3QDNA

Putative thioredoxin protein from salmonella typhimurium
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
285
structure length
285
Chain Sequence
AMSVQNIVNINESNLQQTLEQSMTTPVLFYFWSERSQHCLQLTPVLESLAAQYHGQFILAKLDCDAEQMIAAQFGLRAIPTVYLFQNGQPVDGFQGPQPEEAIRALLDKVLPREEELKAQQAMQLMQEGNYIDALPLLKDAWQLSSQNSEIGLLLAEAQIALNRSEEAEAVLKTIPLQDQDTRYQGLVAQIELLKQAADTPEIQQLQQQVADNPQDAALATQLALQLHQVGRNEEALELLFSHLRKDLTAAEGQTRKTFQEILAALGTGDALASKYRRQLYALLY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Putative thioredoxin protein from Salmonella typhimurium.
rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
molecule keywords Putative thioredoxin protein
total genus 94
structure length 285
sequence length 285
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF14559 TPR_19 Tetratricopeptide repeat
A PF14561 TPR_20 Tetratricopeptide repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.25.40.10 Mainly Alpha Alpha Horseshoe Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat 3qdnA03
1.25.40.10 Mainly Alpha Alpha Horseshoe Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat 3qdnA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3qdnA01
4CGWA 2L4QA 3PDNA 4OCFA 3KJYA 2O7KA 4ECIA 3NZNA 3ZN3A 2LNSA 2VCVA 3GIXA 3HY2A 3LSZA 3Q18A 5ECMB 3LCAA 3QOUA 3Q74A 3W6GA 1K3LA 5CP1A 5HQ8A 4FO5A 3QWPA 1EOGA 1X0RA 5DDLA 4IGJA 2YQ8A 5IMFA 1F3AA 4U0SA 1T3BA 4GA1A 1PKZA 4WBRD 2E2EA 3F4TA 16GSA 2A2RA 3US3A 4KCEA 4HQZA 5G04C 5ECHB 4AJ8A 4IBPA 4N3CA 4ACSA 5JJTA 2FF4A 3M3MA 2V2GA 4J8EA 4DSSA 2C0GA 4UI9J 4I1AA 3KTBA 4TR3A 1BG5A 3QFAC 1C72A 5IO2A 3Q6OA 4XS1A 2X99A 3ZIJA 1GL8A 1O8XA 17GSA 2PZIA 2GQLA 3GFKA 1HNBA 4PURA 3ULQA 4WXTA 3GW4A 4MF7A 2REMA 2XPDA 2KOKA 3P2AA 1A2MA 4O7HA 4CHSA 3PGTA 3ASHA 2WGRA 3I69A 1XFLA 2H8LA 1TI3A 1A23A 4AM9A 2P0GA 5HI7A 3CRUA 3ME8A 3PR8A 1QZ2A 2ZUPA 2LJAA 4I8BA 3SZ7A 2RUEA 2WFCA 4MJEA 3SF4A 2FY6A 1E96B 1PD21 4H7YA 1KTEA 2GLRA 5J9BA 5KEJA 4KAEA 2NC9A 1GLPA 2DJJA 2YANA 5DBQA 4TR0A 4GQFA 3RU0A 3ZREA 2IWTA 4APOA 5JCUA 4ZBAA 5A4VA 4POLA 2B5YA 2GDRA 1WWJA 3M1GA 5DAKA 5HQPA 4OFNA 1MDKA 3LKUA 3CXGA 2VCTA 2LS5A 5J9CA 1YQ1A 3QPMA 4H86A 3TG5A 1OKTA 5FHIA 3EU3A 3APQA 3AS4A 2X8CA 3W8JA 2PMTA 3FY7A 2C0EA 4LA1A 4EF0A 3TKQA 1Y8MA 3CVQA 3EE2A 5F06A 2N5FA 3ZRDA 3E0UA 2VCXA 3FR3A 2F8FA 4XCSA 4K7IA 1U3AA 5D9VA 4WR5A 4D73A 3QCPA 1QUWA 5JJ7A 2GT6A 5H5SA 1K0OA 2TRXA 2QSIA 2PUKC 1MD4A 3F3QA 4HU7A 1RK4A 2X8GA 4Q5RA 2OKAA 2WJUA 2GSTA 3TUEA 1TJCA 2BJXA 2NBSA 5CNWA 3TB2A 3U6VA 3ZHEB 2HZFA 3LG6A 2YP6A 4TOPA 1PX6A 2YHCA 4G25A 1GSUA 5ECQB 3VLNA 1FAAA 3F6DA 5G1KA 1EEMA 3CRTA 19GSA 4BWQA 2YWNA 5ABRA 2PWJA 2FHEA 5BT1A 4MCUA 4OD7A 2FNOA 3L9SA 4KDUA 2DLXA 2HNLA 1JZDA 3MV2B 4F03A 3ZFBA 2J9QA 2CQ9A 4I9CA 3FYGA 1NA0A 1KLXA 2KLXA 1U88A 4NHWA 5A4UA 1FG4A 4RI6A 1EGRA 1FVKA 5E59A 5BW8C 4N0VA 5A4WA 2YV9A 5M72A 1FB0A 1ERTA 1HQOA 2GQMA 4J8DA 3KAEA 1TJDA 3DD3A 1XW6A 4EL1A 18GSA 1F9MA 3GYKA 3HDCA 3RHCA 5KN2A 4GZ5A 2FCHA 3FZAA 3Q47B 1ZCPA 2V1MA 2HR2A 1TI1A 2ES7A 3EMPA 3GMFA 3ZVJA 4GYOA 1JHBA 4EC0A 1QFNA 1MD3A 5F8BA 1H75A 4PNFA 1K0BA 4XRAA 3Q5MA 1KT1A 2XGOA 1SK1A 5G05J 2M46A 5G5FA 3FW2A 2MHKA 2KC7A 1Z7RA 4AJ7A 4GCIA 5IMVA 1PRXA 3ME7A 3LORA 1YJ6A 3KP9A 4ZILA 2DC5A 2H0IA 3KTLA 5JJ6A 2PBJA 5FTPA 2LSTA 1YDKA 3G7YA 2DBAA 2H6YA 2R4VA 3S7BA 5GAND 1E2YA 14GSA 1IYHA 1M2BA 5A6CA 2B7KA 4IVFA 1XIYA 3ZLPA 4HJ2A 3FWVA 1QK8A 2VSNA 5KN0A 5C00A 1PMTA 4TKYA 5KJLA 3RO2A 5CO3A 2AJQB 2GVPA 4IP6A 3TJFA 2TRCP 3C73A 1VRSD 4ECJA 1I9DA 2WQHA 3CVNA 3GURA 1WMJA 4K6XA 4XS6A 1TRUA 3HA9A 1EV4A 3ZPJA 2DJ2A 1B9YC 2WCIA 3FK8A 3IAS2 3TGOA 4G23A 1NHYA 1GSYA 4CDOA 4WUYA 4TW5A 1SD8A 3ZTLA 1WOUA 3KZQA 2H73A 3ZHEA 2H1GA 3ESKA 4Q5FA 4WKWA 4MA9A 4RG9A 4PUFC 4CW9A 4NV5A 3C8EA 1K0CA 4LMWA 5DJLA 4GXZA 1V2AA 3GA4A 5IO0A 2H0HA 4ZB6A 3D21A 3HJMA 1EP8A 2XCCA 1FHEA 2IF4A 5CHEE 2HZEA 4I97A 4KUNA 4IQ1A 4MZWA 1FVJA 2H1AA 3ZMKA 1ABAA 2LSVA 4KYOB 2G2QA 3ASDA 1F37A 2WDUA 3GL5A 1JLWA 3HCZA 1DBYA 1A2JA 1GWCA 3IC4A 3MA5A 5HR0A 3HJOA 4HOQA 3N9JA 4K2DA 1OVNA 1NSWA 4OCEA 2BMXA 4WNDA 2XEVA 5DCHA 3QKYA 1PN9A 4F9ZA 1TTZA 2J23A 2NDOA 1KEBA 3D4MA 2RM6A 2WRTA 2OBKA 2LRCA 1TK0B 2XPEA 1UN2A 1S3CA 4F0CA 3ED3A 1THOA 2AYTA 3LEFA 4LL4B 5EX0A 1FOVA 4V2MA 3OXFA 4EVMA 1HD2A 2N5BA 4TR1B 4NXIA 3FR9A 4POBA 3BCIA 1X5DA 3G7IA 5ECPB 2VCQA 3PE4A 4KDYA 3TAXA 4WF5A 1XNFA 3H4KA 4X1UA 1TOFA 1JZRA 2R2JA 5ECSA 3GYZA 3M9JA 3TKSE 1A17A 5AGYA 2IMDA 1SL1B 2C1YA 3D0ZA 2H70A 1TK5B 4GRFA 1QXHA 3OR5A 2XPIA 3CTGA 2VD0A 3UARA 1XCCA 2JLBA 4O6FA 4I5QA 4TXOB 3WGDA 3MWHA 2L5LA 4MH3A 1RW1A 2LQOA 2XGMA 3DRNA 4XHMA 2R5SA 3WT1A 4G19A 3TOTA 4BVXA 3AS8A 3LY9A 3EDTB 1AW9A 4J56E 2ON5A 3EURA 1ACVA 4G2VA 2KCLA 4ML1A 5DCGA 3IRAA 2HI7A 2VD1A 4G2EA 2O87A 4LLRA 5DAKB 2NPBA 5IIZA 6GSUA 1K0DA 2PN8A 5EKQD 2HO1A 2AHEA 5D96A 1PKWA 2I1UA 3ZFWA 4ISDA 1SKSB 2YJ7A 2OA7A 3NOFA 4HOJA 4BPYA 5CRWA 5IM9A 1GRXA 2TIRA 2FD3A 4J0UA 2VGYA 3ERGA 1K3YA 3IV4A 1U6TA 4TR4A 1A8LA 4MJAA 2UY1B 2A4VA 2JZRA 4YVOA 2C3NA 2KP2A 1T4ZA 3FHKA 4Y6WA 1FW1A 4EXJA 3H1NA 3DWVA 3C1SA 4JL0A 3UPVA 1XWCA 3L0HA 5ARFA 4YAVA 5HR2A 1B9XC 4BVYA 5ID2B 3E4BA 5IMZA 2H6XA 2G0FA 2MMZA 1VF4A 4CDRA 4TVEA 2B6MA 2QFCA 3BD2A 4MF5A 2Y4UA 2FWFA 5D0QD 5G05C 3ZGQA 1BYEA 5B6NA 3RBTA 2JADA 2F51A 3E3EA 6GSXA 3CKCA 5AYWD 2YNXA 4EKZA 2DMMA 4J8FA 2LJRA 3CK7A 3FFLA 2VLUA 1G0TA 2KATA 1XPVA 4YQMA 3MKRA 4KCAA 4TR1A 2L4CA 4IP1A 4GSTA 3F6FA 1FB6A 5AN1A 3F3RA 1WE0A 3G9BA 5GAPD 2IMKA 4GA2A 3QD9A 2IIYA 1EGOA 1ZOFA 1S3DA 2C0LA 2I4AA 1ZGNA 4K7NA 1OYJA 2HLSA 4ME2A 2NTOA 4K0GA 6GSVA 1TU7A 4JR6A 2LNIA 5LD0A 2WZ9A 2O85A 2KP1A 2N5AA 2EC4A 1T4YA 4IQAA 5CRDA 3TJJA 5B6MA 4TXOA 1PC2A 4IS0A 4GTUA 4BT8A 5INYA 4RI7A 3O48A 4N10A 2RLIA 3VPTA 3JCML 4KSMA 4V2NA 4MPGA 1DE1A 1ELWA 2CAIA 3D4TA 2VIMA 1GSSA 4U07A 3CK8A 3IBHA 1ZU2A 4N11A 22GSA 3DXBA 7GSSA 1G6YA 4EQFA 2H01A 4F0BA 4OFMA 1PGTA 4EUYA 2FWEA 1TKDB 1XW9A 3OXGA 4TRXA 1XOBA 5FZRA 4N2SA 2MMOA 2QKEA 4HDEA 3EINA 1ZL9A 3C71A 3ASGA 3VPQA 2B7JA 3GH9A 5D73A 3IAM2 4DVCA 1UC7A 2ZNMA 5EL8A 1T00A 1A24A 3ZFLA 4TN8A 5KJMA 3HXSA 3MAKA 1AUCA 2M80A 2H76A 3VK9A 2UY1A 3O6TA 2CV4A 2PGTA 1SENA 2GSRA 2RM5A 4NRHB 3A2VA 5HFKA 3ZIVA 2GZPA 2PVQA 2L6JA 1H4OA 4AY6A 2C3TA 2JSYA 2KUCA 2LKUA 2JL4A 4RQRA 5ELGA 4KX4A 2R37A 1OKDA 3LXTA 2LJKA 4KSOA 4GZ6A 3PE3A 5ID2A 4UQYA 4I2UA 4NHZA 1GLQA 2DJ3A 1TW9A 2RIIA 1GNEA 1SJIA 2PU9C 5IOWA 3HHVA 5ARGA 3BOAA 4ML6A 1A8YA 1XXUA 3MSZA 4AGSA 4KBQA 3MV3B 3UQ3A 1XVQA 3FR6A 5AIVA 4YNDA 1Y25A 4N2QA 5CRHA 1XOAA 2VM2A 1FCHA 5EPFA 4FYBA 3ZMLA 1P5QA 4U0UA 6GSYA 3GV1A 2RUFA 2GZZA 4XS4A 2XCBA 2P58C 2HZEB 2GW1A 2OADA 2FA4A 3EU4A 4U04A 2XBQA 3G7JA 2IMFA 2PVOC 4IELA 5G2ZA 1ML6A 2K6VA 2MZCA 4MZBA 3M8NA 1ON4A 1OAZA 4IW9A 3ZL5A 2OACA 3HZ4A 1GSQA 1B8XA 3ZYWA 1PL2A 3CKBA 1YF1A 3TGZA 2D2ZA 3HJPA 2V6OA 1AAZA 5FZQA 2CVDA 1AQVA 4BA7A 4KDXA 4O32A 4X43A 3EWLA 4GWRA 1V98A 1JZOA 4ZB8A 2K8SA 3K8NA 11GSA 2AUVA 3P8WA 3CV0A 5IMDA 2H74A 3EVIA 4QL9A 3E9JB 3DGQA 5EY6A 1GSDA 4WNEA 2C3QA 5CAXA 4PNGA 1NW2A 2NVLA 2CA8A 2WPVA 1O73A 2FBNA 1X5EA 3D6IA 1N2AA 4BWSA 4ZXGA 3GKNA 3LFLA 3Q15A 1WRYA 4XI9A 2K8VA 1J9BA 1GNWA 1GUKA 3TRXA 2GSSA 3HYMB 2I3YA 5FT9A 2DIYA 1J08A 5HFIA 4ID0A 3DVWA 5B8BA 1M2DA 2HT9A 4F82A 1R5AA 2P5RA 1R5PA 1VGLA 3LXZA 2CX3A 2VGXB 4L0WA 4GA0A 3TCOA 3IEGA 4HOUA 1AQWA 3J7Yk 2H30A 1F2EA 2VOCA 5DVBA 4I6XA 4PX1A 3H93A 1SL0B 4K1FA 1EEJA 1GTBA 3KCMA 1A0RP 4LL1B 3FRCA 5CCMA 1JLVA 1THXA 4MF6A 1XBSA 4ECCA 3R9AB 4AY5A 2IPAA 2KCKA 4BWRA 4GCNA 5B7CA 3NIVA 3IK7A 2C8UA 1X9MB 4FIWA 3IOSA 5JCGA 4PUAA 2C2LA 9GSSA 4WNFA 3LYAA 3VI5A 1E6BA 3TRQA 3RAZA 4N3BA 2FUG2 3RO3A 1EOHA 1K0NA 3TKSC 2GS3A 4POMA 4LMVA 1X5CA 5ECOB 5J3RA 2HXKA 1AC1A 2J9HA 4DEJA 1NA3A 5CYYA 4OMVA 1BEDA 2VCZA 2H1DA 2CAQA 1IYGA 3U4TA 3L78A 3AY8A 4UQXA 1GH2A 2HYXA 5GZZB 3N71A 1VF3A 2WULA 4ILFA 2LUSA 2CVBA 6GSTA 5DIZA 5ECIB 3JYSA 5G30A 4N30A 1CQHA 1BQ7A 4V1Ag 3RIBA 4XTSA 3QAVA 2AAWA 5EVOA 5ECRB 2F8AA 2FA8A 2YWOA 4O92A 1ZMAA 2K9FA 1NM3A 1TP9A 3ISOA 5HFGA 6GSWA 3DIEA 5HR1A 4QL7A 3QR6A 2AVPA 3TKPA 2L59A 1G6WA 3A2XA 2MMNA 2QGVA 12GSA 1URMA 2HFDA 5KN1A 3HVSA 2MMAA 3WGXA 4MH2A 1WM5A 3VWUA 5DQSA 5JCWA 2JU5A 3LWAA 3ERFA 5GSTA 3CBUA 1RQMA 1M7TA 3DYRA 1O6JA 4KGIA 5HR3A 4ZBDA 3TJKA 2HSHA 2JZSA 2FWGA 3F0IA 4ZL8A 1OC3A 3LY8A 1XWBA 3QFBC 1Z6NA 1O8WA 4GSNA 2AB6A 1MEKA 1SK0A 4XIFA 2K18A 2OE0A 2KHPA 2VLTA 5DALB 3UVTA 3W8SA 4POKA 3N5OA 2VSYA 5FZSA 4ABNA 4JA7A 2EIOA 2VGXA 3CTFA 2OE1A 5KJKA 1B48A 3HVVA 3IE3A 4Q5QA 10GSA 2LQQA 5KJNA 4PQHA 1B89A 1XWGA 3P90A 5D9TA 3L4NA 3VI7A 3KD7A 2OE3A 3GZ2A 3DKSA 3RHBA 1V58A 2DJ0A 3QAGA 3IXRA 1KT0A 1F6MC 1XW5A 4NWYA 4U0ZA 2EIQA 2VQ2A 4IKHA 2WB9A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1PX7 A;  1TK8 B;  1H0A A;  2H75 A;  3IXE A;  2JZT A;  2VL9 A;  4DI4 A;  5JWR B;  3F8U A;  4K5C A;  3GKK A;  1OE7 A;  5D8I A;  1O81 A;  1SU9 A;  5F0G A;  3DSU A;  1MDJ A;  4MZC A;  4D10 C;  1SKW B;  3I43 A;  2L57 A;  3GRX A;  4ECB A;  2ETA A;  5A7D B;  5HRY A;  3HXF A;  5FQ7 A;  3GNJ A;  2OVF A;  4YDE A;  4HUA A;  3IR4 A;  4V2L A;  4RVB A;  3DBS A;  4L7T A;  3LVQ E;  5G5E A;  3UOM A;  1YKA A;  4F53 A;  4B8C B;  1GTA A;  4ZL9 A;  4L1B A;  3ZRH A;  1TDI A;  4A1S A;  2VLV A;  1YKC A;  1G3N B;  2E7P A;  4PQ1 A;  2Y0B G;  5F05 A;  4KH7 A;  4MMM A;  3WD6 A;  3HZ8 A;  4MP4 A;  4PTS A;  4Q94 A;  2Z9S A;  2QYJ A;  3PH9 A;  1ERU A;  1KNG A;  4RUV A;  2LRT A;  2PQN A;  3RKV A;  3HVE B;  4GAA A;  2X64 A;  3L9T A;  4ZIJ A;  1Z3Y A;  2WQ6 A;  3KD0 A;  1SJZ A;  2XZT G;  4CT0 A;  4I9E A;  2YV7 A;  1PAQ A;  3CK9 A;  1VF1 A;  1HG5 A;  3KS2 A;  3DSV A;  4UI9 K;  5IOX A;  1WP0 A;  3UKU G;  2IJY A;  4I6G A;  3KP8 A;  3NZU A;  3GZS A;  1BX9 A;  3LPZ A;  1HG2 A;  4TUU A;  1B4P A;  1GTU A;  3UIW A;  1QQ2 A;  1WPI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4CGW A;  2L4Q A;  3PDN A;  4OCF A;  3KJY A;  3EHN A;  3APD A;  2O7K A;  4ECI A;  3PNT B;  3NZN A;  3ZN3 A;  2LNS A;  2VCV A;  3GIX A;  3HY2 A;  3LSZ A;  3Q18 A;  5ECM B;  3L16 A;  3LCA A;  3PS6 A;  3QOU A;  3Q74 A;  3W6G A;  1K3L A;  4AV7 A;  3FTZ A;  5HQ8 A;  5CP1 A;  4FO5 A;  3QWP A;  1EOG A;  1X0R A;  5DDL A;  4WWO A;  2AWI A;  3FHE A;  4IGJ A;  2YQ8 A;  1U3D A;  5IMF A;  4JEU A;  3FUL A;  1F3A A;  4U0S A;  1T3B A;  3ZIM A;  4GA1 A;  1PKZ A;  4WBR D;  2E2E A;  3F4T A;  16GS A;  2A2R A;  3US3 A;  3FUJ A;  4KCE A;  3B13 A;  3JQ1 A;  4HQZ A;  5G04 C;  5ECH B;  4AJ8 A;  3SGH A;  3TJP A;  4IBP A;  4N3C A;  4ACS A;  5JJT A;  2FF4 A;  4EZJ A;  3M3M A;  2V2G A;  4J8E A;  4DSS A;  2C0G A;  4UI9 J;  4I1A A;  3KTB A;  4TR3 A;  1BG5 A;  3MCX A;  3QFA C;  3APC A;  1C72 A;  2HSM A;  3Q6O A;  5IO2 A;  3AU4 A;  2VTB A;  4XS1 A;  2X99 A;  3MJW A;  5C2Y A;  3ZIJ A;  1GL8 A;  1O8X A;  17GS A;  2PZI A;  5BV0 A;  2GQL A;  3GFK A;  1HNB A;  4PUR A;  3ULQ A;  3FH7 A;  4WXT A;  3GW4 A;  4MF7 A;  2REM A;  2XPD A; 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