3S9MC

Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the n-lobe, cryocooled 1
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
Knots found
sequence length
674
structure length
517
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords Transferrin receptor protein 1
publication title How the binding of human transferrin primes the transferrin receptor potentiating iron release at endosomal pH.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 114
structure length 517
sequence length 674
chains with identical sequence D
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9mC02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9mC01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9mC03
3MUQA 5CRYA 4RY1A 4L17A 1FQDA 5TP9B 4KD5A 3H6UA 3FASA 2PMSA 4F18A 1LCTA 2NUVA 3OMBA 5CI5A 1Y20A 1FQCA 1EZ9A 2XXIA 5FHOA 1NNTA 2X7QA 3K1PA 5DTBA 3LR1A 1CE2A 4OENA 4YU0A 4BDOA 1H43A 1DTZA 1OLCA 2VHAA 1B51A 5H8FB 1TFDA 3QSLA 1MS7A 3IORA 3VVEA 4H6DA 2V3TA 4ELOA 5AA2B 4F31B 1F9BA 1PB7A 1OLAA 2DWAA 3VDFA 2X7PA 3FXUA 3QUJA 4YICA 2Y7WA 4IY6A 1MM7A 4EXLA 3K6WA 3Q27A 1PB8A 2X26A 1FQEA 4GRKA 2Q89A 2HFBA 3IOVA 3K6UA 4KPTA 1M5CA 3S4UA 2DSFA 5FTIA 1USYH 4EDPA 3U92A 1N84A 1MXVA 1OQHA 5F7VA 1O64A 4HW8A 1QVSA 3GBAA 1MM6A 1SYIA 1BLFA 1VR5A 3S9NC 3U72A 1B5IA 1UTHA 5DYHA 4NWCA 4OHNA 3T93B 3KOTA 1ZKBA 2ONRA 3G3FA 3D4GA 4IGTA 1LAGE 4QSCA 3TKDA 3PUVE 1FTKA 2M8CA 1GVCA 2A5TA 3BKIB 1O63A 1BIYA 1Q1KA 1ELJA 3K6VA 3K01A 4NTLA 3M3KA 3O2AA 2E0SA 2Z8FA 3KEIA 3WAEA 3VV5A 4OEVA 3C35A 2O68A 3I3VA 4IY5A 3Q26A 4XKPA 2I6EA 1POY1 1QW0A 5H8HB 2QPQA 5J1DA 4ZE8A 4R2BA 1YCJA 5B7DA 4IO6A 1YAEA 2Q88A 4OWDA 1TXFA 3UK4A 3KN7A 1IXIA 4FEBA 1UTHB 5I56B 3TFLA 2VGQA 5AA4A 5I57A 2Z8DA 3FJMA 4U4SA 3KOSA 3O29A 1MRPA 4IO2A 4QF9A 3TQWA 5I59A 4H5GA 5DVIA 3VLVA 3N94A 2A5TB 2Z23A 5H8SA 3G3HA 5K2YA 3OO9A 4FAJA 3QAXA 3TPAA 1US5A 1DTGA 4OETA 2XHDA 4GVOA 3U1OA 3O6IA 4KYSA 4Q8RA 1SQYA 1HSEA 1OVTA 1QKBA 3LC8A 2ZYNA 4WXJA 4OESA 4BDLA 4ZDMA 2RC8A 4K3FA 2PVUA 3EN3A 3TQLA 4F3SA 3UN6A 1SBPA 3TTNA 3IL1B 4E0XA 3GBBA 1FTJA 2V84A 4ZECA 1UTBA 5AA4B 5I57B 3FV1A 1BTJA 3W9VA 2O51A 2XX9A 5I59B 4UACA 1AL3A 4EQBA 3EHTA 4IO4A 4TOZA 4IB2A 2O84X 2ZXTA 3DP4A 2P0SA 1SVXB 1AOVA 1VE4A 4G77A 2HEUA 5TPAB 1MQIA 4BDNA 3FXRA 5KZTA 4QFLA 2F78A 1SW2A 3MVZA 1OMPA 3CIJA 1ZJLA 4ZEFA 1MQGA 4BLAA 1B5JA 3IOWA 4R6KA 1ZMGA 2ZMBA 4JWXA 3ILUB 4O3CA 4ELQA 4RJZA 3IB2A 1LCFA 3MZ9A 2QJEA 4U4XA 4UA8A 4PFUA 1MXWA 1UTBB 1VFDA 3E4RA 3CFXA 3RUMA 1POTA 4FJPA 1XHYA 3T9VA 2XX8A 3THIA 2H25A 2OCUA 2ESNA 5KDTA 1IXCA 1JNFA 3C34A 5EYFA 1QJMA 1MY1A 4U22A 3LSLA 4U1ZA 1FCKA 4H1XA 5CC2A 1PC3A 3CG1A 3VVDA 5B70A 1UIUA 2GHBA 3HN0A 4X9TA 3ZKKA 3N26A 2RCBA 3KSXA 1AMFA 4ONYA 3EHUA 1B05A 3T9XB 3O6HA 3QYTA 4R72A 3MPKA 3KFMA 4R9GA 4FEDA 4WEPA 1JW1A 5HBCA 1Z7NE 4KQPA 2GFEA 2NOOA 4RK9A 3PUWE 1IUDA 3FUZA 4G2ZA 2GRVA 4FATA 3JV9A 1NNPA 4KFQA 4MLQA 4NF4B 4R9FA 1NH8A 2F6PA 3DM0A 2Q2AA 5CBSA 5KDTB 3PV0E 1P1NA 2XXHA 2YPNA 5M2VA 1LFHA 4I1DA 1B3EA 5CMBA 4DXBA 1H45A 3HSTA 4AB5A 4RA1A 4IO7A 3ONMA 4OZ9A 4YKJA 3HCQA 3TEPA 3LSXA 2ZYMA 3S9EA 3T66A 2I3WA 1IXGA 1A40A 3JZJA 3OEKA 2AL5A 3LUYA 4G68B 4U21A 3N5LA 4ZS9A 4ZEKA 4JWYA 3MP6A 3UIFA 3U8QA 3N6UA 1AIVA 3B7DA 1UIVA 1LB8A 3M8UA 3HO7A 3H6TA 4F2QA 1I6QA 1PDAA 4AQ4A 1CB6A 5HM4B 3RY3A 4MH5A 2AIXA 1ZIUA 3MVYA 4G68C 1ANFA 2DE4A 3HHGA 2AL4A 4ZEDA 4BDMA 5ISUA 4YB7A 1N3WA 4OERA 4Q5TA 4ND9A 1LFGA 4FE8A 2ZYOA 1ZTYA 5DVFA 2Z22A 2PYYA 3TYHA 3SESA 2ABHA 4OXVA 4HS7A 2I58A 1H76A 2QL3A 3OD7A 4C1TA 2DXYA 5L9MA 5I58B 4EXKA 3TTLA 3TCGA 2DS9A 2H4IA 1I6AA 2GHAA 3MJNA 2RKMA 4DIGA 2THIA 1SW1A 3OOAA 5AA3A 3T9UA 4F3GA 1HSLA 1OVBA 1IITA 2QMXA 2O1MA 2OWTA 4H0WA 1M5DA 2I4CA 3LSWA 1B2HA 4XXUA 1WVJA 1B1XA 4ECFA 1ATGA 1I6BA 4QSDA 1EH3A 1RKMA 1JEUA 3TAJA 3R7XA 3SKPA 4F2OA 2F7AA 1JETA 1XC1A 3O6GA 1Z7ME 2XX7A 4GWOA 3BFTA 4HCYA 2UVIA 3EHSA 4LATA 4R75A 4JBZA 4KHZE 2UVJA 4R6YA 4RPOA 5CMKA 4GXSB 1MPBA 2Q9TA 3FVGA 3R26A 1SD3A 5DEXA 4C0RA 3U94A 4KCCA 1MXZA 4YB6A 4PE5B 4XKQA 1MXUA 3TODA 3C4MA 4NF6A 3USDA 5A5XA 2E1SA 1GGGA 1MH3A 4LQ2A 4MF3A 3UORA 1KWHA 3H06B 1R9QA 1QUIA 1RYXA 3RTFB 1PB9A 2XXUA 1LBBA 3TTKA 1MXYA 2QS3A 1OQGA 3Q25A 2PBWA 4XKNA 5JEIA 3C31A 3B6WA 2DYXA 4OFLA 4GOTA 2ZNSA 1ZBMA 3QUFA 5I2NA 2I4BA 3S9LC 4ZEBA 4FORA 2DWIA 1FW0A 3FJ7A 4R73A 4N13A 5DEXB 5BWJA 1LAFE 3UP9A 2REJA 3OXNA 2H9BA 4PFWA 1B0HA 1QULA 2F5XA 4P0IA 2OJTA 5ICQA 1Y1ZA 5L8DA 4NF6B 5JTYA 2Y7IA 2B3BA 2ANJA 1URSA 2V93A 1B3HA 1R1NA 2PT1A 4JSDA 3PMWA 4YMAA 4DDDA 3C33A 2DE2A 2F36A 3B6TA 4QFNA 1A7LA 3V83A 4IO3A 1M5FA 2DXRA 2XXWA 5L9OA 4U2RA 3KJTA 3N6TA 2HAVA 1FQAA 1LBCA 5I2NB 5I84A 3IX1A 3KZGA 1MY0A 2XXXA 3CSBA 3M3LA 5EHMA 2R6GE 5CM6A 4G8NA 2DP8A 3OO7A 4YKIA 1HSJA 4WEDA 4H67A 1WODA 4ZE9A 3G3IA 1Y4TA 2RCAA 2ONSA 5H8QA 4JDFA 1NNFA 4YZZA 1XOCA 3HV1A 5JTYB 2G29A 1FQFA 3RT8A 4EQ9A 3VFJA 3C9HA 3MW0A 4LVQA 3RGYA 3WAFA 4PFTA 1P1WA 2XXTA 1Y3QA 4LZ5A 4OQOA 4G8MA 2Y7PA 3A3CA 3OSRA 3E9XA 3DP8A 1BP5A 4ZZAA 1Y4CA 2BJJX 2B65A 2Q8JA 1SI1A 3K1NA 4GIZA 3V89B 4LZ8A 3PPPA 3SEXA 1NFTA 2XXYA 4FIMA 1B3LA 1USYE 3FVOA 1B4HA 2IA4A 2YLNA 3CR9A 2ALUA 4EQ7A 4QSEA 1JQFA 1BKAA 2NVUB 4N07A 4ELPA 3H7MA 2DVZA 1VSOA 1Y3NA 1SDXA 2RF1A 3PPNA 4G8HA 1B58A 2NWJA 5H8QB 4FECA 1JW4A 2ZYKA 1M5EA 2QMWA 4EF1A 3PMVA 4IO5A 2RC9A 3OO8A 3ILTB 3MP1A 1T0KA 3MBPA 1J1NA 4PFYA 2R71A 3LBSA 3MZ1A 3TMGA 4H65A 3EPEA 3VXCA 4OFOA 4M1VA 1B7HA 3V8XB 4N6PA 2HCAA 2UVHA 3C32A 2R9JA 2B3FA 5BUUA 4GL0A 1DPPA 3B6QA 2Q2CA 2UVGA 2ZNUA 3QIMA 4OEUA 4MLVA 4DLDA 2ZNTA 3L6HA 4LZ7A 3QK6A 2DWJA 2IEEA 3E13X 3PU5A 3M3FA 2CMOA 3EF7A 4Z7EA 4YKPA 1B9JA 2F97A 2RC7A 1II5A 4GXAA 3RLFE 2P2AA 4F22A 2VD2A 1B3GA 2OBGA 3HPIA 3TTRA 4P11A 3VLUA 1B4ZA 3K02A 1D9VA 4IGRA 4QHQA 1B46A 1MPDA 3O28A 1QUJA 2FNCA 3T9HB 4ZEIA 1DMBA 4GD5A 4H5FA 1EZPA 1Y9UA 4OMBA 3MVWA 2O69A 4NEDA 3IB0A 4JSOA 1A8EA 5IAIA 1P1QA 3G3KA 5FHMA 4C1UA 2P1SA 1A54A 5AA2D 5H8FA 3H6WA 4BDRA 1LB9A 2GH9A 2F7CA 1MH4A 1N7XA 1IQ7A 4OFJA 3G3JA 3RQTA 4TQUQ 4MFIA 4Q0CA 1D3KA 4E0WA 4POXA 4PP0A 1EZOA 5FTHA 3KBRA 1WDNA 1M5BA 1Y3PA 2FA7A 4RK2A 1QUKA 3CRBA 2VP1A 4QFOA 1MQDA 1B7ZA 3K1MA 2CZLA 2V3QA 3EQ1A 3VE1B 3T22A 1URDA 3CFLA 4POWA 1I69A 4I8CA 3E3KA 1N76A 1NNKA 2Z8EA 1H3DA 5ELVA 1MXXA 1P1OA 4F3BA 4X1BA 1A55A 2I49A 5EHSA 3CI8A 4ISUA 4NMYA 4YAHX 1IIWA 1LFIA 1SW4A 1TFAA 3H03A 4NF8A 3OENA 1S7YA 3FD3A 4EUOA 4DXUA 1P99A 3IOUA 1IEJA 2XXVA 2H99A 1AH5A 4X48A 3VXBA 2D5WA 3W9WA 4RPNA 1JVXA 3OELA 3O9PA 1TWYA 4G4PA 2UXAA 3L6GA 1URGA 2HAUA 4LQ5A 5AE4A 1JVYA 4Z0IA 4EF2A 3TDJA 3U93A 4F19A 4RXLA 2XD2A 5LOMA 4GLIA 5H8HA 2DE3A 2NXOA 2I3VA 4F1UA 2DVCA 4R6HA 3FIRA 3TZAA 5JK4A 3TCFA 3R6UA 4LP2B 1JEVA 5I56A 3FATA 4O3BA 2VD3A 3SEVA 1H44A 4NF8B 4BDQA 3H3GA 3FZVA 2F35A 2REGA 2YJPA 4OYVA 3MC2A 3IB1A 3Q28A 4F1VA 2G93A 4R2FA 2QS4A 2F8DA 4R74A 4LONB 3PMXA 1MY3A 4TLMB 3LSFB 3I6VA 3TELA 2I48A 4YB5A 4XTCQ 1D4NA 4GQOA 2QRYA 2OLBA 1IXHA 1XS5A 3IK6B 3KG2A 2HQ0A 4KYDA 1DPEA 1IZ1A 2KLFA 2OZZA 1ZLQA 3H4ZA 4P0GA 2QS2A 3DELB 3A3UA 4DCYA 1GR2A 3I5OA 1LSTA 4DE8A 4NE4A 1R9LA 1MPCA 2V25A 4H8JA 3VVFA 4JWOA 3OEMA 4JB7A 1PBQA 3TUSA 3SDFA 4GF8A 3KN3A 3P7IA 3V5AA 3CFZA 1B40A 2DQVA 4U23A 3TTMA 3DP6A 3IJXB 3BBRA 4I62A 2F34A 1XVYA 1LGBC 3ECRA 5F1QA 1B6HA 5TPAA 5A5XB 4LA9A 2V3UA 5AA1A 4HTGA 5FHNA 2HZLA 5ITOA 4I9DA 4XIGQ 5K2XA 4PETA 5CBRA 3ODBA 3GZGA 2O7IA 1PBPA 2PT2A 3IR1A 4JXIA 4NWDA 1GTKA 1US4A 3MVXA 2Y7RA 1B0LA 5KCJA 4ZZEA 4LUBA 4TLLB 1DOTA 1VFEA 1N7WA 3PPOA 3IO6A 3KN8A 3K0VA 3S2VA 1B5HA 4KR5A 4OTEA 5I2KA 2HZKA 4Q30B 3VLWA 3MWBA 4QFKA 1DSNA 5L9SA 3G3GA 1O7TA 4AB6A 3JYRA 4O3AA 1JW5A 1N3XA 4F39A 3ZS6A 1UQWA 3MPLA 3UGWA 1XVXA 4F1YA 2QS1A 2XXQA 1B1HA 3TCHA 1YTVA 3K00A 3RTWB 5CMMA 1SYHA 3MP8A 2DOJA 3GLBA 3PPQA 3QXMA 3OSQA 1FTOA 1FTLA 3FGSA 3K2DA 1SI0A 4XKRA 3PGFA 1XT8A 1NL5A 1QKAA 1A8FA 1RYOA 4ELRA 1Q35A 3SEUA 3KJ7A 5KCJB 2OWSA 5ITPA 4F29A 3G7WA 2QSXA 2AYSA 1B7UA 3ZKLA 3H6VA 1MY2A 2H5YA 3SERA 5I2KB 3IJOB 3PUYE 3PUZE 4WKMA 3SEWA 4NF4A 4KYEA 3FJGA 2O1LA 3OO6A 2WKYA 3FXQA 4YKKA 4U1OA 3FVNA 1EU8A 1MG1A 1D9YA 5H8NA 3T96B 3RNNA 3MAMA 3A09A 3GXAA 5TU0A 1ZU0A 2RINA 2W7YA 4ESXA 3FVKA 1L5TA 2D21A 3CSGA 1N0TA 2XXPA 2FYIA 1SW5A 1MDP1 3RPWA 1OIBA 3C36A 2HXWA 3PUXE 4RNSA 3Q29A 4QFPA 1B3FA 2ONKE 3AXFA 4DCXA 1P1UA 1NH7A 2UYFA 3CG3A 1MQJA 2D3IA 3K6XA 1GV8A 3O97A 2A5SA 3F11A 4G68A 1LLSA 4GFRA 3K4UA 2I0CA 4H8IA 2XD3A 1YPNA 3KGCA 2PX1A 5IKBA 1LAXA 3S9MC 1N04A 3DLNA 5HPQA 2I0BA 3UA8A 4QRZA 1MDQA 2XXRA 1FQBA 4PQJA 5H8NB 4NF5A 3MQ9A 3IAZA 2O7UA 4KI0E 3PPRA 1FTMA 3IOTA 5TP9A 1LAHE 1Y1MA 2Y84A 3ZSFA 2UYEA 3SEYA 2LAOA 3PD9A 5DVJA 3IO4A 4DXCA 1R6ZA 3MZBA 2DWHA 4GL8A 4M4GA 4KCDA 4OVJA 1S50A 3CVGA 1PEBA 2H98A 4X1DA 4HCWA 1TT1A 3BFUA 2VOZA 5I58A 1MQHA 5CMCA 4YMBA 1A99A 3KSJA 1NMUA 1S9TA 1MY4A 3D4CA 3SETA 3RN8A 1B52A 3W15C 3O66A 5AA2A 2F7BA 5DT6A 4F3PA 1NKXA 3FV2A 2F6GA 3PD8A 4RYAA 5ICTA 2Y7KA 4THIA 2O6AA 4ESWA 3HHFA 3RT6B 2OK2A 4NF5B 1B32A 4DZ1A 4MBPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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