3SA3A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with ag23
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sa3A00
3OXCA 5P2AA 1HVLA 5P13A 3WB5A 3O9IA 5C9BA 1HHPA 3TL9A 1B6PA 5P7JA 3WB4A 4LL3A 4K8SA 4S1GA 2G1NA 5P6CA 1MTBA 5P76A 3ZKXA 4FRKA 3HVGA 2PH8A 3PMUA 5P2XA 1K2BA 1A8GA 4LAPA 5P2NA 3BUHA 5KR0A 2IDWA 1NPVA 2I4VA 4COEA 5AHCA 3S54A 4Y3ZA 1A30A 5P43A 2PSUA 1EPNE 5DQ2A 3S8IA 5P7NA 3NU3A 3L5BA 5OZLA 1XN2A 1HVKA 1AIDA 5P8OA 2QI4A 4YD3A 5P7RA 5P1OA 4L7GA 3OHHA 2XFJA 4Y3AA 3HW1A 3SM2A 3UFLA 4I1CA 2VJ6A 4NJUA 2R43A 4JECA 3MSKA 1SH9A 5P6ZA 4I0FA 1EPME 5OYZA 5P3VA 5OZGA 3FNTA 1W5YA 5P2TA 5P7WA 3EKYA 5J25A 2WEAA 5P1PA 5OZIA 3OQDA 2B60A 2I4UA 5P7PA 4FRSA 4YBFA 5E5KA 3WSJA 1MERA 3CKPA 3GGXA 4Y9WA 2SAMA 4DPFA 1IBQA 1APWE 5AH9A 4EJ8A 3SA3A 3I8WA 5P4HA 3T7PA 3EMYA 3DCRA 1EC2A 5P1CA 5JODA 1HPOA 3DOXA 5OZ0A 5P1LA 5P5MA 2BPWA 2PQZA 1G2KA 2QNNA 3I25A 4XX4A 5SXNA 5P59A 5KR2A 3S7LA 4Y43A 3CMSA 1K6CA 5P5LA 2I4WA 4DJXA 4I0GA 5P39A 1FQ4A 3TKGA 3SKGA 5P08A 1APTE 4RCFA 3K4VA 5P6OA 4RYGA 4EHCA 5OZXA 2ASIA 2VJ9A 5P0KA 3OQ7A 5P5SA 5E5JA 4FSLA 5P7MA 2NXDA 3JVWA 2PSGA 1EEDP 5P3CA 3URJA 4KE1A 5P4OA 3O99A 2ZGAA 1RV7A 3ZPTA 5P5FA 9HVPA 3ZPUA 3BVAA 3RU1A 4ZIPA 4K4RA 4U7VA 4B05A 5P4SA 1QDMA 2IKUA 2J9KA 5P2LA 5P7YA 3U7SA 3QVCA 3ZLQA 3G6ZA 5P7EA 5P46A 2ER7E 5BRYA 1D4LA 3QS1A 2Q11A 1KZKA 3UDNA 2NTRA 5P8NA 3DM6A 4Y37A 5P3YA 5P8JA 3L5EA 2Z54A 2BQVA 3APRE 3K5GA 5OZBA 2ZHVA 2PWCA 1MT9A 5IVQA 3QI1A 3KFRA 5AH7A 5P0WA 3K5DA 5P5NA 5BWYA 4GMIA 5P5XA 3EM4A 5P6NA 4KE0A 4OD9A 3IVHA 5P19A 5P6KA 3QPJA 4AA8A 1UH8A 4L1AB 4EJLA 1F7AA 3SA8A 3PWRA 2FNSA 2WF0A 3NSHA 2AIDA 4HZTA 4Y48A 2I4QA 4FSEA 3ECGA 3Q6YA 2QU3A 2JJJA 5OZYA 4RYCA 4DJRA 2AVMA 2BJUA 1TCWA 4OBKA 4Y4TA 1EAGA 6FIVA 3FNUA 2G26A 3M9FA 4PYVA 5HDUA 1OEWA 2Z4OA 3RTMA 4TRZA 5P4LA 4TRWA 1TSUA 1FEJC 5P2QA 4FM6A 4Y3QA 2Q55A 1MSMA 4J1KA 3R2FA 1IZIA 5OZDA 5P5WA 4D89A 1FQ8A 4Y44A 1PROA 5P7FA 2ZJLA 1AM5A 3CIDA 5P89A 3OXWA 4OD9B 4ZPFA 3FNSA 4ZLSA 3SA5A 1HPVA 2F3EA 5P30A 3VG1A 3D1ZA 4L7HA 5P2OA 5P1DA 4X7IA 3QBFA 3HDKA 4LHHA 1C70A 2HPEA 4Y51A 5P6RA 5OZJA 2QAKA 4JOOA 1E80E 1BDLA 4CPRA 3UDJA 5P49A 2AOEA 5P4NA 5P0MA 1D4SA 5P0AA 4X2LA 1ODXA 4PZXA 5P2IA 5COPA 1TQFA 4Y5BA 5DQ1A 4DJWA 2AZ9A 2IRZA 1HOSA 1T7IA 5P4FA 1YX9A 5P2RA 5OZNA 1D4IA 4RRSA 1FQXA 1BXOA 4NJTA 2J9JA 4H3GA 4Y5LA 5P6LA 5P2UA 4ER2E 2IGYA 5P32A 4CPUA 5HE7A 3HAUA 3PWMA 3PBZA 5DR3A 5P41A 5P0IA 2PWRA 3OQFA 1E81E 3U71A 2AOFA 3UCBA 2IGXA 2IKOA 5OZFA 5P3QA 2UXZA 4Y3HA 5COKA 2IEOA 3UQRA 2P3AA 4R5NA 2QI3A 1NH0A 3ZKQA 5P1RA 5P3LA 4JPCA 3INHA 2PH6A 5P28A 5OZVA 1KJGA 5P4AA 3INDA 4NPTA 2RMPA 5P5DA 2RSPA 5ER2E 3LINA 2WJOA 3HBOA 5P7QA 4HDPA 2I4DA 2OHLA 3KMYA 1N49A 4Y3NA 2AOHA 1U8GA 3ZOVA 4J5JA 5P20A 5KOSA 5P5HA 3QAAA 3TKWA 5DGUA 2G1YA 5DPZA 5P4MA 5P2GA 5P8EA 4Y3GA 1C6YA 2QHCA 3NLSA 5P6YA 5P6WA 1ZSFA 1DPJA 3PM4A 5OZ4A 3JW2A 1T7JA 2CEMA 4CPQA 2R8NA 5OZZA 4FS4A 3LZSA 1PPME 4A6CA 5F00A 3OK9A 1EBWA 1HEFE 3N3IA 4ER1E 3EKXA 1HVIA 4U8WA 4ZE6A 2WKZA 3R0WA 5DQ4A 1XE5A 1FFFC 3LIZA 5P48A 1GNOA 1AAQA 6UPJA 4ACUA 3KFPA 1QS8A 2WECA 3PVKA 3UFNA 4BFBA 1SGUA 3FV3A 5P7OA 5IVTA 3CYWA 3TOGA 3BC4A 4ZPGA 1MEUA 2QU2A 2H6TA 1K6TA 3R1GB 4DJVA 1HSIA 1UPJA 4B00A 4JP9A 2VJ7A 4K4PA 4Y3FA 4FL8A 4D8CA 3D1YA 5P35A 3CIBA 5P6BA 5UPJA 1QBSA 2ZE1A 4Y4GA 4TVGA 4EJDA 1BVGA 2VA6A 3DK1A 3CYXA 1APVE 5P0YA 5P6QA 4EXGA 3Q70A 5P2EA 3OOZA 3WZ7A 2QP8A 4I12A 5P4IA 3EL4A 2G21A 1GVWA 5CLMA 3PWWA 2CEJA 5P60A 4Y5PA 3EM3A 3KDCA 1AZ5A 4RVJA 5P5VA 5HVPA 2B7FA 4APEA 3OTSA 3MXEA 5P5QA 5I3VA 4ZSRA 5P6SA 3D91A 4Y50A 2AOJA 1HPXA 4GJAA 1QBRA 2ZJJA 3KYRA 3QN8A 2G94A 1IDBA 3PGIA 4EP3A 3RVIA 3OHFA 1FMXA 2QI6A 5P55A 1ZTZA 3VFAA 5P0QA 3WZ8A 4D85A 5P8IA 3KT2A 3LIVA 5OYSA 4YDFA 3KDBA 1M0BA 3SA4A 5KAOA 4APRE 1AJVA 1NPWA 4RVXA 3INEA 5P4RA 2WEBA 4AUCA 4H3IA 3PSGA 3BUFA 4Y58A 5P8PA 3AIDA 4Y41A 3NU6A 5P1QA 1FQ6A 1HVHA 2V11C 3S7MA 3SQFA 3VYDA 4RCEA 3VF5A 2HB4A 1GNNA 5DQ5A 2AODA 4Y5CA 5DR0A 1SMEA 1EC0A 5P5ZA 2ER6E 5P3PA 4YD5A 3GGAA 3DJKA 4YOBA 4AA9A 1K6VA 4FE6A 1QRPE 4GJCA 5P1AA 5P5GA 2WF4A 5OYYA 2HS2A 3SPKA 5P3GA 3UDKA 3UQWA 5P3SA 3PB5A 3GW5A 1PPKE 1RNEA 1ER8E 4QLHA 1MSNA 2BB9A 2R9BA 2QMPA 4DJQA 4OBHA 3VEUA 1B5FA 2G1SA 3O9EA 5HDZA 4RVIA 1XS7D 3KM4A 5P0DA 1QBTA 2QD8A 4AMTA 2OF0A 4K9HA 3LIYA 4PHVA 5P33A 5P51A 2OHSA 4BEKA 5P7CA 1HTGA 2G69A 1MVPA 4RROA 3R4BA 4R91A 5P5PA 5P7IA 2NXLA 1HBVA 5IE1A 1HXWA 5ISKA 4ZEAA 3WZ6A 1FKNA 5OZSA 5P3UA 5P80A 1HXBA 1D4YA 5P3BA 2QI0A 5P7AA 1EC3A 4LC7A 4B78A 5P3HA 3T11A 1B5FB 5P7HA 4TRYA 1W50A 1K6PA 3ER3E 2HAHA 3EKQA 3O9BA 2B7ZA 3GGUA 5P7KA 4CPSA 1E82E 1VIJA 3IXJA 1LYAA 5P0EA 5P0OA 3TPPA 5OYUA 1LF4A 3RTHA 2O40A 4Q1XA 3ZKIA 5P68A 5P3NA 4YCYA 4DI2A 2V0ZC 4FGXA 5OZKA 1IVQA 1BXQA 1K2CA 3UDYA 4FIVA 5P6GA 2AOCA 4I0DA 5P7LA 2ZHUA 5P6JA 1W5VA 1B11A 5P5CA 5P8AA 1OD1A 3L5FA 1LS5A 2VNNA 1BVEA 4I8ZA 5P8SA 2IQGA 3GI4A 5P1FA 1B6MA 1HTEA 2FGUA 1HVCA 3PRSA 4J17A 1EBZA 3QRSA 2NMYA 2P3CA 5OZHA 5P6EA 3L3AA 1LYAB 4DV9A 5F01A 4L1AA 5P4CA 5OZCA 3QBHA 4F75A 3LHGA 3EM6A 4GIDA 4Y36A 4I8WA 5P3FA 5P85A 3VUCA 1MIQA 2I4XA 2ZJNA 3GI0A 5P8BA 4F76A 5I3YA 3PEPA 1G6LA 2PYNA 3VV7A 2FDEA 3VF3A 1ME6A 5P26A 3PHVA 2IL2A 3PI5A 2B8LA 3OXVA 5P69A 2FXEA 5P4KA 1BDRA 2NMZA 2G27A 3FX5A 4QJ2A 1TW7A 2ZJKA 3UQXA 5P25A 3TNEA 5P2BA 2PK6A 5P1WA 3OUBA 3NDWA 5P57A 1DW6C 3OAGB 5HU1A 4ACXA 3DUYA 5P1IA 3R0YA 4I0HA 3LPKA 3GI5A 2VA5A 1D4KA 3FIVA 4DPIA 4A4QA 2AVOA 4DQFA 3ZPSA 3EKVA 5P6FA 3OGQA 4OBJA 5HE4A 4Y5NA 3ST5A 1HTFA 1LEEA 2A4FA 2P3BA 4Y3SA 3S45A 2QZLA 5P1ZA 2NR6A 1BILA 4QJAA 4NPUA 5PEPA 5P5EA 2NXMA 4Y45A 5P3JA 1BBSA 2F3FA 5P24A 3MSLA 1T7KA 5AH6A 5OZAA 4CKUA 2RKFA 4Y4DA 2VKMA 3T3CA 3VSWA 2FDDA 4GYEA 3S2OA 1QBUA 2JJIA 1KJ7A 1SDTA 4F74A 3IXKA 3IAWA 5I3XA 2ER9E 3G72A 2Q54A 2PYMA 4H3FA 4NJVA 1HSGA 2I0AA 2G1OA 3TOHA 4Y3DA 5P2VA 4U7QA 4FRJA 5P6PA 5P1BA 5P8FA 3OY4A 2P3BB 2G1RA 4Y3TA 4YA8A 4LXMA 3NDUA 5P31A 2FLEA 5ENKA 2NPHA 5OZ8A 4NKKA 1HIVA 3LIQA 4Z2ZA 8HVPA 1FLHA 5OYXA 1ODYA 1EC1A 2B42A 1XE6A 1WKRA 2QK5A 1AJXA 3HVPA 5P4UA 5P3DA 5P0VA 3SLZA 1W51A 5P18A 5P6UA 4BELA 3TH9A 5HTZA 5P6HA 5P10A 5P4BA 1ZAPA 5P6DA 5P7TA 4FM7A 5P0BA 4GJ9A 2F3KA 4YD6A 5DGWA 1ZLFA 1E5OE 1TCXA 3OU3A 1UH9A 5P6TA 2G20A 2QZKA 5I70A 1EPPE 4GJ6A 5HU0A 5P4VA 4YBIA 3T7QA 4M8YA 2FS4A 1LYWB 3UPJA 5P09A 2P8HA 3H5BA 5P12A 3I7EA 4HDFA 1ENTE 1KJFA 5P45A 5OZ3A 5P3RA 5P74A 5P78A 5AHAA 3SO9A 4Y5MA 5P56A 5P6MA 2OHRA 4Y5KA 2WHHA 1Z1HA 5P7XA 5OYQA 2Q5KA 1RL8A 3OGPA 1LF3A 1YTIA 3L5CA 2ANLA 3SABA 1IZHA 4WTUA 1A9MA 5P1GA 3KT5A 1KJ4A 4D88A 4Y3YA 1RQ9A 1Z8CA 1FB7A 5P42A 3UF3A 4B0QA 1GVUA 1SIVA 5P3WA 2RKGA 2HB3A 5P0RA 5P81A 5DQCA 4J1CA 4Q1YA 2I0DA 1LZQA 3D20A 2FNTA 2BPYA 4FAFA 4DJOA 4YOAA 5P37A 2V00A 4RRNA 3VFBA 4DQBA 5C9FA 4GZFA 3ZKGA 5P82A 1SGZA 4R8YA 2VA7A 3PI0A 5P52A 2A1EA 4CPXA 3OUCA 1C6XA 5P5OA 5P6IA 4HEGA 3SKFA 4Y3JA 4EQ0A 3QRVA 1ZBGA 3PBDA 1FQ7A 1META 2ER0E 5P14A 4HDBA 5P7DA 1ZSRA 3PCWA 1SDUA 2WF1A 5P2DA 2WF3A 4B70A 5KQYA 1W5XA 5B18A 4DH6A 5FIVA 4XXSA 5OZEA 1FIVA 3TOFA 1M4HA 3NUJA 3TTPA 4J0YA 4J1HA 5P4DA 3UDPA 3NWXA 4Y6MA 4DQGA 2ZYEA 3EKWA 5P67A 1ZPKA 5COOA 1D4HA 1G0VA 1SDVA 2VIZA 3S43B 7HVPA 5P01A 1B6JA 3VLAA 1AVFA 5P3TA 5SY2A 4Y38A 5P04A 4HLAA 2Q64A 5P2ZA 5P4XA 4Y4XA 4MC6A 3EL1A 4ZSMA 5P5IA 3PCZA 5T4SA 2PSVA 1EBKC 3TPLA 2HC0A 5P70A 5OZTA 4YD7A 5P3MA 5IS4A 5ISJA 2BPZA 2ZJIA 2FDPA 5EZXA 5APRE 4ER4E 2XFIA 2BBBA 4DQCA 2OHUA 3KMXA 3NU4A 5P2KA 1FQ5A 3HLOA 5P47A 2RENA 3T7XA 4I10A 1K1UA 4R93A 5P1SA 2BKTA 4PPHA 1FMUA 4JPEA 5P2WA 2HB2A 5JG1A 2QZWA 1FGCC 5P4YA 3K5CA 1HPSA 2FXDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OXC A;  5P2A A;  1HVL A;  5P13 A;  3WB5 A;  3O9I A;  5C9B A;  1HHP A;  3TL9 A;  1B6P A;  5P7J A;  3WB4 A;  4LL3 A;  4K8S A;  4S1G A;  2G1N A;  5P6C A;  1MTB A;  5P76 A;  3ZKX A;  4FRK A;  3HVG A;  2PH8 A;  3PMU A;  5P2X A;  1K2B A;  1A8G A;  4LAP A;  5P2N A;  3BUH A;  5KR0 A;  2IDW A;  1NPV A;  2I4V A;  4COE A;  5AHC A;  3S54 A;  4Y3Z A;  1A30 A;  5P43 A;  2PSU A;  1EPN E;  5DQ2 A;  3S8I A;  5P7N A;  3NU3 A;  3L5B A;  5OZL A;  1XN2 A;  1HVK A;  1AID A;  5P8O A;  2QI4 A;  4YD3 A;  5P7R A;  5P1O A;  4L7G A;  3OHH A;  2XFJ A;  4Y3A A;  3HW1 A;  3SM2 A;  3UFL A;  4I1C A;  2VJ6 A;  4NJU A;  2R43 A;  4JEC A;  3MSK A;  1SH9 A;  5P6Z A;  4I0F A;  1EPM E;  5OYZ A;  5P3V A;  5OZG A;  3FNT A;  1W5Y A;  5P2T A;  5P7W A;  3EKY A;  5J25 A;  2WEA A;  5P1P A;  5OZI A;  3OQD A;  2B60 A;  2I4U A;  5P7P A;  4FRS A;  4YBF A;  5E5K A;  3WSJ A;  1MER A;  3CKP A;  3GGX A;  4Y9W A;  2SAM A;  4DPF A;  1IBQ A;  1APW E;  5AH9 A;  4EJ8 A;  3SA3 A;  3I8W A;  5P4H A;  3T7P A;  3EMY A;  3DCR A;  1EC2 A;  5P1C A;  5JOD A;  1HPO A;  3DOX A;  5OZ0 A;  5P1L A;  5P5M A;  2BPW A;  2PQZ A;  1G2K A;  2QNN A;  3I25 A;  4XX4 A;  5SXN A;  5P59 A;  5KR2 A;  3S7L A;  4Y43 A;  3CMS A;  1K6C A;  5P5L A;  2I4W A;  4DJX A;  4I0G A;  5P39 A;  1FQ4 A;  3TKG A;  3SKG A;  5P08 A;  1APT E;  4RCF A;  3K4V A;  5P6O A;  4RYG A;  4EHC A;  5OZX A;  2ASI A;  2VJ9 A;  5P0K A;  3OQ7 A;  5P5S A;  5E5J A;  4FSL A;  5P7M A;  2NXD A;  3JVW A;  2PSG A;  1EED P;  5P3C A;  3URJ A;  4KE1 A;  5P4O A;  3O99 A;  2ZGA A;  1RV7 A;  3ZPT A;  5P5F A;  9HVP A;  3ZPU A;  3BVA A;  3RU1 A;  4ZIP A;  4K4R A;  4U7V A;  4B05 A;  5P4S A;  1QDM A;  2IKU A;  2J9K A;  5P2L A;  5P7Y A;  3U7S A;  3QVC A;  3ZLQ A;  3G6Z A;  5P7E A;  5P46 A;  2ER7 E;  5BRY A;  1D4L A;  3QS1 A;  2Q11 A;  1KZK A;  3UDN A;  2NTR A;  5P8N A;  3DM6 A;  4Y37 A;  5P3Y A;  5P8J A;  3L5E A;  2Z54 A;  2BQV A;  3APR E;  3K5G A;  5OZB A;  2ZHV A;  2PWC A;  1MT9 A;  5IVQ A;  3QI1 A;  3KFR A;  5AH7 A;  5P0W A;  3K5D A;  5P5N A;  5BWY A;  4GMI A;  5P5X A;  3EM4 A;  5P6N A;  4KE0 A;  4OD9 A;  3IVH A; 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 1HVI A;  4U8W A;  4ZE6 A;  2WKZ A;  3R0W A;  5DQ4 A;  1XE5 A;  1FFF C;  3LIZ A;  5P48 A;  1GNO A;  1AAQ A;  6UPJ A;  4ACU A;  3KFP A;  1QS8 A;  2WEC A;  3PVK A;  3UFN A;  4BFB A;  1SGU A;  3FV3 A;  5P7O A;  5IVT A;  3CYW A;  3TOG A;  3BC4 A;  4ZPG A;  1MEU A;  2QU2 A;  2H6T A;  1K6T A;  3R1G B;  4DJV A;  1HSI A;  1UPJ A;  4B00 A;  4JP9 A;  2VJ7 A;  4K4P A;  4Y3F A;  4FL8 A;  4D8C A;  3D1Y A;  5P35 A;  3CIB A;  5P6B A;  5UPJ A;  1QBS A;  2ZE1 A;  4Y4G A;  4TVG A;  4EJD A;  1BVG A;  2VA6 A;  3DK1 A;  3CYX A;  1APV E;  5P0Y A;  5P6Q A;  4EXG A;  3Q70 A;  5P2E A;  3OOZ A;  3WZ7 A;  2QP8 A;  4I12 A;  5P4I A;  3EL4 A;  2G21 A;  1GVW A;  5CLM A;  3PWW A;  2CEJ A;  5P60 A;  4Y5P A;  3EM3 A;  3KDC A;  1AZ5 A;  4RVJ A;  5P5V A;  5HVP A;  2B7F A;  4APE A;  3OTS A;  3MXE A;  5P5Q A;  5I3V A;  4ZSR A;  5P6S A;  3D91 A;  4Y50 A;  2AOJ A;  1HPX A;  4GJA A;  1QBR A;  2ZJJ A;  3KYR A;  3QN8 A;  2G94 A;  1IDB A;  3PGI A;  4EP3 A;  3RVI A;  3OHF A;  1FMX A;  2QI6 A;  5P55 A;  1ZTZ A;  3VFA A;  5P0Q A;  3WZ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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