3S9LC

Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the n-lobe, cryocooled 2
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
Knots found
sequence length
674
structure length
515
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords Transferrin receptor protein 1
publication title How the binding of human transferrin primes the transferrin receptor potentiating iron release at endosomal pH.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 115
structure length 515
sequence length 674
chains with identical sequence D
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9lC02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9lC01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9lC03
1LB8A 5F7VA 4U4SA 1D9VA 3PUWE 3MZBA 3PPNA 4XKPA 3T9XB 2F7AA 2O6AA 2RC8A 1B3FA 1MRPA 3MZ9A 3TTNA 5JTYB 4H67A 2AL4A 3H6VA 4KCDA 1POY1 1PBQA 2O84X 2XXYA 4UACA 1JW5A 4X48A 3FVGA 3S2VA 5I2NB 4F22A 3OO9A 1Z7NE 3O6HA 1MXXA 3KBRA 1ZMGA 4H65A 4QRZA 1SI0A 3I3VA 3DELB 3IK6B 3O66A 4U23A 1MPBA 3QXMA 1HSLA 3HSTA 2XX8A 4MBPA 4LONB 3KFMA 1N3XA 2H25A 3MW0A 1FQBA 4DXBA 1B7ZA 2QS3A 3HN0A 4Q8RA 4PETA 2YLNA 1PC3A 5AE4A 1Y1MA 2F8DA 1CB6A 3OD7A 2Q8JA 4F1YA 1TWYA 2I3VA 2ZYNA 3DM0A 2ZYOA 2XXPA 4E0WA 3U72A 2DE2A 5DTBA 2FYIA 5F1QA 1LCTA 1XOCA 4X9TA 5H8NA 4IGTA 1F9BA 2DWHA 4YB7A 4LZ8A 3TQWA 1AH5A 3H3GA 2I0CA 1VFDA 2HFBA 4OFOA 3E9XA 3KSJA 3OEKA 1XT8A 3IB0A 3PPRA 4JDFA 1A99A 2F7CA 5CI5A 2X26A 2CMOA 2W7YA 3O28A 3SEXA 3FJ7A 4IO5A 4JWXA 1FQEA 1XHYA 1OIBA 1TT1A 1PEBA 5I84A 4ELQA 4RNSA 1B46A 1N7XA 4G68A 4EF2A 3LUYA 4ZZEA 2DXRA 4F2QA 3PGFA 3T22A 3IOVA 3O97A 1P99A 2XXQA 3C36A 3LSFB 3PPPA 5DVFA 3EHTA 1A8EA 2DVZA 3UGWA 3CVGA 4MLVA 4H5GA 3K6WA 1OVBA 4QFLA 2O68A 4OEUA 1MDP1 1MG1A 4N13A 3PMWA 2YJPA 2VD3A 3BFTA 4F31B 5ICQA 2O1MA 2REJA 3CFZA 4XTCQ 1NH8A 2HAVA 3GBAA 4NF5B 4ONYA 3TODA 3DP4A 3OXNA 2Z23A 1FQDA 5KCJA 4GOTA 3VXCA 2Y84A 4MF3A 4ESXA 2Y7PA 2XXIA 5I59B 4NWDA 4R6KA 1RYOA 3M8UA 4F3PA 4NF6B 1DSNA 4YKPA 1GGGA 2F5XA 3KJTA 2WKYA 1I69A 2H98A 5HBCA 4EQBA 1LFIA 4F39A 3T66A 4R73A 3TZAA 1JVXA 3TFLA 1LBCA 4ZDMA 3U1OA 1R9LA 3HO7A 4YZZA 5KDTB 1NMUA 1LLSA 5CRYA 3OELA 5DYHA 4YICA 1LAFE 1WDNA 2NXOA 3TCGA 3VXBA 4XKQA 4Q5TA 5ELVA 1ZKBA 4F2OA 3MVWA 3OO6A 3C32A 4KI0E 3U93A 4DLDA 1MXWA 3MZ1A 2REGA 3B6WA 1GTKA 1JEVA 3IOWA 3C33A 5AA3A 1JW4A 2LAOA 4F3BA 2UXAA 1US4A 3OO7A 1Z7ME 1IIWA 1SW5A 4PP0A 1HSJA 3RGYA 4FORA 2ONSA 3UIFA 3U92A 4WEDA 2V25A 3D4CA 4C0RA 1VFEA 3TUSA 3THIA 1JVYA 3M3KA 4DE8A 1FTMA 1BP5A 1GV8A 1AL3A 4KYDA 3P7IA 2Q2AA 4LVQA 1USYE 4KCCA 4C1UA 4JWYA 4DCYA 4LUBA 1N3WA 4HTGA 2O1LA 3BFUA 4PQJA 3KG2A 4IY5A 3H6UA 4F19A 2DE3A 3VLVA 1TFAA 2QJEA 2B3FA 1YCJA 1UTBB 3SETA 1JW1A 3N5LA 3K6XA 2A5TA 1B0HA 3UA8A 1LSTA 2ZYMA 4RY1A 4ZECA 5DVIA 4DXCA 3PUZE 2AIXA 3KN8A 2XXWA 4BLAA 3HPIA 2XXXA 4G2ZA 3T96B 1XVXA 2RF1A 3M3LA 5H8NB 4DZ1A 3RNNA 3M3FA 3CFLA 1YTVA 3K0VA 4HW8A 2QMWA 5I57A 1DPPA 4RPOA 4NMYA 1B9JA 4R75A 4ELOA 4FIMA 4KQPA 5I58A 3RY3A 1I6BA 3I5OA 1JNFA 4POXA 1P1NA 2RCAA 1IUDA 4ZS9A 1A55A 3V89B 1EZOA 4OWDA 3TKDA 5CMKA 1A54A 4P0GA 3QK6A 4FE8A 4G68B 4PFTA 4EXLA 4P11A 4AB6A 3JV9A 1LFGA 4XXUA 4ELPA 3PD9A 3FGSA 1Y4TA 1SYHA 4X1BA 3ZS6A 1RKMA 1R1NA 2I4CA 3RTFB 1ZLQA 1M5CA 2HCAA 1QULA 1PBPA 5H8FA 3EQ1A 3TTLA 1SBPA 1ZJLA 3HHFA 4IB2A 3VLWA 2OCUA 1SD3A 3ODBA 2P2AA 3R26A 2F35A 5AA2D 2AL5A 5TP9B 5AA1A 1GVCA 1N04A 2QS4A 3SEWA 2AYSA 1BKAA 2XXHA 3QUFA 3H6TA 3I6VA 4MLQA 1T0KA 1BTJA 1MXYA 2DWAA 3G3JA 3PMVA 4EXKA 1B51A 4KYEA 1MQGA 4OETA 4ZEFA 3R7XA 3K1NA 4L17A 2DVCA 4GIZA 3FJGA 3E13X 3VDFA 3MPLA 2E0SA 4EUOA 1BIYA 4ND9A 2XXVA 1B3EA 2G29A 1TFDA 1UTHB 1MM7A 2V3TA 2D21A 1YAEA 4U1OA 1LAHE 2Y7KA 3B6QA 4ZEBA 5TU0A 1B3LA 5IAIA 1BLFA 5EHSA 1FW0A 1OQGA 1DTGA 1QKBA 3SESA 2Y7WA 4YU0A 3T9HB 2DSFA 1NH7A 5IKBA 1MY0A 4GL8A 1LAXA 1UTBA 2DS9A 5DEXB 2FA7A 5L9MA 4XKNA 1AMFA 3H6WA 4MFIA 4FATA 4GQOA 3ZSFA 5L9SA 3S4UA 3JZJA 4I9DA 4PFUA 2I6EA 2XX7A 4F3SA 2XXTA 3PUXE 1PB7A 1QVSA 1WODA 3UP9A 3KN7A 2R9JA 3TTKA 4GD5A 5ICTA 3V83A 2Y7IA 4HCWA 1O63A 4M4GA 5H8HA 1A8FA 1QKAA 2OBGA 1NNTA 1URGA 2ZNTA 4FAJA 4ZZAA 3K01A 4YAHX 3U8QA 3K6VA 1R9QA 3F11A 1KWHA 2PT2A 2H9BA 4POWA 5TPAA 1EZ9A 1NL5A 2F7BA 3IJOB 1R6ZA 4I62A 1IITA 2V84A 5HPQA 4AB5A 4YB6A 4THIA 4G8MA 3SEVA 1URSA 1JETA 2A5TB 1OVTA 3OOAA 2HQ0A 2DWJA 3WAEA 4EF1A 1DOTA 1N84A 3A3CA 3GZGA 1I6AA 4ESWA 4KR5A 1S9TA 4JSDA 1B5IA 4IO2A 2I48A 3ZKLA 4OEVA 1O7TA 2ALUA 4ZEDA 1VE4A 3C35A 2I4BA 5TP9A 4H8JA 3TMGA 2Z8DA 5I57B 2P0SA 1MXVA 4PFWA 3MVXA 4N07A 2PYYA 2NUVA 2XD2A 3L6HA 5I58B 1MS7A 2BJJX 1SW4A 4GVOA 2CZLA 2F6GA 1DPEA 2RCBA 4F3GA 2RC7A 5ITPA 5CMBA 1POTA 3VVDA 3Q27A 4F29A 1B3HA 4FEDA 1ELJA 4OYVA 3KGCA 2X7QA 4RK2A 4EDPA 2IEEA 1TXFA 2I58A 2VGQA 2YPNA 3N6UA 4YKIA 4QFKA 4OFLA 4JXIA 4QFPA 1UTHA 2UYEA 1D4NA 1S7YA 5H8FB 4FJPA 3LSXA 3SDFA 2F97A 3PD8A 5FTIA 3C4MA 5DEXA 4NTLA 2O51A 4AQ4A 5FTHA 3S9MC 2HEUA 4IO7A 1B5HA 1Y3NA 3H4ZA 4OFJA 1SVXB 4OQOA 2RKMA 3PMXA 2Z8FA 1MY2A 1I6QA 3UORA 1FTJA 1B6HA 3DLNA 3GBBA 3O6GA 4GLIA 4O3AA 1QUIA 3O29A 3KSXA 3Q26A 3H7MA 1SDXA 3QUJA 1H3DA 1NKXA 1UQWA 3QAXA 3Q25A 3FXQA 1H45A 3G3HA 1JEUA 4IY6A 2F34A 5FHMA 1EH3A 3GLBA 3PU5A 2I0BA 4U22A 1M5FA 1Y3QA 3KZGA 5L8DA 1N76A 1QUJA 4R6YA 1EZPA 3MJNA 1B2HA 4OZ9A 3IOTA 5EYFA 4Q30B 1FCKA 3Q29A 1RYXA 4GRKA 2V3QA 4LZ7A 2OWTA 4Q0CA 4IO3A 4KFQA 3LBSA 3IOUA 2UYFA 1MY1A 3D4GA 4H1XA 2VHAA 1MPDA 1B0LA 3RT8A 3VFJA 1LCFA 2QPQA 4H5FA 4IO4A 3TTMA 1AIVA 2PBWA 5CMCA 4P0IA 1NNFA 3MP8A 4O3BA 2F78A 2B3BA 3KOSA 3OO8A 1GR2A 2Q89A 3CRBA 3RPWA 4TLMB 2D3IA 3G3GA 5FHNA 1IXGA 4K3FA 4U2RA 1IEJA 1P1WA 3MP6A 5H8HB 3OSRA 3T9VA 3EHUA 4F1VA 2XXUA 1NFTA 1NNKA 3MVYA 3DP8A 3PPOA 5H8SA 3VE1B 4LA9A 1USYH 5K2XA 1B58A 1N0TA 4DCXA 5TPAB 4JBZA 4ZE9A 3OMBA 3RQTA 3K02A 4LQ2A 2R71A 4QSCA 1B05A 5H8QA 1UIVA 5CBSA 3G3KA 2I3WA 2VD2A 2GHBA 3KOTA 1P1OA 2VP1A 2ZXTA 1IZ1A 2QS2A 3BBRA 4GWOA 3V8XB 4WEPA 3VVFA 4PFYA 2G93A 2RINA 2VOZA 2Z8EA 1FTOA 2Z22A 1AOVA 4UA8A 4R2FA 4G77A 3G7WA 3MBPA 1D9YA 4WXJA 2DXYA 1LFHA 3MQ9A 1US5A 3S9EA 5I56A 1OQHA 4QSDA 2F36A 1PDAA 1ANFA 4U4XA 1ZIUA 3IAZA 2R6GE 1H43A 3FV2A 1B7UA 3TQLA 3LSLA 1SW2A 2OZZA 2OLBA 4G8NA 1Q1KA 1IXIA 2GHAA 2KLFA 1B52A 5EHMA 3FZVA 3HV1A 3TPAA 3TCHA 1NNPA 3TCFA 2ZNUA 1VR5A 3B7DA 2QS1A 4GFRA 2A5SA 1S50A 3KEIA 4QFNA 1ATGA 4JB7A 3G3FA 3SKPA 2PMSA 3R6UA 2GFEA 3WAFA 2XXRA 5J1DA 3IO6A 3TEPA 5B7DA 3T9UA 5AA4A 2O7IA 2QL3A 5CC2A 3MUQA 5AA2A 1Y1ZA 3FD3A 4BDRA 2X7PA 4QSEA 5CBRA 3RLFE 4KHZE 4OHNA 4NE4A 3K2DA 5B70A 3CG3A 4NF4B 2PT1A 4EQ7A 3T93B 3AXFA 5CMMA 4DXUA 2DQVA 5M2VA 4NF8A 4GF8A 3RTWB 2PVUA 3TAJA 4HCYA 3A09A 3CSGA 3IL1B 1B5JA 3EN3A 3LSWA 2QMXA 1A7LA 2OJTA 3FXUA 2DOJA 4U1ZA 3N6TA 4HS7A 3IO4A 2Q88A 1IXHA 5HM4B 3O9PA 5K2YA 2ABHA 1B7HA 3K6UA 3UK4A 1A40A 3SERA 4YKKA 3PUYE 2P1SA 1D3KA 4OMBA 4QF9A 1SI1A 3VVEA 2H5YA 2ZNSA 5JK4A 4XIGQ 2NOOA 3K00A 3FVOA 4KYSA 1O64A 3RUMA 4IGRA 4FECA 1OLAA 1LAGE 3KN3A 1Q35A 3IB1A 1MH4A 4FEBA 5JEIA 1ZU0A 3PPQA 1XC1A 3FIRA 1N7WA 4X1DA 3VLUA 5KZTA 5A5XA 4R6HA 3PV0E 3E3KA 4GL0A 1YPNA 4RA1A 1B40A 4H6DA 3ECRA 4DDDA 3E4RA 3FVKA 2THIA 5I2KA 3CFXA 1MDQA 2NVUB 5L9OA 3HCQA 1MQIA 4GXSB 2HAUA 2H4IA 3EHSA 1MM6A 2IA4A 5DVJA 1M5BA 2E1SA 4YB5A 2DWIA 4Z7EA 1MQJA 2XHDA 3H06B 3N26A 3N94A 2O69A 1B1HA 3O6IA 1FTLA 1M5DA 3IORA 4YKJA 1OMPA 1EU8A 2I49A 4E0XA 4IO6A 2ZYKA 3PUVE 3FUZA 1MY4A 4R9GA 3TDJA 3TELA 3Q28A 1MXUA 4F18A 1CE2A 1QJMA 4LP2B 4KD5A 2QRYA 5JTYA 1MQHA 1Y4CA 2ESNA 2NWJA 4OESA 5H8QB 1JQFA 2XD3A 4OERA 5I2NA 3C31A 1FTKA 4BDLA 1ZTYA 3C34A 1J1NA 1LB9A 3K4UA 3FXRA 4RYAA 3K1MA 3FJMA 4NF4A 3LC8A 5BWJA 4TQUQ 1DMBA 4OTEA 2O7UA 3G3IA 5I56B 3USDA 3C9HA 2HZLA 3SEUA 2M8CA 3HHGA 3IJXB 4NEDA 4ZE8A 4F1UA 4G68C 1UIUA 2H99A 2HZKA 4LQ5A 3TYHA 1SYIA 4BDOA 1QW0A 5DT6A 1MPCA 1MY3A 2OWSA 3CIJA 4BDNA 4KPTA 1LBBA 1Y9UA 3W9WA 2F6PA 3FV1A 1URDA 2Y7RA 3IX1A 2D5WA 4YMAA 1IQ7A 2DP8A 3FATA 2Q9TA 3S9NC 5LOMA 4JSOA 4TLLB 4JWOA 2ONKE 3ZKKA 4G8HA 3K1PA 1XS5A 3LR1A 3JYRA 3DP6A 2PX1A 2FNCA 2V93A 4ISUA 5AA4B 4H8IA 3A3UA 4M1VA 4R2BA 5AA2B 4BDMA 4OXVA 4MH5A 1Y3PA 1XVYA 4EQ9A 1ZBMA 3ILTB 3IR1A 3L6GA 4OVJA 4U21A 1PB9A 1B4HA 3FVNA 4TOZA 1L5TA 3O2AA 4GXAA 1H44A 4NF8B 1HSEA 1P1QA 4H0WA 3EF7A 2UVIA 3V5AA 4I8CA 1IXCA 2ANJA 3H03A 3EPEA 1FQAA 4R72A 2ONRA 2OK2A 4QFOA 4O3CA 4OENA 2GH9A 3MPKA 3FASA 2UVGA 4ELRA 4LATA 3KJ7A 3VV5A 1FQFA 3CG1A 1WVJA 3SEYA 4ZEKA 3BKIB 4NF5A 4RJZA 3CI8A 2UVJA 4BDQA 4YMBA 1MXZA 4PE5B 2RC9A 1M5EA 4RK9A 3TTRA 3ONMA 5BUUA 2HXWA 5I59A 5FHOA 2XX9A 3OENA 3MVZA 2ZMBA 2GRVA 3U94A 1H76A 4LZ5A 1II5A 1LGBC 4NF6A 1B32A 1Y20A 2V3UA 3GXAA 1VSOA 5ISUA 3OEMA 3B6TA 3RT6B 1MH3A 3OSQA 4R74A 5A5XB 4DIGA 1P1UA 3QYTA 3CSBA 1PB8A 1SQYA 1B1XA 1FQCA 4RPNA 1DTZA 2B65A 1SW1A 3W9VA 1B3GA 2QSXA 3QSLA 4I1DA 5I2KB 5KDTA 4NWCA 4RXLA 4XKRA 5ITOA 3MP1A 1QUKA 3W15C 3ILUB 3MWBA 1B4ZA 1OLCA 4QHQA 4ZEIA 4C1TA 4R9FA 3S9LC 2UVHA 4WKMA 2DE4A 4Z0IA 4ECFA 3MAMA 2Q2CA 3QIMA 4N6PA 3RN8A 1MQDA 3UN6A 5KCJB 5CM6A 3MC2A 3IB2A 2DYXA 4G4PA 3CR9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LB8A 5F7VA 4U4SA 1D9VA 3PUWE 3MZBA 1RDXA 3PPNA 4XKPA 3T9XB 2WEFA 2F7AA 2O6AA 3B50A 2RC8A 1B3FA 1MRPA 3MZ9A 3TTNA 1NUYA 5JTYB 4H67A 2AL4A 1NUXA 3H6VA 4KCDA 1POY1 4PAIA 1PBQA 2O84X 2XXYA 4UACA 1JW5A 4X48A 3FVGA 2F3BA 3S2VA 5I2NB 4F22A 4HE1A 3OO9A 1Z7NE 3O6HA 1MXXA 3KBRA 1ZMGA 4H65A 4QRZA 1SI0A 2XWIA 3I3VA 3DELB 3IK6B 3O66A 4U23A 1MPBA 3QXMA 1HSLA 1IMBA 3HSTA 2XX8A 4MBPA 4LONB 3KFMA 1N3XA 2H25A 3MW0A 1FQBA 3MSTA 4DXBA 1B7ZA 2QS3A 3HN0A 1G0IA 4Q8RA 4PETA 2YLNA 1PC3A 5AE4A 3LUZA 3CHGA 4JVCA 1Y1MA 2F8DA 1CB6A 3OD7A 2Q8JA 4F1YA 1TWYA 2I3VA 2ZYNA 1CNQA 3DM0A 2ZYOA 2XXPA 4E0WA 3U72A 2DE2A 5DTBA 2FYIA 5F1QA 1LCTA 1XOCA 4X9TA 5H8NA 4IGTA 1F9BA 4GX3A 4GWWA 2DWHA 4YB7A 4LZ8A 3TQWA 1AH5A 3H3GA 2I0CA 5J16A 1VFDA 2HFBA 4OFOA 4PFRA 3E9XA 3KSJA 3OEKA 1FBGA 1XT8A 3IB0A 3PPRA 4JDFA 1A99A 2F7CA 5CI5A 2X26A 2CMOA 5FBPA 2W7YA 5ET7A 3O28A 4P3LA 3SEXA 3FJ7A 4IO5A 4LN5A 4JWXA 1FQEA 1XHYA 1OIBA 1TT1A 1PEBA 5I84A 4ELQA 4RNSA 1B46A 1N7XA 4G68A 4EF2A 3LUYA 4ZZEA 2HHMA 2DXRA 4F2QA 3PGFA 3T22A 3IOVA 3O97A 1P99A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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