3QAXA

Crystal structure analysis of the cpb0502
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
232
structure length
232
Chain Sequence
RIWIVGTNATYPPFEYVDAQGEVVGFDIDLAKAISEKLGKQLEVREFAFDALILNLKKHRIDAILAGMSITPSRQKEIALLPYYGDEVQELMVVSKRSLETPVLPLTQYSSVAVQTGTYQEHYLLSQPGICVRSFDSTLEVIMEVRYGKSPVAVLEPSVGRVVLKDFPNLVATRLELPPECWVLGCGLGVAKDRPEEIQTIQQAITDLKSEGVIQSLTKKWQLSEVAYEAAQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the cpb0502
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Chlamydophila pneumoniae
molecule keywords Probable ABC transporter arginine-binding protein ArtJ
total genus 64
structure length 232
sequence length 232
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qaxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qaxA02
3IAZA 1L5TA 1JVXA 2A5SA 5IAIA 5I57A 3SEXA 2O1MA 3SETA 2D21A 3RPWA 4RJZA 4ZEBA 3M3FA 2V3TA 3N26A 3MVWA 3FZVA 3DLNA 3EQ1A 1MY2A 1BP5A 4KI0E 1LAFE 4IO6A 5HPQA 3MWBA 4G68B 1UIUA 2WKYA 4F3BA 2HEUA 5AE4A 1MM6A 3FXQA 4H65A 4WXJA 3BKIB 4Q8RA 4AB5A 3AXFA 3LSFB 2HQ0A 1LBBA 4ZE8A 2M8CA 3W9VA 4EF2A 5DEXB 1LSTA 1OVBA 4O3BA 4I9DA 3CIJA 3V89B 2H99A 4ZZEA 2PVUA 2Y7WA 3FVGA 3KN7A 1MY1A 4YB5A 4F29A 1F9BA 4QFKA 5H8QA 1M5EA 2A5TA 4ZECA 3MPLA 3IO4A 2QRYA 5F1QA 4EQBA 4DCYA 2F8DA 5ITOA 2QMWA 1Z7ME 3VVDA 5TPAB 1A40A 1P1OA 3Q29A 2AL4A 1Y4TA 5AA2B 1B58A 1R9QA 4C0RA 3H6TA 3VVEA 2QS1A 3S4UA 1MRPA 3H06B 4RK9A 1S7YA 3MW0A 4E0WA 2B3BA 5L9SA 4GIZA 2DXYA 2FNCA 4G68C 5KDTB 4DXBA 2VGQA 4LA9A 2DE2A 3W9WA 1EH3A 1PDAA 1MXXA 4JWXA 4YU0A 1I69A 1FQCA 3TELA 1D4NA 3O6IA 2YJPA 3DP4A 4GVOA 1O64A 4OTEA 2OZZA 3U94A 2XXWA 1MQHA 2I58A 3KOTA 3JYRA 1JEVA 1R6ZA 4IO4A 5K2YA 4ECFA 3IOTA 3IR1A 1B4ZA 3FV2A 3GZGA 3O66A 1AOVA 1IXIA 3B7DA 2P2AA 3U92A 1DPEA 2PYYA 1EU8A 3SKPA 4GOTA 2XXQA 2HZLA 2DVCA 3C33A 2DXRA 5CBSA 2E0SA 1MH4A 4OESA 3H6WA 4G8HA 3O2AA 4O3CA 1Z7NE 1VE4A 3O29A 3MZBA 3SEUA 4H5FA 2P0SA 3U8QA 5K2XA 4TLMB 4MLQA 1VR5A 1FCKA 4BDNA 2DQVA 3VLVA 1SW2A 3TPAA 1PB8A 3DELB 5IKBA 5DVJA 5I2KB 1AMFA 1MXZA 3IX1A 2XX8A 2HCAA 4F18A 3C9HA 1B05A 4LZ5A 3EHTA 2QS2A 4RYAA 3CFZA 2X26A 4XKRA 3ZSFA 5H8NB 4OERA 5JK4A 3KOSA 4F3SA 3K1MA 1AL3A 4U22A 1BTJA 3QK6A 1IZ1A 1R1NA 1MDP1 2NUVA 3T9XB 3LBSA 1DMBA 2D5WA 1NKXA 3GXAA 4FATA 1B51A 2ZNTA 4P0IA 1I6BA 4THIA 1OQHA 2H5YA 2XXPA 2UYEA 1H76A 3B6WA 1B46A 4Q0CA 1B5IA 3FVOA 2XHDA 1KWHA 3T93B 2QS4A 4DE8A 1BKAA 3TODA 4R2BA 3TQWA 3K0VA 4Z0IA 4OFOA 1H43A 1FQDA 1OLAA 3MQ9A 4XKNA 1Y1MA 5LOMA 1POY1 1QJMA 4UA8A 5L9MA 3L6GA 4GRKA 2F78A 5DVFA 3H6VA 3K02A 4I1DA 1BLFA 1GVCA 3LSLA 3HV1A 1M5BA 4NWCA 3EF7A 1DTGA 2HAUA 2IA4A 4DXUA 2V25A 4DXCA 4G8MA 4MFIA 4H5GA 3QUJA 2D3IA 2ABHA 2XX7A 3TTNA 4NF8B 1ATGA 4M4GA 3QUFA 1O7TA 4GD5A 1MY0A 3TDJA 2DWJA 1JEUA 4RXLA 1S50A 2ZYMA 2GRVA 3IB2A 2OCUA 4JBZA 1JETA 5CI5A 4F3PA 1GTKA 1MH3A 4JXIA 1VFEA 3OO6A 1MDQA 3WAFA 1M5CA 1VFDA 3VXCA 3T22A 4ELRA 5HM4B 3IB0A 1ZBMA 1IUDA 4QF9A 4JSDA 4ZEDA 1SW4A 4U1ZA 2F34A 2VD3A 3IJXB 5AA2D 4GF8A 1MY4A 4P0GA 2AYSA 3FJ7A 3I5OA 2I4CA 3TAJA 1MQIA 2H4IA 3M3LA 4PFUA 4K3FA 3KN3A 2H98A 4Q30B 2P1SA 4HS7A 4RK2A 1YPNA 4KQPA 2CMOA 3Q26A 4WEPA 3LUYA 4YKIA 4R6KA 3TEPA 3Q27A 4OETA 1NNPA 4H0WA 4LUBA 1N3WA 3KN8A 3IL1B 1VSOA 3OOAA 5A5XA 5I59A 4M1VA 1LCFA 3K6VA 4BDLA 1UTBB 4RPNA 1NNTA 5AA1A 3IOUA 3OMBA 4GFRA 4MLVA 5FTHA 1BIYA 4U2RA 3TQLA 3A09A 4QFPA 3ZS6A 1TXFA 3N94A 2DOJA 3Q25A 4H6DA 4QFNA 4U4XA 1P99A 3A3UA 4PFWA 5ISUA 4R72A 1USYH 3M3KA 3E9XA 1IIWA 1JQFA 4ZEFA 5I57B 1B40A 2OJTA 3KJTA 3ZKKA 1OQGA 2REGA 1URSA 2W7YA 1SI1A 4FIMA 1FTLA 3C32A 1MPDA 4ELOA 4G4PA 2Q9TA 3ONMA 3E13X 4KCCA 4DIGA 3KGCA 3PD8A 1MY3A 1S9TA 5B7DA 5DT6A 3OEKA 1AH5A 3KBRA 4YKJA 3FXRA 2DWHA 4O3AA 5AA4A 1WDNA 4F2QA 3HHFA 3QSLA 4KFQA 3VV5A 1USYE 5TP9A 3OEMA 3KG2A 3VXBA 4XKPA 3K00A 3O28A 1B3LA 1FTOA 4YMAA 4G2ZA 5H8QB 3VLWA 2A5TB 2Z22A 4RNSA 2DWIA 1XOCA 1DSNA 1QVSA 2OK2A 4N6PA 2UVIA 1MPCA 5I56A 2THIA 1QULA 3P7IA 3MC2A 3H6UA 4NMYA 4YAHX 1PBPA 1DOTA 4EUOA 5JTYA 1AIVA 4F22A 4NE4A 1B0LA 3MPKA 2ONRA 3KSJA 5CMCA 3N6UA 2O6AA 1Y1ZA 1WODA 4OHNA 2RCBA 5M2VA 1N7WA 2G93A 1HSLA 4U21A 1GV8A 1JNFA 4KCDA 4R75A 2UVGA 4LP2B 1FQAA 3K6UA 4R2FA 1B52A 3OO7A 1XHYA 4FAJA 4XIGQ 5KCJA 2Q88A 2ONSA 1N3XA 2DVZA 3R6UA 2OBGA 3U72A 1YCJA 3N5LA 1A7LA 3RLFE 4PFYA 4GQOA 1DPPA 2ZXTA 1QUKA 1ZKBA 2KLFA 2DP8A 3OSQA 3VE1B 3FD3A 2ZMBA 5L8DA 1LGBC 2Y7KA 4BDQA 3CFLA 1NH8A 3VFJA 4PQJA 3S9LC 1LBCA 1SYIA 3G3FA 5I2NA 1EZPA 1FQEA 3V8XB 4LZ7A 1NNKA 4QHQA 1P1QA 2Y7RA 3PPRA 4BDMA 3MVZA 3R7XA 3PUYE 1XVXA 4C1UA 3ODBA 3CI8A 3LSXA 2QMXA 1RYXA 2HZKA 3DM0A 2RC9A 2HXWA 3VVFA 5DTBA 3G3IA 2O51A 3L6HA 2RC7A 3HO7A 5H8HA 1B1HA 1N0TA 2Q8JA 2V3QA 4ZZAA 3EN3A 1LFHA 4PETA 1IQ7A 4LQ2A 4EQ7A 3OD7A 3G7WA 1NH7A 3CSBA 3ECRA 3ZKLA 3MUQA 1PEBA 3C35A 4MF3A 3WAEA 3C4MA 4JDFA 4H1XA 1QUIA 4R74A 2Y84A 1YAEA 5H8SA 3K01A 1MXUA 4F31B 1TFDA 4OEVA 3W15C 4BLAA 4AB6A 2I0CA 4QSEA 2Z23A 3RQTA 1ZJLA 3U1OA 4I62A 3N6TA 1HSEA 2R71A 1NFTA 2Q89A 1B2HA 3KJ7A 4IO7A 5F7VA 1RKMA 2ONKE 2F7AA 4GL0A 4LZ8A 3Q28A 3CVGA 4HTGA 4QFOA 3PMWA 4KYSA 1IXGA 1TFAA 4FEBA 4YKKA 4OWDA 1Y4CA 1FTKA 2F7CA 5ICTA 3GBBA 3O97A 3EHUA 3O6GA 1O63A 1UTHA 3PMVA 4ESXA 2QJEA 5B70A 3BFTA 1ZU0A 2NXOA 1B3HA 3RGYA 5EHMA 1MQGA 5CMKA 1T0KA 1H3DA 3FUZA 1URDA 2GH9A 4IY6A 3T66A 3THIA 5BUUA 3EHSA 2ZNSA 1CE2A 3LR1A 3T9VA 4NF6A 4DLDA 4FJPA 5J1DA 2QPQA 3K2DA 3G3HA 3FVKA 1URGA 4HCYA 1GGGA 1MS7A 3B6TA 2QSXA 3PPOA 4YMBA 1POTA 4QRZA 2O84X 4OYVA 1N7XA 2I3WA 4F3GA 5TU0A 2RINA 2RF1A 1P1WA 4NF4A 1SDXA 5ELVA 1A55A 3K1PA 4IGTA 4Z7EA 3S9NC 3T96B 4LQ5A 2AIXA 2QS3A 1ZLQA 2R9JA 3SEWA 2O68A 4E0XA 4C1TA 4PFTA 1M5FA 3TZAA 1PC3A 5CBRA 5AA3A 4IO5A 3TYHA 3R26A 1QW0A 2F5XA 2XX9A 3PMXA 1DTZA 1J1NA 3MZ9A 1Q35A 5FHNA 4F2OA 3E3KA 2DE4A 1B3EA 3MAMA 4R73A 4EXLA 4R9FA 5A5XB 4YB7A 4FEDA 5I59B 4EF1A 3PPPA 4GXAA 3T9UA 4JWYA 3TTMA 1N76A 3GBAA 2Y7PA 4FECA 4POWA 2QL3A 2BJJX 3V5AA 3G3GA 1SW1A 3RTFB 2F6PA 3MP8A 3PUZE 2VP1A 4RY1A 2VD2A 4LATA 4R9GA 2NVUB 5I58A 3TKDA 4OMBA 5H8FA 1Y20A 3IK6B 2V93A 4WKMA 1P1UA 4GXSB 3VLUA 1UQWA 2Q2CA 2X7PA 3ILTB 4EXKA 4U4SA 3KEIA 3FXUA 4N07A 3LC8A 3LSWA 1B3GA 4F1UA 1B1XA 4P11A 3KFMA 3S9MC 3IJOB 2V3UA 1SI0A 3HN0A 1MXVA 3IOVA 3VDFA 2I48A 2DE3A 1Y9UA 1LFIA 4U1OA 4EQ9A 3PV0E 1WVJA 3FIRA 4ND9A 4OENA 2ALUA 1IEJA 1ZIUA 4OVJA 3UORA 3MBPA 2ZYKA 5EYFA 3JV9A 1US5A 4NTLA 3SDFA 4PP0A 3OXNA 1MXYA 5AA4B 1SVXB 4QSDA 2UVJA 5L9OA 4G68A 4F1VA 2I49A 3RY3A 2F97A 2NOOA 1SW5A 1H44A 2ZNUA 5TP9B 3GLBA 1OMPA 4LONB 4X48A 3TCGA 4G8NA 5I84A 2PT2A 5CM6A 3U93A 2F36A 4JB7A 4ESWA 4N13A 4OQOA 5FHMA 1TT1A 5DEXA 4ZEKA 3OO8A 1N04A 1MM7A 5I56B 2V84A 1UIVA 1IXCA 2XXUA 3PPNA 5JTYB 1LAHE 3I6VA 3TFLA 1JW4A 2FYIA 1B7HA 4JSOA 1B9JA 1A8EA 4IO3A 1OIBA 3PU5A 4X1BA 2I4BA 4YB6A 4ISUA 3MVYA 3RNNA 1Y3NA 2NWJA 5FTIA 5TPAA 1H45A 3O6HA 4BDRA 1B0HA 2ZYNA 3TCFA 5AA2A 3PPQA 4FORA 3MP6A 2ANJA 2OLBA 4U23A 5KCJB 3K6WA 3BBRA 1QUJA 3RUMA 2YPNA 4F19A 2B65A 3CSGA 2XXTA 2I0BA 3C34A 2UVHA 1D3KA 2I3VA 2XXVA 3H3GA 4YZZA 5KDTA 4KHZE 2Z8DA 4POXA 3K6XA 1LB9A 4TOZA 4XXUA 3C31A 4X9TA 2RC8A 3UP9A 1SQYA 4ZE9A 1LAXA 4L17A 3HCQA 5ICQA 2YLNA 5I2NB 2DYXA 4DZ1A 4TLLB 4OZ9A 1Y3QA 4WEDA 1D9VA 1MQJA 4FE8A 1FQFA 4R6HA 4RA1A 2Y7IA 3MZ1A 3FASA 1B5JA 3RN8A 4KD5A 1CB6A 2FA7A 2OWTA 2PBWA 1US4A 1PBQA 3IOWA 1QKAA 4ELPA 4ZS9A 3S9EA 3D4CA 5ITPA 1ZTYA 2LAOA 3IO6A 2HFBA 1A54A 2PX1A 3OSRA 2R6GE 3FJGA 3BFUA 3DP8A 2AL5A 3G3JA 3EPEA 3SESA 3D4GA 2DSFA 4HW8A 1D9YA 5FHOA 5H8HB 3H7MA 1MXWA 1B4HA 3F11A 3FATA 5BWJA 1M5DA 4R6YA 2H9BA 1A99A 4JWOA 1B32A 2VOZA 3SEYA 5KZTA 4NWDA 4ELQA 4OFLA 5I2KA 5HBCA 1FQBA 5CMBA 3PUXE 4ZEIA 4KYEA 3FJMA 2HAVA 3C36A 3KSXA 5H8NA 1LCTA 4XKQA 1B7ZA 1PB7A 3RTWB 1IITA 4HCWA 2X7QA 3MJNA 1NMUA 4H8IA 2RCAA 1IXHA 1MG1A 2ZYOA 1XS5A 3TTLA 3MVXA 2PT1A 1EZ9A 2GFEA 1RYOA 4ONYA 4OXVA 4KPTA 3OO9A 4TQUQ 1R9LA 1A8FA 2XD3A 4IB2A 1ANFA 1NL5A 3E4RA 4H8JA 3IORA 1HSJA 4QFLA 2O7UA 1UTHB 3DP6A 1II5A 4GWOA 1PB9A 4G77A 4KYDA 3KZGA 2H25A 4OEUA 4YKPA 1LB8A 3CFXA 4NF5B 1FTJA 2DWAA 4NF5A 1TWYA 3PUWE 1XVYA 3UGWA 3FV1A 1YTVA 4YICA 3FGSA 2XXIA 3H03A 2Q2AA 3O9PA 3USDA 2ESNA 5DYHA 3CG1A 2PMSA 4F39A 4Q5TA 1I6QA 1B3FA 3TCHA 1JW5A 4NF6B 3G3KA 3ILUB 2UXAA 4KR5A 2UYFA 2F6GA 2IEEA 3UIFA 3UA8A 1MPBA 1MQDA 1N84A 4OFJA 1SD3A 4AQ4A 5EHSA 1LAGE 3H4ZA 4UACA 4NF8A 3UK4A 2DS9A 2Z8EA 3B6QA 3TTRA 1B7UA 1JW1A 3K1NA 2CZLA 2O69A 4NF4B 2O1LA 3S2VA 4GL8A 5CC2A 1I6AA 2Z8FA 2XXXA 4PE5B 1FTMA 3HHGA 1FW0A 3UN6A 2REJA 4IO2A 4RPOA 3OENA 3TMGA 2XXHA 1SBPA 3PUVE 3V83A 3QIMA 3FVNA 3TTKA 4IY5A 4BDOA 1NNFA 3RT8A 3CR9A 3A3CA 5JEIA 3RT6B 1ELJA 4I8CA 3I3VA 3T9HB 3SERA 2G29A 3CRBA 1B6HA 1B5HA 4DDDA 1SYHA 3K4UA 3SEVA 4IGRA 2GHAA 3HSTA 1XT8A 3JZJA 3OELA 3PGFA 1Y3PA 4GLIA 4QSCA 3QYTA 3QAXA 4MH5A 5CRYA 2E1SA 3CG3A 1XC1A 2I6EA 1LFGA 4H67A 4MBPA 1UTBA 4F1YA 4XTCQ 2GHBA 1Q1KA 5CMMA 4ZDMA 2B3FA 1OLCA 4LVQA 2VHAA 5I58B 5DVIA 5H8FB 2OWSA 3M8UA 1P1NA 1ZMGA 4EDPA 2F7BA 3QXMA 3HPIA 1LLSA 1EZOA 4NEDA 4X1DA 4DCXA 1JVYA 2O7IA 3PD9A 3TUSA 1GR2A 2XXYA 3IB1A 2RKMA 3MP1A 2XXRA 1QKBA 2F35A 2XD2A 1OVTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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