3SAAA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af77
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3saaA00
5P14A 3OUCA 2WL0A 5P5JA 4Y4UA 1YM4A 1HIHA 4Q5MA 5CONA 4QJ9A 5C9DA 4Y5BA 5P39A 1D4LA 3DJKA 4B78A 2FLEA 1GVXA 5P2SA 4RCEA 5P5AA 5HDXA 5COKA 3LIXA 5P5HA 1HPXA 3VEUA 4I0GA 5P3XA 3CICA 1M4HA 4J1EA 5P5SA 3RTNA 1FQ7A 5P43A 2VNMA 5P3WA 5P63A 3OU1B 2G94A 5F00A 4MC1A 3NR6A 1SGUA 3HW1A 5P45A 4OD9B 4K8SA 5SY3A 5OZEA 5P4VA 2ZJIA 1HPVA 3UDHA 1EBYA 5OZSA 1YM2A 3R1GB 3D1YA 3EKQA 4QJ6A 2VNNA 5P0BA 5KR1A 2VA6A 5P2JA 2QMDA 4HA5A 2J9KA 5P12A 5P1YA 1K6TA 5P3LA 2UXZA 5P2MA 1BWBA 4Q1XA 2Q54A 2Q55A 4Y3YA 3PMYA 4Y54A 1HEGE 4YD3A 4PPHA 1GVVA 2HB2A 1SMRA 3S7LA 5P35A 1IZIA 3KN0A 3BVAA 4YOAA 1K2BA 1DPJA 4GJ8A 1VIJA 4JECA 3IVHA 4Y3PA 5P0IA 1YG9A 4DJUA 2ZHSA 4NJTA 5P19A 5P6VA 4TVHA 5P1FA 5P5BA 3O9AA 3KFRA 2XFJA 3L58A 5P8EA 5E5KA 3T7XA 4TRWA 5P51A 5P7LA 4FAFA 3LHGA 3G70A 2XYFA 5P4BA 4DQEA 1EC0A 3TNEA 2R43A 5P8MA 5HU0A 5P7BA 4L1AB 5P4JA 5KOSA 8HVPA 2BKSA 5OZTA 5I3XA 1HHPA 4FAEA 1FIVA 5P4YA 3L5EA 5P5PA 2HS2A 2WHHA 3FX5A 5P42A 3ZKIA 3VV8A 5P6EA 3LPKA 5P6AA 4YD7A 2PMAA 3O9CA 4AZYA 1ODXA 2PH8A 2AOEA 3LIZA 5P0QA 4GJBA 3GI0A 3L5BA 5J25A 3PI5A 4I0IA 4FRIA 3PSYA 1ZPKA 4GJCA 5P6LA 4FGXA 5OZ1A 5HD0A 5HE7A 3UQXA 4D83A 5P64A 2AVOA 5P5QA 2NNKA 1GVUA 3UDNA 1TQFA 4L6BA 2QNQA 3NSHA 2OHSA 1RL8A 5P27A 5P87A 5PEPA 2O4NA 1ODWA 5P1GA 1ZBGA 2ZYEA 1EPOE 4Y5CA 2BB9A 4I1CA 5P8RA 5I3WA 1IDAA 3L5DA 5OZFA 2QU2A 1D4YA 4KE1A 3NUOA 3GW5A 5P34A 5DQ1A 4ZIPA 1IDBA 1MTBA 2J9JB 2A4FA 3RU1A 2I4XA 1SH9A 2RKFA 5P33A 5P8AA 4J1FA 4J5JA 1Q9PA 4HLAA 5P3KA 1HSIA 5OZXA 5P04A 3TOFA 3T7QA 2I4VA 5P6SA 5AHBA 5P05A 5P4SA 1SGZA 3NDXA 4UPJA 1ZJ7A 5EZXA 5P66A 4CPWA 5P4AA 3NUJA 3SA4A 5P6HA 1ZAPA 4Q1YA 2QCIA 2IRZA 3ECGA 4J17A 2O4PA 5OZ4A 3ZKXA 1UH9A 4EP3A 1BDLA 3FV3A 4B0QA 4NJUA 2V00A 5P4UA 3S43A 1HVRA 1HEFE 1SP5A 4M8XA 2V10C 1E82E 4H3JA 2AVVA 5P89A 2NMZA 5P49A 1BXOA 5P8DA 6FIVA 3OTSA 2ZJNA 1ME6A 1SMEA 5P5RA 5AH9A 3HLOA 1LZQA 1HRNA 1EBWA 5P2HA 4HDBA 1IBQA 3H5BA 5P0GA 3VYFA 2OHKA 5P48A 5P24A 3O9GA 5DR7A 2EWYA 1GNOA 1K1TA 4RCFA 5IVRA 1MVPA 1ZPAA 5AHCA 5P36A 1K6VA 4GYEA 2BKTA 2PYNA 3LINA 5P1RA 1FQ5A 5P56A 2AOFA 3K5DA 3NU3A 1DP5A 5KR0A 2Q64A 5P4HA 3GI5A 4XKXA 1LF2A 1LYAA 4J0TA 5P3NA 2IGXA 1B6JA 2QD8A 5KOQA 2QHZA 4PYVA 2ZHTA 4LXMA 5DQ5A 4GJAA 4CKUA 5P31A 3DV1A 2PK6A 1F7AA 2VIEA 4BFBA 5TOLA 4U7QA 4E43A 4B05A 3IN3A 2F81A 1XE6A 5P00A 1CPIA 4I0DA 3KYRA 4QGIA 1E81E 4Y56A 4Y53A 5P2VA 1NPWA 3ZPUA 5P8QA 3ZKSA 1Z8CA 3CMSA 5P0UA 5HE4A 1G2KA 5P80A 5P29A 3UDRA 3ER3E 2AIDA 4Y3JA 5OZNA 1JLDA 1META 2PQZA 3WB4A 5P4WA 3TPJA 3QBHA 5DQ4A 5P3VA 1HVIA 3OUDA 5P6WA 3MWSA 5OZLA 3AIDA 3TLHA 5HCOA 3TKWA 5P0AA 4EPJA 4K4PA 1T7JA 3L5FA 5OYTA 2AOGA 4B1EA 5P60A 1AVFA 2WECA 3I2LA 4I12A 4TRYA 4HDPA 4LHHA 4YHQA 3PWWA 3VF7A 5P40A 3OOTA 5P0FA 2WKZA 1RNEA 3VLBA 3JVWA 2QP8A 5OZYA 3OGPA 2Q3KA 4Y3NA 5P4IA 3FNSA 3T6IA 2Q15A 2BBBA 5COPA 4R5NA 3PB5A 4Y5GA 5ENMA 5P44A 5P1TA 3VSWA 2AOHA 1VIKA 3OGQA 5P03A 4B72A 1WBKA 4EP2A 2XYEA 5AGZA 5OYWA 3PI0A 5P59A 4RRNA 1BVEA 5P54A 3WSJA 2ZJJA 4ER1E 3VF3A 3URJA 5OZ9A 2AVMA 2HIZA 3PLDA 1HPSA 1SDTA 5P0WA 2IENA 1HTEA 3NYGA 5ER2E 1CZIE 1BV9A 5JFUA 3EL0A 3DUYA 3NLSA 5P38A 3NXNA 4Z4XA 3S2OA 4GIDA 5P2OA 5P10A 1J71A 4L7JA 3B80A 4Y5KA 1T7IA 4RRSA 5P25A 2G1OA 4RYGA 3VYEA 4PHVA 7UPJA 1GVTA 5P3CA 3TL9A 2HPFA 4TRZA 3HBOA 1TW7A 1W6HA 5P2LA 4CPQA 1NSOA 3SA8A 1W6IA 4CPSA 3WZ6A 5P3TA 2FXEA 5P5XA 2FIVA 3ZKGA 3VV6A 3WZ8A 4Y37A 5P06A 2FDPA 4RVIA 5DQCA 3MSJA 3SM2A 4Y4ZA 5P7OA 4DQFA 1IZEA 2P3AA 3K4VA 5P4MA 2FDEA 3RSXA 4WTUA 2F3EA 1ODYA 1E80E 3DM6A 3TPLA 4D88A 1RV7A 4NPTA 4BELA 1OEXA 2ER9E 1LYAB 3KMXA 2AZ8A 3BUGA 4DJVA 2G1YA 4XX4A 2RKGA 2QD6A 3I7EA 4ZPEA 5P2TA 2G26A 1G6LA 2O4KA 5JFPA 5P23A 5P6BA 1TCXA 5P5KA 5P7AA 1NH0A 2G22A 3PLLA 3UFLA 1FEJC 2B60A 5P11A 5P7HA 2FXDA 2AOIA 2OHUA 5OZ0A 1KJ4A 1SIPA 3C9XA 3QRVA 5P17A 3NU6A 2JYSA 4A6BA 5KQFA 2PC0A 4FCOA 5OYUA 3OXXA 5UPJA 4J0PA 5P3BA 2CENA 5I3YA 3UQPA 3NU5A 3HZCA 1NPVA 5EZZA 4B1CA 4ACUA 1DMPA 4Y44A 5P7DA 4N00A 3UPJA 5P7CA 2OHQA 3OWNA 5P6NA 5OZJA 5P4TA 1XDHA 2WF2A 3OUDB 3LIYA 1HVJA 2AZCA 2A1EA 1D4SA 1G0VA 3KDDA 3OK9A 2HS1A 3GI4A 4FIVA 5P1KA 3QVCA 1UPJA 1ENTE 3IXOA 1FG6C 2R9BA 2VJ6A 1MESA 2ZJHA 2XFIA 2UPJA 3NDWA 3OY4A 2P3BA 5P20A 3IXKA 1AXAA 2WF1A 4J1CA 3ZPTA 3K4VC 5P8KA 4R95A 2QNPA 3A2OA 3FNTA 5P61A 2QMGA 5DR4A 3WB5A 4I10A 3SAAA 3LIQA 3SACA 5DGWA 1MSMA 1HWRA 3VUCA 5P47A 2G24A 4Y41A 4DJWA 4QJ8A 4TVGA 1RPIA 5C9BA 2QU3A 5P7PA 2AODA 2ZE1A 1EAGA 3UDKA 2B8VA 5P08A 4FSEA 3VFBA 5P1XA 1KJ7A 4Y51A 3KF0A 1Z1RA 5OYZA 5P50A 5OYVA 5P7GA 3T11A 3SA3A 4R92A 3EKTA 4Y57A 5OYSA 3PM4A 5P3EA 1FMBA 4EJ8A 3O9BA 4J54A 1C6YA 5P0HA 5P1NA 5P8PA 4DH6A 1HTRB 3URLA 3SKFA 5P0CA 5OYRA 1ZP8A 3QP0A 5P6PA 3T3CA 4YD4A 1APVE 2JJIA 1BV7A 2RENA 2IS0A 4OBKA 2QI7A 5P5WA 4AA9A 3OTYA 1AIDA 2FS4A 1A8GA 5P3GA 2ZJLA 4QJAA 4F75A 5P5MA 1GVWA 5P0EA 4EJKA 4CPUA 4RVXA 2UY0A 2B7FA 4Y47A 5P6FA 4Z22A 3S8IA 3DV5A 3SKGA 4YCTA 3OADB 4Y9WA 3CIDA 5P2ZA 1W51A 4F76A 5OZGA 5AH7A 4Y5PA 4Y5MA 5P4NA 2G27A 4MC6A 1BXQA 5T4SA 5HDVA 3BVBA 2HB4A 2BQVA 3H0BA 5P4ZA 5P5UA 2F8GA 5P77A 4OBZA 1W5YA 1MT9A 3O9LA 1MSNA 1Z1HA 3OQFA 2QI5A 1RQ9A 1WBMA 3INEA 5P6RA 3VF5A 4Y3SA 5P0DA 5P1DA 1BAIA 4DJRA 6APRE 5ER1E 3KT2A 3INFA 5P0JA 3JW2A 5P3UA 1HOSA 1IZDA 4X2LA 2I4WA 5P5VA 2VJ9A 4GJDA 4I11A 5P6TA 3TPPA 4Y4TA 2BPVA 4COEA 5P1IA 4PZXA 3HD8A 2ZDZA 3SLZA 2JXRA 5P8SA 4FL8A 2QZKA 4J0VA 1PPLE 1PPKE 2HM1A 1FQ8A 4DQBA 2PSVA 5P0NA 4DJYA 5P4CA 4LC7A 3U7SA 4Y3HA 1EEDP 1B6MA 4OBHA 1G35A 5P09A 3QRMA 1EC1A 3VSXA 3INDA 4Y4AA 2OHTA 5ISJA 2QI6A 3OU4A 3MSLA 3Q3TA 1BWAA 4YOBA 1DIFA 2BPWA 4FSLA 3CKRA 1FQ6A 3TKGA 1MRWA 3DCRA 1HXWA 5P8NA 4KB9A 5E5JA 2P3BB 4Y3DA 5P0OA 5P3IA 5OZDA 5P1VA 5OZZA 3LPIA 2BPZA 4B1DA 3G72A 1LS5A 4L7HA 1B6PA 1HBVA 5P86A 4GJ6A 1FGCC 3URIA 3BC4A 5OZ5A 5P3QA 3NWQA 4GJ9A 1FFFC 4KE0A 4Y3AA 1U8GA 4H1EA 3RVIA 3HDKA 3OXWA 5P6XA 5JODA 3UHLA 5OZBA 1IIQA 5BS4A 1OD1A 4KUPA 2IDWA 2NNPA 4FRJA 5P28A 5P4KA 5P6UA 3BGCA 4MC2A 2IQGA 4WY1A 4U7VA 3FSMA 5KAOA 5P2QA 2AZBA 3OXCA 2I1AA 5P4EA 4CPRA 5SXNA 5OZHA 1MT7A 3VCMA 2AVSA 1LYWA 4X7IA 1HVSA 5P0SA 3PBZA 4ZSPA 1A30A 5P2UA 3O9EA 1SIVA 4H3IA 4D89A 4IVSA 1LF4A 4YE3A 3TTPA 4AUCA 5DPZA 5P0RA 5P82A 3PCWA 5P1BA 1LF3A 4Y4WA 3S56A 1BVGA 3KA2A 4YDGA 5P1QA 5P8CA 2I4QA 4I0FA 1KJFA 3K1WA 2IGYA 5P2FA 5P75A 5P5DA 5BWYA 1AM5A 4S1GA 3RTMA 1YX9A 5P72A 2BPXA 1HTFA 3CKPA 3KT5A 5IVSA 4ZSMA 5OZ3A 5P1HA 5P4FA 4HZTA 5P7EA 1C6XA 4Y58A 5P57A 3BRAA 2ASIA 4I8WA 5P1ZA 5P6KA 5P3RA 3PWMA 1XN2A 5SY2A 2F3KA 1FF0C 2H6TA 5JG1A 2P3CA 1YTIA 3PJ6A 4OBZB 3BUHA 2QZXA 1HIVA 2NXDA 1ZSFA 5P8LA 3O9LB 4MC9A 2V16C 3UDQA 3EM3A 4FM6A 1C70A 1UH7A 4NKKA 4Y3XA 5FIVA 5P8OA 3PSGA 4J0YA 5AH6A 3ZKMA 5OYQA 4EHCA 2ER7E 2R8NA 2QHYA 4PZWA 5HDUA 3UQWA 4APRE 2G20A 3O9HA 3O99A 1NPAA 3OQDA 5P6DA 3D3TA 4DJXA 4Y45A 3OQAA 1DW6C 5P85A 2NXLA 3PRSA 5P52A 5P1EA 2ZHRA 5P41A 3EBZA 5P67A 4GMIA 1SDVA 2Z54A 3AUPA 1QDMA 3EM4A 5DR8A 4QJ7A 5P1JA 4DI2A 4Y43A 1D4IA 5P2KA 2ZJMA 9HVPA 2OAHA 1APTE 5AHAA 1T6EX 1IVQA 2B42A 5P65A 5P5GA 3OU4B 3SPKA 1MTRA 4DFGA 3NU9A 3S43B 3B7VA 1WKRA 5ISKA 5P1PA 2WEDA 2V0ZC 2AQUA 1OEWA 3GGUA 5P88A 3SA6A 3SO9A 4Y6MA 1HVCA 1A94A 5P8BA 5P78A 3UFNA 3KFSA 5HU1A 4BEKA 4RGHA 5OYYA 5F01A 4DJQA 2VIZA 2NR6A 2H6SA 1TCWA 2AZ9A 3EM6A 4HDFA 4L1AA 3QPJA 4YD5A 1ZSRA 4YDFA 2WJOA 3OXVA 1AJXA 5P7UA 5P0XA 4ZPGA 4EQ0A 1LEEA 3TH9A 2JJJA 5P6ZA 1B11A 5OZPA 4NJSA 3LZYA 3I6OA 5OZ7A 2B8LA 5P76A 5P7QA 5P30A 3R4BA 2QK5A 4Q1NA 5P0PA 2G69A 1XL2A 5P1MA 2IKOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P14 A;  3OUC A;  2WL0 A;  5P5J A;  4Y4U A;  1YM4 A;  1HIH A;  4Q5M A;  5CON A;  4QJ9 A;  5C9D A;  4Y5B A;  5P39 A;  1D4L A;  3DJK A;  4B78 A;  2FLE A;  1GVX A;  5P2S A;  4RCE A;  5P5A A;  5HDX A;  5COK A;  3LIX A;  5P5H A;  1HPX A;  3VEU A;  4I0G A;  5P3X A;  3CIC A;  1M4H A;  4J1E A;  5P5S A;  3RTN A;  1FQ7 A;  5P43 A;  2VNM A;  5P3W A;  5P63 A;  3OU1 B;  2G94 A;  5F00 A;  4MC1 A;  3NR6 A;  1SGU A;  3HW1 A;  5P45 A;  4OD9 B;  4K8S A;  5SY3 A;  5OZE A;  5P4V A;  2ZJI A;  1HPV A;  3UDH A;  1EBY A;  5OZS A;  1YM2 A;  3R1G B;  3D1Y A;  3EKQ A;  4QJ6 A;  2VNN A;  5P0B A;  5KR1 A;  2VA6 A;  5P2J A;  2QMD A;  4HA5 A;  2J9K A;  5P12 A;  5P1Y A;  1K6T A;  5P3L A;  2UXZ A;  5P2M A;  1BWB A;  4Q1X A;  2Q54 A;  2Q55 A;  4Y3Y A;  3PMY A;  4Y54 A;  1HEG E;  4YD3 A;  4PPH A;  1GVV A;  2HB2 A;  1SMR A;  3S7L A;  5P35 A;  1IZI A;  3KN0 A;  3BVA A;  4YOA A;  1K2B A;  1DPJ A;  4GJ8 A;  1VIJ A;  4JEC A;  3IVH A;  4Y3P A;  5P0I A;  1YG9 A;  4DJU A;  2ZHS A;  4NJT A;  5P19 A;  5P6V A;  4TVH A;  5P1F A;  5P5B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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