3Q26A

Cyrstal structure of human alpha-synuclein (10-42) fused to maltose binding protein (mbp)
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
403
structure length
395
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSSKAEKTKQGVAEAAGKTKEGVLYVGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of segments of alpha-synuclein fused to maltose-binding protein suggest intermediate states during amyloid formation
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein, protein fibril
source organism Escherichia coli
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein/alpha-synuclein chimeric
total genus 130
structure length 395
sequence length 403
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q26A00
4MLQA 3TCHA 2I58A 4IY6A 1MY0A 3TYHA 4PFWA 3DP6A 4F1VA 4C1TA 2O6AA 2HQ0A 4ZECA 4QSCA 4F18A 4GXAA 3KBRA 1T0KA 4LQ2A 1OVTA 2DOJA 4IO4A 3M3FA 3QXMA 5DVFA 5A5XA 1Y3PA 3H7MA 5AA2A 1A54A 3IOUA 2Q88A 3FASA 1WDNA 3TCGA 4F3BA 1GR2A 3S9MC 2DP8A 3SERA 1B7ZA 4EXKA 2OWSA 1UIUA 4H8IA 1IEJA 1S7YA 5ITOA 3IO4A 2PVUA 2I6EA 4HS7A 4IB2A 3BKIB 2XXRA 3O9PA 4NE4A 4YMBA 2HFBA 3DP4A 4R9GA 1B3HA 4R72A 2M8CA 4X48A 4ZEDA 1M5EA 4QSDA 5DEXA 3IR1A 3S2VA 4QF9A 4LONB 3K2DA 4YKKA 3DLNA 4C1UA 1PEBA 1D9VA 3MC2A 2CZLA 4ZE9A 4THIA 3RGYA 3RPWA 3MVWA 4JWYA 4GL8A 4ELQA 5JK4A 1DOTA 2X7PA 1MM6A 4LZ8A 1VR5A 4RA1A 2GRVA 3ZKLA 3G3KA 1UIVA 1TXFA 5CMCA 4OEVA 2F6PA 3C32A 3K6VA 5TU0A 1LAFE 2OLBA 4YZZA 3K1MA 1BIYA 4DCYA 1DTZA 1LLSA 1QUJA 4KCDA 5I59B 3OSQA 3ILUB 3QUJA 4FE8A 4P0IA 3PMVA 1JVXA 4G8NA 4NF4B 4GRKA 3VLVA 4YB7A 1LB9A 1FQAA 3UN6A 3KOSA 3FVNA 3PMXA 4OESA 4TOZA 3FXQA 1MY2A 1PB7A 4ZZEA 2LAOA 3ODBA 3DP8A 1DPPA 4LP2B 5JEIA 2RKMA 4RY1A 3BFUA 2QMXA 2F78A 5AA4B 1HSEA 3FUZA 1URGA 4FEBA 4TLLB 4F2QA 3Q25A 2VGQA 5CI5A 3UK4A 3EN3A 3IB1A 3N6TA 4POWA 4LQ5A 2G29A 5CMBA 2V3TA 3FGSA 2NXOA 3K6UA 1JW4A 2OK2A 2ANJA 4R6HA 2XHDA 1Y3QA 4OFOA 4G8MA 5I84A 1JNFA 4N13A 3U92A 3GZGA 3G3GA 4BDRA 1LAHE 3N94A 3PGFA 4G68B 1OVBA 4JWXA 3EHTA 1MH4A 4IO5A 4YKIA 2ONSA 3PD9A 1RKMA 2DWAA 3S9LC 1XC1A 4DE8A 3OO8A 1QULA 4FJPA 3OSRA 4GFRA 3KSJA 5H8NA 1YTVA 1MS7A 3BFTA 4KQPA 2OWTA 3K6XA 2UYFA 2VOZA 2Q89A 3KGCA 4EF2A 2GH9A 1FQBA 3SEYA 3PPNA 3RTFB 3CR9A 3EF7A 1Y4TA 3IOWA 3R26A 3CSBA 1JEVA 4ZDMA 1ZU0A 4H5FA 4PP0A 3TZAA 2O7UA 2P1SA 5K2XA 3S9EA 2IEEA 2QS1A 1Y20A 1NH7A 4YU0A 1N0TA 5EYFA 2IA4A 1B32A 4GIZA 2G93A 3H6UA 5H8QB 1Z7ME 3ZKKA 2RC8A 5KDTA 5J1DA 2B65A 4AB5A 1MY3A 2I3WA 1WVJA 3MQ9A 1KWHA 4I9DA 3MP6A 5BWJA 3OO7A 1CB6A 1XS5A 2DXRA 3K01A 3SDFA 4U21A 4GVOA 1QKBA 3G3IA 2V25A 3C35A 3DM0A 5L8DA 3C9HA 3W9WA 4KYSA 2ZYMA 3JV9A 3CG1A 4KHZE 4ELOA 5I58B 5I57A 1MXZA 3G7WA 4YAHX 1RYXA 3TUSA 2W7YA 3T9HB 4TLMB 1A8FA 3K02A 1D3KA 1R6ZA 2QJEA 3W9VA 1POY1 4AQ4A 2F35A 4JB7A 1DSNA 3L6GA 1O63A 4P0GA 3LUYA 2F7CA 4NWCA 4HCWA 2DE3A 1JQFA 3UGWA 2A5TA 3K1NA 1I69A 3OD7A 4XIGQ 5I2NA 1AOVA 3T96B 4QFOA 1H44A 1MY1A 4YICA 1B9JA 5B70A 4RPOA 3I3VA 3M3KA 1P1WA 4QRZA 2B3BA 4DXCA 2XXUA 2GHAA 1LCFA 2Z23A 5CC2A 2B3FA 3TQLA 1B3FA 1XHYA 1NFTA 1ATGA 1IXGA 3V83A 3MWBA 3FZVA 3K0VA 1UTBB 4ECFA 4NWDA 2Z8EA 3K4UA 4K3FA 1NL5A 3SEXA 5FHNA 1B5HA 2R9JA 2RINA 2ZNTA 3E4RA 1VFEA 4OTEA 3H06B 5AA3A 4JDFA 2X7QA 3G3JA 4IGTA 3MVYA 3R7XA 3RUMA 1IQ7A 2O69A 1LFHA 4FECA 2F5XA 5TPAB 1XOCA 2H99A 1B52A 3EPEA 3MW0A 4GWOA 1TT1A 5H8FA 2ZXTA 5HBCA 2QS2A 1PBPA 4PETA 1MPCA 1P1UA 3O2AA 3FXRA 1US5A 4EXLA 1ZBMA 3PMWA 1SW5A 3IOVA 2XXHA 1SD3A 5EHSA 3TELA 1PB8A 3FJ7A 5ICTA 4NF6A 2QRYA 3H6VA 4POXA 4RNSA 4IY5A 1N04A 4U22A 3USDA 3OMBA 3OENA 4O3AA 4OETA 5I2KB 2V3QA 1JETA 4DDDA 4Z7EA 1FTLA 4OXVA 1UTHB 1B5JA 2Q9TA 4ND9A 5ISUA 2HAUA 2HEUA 4R2BA 3FIRA 3IB0A 1MQIA 1LCTA 4PQJA 1M5CA 4H67A 1SI1A 3MPLA 3T9VA 3KN7A 2HZLA 2NOOA 4OWDA 2QSXA 3FATA 5K2YA 2AL4A 5H8HB 1I6AA 5A5XB 4F2OA 3QIMA 4DZ1A 1MPDA 1ZMGA 4R6KA 5AA2B 4DIGA 1BTJA 3KN3A 3VVFA 4L17A 3HHFA 1IIWA 4EQ7A 3RN8A 1IZ1A 3V8XB 5F7VA 1NNTA 1XVYA 4Q8RA 4XTCQ 4DCXA 4RYAA 1FQFA 5CMMA 3IK6B 3TAJA 5IKBA 1EZOA 5DEXB 2XXWA 2QPQA 1MDQA 3DELB 4C0RA 4DXUA 4OHNA 1FQCA 4NMYA 4JBZA 5I56A 3EHUA 1MDP1 4GF8A 4TQUQ 4YKJA 3LSWA 4OQOA 2CMOA 1RYOA 3L6HA 3GBAA 3TTRA 1FTKA 4H65A 5L9OA 3T9UA 3ECRA 3RY3A 4ELPA 4OENA 3LC8A 3IAZA 4AB6A 3U94A 4I1DA 4NF8A 3O28A 1LGBC 2F97A 2F6GA 3MP1A 3RTWB 5TP9A 2ZMBA 3TTLA 1NNFA 2XXXA 4HW8A 5DVIA 3ILTB 3RT8A 2FNCA 1QJMA 3CFZA 4LVQA 1NH8A 3VV5A 2Y7IA 1LAXA 3PUZE 3FJMA 4ZEBA 5AE4A 5HM4B 2ONKE 3IL1B 4U23A 4FIMA 3VFJA 3U72A 4ONYA 3IO6A 2V93A 3U93A 4U1OA 4BDQA 4E0WA 1QVSA 4HCYA 2BJJX 1MRPA 1H45A 4RXLA 3B6TA 4ZS9A 4JWOA 1FW0A 3H4ZA 4RK2A 2Y7PA 1AL3A 2FA7A 1JW5A 4ESXA 3TTNA 1Q1KA 4ZZAA 3VLWA 4NF4A 1FTMA 4BDMA 1S50A 3LSFB 3KG2A 1DMBA 3PPQA 3OELA 3SESA 2I0CA 3TTKA 5DT6A 1B0LA 3QSLA 2I49A 1B51A 2O1LA 3VLUA 3V89B 4QHQA 5LOMA 2DWHA 3KFMA 5AA4A 4MFIA 4U2RA 5EHMA 3S9NC 3I5OA 4MH5A 2V3UA 4G8HA 5H8NB 3CIJA 3VXBA 4GXSB 3VDFA 3HHGA 4UA8A 4NF5B 3O6IA 2QMWA 3OXNA 2UVGA 1S9TA 1LBCA 1N84A 3ZSFA 2I4BA 1I6BA 1BKAA 5F1QA 1MQHA 1IXIA 5KDTB 1N7XA 3PPPA 4GLIA 1BP5A 1JW1A 2H25A 2RF1A 1XVXA 4ELRA 1MXXA 2XX7A 2ZYNA 4Q5TA 4X1BA 3GBBA 5CRYA 4OFLA 1Y9UA 1GTKA 2THIA 3CG3A 2DSFA 3KOTA 2UXAA 4X9TA 5DTBA 4EDPA 4KFQA 1O64A 1A99A 2Q2CA 2D3IA 3HPIA 1P99A 3Q29A 3MAMA 1NNKA 2AL5A 4FATA 4ESWA 5I57B 2Y7KA 3IJXB 4WKMA 1JVYA 4KPTA 3UP9A 3FXUA 1MXUA 1ELJA 3H3GA 1B5IA 4GOTA 4MLVA 1XT8A 4ZE8A 5L9MA 1ZLQA 1R9QA 2OZZA 3FVGA 5KCJB 2DWIA 5CBRA 1FTOA 3A3UA 2HZKA 4WEDA 5H8SA 1Y3NA 4G77A 1DTGA 5I2NB 3WAEA 2Y84A 5L9SA 2P0SA 1PB9A 1SYHA 3ONMA 1Q35A 4F19A 1A7LA 1A55A 2ZNUA 3LSLA 3MZBA 3MJNA 1MY4A 2O7IA 3CFLA 5JTYA 4U1ZA 2YPNA 1PC3A 1R1NA 2F36A 4H0WA 3E9XA 4MF3A 4EF1A 1O7TA 3E3KA 3D4GA 1B1HA 4KYEA 4JSDA 1B1XA 3PU5A 1LSTA 4NTLA 2DS9A 5B7DA 2HAVA 1US4A 4G2ZA 5ITPA 4G68C 1MM7A 1HSJA 2HCAA 2XXIA 2F7BA 2ONRA 2V84A 4XKQA 2OJTA 4KI0E 1N3XA 5H8FB 1VSOA 1SW4A 3EHSA 2D21A 1B7HA 3KJ7A 3R6UA 3UA8A 4H6DA 1IITA 4KR5A 1TWYA 1POTA 3CVGA 1USYH 2XX9A 2XXTA 1B4HA 1M5FA 3B6WA 1QUKA 4G4PA 4H8JA 2Q2AA 3TEPA 4NF6B 3MZ9A 3PPRA 4F29A 1A40A 2O1MA 2F7AA 1EZPA 3Q26A 2DYXA 2PT1A 1B7UA 2DQVA 1ZTYA 2RCBA 4KCCA 1LAGE 3T9XB 1II5A 2OCUA 4JSOA 4ZEFA 4JXIA 2KLFA 4OVJA 4P11A 3FD3A 1HSLA 3U1OA 4LZ7A 3IORA 1LFIA 5DVJA 3CRBA 1QW0A 3C31A 4OERA 5CMKA 3OEMA 3PD8A 4XKPA 1FQDA 1SBPA 3IB2A 1OLCA 4GQOA 2Z8FA 2Z8DA 3T22A 1TFDA 3T66A 1GV8A 2XD2A 3MPKA 1H3DA 2F8DA 1VE4A 2O68A 1DPEA 4PFUA 4ZEIA 2PBWA 4YMAA 3H6TA 4GD5A 1MH3A 2R6GE 1NKXA 1Y1MA 2UVHA 3PUYE 3KN8A 3M3LA 3HCQA 2A5SA 4X1DA 2DWJA 2XXQA 4IO2A 3O97A 1CE2A 4U4XA 4PE5B 1IUDA 5H8HA 3MUQA 2VHAA 5AA2D 2XXPA 3PUXE 1MG1A 4OMBA 3OEKA 4R73A 4N07A 3KEIA 3T93B 2H5YA 3K00A 5I56B 1J1NA 2YLNA 1FQEA 3N26A 3H6WA 3MVZA 1WODA 2HXWA 3LR1A 2VP1A 3FV1A 3FVKA 1B0HA 1LB8A 1P1NA 4H5GA 4Q0CA 5BUUA 3FV2A 3UORA 3OO9A 1B3GA 3SETA 2H98A 1R9LA 4NF8B 4BDLA 3D4CA 3QYTA 1M5DA 1URSA 2PMSA 1B3EA 5TP9B 4F3SA 3TMGA 4XKRA 1OIBA 4O3BA 1B46A 1D4NA 4IGRA 2XD3A 3THIA 3TQWA 4R6YA 3IOTA 1P1QA 2REGA 1AIVA 2ESNA 3F11A 3W15C 3TCFA 1PBQA 2FYIA 3BBRA 4O3CA 3LBSA 4KD5A 1Y4CA 1ZIUA 4LZ5A 3EQ1A 3RNNA 1SDXA 1Y1ZA 4YB6A 1SW1A 3MZ1A 4F1YA 1H43A 2ABHA 2UVJA 5I59A 1GGGA 3QK6A 4XKNA 2DE2A 1GVCA 3E13X 4QFPA 4RJZA 1SI0A 3I6VA 1YCJA 1PDAA 3VE1B 3LSXA 3TFLA 3VVDA 3KZGA 1AH5A 5ELVA 2I3VA 4OFJA 4YB5A 1MQGA 3SEVA 4ZEKA 5FTHA 3CI8A 2AIXA 4DXBA 1VFDA 3A09A 4R75A 5CM6A 4M4GA 4N6PA 4WEPA 3C34A 4F3PA 3HO7A 5FHMA 3FVOA 3WAFA 4EQ9A 3TTMA 3O6GA 1USYE 5AA1A 4LUBA 5M2VA 4M1VA 4FEDA 1A8EA 3RLFE 3MP8A 2X26A 2ZYKA 4G68A 3K1PA 1B6HA 4DLDA 3M8UA 3TDJA 2ZNSA 3HN0A 3PPOA 1LFGA 1MPBA 1QKAA 4NEDA 1QUIA 1FTJA 1EU8A 1OQHA 1N76A 1H76A 3A3CA 4NF5A 2DVCA 2I4CA 1SVXB 3QAXA 3UIFA 2DE4A 2D5WA 4E0XA 3P7IA 1MQDA 1YPNA 4FORA 4WXJA 3G3FA 4RPNA 1B05A 2Z22A 3PV0E 2PT2A 2R71A 4IO3A 1I6QA 1FCKA 4MBPA 2OBGA 1OLAA 4QFLA 2F34A 3GLBA 2PX1A 5H8QA 3G3HA 3HSTA 4Q30B 1TFAA 1D9YA 1ZJLA 3C4MA 3PUVE 3C33A 4UACA 1EZ9A 3JYRA 4F31B 2PYYA 3KJTA 4QFKA 3SEUA 3Q28A 4BDNA 2A5TB 3MBPA 4F3GA 2REJA 2AYSA 4LA9A 3IJOB 3VXCA 1URDA 3KSXA 5I58A 1NMUA 3B7DA 5JTYB 2E1SA 4XXUA 4ISUA 3K6WA 4R74A 5KCJA 3V5AA 2RC9A 5IAIA 2E0SA 2GHBA 1B58A 1MXYA 1SW2A 2Y7RA 2XX8A 4F39A 4BLAA 3Q27A 1EH3A 4FAJA 2YJPA 3GXAA 3TPAA 2NUVA 2XXYA 2RCAA 3TKDA 3QUFA 1IXCA 2QS3A 1NNPA 3JZJA 1BLFA 3OO6A 4IO6A 4IO7A 5FTIA 2I48A 5CBSA 4OYVA 3MVXA 2ALUA 5FHOA 3O6HA 1JEUA 2H4IA 1B3LA 4KYDA 2RC7A 4PFTA 3FJGA 3N6UA 5KZTA 2O84X 2VD3A 2QL3A 2WKYA 2UYEA 4I8CA 4U4SA 1P1OA 2ZYOA 1B4ZA 4R9FA 4RK9A 1UQWA 2QS4A 1LBBA 1MQJA 3RT6B 3RQTA 1UTBA 4HTGA 3TODA 4YKPA 2DXYA 1AMFA 4F1UA 3OOAA 3SKPA 3VVEA 2P2AA 1MXVA 5DYHA 1N3WA 4H1XA 5TPAA 1B40A 4LATA 1ANFA 2H9BA 3S4UA 1IXHA 3CSGA 2NWJA 3ZS6A 1M5BA 3SEWA 1MXWA 3O66A 4OEUA 4PFYA 3PUWE 2GFEA 5ICQA 1Z7NE 4R2FA 1L5TA 5HPQA 2I0BA 1OMPA 3U8QA 3N5LA 4BDOA 4I62A 2UVIA 2NVUB 3O29A 2XXVA 3AXFA 2O51A 3IX1A 1OQGA 3CFXA 5I2KA 1UTHA 1N7WA 4QFNA 1YAEA 1B2HA 3HV1A 4EQBA 2VD2A 3B6QA 4QSEA 4OZ9A 4Z0IA 2DVZA 2Q8JA 1SQYA 2Y7WA 1ZKBA 4F22A 3C36A 1SYIA 4EUOA 4GL0A 3H03A 1F9BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MLQA 3TCHA 2I58A 4IY6A 1MY0A 3TYHA 4PFWA 3DP6A 4F1VA 4C1TA 2O6AA 2HQ0A 4ZECA 4QSCA 4F18A 4GXAA 3KBRA 3BIGA 1T0KA 4LQ2A 1OVTA 2DOJA 4IO4A 3M3FA 3QXMA 5DVFA 5A5XA 1Y3PA 1FPGA 3H7MA 5AA2A 1A54A 2CEYA 3IOUA 2Q88A 3FASA 1WDNA 3TCGA 4F3BA 1GR2A 3S9MC 4MNIA 2DP8A 3SERA 1B7ZA 4EXKA 2OWSA 1UIUA 4H8IA 1IEJA 1S7YA 5ITOA 3IO4A 2PVUA 2I6EA 2QVRA 4HS7A 4IB2A 3BKIB 1NUZA 2XXRA 3O9PA 4NE4A 4YMBA 2HFBA 3DP4A 1FBGA 4R9GA 1B3HA 4R72A 2M8CA 2FHYA 1NV2A 4X48A 4ZEDA 1M5EA 1KA1A 4PDDA 4P47A 2XXKA 4QSDA 5DEXA 3IR1A 3S2VA 4QF9A 4LONB 3K2DA 4YKKA 3DLNA 5I3SA 4C1UA 1PEBA 1D9VA 3MC2A 2CZLA 4ZE9A 4THIA 3RGYA 3RPWA 3MVWA 4JWYA 3T0JA 4GL8A 4ELQA 5JK4A 1DOTA 4N8GA 2X7PA 1MM6A 4LZ8A 1VR5A 4RA1A 5F24A 2GRVA 4H45A 3ZKLA 3G3KA 1UIVA 1TXFA 5CMCA 1EYIA 4OEVA 2F6PA 3HFUA 3C32A 3K6VA 4NAPA 5TU0A 1LAFE 2OLBA 4YZZA 3K1MA 1BIYA 4DCYA 4HXVA 1DTZA 1LLSA 1QUJA 4KCDA 5I59B 3OSQA 1NV5A 3KBZA 3ILUB 3QUJA 4FE8A 4OVRA 3PMVA 4P0IA 1JVXA 1QGXA 4G8NA 4NF4B 4GRKA 3VLVA 4YB7A 1LB9A 1FQAA 3UN6A 3KOSA 2FVZA 1FJ6A 3FVNA 4HE2A 3PMXA 4OESA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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