3S0CA

Transaldolase wt of thermoplasma acidophilum
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
MKIFLDTANIDEIRTGVNWGIVDGVTTNPTLISKEAVNGKKYGDIIREILKIVDGPVSVEVVSTKYEGMVEEARKIHGLGDNAVVKIPMTEDGLRAIKTLSSEHINTNCTLVFNPIQALLAAKAGVTYVSPFVGRLDDIGEDGMQIIDMIRTIFNNYIIKTQILVASIRNPIHVLRSAVIGADVVTVPFNVLKSLMKHPKTDEGLAKFLEDWKKVSPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Twisted Schiff base intermediates and substrate locale revise transaldolase mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Thermoplasma acidophilum
molecule keywords Probable transaldolase
total genus 81
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date 2011-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00923 TAL_FSA Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3s0cA00
4O11A 3M5VA 4M6VA 1WXJA 1S3HA 1IXNA 4K7YA 4UFMA 1FCBA 1VGAA 3GAYA 4ZQRA 5HINA 4OQVA 3W1AA 5F4XA 1SFJA 1B3OA 4Y90A 2YDAA 3L2IA 3CIWA 4CCCA 3M0ZA 3M43A 1OX5A 2RDUA 1YTKA 3LTPA 1G4SA 4GC4A 3DKLA 3IVTA 5HR6A 3CWOX 3UXDA 1Q6RA 1QMLA 1A5CA 2C16A 5G1TA 4UTTA 3LBMA 4N9BA 3UWZA 3NQCA 3C8FA 2A1YA 4JYFA 4FF7A 4FHAA 1O60A 1T8XA 4UMBA 4K39A 4CQAA 4ZQNA 3HPSA 3W71A 3IRDA 1THFD 1PVNA 5DXYA 1H5YA 1D3HA 1KFCA 1GVQA 2I9EA 1KM1A 1KM6A 1GVOA 5K2ZA 2VEIA 5I3GA 1SZEA 3P5ZA 1K7XA 1SSGA 3IIVA 1AL8A 3GR8A 3EWXA 3MBDA 5G5IA 4DEFA 5EL1A 1G67A 4HNTA 2NV2A 4JTIA 1RR2A 3IGSA 3STFA 1KFLA 1JRBA 3T4CA 3HGJA 3ABSA 1OFQA 3INPA 1XBYA 4WUIA 1H51A 1S5WA 2FIQA 1JUBA 1TQJA 1JCMP 3QMSA 1G7UA 4IX0A 2A0NA 3NM1A 3S42A 5DLCA 3QMRA 3OIXA 4UFKA 2E68A 4CCDA 2ZA1A 3UWUA 3L9CA 3PUDA 1EIXA 3LHZA 3O16A 1NF7A 1EUAA 1LTDA 2RH9A 4RLIA 2XN2A 1YPIA 1KM5A 4MOZA 3LERA 3W22A 5D03A 1ZENA 1ZCOA 3KVJA 2RFGA 2NWRA 2A85A 1VQTA 2XN1A 2I14A 1K7FA 4LV4A 5A8GA 3NQFA 3MHUA 3N19B 4B5NA 1LDCA 1MEWA 4MLJA 3THAA 2NUWA 3W7IA 1ZFJA 4NNAA 1QO5A 4O53A 1XDLA 4BI7A 4IWWA 2PE4A 3W1NA 4AEOA 3TSDA 4MVAA 4DBDA 3ZR4A 1SR9A 3JS3A 2FPYA 1LLWA 1W0MA 3IIZA 2CLLA 2GQ8A 4RZ6A 1TJPA 4N9CA 3W2JA 3I7SA 3UD6A 5AC8A 1DOSA 3GX9A 3NNTA 1KW1A 2WSQA 4H6KA 2QCLA 4IPJA 1PHQA 4JYDA 1YADA 1SO6A 4WD0A 3SSJA 3N34A 2QJHA 3LI0A 2G95A 2VFGA 1RQEA 4MY8A 3BARA 3EWUA 4LS0A 3LHUA 4QNEA 1OF6A 5KINA 3DXIA 5EMUA 1DV7A 3S5NA 2Y6ZA 1E51A 4O12A 3BVJA 4N4PA 4OBTA 2E77A 1QDSA 2R14A 5LNSA 5CPOA 4DPPA 4LV9A 1SO5A 5AHMA 3LOTA 1LM1A 5FF7A 3W1RA 5K4ZA 1RV8A 1T0OA 4LVGA 3LXBA 5H91A 2OT0A 3OEXA 3FA5A 2NZLA 1JJKA 1DVJA 4O0KA 4QITA 3DHFA 1X1OA 4E38A 3THQA 1UB3A 1F05A 2WNZA 1TJRA 1VPXA 3MI2A 2HTMA 3O15A 5D2XA 4RCXA 2A7NA 1LOSA 1IIGA 3DI0A 4JTEA 1TV7A 1W5QA 1XBXA 4WXZA 2C3ZA 4P2VA 5CGQA 1VLIA 4Z1CA 4NU7A 1FUYA 1W5PA 5FI8A 2A5HA 3TR2A 3O6DA 3I7QA 3MI6A 1H60A 3FYPA 4O1DA 5HWMA 3RLVA 5DBUA 2VELA 3NO5A 1YDVA 2YX0A 1XI3A 2GQAA 3QRHA 2YSWA 1TPH1 4K7VA 3TH6A 1TB3A 1QPRA 1QNVA 4UTJA 1CX9A 1RVGA 4O17A 1GVRA 3TJXA 1IXPA 3O8AA 3KVKA 5FEWA 3BG5A 3G1DA 4NQ1A 3CIXA 3IGXA 3P8IA 2HMCA 5IBXA 3NDOA 3C2FA 1GEQA 3F4WA 1RD5A 3QSTA 4UFJA 1M5WA 4POCA 4FNPA 4XWUA 1L6SA 3N3MA 2ZZ2A 3Q37A 4LT9A 4LUIA 3RK8A 1QOQA 3VI2A 2FTPA 2CFFA 5KMYA 3E02A 5D02A 5HUPA 1OABA 1ICQA 3NQGA 4JY8A 2H90A 1P5BA 1W3TA 4O14A 5AB3A 2BZNA 3W2KA 4UTTC 5F2LA 3LV5A 3EWWA 3EWBX 1OF8A 1YDOA 3FEMA 3R5EA 4I7VA 2C19A 3EX3A 4FX8A 4NZJA 2ZRVA 3BW3A 3B04A 3PB2A 1HG3A 3G1SA 1YLVA 4HNVA 3OVPA 3UXAA 3PVFA 2QCNA 3PBWA 2KZHA 2VENA 1MEHA 1Q3NA 1Z48A 5KITA 1YTDA 1Z44A 2NXHA 3M9YA 4RR4A 3PB0A 3TSBA 4JTUA 3KHJA 1OK6A 1UCWA 3PF3A 4NZFA 3W7PA 5DXXA 2E6AA 1GYLA 4PL2A 5F2IA 1TCDA 1TRIA 4O1BA 2ZZ7A 1WA3A 1U83A 4WXYA 4ORMA 5T26A 2J6XA 1GT8A 3LLDA 3W7EA 1KFJA 3W1MA 3BK0A 1MO0A 1P0KA 5D05A 2A7PA 4J9JA 5BMXA 4LVAA 2ZRYA 4I7WA 4QIUA 3KVLA 1ALDA 3UQNA 2B0MA 2ZDRA 5C54A 1WBJA 3USBA 3S5YA 4Q33A 3HG4A 3PULA 3LHVA 3CEUA 2A7RA 3PSWA 1K3UA 4JTLA 1ZJIA 2V2DA 3MJYA 3P82A 4KKXA 4GUHA 4JGDA 1W1ZA 3W3OA 2PCQA 3E96A 2WPBA 4N2YA 4WY0F 1LZOA 2ZZ1A 3TK7A 2ZZ5A 5KZDA 4O0ZA 3OVQA 1R46A 3C3NA 4E2BA 3BGJA 4Z1AA 3O1NA 4JX4A 3CWNA 1ZHAA 4DF2A 5I3IA 3W7LA 3G0UA 4Z0JA 4UTKA 4IMEA 1KM4A 2FQIA 3F03K 3TQVA 5CZTA 4ADTA 3GB6A 2DZXA 2H8ZA 2Q8LA 4AWUA 1H50A 4IXHA 2R8WA 1WAUA 3TMQA 3W87A 1W56A 1KM0A 3SW6A 5H2ZA 1GQNA 4IOTA 3HQ1A 1I2RA 2XN0A 2BWGA 4EWND 3ZWTA 2V2CA 3SIZA 1L2UA 3DKJA 4UUIA 3SZ8A 5AN7A 1C29A 3NQAA 5LHFA 2E6DA 2C6QA 4RXGA 1ZNNA 1FWSA 4AHOA 4JTKA 2W6RA 1F76A 2NUYA 1OFPA 4U28A 3LB0A 3NPWA 4X9SA 3VNDA 3DI1A 4JDBA 3G22A 1FCVA 1GVSA 3GVGA 3H53A 4ADSA 4QISA 2ZRZA 1S5TA 1OFEA 5LKYA 2ZTJA 3V1PA 3SECA 2FJKA 5DY2A 2ABAA 1EWDA 1J5TA 1ME8A 3GXNA 4IPIA 4GNJA 4A2SA 3BO9A 2R94A 3C2VA 3W76A 2GQ9A 1PCKA 4OHQA 3G24A 1ZAHA 4QJ1A 4N6FA 2H3DA 2OJPA 2ISVA 2X1TA 4K36A 3TW6A 1VRDA 3EX4A 5D33A 4CLMA 1GTEA 3PBUA 1H7RA 1K7EA 2Z2UA 3L66A 4LWWA 3NXFA 4RV8A 4CNNA 2GUUA 3ATYA 4LOCA 1H61A 3DBPA 3STCA 3IIXA 2CLFA 3ELFA 3UWYA 2VFDA 1OYAA 2ZQ0A 4A3UA 1AK5A 3W7JA 4GUIA 2DZVA 1EP3A 3G1YA 3DH7A 4FNSA 3LGEA 4FIRA 3QF0A 2Y61A 5F1VA 1J2WA 3CC1A 1A53A 1I45A 3W1PA 2QR6A 4HN4A 3SGUA 4MUZA 1NEYA 1EPXA 4TO8A 3QQ1A 3ZS4A 2QDGA 3W7HA 1KM2A 4RJEA 2GOUA 4TU1A 3P84A 3M5ZA 4RZ5A 1FXQA 4MJMA 5K4XA 1QOPA 3IIOA 4FNTA 5FESA 2QAPA 4JY9A 5LSMA 4FXRA 3HGSA 5FEPA 4LRTA 2X1RA 1JULA 3NAVA 1A50A 4PL1A 5C5YA 4DXVA 4ZQPA 2P1FA 2QCFA 1J4EA 3A9IA 3N9SA 1FWNA 3STEA 2F7FA 3KFTA 3DZ1A 3LV6A 2QCGA 2RDTA 3EWZA 5AYXA 5ABTA 3UYCA 3FLUA 3PBYA 1RZMA 1X8FA 4X2RA 5AYYA 1I2PA 5CSSA 3W84A 3GYEA 2A2IA 2Y62A 3EXSA 3KRSA 1XL9A 4K38A 1S5VA 2YCEA 2PURA 1GPWA 1W8SA 4NVTA 4WY0B 2DZTA 3TSMA 1H7NA 2YXGA 3W1QA 3C56A 3SI9A 1UUMA 5AC7A 1QCWA 3NQ7A 1XM3A 2CZ5A 3HMJG 3L5MA 4ZQMA 3G8EA 5LGXA 5EKYA 1QFEA 1JCNA 1XCFA 2WSRA 5AC6A 2B7QA 5LNUA 5LZLA 2QCHA 1K8YA 3DHDA 2E1DA 3TFXA 3HPZA 3W7KA 4OV4A 3FFSA 1OFDA 4N4QA 5I3FA 1AW5A 3LRMA 4DBEA 1BKSA 3A5FA 1GG1A 2HS8A 2YW3A 1IIHA 1F73A 3A24A 3T55A 3WJYA 1H62A 2WQPA 4UR7A 4GBUA 4ALDA 4DO4A 3TAOA 4ONVA 1LRNA 4GFSA 3UPWA 3ABQA 1KFBA 3W86A 1JR1A 4Y96A 3HJZA 1ME7A 4O16A 2GJLA 4WY0A 1Z41A 2PRLA 1OK4A 1SZFA 4CQ9A 1OG0A 3HG5A 4KFOA 1PE1A 3JR2A 2WJZA 3CHVA 5KSWA 4FEZA 3IGUA 4JTFA 3TW7A 4JTSA 3NQ2A 1FBAA 3LRLA 1W5OA 1L6YA 5EY5A 1FWRA 2JKAA 4BK9A 3CLMA 5K3VA 4WOZA 2JK2A 3SR7A 4XBSA 1Y0EA 5LNWA 1DQWA 4UCGA 4UTMA 1CW2A 4NUWA 3L5AA 4QQ3A 3NVTA 1G4TA 2B7NA 3GKFA 4MFEA 4YCOA 1FDJA 4JXCA 3S5OA 1D3GA 4FX6M 1VCVA 2QCDB 5D04C 4FX7A 3QW3A 3WJSA 1P1XA 3CM4A 2AAMA 2NXGA 2CU0A 2VEPA 3MP3A 3O05A 1SSDA 1JVNA 1VJIA 1KTBA 3R12A 1ZALA 5CPLA 4OU1A 5FF0A 4XQ6A 1X7FA 3LCFA 1RQHA 1TTPA 3FS2A 3MHFA 2OX1A 1N7KA 2TPSA 1TPC1 1FDZA 3NOEA 5EBUA 1N8FA 4CCEA 4OGZA 2ZFAA 1LORA 3M16A 4OV9A 2DJXA 3LDVA 2V82A 1PIIA 4JEQA 1KV8A 2G5WA 2J24A 1OYBA 3S1UA 3O07A 3TUUA 1TV8A 1VHCA 5CPMA 1SPQA 4HSOA 5F2MA 1YTEA 1LRTA 3RU6A 2Y7FA 1TPB1 1DQXA 2QCDA 3QQ0A 5A5WA 5BOOA 1HFBA 4IXXA 4S2CA 4TIMA 5TIMA 1FDYA 1M7PA 1H1YA 1TQXA 4AB4A 4CNOA 3HGRA 4L4LA 1IGSA 2NX3A 4AXKA 5CG7A 1ICSA 1WDWA 3WK3A 4N02A 1TPWA 2QJIA 3W7NA 3TAKA 4BWLA 5G2WA 3K30A 3TMLA 1VS1A 4GWEA 4FIQA 3C0JA 1U5JA 2J88A 1VLWA 3B4UA 3T7VA 4OT7A 3GXTA 4LS1A 1Q6QA 5G2HA 1VYSX 4ZVJA 3M1ZA 4GUFA 1BWKA 1I2QA 5DBTA 1JUKA 5DCEA 1LOLA 2YYTA 1LOQA 2VFIA 3NPUA 4DF0A 4DQWA 4CNPA 1I2OA 4HNUA 2CLKA 1Q6OA 1GJPA 1UBSA 2ZA2A 1XKYA 3LCLA 1QPQA 3W2LA 3PR2A 3O06A 3WK0A 2E5DA 1YYAA 4RKAA 2ATSA 1HTIA 4ICNA 1OFOA 4JTGA 3C2RA 3GDLA 4O50A 6TIMA 2OCZA 1O94A 3Q58A 4EVZA 4JIPA 2EPHA 5BNKA 1GOXA 1B57A 1B9BA 3KX6A 4H4IA 1PS9A 2EF9A 5D37A 4HNNA 4JS3A 2W79A 2QF7A 2FFCA 4MLRA 1UJPA 3DAQA 5HR7A 3W1LA 4GUJA 1H7WA 4NX0A 4NNCA 4PTNA 2C18A 3STGA 4K6AA 4HHPA 1F2JA 4IMGA 2ABBA 4TMCA 2Y88A 3MMTA 3TU9A 3L68A 1BWLA 2FPVA 3W73A 2CLMA 4NT0A 1LBMA 1XXXA 2WO5A 3PUOA 3W7MA 1M7OA 3W7DA 4N6EA 4Y9AA 1AMKA 1A5BA 1ONRA 3O6YX 3E49A 4G1KA 3FIGA 4A22A 1TYGA 4N9DA 1NVMA 1OFRA 3FOKA 3NQEA 3DFTA 4BI5A 3PS7A 4HKPA 4JD4A 3R2GA 3DENA 1VC4A 3G1AA 1WV2A 2NUXA 5KTLA 3MUXA 5LHEA 1WBHA 2Z6IA 2CLIA 3W6YA 3G1FA 3ATZA 3NZRA 5FEXA 1SO4A 4JTTA 3P8JA 4ORIA 5HULA 2JKPA 2V2HA 4CQ8A 4L4MA 5LGZA 2IQTA 4OWGA 3PG8A 1VYPX 3P5YA 5J5RA 1KFKA 3D0CA 3TA6A 3B8DA 1TPDA 4AVFA 4BF9A 3LX9A 1G7VA 3T78A 2Z0IA 4R53A 3QSRA 4PODA 5EPDA 6ALDA 3LM7A 1H7OA 1F74A 4NJHA 2TRSA 3IEBA 2V30A 1YPFA 3Q94A 3BW4A 3KOFA 1QAPA 1QR7A 4Q32A 4FXSA 1YXDA 2V5BA 3MP4A 1UUOA 5DCDA 5D2VA 5FF3A 1O4UA 1XBZA 2H6RA 1G4EA 3TX9A 4FO4A 4QM1A 4WX2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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