3RMYA

Crystal structure of hcr/d w1238a mutant
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
415
structure length
401
Chain Sequence
NSINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNIAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYACSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Toxin
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
publication title Novel Ganglioside-mediated Entry of Botulinum Neurotoxin Serotype D into Neurons.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium botulinum
total genus 97
structure length 401
sequence length 415
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2011-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3rmyA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3rmyA02
2C5DA 1RINA 2ZAAA 4XHXA 3IAGC 1YI7A 2ZMNA 4DEPA 1XG6A 4Y22A 2BFHA 5BQUC 1QNWA 1DYKA 1DQGA 4I4SA 2DUQA 1W6PB 4X37A 3HALA 2YMZA 3PJQA 1GNZA 4GWNA 1EYLA 3A21A 2VSEA 4G9MA 5GZEA 3QR5A 2MLLB 2X2TA 3UD7A 4Y1ZA 3ZX7A 2GNBA 3V65A 5T54A 1AXKA 4G9NA 2W08A 1Q04A 5IK7A 3NBNA 1SR4A 4LBJA 3N7LA 2ZGNA 4Y1YA 1CE7B 1AX1A 3VSZA 1GBGA 4XJWA 2VW1A 3B9CA 4P0KA 4ZFYB 4K21A 4KBBA 1QQKA 3RMYA 2ERMA 1VAMA 1FMMS 3V64A 3UL2A 1IS4A 2FHRA 4DQAA 1FQ9A 5BQUA 3WG2A 2Y9GA 1S0IA 4Z8SB 3B01A 1MVQA 5FNWA 3IM7A 4FPGA 1Z4SA 4ENDA 1AVUA 4D0TA 1JT5A 3OY8B 1LOFA 3NV3A 1LHUA 5GLWA 2DUOA 2PHFA 1N3QA 1PUUB 5KXEA 4X39A 4IY8A 3ATGA 2VSAA 5FZYA 1TEIA 2CWMA 2D43A 3O5SA 1S0DA 4XILA 2GDFA 4EFPA 1Q56A 1YTOA 4LBQA 4EB2B 5KXCA 1SLCA 2A5ZA 3BRDA 1HWNB 3N7KA 4EKXB 5L73A 3UD9A 3ILRA 4JC1A 1LTEA 1JLYA 2D24A 3ASIA 4I6IA 2R0FA 4FPOB 3WLUA 1V00A 1WD3A 3ILNA 1AVAC 1WW6A 1BKZA 2PHTA 5T55A 4FPCA 1VLNA 3MW3A 4BLJA 1ULCA 3RTIB 4J2XA 1DZQA 1HQWA 2OUHA 2WQZC 3GNEA 1LCLA 5T5OA 4YZ4A 3AJ6A 3Q9OA 2AH2A 3M3QA 5EC5A 1W0PA 3AKFA 2NN8A 2ZHMA 2A6WA 3BTAA 3T2TA 4USOA 1DBNA 4AVTA 3FJ8A 1KITA 4P9YA 4XKIA 2QN4A 1TWEA 5DXDA 1CPMA 2W68A 4XDQA 4I8MA 3NJ5A 4C1WA 1CIWA 2A6XA 1GZ9A 1A78A 2JDZA 1BLDA 4XBQA 1QU0A 2RSTA 2A70A 2VU9A 1ONKB 1LHVA 3T8SA 1TP0A 3POKA 1WW7A 4FGFA 3A23A 1QXMA 3IM5A 2RG9B 1BFGA 3OJVA 1N1YA 1X50A 3WDWA 2CWSA 2RHPA 1I1EA 4Q26A 1CN1A 2E51A 4IYBA 2ENRA 5GLZA 1W6NA 1Q1UA 2DV9A 3PVEA 4JKQA 4GKYA 2VLCA 4XZPA 3A4UA 1MS3A 2E7QA 5BXTA 3P6JA 2ZR1B 3HMYA 1IJTA 1ISZA 3ZVXA 4Q8KA 1HWPB 4Q9GA 3TC2A 3JRRA 1FGAA 4PBPA 1CR7A 1XZZA 1QKQA 1YYNA 3AZXA 4I1EA 5FZZA 4LO2A 2F8XC 2GN7A 1GV9A 1WBAA 2DUPA 1VIWB 2P23A 3CA4A 4XIOA 3O0VA 2P37A 4P9XA 3KQRA 3IM0A 3FJIA 3O4BA 1C57A 4YG0A 1H9PA 5KXDA 1WLWA 3WINC 1MS8A 3FJAA 5T5JA 2ZGKA 2I1BA 4UW6A 2CY6A 1ULEA 2ARXA 2HW9A 2D3SA 2BEBA 1QF3A 5JMCA 2YXSA 2DVBA 1BASA 4ZOTA 2GN3A 3NV1A 1GZWA 4R9CA 4AVSA 1LODA 1AFCA 3FGMA 1IS5A 1BFCA 4I4QA 4II0A 1Z78A 1TIEA 3AZVA 1S0BA 5JLVA 3AYEA 8I1BA 3ZYPA 4BMBA 1A3KA 1HCDA 4P6AA 2P39A 1KQRA 3FJCA 3UK9A 2JKBA 1QGLA 2D7IA 2F2FC 4ASMB 3NBEA 2C9AA 4GXLA 4HA2A 1D0HA 5EXOA 3FJKA 2D23A 5GJ6A 2GALA 4LBKA 4AYUA 5GLTA 1GGPB 3WINA 1MC9A 4LO8B 1JYCA 3VT0A 4XFSA 3AZYA 3N7MA 1W6MA 5DUVA 2JD4A 4FP2A 2R1DA 2KI6B 2DRZA 1M2TB 4M00A 2ZBJA 2VW0A 3AYAA 4Q27A 3T1LA 1MZ5A 3ZYRA 4AN6A 4I4PA 1DYPA 1AVBA 4PBOA 4A7ZA 1ZA4A 2EAKA 1CVNA 3BA7A 3VKOA 5D61A 4KC3A 2F2FA 4TYSA 1AZDA 21BIA 1DHKB 3R4SA 4WV8A 2D6MA 2DVFA 1F5FA 3AP7A 2NP0A 2YV8A 5D62A 4FOWA 4I4UA 5CBLA 3B9UA 3HR9A 2HYKA 1UN1A 3D6EA 2ZGLA 4XIKA 3WG4A 1ITBA 31BIA 5H9RA 4M3CA 1UL9A 1WW5A 5T52A 2P2KA 2P3JA 1G9BA 2DURA 5HCAA 5IK4A 1BLAA 4YW2A 4UW4A 5IK5A 1OKQA 4NOTA 2BQPA 4ZLBB 1R1ZA 1HCEA 1ULGA 1W3FA 2EXJA 3FJDA 9ILBA 4X3AA 1JLXA 4XTMA 4YM1A 2FFUA 4GOVA 4LBMA 1Q8OA 2AAIB 2K4AB 4I4YA 3AP4A 1YF8B 5HCBA 5H9SA 3EF2A 4EEEB 3W59A 4PC4A 3BAGA 4YOLA 4XBNA 5DUXA 2Q3NB 2UURA 4ZA3B 3A0NA 4YGDA 1C1LA 2AGSA 3H6SE 1JYIA 3F1RA 1W6OA 3WMUA 4LO1A 4QBCA 2A6ZA 3AYDA 3Q7WA 1IILA 5CB7A 1ABRB 1PZ8A 3AH1A 1SR4C 3O49A 1C4RA 4A7YA 1N3PA 1WBLA 1LESA 3ZXDA 2R9KB 4FP3A 2ZGMA 1OQ1A 1UAIA 3NV2A 1GLHA 4I0YA 2EXIA 2DRYA 3T1MA 5DZUA 1GZCA 2PHUA 3O5WB 2ZQOA 3I8TA 3ZXGA 2MC2A 3FJBA 3MW4A 1HLCA 4JKXB 3LSEA 3CQAA 4F34A 2NMOA 3FJFA 2P3IA 3O12A 2KI4A 1V6OA 1LEDA 2IWTB 1UMZA 1DIWA 3VWCA 1S1AA 4I4OA 3O0WA 4CTEA 2AENA 4OWKA 3SISA 1LOFC 5BP5A 1WD4A 3AJYA 4I37A 4IZXA 2ZGQA 4IHZA 1HWOB 3FLTA 3WG1A 1UKGA 2E53A 1RY7A 4RA0A 1G86A 3BAHA 2ZGOA 3UJOA 2SLIA 3OPZA 3WVJA 2VXRA 4P9WA 1TOOA 4YLZA 2V5YA 3BAVA 1GICA 3GALA 3AK0A 4H9WA 1WBCA 1F31A 3SNMA 1BQPA 4XHBA 5DUWA 3AJ5A 3V0BA 1V6JA 5SV8A 2W52A 5JDBA 1W6MB 3AKGA 1J1TA 2D44A 4GAFA 2DU1A 2WT1A 3WDVA 3WUDA 1RITA 3FJEA 1WW4A 2UWBA 3B3QE 3BODA 5D63A 1ONAA 3SH4A 3L2YA 1NUNA 4SLIA 3I2AA 3AFKA 2FFVA 4PQ9A 1UPSA 4JCKA 2NM1A 4Z8BA 5F5QA 4G6MA 4P0LA 2VY0A 3W9TA 1AXYA 3USUB 5I1BA 1LOBA 3M3CA 3O44A 4JAWA 1MD6A 3ZC9A 1SBFA 3OBTA 3WZ1A 1FYUA 3UDAA 4YGCA 1PC8B 1MZ6A 4JP0A 4LO7C 5FRAA 3P53A 1QOSA 3VKNA 2QYIB 2P34A 3A0KA 3VUOA 3M2MA 1WUVA 1ISVA 4M3CB 1BFBA 2D3PA 2Y9FA 3FFZA 5EG6C 1APNA 1LOAA 3AXEA 4ZFUB 3FLPA 2WSVA 4BLIA 2XG3A 4XJAA 3IPVA 1CVSA 3BOPA 2OVUA 4XJ8A 5F9TA 4ZGRB 2R1BA 5GZFA 1I1BA 1JHNA 3M3OA 4ATFA 3FBYA 1GNHA 4WBCA 4R9DA 2IHOA 1V6NA 3AKIA 2GNMA 1CJPA 3IKWA 3V79C 2Z42A 1V6IA 1URXA 3WHUA 3U4XA 1K5UA 3I2XA 2NVHA 1Y7BA 3RMXA 2SBAA 3OYWA 5DUYA 5B2HA 4I2SA 1SLLA 4JQ0A 4LO2C 1CQ9A 1V6KA 1ZM1A 4QKSA 1T4QA 1BYHA 1SFYA 5DVHA 5JOXA 3HSMA 1AJKA 5JOWA 2D22A 3IN9A 1LGBA 3SITA 3VKFC 4FPEA 3AJZA 2ZGTA 4RL7A 2ERFA 1DQOA 3CRGA 4GA9A 1JQZA 3NBDA 3POWA 3TB0A 3N3HA 4LBOA 3MALA 1G9DA 3IMNA 1QDOA 5F8SA 2ZGUA 4YM2A 1Q8VA 3WOGA 1QDCA 4LBLA 1F9KA 3H6QA 1CESA 5CAZA 4DCKC 1N1SA 3RSJA 4OEFA 4Y22B 4ATEA 3AP6A 3O4OA 1S0FA 4TZDA 4YFWA 3QCWA 4H55A 1PWAA 2H0BA 2UU8A 1JY0A 1P63A 2M49A 4WVWA 2R16A 4XJZA 3NBCA 3AXDA 2FGFA 1ILR1 3WMVA 1RG8A 2DREA 1KRIA 1QMJA 1N4KA 1BXHA 1FN0A 1M16A 2GMPA 1QNYA 4J2SA 2A75A 1CONA 4IONA 3H0OA 3HBWA 4I4RA 1UX6A 1AVXB 1KNMA 5GALA 3WDXA 4I3NA 4D8HA 2ZGRA 5IK8A 2AFGA 1LECA 3CA0A 4QO3A 5EYXA 4Q1PA 1S0EA 1MACA 2ESUA 4J23B 3OJ2A 4ZXKA 3JU9A 3POYA 1FV2A 5GZGA 1LOCA 1IOAA 3BAUA 3H6RA 4YGBA 1MR5A 3V0BB 1JT3A 4XTPA 2BEAA 4LO0A 3JUUA 4HANA 3LCPA 4JPZA 3RRDA 2CTVA 4FPYA 4JRAA 2E6VA 2Q9XA 4TLPA 3RTJB 1II4A 1W6PA 5FNXA 2ZHKA 3F62B 4FPHA 4R9AA 1IHKA 1AXMA 3PHZA 3VT1A 2YY1A 1N1TA 4AGVA 1JOJA 3FUQA 3ZSJA 41BIA 5LK5A 1BZWA 3LLPA 1DQ6A 5BXSA 4LBQB 1LU1A 3PG0A 2J3PA 1IKQA 3CAHA 3ZXKA 1BARA 1VCLA 1AXZA 1Q8PA 2GZBA 2LALA 3SH3A 4ISQA 1T9FA 2YUGA 3VKMA 2ZHNA 3K1XA 4I4XA 3BA5A 3PUBA 4Y1UA 2I2SA 1QOOA 4R6UB 1ENRA 4BMEA 4P0JA 4YW4A 3M1HA 3POSA 1MS5A 1HDKA 4LBQD 1ISYA 2D1ZA 1SBEA 1JT4A 3OJMA 5E24E 4XXAA 1G7YA 4AGRA 3TAYA 4I96A 4AN7B 4FOQA 2AUYA 3M3EA 5CA6A 2HZ9A 1XYFA 3HN1A 3RS6A 4G6JA 2ZA9A 1DQ5A 3AZWA 4I7IA 1S0LA 5BXRA 1UZZA 1IKPA 1FNYA 3N36A 4Q8LA 1ENQA 3ZXJA 4LO1C 4YZ1A 3CA3A 5FREA 3OYWB 3OGFA 2AXMA 2GO2A 4LO7B 1AX2A 2DYCA 5DZEA 1OQLB 2A6YA 1JBCA 4Z9WB 2RQ9A 4OWLA 3KMVA 4UW5A 4FQ4A 1LEMA 2ZHLA 5HPZA 1KDKA 3RG0A 4Y24A 5DG2A 5DZGA 2LTNA 4XMIA 4BOWA 4XYXA 1DFQA 3WA1A 1L2HA 3CA6A 2P3KA 1ULFA 1VALA 1IRAX 4ZKTB 1DZDA 2LIQA 4OEEA 3S8KA 1W6NB 3CNAA 4QBVA 4ISRA 2L5XA 3NWKA 2E7TA 4QD2C 4L4HA 3WG3A 3CA1A 4IZEA 1QQLA 4FVVA 1YBIA 5DZFA 2KLLA 3BAOA 1FWVA 2Z49A 2JE7A 4AWDA 4OUJA 3VV1A 4XFTA 5BP5C 2GMMA 2JE9A 3BRGC 5FZUA 1AF9A 2PHXA 4UW3A 2ZGPA 1U0AA 3NV4A 1RMLA 2KKIA 1JXNA 1FATA 2GMEA 2DVGA 2WKKA 3FJ9A 1MVEA 3JUTA 3P6IA 2D6PA 5CNAA 3ZC8A 4J2KA 1W3GA 1SLBA 5BOWA 1NLSA 1V6UA 1W6QA 4R9BA 4W65A 3H6RB 1HKDA 4I1BA 3OBRA 3ILFA 3DUIA 5DUUA 2D7FA 1GZWB 3UJ0A 3UJQA 4YM0A 1DQ0A 1BJQA 2ZABA 4GALA 5BVPI 3AH4A 4GOYA 4GKXA 4FOYA 3V0AA 2YZ4A 1LHNA 1A8DA 1DZCA 1C1FA 1JUIA 5AVAA 5E88A 2CNAA 4XFUA 3WDUA 1GKBA 1FAYA 4FQZA 2AQZA 2OUJA 3D7WB 1VAVA 4AGGA 3OGGA 4DRVA 1UZYA 4L8QA 1G9AA 2NMNA 1Z2VA 5DSSB 3BRFA 5F90A 1SLAA 5T5LA 3Q7XA 4QKRA 5E8AA 2KM2A 2UWCA 2A6VA 4M3CE 3WUCA 5HCFA 2UWAA 2PHWA 3VKLA 3E8LC 2ZKNA 1D2SA 1SCSA 2B7YA 5F8YA 2A3WA 4WZFA 2WLQA 1HWMB 1LOEA 3C2UA 1W3AA 4CZSA 1SLTA 1SBDA 1JN2P 4ZFWB 5T50A 3A22A 3IM6A 4OWJA 1EV2A 5GZDA 1AVWB 1FV3A 1B09A 2KH2A 2ZGSA 4XMAA 3AYCA 1DQ1A 2V73A 4I4VA 4QC4A 3O4DA 1TTUA 4XE9A 4Q1RA 2ET2A 4BQ1A 1O4YA 2ZMLA 1N1VA 1BFFA 2JECA 5GM0A 2Y9WC 2A71A 5G00A 1CPNA 1EVTA 2NTDA 3BX1C 1WLDA 4YM3A 4DRRA 2JJ6A 4XBLA 4EFRA 2DTYA 1LHWA 4D0ZA 1J0SA 3QLQA 3N35A 1NXD1 1LOGA 1TWMA 3RQ0A 1IRPA 5GLUA 2K43A 1WBFA 3W58A 2WT2A 2DU0A 1FX5A 3CRIA 1V6WA 1PZ7A 1S0JA 4PCRA 4DPNA 3VEQA 3APBA 4YG3A 3O4CA 2HWAA 4Y20A 2NZ9A 2WNEA 1LGCA 4IQPA 2XOAA 4U36A 4BPZA 5JOZA 2DWRA 3SH5A 2D6LX 1W6OB 4XOGA 1R8NA 4KEKA 2ZMKA 2D6NA 4YFZA 1XQNA 2WSUA 3WCRA 3WCSA 1ULDA 1YRZA 3VSFA 2K8RA 2D3RA 4PF5A 3AP5A 2ARBA 3D5OA 1DLLA 2TEPA 4IY9A 2WJSA 2ZZJA 2A3YA 4YZ2A 3O3QA 3PMEA 4K1ZA 3SNVA 5KXBA 4GAIA 1DFCA 3KM5A 3ZSKA 3S8JA 1XHBA 1KJLA 2D20A 1IS3A 3UD8A 4K1YA 4DS0A 5H9QA 2WT0A 3SLIA 2XB6C 2FDBM 3BAQA 1V6MA 1W6QB 1G9CA 1MS1A 3INAA 4XXPA 4Y1XA 4LO0C 1MS9A 3AX4A 4QD2B 3MW2A 1V6XA 1S0CA 4K20A 3QYDA 4AVVA 3CU1B 2UUSA 1NZKA 2WBCA 4HR6C 5EHAA 5JOYA 4FPLA 1MS0A 3AKHA 2FMDA 4Q2FA 2DS0A 3V0AB 1JT7A 5EWSA 1DQ4A 1WCSA 4FPJA 5BXPA 1G8WA 4YZ3A 4CRQA 2VW2A 1EPWA 4Y1VA 3MEPA 2VH9A 1PUMB 1DGLA 4A7KA 4FOVA 5IUQA 4HL0A 3ZXEA 1GSLA 3BADA 4GP0A 4Y26A 2D7RA 1RZOB 4L4IA 2E4MC 1H9WA 5JVVA 1LU2A 1LHOA 2YROA 1IS6A 1LENA 1SACA 2PHRA 1TFMB 1O4ZA 3AZZA 1W0OA 2DVDA 3AH2A 1YO8A 2VUAA 1FMZA 1LJ7A 4QALA 1SLIA 4M3CF 4OEGA 3DGTA 3CA5A 1SZ6B 3Q7YA 4KEJA 2G4IA 4XJ9A 3WDTA 1DJSB 1GANA 3WNXA 1SCRA 2MIBA 3WO4A 1Q8SA 4GWMA 1ENSA 3AP9A 1DQ2A 2EXHA 4P14A 2LIEA 4I30A 4G1RA 3UJ4A 3CRHA 5DG1A 3FLRA 1K5VA 2OW4A 5EYYA 3BIWE 3VT2A 2X2SA 2E4MA 1V6LA 4X38A 4OW4A 3WO3A 2GNDA 3C9ZA 3I4IA 2ES3A 3WHTA 1Q03A 4YGEA 4USPA 1HKNA 2D6OX 1FNZA 3LSDA 3ILAA 1WLCA 2CYFA 4FPFA 3ZSMA 4C1XA 4GP3A 1R8OA 4LBNA 5GAQA 5T5PA 1LULA 6I1BA 5F8WA 4ZBVB 3HOMA 2DVAA 1H30A 1HIBA 3ZXFA 2ZQNA 3IPVB 3OY8A 2NYYA 1ISXA 1PZZA 1FWUA 1QOTA 1GYKA 4YW5A 3ENRA 1PZ9A 1AJOA 5E89A 2FO1A 5GLVA 4Y20B 1KJRA 1RIRA 1JW6A 2EALA 3USUA 3OJBA 3PVOA 4ITCA 2DTWA 1YXWA 1OFSA 5GZCA 3D4KA 3N7JA 3O0XA 3N0KA 2AREA 3MPPG 1BA7A 4HJJA 2Q5TA 2EF6A 4BM8A 3FJHA 1G9FA 1KDMA 4YG6A 1N47A 1AX0A 4XJUA 1ISWA 2Z48A 4DENA 1N3OA 1E0OA 3IIRA 4F83A 3O4AA 2Y9XE 3B00A 2A7AA 2PELA 4D69A 1LGNA 3I29B 2W39A 4YZ5A 4Q91A 2WRYA 3B69A 2EIGA 3ZSLA 1HQLA 3R05A 1V6VA 4LO3C 3LTQA 4U2AA 2AR6A 1IOBA 2D6KA 1S0GA 1JTCA 2EXKA 4EFQA 2HWMA 3ZXLA 3BA4A 7I1BA 1IT0A 2R0HA 4KEIA 4MYEA 1G82A 4WVVA 3PVNA 2CL2A 3WV6A 1YIFA 5BYNA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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