3RUNA

New strategy to analyze structures of glycopeptide antibiotic-target complexes
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
166
structure length
165
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/antibiotic
molecule keywords LYSOZYME
publication title A carrier protein strategy yields the structure of dalbavancin.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 165
sequence length 166
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3runA00
1L22A 3CDTA 2F2QA 3GULA 1L49A 1CUQA 4LDOA 1C6FA 1SX7A 1LYIA 210LA 2B6XA 4I7SA 3EMLA 3F9LA 152LA 1B6IA 3G3VA 2RB0X 2Q9DA 3DKEX 244LA 4W51A 1L04A 1L62A 1CUPA 1P46A 3HT8A 3HDFA 3D4SA 3ODUA 1QT4A 3GUNA 1G1WA 1L26A 2OEAX 1CX6A 1L58A 3HTDA 146LA 175LA 3K2RA 1D3FA 2QARC 3LZMA 122LA 1L37A 1L89A 253LA 4ZPUA 2OE4X 1C69A 1D2WA 3UONA 103LA 3DN3A 1PQMA 1KS3A 1OVHA 1L90A 2QB0B 2B6ZA 3GUOA 222LA 138LA 1P36A 243LA 3HDEA 139LA 251LA 2LC9A 3C8QA 1L97A 3OE0A 3C8RA 1L57A 2OU0X 1L50A 102LA 237LA 1OVKA 6LZMA 3FA0A 164LA 229LA 205LA 1CU2A 1KW5A 234LA 1JQUA 1ZWNA 1C6EA 178LA 2OU8A 1L32A 4ARPA 1LYFA 201LA 1L70A 211LA 4ARMB 1LGWA 2HULA 4I7OA 216LA 2RAYX 1D9WA 255LA 4YXAC 1LW9A 148LE 1C63A 1P64A 3C8SA 2O4WA 4PK0A 1L54A 161LA 1LI3A 227LA 2RBPA 3C83A 1L82A 1OWYA 3C80A 1CTWA 223LA 3HT6A 2LCBA 111LA 183LA 1L87A 1L46A 1L99A 1QSBA 259LA 217LA 1QTDA 1P37A 112LA 1L27A 2IGCA 4W59A 4DKLA 1C64A 2B70A 4EPFA 4W55A 1L65A 3SN6R 1L08A 3CDQA 235LA 3OE6A 144LA 1L17A 225LA 1PQOA 1C66A 1L77A 1L31A 1LI6A 5LZMA 1ZYTA 1L38A 215LA 3DN6A 1L73A 1L68A 2A4TA 1LYEA 2HUKA 145LA 1T8GA 3NYAA 126LA 1C6GA 1L48A 3GUKA 3HTBA 155LA 1EPYA 1C6DA 1G0JA 1L14A 2B7XA 188LA 1L93A 1C6JA 3C7WA 1LGUA 2B72A 1C6AA 3L2XA 1XJTA 1P2RA 209LA 2RBRA 163LA 114LA 185LA 3DMXA 4I7PA 4AQNA 1L94A 151LA 1QT6A 186LA 181LA 140LA 1KNIA 4I7RA 4GBRB 2O7AA 1LYHA 1L06A 256LA 4E97A 1DYEA 1L21A 3SB9A 1L56A 189LA 1QUGA 1QTHA 4ARJA 221LA 3HUAA 1L05A 1CX7A 200LA 1L09A 3DN0A 1ZURA 173LA 3OE8A 4I7KA 1T8AA 1CV4A 1L0KA 2B6YA 169LA 4K5YA 4EKPA 3V2WA 4W58A 4S0WA 199LA 4IAPA 1CU5A 2HUMA 212LA 1QUDA 1QT7A 3CDVA 1LWGA 4GRVA 1DYGA 2NTHA 167LA 1C65A 1L55A 1L00A 1L47A 3FI5A 123LA 171LA 1JTMA 1P2LA 228LA 3HH4A 3C7ZA 3HTGA 247LA 1L80A 1C61A 147LA 1L0JA 1L75A 1QTBA 7LZMA 230LA 168LA 1CV3A 1L61A 1LLHA 1DYFA 1XEPA 2RH1A 1OV5A 2B6WA 4W57A 1C6CA 1L15A 3G3WA 2OE7X 1G0KA 1L66A 162LA 1P3NA 1L19A 240LA 3PBLA 1G0PA 4YX7C 1CU6A 1LYDA 1L79A 5I14A 1CVKA 1QS5A 1C6NA 1P5CA 3NY8A 1DYBA 118LA 2O79A 1G07A 1QTZA 1K28A 3F8VA 4PJZA 2F47A 197LA 1L59A 1L42A 1L88A 2RB2X 1XJUA 1L39A 159LA 3FADA 4EKRA 184LA 1C67A 1JTNA 3SB8A 172LA 1KY0A 1KW7A 1L53A 3HU8A 1LWKA 4I7QA 4ARLA 3HT9A 4EKSA 1SX2A 104LA 1L29A 4EJ4A 1PQDA 3HUKA 206LA 1C6QA 213LA 1G06A 4I7NA 1L11A 3G3XA 1L92A 1KY1A 1L74A 3HT7A 1C62A 1DYCA 1C6TA 1P6YA 4I7TA 180LA 2OE9X 246LA 1L72A 4ARQA 109LA 3NY9A 254LA 4DJHA 1L10A 2B75A 165LA 3RZEA 3QAKA 214LA 128LA 1L96A 2B6TA 2L78A 3GUPA 1C60A 1L67A 2RBOA 176LA 231LA 160LA 1L98A 1PQKA 1C6LA 248LA 1L84A 1LGXA 232LA 2ANXA 1PQIA 1L01A 2OTYX 187LA 250LA 130LA 3SB5A 2B73A 127LA 107LA 1QTVA 1G0QA 3C7YA 120LA 1G0LA 2RBNA 4I7JA 1L60A 1L63A 3GUJA 1CU0A 119LA 129LA 1L43A 131LA 1C6KA 1SSYA 1L69A 3CDOA 1G0MA 1L52A 1T6HA 1L81A 125LA 1L12A 249LA 1L71A 1D3MA 1L40A 1SWYA 2OU9A 1L45A 3CDRA 1C6MA 4I7MA 4EPIA 1L35A 110LA 1P56A 1T97A 1CV5A 1SWZA 1QS9A 2Q9EA 2NTGA 3DN8A 219LA 3DMVA 1CV0A 1QUHA 1L13A 1D3JA 3C81A 4I7LA 1OYUA 137LA 1L23A 2RAZX 1G1VA 1L95A 143LA 4ARMA 108LA 3L64A 141LA 1L20A 1L83A 257LA 4EKQA 1L28A 1L76A 2RB1X 198LA 192LA 3SB6A 1L44A 1WTHA 236LA 1T8FA 220LA 3HTFA 1L36A 4OO9A 1L86A 156LA 142LA 1PQJA 233LA 4LZMA 2RBSA 241LA 3HUQA 1LYJA 1QT5A 1L03A 190LA 3OE9A 3DMZA 1C68A 1TLAA 1OVJA 4W53A 1L91A 1NHBA 260LA 157LA 1L18A 4W56A 149LA 177LA 3SBBC 3GUIA 1QT3A 1D3NA 3HH3A 3V2YA 1D2YA 1C6PA 113LA 195LA 174LA 170LA 238LA 1L33A 2B74A 1OWZA 4W54A 1L02A 2LZMA 261LA 2Z6BA 3HU9A 3SB7A 1LI2A 1L24A 218LA 3HH6A 4EXMA 1L51A 239LA 1L34A 1C6IA 1L25A 1LYGA 245LA 1L07A 3DN2A 1LPYA 2RBQA 1CU3A 3HWLA 3PDSA 4YXCA 3SBAA 3RUNA 1L41A 3VW7A 1I6SA 1QUOA 4LDEA 158LA 1CV1A 166LA 3JR6A 4DAJA 3DNAA 1DYDA 226LA 1L16A 2F32A 1P7SA 1CV6A 3GUMA 1C6HA 3DN4A 224LA 2ANVA 3HH5A 1DYAA 2CUUA 252LA 1OV7A 196LA 4W52A 3DN1A 1C6BA 191LA 1QTCA 4LDLA 115LA 1L64A 150LA 1QSQA 2OTZX 262LA 1L30A 258LA 182LA 242LA 1L85A 1QT8A 4ARQB 1G0GA 3C82A 1SSWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LZ2A 3CDTA 3GULA 1OUHA 1CUQA 1LHKA 4QGZA 4IJ4A 8LYZA 1E8LA 2Q9DA 1DPXA 3W3EA 1CUPA 3D4SA 1L26A 1LZCA 2OEAX 1CX6A 146LA 5HLLA 1D3FA 253LA 1L89A 2DQCY 4ZPUA 1JTOL 4GCFA 1C69A 3UONA 103LA 3J4GA 1HEOA 2HECA 1CJ6A 2I6ZA 1QUTA 2B6ZA 222LA 138LA 1CJ8A 1P36A 3HDEA 4RLMA 1L97A 1L57A 1A2YC 3A3QA 2DQAA 1NF5A 1GE4A 1CU2A 234LA 6LYTA 1JQUA 2OU8A 4ARPA 4ARMB 4I7OA 2RAYX 4M6DA 1LW9A 3K3TA 1P64A 2O4WA 4NHTA 1W08A 4NGZA 1JSEA 3P64A 1LKRA 3C83A 1C08C 2HEAA 1LZSA 3AW7A 1JITA 2LCBA 3AYQA 1YKYX 4N1CC 2MEEA 183LA 1L46A 1KXYA 3QE8A 1QTDA 3LYMA 3IJUA 1H87A 2GV0A 1RE2A 2B70A 1XGRC 1L08A 3A92A 3IJVA 4XJFA 3CQLA 1ZYTA 215LA 3DN6A 4NGLA 2HUKA 4HJYA 3HTBA 2FYDA 4DD3A 1EPYA 1C6DA 1EQEA 188LA 1C6JA 1LGUA 1B5YA 1P2RA 4WLTA 1CKHA 209LA 3TMUA 4AQNA 1L94A 5HQ1A 1HFXA 1IWVA 4LYTA 3LN2A 5D5CA 2O7AA 2ZIJA 1INUA 1L56A 3A3RX 1DKKA 2Z12A 221LA 1GF5A 1CX7A 200LA 4II8A 1L09A 4K5YA 3V2WA 1BB4A 4XJIA 4PRQA 4GCCA 1QUDA 3CDVA 2NTHA 167LA 1L47A 171LA 4G4BA 3HH4A 1D6QA 4YOPA 2BQCA 4G9SA 1CKFA 1L0JA 147LA 168LA 1L61A 2I26L 1AZFA 4BAPA 4ANRA 4DWXA 1D0KA 1LYZA 2OE7X 4OWEA 1WTMA 1L79A 1QS5A 2Q0MX 1FLWA 1P5CA 3F8VA 4J7VA 1L59A 1L88A 3HFMY 2A7DA 159LA 3FADA 4QEQA 4EKRA 1B9OA 184LA 1C67A 4XYYA 1KW7A 4NSIA 4Z3MA 1WQMA 4ARLA 3EXDA 1GE2A 1L29A 1G7LC 1PQDA 3AGGG 3HBHA 3HUKA 1C6QA 1L11A 3A6CY 153LA 1P6YA 3TXKA 2YBJA 4J1BA 2YBHA 1DXJA 1VFBC 3W6AA 1L72A 1H6MA 109LA 1LSGA 2B75A 1IR7A 3QAKA 1CNSA 4KXIA 1L96A 2L78A 2RBOA 1GFAA 176LA 160LA 1YL1X 5J7CA 1NHEA 4B0DA 3AZ7A 4ML7A 232LA 2ANXA 3HBEX 1PQIA 250LA 130LA 3SB5A 1I20A 107LA 1LJIA 1G0QA 2HEDA 4WM1A 120LA 4YENA 1L60A 1LZBA 3GUJA 5T3FA 129LA 1SLYA 4QY9A 1V7TA 1LZ1A 1L69A 3CDOA 1T6HA 125LA 4NWEA 1L71A 2OU9A 3M3UA 1C6MA 4PRUA 110LA 2YBLA 1TDYA 1GDXA 1BWJA 1P56A 7LYZA 2HEFA 2Q9EA 1QS9A 2NTGA 2DQIY 1YILA 1C7PA 1J1OY 4HPIA 137LA 3AGHA 4J1AA 2BQEA 4LYMA 1G1VA 5KXWA 4H1PA 1IOCA 1GB9A 2BQAA 4EKQA 1IWYA 4B4IA 4LGKA 1WTHA 236LA 220LA 4W94A 3AB6A 1IR9A 142LA 1F6SA 1ZVHL 4RDSA 1BGIA 1OUBA 190LA 1YKZX 4N9RA 1C68A 2EPEA 4IASA 3WVXA 4WG1A 2YDGA 1IIZA 1NHBA 1NDGC 260LA 4YF2A 157LA 149LA 3TMWA 3GUIA 4HJZA 1G7JC 1J1XY 2BQHA 3HH3A 1HF4A 174LA 4D9ZA 170LA 4WM2A 4XENA 2EKSC 2LZMA 2Z6BA 1L24A 3EMSA 1L51A 5APDA 1L34A 4RW2A 2Z18A 1CJ7A 1GFJA 3DN2A 1LPYA 3HWLA 3PDSA 4NHQA 1I6SA 1LSMA 1LHLA 1WVVA 4N1EI 1JUGA 2BQBA 4ETEA 4H8XA 1CV6A 1C6HA 3OJPA 5F9XA 4UWNA 1C10A 1LHIA 3B0OA 3DN1A 1XEJA 5ILFA 1QTCA 115LA 4NGKA 2DQGY 4ARQB 4DDBA 1SSWA 1LZYA 1IWUA 1L22A 4I8SA 3B72A 1N4FA 2ZWBA 4B4EA 3WYHA 5LYMA 2B6XA 1KIQC 1I56A 4CHXA 152LA 1Z55A 5IHGA 2XTHA 1ALCA 3HDFA 3TXFA 3LZMA 122LA 1JTPL 1NWGA 2BQFA 1D0LA 1EL1A 1KS3A 3CT5A 3GUOA 1PZYA 1XGPC 2FYCA 2EQLA 139LA 251LA 3C8QA 4NHPA 2OU0X 4NWHA 2YBMA 229LA 205LA 5C6IA 1ZWNA 2G4QA 1C6EA 178LA 9LYZA 211LA 5KXZA 1G7MC 4ZEEA 1D9WA 255LA 4GCDA 1LSDA 1WQNA 4BS7A 1LMQA 4PK0A 4WLYA 2BQOA 1L54A 1PS5A 227LA 2RBPA 1L82A 3CSQA 1VEDA 3C80A 2W1YA 223LA 3HT6A 4WO6A 259LA 112LA 1HFYA 1LJHA 1IWXA 2BLXA 2IGCA 4EPFA 1LJGA 1REMA 1GFEA 235LA 1FLYA 144LA 5B1FA 5AMYA 5LZMA 1LI6A 5I4YA 1L73A 1EQ5A 193LA 5I53A 2A4TA 1T8GA 2MEBA 1NBYC 3AJNA 1L48A 1C6GA 4NGYA 1GB3A 4H8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LZ2 A;  3CDT A;  3GUL A;  1OUH A;  1CUQ A;  1LHK A;  4QGZ A;  4IJ4 A;  8LYZ A;  1E8L A;  2Q9D A;  1DPX A;  3W3E A;  1CUP A;  3D4S A;  1L26 A;  1LZC A;  2OEA X;  1CX6 A;  146L A;  5HLL A;  1D3F A;  253L A;  1L89 A;  2DQC Y;  4ZPU A;  1JTO L;  4GCF A;  1C69 A;  3UON A;  103L A;  3J4G A;  1HEO A;  2HEC A;  1CJ6 A;  2I6Z A;  1QUT A;  2B6Z A;  222L A;  138L A;  1CJ8 A;  1P36 A;  3HDE A;  4RLM A;  1L97 A;  1L57 A;  1A2Y C;  3A3Q A;  2DQA A;  1NF5 A;  1GE4 A;  1CU2 A;  234L A;  6LYT A;  1JQU A;  2OU8 A;  4ARP A;  4ARM B;  4I7O A;  2RAY X;  4M6D A;  1LW9 A;  3K3T A;  1P64 A;  2O4W A;  4NHT A;  1W08 A;  4NGZ A;  1JSE A;  3P64 A;  1LKR A;  3C83 A;  1C08 C;  2HEA A;  1LZS A;  3AW7 A;  1JIT A;  2LCB A;  3AYQ A;  1YKY X;  4N1C C;  2MEE A;  183L A;  1L46 A;  1KXY A;  3QE8 A;  1QTD A;  3LYM A;  3IJU A;  1H87 A;  2GV0 A;  1RE2 A;  2B70 A;  1XGR C;  1L08 A;  3A92 A;  3IJV A;  4XJF A;  3CQL A;  1ZYT A;  215L A;  3DN6 A;  4NGL A;  2HUK A;  4HJY A;  3HTB A;  2FYD A;  4DD3 A;  1EPY A;  1C6D A;  1EQE A;  188L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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