3QB0A

Crystal structure of actin-related protein arp4 from s. cerevisiae complexed with atp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
480
structure length
427
Chain Sequence
GGDEVSAVVIDPGSYTTNIGYSGSDFPQSILPSVYGKYTADEGNKKIFSEQSIGIPRKDYELKPIIENGLVIDWDTAQEQWQWALQNELYLNSNSGIPALLTEPVWNSTENRKKSLEVLLEGMQFEACYLAPTSTCVSFAAGRPNCLVVDIGHDTCSVSPIVDGMTLSKSTRRNFIAGKFINHLIKKALEPKEIIPLFAIKQRKPEFIKKTFDYEVDKSLYDYANNRGFFQECKETLCHICPTKTLEETKTELSSTAKRSIESPWNEEIVFDNETRYGFAEELFLPKEDDIPANWPRSNSGVVKTWRNDYVPLKRTKNELIGLADLVYSSIMSSDVDLRATLAHNVVLTGGTSSIPGLSDRLMTELNKILPSLKFRILTTGHTIERQYQSWLGGSILTSLGTFHQLWVGKKEYEEVGVERLLNDRFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural biochemistry of nuclear actin-related proteins 4 and 8 reveals their interaction with actin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Actin-related protein 4
total genus 117
structure length 427
sequence length 480
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qb0A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qb0A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3qb0A03
1MDUB 3S41A 2VCPA 4BQZA 1E4FT 2YJEA 1XC3A 2Q2RA 3A5LC 2W40A 3CIPA 1C0FA 4M7XA 3J8AA 2GELA 2P9UB 3L6QA 4XEIA 3M1FA 1S22A 4BROA 4ISEA 5AQLA 2P9LB 4JAXA 3BUZB 4BR9A 4BG8A 4A2BA 4XH5A 4BR5A 3ATVA 3U9DA 5KPTA 2AP1A 5BPNA 3GG4A 4JD2A 2FSJA 1RFQA 3ENHA 4AM7A 2CGLA 1Q18A 5AQIA 4L3QA 1NGHA 4H0XB 1BUPA 1XQSC 2GWJA 2W41A 2A6AA 1T6DA 3AAQA 4AM6A 4BRDA 2GWKA 2ASOA 1V4SA 1QQNA 3W0LA 4WYBA 4B1ZA 2FXUA 3RSEA 4BG9A 3O1WA 4EHUA 3FZMA 4BRHA 1RDWX 3M6GA 3D2EB 4BGAA 1QQOA 2A41A 2E2PA 2I7NA 4EFHA 5E26A 1BU6O 5E84A 2QWQA 3L0QA 3IDHA 3VGMA 3FGUA 5AQJA 3CETA 5AQPA 5EY4A 4A62A 4BRFA 4KBOA 4DCHA 5BRHA 1ZC6A 2ZGZA 2ZWHA 2YI1A 4GNIA 3CQXA 2P9NA 1KAYA 1NGFA 4FPBA 3WQUA 4GY2B 4QS8A 1MWKA 4HWIA 2YHYA 3A0IX 3OHRA 2ASPA 4H5VA 2ITMA 4BRMA 3U8XA 4BRPA 4CI6A 5AQVA 4BRGA 2GTDA 2Q31A 3QB0A 4B1WB 2P9PA 3AY9A 3FZHA 3HTVA 3LL3A 3MK6A 3O80A 3R8EA 3UE5A 4BC5A 4CZJA 1V4TA 2V52B 1ZXOA 2FF3B 4QS7A 3C7NA 4CZHA 3MN6A 5BRDA 3O8MA 4PKGA 4I6MB 1JCFA 1HX1A 2BTFA 4DHYA 4CJ7A 3CJBA 3H46O 5AQRA 2Q97A 1KAZA 2VWBA 1NGJA 2A3ZA 3O08A 2DPNA 3DXKA 4XH1A 4CZEA 3MMVA 4FWRA 3ULEA 5BPMA 3VGLA 3ZX3A 2P9KB 1HUXA 3VESA 2H3GX 5EXWA 4K42A 4M63C 2UYTA 3F9MA 1WUAA 2J4RA 4BRQA 3WT0A 5F1XA 1TUYA 5AZJA 4BR2A 4FWLA 1NWKA 3VGKA 2NZTA 1BDGA 3VF6A 3AARA 3H1VX 4FWMA 4PL8A 2QWOA 1MWMA 1JCEA 3DAWA 4H5NA 2E20A 1NGCA 5AZIA 3WUHA 2E2NA 3CJ1A 1GLBG 3EL2A 3UKRA 2CGKA 1TYQA 2F9WA 5AFUH 3HM8A 4PL7A 2E1YA 3TU5A 3DXMB 3H3OB 3B8AX 3FE1A 3LDQA 5AQTA 4A61A 4FWOA 3H3NO 1TUUA 4IZ9A 4CZKA 4RWTA 3BP8A 4YDUA 2FF6A 4RCHA 5ADXA 2D0OA 3SJHA 1GLAG 2P9UA 1G99A 3BF1A 2P9IB 4K41A 2P9LA 1R59O 2A40A 3H1QA 5AQMA 4FO0A 2PAVA 3LDPA 1BWFO 5BPLA 2FSKA 3FFKB 4IO8A 3ZEUB 1HKBA 5AQHA 4BRLA 1YAGA 2YHWA 3EN9A 2V51B 1HKCA 5AR0A 3MN7A 1GLDG 1U2VB 3SK3A 3IMXA 3FLCO 2WUSA 4RTFD 1YXQA 3SMPA 1X9JA 4FWNA 3VF4A 3JS6A 5EVZA 2PBDA 2Q1NA 4H0PA 2HOEA 3O6WA 4Y0WA 3IUCA 3I33A 2D4WA 3H6EA 3ID8A 3D2EA 4JNEA 3LM9A 5KPZA 2QWMA 5AQYA 3HI0A 3SLCA 4DB3A 2F9TA 3JXUA 3VEWA 3VEXA 1NGBA 2GEMA 4EIAA 4DQ8A 5EX5A 3UKUB 5AFUA 2QXLA 1GLJO 1D4XA 3WEEB 4EAHD 4JN4A 3M3ZA 3VEOA 3MN9A 4BGBA 2OANA 1P8ZA 3A8YA 1DKGD 3MDQA 3R6MA 3D7EO 3WXIA 3CI5A 4FOEA 5I9EB 1CZAN 3CJ9A 5ADXH 2HMPA 4MLHA 4I6MA 5BN8A 3ENOA 3A5OC 1GLEG 3VPZA 4WQ5C 2D0PA 3A5NC 2ZGYA 3FZLA 3L4IA 3MCPA 1BG3A 4WQ4C 1X3MA 4B1XB 4CBWA 1YVNA 4ISGA 1NGDA 3GOIA 2QWLA 4JHDB 4LC9B 4YDUC 4CD1A 3GBTA 1KXPA 2E1ZA 2P9KA 2CGJA 4H0VB 3G25A 3LDOA 3ZETB 2YHXA 4HTLA 4FWPA 1QQMA 1YUWA 3HZ6A 2P9SB 5TKYA 2ASMA 5AQNA 2VYPA 4B1VA 1NLVA 4CBUA 3O1BA 1BOTO 2QWRA 5FPMA 3QDKA 3KHYA 4O8KA 3ZX0A 1EQYA 1T6CA 2IVPA 4H0YB 4BRCA 1QZ6A 1KAXA 1RGIA 1NGIA 5CE3A 3VEYA 3WXLA 2E8AA 4IXCA 3ZX2A 3VEVA 1IG8A 3GL1A 1IJJA 2E88A 3VEZA 4F9OA 4WQ5A 5AQZA 3D2FB 2IVNA 2E2QA 3DXMA 1S3XA 3EZWA 5AQQA 1J6ZA 4WQ4A 4BRIA 4CBXA 4K25A 1K8KB 1HJOA 1ATRA 1BA0A 2E2OA 4NB4A 4M7YA 5KPRA 1ATNA 2NRHA 3CHWA 1NGAA 1QHAA 4CZMA 4FL9A 2Q36A 3CJ7A 2P9IA 2QM1A 1BA1A 3R9PA 3FZKA 4BREA 5FPDA 2YCHA 3WXKA 2GUPA 5LJWA 3VF2A 1XUPO 2IVOA 1HLUA 1SQKA 3ZEUA 5BREA 3U9ZA 4QS9A 4FWKA 4FPAA 3QFUA 5KQDA 3QICA 3TPQA 4B1YB 1E4GT 3WXJA 4H0TB 5BR9A 4EHTA 1U2VA 1GLFO 3VOVA 4BR4A 4O5FA 3QBXA 1LCUA 4FWSA 1GLLO 2KHOA 1NBWA 1ATSA 5AQGA 3GDQA 3LDNA 3QBWA 4JD2B 5F0XA 2FSNA 2V7YA 2YJFA 5AQUA 5LY3A 3DJCA 3I8BA 5KQ8A 5JMVA 4FOIA 3A5MC 4BR7A 2QW9A 1ESVA 5FPEA 3LDLA 2HF4A 4BVPA 4NO7A 2IIRA 1NMDA 1U6ZA 1Z6RA 3UKUA 2AA4A 3WEEA 1QZ5A 1MA9B 3RSEB 5JICA 1LOTB 4IJAA 3CERA 2QWNA 3MN5A 4B1UB 4J8FA 4IWVA 1NGGA 3CQYA 3ATUA 4E1JA 5JLHA 4CD3A 3U4LA 4FSVA 4H03B 4A2AA 2CH6A 4BQLA 3IFRA 3HSCA 5AQSA 3KZBA 5EOYA 3HBTA 3VERA 1ZBSA 2V7ZA 2NLXA 2P9NB 3BF3A 3FR0A 4PKIA 4B9QA 3KVGA 1SZ2A 1GLCG 4CZFA 2ZF5O 5BRFA 3O5BA 2BUPA 1DEJA 5ELZA 1BO5O 4CZLA 1HPMA 1HKGA 1Z05A 4JHDA 2P9PB 4Z94A 5B8HA 1WOQA 4CZIA 3C7NB 4FWQA 3ZETA 4IJNA 4PKHA 2A5XA 2P9SA 4ISFA 4K43A 3VENA 5LJVA 3VETA 4H0OA 4MO5A 3UB5A 4H5RA 1C0GA 4BC3A 2CH5A 4BRAA 3EKUA 5AQOA 4BRNA 2HF3A 3DXKB 4BC4A 5FPNA 2Q0UA 5AQFA 1SAZA 2QWPA 3P4IA 3ULEB 3EO3A 4MLEA 2D1KA 5BN9A 3FZFA 5F2RA 4CZGA 4BR0A 4H5WA 5AZJB 3CJCA 3D2FA 3LM2A 3O4WA 5JLFA 3CJAA 4BRKA 4H5TA 3DWLA 1K8KA 1H1VA 4MO4A 3C0BA 1Y64A 5AQKA 3H45C 3EKSA 3SMSA 5AQWA 4C23A 1NGEA 5AZIB 3AAPA 3WQTA 3W3DA 2I7PA 1DGKN 3BEXA 3UKRB 2A42A 5AQXA 1TYQB 2EWSA 4XH4A 1T44A 1JCGA 1NM1A 3QFPA 1OKJA 4BC2A 2Q0RA 2FLOA 3QMLA 4BVOA 3GE1A 1X3NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MDUB 4BQZA 4IEIA 1N33K 3SUOA 3CIPA 3A5LC 1NKCA 2W40A 1C0FA 4O4GA 5GAHP 3J8AA 2GELA 2P9UB 4XEIA 3ZSQA 3KK2A 1S22A 1Q81O 2P9LB 2WOMA 3TAEA 4XH5A 4BR5A 2A1SA 3ATVA 3RMAA 1OH8A 2UXBK 2AP1A 5BPNA 4BDYA 4DSEA 1IKWA 1RFQA 3ENHA 2CGLA 2BDPA 2PY5A 5AQIA 1NJIO 4CK2A 2ZQBA 1NGHA 2XY8A 3AGRA 4AM6A 1WSFA 3QESA 2PYLA 3TARA 1VSDA 3IRXA 1QQNA 4WYBA 3SUNA 4BG9A 3NMUA 4BGAA 2HNYA 3ZT3A 1QQOA 4EFHA 3PLAA 3L0QA 3OS1A 4C8NA 3CETA 4DCHA 1TKZA 4E72A 3I8DA 3S5TA 1ZC6A 2ZGZA 1K8AO 4GNIA 4LF7K 3THXA 3CQXA 3SQ1A 1L3TA 4CFBA 1ITGA 2P5GA 1ZBIA 4GY2B 3RMBA 5BR8K 1X1PA 1J5OA 3AO1A 3CD6N 5AQVA 2OCEA 4CGIA 3OYDA 4CJTA 2UU9K 1D9DA 3MK6A 3UE5A 4DFMA 1Q86O 1V4TA 1A5WA 4QS7A 4CZHA 3MN6A 3QEXA 3AVAA 3LAMA 3J80O 3CJBA 3NH0A 4IOCL 4W5RA 3CCRN 1TL3A 2VWBA 1NGJA 4K0KK 4JKHA 3LZIA 2DPNA 4YOWA 3DXKA 4CZEA 1IKVA 2RF2A 3C65A 1IH7A 4FWRA 4V19S 4CHYA 5EXWA 5KTQA 5HROA 4M63C 2J4RA 4WF9L 4DTSA 4CHQA 1SL2A 1TUYA 1VQ5N 4ILGB 3CC7N 1TVRA 3MEEA 3OYKA 4DS4A 1NWKA 4HUFA 1BDGA 2DFFA 3AVFA 1YJWN 2QWOA 4K8XA 1WB9A 4LD0A 1VSHA 4DV4K 3DAWA 3OYHA 1NGCA 3LP0A 5IWAK 1P90A 2E2NA 3CJ1A 3EL2A 1EXQA 3HP6A 4CEDA 3KJVA 3C6AA 4O44A 1XC9A 1HPZA 4CGHA 4KPYA 5FRNA 3PIPL 3CC2N 2YKMA 5JENA 2E1YA 2G8IA 4UQGA 4C1NK 5CR4A 4A61A 2QKBA 1TUUA 4FLZA 4IZ9A 4CZKA 3HOTA 3VQ8A 2F8SA 1N8RO 4YDUA 4RCHA 3G10A 2D0OA 2P9UA 1G99A 4BE7B 2P9LA 1NMNA 2JWLA 4PA1A 1K9MO 4N41A 1WSGA 1MU2A 5AQMA 4FO0A 2O4GA 4JI0K 2FSKA 1SL0A 3QEWA 4IFVA 1LW0A 4FCYA 1HKCA 3BGRA 2I5JA 3PUFA 3MN7A 1GLDG 1U2VB 3E9LA 4Y1CA 2WUSA 1JLCA 1YXQA 3L2VA 3BZKA 5J2PA 4CGGA 1KCFA 4H0PA 3IUCA 5FROA 1YTUA 3H6EA 2E5LK 2D0AA 5KPZA 2NRWA 5K14A 4CHNA 3K59A 3HI0A 1YIJN 1BIZA 3K0SA 2HB5A 1RDCA 2HBMA 2OPSA 4ZHRA 5EX5A 4FLWA 1BCOA 4LH5A 1KRPA 2HHSA 3EE8A 4EAHD 4BWJA 4CJ4A 2BGGA 5JVHL 2OANA 3NVKA 4ELTA 3AVHA 1DKGD 1JL1A 3MDQA 4DV5K 2WONA 1S1WA 4LH4A 1FKPA 2YNFA 4CJ3A 3HT3A 3SPYA 4KV8A 3A5OC 4IFEA 4H8KA 3JSMA 4WQ5C 5KI6A 3A5NC 1QE1A 2ZGYA 3FZLA 3L4IA 4WQ4C 3J7YP 3KK3A 1UOCA 4O5BA 4KTZA 4CBWA 4A5BA 1O1WA 2QWLA 4LC9B 2W6KA 4YDUC 2NRXA 3GBTA 2HSTA 3VQAA 2HHVA 3CXCM 1XHZA 2CGJA 4H0VB 1IV0A 3G25A 2YHXA 1QQMA 2NNWA 1S9EA 2P9SB 4M45A 5TKYA 2ASMA 2VYPA 4B1VA 3RWUA 5A2QO 2YV0X 3KHYA 3T7ZA 4DFJA 4H0YB 1KFDA 3CCEN 1L3UA 3U6FA 1NGIA 4JI7K 1IJJA 3HPGA 4F9OA 3V4IA 2B6AA 4Q0BA 3D2FB 1RBUA 3CCVN 1S3XA 4CBXA 1WLJA 4K25A 2VWJA 3AO2A 5CYMA 4UY8O 2EHGA 4M7YA 3PIOL 2QEXN 3HVRA 4DV7K 1QHAA 1VSLA 1YT3A 4LSNA 3CJ7A 4O8UA 2HBJA 2VG5A 3DLHA 3N4QA 1VSIA 5LJWA 1NK0A 4KHWA 4YORA 4CIGA 2WTUA 5M1KA 3EY1A 4ELUA 3CMEN 4ID1A 1RT2A 1VRUA 3O9QA 4FWKA 4FPAA 3OYLA 3QFUA 3UIQA 3QICA 4W5QA 2Q3SA 1U2VA 5CZ2A 2RE2A 4HCCA 3VOVA 3SPZA 1U49A 3PO5A 3D0PA 3QERA 5MLCQ 5DM6L 2GBZA 5J1EA 4JD2B 5F0XA 2YJFA 4FJLA 5AQUA 5KQ8A 4Q5VA 5JMVA 4FM0A 4FOIA 2XHBA 4PHTX 2G8VA 3QEPA 2WBNA 3LDLA 3KD1E 2HF4A 4BVPA 1O13A 5C12A 2IIRA 2UXDK 1Z6RA 4HUGA 2AA4A 5T7BA 1QZ5A 4OJRA 1LOTB 1E3MA 2QWNA 2ZE2A 4OLAA 3VTIA 3KWGA 1NK7A 4DR3K 1YF5L 5JLHA 3OVNA 1A5VA 4A2AA 4XIUA 2W42A 3OYCA 4KTQA 3KZBA 2HNZA 4FLYA 1HYSA 4BDPA 2YKNA 3BF3A 5HLFA 3OYMA 3FR0A 1NJWA 3M8RA 3EEQA 5BRFA 4W5OA 1TK5A 1HYVA 4FJHA 4JKBA 1BO5O 1VRTA 3SNNA 4E7IA 4IBNA 1Q9XA 2P9PB 1TK0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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