3SA8A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with kb83
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sa8A00
4Z50A 3OUDA 2RENA 3HLOA 2IKOA 3N4LA 3Q5HA 4QJ2A 4Y5MA 4D89A 2QCIA 5P1OA 4EXGA 5P0SA 4EYRA 2UXZA 5HE4A 4J0YA 5P36A 3PVKA 1MUIA 5OZPA 4Y37A 3OXCA 1FMBA 3G72A 5APRE 5OZMA 1OHRA 5HCTA 5P34A 2V10C 5P0KA 5P5PA 3CICA 1Z8CA 3WB4A 5P2RA 3Q4BA 3EC0A 1BAIA 1PPME 4XX4A 5P4MA 3LZSA 4OBHA 2QMFA 1A94A 3DV5A 5P1BA 4B77A 4J1CA 3NU6A 2NPHA 5P17A 4QLHA 1LYWB 5DR1A 3SA3A 5P24A 1AJXA 5P3NA 4ZSMA 4K4RA 2QI1A 2RMPA 5P2KA 4APRE 3QBHA 5P3MA 4Y3EA 1FMUA 2AVVA 3NU4A 3WZ8A 1YTGA 2O4KA 3KDDA 5P5OA 3L5EA 1AJVA 4R91A 5P68A 4Y3AA 1KJFA 1GVVA 3EL5A 5AH9A 1RPIA 1HIHA 3PLLA 5P8QA 4EJKA 4FCOA 4CP7A 4RYCA 1HVRA 4ER1E 1Z1RA 4RRSA 5P4IA 1ZLFA 3IXOA 5P85A 2BQVA 1AZ5A 3WB5A 4RROA 3HD8A 1FLHA 3UDMA 3N3IA 3TH9A 5OZVA 3NUOA 3S43B 1IZIA 2WECA 2RSPA 3SFCA 4YHQA 3DCKA 5OYUA 2HM1A 2ER7E 3PSYA 3CYXA 4WTUA 2AOFA 3LZUA 5KAOA 1QBTA 5OZUA 2B8VA 3O9FA 5P53A 5P02A 4YCYA 1AXAA 5P2WA 2JXRA 4RCEA 1F7AA 5P70A 2ANLA 1T7IA 5P6LA 3DCRA 4EWOA 5SXNA 1UH7A 4Y6MA 4DQCA 2WEDA 3NYGA 5OZ2A 5ENMA 5P1AA 2PYNA 5DQ1A 5P3RA 1K6VA 1YG9A 3K5FA 3NU5A 4YDFA 3IN3A 4I11A 5P2JA 3D1ZA 1NPWA 1ZP8A 3OTYA 5P1YA 3VV8A 2QNQA 3PWMA 5P2CA 3QAAA 4DJVA 1G35A 4Y3MA 2P3AA 4BEKA 4EQ0A 4EP2A 2ER6E 1BDQA 5P1CA 4NJVA 2B7FA 5DR3A 3I2LA 3RTNA 4LXMA 3ER3E 5OZEA 1YTIA 4YDGA 4Y38A 1BXOA 5P4BA 2VIEA 5I3VA 5P0RA 3KYRA 2PWCA 1A30A 4XXSA 5P7GA 5P42A 5P5YA 3S7MA 3SACA 3F9QA 1E5OE 5P6MA 3SLZA 5P15A 5OZAA 3CIDA 3O9IA 3OQDA 3D91A 4PHVA 2IEOA 3VF7A 5P3ZA 3BRAA 4I12A 4JPEA 2Q3KA 4RLDA 5IVQA 2WJOA 4DQBA 5P1EA 3QS1A 1XL5A 4Y56A 3ZMGA 2NXDA 3BVBA 3EL1A 3WZ7A 1EBYA 4OC6B 5P82A 3VSXA 3UPJA 3GGAA 4X2LA 5P54A 2R5PA 3VG1A 1W5WA 3UQXA 3BXSA 1QS8A 3PM4A 5F01A 5P3TA 5P7NA 3K5GA 4OBZA 2PSUA 3UQWA 5P8PA 1SMEA 4CPQA 2IGYA 3VV6A 1HIVA 5ENKA 1ODWA 3HW1A 5P6ZA 3B7VA 5P50A 3O9EA 2R43A 5P6WA 3BGBA 5P27A 3EM3A 5P4XA 4Y4WA 5DPZA 1UH9A 5HDXA 1MSNA 4CPWA 5P0HA 5HTZA 3QRVA 8HVPA 3O9HA 4H3JA 2CENA 5P8VA 1T6GA 1MRWA 1NSOA 5OYZA 1SMRA 3L5FA 3AIDA 4OBKA 1HOSA 1MESA 2OHPA 4LC7A 1LYWA 3CIBA 5EZXA 5OZBA 3OQAA 3NXEA 5P58A 3RSVA 1DW6C 4Y3NA 4LP9A 1TSUA 3KMXA 5DR7A 3Q70A 2A4FA 3PJ6A 2ZHSA 1IDBA 3EM6A 4A4QA 2AZCA 2FGUA 1JLDA 2R5QA 1AIDA 3PMYA 3D1YA 3L59A 5OZ0A 4NKKA 2F3KA 4GJCA 4Q1XA 2FDPA 4HVPA 3UHLA 1ZBGA 1Q9PA 4K4QA 5P1QA 4I0DA 4AA8A 2IQGA 5P2BA 4K8SA 2WEBA 1KJ7A 5B18A 5P0QA 5KR2A 5P0FA 2IGXA 4FAEA 4J1FA 4Y3JA 5P2UA 3OUDB 4RGHA 4ZEAA 4QJ9A 5P4QA 5P5SA 2J9KA 4HEGA 2ZJKA 2AOEA 4H3IA 4EJDA 5HU1A 2I4XA 2VA7A 5P1JA 4Y3ZA 3R4BA 4QJ7A 1B6PA 5P4TA 5P6GA 3T7QA 4ZPFA 4R93A 5P7DA 2G21A 4LXAA 1BXQA 3DK1A 3MSLA 5P7BA 4YBFA 4Z22A 1K6TA 3BC4A 5P7QA 5P4DA 3UDNA 4R92A 4DJQA 3FNUA 5P5QA 1IBQA 5P40A 5P7TA 1W6HA 4Y47A 5P7WA 2A1EA 4RZ1A 4FAFA 4AMTA 1D4KA 3H0BA 4CMSA 3OUCA 5P26A 1HPXA 5P4VA 3OQ7A 3KF0A 4E43A 1FB7A 4X7IA 5EZZA 3TLHA 3PI5A 1D4HA 5HD0A 2NXMA 3HDKA 3G6ZA 3RSXA 5P4HA 1HVLA 4FGXA 3T7PA 3NSHA 2MIPA 3IGBA 4I1CA 2QHYA 5I3WA 4Y5PA 3VV7A 4Y45A 4GJ7A 3RTMA 3O9GA 3LIQA 4HE9A 2QAKA 3LPKA 4I8WA 5P57A 1YTJA 3TTPA 5P7XA 5IE1A 2BBBA 3UDHA 3ZKNA 3ZKSA 1EPPE 1OD1A 1MT8A 2PK6A 5P7EA 1HHPA 5P0LA 3VFBA 5HDZA 5P1XA 1EPQE 4DUSA 1RQ9A 5P5EA 3RU1A 4R5NA 5OZHA 1GVUA 5P03A 3VLBA 5KQFA 5P5RA 1TCXA 4ZIPA 5P1NA 4K9HA 2QNPA 4Y51A 1EAGA 2HAHA 3KMYA 4YD7A 1PPLE 3D3TA 1XN3A 5OYTA 4OBFA 1FKNA 4U7QA 2H6SA 3MSJA 3QP0A 2QMPA 3G70A 5P8HA 1XN2A 4A6BA 3UTLA 5OZLA 5P8MA 1K1UA 5P63A 3TOGA 2F80A 4UPJA 5P18A 3INDA 5P86A 4CPRA 3ER5E 3KN0A 4GJ5A 4CPSA 3JVWA 3R0WA 5P5AA 4Y3QA 4PZXA 2Z54A 4N00A 2PH8A 1HTEA 4H1EA 5HE7A 1NH0A 5P6IA 4RVIA 5IS4A 1EC1A 3EL9A 3R1GB 1APUE 4QJ6A 4YOAA 1HEFE 1ER8E 4Y39A 4YD4A 2AOHA 5P3YA 4I0EA 5P1ZA 1K6PA 1MRXA 2XFIA 4Y5NA 5OZKA 5KQYA 3PRSA 4Y4EA 5P3LA 4LBTA 5P89A 3DOXA 2I1AA 4WY1A 1TZSA 2G20A 1EEDP 5P59A 3OADA 3KDBA 5P1DA 3SM2A 3ZKGA 2OHLA 1SBGA 2I4QA 2Q55A 1HEGE 5C9FA 3BUFA 3SA6A 5P2GA 2VJ6A 1LYBA 5P06A 4OBZB 3S53A 5P6QA 2R9BA 5P0UA 4BFDA 4LAPA 3URIA 5P8KA 5P5WA 5P6XA 2AOIA 4EHCA 2IRZA 3UDJA 5P05A 3KFNA 2PQZA 3SO9A 1YM2A 4IVSA 4GMIA 3HBOA 2ZDZA 5P6VA 5OYWA 5P0XA 3T6IA 1FG8C 3IN4A 5P10A 4QJAA 3HAWA 4B1EA 2HB2A 4MC9A 7HVPA 1EPNE 1YM4A 3EM4A 4EJLA 2QNNA 6UPJA 5UPJA 4DJRA 1HVIA 2CEMA 1TW7A 2O4LA 3NWXA 2BKTA 5P6AA 4EJ8A 3OOTA 3SQFA 5P1MA 4Y41A 1M0BA 2BB9A 1VIKA 5I70A 4OBDA 1LV1A 4DQHA 3RVIA 4QGIA 1C70A 4HDFA 2OHRA 3URJA 5P6KA 5P4UA 5OYVA 3JVYA 5DQCA 5IVTA 2G94A 2VA6A 4ZE6A 2WF2A 3QIHA 2I0AA 2VIZA 5P8TA 9HVPA 4DI2A 2AIDA 5P4OA 4Y4JA 4NJSA 2BKSA 3NLSA 2Q64A 4FM8A 1LYAA 5OZ3A 5P2HA 4XKXA 4I0FA 5P7PA 2BPYA 1E82E 1AAQA 3GGVA 1SIVA 1D4IA 3TPPA 2VIJA 4Y5AA 3SA5A 1BDLA 4B78A 4CPTA 4I0GA 4GJ9A 2WL0A 2PK5A 4L1AA 3S7LA 1OEWA 5P3HA 4Q1WA 3KFSA 1YT9A 5P7ZA 5P3EA 2WEAA 5P4EA 4JOOA 5P2AA 5P0VA 1D4SA 4Y36A 4Y9WA 4YOBA 1NPAA 2IDWA 5P60A 3UQPA 1XL2A 3ST5A 5P16A 4RVXA 5P77A 2QZXA 4J1EA 3K4VA 2P3CA 2WF4A 5P25A 1META 1B5FA 1IVPA 5P7CA 4RCDA 3O9CA 3LZYA 5KOQA 5P8LA 3UCBA 4F76A 4MC1A 4PYVA 2P3BA 3SM1A 2UY0A 1SDVA 1APTE 1EPRE 4J17A 3NDXA 5P0OA 5CONA 4YD3A 3VFAA 2O4SA 2NR6A 5E5JA 1C6ZA 2I0DA 3BUHA 5P0ZA 4YCTA 3H5BA 4YD6A 1PSAA 3PBDA 2AZ9A 4I0JA 5P00A 2VNNA 3EBZA 3OTSA 4H3GA 2QZLA 5KR0A 2QZKA 4GJ8A 1ODYA 5HDUA 2IENA 4Y4DA 1PSOE 5P1IA 3UF3A 1G6LA 4Q5MA 4Y3TA 5P04A 2HIZA 5P7JA 4FE6A 5P3CA 2O40A 3TKWA 4Y5LA 3ECGA 5P88A 4KB9A 3OU1A 2HPEA 1GKTA 4ZPGA 5P32A 3VYEA 3KDCA 4Y3RA 5P37A 4CKUA 4PPHA 5ISKA 2FLEA 5P7MA 3FNTA 2PH6A 2ASIA 2ZGAA 5P3JA 4Y3HA 1MT7A 5P1HA 2QHZA 5P8CA 2Q54A 5P33A 1FQXA 2FGVA 2R38A 1E81E 5P1WA 5P5NA 5P30A 4HLAA 4J54A 5ISJA 5F00A 4Y3PA 3L58A 5P0TA 5OZFA 1K1TA 3HAUA 2CEJA 2QD8A 3OXWA 5P4WA 3SAAA 4OD9A 5P3AA 2FIVA 4Z4XA 3UFNA 4U7VA 5P2OA 1MPPA 5P6BA 2P4JA 4Y5EA 5COOA 4JP9A 1FGCC 4TRWA 2PC0A 2HPFA 1RNEA 5P0NA 3LNKA 3GI5A 4D85A 3IA9A 1HVSA 3OGPA 2G1NA 4GJAA 1AVFA 4HDPA 2Q5KA 5P29A 4Y5CA 3ZKMA 1MIQA 5AH8A 3PWWA 2BPXA 4M8XA 1B6LA 3EKPA 1A8GA 4JECA 1PPKE 3O9LA 5P55A 3TL9A 1VIJA 5P0AA 5P6JA 3R2FA 3WSJA 3Q3TA 5P22A 5P4LA 4B0QA 3OHHA 2XFJA 5I3YA 2R3TA 4Y3FA 4FSEA 2JJIA 3C9XA 1PROA 5P74A 3NDTA 1HTGA 3LIVA 3EKWA 4D8CA 4DV9A 4ACUA 1BBSA 2G24A 5OZ7A 2SAMA 4I10A 1RV7A 3OADB 5P44A 5P80A 4GYEA 5P5UA 3KFRA 4GJ6A 5P2FA 2G1SA 1HVCA 5P2YA 2AVQA 5P49A 4DQFA 5P14A 4Y4GA 4DJPA 1LYBB 3NWQA 5P87A 5P13A 2XFKA 5P1VA 2V16C 1SGUA 2OHTA 1IZEA 3IVIA 4ER2E 1SP5A 5KQZA 3NXNA 1D4LA 5OZWA 5AHCA 4FM6A 5P5JA 3OHFA 2ZHTA 3KM4A 5OZ6A 5P3VA 5P5XA 1EC2A 3T7XA 5P7HA 5P5GA 5OZRA 3VUCA 3VYFA 3MWSA 5PEPA 3PBZA 5OYQA 5P0EA 2AQUA 2AVOA 5DGUA 2HS2A 4I0HA 1A9MA 5OZXA 4AA9A 7UPJA 3IXJA 2ZHVA 2B42A 5P2DA 3A2OA 5OZ5A 3O9BA 1G2KA 2Z4OA 5P09A 2R8NA 4DJXA 4Y57A 2ZJMA 4I8ZA 5P5FA 4RYGA 1NPVA 3ZKIA 1HWRA 3EKTA 5DQ4A 5P1FA 5JFPA 2VJ9A 3DV1A 5P5ZA 2AOCA 3KT2A 4B70A 3OQKA 3S54A 1OEXA 3PGIA 3EL4A 3KT5A 2QU2A 2NNPA 5P6SA 3NUJA 1BWBA 4NJUA 2B60A 5P7IA 4J1KA 5P0BA 5P67A 5P3PA 3SA8A 4Y44A 5P0DA 3URLA 4YA8A 4S1GA 5P8JA 3VYDA 5P71A 2ER0E 4YD5A 4DH6A 1LYAB 1QRPE 4LXKA 5P5VA 1LEEA 1LF3A 2F3FA 3S8IA 1FQ4A 3HZCA 3UDPA 5P2NA 3ZKQA 5P5BA 1T6EX 2RKFA 3SABA 1C6YA 1FQ6A 1QBUA 3T3CA 4L1AB 5AH7A 5P1LA 1BV7A 4Y3GA 3DM6A 2G22A 5P1KA 4YBIA 5P6FA 5P4CA 1KZKA 1HPOA 5P6OA 4FM7A 5P8NA 1XS7D 4NPUA 2UPJA 3DUYA 5SY3A 2NTRA 2FS4A 5P5HA 3BUGA 2OHQA 5P0PA 5P7RA 5P28A 3U71A 5AHBA 5P8IA 3EKQA 4IVTA 4ZLSA 3CKRA 3K5DA 4Q1YA 4COEA 5OZOA 1B5FB 3D20A 3QRMA 5P39A 5P8BA 4TVGA 3LIZA 1XE6A 3PMUA 3O9AA 3OU4A 3CKPA 1IIQA 2P3BB 2AVMA 5HU0A 3EL0A 4QJ8A 5P31A 2I4UA 1XDHA 1FEJC 1FFIC 1BV9A 4DPFA 5P72A 3SKFA 2OHKA 3PB5A 5P5DA 1HXBA 1HIIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Z50 A;  3OUD A;  2REN A;  3HLO A;  2IKO A;  3N4L A;  3Q5H A;  4QJ2 A;  4Y5M A;  4D89 A;  2QCI A;  5P1O A;  4EXG A;  5P0S A;  4EYR A;  2UXZ A;  5HE4 A;  4J0Y A;  5P36 A;  3PVK A;  1MUI A;  5OZP A;  4Y37 A;  3OXC A;  1FMB A;  3G72 A;  5APR E;  5OZM A;  1OHR A;  5HCT A;  5P34 A;  2V10 C;  5P0K A;  5P5P A;  3CIC A;  1Z8C A;  3WB4 A;  5P2R A;  3Q4B A;  3EC0 A;  1BAI A;  1PPM E;  4XX4 A;  5P4M A;  3LZS A;  4OBH A;  2QMF A;  1A94 A;  3DV5 A;  5P1B A;  4B77 A;  4J1C A;  3NU6 A;  2NPH A;  5P17 A;  4QLH A;  1LYW B;  5DR1 A;  3SA3 A;  5P24 A;  1AJX A;  5P3N A;  4ZSM A;  4K4R A;  2QI1 A;  2RMP A;  5P2K A;  4APR E;  3QBH A;  5P3M A;  4Y3E A;  1FMU A;  2AVV A;  3NU4 A;  3WZ8 A;  1YTG A;  2O4K A;  3KDD A;  5P5O A;  3L5E A;  1AJV A;  4R91 A;  5P68 A;  4Y3A A;  1KJF A;  1GVV A;  3EL5 A;  5AH9 A;  1RPI A;  1HIH A;  3PLL A;  5P8Q A;  4EJK A;  4FCO A;  4CP7 A;  4RYC A;  1HVR A;  4ER1 E;  1Z1R A;  4RRS A;  5P4I A;  1ZLF A;  3IXO A;  5P85 A;  2BQV A;  1AZ5 A;  3WB5 A;  4RRO A;  3HD8 A;  1FLH A;  3UDM A;  3N3I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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