3SB6A

Cu-mediated dimer of t4 lysozyme d61h/k65h/r76h/r80h by synthetic symmetrization
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
GPMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKHEAEHLFNQDVDAAVHGILHNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb6A00
1DYBA 119LA 1C6AA 146LA 4LDOA 201LA 1P5CA 209LA 1L68A 1LYJA 1L69A 237LA 3DN0A 3RUNA 148LE 1CTWA 1L59A 4ARQA 235LA 1C6PA 3GUOA 120LA 218LA 1LWGA 2B6XA 1L26A 1P2RA 2IGCA 1OYUA 1L62A 1XJTA 1G0LA 3HDEA 195LA 3GUKA 4W53A 1G07A 1QTDA 196LA 4ZPUA 4W56A 1JTMA 1L39A 2ANVA 1L00A 3C8QA 1PQKA 4AQNA 1L50A 1OWYA 1L06A 184LA 3GUIA 1C67A 4EKPA 1L21A 1C61A 1JTNA 220LA 2B70A 3HTDA 1L32A 3SB5A 4GRVA 4GBRB 1LYFA 1L67A 1L0KA 3C8RA 2OE9X 1C6LA 1LI2A 2LZMA 1C60A 3HT9A 2NTGA 176LA 4I7PA 1L0JA 1QT3A 1L85A 4YXCA 4I7QA 181LA 2OEAX 4S0WA 1L17A 1L30A 2HUKA 1L19A 1QTCA 3DN1A 1G0QA 163LA 255LA 109LA 3HUQA 173LA 182LA 1P7SA 1QT8A 1L97A 2RBSA 3DMZA 2RBNA 129LA 1CV5A 1L57A 3NY9A 4PK0A 107LA 1L83A 3VW7A 1L92A 1L31A 4YXAC 1C6GA 4EKRA 1LI3A 1G0KA 127LA 186LA 157LA 178LA 3HT6A 1LYEA 2NTHA 1L11A 1XJUA 4I7NA 2LCBA 1CV6A 3HH4A 1L04A 1L81A 139LA 3GULA 2F47A 1QTVA 249LA 251LA 4W55A 1L56A 3SB6A 1OVJA 169LA 1KY0A 1DYAA 1LLHA 2F32A 108LA 102LA 3DN6A 3OE6A 152LA 1P2LA 3HH5A 3D4SA 1QT6A 232LA 1SX2A 4EJ4A 1LGUA 190LA 4DJHA 261LA 3GUMA 1L44A 198LA 3CDOA 213LA 1L88A 158LA 103LA 1C6TA 1CV0A 1L49A 1C6HA 4ARLA 185LA 2RB1X 5I14A 197LA 1L76A 1PQMA 171LA 1P56A 1PQDA 137LA 2RH1A 1DYCA 1L80A 1D2WA 245LA 1CU6A 1OV7A 4EPIA 1L43A 1PQOA 1C66A 3C7WA 1P36A 4W52A 1P64A 1QUDA 242LA 2B72A 1L91A 3G3XA 1OVKA 2RBOA 233LA 1L72A 1KNIA 2B6WA 4ARPA 252LA 3HUAA 192LA 1L35A 1L29A 3SN6R 4DAJA 3HU8A 1SWYA 1C6BA 1G0JA 226LA 3DNAA 2A4TA 3HDFA 4EPFA 2RB2X 3SB7A 3HH6A 4W54A 1DYGA 2ANXA 1L37A 229LA 1I6SA 2OU9A 143LA 1CU5A 6LZMA 112LA 1QT5A 3C7YA 3CDVA 1L71A 1KS3A 123LA 1QUGA 4W59A 1L40A 2QARC 2RB0X 1CUPA 1L54A 1C6QA 4PJZA 7LZMA 161LA 1C6FA 4I7SA 3CDRA 3C7ZA 128LA 149LA 1DYFA 3ODUA 1KY1A 1LGWA 1D2YA 1LW9A 1ZURA 1L24A 3OE8A 3QAKA 3F8VA 125LA 1KW5A 1L10A 4EXMA 1OV5A 3LZMA 238LA 164LA 243LA 1LYGA 3C82A 1QS9A 1T6HA 4EKQA 1D3FA 228LA 254LA 259LA 3CDTA 4I7MA 4LZMA 150LA 1L70A 1L63A 4LDLA 2B6YA 1L90A 3DMXA 1LYIA 1PQJA 3HT8A 1L02A 1XEPA 239LA 1L51A 130LA 4K5YA 4LDEA 240LA 2RAYX 1C64A 1C63A 1OWZA 3SBAA 2OTZX 2QB0B 1PQIA 1L09A 4I7TA 4IAPA 1L94A 1EPYA 177LA 224LA 2O7AA 5LZMA 1L58A 165LA 231LA 1CU2A 1L74A 1QT7A 1NHBA 1L99A 1SSWA 3SB8A 3SBBC 1L52A 1TLAA 2OU0X 126LA 151LA 248LA 188LA 1L33A 142LA 1CV4A 1LYHA 212LA 166LA 2O4WA 4EKSA 1L86A 247LA 2Z6BA 180LA 1QTBA 256LA 175LA 1L47A 1ZYTA 1DYEA 2RAZX 1WTHA 2B73A 2O79A 1CX6A 1C62A 260LA 3C80A 3PDSA 225LA 199LA 3DMVA 3L2XA 1L61A 1CUQA 3DN2A 1D3NA 3FI5A 187LA 144LA 1G0MA 223LA 4I7OA 1LGXA 3HU9A 4W51A 1L36A 4I7JA 1L22A 1C6JA 3FADA 1LPYA 1L95A 3HH3A 1L16A 162LA 3C8SA 1L15A 1D9WA 3F9LA 3C81A 262LA 3NY8A 3C83A 141LA 236LA 1G06A 1LI6A 214LA 1CV3A 1C6CA 1B6IA 234LA 217LA 227LA 1CVKA 1L96A 2Q9EA 1OVHA 2OU8A 1P46A 3PBLA 210LA 1L64A 1L75A 1D3MA 1L23A 3EMLA 3OE9A 1QSQA 246LA 131LA 1L87A 167LA 1L84A 1G1WA 4I7LA 4ARJA 1L38A 1L28A 222LA 3HT7A 1P3NA 3DKEX 174LA 1D3JA 3V2WA 4E97A 3HTGA 2B6ZA 3SB9A 1L41A 1DYDA 1L73A 138LA 1LWKA 1C69A 4OO9A 2RBPA 1L08A 2L78A 4DKLA 1L20A 1C6DA 1L12A 3GUNA 3HTBA 3HWLA 1C6KA 1P37A 3UONA 1L98A 4YX7C 219LA 1SX7A 1T8GA 1QUOA 216LA 1L18A 3GUJA 3CDQA 250LA 3DN8A 3HUKA 221LA 1C68A 215LA 147LA 3FA0A 1L55A 2RBRA 1SSYA 168LA 4W58A 2B75A 1L77A 1L79A 253LA 1G0PA 118LA 3HTFA 1L53A 2B7XA 2B74A 4ARMB 1CX7A 1L07A 1QSBA 2OE7X 1K28A 1QT4A 1L42A 2F2QA 1CU3A 113LA 258LA 3G3WA 3GUPA 1L66A 2HUMA 1L48A 1G1VA 3K2RA 205LA 3G3VA 1L25A 156LA 1CV1A 1ZWNA 1L27A 155LA 104LA 244LA 160LA 3JR6A 145LA 159LA 4W57A 1T8FA 2Q9DA 2OTYX 2RBQA 1L13A 1L82A 110LA 3DN4A 1L89A 189LA 2B6TA 4ARMA 1P6YA 1L46A 3DN3A 3V2YA 1CU0A 1C6IA 1C6MA 1L45A 1C6NA 230LA 3NYAA 2LC9A 111LA 200LA 3OE0A 1C6EA 1QTHA 115LA 1L65A 1L93A 3L64A 1QUHA 206LA 191LA 4I7KA 241LA 1L34A 114LA 1L60A 1JQUA 1KW7A 1L01A 1LYDA 4I7RA 1L14A 2HULA 183LA 4ARQB 1QTZA 1G0GA 1T8AA 1T97A 2OE4X 122LA 1C65A 1L03A 170LA 1SWZA 3RZEA 211LA 140LA 1L05A 172LA 1QS5A 2CUUA 257LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DYBA 2BQEA 3ULRA 146LA 1GEZA 1G7HC 2ZNXY 209LA 1L68A 3LHMA 3DN0A 3RUNA 4ARQA 2YBLA 120LA 3W6BA 3CSRA 5LA8A 1L26A 4ETDA 2MECA 1JISA 4E3UA 1UIFA 2LYZA 1LSCA 2EPEA 1L06A 4WO9A 3GUIA 4TWSA 4WM3A 5FDJA 1L21A 5B05A 5LIOA 3OJPA 3HBEX 4OWBA 3WUMA 3W6CA 5KXXA 4GBRB 1GFGA 1L0KA 1L67A 3C8RA 5LVIA 1LI2A 5LYTA 2LZMA 2BQBA 4B0DA 3WPKA 3GXKA 1IOSA 181LA 2Z38A 3WVXA 4H9AA 4QDNA 1CJ6A 5DM9A 3DN1A 1G0QA 255LA 173LA 1QUSA 4G9SA 6LYZA 2RBSA 1D9UA 1LZCA 1MLCE 2RBNA 107LA 4PPOA 1L83A 1L92A 1L31A 1LJ3A 4YXAC 1C6GA 3TXIA 4FDYA 1LI3A 4TUNA 127LA 3QNGA 157LA 178LA 2NTHA 2G4PA 3A95A 3HH4A 1L04A 1AKIA 4NGIA 3G3BB 4GCCA 1IWZA 1KY0A 1DYAA 3HBDA 1YKYX 2F32A 1LZEA 1XGUC 3HH5A 232LA 4NWEA 1REYA 2N5ZA 1LGUA 1B7OA 261LA 1F0WA 3A93A 4NIJA 2I26L 103LA 2LYMA 1CV0A 5HMVA 1PQMA 1L80A 4LYBA 2ZWBA 1GE4A 4I0CA 1IOQA 154LA 1P36A 4WLDA 1GDWA 4AGAA 1P64A 4P2EA 3AZ7A 3CT5A 4H92A 2B72A 3G3XA 5FHWA 1OUBA 1OVKA 1J1PY 5F9UA 5FCPA 2F30A 3AZ4A 1LHIA 1OUGA 153LA 5L3HA 1GEVA 1YAPA 4DAJA 3HU8A 1LZRA 1XEIA 1C6BA 2FYDA 5B06A 2MEHA 4O34A 3P65A 2Z2FA 4N8ZA 2DQGY 4NHQA 3LN2A 4N1CC 1L37A 229LA 143LA 1CU5A 4G49A 4HTNA 3ZVQB 1LSEA 1KS3A 1TEWA 123LA 4W59A 1FLQA 1L40A 2HECA 1L54A 2HTXA 5B07A 4I7SA 2YSSC 1DKJA 149LA 1LGWA 1QQYA 193LA 4OWHA 4ETBA 2HU3A 1L10A 4EXMA 1FDLY 238LA 1GPQC 243LA 1LJ4A 228LA 3WU8A 3LYZA 4J1BA 3CDTA 4LZMA 4I7MA 2BQHA 4WLYA 150LA 5A3EA 1L63A 1HFXA 1KXYA 2B6YA 1LYYA 1UBZA 2G4QA 3P64A 1XEPA 1VFBC 4NFVA 1OWZA 3SBAA 1IP5A 1PQIA 3J6KA 4I7TA 2BQFA 3MGWA 4B4JA 1KXWA 5C6JA 4TSCA 4WLXA 4ETCA 1H87A 1LZAA 1CU2A 1QT7A 1NHBA 5LAGA 3M3UA 1GE3A 1V7SA 3TXGA 1NF5A 1XEKA 188LA 1CV4A 1NMMA 1JPOA 1OUDA 2Z6BA 180LA 1QTBA 1UIBA 1LZ1A 4KT3A 4BAFA 1JTTL 4DDAA 5KXRA 4KXIA 1LMPA 1ZYTA 3LYOA 4NSHA 1IY3A 4HJVA 2O79A 4NGWA 3C80A 4PHIA 199LA 1IEEA 1XFPL 3B0OA 4OWAA 3AYQA 4DD0A 1LSMA 1GBXA 1LMOA 4CHXA 1G0MA 223LA 1W08A 1IR7A 4XN6A 1AT5A 3HU9A 1L22A 1NDMC 1L95A 5KXYA 1L15A 4D9ZA 3C81A 4DD2A 262LA 1QDRA 3C83A 1D0KA 1DKKA 5I4YA 1JEFA 1LI6A 1CV3A 227LA 1CVKA 1L96A 1OVHA 4OW1A 1EL1A 1P46A 4RW1A 3OE9A 2DQIY 1HSWA 3WVYA 1L84A 4NHIA 2DQAA 4LFXA 3P68A 3HT7A 1QTKA 1CKFA 174LA 2YBMA 4NSIA 2HUBA 2B6ZA 4E97A 3SB9A 1F6RA 1L41A 4NHTA 1L73A 5B1FA 1DI3A 4NGLA 1LMAA 4YF2A 1L08A 2L78A 1C6DA 5DN4A 3HTBA 1L12A 1GBZA 3W3EA 1C6KA 4QEQA 1B9OA 3WUAA 5KKJA 1T8GA 1QUOA 216LA 3RW8A 3CT0A 3CDQA 4L41A 1HELA 3LYMA 250LA 4H9IA 1ZV5L 147LA 1UICA 3AW6A 4YEOA 1GFHA 4OWEA 168LA 2EKSC 4W58A 1MELL 2B75A 253LA 4CFOA 3HTFA 4ARMB 1CX7A 1K28A 1LMTA 1QT4A 113LA 1DPWA 3W6EA 3ZEKA 156LA 1ZWNA 1L27A 1LHLA 155LA 1D6QA 1BB3A 1NWGA 4N0JA 1LSDA 1LOZA 1WQMA 2RBQA 1YKXX 1L13A 3DN4A 3LZ2A 1I20A 1GFKA 4PRUA 1P6YA 2DQDY 1L46A 1LJNA 1CU0A 1LJGA 194LA 1C6MA 230LA 2XJWA 2F2NA 4EMNA 5I4XA 4XADA 5KXMA 4LZTA 135LA 241LA 1L34A 4N9RA 1IC5Y 1KW7A 1GFRA 1PS5A 183LA 4HJZA 3LZTA 1QTZA 4DC4A 1GFEA 4OWCA 4IASA 5L9JA 1D6PA 1C6AA 4CFPA 1P5CA 2H9JA 1IO5A 5HNLA 1L69A 4HV1A 1GD6A 3N9CA 1DXJA 218LA 1FLYA 2IGCA 1OYUA 3GUKA 4W53A 1QTDA 5FEKA 4ZPUA 4W56A 1JTMA 1LCNA 1RCMA 1PQKA 4AQNA 1OWYA 184LA 2XQOA 4WL6A 1FLUA 1IC7Y 4EKPA 4ZIXA 1HERA 1JTNA 3HTDA 4OOOA 3SB5A 1CJ8A 4XENA 1IX0A 4GRVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DYB A;  2BQE A;  3ULR A;  146L A;  1GEZ A;  1G7H C;  2ZNX Y;  209L A;  1L68 A;  3LHM A;  3DN0 A;  3RUN A;  4ARQ A;  2YBL A;  120L A;  3W6B A;  3CSR A;  5LA8 A;  1L26 A;  4ETD A;  2MEC A;  1JIS A;  4E3U A;  1UIF A;  2LYZ A;  1LSC A;  2EPE A;  1L06 A;  4WO9 A;  3GUI A;  4TWS A;  4WM3 A;  5FDJ A;  1L21 A;  5B05 A;  5LIO A;  3OJP A;  3HBE X;  4OWB A;  3WUM A;  3W6C A;  5KXX A;  4GBR B;  1GFG A;  1L0K A;  1L67 A;  3C8R A;  5LVI A;  1LI2 A;  5LYT A;  2LZM A;  2BQB A;  4B0D A;  3WPK A;  3GXK A;  1IOS A;  181L A;  2Z38 A;  3WVX A;  4H9A A;  4QDN A;  1CJ6 A;  5DM9 A;  3DN1 A;  1G0Q A;  255L A;  173L A;  1QUS A;  4G9S A;  6LYZ A;  2RBS A;  1D9U A;  1LZC A;  1MLC E;  2RBN A;  107L A;  4PPO A;  1L83 A;  1L92 A;  1L31 A;  1LJ3 A;  4YXA C;  1C6G A;  3TXI A;  4FDY A;  1LI3 A;  4TUN A;  127L A;  3QNG A;  157L A;  178L A;  2NTH A;  2G4P A;  3A95 A;  3HH4 A;  1L04 A;  1AKI A;  4NGI A;  3G3B B;  4GCC A;  1IWZ A;  1KY0 A;  1DYA A;  3HBD A;  1YKY X;  2F32 A;  1LZE A;  1XGU C;  3HH5 A;  232L A;  4NWE A;  1REY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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