3S85A

Discovery of new hiv protease inhibitors with potential for convenient dosing and reduced side effects: a-790742 and a-792611.
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease/reverse transcriptase
publication title 2-Pyridyl P1'-substituted symmetry-based human immunodeficiency virus protease inhibitors (A-792611 and A-790742) with potential for convenient dosing and reduced side effects.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-05-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s85A00
5BRYA 5P1HA 3KFNA 5KQFA 2AIDA 2G1RA 3KFRA 5P65A 4I0JA 1IBQA 3PGIA 3QN8A 4WY1A 5P7MA 1HPOA 1IZHA 1D4SA 2OHLA 3APPA 1J71A 4CPTA 4RVIA 4ER1E 2AOEA 2BPVA 1PPLE 4DI2A 1ODXA 4Y51A 5P1LA 3KMYA 2AZCA 1BVEA 3QBHA 5HE7A 5P04A 5P4KA 3LZVA 5OZ9A 3UDMA 3S85A 1C6XA 4NPTA 3OQ7A 3Q4BA 1A30A 3UF3A 1FQ4A 5P6OA 4GJCA 1A94A 4DQFA 1YT9A 3VFAA 5ER2E 4ER4E 5HDXA 1D4LA 4Y4AA 1T7KA 5P81A 2J9KA 4Y5PA 4Y5GA 3EL5A 3INFA 4LAPA 2FXDA 5P2FA 5P2WA 5P2CA 4CKUA 2AOJA 2PH6A 5P1NA 2NMYA 2JXRA 4LXKA 5P6VA 1XN2A 2NPHA 4HA5A 2WEDA 3LZUA 1EPPE 5P4RA 1DMPA 3UCBA 2HC0A 5IVSA 5P2HA 1HTGA 3OAGB 3O9EA 2UXZA 3TH9A 3QRSA 5P8IA 2ANLA 4EQ0A 3K4VA 1EPME 3WB5A 5OYRA 3EM3A 1HSGA 1KJGA 3VG1A 1TCWA 4L7GA 5P4MA 3S56A 1XN3A 5P3AA 3SQFA 4BFDA 4RYGA 1VIJA 2PK5A 3MSLA 3MWSA 5P5EA 5P55A 4Q1XA 5HE5A 1MTRA 1EAGA 3ER5E 5P47A 3LINA 3SKGA 5COPA 4YHQA 4J0VA 2PYMA 4CPUA 4PYVA 4ZE6A 4DJWA 3PEPA 3PLLA 1BAIA 4Y44A 2IENA 4IVTA 5OYSA 2R9BA 4HLAA 1ZSFA 5P64A 3EM4A 1GKTA 4CPQA 3BRAA 2IS0A 3INEA 1BXOA 2NTRA 4Y5EA 2VIYA 2QHZA 2B42A 5AGZA 2UPJA 3FV3A 4FM8A 5P6IA 4YBFA 4Z22A 5P0BA 2QCIA 1EPLE 4H3JA 3O9FA 3EL9A 5P0ZA 5KQXA 4FAFA 5P0MA 3Q6YA 3MXEA 5P88A 2V16C 3LIXA 7HVPA 5P8MA 1FG6C 4I0IA 3UQWA 6FIVA 5P0WA 2QP8A 1LS5A 5P3UA 4A4QA 3I8WA 2AODA 5P03A 5P73A 3ZLQA 1WKRA 5P4IA 5OZ3A 3HBOA 4APRE 2I4DA 5P26A 3BGCA 4DQGA 4RYCA 3UDYA 4D8CA 4GJDA 1RL8A 2RSPA 5P8UA 4FSLA 3Q3TA 5P1AA 1OHRA 3SA5A 2V0ZC 3GI5A 2FDEA 4Y5CA 3SPKA 3TOHA 1VIKA 4PPHA 3NU5A 5P44A 3FNSA 4GJ7A 3IA9A 1EC1A 4HDFA 1G2KA 5P8QA 2VA5A 5P3YA 5P6GA 5P7NA 4K4RA 3KMXA 4Y53A 4Y3NA 5OZ5A 4Y43A 1AAQA 5P4ZA 1BV7A 4FCOA 4YA8A 2FDPA 3L38A 4Y45A 5COKA 4WTUA 1YM4A 4A6CA 4KE1A 5OYQA 3TPLA 3OUBA 3T11A 5P3XA 1B5FA 3CICA 5P5GA 4Y4GA 2WHHA 5P4PA 3SA4A 3OK9A 3C9XA 4OC6A 2ZYEA 1EC2A 1MT7A 5P4CA 5P0VA 5P32A 4M8XA 3NU3A 2O4SA 4YBIA 4PZWA 1HVKA 1B6KA 2G69A 3T7PA 2F3KA 3HLOA 4Q1WA 5P07A 3MSJA 1LZQA 1F34A 2BPXA 4IVSA 4Y3LA 1MESA 4Y3FA 3D91A 1DW6C 2ZHRA 3IXKA 5P6KA 4Y3QA 4Y3EA 5P2DA 5I70A 2I4XA 4Y3SA 4YD7A 1UH7A 4Y5MA 3ZKNA 5P7XA 1KJ7A 5P5NA 5P85A 4MC1A 1LYAA 2MIPA 2XFJA 2XFIA 1HOSA 1QDMA 1IVPA 2B8VA 5P0NA 5P27A 2PH8A 3CKPA 5OZ7A 2QZWA 1ZPKA 5KR0A 3PLDA 2ZHVA 4J54A 5P3SA 4BEKA 4FRSA 2PSUA 5P60A 1G6LA 3ZL7A 5KOQA 3D1XA 1BWAA 5P71A 4D83A 5DGUA 5SZ9A 2NNKA 4I0FA 5P3NA 1U8GA 1EBYA 1OEWA 4NJUA 2QAKA 4FSEA 3S53A 3HW1A 4D85A 5P62A 1FKNA 3PJ6A 2QZKA 4RROA 2VJ7A 5P13A 5DR0A 2WL0A 4DJVA 1K2CA 3LZSA 5AH9A 5P1OA 5P22A 2BKTA 3DV1A 4J1EA 2G94A 5OZHA 1HSHA 5P17A 4RGHA 2J9JA 3T3CA 3VYDA 3NSHA 3S54A 3UDHA 4L6BA 5P8DA 3ZKIA 5EZXA 4J0TA 1HSIA 3QS1A 2NXDA 5P4XA 5P5VA 3OU3A 5P4FA 5P6QA 4FAEA 5P2SA 2WF1A 4GJBA 1SIPA 3K1WA 4ZLSA 2RENA 1PPME 3O9DA 3PMUA 5P75A 2AVMA 7UPJA 1MTBA 5P08A 3R2FA 5P4EA 5P6SA 3IVIA 1XE6A 5P0CA 2AVQA 3ZPSA 4F76A 5P1WA 1MSNA 1NPWA 5P4WA 5I3WA 5P5PA 2WEZA 3M9FA 3HD8A 4LHHA 5DR1A 5P72A 1W6IA 5P8BA 2V10C 1ODYA 2R5QA 4YOBA 5AHCA 3HZCA 3VV8A 5P8CA 3KDCA 3SA6A 3JVYA 5PEPA 2OHNA 3BXSA 4Y5BA 5P3DA 3SA3A 5P35A 1HXBA 2UY0A 2WJOA 5F00A 4I12A 2R43A 4R92A 5P43A 4DJOA 1RQ9A 1DIFA 4ACUA 5P1MA 2HAHA 1T7JA 5E5JA 5KOSA 1FB7A 4GJ5A 2FGVA 1FLHA 4R5NA 4QGIA 2QMFA 5P7IA 3OOZA 5P7EA 4L1AA 3OUDA 4B05A 3NDUA 5ENMA 2ZHSA 2QD6A 1D4JA 3NXNA 4I10A 1EEDP 4HDBA 1SGUA 4Y5KA 5P1CA 2ER6E 5P0UA 1PSOE 4I0DA 5OZLA 5P3OA 3ZPUA 4PHVA 4Y4ZA 5P3JA 4Y38A 5P5OA 3LIVA 3SFCA 1PSAA 5P2QA 5P58A 1NPVA 4ZIPA 4DJRA 2HPEA 4TRYA 4YD3A 3UDNA 1GNMA 5P6EA 5P14A 1M0BA 3OUCA 1HVHA 2ER0E 5OYYA 2VA7A 2BJUA 5P6RA 3K5FA 2V12C 4L7JA 1FQ8A 5P1RA 3OHHA 2QNQA 4XX4A 2QI6A 4RLDA 1XS7D 5C9DA 4TVGA 3ZMGA 2ZJNA 5TOLA 1W5XA 1AIDA 5P0QA 3BGBA 3UFLA 4Y4UA 2HIZA 1LEEA 5P25A 1LF3A 1NPAA 3OUAA 4JPEA 5P52A 3DK1A 4Y9WA 1MT9A 2XYFA 3ZKXA 2QU2A 3IXOA 5P76A 3KDBA 3R4BA 5P5SA 2VJ9A 5DQ5A 3S43A 1FMUA 4Y4WA 3TPRA 5AHBA 3VFBA 3S7LA 5P12A 1BDLA 3URIA 5P2EA 3ZOVA 5OZUA 2XFKA 1HVSA 5KR2A 2CENA 1UPJA 5P3FA 2QMGA 3PSGA 3QBFA 1T6GA 5P48A 3ST5A 4Y3ZA 2NMZA 6APRE 5P7YA 2WEAA 4Y3WA 4DH6A 3I7EA 1DAZC 4YDFA 3SLZA 4D88A 5DQ4A 1XDHA 4CPRA 2NXLA 1DPJA 5P00A 1QBSA 3VYFA 2Z54A 4QJ2A 1EBZA 1IDBA 5P33A 5P3EA 5IVTA 3NU9A 4NJTA 5CONA 4Y3JA 4Y3GA 1SH9A 3O9GA 1HHPA 3NDXA 3O9LA 5P7DA 3EMYA 4YE3A 5P2UA 2IL2A 5P8EA 2VKMA 4AUCA 2JYSA 3OQKA 3OGPA 2RKFA 4Y3RA 1FQ5A 1KJFA 3EL0A 5P6XA 5P8KA 5P6PA 1HTEA 2Q54A 2OAHA 4QJ6A 4J0PA 3ZKGA 5P0PA 1SP5A 1HWRA 5P0EA 4OD9A 2IKOA 1Z8CA 5C9FA 2PK6A 3TKGA 2WEBA 4AMTA 5OZ6A 2G1YA 3NR6A 5P6NA 1HVJA 1SMRA 5OZCA 5IVRA 3CKTA 1HIHA 1B11A 5P5CA 1FQ6A 2G20A 3KYRA 3RSXA 1TW7A 2R5PA 1QS8A 5P79A 3IVHA 5P2KA 5P2XA 2QHCA 3OADA 2QNNA 2VA6A 3KFPA 5DPZA 5P1UA 1PPKE 5P7BA 4HE9A 1D4IA 3UPJA 1HEGE 5P56A 1QRPE 1B6LA 1LYBB 2IQGA 3QVIA 4Y36A 4J1HA 3ECGA 1HTFA 5P53A 1TSUA 3FX5A 2QI0A 5P67A 1K6TA 3IGBA 4B0QA 2ZE1A 4R93A 1GNNA 3NWXA 3QI1A 1IZIA 5P8VA 5P6TA 3DCKA 3OY4A 1HTRB 5P6WA 1EBKC 3S2OA 5P8PA 5P7AA 1HIVA 2G26A 4ZSRA 3TPPA 3T7QA 2OHRA 2PMAA 4M8YA 3FKTA 5P1GA 5P87A 3GGXA 5P4SA 3WZ8A 5P1VA 2BQVA 4Y3YA 3KA2A 2BB9A 5OYZA 3AIDA 5P84A 4EJDA 1FGCC 4ZSMA 3FSMA 2P3DA 5P3CA 1MVPA 4FIVA 3BVBA 3OU1A 1SDTA 3ZPTA 1YTGA 3QIHA 5P3BA 3FNUA 5P6DA 3F9QA 3UDKA 3GGAA 1WBKA 3NUOA 5P6LA 2BPYA 4B1DA 2IDWA 1ZP8A 1OEXA 4YD4A 5IE1A 1MRXA 1UH8A 3PBZA 5ISKA 2ZJIA 3Q70A 3GI4A 4Y57A 5HU0A 1LYAB 5P2VA 5P7FA 4XX3A 4J1FA 1GVTA 3EKQA 4Y35A 5P7VA 2WF4A 5OZWA 3PVKA 3DV5A 1YG9A 4QJ9A 5DR3A 3H5BA 3OAGA 1BDRA 3CYXA 2JE4A 5P1BA 3I6OA 3D3TA 3OU4B 5P4VA 3UDRA 2FGUA 5P8LA 5HTZA 2B7FA 1DP5A 2QI1A 3KFSA 1FFFC 5P2YA 1YM2A 5P8JA 3L5BA 1YTHA 4Y5NA 4EHCA 1ZAPA 4YD6A 2Q5KA 4ZSPA 5P0SA 2QI4A 4GJAA 1IVQA 2IRZA 5P19A 1D4KA 5P8SA 1XE5A 4CPWA 3OQDA 3T6IA 4FS4A 4YCKA 2A1EA 4Y37A 1YTIA 1B6MA 3OXXA 1ENTE 2AZ9A 1HVLA 5OZDA 1QBRA 4EYRA 1HVRA 2J9JB 3GW5A 4DPIA 3KN0A 1FFIC 5OZQA 2VJ6A 5P3VA 1W6HA 3OXVA 5P4HA 2H6TA 3N4LA 5OZPA 3QRMA 2HPFA 2RKGA 5P2ZA 5OZTA 2BBBA 3BXRA 1RPIA 4AA9A 5P36A 5P5UA 5B18A 4EQJA 5P5AA 4EP3A 3OWNA 3VV7A 5HE4A 5P0GA 2AVVA 2OHQA 5P1PA 4R8YA 5OZSA 1FEJC 1META 2F8GA 2AOFA 5P2JA 4Y3HA 2VNMA 5P4AA 5P8FA 5OYXA 3FNTA 3OXCA 5P5BA 1TQFA 3VLBA 3ZKMA 4I11A 3VSXA 3PM4A 2Q3KA 3VSWA 2AZBA 4DJPA 1AXAA 5P41A 1BV9A 5P7HA 1GVXA 3APRE 3INHA 4EWOA 2O4PA 3CKRA 4NKKA 2AZ8A 4ACXA 2AOCA 1SDUA 5P6ZA 5P7ZA 4YOAA 4I8WA 1HEFE 5P4DA 3TOGA 3SA7A 5OYWA 4PZXA 4L1AB 3OUDB 3VLAA 3EKPA 4Y56A 4DJQA 3G70A 5P6CA 3FIVA 1M4HA 3R0WA 1APTE 4YDGA 4QJ8A 4FRIA 5IVQA 3QPJA 2FNSA 2JJJA 5P34A 3K5DA 2ASIA 3QVCA 2R38A 2ZHTA 5P31A 3LPJA 5OZ2A 5P1JA 5P5JA 3IXJA 4TRZA 3INDA 3VF5A 3UQXA 3PSUA 2ZJKA 3GGUA 3URJA 3JW2A 4K4QA 3RTNA 5I3YA 2F81A 3OOTA 4KE0A 5T4SA 3EKWA 5P4UA 3CMSA 5P7KA 2EWYA 1F7AA 5HD0A 5P51A 1EBWA 4I1CA 2Q15A 2QI7A 4B70A 4OBZB 3DJKA 1CZIE 1MRWA 5OZBA 5P0YA 5P4LA 1TCXA 5P1IA 4LXMA 5P78A 5ISJA 3RSVA 2P4JA 1MIQA 3AUPA 3RTHA 2P3CA 5P1FA 5P39A 2AOIA 4H3GA 2PC0A 2F80A 4Y50A 3WZ6A 1KJ4A 5OZZA 4L7HA 5OZOA 5P2IA 5OZMA 5F01A 5HCTA 4H3FA 5P7PA 9HVPA 3ER3E 4Y54A 5KR8A 1D4YA 3PHVA 3T7XA 1A8KA 3TNEA 4X2LA 5P66A 5P1KA 2PSGA 4OBGA 3S43B 5P2NA 1HPSA 2Q64A 1SMEA 3UDQA 2G27A 2G1OA 2ZHUA 3WSJA 3EM6A 4MC2A 3L59A 4HEGA 4JPCA 2ZJHA 5P6HA 2P3AA 5P86A 5P3LA 2VNNA 3TLHA 5I3VA 4LXAA 5P4YA 5P7SA 1HVIA 4H1EA 3KM4A 4Q5MA 1G35A 2P8HA 4B1EA 2FXEA 3L5FA 4I8ZA 2I1AA 4A6BA 2QMDA 4Y58A 1T3RA 4Y47A 4WY6A 5P5ZA 4I0EA 4Y5LA 3PCWA 3EKVA 1UH9A 2QU3A 1IZDA 1EPOE 4Y4XA 2QNPA 3PRSA 4DUSA 5P4NA 3UFNA 4Y39A 1EC0A 1LYWA 2SAMA 1A8GA 1FIVA 2FMBA 1Z1RA 5P0OA 5P20A 5DQ2A 4CPXA 5P4QA 3IN3A 1E82E 5P63A 1W51A 5OYTA 2NR6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5BRY A;  5P1H A;  3KFN A;  5KQF A;  2AID A;  2G1R A;  3KFR A;  5P65 A;  4I0J A;  1IBQ A;  3PGI A;  3QN8 A;  4WY1 A;  5P7M A;  1HPO A;  1IZH A;  1D4S A;  2OHL A;  3APP A;  1J71 A;  4CPT A;  4RVI A;  4ER1 E;  2AOE A;  2BPV A;  1PPL E;  4DI2 A;  1ODX A;  4Y51 A;  5P1L A;  3KMY A;  2AZC A;  1BVE A;  3QBH A;  5HE7 A;  5P04 A;  5P4K A;  3LZV A;  5OZ9 A;  3UDM A;  3S85 A;  1C6X A;  4NPT A;  3OQ7 A;  3Q4B A;  1A30 A;  3UF3 A;  1FQ4 A;  5P6O A;  4GJC A;  1A94 A;  4DQF A;  1YT9 A;  3VFA A;  5ER2 E;  4ER4 E;  5HDX A;  1D4L A;  4Y4A A;  1T7K A;  5P81 A;  2J9K A;  4Y5P A;  4Y5G A;  3EL5 A;  3INF A;  4LAP A;  2FXD A;  5P2F A;  5P2W A;  5P2C A;  4CKU A;  2AOJ A;  2PH6 A;  5P1N A;  2NMY A;  2JXR A;  4LXK A;  5P6V A;  1XN2 A;  2NPH A;  4HA5 A;  2WED A;  3LZU A;  1EPP E;  5P4R A;  1DMP A;  3UCB A;  2HC0 A;  5IVS A;  5P2H A;  1HTG A;  3OAG B;  3O9E A;  2UXZ A;  3TH9 A;  3QRS A;  5P8I A;  2ANL A;  4EQ0 A;  3K4V A;  1EPM E;  3WB5 A;  5OYR A;  3EM3 A;  1HSG A;  1KJG A;  3VG1 A;  1TCW A;  4L7G A;  5P4M A;  3S56 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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