3Q27A

Cyrstal structure of human alpha-synuclein (32-57) fused to maltose binding protein (mbp)
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
396
structure length
390
Chain Sequence
MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSVLYVGSKTKEGVVHGVATVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of segments of alpha-synuclein fused to maltose-binding protein suggest intermediate states during amyloid formation
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein, protein fibril
source organism Escherichia coli
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein/alpha-synuclein chimeric
total genus 126
structure length 390
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q27A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3q27A01
2V3TA 4OESA 4RXLA 3C33A 5ITOA 4UA8A 3MVXA 4JWYA 3RLFE 3PPOA 1A8FA 3M3LA 3VVFA 2OWTA 2XXIA 3GLBA 4QRZA 4E0XA 3VVEA 2UYFA 3IB2A 2UVGA 4QSEA 1MXZA 2WKYA 3Q25A 5FTIA 3TUSA 2RC9A 1R9LA 2O1LA 3OD7A 4R75A 1PEBA 1B0HA 2O1MA 4I8CA 2ANJA 1UQWA 2F7BA 5ITPA 4K3FA 1ZIUA 4RA1A 1A8EA 1B51A 1URDA 3E4RA 3B6TA 5EYFA 4YB5A 3K02A 2HQ0A 3R6UA 4G8HA 2DWJA 1LBCA 1Y20A 3W15C 3HHGA 3FZVA 4DXBA 2IA4A 1ZJLA 3PMWA 5FHMA 1LAHE 2OLBA 3TQLA 3B7DA 4OFOA 2V3UA 1B7UA 2DSFA 4DXUA 3KN3A 1UTBA 2PMSA 4X1BA 3USDA 4H8JA 2YLNA 2XD3A 2X26A 2UXAA 1EZOA 2O68A 3FXUA 3AXFA 5AA4A 3CG3A 1BLFA 4OYVA 1N7XA 4F19A 3CSGA 1B3EA 4QF9A 4P0IA 3UP9A 3PMVA 4POWA 4P0GA 3VFJA 2V3QA 3SEXA 3K6WA 4I62A 4FJPA 3IOVA 4EF2A 1JVXA 4MH5A 3LUYA 3FGSA 4MF3A 3TCGA 5K2XA 2I58A 1H43A 4H65A 5LOMA 2RCAA 1L5TA 4OTEA 1EH3A 2XXHA 4LUBA 4RPNA 4FORA 1XS5A 4NEDA 2A5SA 1B05A 4OVJA 5AA3A 4KHZE 2XXWA 3OXNA 4FIMA 1MPCA 4Q30B 5H8QB 5DVIA 2RINA 1HSJA 2FYIA 3RT8A 3QK6A 2R6GE 4G4PA 3H7MA 4JWOA 1S7YA 4KPTA 5DEXA 2XXUA 1IITA 1H45A 1BKAA 3IJXB 2HZLA 4DIGA 3MP8A 3SEYA 1B3FA 1Y3QA 2G93A 3FXRA 5I57B 2VHAA 1FQDA 2H5YA 1CB6A 4JSDA 3C31A 4R2FA 1FQAA 1FTLA 1QUJA 2DE2A 2ONSA 5HBCA 1B6HA 4BDOA 3QIMA 1NMUA 1BIYA 3OOAA 3A3CA 1B40A 1DTGA 1P1NA 3K2DA 2YPNA 4NF8A 3MZ9A 2ZXTA 2XXVA 1II5A 1Z7ME 2Y7RA 4FATA 4GWOA 1OVBA 1XVYA 4Q8RA 4IO7A 3G3FA 3TAJA 3T9XB 3SDFA 5F7VA 1N7WA 2P2AA 1OMPA 2ZYOA 1M5DA 1B5IA 3HHFA 2UVJA 1UTHB 3FV1A 1NL5A 3EHUA 3RY3A 5I59A 1Y3NA 3T66A 4LONB 4EQBA 4F3BA 2I3WA 5AA2A 3PUWE 3SEWA 4OETA 4PP0A 3C4MA 3ZS6A 3S9EA 4ZEBA 4KYSA 4I9DA 3S9NC 3RUMA 2GRVA 1MRPA 1OQHA 3GXAA 2QMXA 4GF8A 3LSXA 1I69A 3TEPA 2DYXA 2F35A 1Y4CA 2Q2CA 5A5XA 4KD5A 5AA1A 3K0VA 5B70A 1JW5A 3E13X 1QKAA 1PDAA 2Y84A 3B6QA 1ELJA 4BDLA 2QSXA 1MM6A 3MJNA 1XT8A 3TFLA 4F3GA 4NMYA 4ELPA 4DXCA 4XIGQ 2O51A 5JK4A 1AL3A 4KYDA 4HCYA 3DP4A 3ONMA 2DXYA 4U2RA 1Q35A 4TLLB 2ALUA 3KGCA 2ZNUA 1GR2A 1I6QA 1BP5A 1TFDA 3GZGA 3K6UA 3V5AA 3TTRA 5I58A 3P7IA 3Q29A 1Q1KA 1FTKA 1FTMA 3UORA 4X48A 2QPQA 4H8IA 1FQFA 2OCUA 3SESA 1AOVA 1FQCA 1US4A 4MBPA 1MH4A 1NNKA 2F97A 3N6TA 1N84A 4F29A 2O69A 5JEIA 4NTLA 5H8NA 2I0CA 1ZTYA 4UACA 5I2NA 1AMFA 3FD3A 3T9HB 3U94A 5L8DA 2QS2A 1OLCA 2XXPA 1LFGA 3TZAA 5M2VA 4U21A 3JV9A 3FVNA 1WDNA 3O97A 2AL4A 2ZNTA 1B7HA 4O3BA 4U4SA 3CIJA 1SVXB 2A5TA 4IB2A 2F6GA 3TKDA 1JEVA 4R9FA 3LSWA 5L9SA 3CFZA 3S4UA 4JDFA 1ZU0A 1B3GA 4JB7A 3IB0A 3K6VA 1PBQA 1RKMA 1YPNA 2Y7PA 3CFLA 1NNTA 1IZ1A 3S9MC 2F36A 4YZZA 3W9VA 4X1DA 4N07A 1B2HA 3H3GA 1SI1A 3LSLA 4H67A 2Y7WA 4C1TA 4ZZEA 1MY2A 4G68A 5BUUA 1DMBA 4WEDA 4GXSB 3IL1B 1R1NA 2XXQA 2V93A 2OK2A 1EZPA 3ODBA 3LC8A 4BDMA 1TFAA 3FJ7A 5IAIA 4ESWA 4MLQA 3T96B 2YJPA 4OEVA 3IB1A 3O2AA 5H8SA 3DLNA 2Z8EA 3HN0A 3CI8A 4U1ZA 4BDRA 2CMOA 4YB7A 4H5GA 4R6YA 1SD3A 4LZ7A 5ELVA 2QS4A 1UTBB 1IXHA 2ESNA 4LZ8A 3TODA 3OO9A 4TQUQ 1H44A 2Q9TA 1N76A 3OO7A 3KOTA 2DWHA 1FW0A 3MZBA 2I6EA 5AA4B 4F18A 2GFEA 1M5CA 3MC2A 4L17A 4C1UA 3PPRA 1MY3A 4P11A 1DOTA 3DELB 1QUIA 2DE3A 3K1MA 3OSRA 3B6WA 3IOUA 3O6HA 1A55A 3PD9A 4G68C 4NF6A 1IIWA 4DDDA 4KQPA 3D4GA 5CMMA 1NNFA 5KDTB 3TTMA 4RY1A 4LA9A 3Q28A 3R7XA 4IO3A 1S9TA 4PFUA 2Q2AA 1VR5A 4AQ4A 3L6HA 1LSTA 4IO6A 2HCAA 3G3KA 1P1WA 4ONYA 4QSDA 5TP9B 3O6GA 3EHSA 5AE4A 3HCQA 3H4ZA 4YICA 2NXOA 4X9TA 2VOZA 4KFQA 5JTYB 3ZSFA 3FJGA 5HPQA 2ONRA 4GD5A 3QSLA 4YAHX 3KSJA 1B5HA 3BKIB 1Y9UA 2RKMA 4GL0A 3KSXA 3QUJA 3C35A 3PPNA 4E0WA 2THIA 2HEUA 4QFPA 4M1VA 4QFNA 2O84X 4HCWA 3I5OA 4YMAA 3TCFA 4NF8B 2GH9A 4DZ1A 2RC8A 4GOTA 4FECA 3K01A 1WODA 2ONKE 4PETA 2X7PA 3VV5A 1XVXA 3MBPA 2UYEA 5H8FB 3H6WA 4NWCA 3K1NA 1Y3PA 5KCJB 1O64A 3OO8A 1EZ9A 2O6AA 3IOTA 3TYHA 3RT6B 4LP2B 2P0SA 2QS1A 4YKIA 3RN8A 2I4BA 5I59B 1PC3A 3FVGA 1SW2A 3OMBA 3M8UA 4PE5B 3MP1A 1NKXA 1H3DA 3H6VA 5AA2B 1Z7NE 3G7WA 1US5A 2PX1A 3L6GA 3VLUA 1D4NA 4G77A 5CMCA 3G3JA 3VDFA 2DVZA 3RQTA 4R6KA 5ISUA 4F3PA 2GHAA 5EHSA 3FATA 3DP6A 5I56B 3C34A 3LR1A 1OLAA 1JETA 3BFUA 5J1DA 3UGWA 2XD2A 2DOJA 2R71A 1N3XA 4F1VA 4G8MA 3PU5A 3SETA 3MPLA 4I1DA 4H5FA 3KBRA 1JW4A 3PPPA 4ZS9A 3UK4A 1MY1A 5DTBA 1HSLA 3DP8A 1GVCA 3RGYA 4ZEIA 1YCJA 2GHBA 3KN7A 4BDNA 2QJEA 3PD8A 4EQ7A 5I58B 1PBPA 2CZLA 2F34A 3WAEA 1M5EA 2QS3A 4WXJA 1P1QA 3ZKLA 1NH7A 2XHDA 3ILUB 4ZECA 4LVQA 2G29A 4TLMB 5CBSA 5DT6A 5H8NB 1MXWA 3KEIA 2LAOA 5I2NB 1URGA 1OIBA 1Y4TA 3VLWA 3IO6A 3PV0E 1B5JA 1LFHA 4NWDA 1MQDA 4Z7EA 1B3LA 2DP8A 4GXAA 1B9JA 2D21A 4IO2A 2PVUA 3IAZA 5BWJA 4R9GA 3U93A 2I0BA 4BDQA 4OXVA 3G3GA 4ZZAA 3C32A 4ZE8A 4IO5A 2F8DA 2HAVA 2H9BA 1O63A 5H8HB 2V25A 4WEPA 3OO6A 3RPWA 1FTJA 5K2YA 4DE8A 1IEJA 1JNFA 5I57A 3H03A 1MXYA 2D5WA 1N3WA 2F7AA 4GLIA 3MQ9A 3C36A 4MLVA 4G68B 1RYOA 2DS9A 5TU0A 3TCHA 4Q5TA 4XKPA 3EN3A 1B46A 3C9HA 2IEEA 3H6UA 4GVOA 5CBRA 2RC7A 3PUYE 1LAXA 4NF5A 2DQVA 4F3SA 4IO4A 4JBZA 3CRBA 1MS7A 1PB7A 2PBWA 1B4HA 4LQ2A 3KG2A 4NE4A 3N94A 2NOOA 3MPKA 2Z22A 1NH8A 4NF4B 1VSOA 1GGGA 5I2KB 3IJOB 3ZKKA 1LB8A 5ICQA 2AL5A 2XXXA 3LBSA 1ANFA 1UTHA 4HS7A 3RTWB 5FHNA 2DWIA 1LBBA 2VP1A 4FEDA 4RPOA 1UIVA 2I3VA 3CR9A 4Q0CA 1TT1A 3EPEA 3SERA 1MQIA 2VD3A 4F2OA 2X7QA 1ZMGA 1USYE 4OQOA 2Q88A 1NFTA 2I49A 4POXA 1LAGE 1TXFA 3MZ1A 1FQEA 4KCCA 2Z8FA 2DXRA 2B3BA 1R9QA 3FIRA 4H6DA 1ZBMA 2DE4A 3N5LA 4Z0IA 3TTKA 2NVUB 4ECFA 3D4CA 1S50A 3FUZA 3MVZA 5F1QA 1SW1A 1NNPA 1IXIA 1IXCA 2XX8A 3E9XA 2RF1A 1QUKA 3UIFA 1MG1A 3K00A 2OZZA 3T22A 2ZYNA 2PYYA 3K1PA 4GQOA 1HSEA 2XX7A 4OFLA 1SDXA 1D9VA 1QKBA 4HW8A 4ISUA 1B3HA 1DSNA 4G8NA 3EF7A 1XHYA 1MXVA 4EUOA 3MW0A 5DYHA 2F5XA 3H06B 3IR1A 4RJZA 3GBAA 4PFYA 1QVSA 1B1XA 1GTKA 4YB6A 2NWJA 3R26A 3FJMA 1TWYA 1VE4A 4U23A 5CI5A 1A54A 4U4XA 3K4UA 3CFXA 2Y7IA 4IY6A 1OQGA 4RYAA 4FAJA 3I3VA 2P1SA 1JEUA 1BTJA 5CRYA 2QMWA 1VFEA 4PFWA 4JWXA 3VXBA 4OMBA 3VVDA 1MDP1 4F39A 3THIA 3SKPA 2E1SA 4IGRA 5TPAA 3M3FA 4KYEA 4RNSA 3FXQA 3VE1B 5ICTA 3HSTA 2FNCA 4RK2A 1ZKBA 4XKNA 4OEUA 3OENA 2F78A 1LAFE 3G3HA 4GIZA 4EDPA 4AB5A 5CMKA 3ECRA 2RCBA 1OVTA 3WAFA 3HO7A 2F7CA 4EXLA 1R6ZA 4YU0A 2PT2A 2REGA 3MVWA 4LQ5A 5DEXB 3O6IA 1CE2A 3MP6A 3LSFB 5CMBA 3MAMA 2AIXA 3KOSA 1LGBC 3V8XB 5B7DA 3TPAA 4THIA 3TELA 3CSBA 1JW1A 1SYHA 3TTNA 2OBGA 1IUDA 3JZJA 4YKKA 2DVCA 3O29A 1B58A 1MXXA 1B0LA 2ZMBA 4ZEFA 3ILTB 3MWBA 1LLSA 4R73A 1MQGA 4ELOA 2V84A 3TTLA 1QJMA 2OWSA 1SI0A 4QSCA 2Z23A 2BJJX 5CM6A 2R9JA 1M5FA 2Z8DA 3UA8A 3TDJA 2I4CA 3I6VA 1XOCA 3OEKA 2E0SA 4ND9A 1N0TA 2ZYMA 4H1XA 5KZTA 2H99A 3H6TA 2VD2A 4OERA 4ZEKA 4FE8A 4JXIA 4GRKA 1SW4A 3OSQA 3PGFA 3VXCA 1FCKA 1P99A 4LATA 1AH5A 2B3FA 3KJ7A 1A40A 4OFJA 4XXUA 2OJTA 2XXTA 4LZ5A 1SQYA 5DVFA 4OZ9A 4QFOA 1B32A 3CVGA 2NUVA 4MFIA 3TQWA 3SEVA 3O9PA 1EU8A 5IKBA 1AIVA 1D9YA 1USYH 3U1OA 5KDTA 3S2VA 4XTCQ 3BFTA 3IX1A 2F6PA 2REJA 4ZDMA 1A7LA 4N13A 1H76A 1MPDA 3QXMA 5A5XB 4EF1A 2XXRA 2O7UA 3KN8A 1M5BA 5TP9A 4ZE9A 3MUQA 1UIUA 3IK6B 4O3AA 4R74A 1DPEA 4ZEDA 3VLVA 1IXGA 3QYTA 1B52A 3OELA 4EQ9A 3PMXA 5JTYA 3PUXE 4IGTA 1MM7A 3PPQA 2QRYA 3G3IA 1SYIA 2ZYKA 5HM4B 1DPPA 3S9LC 3N26A 2H4IA 1SW5A 3EQ1A 2H25A 4NF5B 2Q89A 4YKJA 4O3CA 1LCFA 2Y7KA 3K6XA 3JYRA 5FHOA 5H8FA 4QFKA 1POTA 5KCJA 3U72A 3A3UA 3PUZE 1QULA 4F1UA 2H98A 3O28A 4RK9A 2HZKA 2FA7A 3W9WA 1P1OA 3QAXA 4GL8A 1MDQA 3F11A 1LB9A 3TMGA 1IQ7A 2XX9A 3FV2A 2A5TB 3Q27A 5H8QA 2W7YA 3FVKA 3GBBA 2UVIA 3IORA 5L9OA 3OEMA 1ZLQA 3RTFB 5I56A 4M4GA 1YAEA 3RNNA 4G2ZA 2B65A 4KCDA 3U8QA 1SBPA 1P1UA 1GV8A 5DVJA 4QHQA 4F1YA 4WKMA 1I6BA 2Q8JA 3KFMA 3O66A 4PFTA 3Q26A 1MH3A 4XKQA 4KR5A 1PB8A 1O7TA 3HPIA 1MPBA 1T0KA 3KZGA 3EHTA 1MXUA 1KWHA 1XC1A 3IOWA 4DLDA 4XKRA 4YKPA 3M3KA 4QFLA 1MY4A 4KI0E 2QL3A 3T9VA 1VFDA 1WVJA 4PQJA 1F9BA 4F22A 2UVHA 2DWAA 4N6PA 4OWDA 4TOZA 4OENA 1JQFA 1A99A 3E3KA 1FTOA 1URSA 1RYXA 5AA2D 4HTGA 4EXKA 1B4ZA 2AYSA 4GFRA 3CG1A 1JVYA 2XXYA 1B1HA 3A09A 4ESXA 4U22A 4OHNA 4R72A 2KLFA 3PUVE 2O7IA 3HV1A 1LCTA 1MY0A 5H8HA 5TPAB 3V89B 4NF6B 2VGQA 1DTZA 3DM0A 5L9MA 3MVYA 3IO4A 4JSOA 2HFBA 3SEUA 1D3KA 2D3IA 2ZNSA 1Y1ZA 4IY5A 3KJTA 1YTVA 3FVOA 1B7ZA 3QUFA 4F31B 4U1OA 5CC2A 4ELQA 4DCXA 3N6UA 4AB6A 4F2QA 5EHMA 1LFIA 2HXWA 3FASA 3T93B 4C0RA 1QW0A 3U92A 1POY1 3BBRA 4BLAA 1J1NA 1FQBA 4DCYA 3V83A 2I48A 5I84A 4H0WA 4NF4A 1MQHA 5I2KA 1ATGA 4YMBA 1MQJA 5FTHA 3T9UA 1I6AA 1PB9A 1Y1MA 4FEBA 4ELRA 4R6HA 4R2BA 2ABHA 2PT1A 2M8CA 2HAUA 3UN6A 1N04A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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