3S9NC

Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the n-lobe, room temperature
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
674
structure length
511
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
molecule keywords Transferrin receptor protein 1
publication title How the binding of human transferrin primes the transferrin receptor potentiating iron release at endosomal pH.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 115
structure length 511
sequence length 674
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9nC02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9nC01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9nC03
5BWJA 1IIWA 2Q8JA 4BDRA 5I2KB 1FQAA 1QUIA 2I4BA 2I0BA 3M3FA 2UYFA 3B6QA 4FECA 4EUOA 1B5JA 2XXIA 5DVJA 5H8SA 4YKIA 4JSDA 1USYE 4NE4A 3BBRA 5I84A 3U93A 4EXKA 5CMMA 5TPAA 4ONYA 4MF3A 4OERA 3OO9A 1B58A 1R6ZA 3TQLA 1FCKA 1DPPA 1AH5A 4ZE8A 3ZS6A 2F35A 1H45A 1I6QA 3G3GA 3T9HB 2XXUA 3HCQA 1ZIUA 4ZDMA 5ELVA 3IJOB 2ZNTA 4IO7A 3U8QA 1M5DA 1QUKA 3RTFB 2ZYKA 1Q35A 3BFUA 2V3UA 4DLDA 1LCFA 2VGQA 2I4CA 3ECRA 1N7WA 3TMGA 1XVXA 3VVFA 4WXJA 3ODBA 3FJGA 3L6HA 1OLCA 3T96B 2QMWA 3QUJA 1AL3A 4EXLA 4F18A 4KHZE 3HN0A 1N04A 4N6PA 4HCWA 4WEPA 4IO2A 1IXGA 4QRZA 3PPRA 3T22A 2O68A 1FTOA 4GLIA 4OESA 4M1VA 4FIMA 4FATA 1M5EA 3KN8A 4FAJA 2I3WA 5L8DA 3TEPA 3MPLA 4F3GA 1FTLA 4H5GA 4IY6A 2E0SA 4AB6A 3VXCA 1D9VA 1SW5A 1URGA 1A40A 4KR5A 4PP0A 4GL8A 3FXUA 1MS7A 4LP2B 1FQEA 3S9NC 2H98A 2E1SA 3CFXA 4EF1A 1D3KA 4ZE9A 1LB9A 1US5A 4Q30B 1BIYA 4NWDA 3IO6A 1OQGA 3B7DA 4EQBA 3KZGA 3KEIA 4BDOA 4XKQA 1JVYA 1O63A 4U4XA 4Q8RA 2IEEA 5ICQA 4GRKA 1AIVA 2VOZA 1PBPA 3GBAA 1Y3QA 3MVXA 3PUXE 3CIJA 4F3PA 1B2HA 4GL0A 1EZOA 2RC9A 5HM4B 5EYFA 1P1WA 4P11A 4QFLA 3PMVA 4RK9A 4R73A 3OELA 4QFOA 3O6HA 5CM6A 2DWIA 1B3LA 3IB2A 5L9OA 4JWYA 3G3FA 2PT2A 3O6IA 2OCUA 3RTWB 4DCXA 1TFDA 5IKBA 4R72A 1DOTA 5H8NA 2RCBA 3TTLA 1N7XA 3G3IA 2DYXA 1VFEA 5AA4A 1MRPA 4OHNA 1LAFE 1CE2A 3TKDA 1ZLQA 1MQGA 5AE4A 5HPQA 5JTYA 2H5YA 4M4GA 1B5IA 3FV1A 3PU5A 3C34A 1I6AA 4H8IA 4POWA 4F19A 1BTJA 3PUYE 2I58A 3IO4A 4TOZA 4R6KA 3O9PA 2QRYA 2DXYA 1MXUA 5BUUA 4E0XA 5I56B 4NF5B 3S4UA 3TCFA 3U1OA 5I57B 4F3SA 1H44A 3Q27A 4UACA 3SDFA 4YB5A 3OEKA 4OWDA 3TDJA 3O66A 3VE1B 2DWAA 1S9TA 1MPDA 3VV5A 4O3BA 1IQ7A 1RYOA 1P1QA 1SW4A 5H8QA 2FA7A 4ZEFA 3S2VA 3W9VA 5J1DA 1N3XA 1MM7A 3PUVE 2F78A 3PPOA 1XS5A 2V93A 4MBPA 3VFJA 4NF4B 5FHMA 1N76A 3BKIB 4XIGQ 1B0HA 1SI0A 3LSXA 2VD2A 3WAEA 3IOTA 2GHBA 2LAOA 3PUWE 4H65A 3M3KA 3L6GA 1URSA 1NNFA 4RYAA 4LZ5A 2P0SA 1BKAA 1USYH 2O51A 3SERA 3DP8A 1WVJA 2ONRA 2O7IA 2XXWA 1B4HA 3FUZA 3ONMA 3OO8A 5AA2B 1B1HA 5FHNA 3IL1B 2QS3A 1F9BA 2X26A 2REJA 1JW5A 2BJJX 1MY2A 3CI8A 5I2KA 3FD3A 4JDFA 1WDNA 4AQ4A 4EDPA 4YMAA 4OZ9A 4R2BA 3ZSFA 1MXZA 2RC8A 4GXAA 3VDFA 2XXXA 3DLNA 3TTNA 2HAVA 1SYIA 3MVZA 1DTZA 2H25A 2RF1A 2D5WA 2O1MA 3K2DA 3B6TA 1B6HA 1SW2A 3M8UA 3QYTA 2I49A 4G68A 4IO6A 2DVCA 4LATA 4KQPA 3ILUB 3C36A 1FQBA 3ILTB 2THIA 1NNPA 1MDP1 4LONB 3QXMA 1D9YA 1I69A 1B3HA 5L9SA 3RPWA 5DTBA 4G77A 3CG3A 1B05A 3FATA 4IB2A 1DSNA 5I2NA 2UVIA 4O3AA 1B32A 1JW4A 3H03A 1KWHA 4KYDA 1YTVA 3K6UA 1B9JA 5DYHA 1LSTA 2WKYA 1Y3PA 2QS2A 3TTRA 3CSBA 1JQFA 1I6BA 3MPKA 4E0WA 4YKKA 2B3BA 4RPOA 5I59B 5F7VA 4YKPA 1IZ1A 2V25A 4PFTA 2GFEA 3RY3A 3TQWA 1L5TA 5K2YA 4F2OA 3MP1A 3N26A 3UP9A 3T66A 1PB8A 2Y7IA 2VP1A 5A5XA 1OIBA 4YAHX 3C9HA 4ZECA 2XXTA 3HSTA 1IITA 4KD5A 4ELRA 3VLWA 1PB9A 4R6HA 3T93B 3UA8A 3KJ7A 1S7YA 3E3KA 5KZTA 2XXPA 4WKMA 5H8FB 2RC7A 2ZMBA 2Y7WA 3RLFE 3O2AA 4OETA 5DVIA 3FGSA 4ZS9A 3K02A 2AL5A 5ITPA 3OSQA 3CSGA 2I48A 1EU8A 3IB1A 2GRVA 2UVHA 4XTCQ 4U1OA 1H76A 5DVFA 3MP6A 4F3BA 1DMBA 4DZ1A 2V3TA 3C31A 1M5FA 4OEUA 4C0RA 3CR9A 4MLVA 2ANJA 4X1BA 3OO7A 4K3FA 2DVZA 3K6VA 2FNCA 4NF8B 3H3GA 3GZGA 3ZKLA 1GR2A 1SBPA 1QVSA 1SI1A 2QL3A 4N07A 3EQ1A 5ISUA 3K01A 1MPBA 5CBSA 2PBWA 5FTIA 1UQWA 3O97A 1MXYA 5KDTB 1ZKBA 1MY1A 1B4ZA 2REGA 3O6GA 1UTBB 1OVBA 4KCCA 1B3GA 4PFYA 1PB7A 2D3IA 3OO6A 2DQVA 4DXUA 1SDXA 3C33A 1Z7ME 1M5CA 4YB7A 5I58B 2DWHA 4RK2A 3FJ7A 2I0CA 2O7UA 3UK4A 1GTKA 3MC2A 4U1ZA 1YCJA 4RA1A 1LLSA 3K6WA 2W7YA 3K1NA 3PD8A 1NNTA 2OZZA 3IOWA 1TWYA 4RJZA 5I56A 3S9LC 4NF5A 3KBRA 4RXLA 2ONSA 1IXHA 2F7AA 4X48A 1Y1ZA 4Z0IA 1ZBMA 3IR1A 4PE5B 1P1OA 4EF2A 5CRYA 1LFGA 3FXQA 4NF4A 3HHFA 4P0GA 3CFZA 4F39A 2F36A 3PPNA 3UORA 2DSFA 3P7IA 3QSLA 2Y7PA 1QKBA 1ZJLA 4DDDA 2V3QA 1YAEA 1UTHB 3DP6A 3TYHA 3M3LA 5DEXB 4C1UA 2XD3A 1ANFA 1Y4TA 1P1UA 3H4ZA 3SEYA 3RT8A 5IAIA 1GVCA 2YJPA 1LAXA 2HCAA 3JV9A 1POTA 3GBBA 3H06B 4ZEDA 3VLUA 2AL4A 4OFOA 3EN3A 1IXCA 5CMBA 4R74A 5AA2A 4QF9A 2HFBA 2UYEA 4Z7EA 3KOSA 2F6PA 4KCDA 4NF6B 1DTGA 2DE4A 3IB0A 2XXVA 4H1XA 3TCHA 4G2ZA 4IO5A 1Y20A 1LAGE 3RT6B 1JEVA 4YZZA 2XXHA 3MVWA 2X7QA 4H67A 1WODA 4YICA 4FE8A 1LBBA 1UIUA 2DE2A 4JWXA 3I5OA 1VR5A 4KYSA 2CMOA 4NEDA 1QW0A 1B51A 2AIXA 4FORA 4XXUA 3MVYA 4POXA 2YLNA 3TTKA 2HXWA 3CVGA 1AMFA 1MPCA 2F97A 3C35A 5K2XA 2IA4A 2DE3A 4THIA 5ICTA 1FW0A 1NNKA 1B1XA 5LOMA 4QSCA 4OFLA 1XOCA 5HBCA 1JNFA 3LC8A 2Q9TA 4TLMB 4WEDA 3TPAA 2ESNA 2NWJA 2RCAA 3BFTA 4GFRA 1XC1A 3VXBA 3IOVA 1A55A 2OLBA 2F7CA 1R1NA 3EHTA 3RQTA 2XX9A 3U92A 4QFPA 2I3VA 3H6TA 1H3DA 1PDAA 3QAXA 1QULA 3IK6B 4G8NA 5I59A 2NVUB 3JYRA 1M5BA 4BDQA 3KN7A 1A99A 2HAUA 3N6TA 3R26A 4YMBA 3MWBA 4OQOA 2QJEA 4GD5A 1NH7A 3O28A 4H5FA 3E9XA 1R9QA 3MZ9A 3QIMA 1B46A 2B3FA 4U4SA 3RUMA 5ITOA 2HZKA 2Z23A 2X7PA 4OMBA 4RPNA 5AA2D 1IEJA 3GXAA 5AA4B 2PVUA 4GOTA 1FQFA 3KSJA 3TAJA 4H6DA 1A54A 5CC2A 3A3CA 3IJXB 4NMYA 1MY0A 3MZ1A 1FQDA 4IO3A 2XXQA 3TCGA 1MXWA 4X1DA 4KFQA 1P1NA 1MXXA 3KN3A 3QK6A 2VD3A 4UA8A 1N0TA 1PEBA 2O84X 1GV8A 3K1PA 4C1TA 2QS1A 4I1DA 4IGTA 2HEUA 2PT1A 4NF8A 3KG2A 4ELPA 2Z22A 5CI5A 2F5XA 4F1YA 1ZTYA 1ZMGA 3R7XA 4NWCA 1NL5A 5CMKA 2P2AA 2ZYOA 1JETA 3SEVA 4F29A 4GVOA 1QJMA 1B52A 3FIRA 3OENA 3G3HA 5H8QB 1SW1A 1B3FA 3G3JA 5KDTA 3IOUA 5H8HB 4ZZAA 1CB6A 1QUJA 1Q1KA 3OOAA 1SVXB 3R6UA 4BDLA 5JEIA 4LZ7A 4F31B 2NUVA 1UTBA 4MFIA 1XT8A 2B65A 3V8XB 1LFHA 2QMXA 3FXRA 4FEBA 1QKAA 1NH8A 3F11A 4G8HA 4ECFA 4N13A 3Q29A 1JVXA 3EPEA 4O3CA 5I58A 4JWOA 2G93A 4OXVA 4EQ7A 4L17A 3PD9A 5B70A 1MQHA 4OYVA 4ESXA 2DP8A 3PV0E 3U94A 4QFKA 4DCYA 4ISUA 3ZKKA 4TLLB 3SESA 1TT1A 3FVGA 1ATGA 4XKPA 3SEWA 3TODA 3C32A 3OEMA 3DELB 1BP5A 2Q88A 3EHUA 3Q26A 2I6EA 4R2FA 3VVEA 1NMUA 3KGCA 2O69A 2XX7A 4PQJA 4XKRA 3MQ9A 1HSJA 4ND9A 4QHQA 3W9WA 5CMCA 3S9MC 3FV2A 2HZLA 4OVJA 3QUFA 3PMWA 1SYHA 2A5TB 1LAHE 1J1NA 5DT6A 3MP8A 1IXIA 2RKMA 3SEXA 1JW1A 4EQ9A 1LFIA 3K1MA 1IUDA 1MQIA 3O29A 4RY1A 2RINA 4JSOA 3VLVA 1UTHA 4G68B 5KCJB 2R9JA 5DEXA 3AXFA 1MY3A 3UGWA 1MM6A 4BLAA 3N6UA 2Q2CA 4H8JA 1MQDA 1RYXA 3LSWA 3TFLA 2P1SA 2XXRA 1US4A 4U21A 4FJPA 5I2NB 1FQCA 2QS4A 4HTGA 4P0IA 1FTKA 4LQ2A 1Y3NA 4NTLA 2CZLA 5TP9B 1N84A 3I3VA 4ZZEA 2ZYNA 1ZU0A 4KPTA 4NF6A 3G3KA 2ONKE 1EZPA 4ZEIA 2OBGA 3E4RA 1II5A 2DWJA 3PPQA 3U72A 4Q0CA 2PX1A 3CFLA 4KYEA 4Q5TA 3MBPA 4LA9A 4GF8A 4LZ8A 2AYSA 1LGBC 4YKJA 5A5XB 3RGYA 5I57A 4R6YA 2UVJA 1URDA 1OQHA 1FTMA 2XD2A 1MH4A 3IX1A 1B0LA 4OENA 4GXSB 4R9FA 3USDA 4U23A 1XVYA 3IAZA 3UN6A 3SETA 4G8MA 1Y4CA 4YB6A 1LCTA 4F1UA 1A7LA 3I6VA 1A8FA 5TPAB 3LSFB 4RNSA 1B7ZA 3MW0A 1MQJA 1LBCA 2XHDA 2M8CA 2F7BA 3TUSA 2KLFA 3V5AA 1OMPA 2O1LA 1N3WA 2DS9A 2DXRA 2O6AA 2ZNUA 1MDQA 1HSLA 1H43A 1HSEA 3FVNA 1YPNA 1A8EA 3MUQA 4X9TA 3H6UA 1PBQA 3THIA 2PMSA 3MZBA 1B3EA 3SEUA 3OMBA 2Z8EA 2ABHA 4LVQA 3FJMA 3KOTA 3LR1A 2QPQA 4PFUA 1POY1 3WAFA 3V89B 4BDMA 3D4CA 4FEDA 5M2VA 2Z8DA 1Z7NE 3EHSA 3C4MA 3LSLA 1T0KA 3FASA 1ELJA 3T9VA 4AB5A 3OD7A 1B40A 5CBRA 3PGFA 1NFTA 1OVTA 3T9UA 2DOJA 3S9EA 2FYIA 4I8CA 2ZYMA 4G68C 2NOOA 3H7MA 2XXYA 3HPIA 1O7TA 1BLFA 5EHSA 2A5SA 2R71A 4GIZA 3K00A 3W15C 2H9BA 4U2RA 4F22A 2F6GA 2HQ0A 2GHAA 4HW8A 4F2QA 1R9LA 3K6XA 3N94A 3HO7A 3HV1A 3RNNA 3KFMA 1DPEA 2OJTA 2NXOA 1RKMA 1SD3A 1S50A 5FTHA 1GGGA 3A09A 4ELOA 2PYYA 5H8HA 4I9DA 3FVOA 3HHGA 1XHYA 2Q89A 2UXAA 4LQ5A 2ZXTA 2OK2A 1UIVA 3A3UA 2UVGA 2OWTA 4PFWA 1LB8A 2Y7KA 4QSDA 4XKNA 1MXVA 4PETA 1MY4A 2H4IA 4QFNA 4G4PA 5JK4A 3G7WA 3EF7A 3K4UA 4DE8A 3D4GA 1SQYA 3Q25A 4IO4A 4YU0A 5EHMA 2Q2AA 3TZAA 2G29A 1NKXA 1EZ9A 2Y7RA 4QSEA 5H8NB 1B5HA 4I62A 3PUZE 4H0WA 3H6VA 5H8FA 3K0VA 1AOVA 3OXNA 4OFJA 5JTYB 5B7DA 3LBSA 3MJNA 3PPPA 1PC3A 3IORA 2A5TA 4JB7A 3OSRA 3DM0A 3Q28A 1Y9UA 3JZJA 5F1QA 4ZEBA 3H6WA 4OTEA 5AA3A 3LUYA 2F8DA 5KCJA 4U22A 1B7UA 1TXFA 1MH3A 1TFAA 1P99A 4HS7A 3DP4A 2QSXA 2D21A 4LUBA 1VSOA 3B6WA 3PMXA 4KI0E 2OWSA 4IY5A 3GLBA 4ESWA 4MH5A 3VVDA 3E13X 4R75A 3T9XB 5L9MA 4GWOA 3N5LA 4GQOA 3UIFA 3FVKA 3FZVA 3RN8A 1D4NA 1VE4A 4DXBA 4ELQA 4F1VA 3MAMA 3CG1A 5TP9A 4JXIA 2V84A 3CRBA 1O64A 5FHOA 3KJTA 1EH3A 5TU0A 3TELA 4DIGA 4ZEKA 2R6GE 4R9GA 4IGRA 2F34A 4BDNA 1MG1A 2Z8FA 2YPNA 2ZNSA 4HCYA 4OEVA 3V83A 2GH9A 4JBZA 1VFDA 3TTMA 1JEUA 1OLAA 2VHAA 3KSXA 2Y84A 2H99A 1Y1MA 5AA1A 4TQUQ 1B7HA 3SKPA 2ALUA 4DXCA 4MLQA 1FTJA 2XX8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BWJA 1IIWA 2Q8JA 1RDXA 4BDRA 5I2KB 1FQAA 1QUIA 2I4BA 2I0BA 1FBPA 3M3FA 2UYFA 3B6QA 4FECA 4EUOA 1B5JA 2XXIA 5DVJA 5H8SA 1KA0A 4YKIA 4JSDA 1USYE 4HXVA 4NE4A 3BBRA 5I84A 3U93A 4NQ8A 5CMMA 4EXKA 5TPAA 4ONYA 4MF3A 4OERA 3OO9A 1B58A 5F24A 1R6ZA 2FVZA 3TQLA 3SZPA 1QGXA 1FCKA 1DPPA 1AH5A 4ZE8A 3ZS6A 2F35A 1H45A 1I6QA 3G3GA 3T9HB 4GWSA 2XXUA 3HCQA 1ZIUA 4ZDMA 5ELVA 3IJOB 2ZNTA 1RDYA 4IO7A 3U8QA 1M5DA 1QUKA 3RTFB 2ZYKA 1Q35A 3BFUA 2V3UA 4DLDA 2V4CA 1LCFA 2VGQA 2I4CA 3ECRA 1N7WA 3TMGA 1XVXA 3VVFA 4WXJA 2FHYA 3ODBA 4OVTA 3FJGA 4PGPA 3L6HA 1OLCA 4X04A 3T96B 2QMWA 4I3EA 3QUJA 1AL3A 4EXLA 4F18A 4KHZE 3HN0A 1N04A 4N6PA 4HCWA 3CHGA 4WEPA 4IO2A 1IXGA 4QRZA 3PPRA 3T22A 2O68A 5I3SA 1FTOA 5ET8A 5IGAA 4GLIA 4OESA 4M1VA 4FIMA 4FATA 1M5EA 3KN8A 4FAJA 2I3WA 5L8DA 3TEPA 3MPLA 4F3GA 1FTLA 4H5GA 4IY6A 4NGUA 1NV1A 2E0SA 4AB6A 3VXCA 2ZZVA 1D9VA 1SW5A 4I3YA 1URGA 1A40A 4KR5A 4GX3A 4PP0A 4GL8A 4HE1A 3FXUA 1MS7A 4LP2B 2PCRA 1FQEA 3S9NC 2H98A 2E1SA 3CFXA 4EF1A 1D3KA 4ZE9A 1LB9A 1US5A 4Q30B 1BIYA 4NWDA 3IO6A 2QVUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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