3SA7A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af55
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sa7A00
2PK6A 4H3FA 3UDRA 2QHYA 2VNMA 4TVHA 5I3XA 4EHCA 4PPHA 5P64A 2Q11A 2BPWA 4H3IA 5IVRA 4Y5NA 3I25A 4M8XA 2P8HA 3PBDA 2P3BA 4CPSA 4DJYA 2FXEA 4FGXA 5P1CA 4BEKA 1UPJA 3Q5HA 4JOOA 1K6VA 3ZMGA 5P0QA 4RVJA 3DK1A 5P77A 3VCMA 5P8IA 5P6AA 3URJA 5KOQA 2NXMA 1HRNA 4NJVA 1ZJ7A 5P5OA 1SGZA 1A9MA 5P58A 5P7AA 2IGYA 1HVHA 4DQCA 5P15A 1HPOA 5P6WA 3S7LA 4B70A 3Q6YA 2G27A 3ZKSA 1W51A 3O99A 4TRWA 2ZGAA 5P6IA 2QI4A 5JODA 3T3CA 3UHLA 4GJAA 1F7AA 3UDQA 5P5UA 2A4FA 3ZKGA 4B00A 2B8LA 4XX4A 1BBSA 4Y5GA 5P6ZA 4Y3SA 3I6OA 3EL9A 3HVGA 2QI6A 3SLZA 4Y3PA 4CPTA 4TVGA 4Y3MA 4UPJA 1KJFA 5P02A 1QBUA 5I3VA 3H5BA 3ER3E 4EYRA 4Q5MA 5P5BA 1HTEA 2RENA 1BDLA 5HVPA 3I2LA 3OAGB 3PCZA 4MC6A 1LS5A 4XX3A 1ME6A 3TLHA 5P2HA 5P54A 5P2KA 5P49A 5P74A 1PFZA 5P22A 2G20A 3LZSA 3OU4A 1HPVA 5P0DA 3NUOA 4DJXA 4F74A 3L5CA 2O4NA 3UTLA 1B5FA 2PMAA 2WKZA 1LF4A 5KR8A 5P34A 4OBKA 4R91A 5P6HA 3AIDA 3VFBA 5P3GA 5P7DA 1D4KA 5P8BA 5P1JA 2AQUA 4Z4XA 1QS8A 4Y45A 5P42A 5P7KA 3K4VA 3UQUA 2PK5A 4DI2A 2WJOA 5DR7A 3NU9A 2V11C 5OZEA 2PQZA 5P2TA 2WEAA 3L5EA 5P1HA 4RCDA 5P0JA 5E5JA 4FLGA 1BWBA 5P59A 3KA2A 2HS1A 3O9CA 3OUCA 5P24A 1AIDA 3VV6A 3ZL7A 3TNEA 4PZWA 2AIDA 3TL9A 3KDDA 3K5CA 4D85A 4DVFA 1VIJA 3HD8A 5P1RA 4YOBA 3LPIA 5P3HA 4EQ0A 5P1MA 5SZ9A 5P5DA 1ZBGA 4DPIA 5HCTA 2VIYA 1HSHA 2IS0A 1MUIA 2QNNA 5P1LA 3SM1A 3SM2A 1OEWA 5P03A 5P3BA 2QI0A 2VIJA 5KQFA 3IAWA 3KMYA 3KDBA 5P86A 2PH8A 5ENMA 3K1WA 3A2OA 5P0IA 5P3EA 5TOLA 1OD1A 4GJDA 3OU3A 4I11A 2BBBA 5DGWA 1RL8A 5P81A 5P8JA 3WZ8A 1AJVA 1MSNA 4F73A 1K6CA 3K5GA 4KE0A 4L7JA 3BUGA 1G0VA 3S7MA 3UFLA 3QAAA 1MT8A 4OBHA 4B77A 4GIDA 1BAIA 2AOIA 2V00A 3GW5A 4F75A 5P7CA 3U6AA 1IIQA 3N3IA 1UH7A 4XKXA 2AVQA 3G72A 5P33A 1LYWB 3UDHA 3VEUA 4K9HA 4X7IA 2JXRA 1LYAA 5P57A 5P5CA 1A30A 4ER1E 3L59A 5P5RA 2O4PA 2BPZA 5C9FA 4J0TA 2BPYA 3L38A 5P0YA 1XE6A 5P00A 1BV7A 3KM4A 1SGUA 5P62A 5P46A 4I0DA 1G35A 1T7IA 3ECGA 4GMIA 3PLDA 4U7QA 3KN0A 5P4IA 5P72A 5P18A 4ZPGA 4J17A 3UQRA 2HPEA 5P11A 4MC2A 1NPVA 1HWRA 4Z22A 4TRYA 4COEA 1FG8C 5OZIA 5DR8A 3ZKMA 5HDUA 3PLLA 5P89A 3LINA 4I1CA 1IZIA 4JPEA 4DJQA 3NWQA 5DQ4A 2QD6A 4A4QA 5AH6A 5OZRA 2PH6A 4HEGA 5P8SA 5P3TA 5P8FA 5OZJA 5P67A 2R9BA 4OD9B 2I4XA 4RRNA 1YTHA 3R4BA 2VIEA 3ZOVA 4ZSRA 3LNKA 5AH8A 1E80E 5P60A 2V16C 2HAHA 1QDMA 5P2YA 3CYWA 5P5PA 2RSPA 3O9HA 5P32A 2F81A 5P84A 2JJJA 2IQGA 3VG1A 5AH9A 1HVRA 1XE5A 1FMBA 5P68A 3TOFA 5OZDA 4CPRA 2F3EA 5P2SA 1DP5A 5P7EA 2WHHA 5P13A 1AXAA 4A6BA 1Z1RA 3S45A 1T6EX 3S53A 2ER9E 1D4IA 2QCIA 5P25A 2Q55A 4OBJA 2XYFA 5P1PA 4B0QA 5P6DA 5HE5A 5P6UA 4YBFA 3OXCA 1EC2A 4Y3JA 3EKWA 2QK5A 2V10C 5P0SA 1SBGA 1C70A 3WZ7A 5KQZA 3BUHA 1HIHA 3IXOA 1DAZC 2QZWA 4EP2A 1K6TA 1HVJA 3T6IA 4ZLSA 4AA9A 1G2KA 3BHEA 5P27A 4Y4UA 5P69A 3CICA 4HZTA 4Y53A 5P7JA 5P8QA 3ZPSA 1GKTA 4ZSPA 1XL2A 4Y3GA 5SY3A 4A6CA 2ZHTA 5P8OA 5P87A 3OQAA 2ZJIA 2G1OA 3SA8A 3VF7A 4Z2ZA 7UPJA 3GI4A 2WECA 3DV5A 3KF0A 3PBZA 4LXMA 1MPPA 4GJ8A 5P7XA 2ZHRA 3T7PA 5P4GA 4FL8A 1IZHA 3Q70A 4YHQA 2UY0A 5P3ZA 3U7SA 2CEJA 3EMYA 3GGAA 3OGPA 4Y3XA 4DQBA 1BIMA 4EXHA 1TCXA 2PWCA 5P1WA 2PSUA 5F01A 5P50A 4LC7A 1IDBA 3SKGA 5P43A 2HB3A 2R38A 4Y3RA 1GVUA 2H6SA 5KQXA 5P1TA 5P2LA 3BRAA 4Y3WA 5P4AA 5P1GA 3UDPA 3SA4A 4IVTA 2AOJA 3WB5A 5P7VA 5OYZA 5P1VA 5P2ZA 1MT9A 3EKQA 2QD7A 5KR2A 4Q1NA 2FLEA 5P3KA 4QJ8A 3MSLA 3QROA 3APPA 1LV1A 1XS7D 4Y47A 4Y3EA 2Q15A 1SMEA 2QU3A 1FGCC 2SAMA 1FQ8A 3UCBA 5P29A 4NJSA 3URIA 2NR6A 5P0LA 5P0PA 4I8WA 5KOSA 4EP3A 2IL2A 4FS4A 1HTGA 4YCYA 1BDRA 2WF4A 4Y4AA 5P2DA 3BXRA 4RYGA 3FX5A 5P16A 3HBOA 5JG1A 3UDYA 5P23A 5P79A 3D1YA 1ZTZA 3OXVA 1HHPA 2I4QA 1FQ7A 5P4CA 5P6PA 5P7PA 4YBIA 4J0YA 5P7LA 1HSIA 2Q54A 5IE1A 5COPA 5P51A 3OY4A 3LZYA 4I0ZA 4YD4A 3NWXA 4FM6A 5ISJA 5P2GA 3KT5A 3FNTA 5E5KA 5P5XA 1W5WA 6UPJA 3EM4A 5I3YA 1KJ7A 1CPIA 5ER1E 5P4OA 2VA6A 4Y48A 2V12C 4Y4XA 4D89A 1W6HA 4HE9A 3PSUA 5P7MA 2QNPA 3D91A 5P8AA 2B7FA 1TZSA 2G22A 2J9JA 4AMTA 3IA9A 4Y4BA 2WL0A 1ZP8A 4J1KA 3S43B 2BKTA 5APRE 2PYMA 3HAWA 5P7WA 4DV9A 3NU6A 2Q5KA 3BC4A 3NXEA 3D3TA 1JLDA 1E82E 2OHPA 3TH9A 4OC6A 3LZUA 1PSNA 4Y4GA 1MIQA 1HVKA 4CMSA 2QMDA 5P7OA 3PWWA 5KQYA 1B6JA 4OBFA 4WY6A 2G69A 4YOAA 4Y38A 2G1NA 1D4SA 5P6XA 3L5BA 4CPUA 2VA5A 3SA9A 5P5NA 3Q3TA 5OZ5A 5P28A 4RCEA 5P65A 5P4JA 5P8EA 4J55A 4YD6A 5P3IA 5P7YA 5P5TA 2P83A 1PPME 5P63A 3O9LB 2FS4A 5P2FA 4ACXA 3QS1A 5P3WA 2ZJKA 2AOHA 3NUJA 1LYAB 5P8RA 5P3FA 3VV8A 5P3QA 4L1AA 5P3AA 4J0PA 1IBQA 1ODWA 4F76A 5EZZA 4B78A 5P4KA 1FKNA 3WZ6A 3RSVA 2QMGA 1ODXA 2ZJMA 4FRIA 3KDCA 3R0WA 3QN8A 4X2LA 3K5DA 4GB2A 5P2AA 5P0AA 5P70A 2NXDA 7HVPA 1B6KA 4B72A 5HD0A 1ZAPA 1F34A 5P8CA 2ER6E 2WEDA 5P6SA 5OZVA 2QAKA 2V0ZC 3OUDA 5DR3A 1XL5A 3OADB 1LF3A 5P17A 3KFNA 3IVHA 1GNOA 4NPUA 1EPME 1FIVA 5P2MA 1YTIA 4Y4WA 3CIDA 4YCKA 5P73A 5DR0A 2AVVA 5P78A 2OHTA 4B1CA 5P2WA 1QBSA 4DJOA 4DPFA 4APEA 5P44A 2I4DA 5PEPA 1TQFA 5P2JA 4L7GA 3NR6A 3MSKA 4B1EA 4HLAA 3RTNA 3NU5A 9HVPA 2R3WA 3LITA 3OWNA 1EBKC 1W6IA 3EKYA 5P4YA 1DIFA 5P0HA 4Y50A 1MTBA 2H6TA 5P7IA 4LL3A 3LHGA 3KFSA 5OZ3A 2G1YA 1G6LA 4Y57A 3HZCA 4DFGA 3KMXA 3NDXA 1HOSA 3EM3A 2G94A 1YG9A 3UQWA 1CMSA 5P0TA 5P4TA 1J71A 1RV7A 5P80A 1RPIA 4JECA 3RVIA 3ER5E 4I0IA 1TCWA 2NMYA 3OQ7A 4APRE 4OBZB 4DJWA 2WF2A 1PSOE 2PC0A 1LEEA 2FNTA 3VLAA 2P4JA 5P0NA 4R8YA 5OZ8A 3VYFA 5P7GA 1BDQA 1GVTA 5P6GA 1UH9A 1N49A 3PB5A 5P6RA 1HVCA 4OBGA 2R43A 2QMPA 4GJ7A 5OZPA 2NTRA 4Y3ZA 4J1CA 1Q9PA 4Y3AA 3H0BA 1U8GA 3TKGA 4KUPA 3K5FA 5P7FA 2BB9A 1WBMA 1FB7A 4PEPA 4YE3A 5P1NA 3OUAA 2IKUA 1AM5A 5OZGA 3TOGA 4DQFA 1BXOA 4FIVA 5IVTA 4I0JA 5P5HA 4Y39A 5P8PA 3S54A 5IS4A 1YTJA 3LIZA 5DQ1A 1TSUA 5OYXA 5P5WA 2QZXA 4ZIPA 5P5SA 1RQ9A 3M9FA 1HXWA 5OZ6A 1FF0C 1K2CA 5P5ZA 2F3KA 5OZMA 3OHFA 5P8KA 5IVQA 3DUYA 4N00A 3LPKA 1IZEA 1FQ4A 3OU1B 3NU3A 1MESA 2O40A 5P3JA 2IDWA 1W5XA 2VA7A 4I0HA 2AVSA 1ER8E 3OAGA 5KAOA 5DQCA 5F00A 5AHCA 1GVVA 3QI1A 4GJ9A 3O9EA 1C6ZA 1DMPA 4Y3LA 3F9QA 1A94A 5ISKA 5P3CA 3EKPA 2B8VA 4CKUA 1META 5HDVA 5HCOA 2NPHA 2G21A 5AHBA 2Z4OA 3DV1A 3R0YA 3VF3A 2JE4A 4I10A 4JPCA 2IKOA 5P05A 3IN4A 5P3LA 3SACA 4K4QA 3O9GA 4Q1XA 1MRWA 3GGUA 3JW2A 3TOHA 5P2OA 4RYCA 4QJAA 2VJ9A 3ZKNA 3SAAA 5P6LA 4AZYA 3UDNA 3HW1A 3INFA 4D88A 2ZE1A 5P1YA 3EM6A 3TPPA 3WSJA 2G1SA 4Y36A 5OZ1A 2VIZA 3DM6A 5OZZA 3PWMA 1KZKA 3IXKA 1AZ5A 1ZPAA 5OZOA 2ASIA 5OZLA 5OZKA 4Y3NA 1B6MA 1BVEA 2FGUA 2OHNA 5P5LA 3VUCA 4TRZA 5P0ZA 1BILA 4Y5PA 1IZDA 3SO9A 4LBTA 1RNEA 4Y56A 2R8NA 5OZWA 4FM7A 3PI5A 5P4RA 4I12A 1APWE 2R5QA 4DJUA 1Z8CA 5P8MA 5P3MA 4ER4E 1BVGA 3U71A 4DJVA 5P6TA 4BFBA 2MIPA 3GGVA 2P3BB 3PM4A 5P41A 3NXNA 3PI0A 1GNNA 2IGXA 1Z1HA 4Y4JA 4J0VA 5P1UA 3C9XA 5OZCA 4L6BA 1HEFE 4J0ZA 1HPXA 1M4HA 5OYSA 1QBRA 1NPAA 3L5DA 4QJ6A 5P3OA 4Y4TA 3SA3A 1HTFA 5P0CA 3PSYA 4D83A 3KYRA 4MC9A 2R5PA 2AODA 5P6KA 3BVAA 5P5GA 1EC3A 4EJ8A 4I0EA 6FIVA 3VLBA 5P76A 3SA5A 3UDKA 1ZSFA 1MRXA 2OHSA 5P2BA 5P8GA 4J1HA 1APVE 5P06A 4Y58A 5P7QA 1MEUA 5P8VA 5P1IA 1LYWA 4Y3TA 2OHLA 5FIVA 1PROA 3EL0A 2OHKA 2FDDA 3D1ZA 3PMYA 4LP9A 4RVIA 4U8WA 3CKRA 2AZ8A 5P3XA 4Y5CA 3KT2A 3QVCA 1WBKA 5OYUA 2IENA 5P0WA 3PHVA 3QRMA 4Y3FA 3DCRA 2ZJNA 4Q1YA 3PMUA 5P20A 1ENTE 2BQVA 3SA6A 4I0FA 2AZ9A 5DQ5A 5IVSA 1KJHA 5P6FA 4DJRA 4LXKA 3OXWA 3R1GB 1LZQA 4RVXA 3S56A 4FM8A 3QBHA 5P0FA 2FDEA 3OU4B 5OZ0A 5P4XA 4QLHA 1FFIC 2PYNA 2HB4A 4YD5A 3OOTA 4NJUA 3DOXA 2HIZA 1B5FB 1SDVA 1KJ4A 5P4PA 5P12A 4Q1WA 4E43A 3PGIA 3K4VC 2FNSA 4EJDA 4WY1A 5OYRA 2CENA 2FGVA 3T11A 5P5VA 4EQJA 1EEDP 5P5YA 4EJLA 2VJ6A 1ZSRA 5P48A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PK6 A;  4H3F A;  3UDR A;  2QHY A;  2VNM A;  4TVH A;  5I3X A;  4EHC A;  4PPH A;  5P64 A;  2Q11 A;  2BPW A;  4H3I A;  5IVR A;  4Y5N A;  3I25 A;  4M8X A;  2P8H A;  3PBD A;  2P3B A;  4CPS A;  4DJY A;  2FXE A;  4FGX A;  5P1C A;  4BEK A;  1UPJ A;  3Q5H A;  4JOO A;  1K6V A;  3ZMG A;  5P0Q A;  4RVJ A;  3DK1 A;  5P77 A;  3VCM A;  5P8I A;  5P6A A;  3URJ A;  5KOQ A;  2NXM A;  1HRN A;  4NJV A;  1ZJ7 A;  5P5O A;  1SGZ A;  1A9M A;  5P58 A;  5P7A A;  2IGY A;  1HVH A;  4DQC A;  5P15 A;  1HPO A;  5P6W A;  3S7L A;  4B70 A;  3Q6Y A;  2G27 A;  3ZKS A;  1W51 A;  3O99 A;  4TRW A;  2ZGA A;  5P6I A;  2QI4 A;  5JOD A;  3T3C A;  3UHL A;  4GJA A;  1F7A A;  3UDQ A;  5P5U A;  2A4F A;  3ZKG A;  4B00 A;  2B8L A;  4XX4 A;  1BBS A;  4Y5G A;  5P6Z A;  4Y3S A;  3I6O A;  3EL9 A;  3HVG A;  2QI6 A;  3SLZ A;  4Y3P A;  4CPT A;  4TVG A;  4Y3M A;  4UPJ A;  1KJF A;  5P02 A;  1QBU A;  5I3V A;  3H5B A;  3ER3 E;  4EYR A;  4Q5M A;  5P5B A;  1HTE A;  2REN A;  1BDL A;  5HVP A;  3I2L A;  3OAG B;  3PCZ A;  4MC6 A;  1LS5 A;  4XX3 A;  1ME6 A;  3TLH A;  5P2H A;  5P54 A;  5P2K A;  5P49 A;  5P74 A;  1PFZ A;  5P22 A;  2G20 A;  3LZS A;  3OU4 A;  1HPV A;  5P0D A;  3NUO A;  4DJX A;  4F74 A;  3L5C A;  2O4N A;  3UTL A;  1B5F A;  2PMA A;  2WKZ A;  1LF4 A;  5KR8 A;  5P34 A;  4OBK A;  4R91 A;  5P6H A;  3AID A;  3VFB A;  5P3G A;  5P7D A;  1D4K A;  5P8B A;  5P1J A;  2AQU A;  4Z4X A;  1QS8 A;  4Y45 A;  5P42 A;  5P7K A;  3K4V A;  3UQU A;  2PK5 A;  4DI2 A;  2WJO A;  5DR7 A;  3NU9 A;  2V11 C;  5OZE A;  2PQZ A;  5P2T A;  2WEA A;  3L5E A;  5P1H A;  4RCD A;  5P0J A;  5E5J A;  4FLG A;  1BWB A;  5P59 A;  3KA2 A;  2HS1 A;  3O9C A;  3OUC A;  5P24 A;  1AID A;  3VV6 A;  3ZL7 A;  3TNE A;  4PZW A;  2AID A;  3TL9 A;  3KDD A;  3K5C A;  4D85 A;  4DVF A;  1VIJ A;  3HD8 A;  5P1R A;  4YOB A;  3LPI A;  5P3H A;  4EQ0 A;  5P1M A;  5SZ9 A;  5P5D A;  1ZBG A;  4DPI A;  5HCT A;  2VIY A;  1HSH A;  2IS0 A;  1MUI A;  2QNN A;  5P1L A;  3SM1 A;  3SM2 A;  1OEW A;  5P03 A;  5P3B A;  2QI0 A;  2VIJ A;  5KQF A;  3IAW A;  3KMY A;  3KDB A;  5P86 A;  2PH8 A;  5ENM A;  3K1W A;  3A2O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2XFK A;  3TPL A;  5P01 A;  2RKG A;  5P8N A;  5P8U A;  2QD8 A;  3MWS A;  3BVB A;  4K4R A;  3QPJ A;  2XYE A;  1SIP A;  2ANL A;  2QI1 A;  1EPR E;  5P6N A;  3JVW A;  4Y4Z A;  3UQP A;  3OUB A;  5P31 A;  3D20 A;  4FSL A;  1W50 A;  5C9B A;  1LYB A;  4HA5 A;  3ZKI A;  1IVQ A;  3G70 A;  3INE A;  3OQF A;  1PPL E;  2AZC A;  1TSQ A;  5OZA A;  3EC0 A;  5P0U A;  4ZPF A;  4LHH A;  5P88 A;  4ACU A;  2AVO A;  2OHU A;  5P5A A;  5P14 A;  4Y44 A;  1QBT A;  2J9K A;  4R95 A;  3VSX A;  1ODY A;  2QI7 A;  5P55 A;  3GI6 A;  3LPJ A;  4I0G A;  3FNU A;  2CEM A;  3SKF A;  5OYV A;  5OYQ A;  1FMX A;  3LIV A;  2NNP A;  5P0V A;  5P5Q A;  5P2E A;  2G24 A;  4ZEA A;  5CLM A;  4DH6 A;  4GJC A;  5DQ2 A;  5UPJ A;  2ZJL A;  5P7Z A;  5P5K A;  1FLH A;  3IXJ A;  3OTS A;  4FAF A;  4GJ6 A;  2ZYE A;  4B1D A;  2P3C A;  3I8W A;  3NLS A;  5OZX A;  3UFN A;  1HVL A;  4FRJ A;  5P4E A;  3OGQ A;  5P56 A;  5OZS A;  1T6G A;  2NMZ A;  2IRZ A;  4Y9W A;  1EBZ A;  4HDP A;  4B05 A;  2FMB A;  3NDW A;  5P8T A;  5P4D A;  5P8D A;  1HBV A;  5P2Q A;  2B60 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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