3Q25A

Crystal structure of human alpha-synuclein (1-19) fused to maltose binding protein (mbp)
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
IEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSSMDVFMKGLSKAKEGVVAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of segments of alpha-synuclein fused to maltose-binding protein suggest intermediate states during amyloid formation
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein, protein fibril
source organism Escherichia coli
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein/alpha-synuclein chimeric
total genus 120
structure length 388
sequence length 388
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q25A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q25A01
2GFEA 3KSJA 1B3HA 4ZEFA 4ELOA 1URGA 2F5XA 3CVGA 3D4CA 3B6TA 5TU0A 4G4PA 4P11A 2HQ0A 4FORA 2Y7PA 5ELVA 4OTEA 4G8MA 4LA9A 1JEVA 2DYXA 1FQCA 3UN6A 2HZLA 2X7PA 1BLFA 1LGBC 3PPQA 1WODA 1LFHA 3WAEA 2QSXA 3IOUA 1MS7A 2H99A 4O3BA 4PP0A 2PBWA 2Z23A 1OVBA 1IQ7A 3OOAA 4NF8B 4G8NA 5KDTA 3C4MA 4WKMA 4NF4B 1TWYA 4OESA 1D4NA 4KYSA 2ONSA 4GWOA 3ZSFA 4KD5A 4ZEBA 3HSTA 4JWOA 3W9WA 1QJMA 3SKPA 4R74A 1UTBA 3PUZE 3OEMA 1MQIA 3IB1A 5I59A 1Y20A 3MP6A 1AOVA 3OO8A 4RPNA 1B2HA 4JBZA 3IX1A 2F97A 2GHAA 5M2VA 4O3CA 1J1NA 1RYXA 2F34A 1JETA 2UYFA 2LAOA 3H03A 3RY3A 3EHSA 2QRYA 4MBPA 3HHFA 4OFOA 3E3KA 4JDFA 3MZBA 4OETA 4RK2A 5I57B 3CG3A 3ODBA 3PPRA 4KCCA 3O97A 4H5FA 1BTJA 3T66A 2I48A 1P99A 4LVQA 1B7ZA 5TP9A 1SW2A 3MQ9A 2ZNTA 2I3VA 3M3FA 3CRBA 2XXYA 1B52A 1RYOA 4JXIA 5FTHA 4NF6A 3FXQA 4YKIA 3FVNA 2F35A 2DWHA 4LQ2A 1B32A 2NUVA 1ZU0A 4BLAA 1NH8A 4YB7A 3QUJA 3U72A 2H25A 4F29A 4FJPA 2XX7A 5FTIA 3MAMA 4QHQA 4X48A 1XHYA 2OK2A 4H6DA 2I49A 4AQ4A 2R9JA 3PGFA 4NF5B 3M3KA 3PPPA 1A8EA 3EQ1A 1II5A 4R75A 4ZEIA 1B3GA 3E9XA 2VHAA 1LAHE 1DTGA 2ABHA 2ZYMA 1JEUA 3K1NA 2OLBA 3M3LA 2RKMA 3OO9A 3FIRA 1XVYA 3Q27A 5H8HA 3IO6A 4R73A 3FV1A 5I56A 3EHTA 4Z7EA 1FQFA 1B46A 2I3WA 3QYTA 2M8CA 2Z22A 1EZPA 1JVXA 3FUZA 3T9XB 1US5A 1UTHA 3S9NC 4XKQA 2PT2A 4QFKA 4U2RA 2Q2CA 4FATA 5I58A 3K02A 3UP9A 4U21A 1IIWA 3U1OA 2D3IA 2O7UA 3PU5A 3O9PA 4H8IA 5DVFA 3V5AA 4E0WA 3ECRA 4OFJA 4X1DA 2R71A 4R6KA 2F78A 4DZ1A 1XVXA 1FQEA 3FV2A 3RT6B 1IITA 2ZNUA 2W7YA 4XTCQ 3QXMA 3RNNA 5A5XA 3KN7A 3SDFA 1SYHA 3ILTB 1LAXA 3MP1A 3W9VA 1MQGA 2XXIA 4RA1A 1Q1KA 4IO5A 1EU8A 4LONB 3MVWA 1N76A 3FGSA 2DVZA 4RPOA 3IK6B 3KOTA 4GXAA 1LCTA 2O7IA 4P0GA 1ZJLA 3GXAA 4ZE9A 3RTWB 2B3FA 2CZLA 4YMAA 1B4HA 1MPDA 3MVZA 1Z7ME 3VFJA 4JWXA 3R26A 2Y7IA 1BP5A 4DCYA 3MWBA 3K6UA 3ZKLA 3TTRA 3KZGA 1LSTA 2P0SA 5CI5A 2AYSA 3K1PA 1M5CA 1IZ1A 1PB7A 1JW5A 3T9VA 3C34A 1PB8A 4PQJA 4JSDA 3V89B 3FXUA 4F31B 2F8DA 1B05A 4ISUA 4U22A 1UIUA 2ZXTA 3K0VA 3RGYA 4ZEDA 2ZYKA 3TQLA 1MXVA 2XXRA 1B0LA 4LZ7A 4N13A 3SEVA 3L6HA 4R2BA 4NTLA 5B7DA 1GTKA 1BIYA 4POWA 1CB6A 2WKYA 1NH7A 1M5BA 3K6VA 3OD7A 4G68B 1TT1A 1R9LA 3VXBA 4TQUQ 4Q8RA 3OSRA 2A5TB 3CSBA 5TPAA 5H8NA 3I3VA 2XD2A 3PD8A 3R7XA 2QMXA 2H4IA 4POXA 1B9JA 4KFQA 1MXWA 2GHBA 2I0CA 4ZDMA 4XIGQ 2XXPA 3C31A 4WEPA 3SEYA 3CSGA 4IO2A 3TCHA 1ZLQA 4BDLA 1P1OA 3IOVA 3C35A 3RQTA 2DWIA 4JWYA 2VD2A 5KCJA 4DE8A 3A3UA 4BDNA 5DT6A 3HHGA 1I69A 1B4ZA 2ONRA 2Q9TA 1UIVA 2XD3A 5FHOA 3T9HB 2B65A 4BDOA 3I6VA 5CMBA 3IOTA 3O6IA 1ELJA 2X26A 4FE8A 2XXTA 4G77A 3K4UA 3OO7A 1FTOA 4JB7A 3EHUA 1JW4A 4NWCA 2H5YA 2PVUA 2E1SA 3MP8A 5HPQA 3K6XA 3O66A 4IGRA 1XC1A 3B6QA 1T0KA 2F7BA 4M4GA 5L9OA 3OMBA 5F7VA 4C0RA 4F3PA 3FASA 4HCWA 3A3CA 2DSFA 1A7LA 1MQJA 3MVXA 1B40A 5EHMA 4LATA 1PB9A 4XKRA 2HAUA 2UVHA 4I9DA 1OLAA 1LAFE 4C1TA 4QSEA 3PPNA 1N3WA 3S9LC 4YICA 4YAHX 1FTKA 4R72A 2ZMBA 4MLQA 3VVEA 1LFGA 4U4SA 1AMFA 1SW1A 3U92A 3TTMA 2Z8EA 1IXIA 3UK4A 3FD3A 2O51A 1SBPA 1NKXA 1NNKA 3DM0A 4XKPA 1MY0A 1OQGA 5CMKA 1B0HA 3EPEA 3H6VA 3VXCA 1QVSA 1O7TA 4OENA 1EZOA 1YAEA 1Y4TA 2AIXA 4HCYA 2YPNA 2HCAA 2DS9A 5CC2A 4OQOA 4F18A 2CMOA 5J1DA 3E4RA 4H0WA 5KDTB 4ZEKA 1FTLA 1OVTA 1B5HA 2XX9A 2F36A 4I62A 5AA2A 3CI8A 4RY1A 4N07A 1N7WA 1UTBB 2UYEA 3C33A 2ANJA 2NWJA 3JYRA 2XXWA 5I59B 1LBBA 3DLNA 3PD9A 2OJTA 4R6HA 1OLCA 3G3FA 2BJJX 4BDQA 1F9BA 4KCDA 5H8FA 2X7QA 3MW0A 2QL3A 2NXOA 1POY1 2FNCA 4ELPA 1A54A 3SEUA 3D4GA 2R6GE 3T93B 1MXZA 1SW4A 1VSOA 1URSA 2XHDA 5IAIA 1B5JA 5JTYA 4NEDA 2PMSA 1B51A 2ALUA 5TP9B 1ZKBA 1S50A 1P1NA 4KR5A 4GLIA 1IUDA 3H6WA 4XXUA 3VLUA 3UGWA 5ICTA 4NF6B 4GL0A 2O1MA 3MPKA 5CM6A 2I6EA 3MZ9A 3TQWA 3KN3A 4TLMB 3QSLA 1EZ9A 5I2NA 1B7UA 2UVIA 3H6TA 4OVJA 1MQDA 3IR1A 1PDAA 5H8QB 3U93A 4GIZA 5DVJA 5H8SA 3G3GA 3JZJA 1QKAA 4P0IA 3ZKKA 2XX8A 5AA4A 2NOOA 4R9GA 4KYEA 1SDXA 4EXKA 1O64A 3TTLA 3S2VA 2ESNA 4MFIA 5H8HB 2Q88A 4F3SA 5I56B 4RJZA 1QUIA 3DP8A 1NNTA 2UVGA 3PV0E 5IKBA 4YB6A 2V3TA 1XOCA 4LQ5A 1I6QA 1QUJA 1LBCA 4MH5A 4NE4A 4DLDA 4NMYA 1Y3PA 1UTHB 1SW5A 3IORA 2Y7KA 3BBRA 1MQHA 3C36A 4YZZA 2H9BA 3CFLA 2FA7A 3KJTA 2REJA 2OWSA 4IGTA 4ZE8A 4JSOA 2HZKA 3BFUA 3KEIA 1YPNA 4QFLA 1GR2A 1MRPA 2GRVA 1WDNA 2DWJA 2FYIA 2VD3A 2O6AA 4THIA 1N3XA 1B6HA 3N5LA 1MDQA 3OXNA 4IO7A 1B58A 5A5XB 1QKBA 5CBSA 3LBSA 2ZNSA 5F1QA 4F2QA 4G2ZA 1FW0A 3L6GA 2VOZA 5AA2D 1FTMA 3Q25A 4ZECA 4H65A 1VFEA 2I58A 1B3LA 3PUYE 3THIA 3H7MA 3UIFA 1LLSA 4F1YA 5AA3A 3PUVE 3FZVA 4LZ8A 1NFTA 3N6TA 3IL1B 4G8HA 4KQPA 2UVJA 1P1WA 1N0TA 2Z8DA 4BDRA 3TUSA 3UORA 1M5EA 2REGA 4HW8A 3FJ7A 4IB2A 4OYVA 2O1LA 3H06B 5EYFA 3OEKA 4PE5B 2G93A 3PPOA 5FHMA 1S7YA 2A5TA 2DQVA 2F7AA 1B1XA 3BKIB 4ND9A 3KOSA 3K00A 4OMBA 3QK6A 3OSQA 3GLBA 4WEDA 3K6WA 4LZ5A 3IJOB 2OCUA 4Q0CA 1MXUA 2Q2AA 3T9UA 1MY4A 4ESXA 3H6UA 4F2OA 2AL5A 4M1VA 3H3GA 4Q5TA 3TAJA 4TOZA 3S4UA 5JK4A 3LUYA 4U4XA 2Z8FA 1N84A 4I1DA 4IO3A 3Q26A 4NWDA 4EF2A 3FVOA 4R2FA 2NVUB 1DPEA 3C9HA 3VVDA 5DEXA 1DSNA 1ZIUA 4GFRA 1A55A 3RT8A 5TPAB 4E0XA 3F11A 5H8NB 4QSCA 5I2KA 1MM7A 2QPQA 3LR1A 3RLFE 3TFLA 3S9EA 3ONMA 3VLWA 3KFMA 1D9YA 5HM4B 3T22A 2F7CA 3TMGA 3SEXA 3KG2A 1A40A 3K01A 4OERA 4ECFA 1PBQA 2OZZA 3KSXA 2DP8A 1JQFA 2QJEA 3FATA 4GL8A 5KCJB 5FHNA 2F6PA 2PYYA 3SESA 1B7HA 3IB0A 3CR9A 2IEEA 1B3EA 4ESWA 2DXYA 1R9QA 1ZBMA 1NNFA 2XXVA 4GOTA 1R6ZA 4YB5A 1MH4A 3LC8A 4IY5A 3TEPA 2GH9A 1Y1MA 3HPIA 5DYHA 1SYIA 3K2DA 4OZ9A 3VVFA 4GXSB 2V84A 2A5SA 3PMVA 3H4ZA 2O69A 3MC2A 3N94A 3FVGA 5K2YA 4AB6A 1LAGE 1FQBA 1ANFA 3KJ7A 1D3KA 1OIBA 5ITPA 1H44A 1D9VA 4KYDA 3G3IA 1MY1A 5DVIA 4EQ9A 4NF8A 3VE1B 3ILUB 1XT8A 3MZ1A 4O3AA 5CRYA 4NF4A 1IXCA 1LCFA 4F3BA 3CIJA 2DWAA 3FJMA 4DCXA 3G7WA 1WVJA 4DXCA 1US4A 4QF9A 3R6UA 3OENA 1HSLA 3TODA 2XXUA 1M5DA 1UQWA 3VV5A 4F1VA 3PUXE 3PUWE 2RCBA 1CE2A 3TCFA 1QULA 5ISUA 3CFZA 5CMCA 1PEBA 4RXLA 2V25A 4ELRA 5BWJA 2B3BA 4LUBA 2RCAA 5I57A 1HSEA 3FXRA 4GRKA 4PFUA 4X1BA 4IY6A 2QS1A 4HS7A 1OMPA 1JNFA 4ELQA 3V83A 5CBRA 1H43A 3W15C 4U23A 2RC9A 1L5TA 3E13X 3TYHA 4H67A 5L9SA 3BFTA 4BDMA 5BUUA 5AA2B 4YMBA 1MY2A 3IOWA 2I4BA 3QAXA 2O84X 5L9MA 4H8JA 3FVKA 4EQBA 3IJXB 4YU0A 1USYE 2V3QA 3JV9A 1SI1A 3LSFB 2DE3A 3PMXA 4NF5A 1HSJA 3N6UA 1MPBA 3MJNA 2RC7A 1IXHA 3MUQA 4OEUA 5H8FB 3CG1A 1MDP1 3EF7A 4N6PA 1SQYA 4F39A 3TTNA 3HN0A 2V93A 5AA1A 1I6BA 1MXXA 1PBPA 3O6GA 1FQAA 3VLVA 3HV1A 5JTYB 5H8QA 2H98A 2HXWA 1SVXB 3A09A 1MG1A 4FECA 1Y1ZA 2D5WA 2E0SA 2V3UA 4C1UA 3QIMA 3Q29A 3UA8A 3S9MC 4F1UA 1H3DA 2QS3A 4X9TA 1I6AA 4QFPA 2VP1A 1MH3A 2THIA 1Y3NA 1TXFA 1DTZA 1S9TA 4ONYA 2DOJA 5HBCA 1DOTA 1Z7NE 4FAJA 3SEWA 1RKMA 3MVYA 5I2NB 4RK9A 1PC3A 4DXUA 5ICQA 3PMWA 4FEDA 3QUFA 2DE2A 1MM6A 4KHZE 3RTFB 1SD3A 4H1XA 1Y4CA 3FJGA 5JEIA 2AL4A 2RF1A 1DMBA 2XXXA 4QSDA 4G68C 5AA4B 2G29A 1QW0A 4OEVA 3EN3A 1BKAA 2QS4A 1B1HA 3RUMA 5I58B 4EDPA 1VR5A 1MXYA 5L8DA 2O68A 1Q35A 3DELB 4L17A 1OQHA 2OBGA 1YTVA 1ZTYA 4YKJA 3G3HA 1ATGA 1LFIA 4YKKA 3TCGA 3IAZA 1URDA 3G3JA 4OFLA 4DDDA 3TKDA 3IO4A 4PFWA 1H76A 2Q89A 1JVYA 4ZS9A 2YLNA 3WAFA 2HEUA 1TFDA 1Y9UA 2I4CA 2PT1A 2IA4A 4GVOA 5I84A 1AL3A 1QUKA 3LSXA 5KZTA 1TFAA 4TLLB 4Z0IA 1MPCA 2Y84A 1POTA 1VFDA 1N04A 4FEBA 2ZYOA 4AB5A 4GQOA 4U1ZA 1EH3A 2XXHA 4WXJA 3KN8A 4R9FA 3CFXA 2RC8A 3SERA 3MBPA 3N26A 2YJPA 5DTBA 4UACA 3AXFA 2F6GA 3O28A 4DIGA 3TPAA 3GZGA 5EHSA 1P1UA 4R6YA 2ONKE 3GBAA 2QMWA 3VDFA 2RINA 2UXAA 5ITOA 1R1NA 4IO6A 1VE4A 3TDJA 2P1SA 1GV8A 1N7XA 1DPPA 4G68A 3T96B 4F22A 3C32A 4EXLA 2KLFA 3RPWA 5AE4A 1IEJA 3ZS6A 4EQ7A 1NNPA 1B5IA 4EUOA 2D21A 4OXVA 4KPTA 1YCJA 3RN8A 1Y3QA 2VGQA 2Y7WA 1FCKA 2DE4A 4PETA 2Q8JA 1M5FA 4UA8A 3B7DA 3TELA 4OHNA 4LP2B 2Y7RA 3HO7A 1GGGA 5B70A 3HCQA 4GF8A 3O6HA 2DVCA 3GBBA 1NMUA 3Q28A 1P1QA 1SI0A 3DP6A 5K2XA 4DXBA 3LSLA 3USDA 4OWDA 3LSWA 1IXGA 1JW1A 4I8CA 3TTKA 3O29A 3O2AA 1ZMGA 2HAVA 1LB9A 2OWTA 3DP4A 2QS2A 2XXQA 3G3KA 1USYH 3MPLA 4XKNA 4PFTA 4YKPA 1GVCA 2PX1A 5DEXB 3K1MA 2DXRA 4FIMA 3I5OA 1H45A 4KI0E 4RYAA 5I2KB 4F19A 4QFOA 1LB8A 4GD5A 1AH5A 1O63A 4IO4A 1KWHA 4QFNA 2HFBA 3P7IA 4HTGA 2P2AA 3SETA 3V8XB 1FTJA 3OO6A 4MLVA 1AIVA 4H5GA 4ZZEA 1A8FA 4ZZAA 1A99A 1B3FA 3OELA 2I0BA 3U8QA 4Q30B 3B6WA 3KBRA 3M8UA 4K3FA 5LOMA 4RNSA 3KGCA 3IB2A 1NL5A 2ZYNA 4EF1A 4QRZA 4U1OA 4MF3A 1XS5A 3U94A 1MY3A 3TZAA 1FQDA 4PFYA 4F3GA 5CMMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MHFA 2GFEA 4N81A 3KSJA 1B3HA 4PC9A 1K9ZA 4ZEFA 4ELOA 1URGA 2F5XA 3CVGA 3D4CA 3B6TA 5TU0A 4G4PA 4P11A 3NOHA 2VPOA 2HQ0A 4FORA 2Y7PA 4N6DA 5ELVA 4OTEA 4G8MA 4LA9A 1JEVA 2XWIA 2DYXA 1FQCA 3UN6A 2HZLA 2X7PA 1BLFA 1LGBC 3PPQA 1WODA 1LFHA 3WAEA 4HE0A 2QSXA 3IOUA 1MS7A 2H99A 4O3BA 4PP0A 2PBWA 2Z23A 1OVBA 4PF6A 1IQ7A 3KC1A 3OOAA 4NF8B 4P1LA 4G8NA 5KDTA 3C4MA 4WKMA 4NF4B 3IFCA 1TWYA 4PBHA 4OESA 1D4NA 4KYSA 2ONSA 4GWOA 3ZSFA 4KD5A 4ZEBA 3HSTA 4JWOA 3W9WA 1QJMA 3SKPA 4R74A 1UTBA 4PTKA 3PUZE 3OEMA 1MQIA 3IB1A 5I59A 1Y20A 3MP6A 1AOVA 3OO8A 4RPNA 1B2HA 4JBZA 3IX1A 1YZ0A 2F97A 4XFEA 2GHAA 5M2VA 4O3CA 1J1NA 1RYXA 2F34A 2OWZA 1JETA 2UYFA 2LAOA 3H03A 3RY3A 3EHSA 2QRYA 4MBPA 3HHFA 4OFOA 3E3KA 4JDFA 3MZBA 4PDDA 4G61A 4OETA 4RK2A 5I57B 3CG3A 3ODBA 3PPRA 4KCCA 3O97A 4H5FA 1BTJA 3T66A 2I48A 1P99A 4LVQA 1B7ZA 5TP9A 1SW2A 3MQ9A 2ZNTA 2I3VA 3M3FA 1IMDA 3CRBA 4P1EA 2XXYA 1B52A 1RYOA 4O8MA 4JXIA 5FTHA 1LEVA 4NF6A 3FXQA 4GWUA 4YKIA 3FVNA 2F35A 5I7IA 2DWHA 4LQ2A 1B32A 2NUVA 1ZU0A 4BLAA 1NH8A 4YB7A 3QUJA 3U72A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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