The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
191
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sequence length |
626
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structure length |
597
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Chain Sequence |
EEDLSEYKFAKFAATYFQGTTTHSYTRRPLKQPLLYHDDEGDQLAALAVWITILRFMGDLPEPKYHKIPVMTKIYETLGKKTYKRELQALQQGNSMLEDRPTSNLEKLHFIIGNGILRPALRDEIYCQISKQLTHNPSKSSYARGWILVSLCVGCFAPSEKFVKYLRNFIHGGPPGYAPYCEERLRRTFVNGTRTQPPSWLELQATKSKKPIMLPVTFMDGTTKTLLTDSATTARELCNALADKISLKDRFGFSLYIALFDKVSSLGSGSDHVMDAISQCEQYAKEQGAQERNAPWRLFFRKEVFTPWHNPSEDNVATNLIYQQVVRGVKFGEYRCEKEDDLAELASQQYFVDYGSEMILERLLSLVPTYIPDREITPLKNLEKWAQLAIAAHKKGIYAQRRTDSQKVKEDVVNYARFKWPLLFSRFYEAYKFSGPPLPKSDVIVAVNWTGVYFVDEQEQVLLELSFPEIMAVSSSRGTKMMAPSFTLATIKGDEYTFTSSNAEDIRDLVVTFLEGLRKRSKYVVALQDNPNSGFLSFAKGDLIILDHDTGEQVMNSGWANGINERTKQRGDFPTDCVYVMPTVTLPPREIVALVTM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structure of MyTH4-FERM domains in myosin VIIa tail bound to cargo.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Motor protein/protein transport
|
source organism |
Mus musculus
|
molecule keywords |
Myosin VIIa isoform 1
|
total genus |
191
|
structure length |
597
|
sequence length |
626
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2010-12-07 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00784 | MyTH4 | MyTH4 domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Acyl-CoA Binding Protein | Acyl-CoA Binding Protein | ||
Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | ||
Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) | ||
Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains | ||
Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3V6E B; 3O96 A; 2LRU A; 1WXS A; 4PYU A; 1K8R B; 1CKB A; 1UH6 A; 4NJ7 A; 2KT8 A; 1WI7 A; 2K9G A; 3ZNI D; 4AJW A; 2PE9 A; 4DEX A; 4EFO A; 3AUL A; 3DPD A; 2HBW A; 3ZLZ A; 5IJM A; 3FLV A; 2OJR A; 4LUD A; 4RTZ A; 3TIX A; 3RNJ A; 2GCL A; 2HEQ A; 1ABQ A; 2FNJ B; 2EW3 A; 3RD2 A; 2JT4 B; 2KFK B; 1H10 A; 1PRL C; 2JPH A; 3VOQ A; 5ECA A; 2MDX A; 2HRJ A; 1GG3 A; 5L23 A; 2BZY A; 2ZCB A; 2W2X D; 4WWO A; 3EPY A; 4LNP A; 4HAV B; 1SPK A; 2P0H A; 1UE9 A; 4HDQ A; 1SSH A; 4F7U P; 2LBB A; 3UIO B; 4MY6 A; 1AZE A; 4LCD E; 3HK0 A; 5KQ4 A; 1TJ6 A; 4W9E A; 2RF0 A; 2XQN M; 2KXC A; 2MW5 A; 3SHQ A; 2JS0 A; 3L54 A; 1T0J A; 1EVH A; 2J06 A; 4J9F A; 1KI1 B; 3OAN A; 4II3 B; 3A9J A; 3OLM D; 3RCZ A; 2YS1 A; 4NNJ B; 2LOZ A; 2MX2 A; 2KOX A; 3TL5 A; 4DHJ D; 1V2Y A; 4MEM A; 3A98 A; 1X43 A; 2K2M A; 2GQI A; 1UDL A; 4ANW A; 3QWY A; 2CSI A; 2O6V B; 2NWM A; 2LVP A; 4Y92 A; 3PP2 A; 1HE8 A; 1UFF A; 4J9C A; 1WXV A; 2M0Y A; 3ML9 A; 2KRN A; 1WMH B; 5C16 A; 1WIE A; 2KK8 A; 4RM8 A; 2O2O A; 4L6E A; 4CC7 A; 3VS0 A; 3QQ8 B; 5D3V A; 2ZCC A; 3HHM A; 3X0W A; 2MCN A; 4FSS A; 5FWB A; 2MFQ A; 3U8Z A; 5EFX A; 4KHO A; 2COF A; 2D9V A; 4F16 A; 2IIM A; 1ZW7 A; 2DHJ A; 2JXB A; 1UEL A; 3Q3J A; 2ELB A; 2IO3 B; 2PJH A; 4LDT D; 2FDQ A; 2K7A A; 4AWJ A; 1QWE A; 4IC7 B; 3A8P A; 1EFN A; 3TCA A; 2ZEQ A; 3VTV A; 2J7I A; 1KIK A; 2MBO A; 4A3P A; 2NS5 A; 3VS4 A; 4W9F A; 4JGH B; 2A08 A; 2BKF A; 1U06 A; 1M3B A; 3ZO5 B; 5FWC A; 2RGN B; 1QLY A; 1QKW A; 3WAO A; 2KAN A; 1RLF A; 1PKS A; 3SU8 X; 2VVK A; 1V88 A; 3KFV A; 3CMM B; 4HVB A; 1ZUK A; 1BU1 A; 2BKR B; 3TW1 A; 2MKR A; 3QBV B; 5CHW A; 4EUT A; 5CLQ B; 4X57 B; 4M8N A; 2L3Z A; 1J3T A; 3IFW B; 1QKX A; 2L76 A; 2KYB A; 1JO8 A; 4ZDV A; 5DPT A; 1U4A A; 2H7E A; 2RSG A; 2DNU A; 1X86 A; 2NVU I; 1GCQ A; 3PZD A; 4TUU A; 1BAK A; 3K9P B; 4WAA A; 1P9D U; 2NPT A; 4HLE A; 1WXB A; 2N1W A; 1OQN A; 3PSC A; 3A9J B; 3MPX A; 1EF5 A; 1WGD A; 3C0C A; 1U5F A; 2PTK A; 4FAD A; 2YT6 A; 2ZNV B; 5GMV A; 1SRL A; 3SHW A; 4GMV A; 3A98 B; 2WYQ A; 2Z0O A; 1E6G A; 1G83 A; 3M0S A; 1JQQ A; 4ZRK A; 2CT3 A; 2LOX A; 1JRU A; 5D27 A; 2DLP A; 1WXU A; 2YT1 A; 2WH5 A; 2BTT A; 5I11 A; 3ONS A; 1ZGU B; 1UGV A; 2RNA A; 2LKO A; 2O6V D; 3DQV A; 1BB9 A; 2D1X A; 1MIX A; 1K5G B; 1YD8 U; 3PVL A; 4RTY A; 4OMO A; 1ZLM A; 4B95 A; 2JRH A; 1UGM A; 2R2O A; 4E6R A; 4GXB A; 4M0W B; 2CRE A; 3ZTD A; 1K4U S; 1H92 A; 2UZR A; 2L00 B; 2MCN B; 2DYQ A; 2NR2 A; 1XD4 A; 2ZNV C; 2CH4 A; 3DBL I; 1K76 A; 2KQS A; 4A63 B; 1J0W A; 3BJI A; 2JY6 A; 3AJ4 A; 3TJP A; 2JMC A; 2O9S A; 2DFK A; 1SGH A; 3TFM A; 2J7Q B; 4WJQ A; 4H8S A; 3OJ4 B; 4BBN C; 5J2R A; 2CUB A; 2EBP A; 3HIZ A; 1U5S A; 2CUD A; 1GNU A; 4PS7 A; 1YN8 A; 1ACA A; 2DA9 A; 2ECZ A; 2VKN A; 4RMA A; 1WX6 A; 1W1D A; 4G0N B; 4Z8A A; 3WAL A; 2LWP A; 5IHN A; 3ALB A; 1V1C A; 1NEG A; 3U23 A; 2OOB B; 1ZX6 A; 1PLS A; 1V89 A; 5AZF A; 4RM9 A; 4W9D A; 2G45 B; 1WGQ A; 1DYN A; 3CF6 E; 2L8J A; 4HAT B; 2ROV A; 1NM7 A; 1WZ3 A; 1OMW A; 1FGY A; 1WA7 A; 1KOT A; 3ZW3 A; 2QHO A; 4DX8 A; 3VUY A; 3P6A A; 2O2V A; 2MA9 B; 1K0S A; 1N3H A; 4RUG A; 2JF5 A; 2E5K A; 2NPT B; 4J9D A; 1NTY A; 4EMO A; 3NMZ C; 2KT1 A; 3QAR A; 3GZN I; 1J19 A; 4WWN A; 2FJL A; 2KFJ A; 2L0F A; 3DXD A; 2AL6 A; 2DL3 A; 2DKP A; 2W2W A; 1CSK A; 4HVW A; 2DMO A; 5HE1 A; 4FHJ A; 4JJD A; 1Q1O A; 3G9W A; 4N9F 4; 1EAZ A; 2D8H A; 2RR9 A; 3JSV A; 1J0G A; 4WJP A; 1WM3 A; 4KHA A; 2BYF A; 4CC3 A; 1DRO A; 1OOT A; 2DBM A; 1WGU A; 2K39 A; 1RLQ C; 1X6B A; 1FXT B; 2YUQ A; 1WXM A; 4MJS A; 2A28 A; 4NJ6 A; 3M0R A; 1WR1 A; 2GBJ A; 2NBV B; 2ASQ A; 2K6D B; 5G2N A; 2LYD A; 2KC1 A; 2A4Z A; 3QCA A; 2KDI A; 2K1F A; 2KJ6 A; 1I35 A; 1WR6 E; 2VKI A; 5D3X A; 2C5L C; 2YUN A; 5CHF A; 2DF6 A; 5DCN A; 2K8B A; 2X3W D; 1U27 A; 1I7A A; 4WCI A; 1WZ0 A; 4GU2 A; 1E8W A; 2KVR A; 3EFU A; 4DDI D; 3M0Q A; 2BWF A; 1XD3 B; 1X11 A; 1V49 A; 2K2U A; 3FSS A; 4A6H A; 3VTU A; 4ESR A; 1HJD A; 1NLP C; 3VS1 A; 1RRB A; 3PS6 A; 2YLM A; 5TR5 A; 1E5W A; 3DVG Y; 2N7E A; 1E7V A; 3DBR I; 4FLH A; 5L83 A; 3WAM A; 1YQB A; 2V1R A; 1C1Y B; 5CLL B; 3PV1 A; 4IM0 A; 2COD A; 4GPT B; 1E8Y A; 2PNI A; 2QKM A; 2Y5B B; 2C7N B; 3T06 A; 1FHW A; 1V5P A; 4KHB B; 3L13 A; 1FAO A; 1TZ1 A; 3M0P A; 4IW0 A; 1W1F A; 2L1C A; 3PEG A; 2LGX A; 2N1V A; 2CU1 A; 2O2V B; 1V5U A; 1UTI A; 3MHS D; 4IAP A; 4AFZ C; 1ZUY A; 1IRS A; 5C79 A; 3JW0 X; 1T0H A; 4F7G A; 5DPR A; 2IYD B; 2KRM A; 1X1M A; 1YX6 B; 2DRM A; 1YCS B; 1Y57 A; 2KDB A; 1KLV A; 3QJZ A; 3TVT A; 2GBM A; 5KQ1 A; 3KH0 A; 2N7D A; 3SDL C; 2CH4 W; 1XOV A; 4CC2 A; 2LVO A; 4BKG A; 1LB1 A; 2ENM A; 1B3Q A; 2RGF A; 5FI1 A; 1Q5W B; 4NY0 A; 1WXA A; 3TO1 A; 2JVC A; 2KDF B; 2M38 A; 2P0F A; 4XX5 A; 3JSV B; 2DBK A; 3A9K A; 5J3Q A; 1Y19 B; 2YSQ A; 2ZVN A; 3M62 B; 3PRM B; 2NCN A; 2R09 A; 1OPL A; 4MJS B; 5JHH A; 2FRW A; 3R7R A; 5CTR C; 4AFU C; 2W2X C; 5D7G A; 1NLO C; 4K81 A; 4TQ0 A; 2NZ8 B; 5D3W A; 1OV3 A; 3ULB A; 5AZH A; 3EHV A; 2PPH A; 1UHC A; 1WFW A; 1EUV B; 3B08 A; 1FHO A; 4BOS C; 3UAT A; 2FPE A; 1FYN A; 2D8J A; 4DEY A; 3UA6 A; 4HAU B; 2G35 A; 3QC8 B; 2V1Q A; 1LFD A; 1X6G A; 3KSY A; 2YDL A; 2LGY A; 2O31 A; 2CRF A; 3BIN A; 2Y8F A; 4HB2 B; 2SRC A; 1ISN A; 4MDK E; 1M8M A; 1G6J A; 1L2N A; 4DK5 A; 3EG2 A; 4IFS A; 2KNB A; 2DVJ A; 2KJR A; 1TUD A; 1H4R A; 3VS7 A; 5DHF B; 4MEL A; 4JZ3 A; 5HE2 A; 1QCF A; 4OML A; 4WJ7 A; 4KSK C; 3VS6 A; 2GS0 A; 4LDT B; 1M27 C; 3BY4 B; 2MRP A; 3VAW A; 1RFA A; 4PS3 A; 2HTH A; 2I5C A; 3NY5 A; 3VTW A; 4ZRI A; 2LJ0 A; 1YX5 B; 2CY5 A; 3DOW A; 4NQK E; 1D3Z A; 2UYZ B; 1B55 A; 2EGC A; 4K7U A; 2LD9 A; 4OVU A; 3OAW A; 2KE9 A; 5LLI A; 2CY4 A; 3PLU A; 2M4N A; 2COP A; 3QWM A; 4J9H A; 4HAY B; 1K1Z A; 4BKS D; 2IY0 B; 1E90 A; 2LVQ A; 3ZNH B; 2L0T A; 1CKA A; 2JWZ A; 2M8S A; 1YWP A; 2N23 A; 1SRM A; 2DX1 A; 5JZE B; 2MIO A; 1X1F A; 3QX1 A; 1EGX A; 1HD3 A; 1Z5S B; 2YUP A; 5JP4 A; 2MQJ A; 2MLB A; 2DKQ A; 2JRI B; 2YT0 A; 1I07 A; 2HSP A; 2FCS A; 1X27 A; 3FM8 C; 3A9K B; 2J0J A; 1VD2 A; 1OEB A; 1L7Y A; 1MUZ A; 1XR0 B; 4K2O A; 1UEC A; 3PRZ A; 1U2B A; 4B6H A; 4QT7 A; 2GJY A; 4IUM B; 2VSZ A; 2SEM A; 3M3J A; 3M95 A; 1U5E A; 2QDL A; 1QQG A; 3N30 A; 2DEN B; 1AWO A; 1ZC3 B; 2Z0Q A; 4XWX A; 1UPR A; 4BVU C; 2RSU A; 2JZZ A; 2X3X D; 3PVU A; 4IM3 A; 1WIA A; 5DH9 B; 1XCG A; 4OMN A; 4KRT A; 4Z88 A; 1EO6 A; 1Y5O A; 1BWN A; 2LNH B; 3A1Q A; 3ZTC A; 2KBT A; 4KSL C; 4DHZ B; 4MSM B; 5L95 C; 3V61 A; 2YF0 A; 1ZC4 B; 3KY9 A; 4JQW C; 1YWO A; 2KNB B; 1ZKH A; 2Z0D B; 1WM2 A; 4K17 A; 1S1N A; 3DCG A; 2N0Y A; 1J8C A; 1WGH A; 3DBS A; 2L2I A; 4Z89 A; 2CS4 A; 1AAR A; 1WE6 A; 4TYZ A; 2M17 A; 2WX0 A; 2BZX A; 2DL7 A; 1BBZ A; 2HTH B; 3ZDM C; 2JP2 A; 1VA7 A; 3CQT A; 2D11 A; 2H7D A; 2EGE A; 1VCB A; 2B86 A; 1GJZ A; 4GOC A; 3ZL7 C; 3H7P A; 2C60 A; 5DPW A; 2LJ1 A; 3L0W B; 1NYG A; 1PHT A; 1WE7 A; 2KR3 A; 5DHA B; 1QWF A; 4DBB A; 3ZIM A; 4CO7 A; 1YNZ A; 1RUW A; 2JZ3 B; 4GIV A; 2BWE S; 3VQI A; 2W0Z A; 3RYT A; 3OJ3 A; 2REX A; 1NU2 A; 3R66 C; 1IP9 A; 4IWQ A; 1W1G A; 2I1J A; 3W1S A; 1TBE A; 4MGY E; 3D8D A; 2I0N A; 3P2B A; 2RLO A; 4D8K A; 2PZ1 A; 3N3K B; 4EJN A; 4D0N B; 4Y94 A; 4IIM A; 2KCJ A; 4JJB A; 2RPQ A; 2DN6 A; 2KGX B; 2J6O A; 1Z9Q A; 4HB0 B; 5LON B; 2GBQ A; 3LH5 A; 2EKH A; 4K2P A; 1FOE A; 2GBK A; 2FEI A; 2LP5 A; 2G6F X; 2N9E B; 2LG1 A; 5J18 A; 4HXJ A; 3A8Q A; 5FI0 A; 2C0T A; 1MAI A; 2D3G A; 3VS5 A; 4LE9 A; 1YIW A; 4XC2 A; 3PVW A; 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