3R6UA

Crystal structure of choline binding protein opubc from bacillus subtilis
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
272
structure length
272
Chain Sequence
QTIKIGAQSMSESEIIASMLGQLIEHHTDLKTTTIKNLGSNAVQQQALMNGEIDIAATRYTGDALTGTLRMEPEKDPDKALALTQREFKKRYDLKWYDSYGFDNTYAFTVSKELADQYHLETVSDVKKWAPQLKLGVDNYWMKLKGNGYQDFTKTYGMTFGGTYPMQIGLVYDAVKSGKMDIVLAYSTDGRIKSYGLKMLKDDKQFFPPYDCSPVVPEKVLKEHPELEGIIKKMLGKIDTATMQELNYEVDGNLKEPSVVAKEYLEKHRYFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Crystal Structure of the Substrate-Binding Protein OpuBC from Bacillus subtilis in Complex with Choline.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
molecule keywords Choline-binding protein
total genus 97
structure length 272
sequence length 272
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3r6uA01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3r6uA02
3U72A 5I57B 4PFTA 3K1MA 1AH5A 2Q2CA 1BIYA 1LLSA 4FAJA 3VLUA 4RPNA 3T66A 3G3GA 4NMYA 4UA8A 4NEDA 2DE3A 4AB6A 5TU0A 3L6GA 5H8FB 2G93A 2F35A 2ZMBA 1SW5A 2W7YA 5ICQA 3VFJA 4OEUA 3SEUA 4BDLA 4F3BA 2KLFA 5CC2A 3O28A 3RGYA 3IB0A 2F36A 2RC8A 1MH3A 1N84A 3TDJA 4Q8RA 2I0BA 3SEVA 5EHMA 1D9YA 4HCWA 3E13X 5F1QA 2UVHA 5DVFA 2Y7IA 2XXRA 4R72A 1TFAA 4ZE9A 3IJOB 3SESA 4NE4A 3D4GA 4IO7A 3CG3A 3QXMA 5CBRA 2ZYNA 3PPPA 2QS1A 3TCHA 1LCFA 5DTBA 4ZEIA 2Q2AA 5H8HB 3RPWA 3A3CA 3MJNA 4FEBA 5JTYB 1B5JA 4N6PA 4G68C 1B7ZA 3KOSA 3V5AA 4QFPA 1MPCA 1XT8A 4F39A 1RYOA 3CRBA 3MUQA 4RNSA 5AE4A 2CMOA 4G8NA 3T9HB 3HCQA 4XIGQ 3FGSA 2XX8A 4E0XA 2WKYA 3O97A 4QFLA 3QK6A 1S50A 5KCJB 5CI5A 3KOTA 4F1YA 4G68B 1FTOA 3IX1A 2V93A 2FYIA 3RTFB 1II5A 4F22A 4BDRA 5JEIA 3H03A 1FTJA 3OEKA 1QW0A 5AA1A 1GTKA 5B7DA 1CB6A 3FVNA 3ZKLA 2Q9TA 3TPAA 3MBPA 3U94A 2P0SA 1BLFA 4F18A 1EU8A 4FJPA 2Z22A 5DVIA 2UVGA 3EF7A 5IKBA 3KG2A 4OMBA 2GH9A 1B3LA 4Q30B 1JEUA 4G8HA 2Y7PA 1N76A 4JSDA 1Q35A 3MPLA 3Q29A 5BUUA 5JTYA 3PV0E 3BKIB 3KBRA 5DT6A 3T93B 1GV8A 4PFYA 1ZBMA 1JW1A 2QMXA 2DVZA 4OENA 1A7LA 2A5TA 1BP5A 4OETA 2I3WA 2XXQA 3FJGA 2ONRA 1TT1A 4QSCA 4UACA 4X1BA 1JVYA 4LP2B 3H7MA 3TYHA 5AA4A 4G68A 3IOUA 3ZKKA 3MZ9A 3H4ZA 3S4UA 3D4CA 1O64A 3HPIA 5K2XA 5CRYA 4TQUQ 3K01A 3PUZE 3LUYA 5L9SA 2M8CA 4NF6A 3PPOA 2VP1A 2FA7A 4YB5A 3FV1A 1Y1ZA 1R1NA 1SW1A 1FQBA 1Y3NA 1VFEA 4ZEKA 3RN8A 1I6AA 4GXSB 5EYFA 1TFDA 3B6QA 3RLFE 1O7TA 4AB5A 3OO7A 3KZGA 2Q88A 1N3WA 2O1LA 1FQEA 2UYFA 3FXUA 3FVKA 2O6AA 4EF1A 2NOOA 3C32A 4LATA 3LC8A 4XTCQ 4DDDA 4NF8A 3CFXA 3T9UA 1AOVA 2QS3A 3KJ7A 2V25A 2F34A 3OEMA 2LAOA 3M8UA 3SETA 1VSOA 3FASA 4KI0E 1ZLQA 5DVJA 2HEUA 5EHSA 1HSLA 1QUIA 2RKMA 3MP1A 2Y7RA 3K00A 1MPDA 3HN0A 2AL4A 5ITOA 2QJEA 3A09A 4I62A 1EZPA 4YZZA 2NWJA 2AIXA 2QSXA 2R71A 1MQIA 1MXWA 2Y7KA 5ISUA 2DQVA 3N5LA 2DWIA 1H45A 3PUVE 1M5BA 3FJMA 3K4UA 2X7QA 4MLQA 1NL5A 2Y84A 2ESNA 2DWAA 2DWJA 3PGFA 1NNKA 3V89B 3B7DA 4YU0A 4F3PA 4IGTA 4LQ2A 3IK6B 3VXCA 2Q89A 4NF4B 3UK4A 4HS7A 4PP0A 2PBWA 1A54A 4ISUA 4QHQA 4NF5A 3K6WA 3K0VA 3KN7A 1SDXA 2D3IA 2ZXTA 5I2NA 1IUDA 4GVOA 2PT1A 2F5XA 1MXZA 2GFEA 4OZ9A 3AXFA 4IO6A 3QUFA 2G29A 4LZ5A 1KWHA 2CZLA 2H9BA 2XXTA 1LCTA 5DYHA 4YICA 2I4CA 3HHGA 3CVGA 3ILTB 1JEVA 4I8CA 4QF9A 4GD5A 3TQWA 1UTBB 5CMBA 5CMKA 4DIGA 3PMVA 2ANJA 3FIRA 3G3FA 1BKAA 2B3BA 1PB8A 4KR5A 4XXUA 4LONB 5I58A 4YKKA 4TLLB 4ELRA 3QIMA 4O3AA 3U93A 1US5A 2QS2A 5I56B 3MWBA 1YAEA 1A40A 2ONKE 4DXBA 4U2RA 1JNFA 3R26A 5A5XB 2F6GA 5FHMA 4DXCA 3SKPA 4YAHX 4DZ1A 4IO2A 2AL5A 1YTVA 2GRVA 2HFBA 2XHDA 2Q8JA 4OEVA 4POXA 3G3IA 5TPAA 4F1UA 2HZKA 5L8DA 1WDNA 2F8DA 3CSGA 3K1NA 3VVDA 3G3HA 3SEXA 4IO4A 4POWA 5H8QA 4TLMB 4U4XA 1A8EA 1LB9A 2NUVA 1ZMGA 3C4MA 1A99A 3FVOA 3GLBA 3IR1A 4H0WA 1B0HA 3JV9A 3VVFA 1OLCA 1M5FA 5AA3A 1R9LA 5L9OA 1A8FA 1USYH 1H43A 3PD8A 1P1WA 3K6VA 1ZU0A 4WKMA 2RC7A 3B6TA 4F2QA 4F2OA 3C35A 1XOCA 1M5EA 5FHNA 4YKJA 2VD3A 4U1ZA 3SDFA 4P0GA 2QPQA 2PX1A 3T96B 4PE5B 4H5FA 1EH3A 3OD7A 2IEEA 1JW4A 4G8MA 4OFJA 1UIVA 3LSXA 4OFLA 2P1SA 1B5IA 1P1QA 3IB2A 1OLAA 3TTNA 4G4PA 2H4IA 1IXHA 3TCFA 4BLAA 3FXRA 1UTHB 4QFKA 1M5DA 4BDNA 5H8NB 4GLIA 4DCYA 3S9NC 1B1XA 3ZSFA 3K1PA 2DS9A 2DP8A 5AA2A 3MVWA 2I0CA 3ODBA 2FNCA 4WEDA 1XVXA 2ABHA 2XXXA 4RXLA 2B3FA 5FHOA 5J1DA 1DPPA 3OXNA 1QKAA 1MQHA 1Y3PA 1N7XA 3KFMA 5JK4A 3DP4A 3S9LC 4DXUA 4GL0A 1O63A 2R9JA 3I6VA 4QRZA 1XS5A 4DLDA 4QSEA 2BJJX 1FQCA 3ZS6A 4X1DA 1USYE 4YB7A 5I57A 2X7PA 4WXJA 3OENA 1NKXA 4F29A 3TMGA 1LAHE 3MVYA 1MY3A 4GFRA 4WEPA 5DEXB 3GBAA 3IOTA 4PETA 4Q5TA 4DE8A 5H8FA 4MBPA 1TWYA 2I49A 3Q28A 2GHBA 1B05A 2XXWA 4IO5A 3QUJA 3RNNA 4KQPA 3UN6A 4H6DA 1Z7ME 3C34A 1FTLA 2ALUA 4ELOA 4QFNA 3FJ7A 5ITPA 2VHAA 2IA4A 3LR1A 3R6UA 1P1NA 2OJTA 1Y20A 3HHFA 2XXPA 4XKPA 5HBCA 1DSNA 3O6IA 3PPRA 2I58A 1B7HA 4HW8A 3MAMA 2A5SA 2F7BA 2O69A 3H6UA 1FQDA 2HCAA 1FW0A 4HTGA 1GGGA 1PB9A 1MQJA 3O9PA 4MLVA 5H8HA 4L17A 3HSTA 4RPOA 4R9FA 1MM7A 1R9QA 2GHAA 5BWJA 3Q27A 1YPNA 2Z23A 3UP9A 3H3GA 2Y7WA 2X26A 3Q26A 2D21A 1MXYA 1MPBA 2F6PA 2R6GE 4LVQA 4U1OA 1Y3QA 1NNFA 3UORA 1NFTA 4M4GA 1ZKBA 4H8IA 4GWOA 3WAFA 2Z8EA 4JDFA 4OQOA 3TKDA 3KJTA 1B2HA 5KCJA 3I3VA 3CFZA 4HCYA 1Z7NE 1SI1A 1B1HA 4PFWA 3IL1B 1Y4TA 3W9VA 1SD3A 1S9TA 2ZNTA 1MQGA 1B0LA 1POTA 1B40A 2V3QA 1B46A 3PUYE 2QL3A 3VLVA 1OQGA 3VE1B 2DE4A 2B65A 4K3FA 3DM0A 1QVSA 5K2YA 1GVCA 5H8SA 4RK9A 5CBSA 2H25A 3MC2A 5LOMA 2OK2A 4ESWA 3ONMA 4TOZA 1MDP1 1IEJA 3LSFB 1MY0A 4U21A 4LZ8A 3CR9A 3W15C 4ZEFA 1ANFA 4P0IA 4JWYA 2THIA 4O3CA 1B3GA 3O6GA 2YPNA 2REJA 1ELJA 2DVCA 1NH7A 4EQBA 1SQYA 3V83A 1FTKA 3CFLA 1MS7A 2O84X 3IO4A 3T9XB 3H6TA 3GBBA 4XKQA 3F11A 1B4ZA 2UVIA 3FD3A 3L6HA 4PQJA 3KN3A 1ZJLA 2D5WA 1SBPA 2F78A 3P7IA 1JQFA 1PC3A 3IJXB 4IO3A 1JVXA 3RT6B 4R9GA 5CM6A 3S9MC 3EPEA 1MXVA 3TELA 2AYSA 4KYSA 3TZAA 1MM6A 1UIUA 4ND9A 3SERA 1VFDA 4BDMA 3G3JA 1URDA 5L9MA 5HM4B 3DP8A 5TP9B 2OWSA 1L5TA 1JETA 1I6QA 4F3GA 1B32A 1NH8A 3THIA 1FQFA 1EZ9A 2RF1A 2VGQA 4U4SA 1UQWA 2UVJA 3VV5A 4PFUA 2DWHA 3DELB 4KCCA 5KZTA 1MQDA 3HO7A 2P2AA 3RT8A 4F31B 2I48A 3T9VA 3LSLA 1YCJA 4Q0CA 4GRKA 4EXKA 3TODA 3JZJA 3RTWB 1B9JA 5AA2D 3OSRA 4Z7EA 4KHZE 1D4NA 4YKPA 3G7WA 2DYXA 3CSBA 3K02A 3O29A 4FORA 4G2ZA 4OFOA 1LFHA 4LZ7A 4NF4A 1WODA 2E0SA 4C1UA 4NWCA 2XXHA 1JW5A 3UIFA 1T0KA 1I69A 2OWTA 3BFTA 4FE8A 2O51A 1EZOA 4NTLA 4R6HA 1US4A 1OVTA 3UGWA 3FUZA 2RC9A 1VE4A 3BBRA 3IB1A 4BDQA 4OVJA 2NXOA 2OBGA 3M3FA 2UXAA 4R6KA 3SEYA 1FTMA 3O2AA 4ZEDA 1QUKA 2V84A 4ZZEA 1QUJA 3OO9A 3ECRA 1B52A 4DCXA 1N3XA 1UTBA 3VLWA 2PVUA 3K6XA 5IAIA 3KEIA 4YKIA 1Q1KA 1N04A 3C33A 3E4RA 1HSEA 4F19A 2F7AA 1B6HA 1IXGA 3TTKA 4GIZA 1Y1MA 3DLNA 4N13A 3MVXA 3PUWE 3VDFA 2QMWA 3MP8A 3CIJA 1SYIA 5I56A 4R74A 1NNTA 5A5XA 3N26A 3K6UA 4MH5A 4JWOA 4FATA 4RA1A 1XHYA 4G77A 4IGRA 3H6VA 3IAZA 4N07A 1SYHA 4FEDA 1PB7A 1D9VA 1URSA 1PBQA 3EHUA 5B70A 2H99A 3EHTA 1P1UA 1P1OA 2H98A 3TTLA 3KN8A 2HAVA 5HPQA 3BFUA 1IQ7A 3OOAA 4OERA 1RYXA 1SW2A 4EXLA 4KFQA 2QS4A 2PT2A 3JYRA 3MZ1A 4C0RA 4GXAA 1MH4A 4ESXA 4ZDMA 4H65A 2ZYKA 1H76A 4RJZA 4GQOA 3OO8A 1R6ZA 2A5TB 4MF3A 2RCBA 2V3UA 4YMAA 2I4BA 2O68A 3PPQA 5I59B 2O1MA 1ATGA 3TEPA 4EQ7A 1LAFE 3QAXA 3C36A 1DTGA 1LFGA 4ZZAA 2DOJA 4H1XA 2HQ0A 5AA4B 1MXXA 1AMFA 1UTHA 1N7WA 5H8NA 3ILUB 2PMSA 3RQTA 4NF6B 4JSOA 1RKMA 1IIWA 5CMMA 4NWDA 4ZE8A 4OWDA 4C1TA 2XXIA 2F97A 2DSFA 4P11A 3B6WA 3PMXA 1B51A 3IOWA 1ZTYA 3GZGA 2XX9A 3A3UA 2VOZA 2HAUA 1B5HA 3LBSA 4BDOA 1SW4A 1A55A 4RK2A 1N0TA 4NF8B 1SI0A 1OQHA 3UA8A 3W9WA 1IXCA 3TFLA 1B3FA 1NMUA 5ELVA 5DEXA 3FXQA 3RY3A 1I6BA 2DXRA 1WVJA 4X48A 3GXAA 2RCAA 3G3KA 4YMBA 5I59A 4R73A 1XVYA 3RUMA 4I9DA 1QULA 1OMPA 5FTHA 3FVGA 5M2VA 4F3SA 3S2VA 2OLBA 4ZECA 1GR2A 1H44A 3PU5A 3E3KA 4FIMA 5F7VA 3TTRA 1IXIA 3CI8A 1D3KA 3H6WA 2OCUA 2XXVA 1AL3A 5KDTB 1VR5A 1LAXA 4EF2A 3EQ1A 3OSQA 4ONYA 3SEWA 3IORA 4M1VA 3FATA 4QSDA 1URGA 1B3HA 3EHSA 4GF8A 2RINA 5CMCA 5ICTA 2YJPA 3V8XB 1DTZA 3TQLA 3TAJA 3OELA 3H06B 1B4HA 4NF5B 4IB2A 4H5GA 3MW0A 1LB8A 3K2DA 5I2NB 2H5YA 2QRYA 3U1OA 4LQ5A 4EUOA 1MXUA 2XD2A 1XC1A 1F9BA 5FTIA 3WAEA 2XD3A 2I6EA 3N6UA 4MFIA 4JB7A 3E9XA 4O3BA 3U92A 3TTMA 3PPNA 1MY2A 3HV1A 1IZ1A 5I2KB 3C9HA 3R7XA 3USDA 4EDPA 3TCGA 3DP6A 1OVBA 3OMBA 3U8QA 2ONSA 2UYEA 4ZS9A 4ELPA 3O6HA 4KPTA 4R2FA 3QSLA 4U23A 1MRPA 4RY1A 4AQ4A 5KDTA 2Z8FA 1H3DA 5I58B 2O7UA 3PD9A 4IY5A 1PEBA 3VVEA 3N94A 4ECFA 3KGCA 3OO6A 3TUSA 4F1VA 3MVZA 3S9EA 4LUBA 1J1NA 1MY4A 1MDQA 3KSJA 4KYEA 3PMWA 1Y4CA 3LSWA 3PUXE 1LAGE 2OZZA 1MY1A 2O7IA 5TPAB 2XXYA 3MPKA 4U22A 1NNPA 1S7YA 1MG1A 4ELQA 4E0WA 1LGBC 3FZVA 5H8QB 4QFOA 3MQ9A 5I2KA 2DXYA 1P99A 2ZYOA 4EQ9A 4KYDA 1LFIA 2ZYMA 2VD2A 2XX7A 1B58A 1QKBA 1DOTA 3C31A 3IOVA 4ZEBA 1IITA 2ZNSA 1LBBA 3CG1A 4JXIA 1POY1 2ZNUA 4H67A 3M3LA 4JWXA 4KCDA 1B7UA 1LSTA 1M5CA 4IY6A 1CE2A 4Z0IA 3Q25A 1BTJA 2Z8DA 4GL8A 1TXFA 4YB6A 2HXWA 4H8JA 3IO6A 5TP9A 1QJMA 4I1DA 1SVXB 2XXUA 4LA9A 3QYTA 3KSXA 1AIVA 4R75A 3N6TA 4THIA 3FV2A 4R6YA 4X9TA 4OESA 4XKRA 3T22A 3VXBA 4JBZA 2NVUB 4GOTA 4RYAA 3MZBA 1B3EA 2DE2A 4OYVA 1Y9UA 4OHNA 5AA2B 1LBCA 2E1SA 1ZIUA 2YLNA 1DMBA 4OXVA 3EN3A 3O66A 1FCKA 1PBPA 4OTEA 4R2BA 1FQAA 1HSJA 4XKNA 2F7CA 3I5OA 1OIBA 1DPEA 2REGA 1PDAA 4KD5A 3M3KA 4FECA 2I3VA 2V3TA 3MP6A 2PYYA 2HZLA 5I84A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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