3QEWA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with ddtp opposite dt
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Hydrogen-Bonding Capability of Difluorotoluene Nucleoside in Replication Complexes
rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qewA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qewA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qewA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qewA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qewA03
1NKBA 1KTQA 2G8VA 2JGUA 4DTMA 4IDKA 2XY6A 4DU4A 1RBVA 1TV6A 4B9SA 4QOZB 4KTZA 1J9AA 2HNZA 4E19A 4KHSA 4DTSA 4ICLA 5KTQA 3VQ5A 5J2QA 3TI0A 1VRTA 4E7KA 3PX6A 4DSFA 3CFOA 1IKXA 1X9WA 4KO0A 3HJFA 4C8KA 1IKWA 3T19A 1QSYA 3OYIA 3TAEA 3EZ5A 3T3FA 4M42A 4CGIA 4CK3A 3UIQA 4DQRA 4FZXC 1ZBHA 3WNFA 3KLGA 1ASVA 1S1VA 3NDKA 3K59A 2OPRA 3L2WA 4CFBA 1HJRA 4O0JA 1EKEA 3QNNA 1GOCA 4CGHA 4DTUA 4DMNA 2Z1HA 2EHGA 4CECA 5HRPA 4CJ5A 1D9DA 4OKEA 4Q5VA 1KVAA 2YNGA 4LD0A 3HK2A 1K6YA 3PY8A 3SPYA 4CK1A 4M45A 1BIUA 1EP4A 3NHGA 2O4GA 4GW6A 2IAJA 4DTNA 1WSFA 3HPGA 1TAQA 1RBRA 3LPUA 1KRPA 4FLZA 1L3UA 4J2DA 2KQ2A 2G8KA 5D3GA 3VQ8A 4OLBA 1BI4A 4CE9A 3LP2A 3MXMA 4DTRA 4DTPA 4TSXA 3LP3A 1JLCA 1QSSA 4DFKA 4KI6A 2ITGA 4PA1A 3V9UA 4F4KA 3S3MA 4C8LA 3ZSXA 1U47A 4HUFA 5CYMA 3DYAA 5KI6A 4B9MA 4FJ9A 1RDCA 4BACA 3JSMA 4CJLA 3V81A 4ZTFA 4CGJA 1D9FA 2HHTA 3OVNA 4FJ7A 3AVBA 3K57A 1S6QA 3OY9A 3HVTA 3TR8A 1S9GA 5CZ1A 1S1UA 3KLFA 1TAUA 1RDDA 3QEVA 2BE2A 4O0IA 5J2NA 2KFZA 1BL3A 3VA0A 1BCMA 3ZT2A 1LW2A 4FLUA 3NF6A 4W5TA 1CXUA 3VQPA 3NF7A 4R5PA 4B9TA 3TAFA 3TARA 4FK2A 3QERA 3V9ZA 1T7PA 1HMVA 3I0SA 1C0UA 3OYNA 3AVIA 3ALYA 3MEDA 2OZSA 4HVJA 3O3FA 1TK0A 4NCGA 1RTHA 4FJLA 4FW2A 1NJZA 4CFCA 2O4IA 3VQCA 1J53A 3ZSOA 3QEWA 5SWMA 4KHNA 3O3HA 1UA1A 1T03A 3QINA 1SL0A 1DTQA 3OYDA 4IFVA 1RTJA 3AVHA 3QEIA 3PO4A 1W9HA 1NK7A 4OGEA 3SV3A 3SQ4A 4NYFA 4OPKA 4EP4A 5J2PA 4CJFA 1S1XA 4NCAA 1RT2A 2GUIA 2RF2A 4LSNA 3SQ2A 4HHTA 1JLEA 4DQPA 1XWLA 3ZSVA 4DF8A 3IAYA 1WSIA 3KK1A 3T1AA 3QIOA 3NGIA 1ZBUA 4HTUA 4O5BA 3S9HA 4ID5A 4UQGA 1VSIA 2QXFA 1MU2A 3NGYA 3ULDA 1WSHA 2VG7A 1C1AA 1IKVA 1W0HA 3AVGA 3KJVA 3G10A 4L8RB 1D8YA 1RT4A 2Z1IA 4DG1A 3AO4A 4DQSA 1TK5A 2R7YA 4B9LA 2P5GA 3V9XA 2QKKA 4DLEA 1L3SA 4Z4GA 3VQEA 3QNOA 3AA2A 3SYZA 3NF9A 2B6AA 3NFAA 4IKFA 3RMCA 3B6PA 3IS9A 3KLIA 4G1QA 3OYLA 4H4OA 4AHVA 4FCYA 3OS2A 2G8WA 3L2VA 1JXBA 5T7BA 4FLXA 3OYKA 3KD5E 4Y1DA 3F73A 4CCHA 2G8HA 1HNVA 2D0BA 4Y1CA 4I2PA 3ZT1A 1U4BA 1TK8A 4F2SA 1B92A 4CERA 4KKOA 1G15A 4FYDA 2HB5A 3RR7A 3L2UA 1QS4A 3A2FA 4YNQA 4BDPA 4W5NA 4CJVA 1Q9XA 1HYVA 2RPIA 3V4IA 3RR8A 4FJNA 3ZT0A 4OLAA 5FROA 3S3NA 3PUFA 1QTMA 4KFBA 3K5MA 4B9NA 1RNHA 1FXXA 1UWBA 3OS1A 3LDSA 3K58A 4CHZA 3C6UA 3TAPA 2ZE2A 4RW4A 3OYGA 1WAJA 4FLVA 3OJUA 1ZBFA 5CYQA 3OYJA 1RT7A 1SL1A 1R0AA 4KB1A 3K2PA 4AILC 4AHUA 1HQUA 3HP6A 4DTXA 2RN2A 1ZYQA 3SV4A 5JS1A 1IO2A 5HRRA 4CEBA 4CEFA 3VN5A 4CJRA 4CF2A 4CHOA 4BE1A 4K8ZA 3BGRA 4BDZA 4DS5A 4KPYA 1SV5A 3O4NA 4RW8A 4PWDA 3KIOA 4HUEA 4JS4A 4OJRA 2OPQA 3HT3A 3I8DA 1JLBA 2FBXA 3LP1A 4CEQA 1BQMA 1TKXA 4N5SA 1RILA 3QIPA 1NOYA 1BI4B 3NH0A 4DSJA 3NCIA 3NE6A 5CZ2A 1VRUA 5J1EA 3NAEA 1C6VA 1D5AA 1I3AA 4C8MA 4YFUA 4E7LA 1WSGA 2A1SA 1SUQA 3SQ0A 4CF0A 4E1NA 3AVNA 4DLGA 1NJYA 3NGZA 4BWMA 1NJXA 2BGGA 3VQ9A 2VWJA 1S1WA 2KZMA 1SKRA 1U48A 2VWKA 1VSEA 3M8QA 4GMJB 4CGFA 1VSKA 3HP9A 4JRPA 3VQAA 1XI1A 1RBSA 4CF9A 4J2AA 3SQ1A 2YV0X 3TAGA 2PYJA 4MFBA 3DM2A 4KREA 4Z0UA 4DF4A 4FJIA 3QO9A 2E6LA 1LV5A 1DTTA 1O1WA 3MXJA 1X9SA 1ASWA 4FM0A 2E4LA 3CM6A 4AH9A 5C24A 4CFAA 4M3UA 1WSJA 3AV9A 4OVLA 2IGIA 5E41A 2WOMA 3V1RA 1LAWA 3K5NA 1NJWA 1N6QA 4M3WA 1J5OA 1QSLA 2F8SA 4I2QA 4J2BA 3DOLA 3WNGA 3V9SA 3HL8A 1VSJA 4O44A 1XHZA 5JS2A 2FBYA 3SPZA 4FW1A 3S3OA 1T05A 3DMJA 2HHUA 5FDLA 1YT3A 3PX0A 1LWCA 1TL1A 4BDYA 4ELTA 2QKBA 4N47A 5J2MA 2F8TA 4OKJA 3V1QA 3MEEA 3O3GA 4DU1A 4E1MA 1HYSA 3ISNC 2IOCA 4CJ3A 1J54A 1JLQA 1DLOA 4CJPA 1NK8A 4EZ9A 2HHSA 2KFNA 1JLGA 4HCBA 1HNIA 4KV8A 1JXEA 1NKEA 4PY5A 3PV8A 5HP1A 1Q8IA 3HPOA 1U45A 1N5YA 5I42A 3LZJA 3VQDA 1JLAA 4CK2A 4CHYA 4DWIA 3IRXA 4CGDA 2DTUA 4F2RA 4E0DA 2YHAA 2G8UA 5KRSA 2HHXA 3VQ7A 3O4QA 3L8BA 1S9EA 3AO3A 3OJSA 1F21A 3SUPA 3DOKA 3ITHA 4RW7A 3MECA 3L2QA 3SJJA 1TKZA 4E7IA 4ZTJA 4FZYA 2P1JA 4B8CA 4O55A 3ZSYA 2X6NA 3AA3A 3KKRA 3P83D 1U49A 5K14A 4CJKA 4E89A 3MAQA 3KK2A 2KTQA 3ZSRA 4RW9A 3SUNA 2Y1IA 3NF8A 2IC3A 3B6OA 2HHWA 4FK4A 3LP0A 2YNHA 4ZHRA 2B5JA 5FRNA 1C1CA 1CXQA 5DK5A 5KRTA 5DMRA 1U04A 1RTIA 3WNEA 5SZTA 4DQIA 3DLGA 2HNDA 3VQ6A 4CJUA 3LAMA 2A1RA 3AVMA 2JLEA 3P1GA 1VK0A 3NBPA 3OYEA 3TANA 3ZT3A 1IKYA 3AVJA 4W5RA 3RRGA 2AJQA 3RMBA 4CFDA 3SCXA 4RG8A 3ZSWA 2XY5A 3M8SA 4FJGA 1SL2A 4GVMA 4MQ3A 4CEOA 1S5JA 4FJMA 3ZSQA 1C0MA 1C1BA 1RDBA 3F9KA 4CJTA 1NKCA 1L3TA 1A5WA 1Q9YA 3AA4A 1SKWA 4W5OA 2P5OA 1QE1A 2XY7A 1KLMA 2PY5A 3CYMA 3KLHA 2FC0A 4I9QA 1CZ9A 1VSHA 2DY4A 3IG1A 3KKSA 4CF1A 5FRMA 4FZZA 1XHXA 3CFPA 2YKNA 3I0RA 1S6PA 3RMAA 4FJ5A 4DSLA 4FLWA 4CJQA 1QHTA 4M3YA 3OYCA 4N76A 1LAVA 3HSTB 3NH1A 3ZSZA 1KFSA 2ETJA 3CM5A 3L3UA 4ELVA 4EZ6A 4OGCA 2ZD1A 3TABA 3HXMA 4F3OA 4FJJA 1GOBA 1UOCA 3V9WA 5CY4A 4CJWA 1UAXA 3EYZA 3AVKA 2Y1JA 1NK5A 4C8NA 4DS4A 2QK9A 5KGWA 4F3TA 1KLNA 4FJXA 3M8RA 4FVMA 4DTJA 1BCOA 1EETA 5HRNA 2I5JA 4IG3A 3DLHA 4E7HA 3RWUA 2D0AA 2ATQA 4LY7A 3PO5A 4JLHA 3ASMA 3RMDA 4C8OA 5HROA 3HVRA 3PX4A 1REVA 1RDAA 4Z4EA 1Z26A 1RT3A 1RBUA 3ZT4A 4NCBA 1WSEA 3AVFA 4CIFA 3NH2A 1LW0A 4N56A 1T8EA 3HO1A 4CJSA 3DLEA 5HLFA 3QETA 4KRFA 4AHCA 3MEGA 2KZZA 2EX3A 2PYLA 1JLFA 3DLRA 3BDPA 3DRRA 1JKHA 2PZSA 4CF8A 2F96A 3DRSA 1GOAA 2W42A 3AA5X 1TKDA 1KSPA 3LZIA 3SNNA 4OKKA 1TL3A 3SUQA 4QAGA 3OYAA 5I3UA 1YTUA 4HCCA 1WAFA 1JL2A 4RW6A 3L2RA 3C94A 4CEAA 4PQUA 1BIZA 1BGXT 1NK6A 4QCLA 2FBVA 1WNSA 2OYQA 1Y97A 4KHYA 1TKTA 3AVLA 1C0TA 4FLYA 1FKPA 4CJ4A 1B9FA 2OPPA 3DI6A 3HPHA 1NK9A 3H08A 2YNIA 4DFJA 2XO7A 2OA8A 1A5XA 3RRHA 3KD1E 2HVHA 2OZMA 2YKMA 4LH4A 4B8AB 4WE1A 5C42A 1A5VA 3JYTA 4FLTA 3LWMA 3LWLA 3VQ4A 4FJ8A 4Z4FA 4OPJA 4E7JA 3LALA 3OS0A 4E3SA 3RTVA 1RT1A 4O4GA 1X9MA 1TGOA 3KLEA 2HNYA 1TVRA 2NUBA 2IDOA 1RT6A 4FM1A 4DQQA 2XRIA 4W5QA 4M41A 3MXIA 1I39A 3DLBA 3QEXA 4XIUA 2Z1JA 4M3RA 2B4JA 4KHQA 2ZQBA 1IH7A 3CFRA 1KCFA 2VG6A 3QLHA 4FXDA 4KHWA 4KAZA 1RTDA 3V1OA 5KGXA 4B3OA 2DFHA 3OYHA 3TAQA 3KTQA 4CIEA 5EU7A 2YNFA 3SI6A 3M8PA 4DSEA 2Z1GA 1VSLA 3CQ8A 5HRSA 3VQBA 1RBTA 3K5OA 5C25A 4Z4IA 2G8IA 4BE2A 2GV9A 4PUOA 1S1TA 2LSNA 3U3YA 4B9VA 1L5UA 4JRQA 1IG9A 3AO2A 4H4MA 3OYBA 4Z4HA 3SZ2A 4FJHA 4LSLA 3AVAA 3D45A 1B9DA 2E6MA 4DFMA 1X1PA 1ZBIA 2Q3SA 2VG5A 4JS5A 4IFYA 1EX4A 4CIGA 3FFIA 4CEEA 1SKSA 4KTQA 4CGGA 1Z25A 1ITGA 1YTAA 3EY1A 1KVCA 4CJEA 1YVUA 3TAMA 1LWEA 2HHVA 2HVIA 2P51A 4CHNA 1FKOA 2GBZA 4IBNA 4IG0A 1HQEA 3AO5A 4B08A 4NYNA 1CZBA 1EXQA 4LH5A 1HPZA 4AHTA 4CEDA 4AHRA 2XY8A 4FM2A 1KFDA 1CLQA 1BHLA 4FJKA 2X78A 3AO1A 3G0ZA 1KVBA 3LPTA 4Q0BA 4I9LA 2YHBA 2HMIA 3L3VA 5HBMA 2RKIA 4BWJA 3K5LA 1HYZA 3DRPA 3U3GA 4M3XA 4N41A 1L3VA 3HYFA 3C95A 1RT5A 3DLKA 3TWHA 4Z4CA 4M3TA 1ASUA 3E01A 3LAKA 3V6DA 4CHPA 1XC9A 1BISA 4F8RA 4KTWA 2D0CA 3HM9A 1FK9A 1LWFA 3OYFA 4I7FA 2WONA 4DSIA 4KB0A 2HW3A 1NOZA 1WN7A 1UA0A 4DSKA 4KI4A 4J2EA 4KHUA 4FK0A 1RCHA 3THVA 2BANA 1NK4A 4HUGA 3AVCA 2OPSA 2DFFA 3U6FA 2FBTA 4DU3A 2D5RA 2DFEA 3C6TA 3LANA 4DTOA 4K8XA 3P5JA 1NK0A 3QESA 3KK3A 2KW4A 3QEPA 2X6SA 3VQQA 3ZCMA 4EP5A 2XHBA 3D0PA 3VA3A 4CHQA 1ZBLA 2HHQA 1WLJA 3WNHA 1VSFA 4CESA 4BE0A 1BQNA 4M3ZA 4DFPA 1QQCA 2BDPA 1VSDA 2G8FA 1HRHA 4H8KA 4AHSA 3SUOA 2IS3A 4B9UA 4ELUA 3OYMA 1VSMA 4ID1A 4CEZA 3CG7A 2X74A 1JL1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VGLA 3WEEB 4IDKA 4DTMA 4FWOA 2G8VA 4B3SK 3CERA 3BZKA 1NGDA 1TV6A 3D2EA 3VESA 4B9SA 3VOVA 4E19A 3OGKB 4JI7K 3CF5L 3GL1A 3HJFA 4M42A 4CGIA 4DQRA 3OHRA 4WQ4C 2OPRA 3J27A 1Q86O 4O0JA 1VQ9N 2Z1HA 2PFTA 5HRPA 1D9DA 2YNGA 4B3TK 5JLHA 1Y64A 5DM6L 5M1PA 3NHGA 4LF5K 3LPUA 3HGLA 2B7MA 2G8KA 3GDQA 3MXMA 4DTPA 2ZJRL 4JKGB 4WFBL 2B8IA 2ITGA 4PA1A 3V9UA 2QXLA 3H3OB 3B8AX 1U47A 2WTUA 4FJ9A 3E4YA 2D1KA 4CJLA 2EWSA 4ZTFA 2HHTA 3DLLL 5C0YA 2ZJQL 4JHDA 3HVTA 4FWPA 2UUAK 1XNQK 2P9KB 1LW2A 4FLUA 3NF6A 1CXUA 4JD2B 3VQPA 3ZX2A 1TYQA 3NF7A 3CJ9A 1M90O 3O9SA 3V9ZA 1RGIA 3ALYA 2GWKA 3O3FA 1TK0A 4NCGA 1RTHA 4FJLA 4PL8A 4LFCK 2O4IA 2JQTA 1SL0A 4IFVA 4GY2B 4WYBA 4EAHD 5AQHA 1FZ7E 2YX6A 4OGEA 3J81O 4NYFA 4OPKA 4ADOA 4NCAA 4I6MA 1XMHE 3SQ2A 2P9PB 3SAHA 1XWLA 1IV0A 3IAYA 3QIOA 2VCPA 4HTUA 1VSIA 1MU2A 5C12A 1WSHA 4MO4A 2VGMA 2A40A 1IKVA 3RVCA 3AVGA 4L8RB 2NLXA 1RT4A 3AO4A 1TK5A 4PKHA 4FWSA 1FZ4E 4BROA 3U8XA 4JKAA 1NEXB 3VQEA 4H0XB 3QNOA 3NF9A 2NRRA 3NFAA 4IKFA 3IS9A 3KLIA 4G1QA 2P9SB 4AHVA 3L2VA 3BP8A 4FLXA 4QS8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3VGL A;  3WEE B;  4IDK A;  4DTM A;  4FWO A;  2G8V A;  4B3S K;  3CER A;  3BZK A;  1NGD A;  1TV6 A;  3D2E A;  3VES A;  4B9S A;  3VOV A;  4E19 A;  3OGK B;  4JI7 K;  3CF5 L;  3GL1 A;  3HJF A;  4M42 A;  4CGI A;  4DQR A;  3OHR A;  4WQ4 C;  2OPR A;  3J27 A;  1Q86 O;  4O0J A;  1VQ9 N;  2Z1H A;  2PFT A;  5HRP A;  1D9D A;  2YNG A;  4B3T K;  5JLH A;  1Y64 A;  5DM6 L;  5M1P A;  3NHG A;  4LF5 K;  3LPU A;  3HGL A;  2B7M A;  2G8K A;  3GDQ A;  3MXM A;  4DTP A;  2ZJR L;  4JKG B;  4WFB L;  2B8I A;  2ITG A;  4PA1 A;  3V9U A;  2QXL A;  3H3O B;  3B8A X;  1U47 A;  2WTU A;  4FJ9 A;  3E4Y A;  2D1K A;  4CJL A;  2EWS A;  4ZTF A;  2HHT A;  3DLL L;  5C0Y A;  2ZJQ L;  4JHD A;  3HVT A;  4FWP A;  2UUA K;  1XNQ K;  2P9K B;  1LW2 A;  4FLU A;  3NF6 A;  1CXU A;  4JD2 B;  3VQP A;  3ZX2 A;  1TYQ A;  3NF7 A;  3CJ9 A;  1M90 O;  3O9S A;  3V9Z A;  1RGI A;  3ALY A;  2GWK A;  3O3F A;  1TK0 A;  4NCG A;  1RTH A;  4FJL A;  4PL8 A;  4LFC K;  2O4I A;  2JQT A;  1SL0 A;  4IFV A;  4GY2 B;  4WYB A;  4EAH D;  5AQH A;  1FZ7 E;  2YX6 A;  4OGE A; 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