKKA 3EF7A 4XKQA 4F29A 1B51A 3KJTA 3WAEA 2D3IA 3TTNA 3U72A 4C1UA 3V89B 2RINA 4EXLA 2P0SA 3A09A 3IL1B 4G8HA 1GV8A 2O51A 5HPQA 2QS1A 3TQLA 1SW5A 4QRZA 4R72A 4GFRA 3MP6A 3VV5A 3DP6A 4DCXA 3IO4A 3N6UA 4Q5TA 1N84A 2F5XA 2VD2A 3OMBA 2Y84A 1FCKA 1HSJA 4PE5B 3MVWA 3RLFE 5L9MA 1Z7NE 4G68C 2HXWA 2QS2A 5H8QA 3V83A 2ANJA 3M3KA 5FHNA 3EHTA 1Y4TA 3PUWE 3PUZE 1MH4A 1BLFA 2I6EA 3PPPA 1LAHE 2O1MA 2F7AA 4F18A 2ONRA 1EZ9A 2B3BA 2THIA 1MDQA 5TPAA 1PB9A 4OHNA 3QUFA 1QKAA 4O3AA 4RJZA 4NF5A 1MQDA 1H76A 4X9TA 1B40A 3PPRA 1B0LA 4QFNA 5JK4A 4GL8A 2REJA 3A3CA 3RT8A 3T66A 3IAZA 1LSTA 4JSOA 2DE4A 3G3KA 4H6DA 5KDTB 3R6UA 5CMKA 4U4XA 4H67A 1TFDA 2F78A 1MXYA 2Z8FA 3K1NA 3QAXA 2D5WA 2O6AA 5DEXA 3TFLA 1FQDA 1TFAA 3MBPA 1P1UA 1B6HA 3T9XB 5AE4A 4F1UA 5ICQA 1OLCA 1XHYA 2Y7IA 4H8IA 4UACA 4H1XA 1EU8A 5H8HA 3Q26A 4LZ7A 4OYVA 5CM6A 5H8FA 2V3QA 3FD3A 3FUZA 4ZZEA 2QMWA 1RYOA 3HO7A 3ZS6A 1RKMA 4JSDA 3HCQA 4H0WA 1MPCA 1MY4A 4YAHX 4U1ZA 3VXCA 1QULA 3DLNA 3N94A 3RT6B 3IB2A 4G4PA 3C35A 1Y3QA 3PGFA 4KHZE 4KD5A 4R9GA 2IA4A 4PFUA 2XXVA 5HM4B 2UVIA 3S4UA 3OD7A 4F2QA 4OWDA 3T96B 3Q25A 4YU0A 1AL3A 2GHAA 2GFEA 5I59B 3OEMA 3VDFA 3H03A 4R2BA 1IITA 1DSNA 3CSBA 1OQGA 1TWYA 4ELQA 3GLBA 1FTJA 2UYFA 4U21A 4N13A 5BWJA 4NF8B 4FE8A 1BTJA 1NNKA 2F36A 2CMOA 3TEPA 1H3DA 1F9BA 3H6VA 1N04A 1ZIUA 4GWOA 3RY3A 1D3KA 5AA2A 4LA9A 1SI1A 4Q0CA 3O28A 1ZMGA 3ODBA 2DVZA 2UVHA 4KCDA 1OMPA 3WAFA 3VLWA 4IO2A 2GRVA 5I56A 1IXCA 4OEVA 3V5AA 3DELB 3TMGA 1DOTA 2PVUA 4R73A 2VOZA 3IB1A 4IGRA 3CI8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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