3SEC | Genus

Total Genus 85

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	214
structure length	214
Chain Sequence	VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Crystal structure of methanococcus thermolithotrophicus orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with pyrazofurin monophosphate rcsb
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	85
structure length	214
sequence length	214
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-06-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3secA00

1MO0A 1V5XA 3W6YA 2FPTA 1K8XA 4NNCA 3CTLA 5CZ0A 2QJHA 3ANYA 3S1WA 4FEZA 3UY8A 4O16A 3W7IA 1H51A 3LTSA 1TTIA 3YPIA 1TTQA 4UNKA 3ABRA 4LWWA 1AL7A 2Y7FA 2QAFA 5I3GA 2GUUA 4E2BA 3OVQA 5LNSA 1KV8A 3HF3A 3EX2A 1MEWA 3CIXA 3UD6A 1GG0A 3M5ZA 1MEIA 4BI5A 2NWSA 3NQCA 3HBLA 3GZ3A 4NJGA 4QM1A 2Q3OA 1QO2A 2R94A 5LHFA 1FCUA 1NSJA 2J9XA 4Z1BA 4OQVA 1K02A 1F5ZA 1SQ7A 3RU6A 4O53A 5HUOA 3IGXA 5T26A 1K8YA 3Q2DA 1W3NA 1FWNA 4JTTA 4IPJA 4M19A 4OWGA 4EOUA 5D37A 3TFCA 2ISSA 4IX0A 5F1UA 1G7UA 3DHFA 2E6FA 2CLFA 3N34A 1P4CA 5LNWA 3W1UA 4CNNA 1ZALA 4NT0A 4Z0SA 3PULA 4LOCA 5FEPA 3UWUA 2YFNA 5AB3A 2QCHA 4MY1A 5AHLA 2ZZ5A 3LTYA 3STCA 2PRHA 3THQA 1OX4B 1VCGA 4K7YA 1X7FA 5DY3A 3W9ZA 2ZTJA 3O07A 3TAKA 1O5KA 1PCKA 4K37A 3GDTA 3JR2A 2V2DA 3TIMA 1EA0A 4NU7A 5SWUA 4UTUA 1KBJA 2BZNA 1TREA 1EEPA 1DKWA 2C16A 4IMDA 1P0NA 2ZBTA 1B4EA 1A5CA 2JBMA 1GQNA 1VQTA 2H90A 2ZFAA 3N9RA 3KRZA 3EXRA 3CHVA 3NQFA 1FWWA 4JDBA 1PIIA 4J9JA 1WBJA 2ATMA 5U4NA 1DORA 3O6CA 5LHEA 2GJLA 2J27A 5DCDA 2CZDA 4O14A 4C1KA 1BWKA 4I9AA 4AWTA 3ZFHA 5BOOA 1FUYA 3GAKA 3W1TA 4IXXA 1UBSA 1YTEA 3PR2A 4RJEA 4UTLA 5LGZA 2A85A 4CNPA 1TPVA 5C55A 1ICPA 4R34A 4AWSA 3R89A 3HGRA 3IGSA 2H8ZA 3Q37A 3F4WA 1U83A 2QJGA 1Q6OA 1G4EA 2AGKA 1C9DA 3W83A 1MXSA 2BXVA 1RZMA 3N2MA 3BW2A 3E0IA 2GQ8A 1FXPA 1FXQA 4OBTA 5CG7A 1X8FA 4CQ8A 4RR4A 1DQWA 3IV3A 1PHWA 4FXSA 2R8WA 4QJ1A 4JEQA 4QSHA 5F1VA 5DBUA 2YXGA 1Y0EA 5K9XA 1I8JA 5GVJA 2HMCA 3W87A 3BLIA 2YFOA 3TV8A 3FYPA 5D09A 1SUXA 1EP1A 3SGZA 1QR7A 1IGSA 2PRMA 4K39A 3TH6A 3CC1A 3O6YX 1YADA 3W7PA 1KTCA 2HS6A 4WUIA 2QCGA 2CLOA 3DFSA 2ZTKA 3G3DA 4DO4A 5K4ZA 1VRDA 2TRSA 4XKYA 5G1TA 2YW3A 3M7WA 2VFEA 5U7SA 1W0MA 4MOZA 4X2RA 3IIXA 3NG3A 4NJKA 3NNTA 2E5DA 1RVGA 3IVUA 3TQ0A 4FB7A 3NAVA 1R2SA 4DXVA 3LXAA 1S5WA 3P8IA 5AC8A 1OK4A 4JICA 3P74A 1J5TA 1QPNA 1XFBA 3LHWA 3S0CA 1V7YA 1VGAA 4PCFA 3SY5A 3FS2A 4WOQA 4DF0A 3QPYA 3BGJA 5D32A 1AL8A 1FQ0A 4NX5A 3B0VC 1JCXA 2GQ9A 1R2RA 4GRSA 4DQWA 1JJKA 1RR2A 1G69A 4ADTA 3DKLA 4LRSA 3SZ8A 1W3TA 5CSRA 1H7XA 3G0SA 1Q6LA 2C6QA 4DBDA 1EP3A 3QEZA 1A53A 3P84A 3SFKA 2ZA3A 1LP6A 4O17A 4RXGA 3ATYA 1I2RA 1W1ZA 3TDFA 1A5SA 1GVFA 1SO4A 3BO9A 2DZTA 2ZQ0A 3IGUA 4L4LA 4AF0A 1KLYA 1FDZA 1OFBA 3LRLA 1OF8A 3LCIA 1RQEA 1FCBA 2PC4A 5LGXA 2B7QA 3V1PA 1CW2A 1SPQA 1TPB1 5CZTA 4IUOA 5HMSA 1SO6A 3LV6A 4X9SA 5H2ZA 3NDOA 4ZVJA 3PUDA 2QCFA 4NXKA 1LRNA 3QF0A 3DFNA 4UTJA 7TIMA 2CWNA 1H61A 1VHNA 3Q94A 2DP3A 1OFAA 1OK6A 1T99A 1OVDA 2RDUA 1QPOA 1PE1A 2NUWA 1TV7A 1VYRA 3TMLA 1M7OA 5AYXA 1TRIA 1TSIA 6ALDA 3OHIA 2ABBA 4X22A 2GQAA 1JCNA 3SGUA 1OF6A 3TJXA 1KM1A 1UCWA 2J6XA 5BMXA 3VCRA 2DJLA 1VCVA 4FX8A 1VS1A 2A21A 3W2UA 4LS2A 1JCLA 1WQ5A 5KZEA 1AW1A 1YTKA 5CGQA 3PWAA 2ZRYA 1A5BA 3LTPA 4JDYA 4AB4A 3DFQA 1YDVA 4OT7A 1TYGA 1OG0A 4MYAA 1H7OA 3L0KA 2QJIA 4TU1A 4YXGA 1GG1A 3SECA 4GBUA 1O4UA 3FLUA 3HOJA 4H3DA 3PB0A 2NXIA 4JN6A 2HTMA 3UXDA 4LY8A 1L2UA 2P0OA 4FIQA 2Z1BA 4JIPA 4KWVA 1LLWA 2Y63A 3O15A 3W1QA 3FKKA 3HMJG 4CCCA 3QMRA 4P61A 2E1DA 1RPXA 3B0UX 3G24A 2ZZ3A 4FNRA 1IXOA 3OVPA 5FF7A 1IXPA 1LBLA 5DXXA 3P8JA 3GR8A 3TA6A 4EIVA 3TR2A 1Z44A 3JS3A 4N2YA 3MJYA 2ZRVA 2DORA 2YR1A 2CLHA 5FF3A 2TPSA 1SSGA 4HKPA 3UYCA 2BLEA 3L65A 3WK0A 2BX7A 5MHBA 1WAUA 1SR9A 4O0ZA 2EAWA 5AC6A 4WX2A 5TBOA 1K7FA 3H55A 1I2QA 4PC8A 4UMAA 3MMTA 3NPUA 1OX4A 3W84A 5DCEA 1PVNA 2A0NA 5FI8A 4RLIA 3HPZA 5KITA 4JX5A 1XBVA 1NF0A 3KXQA 4LV9A 4FNPA 1I4NA 4UC5A 3RLUA 2QUUA 1GVSA 1SZGA 2Y89A 1QO5A 2CLMA 4NX0A 5HJLA 3FKRA 1G4SA 2WNQA 5AN7A 3EWBX 3TSMA 3C4UA 3G1AA 1I2OA 3PUOA 3C2EA 4AH7A 2XFWA 4MIMA 2Y7GA 2Y7DA 2A5HA 1O60A 1XUUA 2F84A 3L68A 4O4WA 3GKFA 1VLWA 3N9SA 3LCGA 5F4WA 2RDTA 4M7TA 3P67A 2WSRA 1AK5A 2V5BA 4MVAA 3MW7A 5CZJA 1F76A 3O05A 1H7WA 2FFCA 3ELFA 3WJSA 3I65A 4NJHA 1ICSA 2JKEA 2ISVA 3JRKA 4WOZA 4KWWA 1KM3A 2VEMA 3EX6A 1ZJIA 4JTUA 3GNNA 4CLMA 4JTSA 3UWQA 2Y70A 5HR6A 3RFAA 3GB6A 3W75A 1TTPA 1JRBA 5LZLA 2VOMA 3MP4A 4O19A 3S1VA 3THAA 4JX4A 3VKJA 3G8RA 4AF0B 4JTEA 3PS7A 2V8ZA 4WZHA 3RK8A 1NEYA 3H54A 5D2YA 3UXAA 1KA9F 3NYZA 3BV4A 3S9YA 4DF2A 3UWVA 1S3HA 3A21A 5K4XA 4N4PA 5CPOA 3W23A 1SW0A 3N2XA 1NAL1 1JUBA 4IMCA 4LNYA 4UTHA 3TCEA 4O1AA 1P5BA 2E5BA 4O0KA 1I2PA 5A8GA 3A9IA 3STGA 2WNZA 3BW3A 3G0XA 4IOTA 2V82A 3TW6A 1G6CA 4M5PA 5C54A 4AWUA 3OIXA 3HQ1A 1FBAA 4LRTA 3M6YA 4ZQPA 5FF0A 1KV5A 3CT7A 3IIOA 2C14A 3PB2A 1JULA 2ZZ6A 4FO4A 1XC4A 1WYIA 4MZYA 3TXZA 2QCDB 2Z6JA 4GUGA 3EKLA 2X2GA 2A7PA 3DGRA 5G5IA 3TKFA 3B05A 3C61A 1RV8A 5KSWA 2VFDA 1LTDA 3UWWA 1YXCA 1TV8A 5KTLA 1F6PA 4JY8A 3CWOX 3LDVA 3WFAA 2GJNA 5LSMA 4EF9A 2ZZ1A 3HGJA 3NM1A 4UUIA 5D38A 2A1YA 3M1ZA 3QSRA 1EWEA 5DLCA 4DPQA 3B4UA 1X1OA 2VFIA 4O4VA 1TPUA 2OZ0A 3O06A 3G22A 2ZA1A 2QCNA 2QCCA 3BVJA 1WV2A 2VENA 2WQPA 1H5YA 4H6KA 3LHUA 4IWWA 2NV1A 1M5WA 5CSSA 4JTGA 5I3FA 2CU0A 4A2RA 2B0MA 4R53A 4ALDA 2VC6A 4WD0A 3CEUA 3Q58A 4UMBA 3NQGA 4UTIA 3W7CA 4N9CA 3LXBA 4UCGA 2CZ5A 5KINA 1X6UA 1H62A 1ZHAA 4BF9A 3M9YA 1QDSA 2A6LA 4GC4A 4MUZA 3MO7A 1VJIA 3W7LA 3L2IA 4LV4A 1GYNA 2J88A 3W1LA 2VKZG 1LORA 1TPFA 1XI3A 1KLZA 5LNVA 1OX6A 3MI3A 4UTTA 4ZQNA 3FA5A 2NX9A 1LOLA 1YDOA 3LGEA 2ZZ7A 4H4IA 1XXXA 4BK9A 4ORIA 1YXYA 1THFD 5E0KA 1YXDA 3F03K 2P1FA 3A24A 1H1YA 1KFEA 3LRMA 3DZ1A 3VE7A 4LUJA 3G0UA 4YMZA 1FWSA 3W1XA 3QH2A 1EWDA 1C29A 2DZXA 1TO3A 1BWLA 4HIBA 4NJIA 3O16A 2PRLA 1LROA 3QYQA 1OFOA 1ME9A 1ZFJA 4FF7A 1ME8A 4GUJA 1ADOA 4M7SA 3KVJA 1HG3A 4GJ1A 3W7NA 3STFA 4CNOA 3TC7A 1PV8A 4AXKA 2Y61A 3RMJA 4XUGA 2I1OA 4HPXA 1G7VA 3LM7A 3E02A 4XZ9A 3AO0A 3E9AA 1SU5A 4Y8FA 2V0TA 1GT8A 2O7SA 1ZY9A 5G4EA 5AHIA 1TIMA 1WA3A 2CZFA 3W2JA 3W72A 5EY5A 1T96A 1SSDA 3GLCA 4RKAA 5L9FA 4N9EA 1VHCA 3M5YA 3QW4B 2W79A 2VELA 3M5XA 3W2KA 4O57A 5IM51 2A7RA 4DBEA 2D73A 1PS9A 5EYWA 3W7JA 1DOSA 3P61A 2DU2A 4U4MA 4FIRA 2FQIA 3IRDA 4IMFA 3HG4A 1R47A 1SZFA 4O8RA 1KFKA 3C0JA 2YYUA 3EX1A 3R13A 4ONVA 3O1NA 1IF2A 3IIPA 2QCMA 3WK1A 2W0UA 4RZ6A 3EWUA 3W07A 4LVBA 1TCDA 3SIZA 1Z41A 2Y88A 1DV7A 4QIUA 4NUWA 3E12A 3NVTA 1WXJA 5AYZA 3RLVA 1TJPA 4GXMA 5DELA 4GFSA 4CCEA 3BLEA 1UJPA 5I3HA 3CWNA 1AW2A 3A5VA 3GDKA 4AHQA 1EP2A 2LLEA 1SO5A 2NLIA 2ABAA 1YLVA 4ADUA 3EKZA 3CU2A 3NL6A 3T55A 3B8DA 1H50A 4GUFA 3GAYA 4MLJA 4RCXA 2B4GA 1XDLA 1D3GA 3S42A 5C2XA 3UNDA 5AFDA 4OE7A 3W7OA 3TMQA 2WKJA 3PUEA 2ZDRA 5BMWA 3S1UA 3N19B 4G1KA 5D03A 4KFNA 2CLIA 1BKSA 3IVSA 5K9DA 4Q32A 3C8FA 3HJZA 3FJLA 5EL1A 5G2HA 1HO4A 2VXNA 3G1XA 1ONRA 3NQVA 4GNJA 3LCFA 1LLZA 2QR6A 2DJXA 3HIJA 4PFMA 2OT1A 5D30A 4S1FA 3HG2A 3ABOA 4K8EA 3TSDA 3EWYA 3TX9A 3W7EA 2UV8G 1PL9A 3BARA 2NWRA 3GK0A 4O52A 1FCVA 3TSBA 5HNRA 4LS0A 3E49A 3W7RA 3KRSA 4HPJA 3UPBA 3M43A 3W71A 3L67A 3KVLA 1PHQA 1T0OA 1XL9A 1SZEA 4O1CA 3LLDA 3LCLA 3MYOA 1BEUA 5LNUA 2DZWA 1OFQA 2R91A 2X1RA 2FTPA 2QUVA 4E38A 1IXNA 3L9CA 4L4MA 2J9YA 1F05A 3BG9A 1W56A 1TTJA 2O7QA 5EBUA 3R5EA 3W1MA 3LI0A 1ML1A 2JKAA 3PF3A 2B7NA 3NZ1A 2QF7A 3BW4A 4YL2A 3S1XA 4Z1DA 2X1TA 2AQWA 1TV5A 3SR7A 4CCDA 2CLEA 4B5NA 1S5VA 4QNEA 5I3KA 3PBUA 1W5OA 4BFAA 4FX7A 1NFBA 2RHGA 3OA3A 3W86A 5BNKA 1PCWA 3C3NA 4K7VA 4KFOA 3UZ5A 1B9BA 2RKXA 4HNVA 3GVGA 8TIMA 1Z48A 2JGYA 4HSNA 2CLKA 4LT9A 2OJPA 2QCDA 3QSTA 2Q8LA 3P62A 1TPC1 2WJZA 1CX9A 3VE9A 3CQ0A 3ZS4A 1R2TA 3BPWA 3L66A 2ZRXA 4HNTA 2WOQA 3DXIA 3EWWA 4OGZA 1QAPA 1VC4A 1HTIA 1OABA 3S6DA 2B7OA 2Q3RA 3C52A 1XCFA 3W2MA 5I3IA 4MY8A 4XQ6A 3W2NA 4BI7A 5F2GA 4A29A 4WXZA 2I14A 4UFIA 1W31A 3NO5A 3HO8A 3GXTA 2ISWA 1QWGA 2X1SA 1U5JA 5TQLA 2NXGA 1LM1A 3GX9A 3VFLA 3MYPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3SECA

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