3QK6A

Crystal structure of escherichia coli phnd
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
308
structure length
304
Chain Sequence
KALNFGIISTESQQNLKPQWTPFLQDMEKKLGVKVNAFFAPDYAGIIQGMRFNKVDIAWYGNLSAMEAVDRANGQVFAQTVAADGSPGYWSVLIVNKDSPINNLNDLLAKRKDLTFGNGDPNSTSGFLVPGYYVFAKNNISASDFKRTVNAGHETNALAVANKQVDVATNNTENLDKLKTSAPEKLKELKVIWKSPLIPGDPIVWRKNLSETTKDKIYDFFMNYGKTPEEKAVLERLGWAPFRASSDLQLVPIRQLALFKEMQSVKDNEQDKLAKTTAIQAQLDDLDRLNNALSAMSSVSKAVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the Escherichia coli Phosphonate Binding Protein PhnD and Rationally Optimized Phosphonate Biosensors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli uti89
molecule keywords PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter
total genus 103
structure length 304
sequence length 308
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12974 Phosphonate-bd ABC transporter, phosphonate, periplasmic substrate-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3qk6A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qk6A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qk6A02
1EU8A 1A99A 3KGCA 1B3LA 3KSXA 1LAGE 2F97A 2XXTA 5EHSA 3TTRA 1NH8A 3ODBA 2H4IA 4H5FA 1Q35A 2E0SA 4EXKA 4YZZA 5DEXB 3ILUB 5H8HB 1B2HA 2ONRA 1H7CA 3Q25A 2Z8DA 2O51A 3MBPA 3FD3A 2P0SA 2Q88A 4WKMA 3HSTA 4DCYA 3BFTA 5EHMA 1UIVA 4RPNA 3RQTA 1DTZA 2DWHA 2NUVA 3LSFB 1GV8A 1LAHE 4PFWA 4KYSA 5H8NA 2Q89A 1SYIA 1Y9UA 1XVYA 1Y4TA 3E3KA 4YU0A 3RGYA 1TWYA 1UQWA 4PE5B 4FATA 3C34A 3PPRA 4FECA 3JZJA 3CVGA 1IXIA 4F3SA 2Z8FA 2XXUA 1Z7NE 1M5EA 5CMCA 1URGA 3ZKKA 3KJTA 3OO7A 3EN3A 2RCBA 4OWDA 3N26A 1ZJLA 3TZAA 1NMUA 3M3FA 3FATA 1UTHB 1B51A 3TDJA 2PX1A 3H4ZA 4MLQA 4AB6A 3WAEA 4XKQA 4JBZA 5DYHA 2F34A 2UXAA 3IJXB 4M1VA 4YB6A 1B05A 2IA4A 4GOTA 3CFZA 4WXJA 4IGTA 3QSLA 1JVXA 5ICQA 1NNTA 2ANJA 3FJGA 4HCWA 3VE1B 1L5TA 2IC9A 4ZEKA 4JSOA 4EQBA 2OBGA 4NF8B 4QFNA 3T96B 5CRYA 2O1LA 4NF4A 3LR1A 1FTOA 4LZ7A 5KZTA 4ZEIA 3LBSA 2UYFA 4OYVA 2H9BA 1URSA 2UYEA 3PUVE 1M5CA 1MY2A 2X26A 1Z7ME 2Z22A 2XXYA 1LB8A 3E9XA 5I58B 5DTBA 3V89B 4GL0A 1MPCA 4PFUA 4ZDMA 1B58A 1H76A 1MXWA 4KD5A 1N7XA 1B7UA 4I8CA 2V84A 4UACA 1YAEA 4X1BA 3OEKA 4R73A 1Y3PA 3FV2A 5DVIA 2RC8A 2R6GE 3FXUA 1MY4A 4R2BA 1B46A 5H8FA 1H44A 5KDTA 3IAZA 3EPEA 5BUUA 1B0LA 4OVJA 2OCUA 4HS7A 1UTBA 1TT1A 4PFYA 2NOOA 2ZYKA 2Q2AA 1NKXA 3MAMA 2Z23A 4EQ7A 2C5IT 4YICA 3FXEB 1AIVA 1URDA 1FQAA 3K6WA 4GLIA 3MVYA 3KOTA 3TTLA 4I9DA 4MFIA 3M3KA 4IY5A 5FTIA 1A7LA 3LSWA 1P1NA 1N3XA 3Q27A 3PD8A 2ZNUA 4RK2A 4J2CA 1Y3NA 2HAUA 5L8DA 5L9OA 2E1SA 5FHNA 2AL5A 1GTKA 1BIYA 3BKIB 2H25A 3IX1A 1BP5A 2DP8A 2RCAA 3ZSFA 3HV1A 4TOZA 3OO9A 1OQGA 3MVXA 4I1DA 2B3FA 3CR9A 4LONB 2XHDA 3C9HA 4XTCQ 2FNCA 4DDDA 4PQJA 4DLDA 1JVYA 4G68C 4GRKA 3MZBA 2X9WA 4AB5A 3UA8A 1ZTYA 4R74A 2CA5A 2YLNA 2VP1A 1RYXA 4GWOA 5IAIA 1NFTA 2NWJA 3RTWB 1SBPA 1BTJA 2RINA 3MP6A 3QUFA 4KYEA 4G8HA 3HN0A 4RY1A 3VFJA 1MXXA 2ZNSA 2QRYA 2FYIA 4NF5A 2QSXA 4BDLA 4NF4B 1XC1A 4EXLA 4GVOA 3OO8A 1PBQA 3FJ7A 2I3WA 3TPAA 4F3PA 3UN6A 2I49A 1Y3QA 4R72A 2GRVA 2KLFA 4KCDA 1SQYA 2G29A 1H3DA 2I3VA 3PV0E 1FQEA 3MZ9A 1SI1A 3FJMA 2KWIB 3OELA 4M4GA 1A40A 2CMOA 3A09A 4N07A 3O66A 2DVCA 3QYTA 3HPIA 3EF7A 4PP0A 5AA4A 3TCHA 2ZMBA 2XX8A 1B5JA 2ZXTA 4LUBA 1H45A 5AA2D 3K6XA 5H8FB 3UORA 4F29A 4EYYR 2ZNTA 3MZ1A 1MXUA 1QKBA 3R7XA 4OHNA 4RPOA 1FQCA 4OQOA 1NH7A 4E0XA 4JWXA 1UTBB 5BWJA 5CMBA 3MPLA 1POTA 4R6KA 3DELB 4R75A 4H0WA 2PT1A 1B7HA 1I6AA 3RN8A 5L9MA 4R9GA 4QFKA 1ELJA 3TAJA 2O7IA 3W15C 4ESXA 5J1DA 4BDRA 1IJ6A 1MQIA 1A55A 4F1YA 2I0BA 5AE4A 4YKPA 2DYXA 1QVSA 3K00A 4NTLA 3MQ9A 4R6YA 4ELRA 2NVUB 1LFGA 2HCAA 2G0UA 1PBPA 4Q0CA 3K2DA 5ICTA 4KCCA 2ONKE 5ELVA 3LSLA 3C33A 3V83A 3O2AA 4JSDA 5I2KA 5F7VA 3PU5A 2ALUA 2IEEA 4P0IA 2I6EA 2I58A 5I56A 1XOCA 5HBCA 5CI5A 5AA1A 4ND9A 4IGRA 3BBRA 3TQLA 3DP4A 4F22A 3VDFA 4U1ZA 2F35A 4JWYA 2YPNA 1HSLA 3N6TA 3A3UA 3CSGA 4OENA 4TLLB 4QF9A 5K2YA 2DE3A 4R9FA 4ONYA 3GBBA 2QMXA 4X9TA 1YCJA 3CG3A 3PUXE 2RF1A 3K1PA 3OXNA 3MPKA 3IOWA 2XX9A 5HM4B 1BLFA 1FTLA 3Q26A 3G3JA 2HFBA 1WVJA 4G77A 4DE8A 3H6TA 5I59B 4IO7A 3FUZA 2PT2A 1QUJA 4KR5A 4AQ4A 3TEPA 3IB1A 2QS1A 5FTHA 3V5AA 4LA9A 4N13A 3KSJA 3VLVA 1PB9A 1PB8A 2P1SA 3U94A 1HSEA 3M8UA 4DXCA 3THIA 1MY1A 2F6PA 1B3GA 2UVJA 3SEUA 2V25A 3HO7A 1FTKA 4F19A 4R2FA 3O97A 4GIZA 3C4MA 2HZLA 4IO5A 1O63A 3U8QA 4GQOA 5AA2A 3M3LA 5KCJA 4KHZE 3GXAA 1MPBA 3O29A 1ANFA 3QIMA 3TKDA 3OSQA 3N6UA 1ZBMA 3EHUA 2RKMA 5TPAA 3KEIA 1D3KA 5EYFA 4U4XA 4L0RA 1ATGA 2WKYA 4ZZEA 1IITA 2DE2A 2XXPA 4IO6A 3VV5A 3S4UA 3T9UA 2VD2A 3FIRA 5CBRA 3V8XB 1R9QA 4GF8A 1M5FA 1MH3A 5JTYA 3T93B 3E4RA 4DNDA 3T9XB 3PUYE 1MM6A 1FQDA 1NNFA 1TFDA 1QULA 3KFMA 1S9TA 3AXFA 3O9PA 2Y7PA 2O69A 5JK4A 4LATA 3IB0A 1AL3A 3ILTB 5TU0A 2H98A 2XXIA 3PMVA 3TQWA 3KN8A 4U2RA 3VVDA 4IY6A 3TODA 4RXLA 3P7IA 3D4CA 2AYSA 2R9JA 4ZECA 1P1OA 4NEDA 2VOZA 3GBAA 4KI0E 1LRZA 1B3FA 1IJ5A 2RC7A 2G93A 2VGQA 1AOVA 4NF6A 1MDP1 1MXYA 5AA3A 2K48A 2ABHA 4WEPA 3SEVA 1ZMGA 1IUDA 3SEXA 2UVHA 3QUJA 2GFEA 5ISUA 4KFQA 4CQIA 5DT6A 3T66A 1EZ9A 1MPDA 4F31B 3OOAA 3JYRA 4YMAA 4FORA 1RKMA 3C31A 1DTGA 4P11A 4XXUA 1USYE 1OMPA 3K1NA 3G3IA 1JETA 4ZZAA 2PYYA 4EF2A 3MP8A 4FI5A 1O64A 3MW0A 3S9NC 1S7YA 1MQJA 2OZZA 1US5A 2DOJA 1MS7A 4B6XA 2XXHA 3L6GA 4DCXA 4ZEBA 5H8NB 4RYAA 2GHAA 3G3GA 1XT8A 1QSDA 5H8QA 3I3VA 4GXSB 3FVGA 1JEVA 4XKNA 4X48A 5I57A 3EHSA 1IIWA 4GD5A 1OLCA 1LAXA 4BDQA 4LZ5A 2MBGA 3IO4A 3MVWA 1DSNA 1A54A 1TXFA 4QSCA 3IOVA 1PEBA 1QW0A 2R71A 3N5LA 2QL3A 4Z7EA 4EDPA 4K3FA 3PUWE 5I2NA 1DOTA 3FGSA 1B3HA 1MY0A 3L3PA 4C1UA 3IK6B 4NE4A 1VE4A 3T9HB 3PMXA 2P2AA 4H8IA 1B4HA 2XX7A 4R6HA 4ELOA 2H99A 2Y7WA 1FTJA 4FE8A 1B1XA 1FTMA 2QMWA 4E0WA 5CC2A 3FXRA 4QFOA 3KN3A 1H43A 5DEXA 3QK6A 2OWTA 5H8HA 3SERA 2F7CA 3KBRA 4F1UA 1BKAA 2REGA 4G68A 3KN7A 1Q1KA 2W7YA 3O6HA 1D9VA 2Q8JA 4POWA 3VXCA 1LBCA 1MRPA 4ECFA 3B6QA 2V3UA 2X9YA 3K6UA 3RUMA 2NXOA 4FAJA 3I6VA 3IB2A 1IEJA 3T22A 2I4CA 1LCTA 3E13X 3UK4A 2QPQA 3TYHA 4DZ1A 5JEIA 1Y1MA 5CBSA 4YB7A 2A5TA 2D3IA 1CB6A 3GZGA 1MXVA 1SI0A 3B6WA 1MXZA 5DVJA 1LFIA 2DS9A 1FQBA 1Z0PA 3O6IA 3USDA 1Y20A 3FZVA 3DP8A 1OLAA 4JDFA 5KDTB 4FEDA 3VVEA 1LVFA 1VFDA 4H8JA 3UP9A 2XXVA 1UTHA 4LZ8A 3DM0A 1IXHA 4G8MA 1FW0A 1MM7A 2X7QA 4IO4A 3C36A 2I48A 3ECRA 3RLFE 2HQ0A 4ELQA 1ZIUA 1DMBA 3ZKLA 1PDAA 4HTGA 3OD7A 1IZ1A 4GFRA 1AMFA 4NF8A 3U72A 3CRBA 3MC2A 3PUZE 3ONMA 5H8SA 4MF3A 1B4ZA 4GXAA 3G3FA 4OFOA 2O6AA 3T9VA 4ESWA 3MWBA 3U93A 1MY3A 5I57B 1HSJA 1VFEA 4NMYA 4BDOA 2DWJA 3IL1B 4MH5A 4KYDA 2XXWA 3EQ1A 5I58A 2F7BA 4BLAA 3R6UA 4FEBA 5L9SA 3TMGA 3KJ7A 3H06B 3FVNA 2ZYMA 1OVTA 2XXRA 1OVBA 3H7MA 1N84A 1YPNA 5IKBA 3EHTA 4JWOA 4TQUQ 2C5KT 1POY1 3FASA 1DPPA 2DWAA 2HXWA 3VLUA 4YKKA 4UA8A 4F18A 2QJEA 2PBWA 2DXYA 3TFLA 1MG1A 4NF5B 3FXDB 3LUYA 2PMSA 3H6UA 3G3HA 1IXGA 3CVRA 1A8FA 3PD9A 2I0CA 1CE2A 3W9VA 3DLNA 4EUOA 4G68B 4G8NA 4F39A 3W9WA 1B7ZA 3G7WA 4IO2A 1MQGA 1JW1A 4QSDA 4OMBA 4ISUA 2DSFA 1EH3A 2VHAA 5F1QA 2Q9TA 2GH9A 3TELA 3PMWA 1B32A 1QJMA 1B1HA 4L17A 2OJTA 2F36A 2B65A 5HPQA 2F6GA 5A5XA 4QHQA 2Y7RA 2A5TB 3N94A 3CG1A 4OETA 4EQ9A 3CI8A 5AA4B 3PPOA 4TLMB 4KQPA 1XVXA 2H5YA 2BJJX 3MVZA 2QS4A 4U4SA 2UVGA 4O3AA 2F78A 4XKPA 1OQHA 2IC6A 2ESNA 3IOTA 2O7UA 4RK9A 2YJPA 4H6DA 3FXQA 4Q5TA 4THIA 1JEUA 1SYHA 3RPWA 2XD3A 1KWHA 1VSOA 2F7AA 2O84X 3K01A 4PETA 1NL5A 4OERA 4O3CA 3SEYA 5DVFA 4XIGQ 4NWCA 4BDMA 4GL8A 4DXUA 3MP1A 1MQDA 3D4GA 5CM6A 5B7DA 5I84A 4KPTA 1R6ZA 3S9MC 4HW8A 3CSBA 1QKAA 4LVQA 3LC8A 2OK2A 4QFPA 5M2VA 3K1MA 1T0KA 1Y4CA 1IQ7A 3IO6A 4PFTA 1S50A 2Y84A 1LGBC 3IJOB 1LFHA 2Y7IA 3RT6B 1TFAA 5I2KB 4U21A 2PVUA 2C5JA 3U92A 1IXCA 1SW4A 4YMBA 3S2VA 5I56B 1O7TA 5TP9A 3F11A 2D5WA 3PGFA 2CZLA 1RYOA 3VLWA 1LBBA 1D4NA 3FV1A 2V3TA 4IB2A 2DXRA 5ITPA 4LP2B 2AIXA 1I6QA 3SETA 3VVFA 4YB5A 1D9YA 2KWHA 1M5BA 1SW1A 2OLBA 4OZ9A 4FIMA 3G3KA 4Q8RA 1AH5A 2LAOA 4H65A 4P0GA 3TCGA 3GLBA 1I6BA 3K0VA 4G2ZA 2QS3A 2V3QA 3C32A 1P99A 3RY3A 1B5IA 3RT8A 3RNNA 1II5A 3KG2A 4Z0IA 3A3CA 2HEUA 5CMMA 1ZKEA 3KZGA 1LAFE 1GR2A 2DWIA 4ZEFA 3OMBA 4JXIA 2XXQA 3Q29A 4POXA 4NWDA 4XKRA 3R26A 4F1VA 3JV9A 1OIBA 2O1MA 1F9BA 1A8EA 3MXZA 5A5XB 2I4BA 2RC9A 3CFXA 5AA2B 3OEMA 1SW5A 5B70A 5CMKA 1XHYA 3SEWA 5KCJB 3H6VA 1MQHA 3K02A 3H03A 3HCQA 3TCFA 1N0TA 3CIJA 5TPAB 1B9JA 3QXMA 1GGGA 1SD3A 2B3BA 3LSXA 4ZS9A 3CKDA 1Y1ZA 5FHOA 1SVXB 1WDNA 3S9LC 2X7PA 3WAFA 1PC3A 1NNKA 1FQFA 1SDXA 2DQVA 4JB7A 2O68A 4YKJA 1ZKBA 2D21A 1JNFA 4O3BA 4LQ2A 2Y7KA 2XD2A 5JTYB 3O6GA 3IOUA 4G4PA 4LQ5A 4YKIA 4EF1A 2M8CA 4QRZA 1R1NA 2GHBA 4X1DA 4U1OA 3HHFA 3QAXA 2XXXA 2Z8EA 1UIUA 1YTVA 2OWSA 4DIGA 1N04A 4F3GA 2A5SA 1LCFA 4H1XA 4C0RA 3KOSA 2F8DA 2HZKA 1DPEA 2VD3A 3C35A 4OESA 1M5DA 1JW5A 2FA7A 1US4A 5I59A 1P1UA 1B40A 3SDFA 2REJA 4WEDA 4H67A 2ZYOA 2DE4A 2Q2CA 3PPPA 3K4UA 4NF6B 1B6HA 3L6HA 3TKLB 5TP9B 3MJNA 1R9LA 3U1OA 4BDNA 3B6TA 3UIFA 1EZPA 1LSTA 1SW2A 4U23A 2AL4A 1P1QA 4FJPA 3TTKA 3K6VA 3SESA 2V93A 1N76A 3OO6A 1EZOA 4OEUA 3H3GA 4MBPA 4OTEA 2DVZA 4HCYA 2UVIA 5K2XA 1GVCA 1LLSA 1ZU0A 4C1TA 1N7WA 4DXBA 1I69A 3BFUA 3TUSA 5LOMA 1WODA 1VR5A 4RJZA 4RA1A 1P1WA 1MH4A 1PB7A 1QUIA 3ZS6A 4F3BA 3PPQA 3I5OA 1J1NA 1USYH 4ZE9A 3B7DA 1B3EA 3FVOA 3IR1A 4I62A 1B0HA 4QFLA 4IO3A 2QS2A 5H8QB 2ONSA 2XTLA 4ELPA 1ZLQA 3H6WA 3IORA 1XS5A 4OEVA 4U22A 3TTMA 4RNSA 4ZE8A 2X9XA 5ITOA 4N6PA 4MLVA 3RTFB 1JQFA 4OFLA 4Q30B 3OSRA 4OFJA 4YAHX 1B52A 1NNPA 3TTNA 1QUKA 5FHMA 3SKPA 3UGWA 1LB9A 3FVKA 3VXBA 1FCKA 4F2OA 4OXVA 5I2NB 2THIA 3HHGA 2ZYNA 3Q28A 3PPNA 2F5XA 3DP6A 1MDQA 3S9EA 3O28A 3OENA 4H5GA 3MUQA 1JW4A 2HAVA 4F2QA 1B5HA 4ZEDA 3CFLA 1N3WA 4QSEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MMNA 3I0OA 1EU8A 2PBIA 1A99A 3KGCA 1B3LA 4DR2T 4H45A 2CWYA 1HNZT 3KSXA 3FBZA 4OK0A 1LAGE 2F97A 4GIWA 2XXTA 5EHSA 3TTRA 1NH8A 3JADA 2VL8A 2H4IA 3ODBA 4H5FA 1Q35A 2E0SA 4EXKA 4YZZA 5DEXB 5A5LA 2H3RA 3ILUB 1MIVA 5H8HB 1B2HA 4X8RA 2E5VA 5J0ZA 2OV9A 1N34T 2ONRA 2YU2A 1OEDB 4U74A 2CHOA 1H7CA 3Q25A 2Z8DA 2O51A 3MBPA 3FD3A 1YKHB 5HXHA 2P0SA 2Q88A 4WKMA 2FUPA 4U33A 3HSTA 5JDFA 4DCYA 4UVBB 3BFTA 4PW8A 5EHMA 2IIUA 4DMVA 1UIVA 4MJOA 4RPNA 3RQTA 1DTZA 2DWHA 2NUVA 3BIGA 3ZYLA 4OVSA 1NV0A 3LSFB 1GV8A 1LAHE 3H37A 5LJNA 4PFWA 4KYSA 3E22E 3Q5XA 2Q89A 5H8NA 4O4LE 1SYIA 1Y9UA 4IE6A 3PUYF 3IA3A 1XVYA 1Y4TA 5JRCA 3E3KA 4YU0A 1JNRA 4MNCA 3AE6A 3RGYA 1TWYA 1UQWA 4PE5B 4AKRB 4FATA 3ZC1A 3UUBA 2WBBA 3C34A 1N36T 3N2OA 3PPRA 4FECA 2NW8A 3JZJA 1VDWA 3CVGA 1IXIA 2FVZA 4F3SA 1HX1B 2XXUA 2Z8FA 3MSTA 2FBWA 3M3ZB 1FBHA 1Z7NE 4HWFA 3FZHB 3C4XA 3TLUA 2XAQB 4PE3A 1M5EA 4GOUA 5CMCA 1URGA 3I9WA 2NTXA 3ZKKA 4EEDA 5HCMA 3KJTA 3OO7A 5JDNA 5JDLA 3FBPA 2HPLA 4OFZA 3EN3A 2RCBA 3AA1B 2BS2A 2EHOD 4OWDA 3N26A 1ZJLA 3TZAA 1NMUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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