3SB5A

Zn-mediated trimer of t4 lysozyme r125c/e128c by synthetic symmetrization
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
GPMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKCWDCAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb5A00
1L50A 2HUKA 1P3NA 1QTZA 1L84A 1L76A 1G0LA 1QT6A 2QB0B 1L00A 2B72A 227LA 1QTCA 1CV5A 4ARLA 2O4WA 120LA 3HTGA 2RB0X 1QT8A 3DN0A 3HDFA 1LGUA 1C6QA 1LLHA 3PDSA 1C6AA 3HU9A 1G0MA 1G0QA 1L17A 4W59A 244LA 1C6FA 1L54A 4I7QA 1C6NA 1CTWA 1L48A 2OE7X 4GRVA 1LI6A 209LA 2RBPA 192LA 1C60A 2LCBA 4AQNA 2RBQA 109LA 1L86A 1P56A 1T8FA 2B74A 157LA 1CX7A 4ARPA 1C6JA 3C82A 259LA 3PBLA 1QUOA 1KY0A 3UONA 1L60A 158LA 1KNIA 1D3FA 1KS3A 1G07A 4K5YA 2B7XA 1L32A 195LA 4PJZA 4I7RA 3DN6A 1CX6A 245LA 1QS9A 6LZMA 1QUDA 3HDEA 261LA 1D9WA 1CV3A 1L40A 3DMZA 1P64A 1TLAA 1LWGA 1C61A 2HULA 4I7TA 1LYJA 184LA 185LA 1XJUA 1P5CA 1B6IA 173LA 1CV6A 103LA 1C6GA 1L59A 1L92A 196LA 3C7YA 230LA 238LA 170LA 3OE0A 4W54A 1LYFA 205LA 3HU8A 4I7SA 3GUNA 3C81A 1K28A 1LW9A 5I14A 206LA 115LA 2RAYX 1L11A 1G1VA 1OYUA 1C68A 3RUNA 1L83A 3ODUA 4ZPUA 2B6YA 2B73A 148LE 1T6HA 1L36A 3HH6A 1NHBA 138LA 2RBNA 2RH1A 1LGWA 1G06A 7LZMA 2F47A 114LA 190LA 258LA 3G3XA 1C63A 1P36A 139LA 1DYFA 1D2WA 2RBRA 1ZURA 4W57A 1OVKA 1PQMA 3L64A 1L24A 189LA 3C83A 3HT8A 1L74A 216LA 210LA 199LA 4EXMA 176LA 1OVJA 1L58A 1T8AA 1L55A 1QTVA 4I7PA 1QSQA 4DKLA 1L35A 229LA 2OU8A 218LA 1C6BA 1L57A 241LA 253LA 255LA 235LA 3HTBA 3NY8A 4LDEA 1CU0A 1L75A 3C80A 1L0KA 1P6YA 141LA 1LGXA 3HT7A 3G3VA 4S0WA 2A4TA 1CU3A 250LA 1PQIA 147LA 127LA 113LA 1LPYA 188LA 1C64A 1OVHA 1L67A 1L96A 2OU9A 1L65A 2LC9A 4ARMB 248LA 3CDRA 1QT7A 3DNAA 3JR6A 129LA 3CDVA 3GUIA 1SWZA 1L72A 187LA 4EPIA 1L29A 3VW7A 152LA 2B6XA 197LA 4GBRB 3C7ZA 3SB6A 1C6MA 1QT3A 125LA 3CDOA 1LYEA 4I7NA 4DJHA 4ARQB 1L03A 249LA 1OWYA 1L14A 1OWZA 1L53A 1LYGA 156LA 1C69A 1L06A 174LA 1QTHA 2RAZX 4YXCA 2NTGA 1D2YA 3GUMA 1I6SA 3C7WA 201LA 3HUKA 186LA 1P7SA 3DN1A 1D3NA 3CDQA 1L27A 3SB5A 2HUMA 167LA 2Q9EA 1L68A 4DAJA 110LA 1L23A 257LA 1L85A 225LA 172LA 4I7MA 3C8SA 160LA 3DN4A 1C6IA 145LA 1L62A 3LZMA 4I7JA 1DYCA 111LA 149LA 2O7AA 3K2RA 3CDTA 4LZMA 4E97A 4EKPA 1L44A 1C6DA 240LA 4EKQA 1CUPA 1OV5A 107LA 3GULA 1L18A 211LA 4I7LA 4W58A 1L97A 1JTNA 1L25A 4W51A 1LYHA 3NY9A 2IGCA 1L33A 1L42A 3G3WA 1XEPA 1L91A 4IAPA 2L78A 1G0GA 1L46A 180LA 102LA 163LA 1L82A 4W52A 1C67A 118LA 3SB9A 213LA 4LDLA 3DN8A 3SBBC 1L61A 169LA 1LYDA 252LA 239LA 1L30A 2RBOA 2LZMA 1L99A 2B70A 3DKEX 1PQKA 3FADA 2CUUA 5LZMA 262LA 1KW5A 1L66A 4I7KA 3GUKA 3HH3A 2OEAX 256LA 1P37A 1L16A 1QUHA 1L10A 1L79A 1L09A 131LA 1L43A 143LA 1PQOA 177LA 1C65A 1LI3A 3DMXA 4W56A 234LA 3HTDA 247LA 223LA 3DMVA 161LA 171LA 1CUQA 182LA 1C6LA 222LA 214LA 1DYGA 4EKRA 1L51A 1QSBA 1WTHA 2B6ZA 2B6WA 2RB2X 4I7OA 1L22A 1T97A 3HTFA 254LA 119LA 1PQDA 1L98A 1QUGA 1ZWNA 1SX2A 2OE9X 3L2XA 1QT5A 1CV4A 1G0KA 2Q9DA 3OE6A 1L08A 1PQJA 1L39A 3HUAA 1LI2A 1C6EA 1L88A 1SX7A 2OU0X 4ARQA 1L04A 1L89A 144LA 3HH4A 140LA 243LA 2OE4X 1JQUA 1L56A 1QTDA 232LA 2O79A 1XJTA 1G0JA 1C62A 1L37A 1QS5A 4YX7C 1L0JA 1L63A 198LA 1L19A 4EKSA 231LA 1P2LA 3FI5A 1KY1A 1SSWA 3SB7A 1L94A 2ANVA 3OE9A 4PK0A 3HH5A 1D3MA 1L01A 236LA 242LA 220LA 2Z6BA 1L20A 3V2WA 1CU5A 1L69A 1L05A 3FA0A 1C6PA 1JTMA 1L93A 3D4SA 1DYEA 151LA 1CVKA 2B6TA 1OV7A 175LA 200LA 1L13A 122LA 1L71A 3EMLA 1L45A 233LA 155LA 104LA 2OTYX 1L38A 108LA 1L64A 1LYIA 142LA 3DN3A 3F8VA 146LA 2NTHA 1L95A 2OTZX 1CU2A 1CV0A 4LDOA 123LA 1L41A 1QT4A 3SB8A 1P46A 112LA 3RZEA 1DYAA 1D3JA 1L87A 4W55A 2RB1X 168LA 128LA 4EJ4A 162LA 1G0PA 221LA 1CV1A 1SWYA 181LA 3GUPA 1ZYTA 1L12A 3SBAA 1L15A 1C6KA 1P2RA 1L49A 178LA 1SSYA 2ANXA 3V2YA 1L81A 3OE8A 1C66A 150LA 1L07A 1L34A 1QTBA 3HUQA 164LA 212LA 1L26A 1KW7A 1DYDA 2F2QA 3HT6A 3SN6R 1EPYA 1L28A 4EPFA 183LA 1CU6A 260LA 3C8QA 1G1WA 1L52A 130LA 3NYAA 1C6TA 224LA 228LA 2RBSA 215LA 246LA 166LA 3F9LA 3C8RA 1L02A 1L80A 4ARJA 3GUJA 4YXAC 4OO9A 3DN2A 3HWLA 1DYBA 1L47A 237LA 2B75A 1L77A 2F32A 4W53A 1L73A 1L70A 126LA 1L90A 226LA 3QAKA 3GUOA 1LWKA 3HT9A 4ARMA 159LA 2QARC 1C6CA 1T8GA 1L31A 137LA 219LA 191LA 217LA 251LA 165LA 1C6HA 1L21A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HUKA 4CFPA 2ZNXY 2YBMA 1QT6A 4WM1A 2QB0B 1L00A 3AZ7A 4ARLA 2O4WA 5KXNA 4N8ZA 1LSZA 1LGUA 4WLYA 5KXPA 3PDSA 4CHXA 1LJFA 1A2YC 3AGHA 1L17A 4EMNA 1LMQA 1C6NA 1CTWA 4GRVA 4LT3A 5JENB 2RBQA 4YENA 2B74A 157LA 4DT3A 3C82A 5T3FA 3RT5X 1I1ZA 1GB9A 1LZ4A 1QUOA 1KY0A 2H9KA 4OOTA 5B1GA 1UIAA 3UONA 2LYZA 1JITA 2YBNA 1GF6A 1KS3A 4YEOA 1L32A 1UC0A 5K7OA 3W6EA 5APEA 6LZMA 1UCOA 3HDEA 1CV3A 3DMZA 1P64A 1TLAA 1HEWA 3ZEKA 4UWVA 2LZ2A 4GLVA 1LZRA 4BAPA 1P5CA 1B6IA 5FDJA 1CV6A 4YM8A 1C6GA 3EO5A 3CT5A 1CJ8A 1E8LA 196LA 230LA 3HU8A 4I7SA 2HEEA 4NSJA 4C3WA 1IIZA 4WM3A 1BB6A 1JJ0A 1PS5A 2MEFA 2YBIA 1IR7A 1G1VA 1LSGA 3A93A 1REYA 8LYZA 1LTMA 3RUNA 3TXEA 5KXTA 1NHBA 1P2CC 1LJGA 1REZA 4HSFA 5I4YA 1LGWA 7LZMA 190LA 3G3XA 1P36A 1D2WA 2RBRA 1ZURA 1PQMA 1LZYA 2MEAA 4TX7A 1B5UA 2FYDA 1Z55A 1C7PA 1LZ1A 4H91A 2HUBA 1MLCE 1T8AA 1NWGA 1QTVA 2YBHA 229LA 1B7OA 1L57A 1GB8A 253LA 3HBHA 235LA 1UIFA 1GFHA 2FBDA 4LDEA 2D4IA 1I56A 4PJ2C 5C6IA 1LZDA 1GE1A 4LFXA 2A7FA 127LA 1LPYA 188LA 5KXKA 1CJ6A 4HV2A 1L65A 1PZYA 1DKJA 3JR6A 3CDVA 3GUIA 1F10A 1HFXA 3TXFA 3TXHA 187LA 4EPIA 1CJ9A 4RW1A 1IWTA 1QT3A 4YOPA 5M1YA 3A91A 4DDBA 1OUCA 3M3UA 1L53A 1ALCA 156LA 1C69A 174LA 4H92A 2RAZX 1D2YA 1LJIA 1I6SA 201LA 3DN1A 1FLYA 4Z46A 1FLQA 3CDQA 167LA 2Q9EA 1L68A 1L23A 1XEKA 1C43A 4WO9A 2ZNWY 1B7PA 2ZQ4A 4XADA 1IY3A 2CJLA 4LZMA 1TDYA 4EKPA 240LA 4EKQA 1CUPA 107LA 1JTNA 1EQ4A 4BS7A 1OUBA 2IGCA 1L33A 4WL7A 1XEPA 4FDYA 1G0GA 3A3QA 1L82A 1D0MA 1LHIA 1C67A 3E3DA 3LYMA 4NGZA 3DN8A 3A94A 1QDRA 4O34A 4TTDA 1IP4A 4NGVA 3OK0A 2B70A 3DKEX 1PQKA 1LCNA 1GFRA 2Y8PA 256LA 3LZ2A 1J1OY 1UIBA 4NSIA 1PQOA 4QDNA 5ILCA 2DQJY 1C65A 1LI3A 4PRQA 1DXJA 3DMXA 4DC4A 4PGJB 4G9SA 4EKRA 1LMOA 1IY4A 2RB2X 4I7OA 1HFZA 3HTFA 5I54A 1XFPL 1LSEA 1SX2A 2OE9X 1FKVA 1QT5A 1CV4A 1G0KA 2Q9DA 3OE6A 1PQJA 1LJ3A 1C6EA 1B2KA 1SX7A 2OU0X 1L04A 144LA 1B5YA 3P65A 2HEFA 232LA 2O79A 2LYOA 2RSCA 3QY4A 4ETCA 1LZGA 198LA 4FJRA 1LJKA 1P2LA 1KY1A 5APDA 1GBSA 1JWRA 3SB7A 5B05A 4HTNA 2G4NA 5D5CA 1XEIA 2Z6BA 3CB7A 1L69A 1C6PA 1OP9B 4DD0A 151LA 2B6TA 3TXIA 4M6DA 1OV7A 175LA 200LA 2F4AA 1GB6A 2IHLA 3TXJA 1UBZA 4NSHA 3QNGA 2BQKA 3TMWA 5LA8A 1D9UA 1WQRA 5DLAA 1IEEA 3A6BY 1LHLA 1L95A 5FSTA 1W08A 4LDOA 2D4JA 123LA 4WLTA 5LXWA 3SB8A 1P46A 1D3JA 1L87A 1YAOA 2RB1X 128LA 4EJ4A 5F9UA 221LA 1CV1A 1SWYA 4TSBA 3W6BA 3AB6A 5KXLA 1L15A 1P2RA 178LA 4KXIA 3VWOA 4DD9A 2ANXA 1H87A 4NY5A 5LYTA 150LA 4H8YA 1KW7A 1NBZC 2F2QA 1B7QA 3A3RX 1L28A 4N5RA 1O23A 1YANA 1G1WA 1L52A 1C6TA 2C8PA 215LA 1IWWA 4H9BA 1UIDA 2CWIA 1LJJA 3F9LA 4XJIA 4R6CA 4LYOA 1DYBA 1L47A 2B75A 2HEBA 1HHLA 3WW5A 1LWKA 4ARMA 5HMVA 2QARC 1C6CA 2DBTA 4DD2A 1A4VA 1L31A 251LA 5HMJA 1LSCA 3W6CA 4H9FA 1L50A 1WVVA 3WXTA 1QIOA 1XGUC 2ZIKA 5KXXA 4GN5C 1GF4A 2B72A 120LA 2RB0X 2DQDY 1G7MC 5LYMA 1C6QA 3A95A 1GF8A 1UA6Y 4DQ5A 1LZAA 1C6AA 1GE4A 2MEGA 9LYZA 2BAAA 4NHTA 1LSFA 1L48A 2BLYA 1LI6A 209LA 192LA 2D91A 3WU9A 4ET9A 109LA 1T8FA 4ARPA 3K3TA 1C6JA 1BVKC 259LA 1L60A 3AZ6A 2Z39A 3AJNA 4B4IA 1D3FA 4H9CA 195LA 4PJZA 1GF9A 3DN6A 4I7RA 1CX6A 3MGWA 4QEQA 2AUBA 1SQ2L 4X3BA 1LZBA 1CKFA 1VATA 4KT3A 1GAZA 4I7TA 184LA 185LA 5L3HA 1IOQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2HUK A;  4CFP A;  2ZNX Y;  2YBM A;  1QT6 A;  4WM1 A;  2QB0 B;  1L00 A;  3AZ7 A;  4ARL A;  2O4W A;  5KXN A;  4N8Z A;  1LSZ A;  1LGU A;  4WLY A;  5KXP A;  3PDS A;  4CHX A;  1LJF A;  1A2Y C;  3AGH A;  1L17 A;  4EMN A;  1LMQ A;  1C6N A;  1CTW A;  4GRV A;  4LT3 A;  5JEN B;  2RBQ A;  4YEN A;  2B74 A;  157L A;  4DT3 A;  3C82 A;  5T3F A;  3RT5 X;  1I1Z A;  1GB9 A;  1LZ4 A;  1QUO A;  1KY0 A;  2H9K A;  4OOT A;  5B1G A;  1UIA A;  3UON A;  2LYZ A;  1JIT A;  2YBN A;  1GF6 A;  1KS3 A;  4YEO A;  1L32 A;  1UC0 A;  5K7O A;  3W6E A;  5APE A;  6LZM A;  1UCO A;  3HDE A;  1CV3 A;  3DMZ A;  1P64 A;  1TLA A;  1HEW A;  3ZEK A;  4UWV A;  2LZ2 A;  4GLV A;  1LZR A;  4BAP A;  1P5C A;  1B6I A;  5FDJ A;  1CV6 A;  4YM8 A;  1C6G A;  3EO5 A;  3CT5 A;  1CJ8 A;  1E8L A;  196L A;  230L A;  3HU8 A;  4I7S A;  2HEE A;  4NSJ A;  4C3W A;  1IIZ A;  4WM3 A;  1BB6 A;  1JJ0 A;  1PS5 A;  2MEF A;  2YBI A;  1IR7 A;  1G1V A;  1LSG A;  3A93 A;  1REY A;  8LYZ A;  1LTM A;  3RUN A;  3TXE A;  5KXT A;  1NHB A;  1P2C C;  1LJG A;  1REZ A;  4HSF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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