3SACA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af80
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sacA00
2Q55A 5P1IA 5P45A 4K4QA 1DP5A 4EYRA 3LIYA 3TPRA 4I0FA 4Y43A 2QI6A 5P3JA 5P4WA 3KN0A 2IGYA 3OXVA 4DQGA 4RRNA 5P4GA 4MC9A 1GNOA 1LS5A 3PB5A 3NXEA 5P1BA 2Q3KA 1D4HA 5I3XA 4Y4WA 1Z1HA 1G6LA 3BVBA 4OBZB 4DJYA 5P1PA 5HDUA 3EKPA 4NPTA 4GJBA 5SY3A 3L5BA 4X7IA 3UF3A 1KJ4A 3EM6A 1IZIA 2RKFA 2ZJKA 3Q3TA 3UPJA 5AH7A 4DFGA 3H0BA 1BVEA 4Y4JA 5P2ZA 2WHHA 3L5FA 2I4QA 3DM6A 5P7GA 5T4SA 3MSKA 2BKTA 5JFPA 4DJUA 1HVIA 4Y38A 1YM4A 4L7HA 3ZKGA 5P5QA 1KJHA 1SBGA 5P55A 5I3VA 4YOBA 3L38A 5P7KA 1EBYA 1W50A 5P68A 4R92A 5P78A 2UPJA 5P5DA 4I12A 4ZEAA 2VJ9A 5P80A 4ER2E 2OHRA 4FRJA 5DQ1A 2I0AA 4KB9A 2V12C 5P0TA 1SIPA 1XS7D 3EMYA 3OQDA 5AHAA 2I4DA 5P2XA 4Y5MA 2QI7A 5KR1A 4EPJA 1ZAPA 1MERA 1ER8E 2WEAA 4F75A 2ZJIA 2VIYA 4QJ2A 4RCEA 5CLMA 3T11A 5P31A 1VIKA 3KDCA 2NNKA 3OADB 1HIIA 2FNTA 3LIVA 4R93A 5P17A 5P6GA 1WKRA 1HIHA 2G1OA 3EL0A 3U7SA 3QS1A 2P3BA 5P69A 3SFCA 4FSEA 3VLBA 1SIVA 4Y3AA 3PHVA 1A8KA 4EWOA 3R0YA 1HVCA 2QI0A 4APRE 3K4VC 2VIZA 1HPXA 3BUFA 3QBHA 2V16C 3O9LB 3JVYA 3WZ7A 5P4CA 3SM1A 2CENA 5OZWA 4R91A 5P4QA 4CPXA 5COOA 5P3QA 4RYGA 5P5KA 2NXDA 2OHUA 5P6OA 1XL5A 1HXBA 4PPHA 5P67A 5JFUA 5P43A 1B5FA 4Y3WA 5P3WA 1J71A 5P0BA 5P7YA 4U8WA 5P6DA 3PLDA 3PJ6A 1ME6A 1K2CA 3DJKA 5P5VA 3HVGA 5DR7A 3KMXA 4CPTA 2Q15A 1ZPAA 4YD5A 2ZHTA 4Y4AA 2WF3A 5P32A 5COKA 2HC0A 1W6HA 2Q5KA 1UPJA 5P7MA 1XE5A 1BAIA 2ANLA 5P4RA 2G21A 2R38A 1QDMA 3FNTA 2BPXA 4YD6A 1OD1A 3QI1A 2SAMA 1TW7A 5P4JA 2ZGAA 1HTRB 3T3CA 4GYEA 2PYNA 3EXOA 3IVIA 3N4LA 1K6VA 1K6CA 2B42A 5P3NA 3DCKA 2G22A 3LINA 3OTSA 5C9DA 5P2KA 5P2RA 2PWRA 4XKXA 3LZYA 5P0JA 5HDZA 1FF0C 3NU9A 5P5GA 5OZYA 4HLAA 3T6IA 3EBZA 1MVPA 3Q4BA 4I0JA 5P4YA 2XFJA 5F00A 2BJUA 1PROA 3PWWA 2F81A 3OOZA 5P8RA 3INFA 3OXWA 2AVQA 5P5EA 1MT9A 3CIDA 1IZHA 4DPIA 1N49A 3L5DA 5P1AA 1DAZC 3KA2A 2G1RA 2QHYA 4J1CA 5P3KA 3ZOVA 3QPJA 3EKQA 2H6TA 3CKPA 5P39A 2FDPA 2R9BA 5P4XA 5DPZA 2V11C 4OD9A 5P42A 1D4LA 3OXCA 4APEA 5P65A 4KE0A 2AOGA 4OBKA 2WEZA 2PSUA 4I0IA 4GJCA 4YBIA 4Y56A 3IVHA 4L1AB 5P7LA 3WSJA 3OUBA 5P25A 5P40A 5P7NA 5P2VA 5BRYA 2BPVA 4L7JA 4DVFA 5P4DA 2IRZA 5P2NA 3S85A 4I0GA 2FIVA 2ZE1A 3CMSA 4DJQA 1EBZA 5P8GA 2IGXA 4RCDA 5OZRA 3OK9A 2HB3A 1UH8A 4NPUA 5P2DA 4D8CA 3NSHA 3HD8A 5P2IA 5P4BA 2G26A 5P2LA 5OZUA 1CZIE 2H6SA 3SACA 3UDRA 3OAGB 3NLSA 3AUPA 4TRWA 4ZLSA 3R2FA 3ZKQA 4WY1A 5P7ZA 4B00A 3OGPA 4LHHA 3URLA 4Y3MA 3NWQA 2Q64A 3SA9A 5P1KA 1HVJA 4RVJA 3CYWA 3D3TA 3OUDA 4PZWA 4J0TA 1VIJA 3B7VA 5P1WA 5P03A 3LPJA 4QJ6A 3VYFA 2P3AA 5DGUA 4I0HA 4ZSQA 1FMXA 5OYYA 3TL9A 2WL0A 5P5CA 2NMZA 5P2JA 5P33A 2I4WA 1ODYA 4I10A 5P06A 5P3FA 2QCIA 3LPKA 5P5AA 5SY2A 3DK1A 4EP2A 3PSUA 1SMEA 2ZDZA 5P0EA 5P7VA 4OBJA 5P1OA 5P2YA 5P7DA 2G69A 5P7IA 1B11A 4ACXA 5P1LA 5P0CA 1SP5A 3PWMA 5P70A 3K1WA 1GVVA 5KR2A 5P8QA 5KQFA 1MRXA 1HBVA 4Y50A 4LBTA 4ZPEA 5P7UA 2ZYEA 2G1NA 1MT7A 3GI6A 5OYWA 5P4HA 4Y54A 3U6AA 4YCTA 1C70A 5P8LA 4J5JA 1T7KA 5P6XA 3I2LA 5B18A 3KMYA 2QNPA 5P12A 5FIVA 3EL4A 3KYRA 5P3TA 4FIVA 3GW5A 4YE3A 2J9JA 2RSPA 5OYXA 5P5XA 5P8IA 1D4SA 4D85A 1Q9PA 1GVXA 3QRMA 1HSGA 2QD7A 4J1IA 1AVFA 5HE5A 1HSHA 5P8SA 4DJVA 2AOCA 4I0ZA 4Q5MA 5P3LA 3N3IA 5OZ7A 1BDRA 1PPME 3CKRA 1HPSA 4DQBA 3PMUA 5P4NA 2AIDA 1NPWA 5P5ZA 1APWE 3QVCA 5P75A 2WF1A 1UH9A 1E82E 1WBKA 1META 4Q1XA 4ZIPA 3MXEA 5P2FA 1QBUA 5P0KA 3S43A 2AZBA 3KT5A 4ZSMA 5P3VA 1GVTA 3ZMGA 4XX3A 1DMPA 5P38A 1MESA 4Y3YA 1KJGA 1NSOA 5P01A 3DOXA 4Y5PA 5IVSA 2BQVA 5OZTA 4Y3TA 3L5CA 5P7OA 2PC0A 2BPYA 5P81A 2AZCA 1IIQA 4CPRA 5DQ5A 4EJ8A 3SKFA 5P77A 3MWSA 1BWAA 2QZKA 3T7PA 5KAOA 5P07A 5P8JA 5P6TA 5P7WA 5IVTA 4QJ9A 1GNMA 4ZE6A 2AOFA 5OZIA 1LF2A 5P2SA 4AZYA 2BB9A 5P8HA 4EJDA 3QN8A 2OHSA 5P10A 4Y3FA 1E81E 2QZLA 2WF4A 3UDMA 5P8PA 4CPUA 3NDTA 3KM4A 2BBBA 1LYAA 3NU3A 1EC2A 1FGCC 5P4VA 1ZPKA 3PWRA 1FLHA 4YDFA 4L6BA 3O99A 2I4UA 5P7CA 2QD8A 3UQXA 2VNNA 4K4RA 1T7JA 1TSQA 4PHVA 5COPA 4J0ZA 5P4TA 3K4VA 5JODA 3G72A 3OU4A 2O4PA 2F80A 1RV7A 2V13A 3WZ8A 1LEEA 2VIEA 3NDUA 1RL8A 4DH6A 3FIVA 1XE6A 4I8ZA 1APVE 5P5SA 3JW2A 1FKNA 5OZQA 5AGZA 5P4OA 3OQAA 3R1GB 3LIQA 2Z4OA 5P08A 5P41A 5P2QA 3SLZA 1A9MA 2ER7E 3APPA 2ASIA 3IAWA 2JJJA 3GGAA 1A94A 5OZGA 4WY6A 1W5XA 1Z1RA 3OHHA 5P8MA 5P3OA 2HPEA 3O9EA 2QD6A 3I8WA 3SAAA 5OYTA 2WEDA 5OYSA 4GJ9A 4AA8A 5P2HA 4Y4UA 4A4QA 1LYWA 1LV1A 4Z4XA 3DV5A 1SDVA 3VF5A 1TCXA 4FRSA 5IVRA 5BS4A 2IKOA 4I0EA 5P13A 5CONA 4QJ7A 1MEUA 2AOHA 3PRSA 5P0PA 3PI5A 2G20A 3S45A 3QBFA 1B6PA 5P51A 3KT2A 3SM2A 3RU1A 2I0DA 1D4JA 2FDDA 5P62A 4GJDA 4RRSA 4J0YA 1C6YA 5P27A 2WJOA 5P23A 1TQFA 5AH9A 5P5TA 4Y3GA 3D1YA 3G6ZA 5P4UA 5P0WA 2QHCA 1DPJA 1IDBA 3LIXA 2QMFA 5P6UA 4YCYA 5OZMA 2WF0A 1XN3A 4LP9A 4B1DA 3K5FA 4J1KA 5P5RA 3SO9A 3BVAA 4Q1WA 1AAQA 2HAHA 2P3BB 5OZ9A 3QIHA 2FMBA 3O9FA 3ZL7A 5P0ZA 1HVRA 3GGUA 3I6OA 5P0GA 3IGBA 5P3PA 3ZPUA 3FX5A 1EPQE 1QRPE 3EL5A 4B1CA 1HVHA 5P7HA 2OHKA 5OZ6A 2OHQA 2VJ7A 5P0IA 1HPVA 3HDKA 2UXZA 3ZKSA 4OBFA 1BDQA 1LZQA 5I3YA 3ZPSA 5P6QA 1BVGA 2ER0E 5ISJA 4H1EA 3KFSA 4M8YA 1B5FB 3ER3E 3UQUA 3NUJA 4HDPA 1BDLA 1LYBA 2AQUA 3PLLA 2PSGA 4CP7A 2HS2A 2I4XA 4EJKA 3TPJA 3DCRA 3MSJA 2QMGA 4DQCA 2QAKA 2R3TA 5OZAA 5P5YA 5PEPA 3TOFA 1QBSA 4YD3A 2RMPA 4Y44A 2VNMA 4Z50A 7UPJA 4BELA 4ZPGA 1D4YA 3I7EA 5P8EA 5P6CA 3VFAA 3ZLQA 4GB2A 5APRE 3IN3A 1B6KA 2ER9E 4FAFA 2R5PA 1F7AA 4Y3RA 3UQRA 5P0MA 4GJAA 1EBKC 5OZ2A 1FMBA 5P8TA 5P5OA 1LF4A 1WBMA 1FQ7A 5P0OA 1BV7A 5BWYA 1QS8A 4GJ8A 5P0AA 3ZKNA 3NDXA 4BFBA 4B0QA 4Y57A 1PPKE 4HE9A 4XX4A 4U7QA 5P6WA 4J17A 1MSMA 1TCWA 4GJ7A 1AXAA 5OYVA 3EKXA 5OZ0A 5P0YA 1PSOE 3GGXA 1KJ7A 5P5BA 5P7BA 5P48A 5P1GA 4GZFA 2JYSA 1OEXA 5DQ4A 3GI4A 1A8GA 2NTRA 5P1VA 2B60A 1M4HA 5IE1A 4OD9B 5KOSA 3TKWA 3I25A 5C9BA 1ODWA 5KOQA 1OHRA 1AZ5A 5DGWA 1SGZA 3INEA 5HCTA 5OZDA 4BFDA 3OWNA 4H3GA 3LZSA 4K9HA 4KE1A 5P26A 1FQ8A 1IVQA 1BWBA 2QI5A 3NYGA 3U71A 5OYRA 2QI1A 2QP8A 5P4KA 2IEOA 3KFNA 5OZBA 5P49A 1HTFA 3NXNA 2QI3A 1MTRA 2ZJJA 1EC1A 2ZJHA 5P1JA 3VYDA 4R95A 2WEBA 2F3EA 1YT9A 1DIFA 5P3YA 3K5CA 3O9GA 4Y4TA 4Y5LA 5DQ2A 3TKGA 5OZZA 3SA6A 2OF0A 5OZNA 1HSIA 3DUYA 3R0WA 3LITA 1EPLE 5I70A 3PSYA 5P8CA 2A1EA 4FSLA 5P6LA 5OZ1A 5P79A 2OHNA 1EPNE 5P5FA 3T7XA 4L7GA 3WB5A 3L58A 1NH0A 4NJUA 3Q70A 3RVIA 3OQKA 5P28A 5P2OA 5P00A 4DQHA 6UPJA 3WZ6A 2OHTA 4TRZA 3K5DA 2PQZA 1EAGA 1Z8CA 3OUDB 1XL2A 4R8YA 1HEFE 1HPOA 3QROA 3GI0A 4J0VA 2NXMA 3BRAA 5P6HA 4ZPFA 5HU1A 4Y5KA 2MIPA 1FEJC 2AOJA 5P50A 4LXAA 3AIDA 1BILA 3BC4A 4DPFA 4K4PA 5P7FA 2FS4A 3FSMA 1EBWA 1RQ9A 3D91A 5P4LA 2QK5A 5OYZA 1ZBGA 2IENA 3LIZA 5OYUA 2QMPA 3LZVA 2PWCA 1SH9A 1APUE 3OU1A 4EQ0A 3INHA 4K8SA 2P83A 4F73A 1EEDP 2WKZA 2P4JA 2R43A 5OZFA 3NWXA 5P3CA 1ODXA 5P89A 4DJXA 3GGVA 2Q11A 4OBGA 4Y3LA 5DR3A 3UDKA 1YM2A 1T6GA 4OBHA 4Y51A 3VCMA 5P1SA 5P64A 2JJIA 2J9JB 5P6BA 1FQXA 5OZ5A 4Y35A 3EM4A 3BHEA 4HDFA 3IXJA 3VYEA 4Q1YA 5P8FA 3O9CA 4FRKA 3L59A 3ZKIA 5P22A 2QZXA 5C9FA 1OEWA 5HD0A 4MC1A 5KR8A 5P0LA 5P46A 5P1YA 5P86A 5P1XA 4Y39A 1IVPA 2A4FA 3EKTA 3SA4A 5KQYA 1MPPA 1HEGE 5DR4A 5P5WA 5P8BA 3CYXA 4OC6A 2AVOA 4YA8A 2AOIA 2IDWA 1HIVA 2P3DA 3TNEA 3S7MA 3UDNA 2NR6A 3S43B 1FQ6A 3HLOA 5IS4A 3C9XA 3HAWA 4BEKA 1MRWA 3VLAA 5P74A 4S1GA 3VG1A 2RENA 3PVKA 5OZLA 3ZKMA 1FFFC 1AJVA 2V10C 2V0ZC 5KQZA 4YOAA 3UFLA 1FB7A 2G24A 1YTHA 1HHPA 5AHCA 2JXRA 4Y3JA 4Y37A 4YHQA 4Y53A 1YTIA 3NU6A 2HB2A 2VA7A 5P37A 3PCZA 3FKTA 5P76A 1SGUA 5HE7A 3HAUA 5P14A 5SXNA 1B6JA 1CPIA 5P4MA 3QAAA 4B70A 4Y3ZA 2OHLA 5P6YA 2ZHSA 2PK6A 4NJSA 5OZOA 5P4PA 5P18A 5P7JA 2HM1A 5P1RA 2OHPA 4Y4BA 5P0RA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Q55 A;  5P1I A;  5P45 A;  4K4Q A;  1DP5 A;  4EYR A;  3LIY A;  3TPR A;  4I0F A;  4Y43 A;  2QI6 A;  5P3J A;  5P4W A;  3KN0 A;  2IGY A;  3OXV A;  4DQG A;  4RRN A;  5P4G A;  4MC9 A;  1GNO A;  1LS5 A;  3PB5 A;  3NXE A;  5P1B A;  2Q3K A;  1D4H A;  5I3X A;  4Y4W A;  1Z1H A;  1G6L A;  3BVB A;  4OBZ B;  4DJY A;  5P1P A;  5HDU A;  3EKP A;  4NPT A;  4GJB A;  5SY3 A;  3L5B A;  4X7I A;  3UF3 A;  1KJ4 A;  3EM6 A;  1IZI A;  2RKF A;  2ZJK A;  3Q3T A;  3UPJ A;  5AH7 A;  4DFG A;  3H0B A;  1BVE A;  4Y4J A;  5P2Z A;  2WHH A;  3L5F A;  2I4Q A;  3DM6 A;  5P7G A;  5T4S A;  3MSK A;  2BKT A;  5JFP A;  4DJU A;  1HVI A;  4Y38 A;  1YM4 A;  4L7H A;  3ZKG A;  5P5Q A;  1KJH A;  1SBG A;  5P55 A;  5I3V A;  4YOB A;  3L38 A;  5P7K A;  1EBY A;  1W50 A;  5P68 A;  4R92 A;  5P78 A;  2UPJ A;  5P5D A;  4I12 A;  4ZEA A;  2VJ9 A;  5P80 A;  4ER2 E;  2OHR A;  4FRJ A;  5DQ1 A;  2I0A A;  4KB9 A;  2V12 C;  5P0T A;  1SIP A;  1XS7 D;  3EMY A;  3OQD A;  5AHA A;  2I4D A;  5P2X A;  4Y5M A;  2QI7 A;  5KR1 A;  4EPJ A;  1ZAP A;  1MER A;  1ER8 E;  2WEA A;  4F75 A;  2ZJI A;  2VIY A;  4QJ2 A;  4RCE A;  5CLM A;  3T11 A;  5P31 A;  1VIK A;  3KDC A;  2NNK A;  3OAD B;  1HII A;  2FNT A;  3LIV A;  4R93 A;  5P17 A;  5P6G A;  1WKR A;  1HIH A;  2G1O A;  3EL0 A;  3U7S A;  3QS1 A;  2P3B A;  5P69 A;  3SFC A;  4FSE A;  3VLB A;  1SIV A;  4Y3A A;  3PHV A;  1A8K A;  4EWO A;  3R0Y A;  1HVC A;  2QI0 A;  4APR E;  3K4V C;  2VIZ A;  1HPX A;  3BUF A;  3QBH A;  2V16 C;  3O9L B;  3JVY A;  3WZ7 A;  5P4C A;  3SM1 A;  2CEN A;  5OZW A;  4R91 A;  5P4Q A;  4CPX A;  5COO A;  5P3Q A;  4RYG A;  5P5K A;  2NXD A;  2OHU A;  5P6O A;  1XL5 A;  1HXB A;  4PPH A;  5P67 A;  5JFU A;  5P43 A;  1B5F A;  4Y3W A;  5P3W A;  1J71 A;  5P0B A;  5P7Y A;  4U8W A;  5P6D A;  3PLD A;  3PJ6 A;  1ME6 A;  1K2C A;  3DJK A;  5P5V A;  3HVG A;  5DR7 A;  3KMX A;  4CPT A;  2Q15 A;  1ZPA A;  4YD5 A;  2ZHT A;  4Y4A A;  2WF3 A;  5P32 A;  5COK A;  2HC0 A;  1W6H A;  2Q5K A;  1UPJ A;  5P7M A;  1XE5 A;  1BAI A;  2ANL A;  5P4R A;  2G21 A;  2R38 A;  1QDM A;  3FNT A;  2BPX A;  4YD6 A;  1OD1 A;  3QI1 A;  2SAM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5OZH A;  2IKU A;  4D89 A;  1EC0 A;  1HXW A;  1AJX A;  3EL1 A;  4Y4X A;  4DJP A;  3S8I A;  4I1C A;  1APT E;  5P71 A;  5P2G A;  3QRS A;  5IVQ A;  1EPO E;  2QMD A;  3RSV A;  4DJW A;  5ISK A;  3BUH A;  4H3F A;  1FQ5 A;  4LC7 A;  3HW1 A;  3EKY A;  1QBT A;  2F8G A;  4YD7 A;  4DQE A;  3KFP A;  1BV9 A;  2ZHR A;  3RTH A;  5P5L A;  5KR0 A;  3UTL A;  4YBF A;  3JVW A;  5P6P A;  3OXX A;  3PEP A;  3SA8 A;  1CMS A;  2WEC A;  4DV9 A;  3QVI A;  3APR E;  3D1X A;  1GVU A;  2AVM A;  3EL9 A;  5P3B A;  5P3G A;  4Y4G A;  5AHB A;  1K1T A;  5KQX A;  2G1S A;  3PMY A;  3EC0 A;  3DV1 A;  4RGH A;  1PSA A;  4Y4Z A;  1PSN A;  4RLD A;  2APR A;  3CKT A;  1EPM E;  3KDD A;  5P5M A;  4Y5E A;  5P0S A;  4YCK A;  5P0N A;  5P3M A;  3UDH A;  1IBQ A;  5P1Q A;  2P3C A;  2AZ8 A;  5OZ4 A;  2I4V A;  1SDU A;  4FLG A;  3VEU A;  5P7R A;  5DR0 A;  1RNE A;  4Q1N A;  1IZD A;  2VKM A;  5EZZ A;  5P7T A;  2VS2 A;  1A30 A;  1G0V A;  2ZJM A;  5P0Q A;  2AOE A;  5P54 A;  4DJR A;  4B78 A;  5OZE A;  4TRY A;  5P59 A;  3Q6Y A;  5OZX A;  3O9D A;  4ACU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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