3SO9A

Darunavir in complex with a human immunodeficiency virus type 1 protease variant
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydorlase/hydorlase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title The higher barrier of darunavir and tipranavir resistance for HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2011-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3so9A00
3KF0A 4YD7A 5P4OA 4YOAA 3BGCA 2XFIA 4EWOA 1YG9A 3INHA 1ZP8A 2R5PA 1META 1DIFA 3IAWA 5DQCA 5P2QA 2CENA 5P1CA 3F9QA 5P1PA 1A94A 3PMYA 5P5TA 5P1SA 2I0AA 2FLEA 4Y38A 3BHEA 5P3YA 4J1CA 3L5FA 3LHGA 4M8XA 5P44A 3IXJA 3KT5A 3I25A 3OQ7A 5P3JA 1SDUA 1CPIA 4I0HA 4Y56A 5P5RA 3T3CA 5P0SA 1W6HA 5E5JA 2I4VA 4FAEA 1HEFE 5P3FA 1FIVA 2XYFA 4AZYA 4B77A 5P35A 2R3WA 3INFA 3SA4A 2QD8A 2MIPA 5SY2A 1K6PA 2B60A 5P7LA 3UDMA 2P83A 4L1AA 5I3XA 2UXZA 4EQ0A 5P7EA 1SIVA 2G1SA 4YBIA 3UDPA 2PSVA 2QZKA 3U71A 4AA9A 4Y3DA 5P2GA 5P0AA 3KDCA 3OOZA 3QI1A 3ZPSA 2WF4A 1KJFA 3R4BA 1ENTE 4Y3HA 1Z1HA 5P2BA 1HSGA 1TW7A 5P4NA 5P8OA 2NNKA 5OZVA 2B8LA 4QLHA 3MSLA 2WF2A 4Y3JA 1BWBA 2QK5A 5P4PA 1GNOA 4B1EA 2AVSA 4APRE 4TRZA 5P05A 2WF3A 3O9CA 5P63A 5P8TA 5APRE 3URJA 1APTE 1WBKA 3N3IA 1ZJ7A 3EL0A 3NDWA 5P50A 3VF5A 1IVQA 1ZPKA 4DQEA 1AXAA 5P5UA 4Y47A 3PRSA 1MESA 5OZTA 3NU5A 6UPJA 2B42A 3EM4A 4Y5GA 5P8EA 4H3GA 5OYWA 3K5DA 4GJ7A 2WECA 4K4RA 2HPFA 3BUHA 3AIDA 1A8KA 4I1CA 5P1XA 4XX4A 3HW1A 1KJ4A 5P7YA 2QI7A 5AH7A 2VNMA 2V11C 5P4JA 5IVSA 3EKVA 3G72A 3FSMA 4OC6B 5OYYA 1FQXA 2J9KA 5OZ9A 2QHYA 1GVTA 3ZMGA 2AZ8A 5P0BA 5P1WA 5P3LA 1LYWA 2G24A 3OU3A 1RV7A 3S43B 3A2OA 1MT8A 5P0MA 1RPIA 2Q55A 5P65A 3EKXA 1BVGA 5P28A 1HVRA 1MTBA 1G0VA 5P59A 4JP9A 3OXWA 3PSYA 1ZAPA 2QP8A 5P6HA 3URLA 3O9GA 5P2HA 4EJLA 3M9FA 5P6IA 4ZPEA 3TOFA 3WZ7A 4YBFA 1BILA 4Y3AA 9HVPA 2BKSA 3DOXA 3D20A 4Y3TA 2ZHVA 4PYVA 4Z2ZA 5P31A 4M8YA 3CIDA 4F76A 1SP5A 4I0FA 1SDVA 4GYEA 2VIEA 3L5DA 5P25A 5CONA 4YOBA 5P3ZA 3NU9A 2P3BA 3OOTA 5OYTA 4DQHA 1BDLA 3NU3A 1FMXA 3ZKQA 3RTMA 4LC7A 1EPNE 4CP7A 3O9LA 4DPFA 5OZ7A 3SA9A 1ZSRA 4Y5EA 5P1OA 2BPYA 1XE6A 4Y4UA 5IVTA 3HZCA 1FMBA 5P8QA 3QBHA 3FKTA 2R3TA 3EL4A 3PI0A 2OHPA 1FG6C 5OZWA 5P6WA 4D83A 3VYEA 1IZHA 4ZSPA 5P5FA 1BDQA 2OHQA 5AGZA 3SFCA 4TRYA 4DJRA 5P00A 4CPWA 4J1KA 5OZQA 4L7GA 5P2TA 5P6PA 2JE4A 3ZPUA 5ISKA 5P0PA 5AHAA 5P5LA 4PZXA 3T11A 4U7QA 3DV1A 3EMYA 4H1EA 5P30A 3KFSA 1HVIA 4HDBA 4Q1WA 1HTGA 3K4VC 5P36A 3TKGA 5P4KA 5F00A 5BRYA 5P8GA 3T7PA 5P3NA 1NH0A 4TVHA 3LNKA 3OAGA 4NJTA 2H6TA 4FM6A 2R43A 4Y3FA 1B6KA 4LBTA 3JVWA 4QGIA 4GZFA 3HVGA 4OBJA 5P0DA 5P2DA 3WSJA 5HDZA 4F73A 2FXDA 2BQVA 3EKPA 4Y4XA 5P8VA 4AUCA 3FNSA 3NR6A 5P6FA 3UQRA 2PC0A 1YM2A 4J0TA 4X2LA 2G1NA 1LYAA 2QZWA 3OU1B 3TLHA 1MSMA 4MC9A 2V00A 4DPIA 3LZUA 3OQDA 2F3KA 2O4SA 4EHCA 2QAKA 3KDBA 4R5NA 5F01A 3L38A 1APUE 1E80E 3L3AA 4MC2A 3K4VA 5OZJA 4JPEA 5JFPA 3VF7A 5P2OA 4BEKA 1D4KA 1HVSA 4Y5LA 3OTYA 1HSIA 4OBZA 3SO9A 3TPRA 3PEPA 5EZXA 4GJ6A 4YHQA 2PYNA 2QD6A 4RVJA 1KJHA 4FGXA 3VSWA 2F3FA 1SGUA 5I3WA 5SY3A 5IS4A 3NDXA 1NPAA 5P4UA 2QU3A 5P58A 4L7JA 5P45A 3TH9A 5E5KA 3HAUA 1EEDP 4I8ZA 2BBBA 2BPZA 5P7OA 3APRE 5DR8A 7UPJA 3S85A 1HTFA 5OZLA 1MSNA 4ZPGA 1EPLE 5P4MA 3KM4A 5P1FA 5P7PA 2NPHA 3PJ6A 4FIVA 3VEUA 2IDWA 3UDQA 1U8GA 5DPZA 1D4HA 5P3EA 3UF3A 2VS2A 2V13A 1HBVA 4BELA 1W5XA 2AIDA 3G70A 3KYRA 5P8PA 1HIIA 5P1BA 1FQ6A 1YTHA 5P3XA 4Y57A 3HLOA 2OHMA 3OXCA 5KOQA 2JJIA 5AH9A 1SDTA 5P54A 2CEMA 3TL9A 4WY6A 1XE5A 2AODA 3VV7A 3L5EA 2SAMA 1EAGA 4D89A 3EL5A 3NUJA 5P5HA 4J1HA 3EXOA 4RLDA 1EC2A 4FE6A 5P2KA 5P0CA 2APRA 5P5SA 2G26A 4F74A 4PHVA 5P6MA 2ASIA 2Q64A 3B7VA 5P3BA 2NNPA 3NU4A 3TOHA 2QMDA 6APRE 3NWQA 3K5GA 5OZYA 1LYBA 5OZHA 3S53A 5P47A 3MXEA 2QMPA 2A1EA 3NLSA 3TOGA 5P1ZA 1CZIE 2BPXA 4DUSA 1QDMA 2G21A 2VJ9A 2Q63A 4I0GA 3KN0A 3KMYA 5I70A 3GGXA 1B6JA 3RVIA 3D3TA 1HVJA 3SM1A 3UDNA 4DJUA 3TPLA 1LEEA 4GJBA 4HDPA 3PBZA 4A6BA 5ENMA 5P82A 2I4WA 2B7ZA 1FMUA 2XFJA 4Y44A 2ZJHA 1FKNA 3OGQA 5ENKA 2NXLA 3CYXA 5OZ4A 5C9BA 4J1FA 3URIA 2QI5A 5P3DA 4Y3SA 3OXXA 1MEUA 2FS4A 5P1JA 4IVTA 4LXKA 5P27A 3RSXA 5HVPA 5P2SA 2WF1A 5P7AA 4E43A 2J9JA 3IA9A 5KQFA 1E81E 5P2FA 3Q5HA 4LP9A 3ER5E 1EPPE 3FX5A 4K8SA 1PROA 5P2NA 2HM1A 5P5KA 1F7AA 3I8WA 3VLAA 4DJVA 1D4JA 3VCMA 2PQZA 3BUFA 1D4IA 4TVGA 5P0HA 4QJ7A 1EBZA 5P88A 5P01A 3GGVA 3O9FA 3S54A 5P15A 1HIVA 3D91A 2IKOA 1W50A 3OK9A 2ER6E 1YT9A 4EJDA 4K4PA 3VYDA 3ZKNA 2VA7A 5I3YA 5P85A 2ZE1A 4Y3QA 4K4QA 4LHHA 3SPKA 3UDYA 2F81A 4ER2E 1WBMA 4J55A 2AZBA 5P24A 3OUDB 1AIDA 1LZQA 5P4AA 5P32A 5DR1A 4J5JA 2B8VA 4BFDA 4Y5AA 3OADA 8HVPA 3T7XA 3QVIA 2Q5KA 3LITA 4ZPFA 5HE4A 5OYZA 4Y3WA 3WZ6A 1E82E 3OUBA 4OBDA 5P34A 5P7JA 1APWE 3SLZA 2IRZA 2FDDA 3SKGA 4ER1E 3TTPA 3BGBA 5P6EA 4Y43A 5P84A 4Y4GA 3KFPA 5P51A 5P4ZA 5P2CA 3KA2A 3N4LA 4H3FA 5P6AA 5IE1A 3VSXA 4WY1A 5P8SA 2AZ9A 4FCOA 5P8MA 2P3CA 5P8AA 1HRNA 1MPPA 4COEA 5OYXA 3PWWA 3Q4BA 1APVE 5P5IA 4CPTA 1IDAA 4HLAA 2QI3A 5P69A 1C6ZA 4Y4JA 2O4KA 5P7NA 1PSOE 3ZKIA 2QCIA 1HPOA 2CEJA 4LL3A 5KR1A 5DR4A 5P0UA 1DMPA 3RU1A 1XN3A 1AAQA 1UH8A 4HA5A 2I4UA 5P08A 2G20A 4Y4TA 4MC1A 1ER8E 5KQXA 5P2RA 4Y4AA 1AM5A 1LV1A 5SZ9A 2JYSA 3DUYA 4Y4ZA 5P6OA 4Y54A 3O9LB 2VA5A 4I12A 5P2IA 5OZSA 5P17A 3O9EA 3GI5A 1GVXA 3FNUA 2R9BA 3EKWA 1QS8A 3UQPA 3O9DA 3TPPA 4DJPA 3L5BA 3NWXA 4Y5PA 4YD4A 3UDHA 4NJSA 3S2OA 2VJ7A 1PPME 5P3SA 2FDEA 4GJ9A 5P77A 5P5WA 3QPJA 7HVPA 2G1OA 4QJ9A 5P0TA 2ZJJA 4EYRA 2Z4OA 1OEXA 2OAHA 2NMYA 1HIHA 1TSUA 4OBGA 1MUIA 1RL8A 4Y3NA 1LS5A 1HEGE 3O9IA 3INEA 5P3GA 3R1GB 4B70A 3OHHA 5P67A 1YX9A 1ZBGA 5P1DA 4Q1NA 5P20A 5P3IA 4B00A 5P8LA 3KFRA 1BV9A 3TNEA 5P7WA 1ODWA 2R5QA 3QRVA 4I8WA 4TRWA 3OAGB 4Y3PA 1HVHA 5JG1A 4HEGA 4Z50A 3TKWA 1C6XA 1K6VA 3WZ8A 2QHCA 3GI4A 5KR8A 1ZLFA 5P80A 3Q3TA 5OZUA 5OZCA 3PCWA 1BAIA 3OTSA 1BXOA 3LIXA 1SH9A 2QI0A 4Y5BA 4Z4XA 5P74A 4J1IA 4Y3XA 4YE3A 1WKRA 2FGVA 3PCZA 3MXDA 2EWYA 2F8GA 2P8HA 5P6KA 1MRWA 3WB4A 4RYGA 3UDKA 1FFIC 3UQUA 5P1AA 1PPKE 3PLDA 3NU6A 4CMSA 4YCKA 4F75A 3R0WA 3VG1A 1SMEA 3QROA 3NDUA 5P5XA 5COPA 1CMSA 5P73A 1AVFA 5P6QA 4J17A 4RRSA 5P57A 3OU4A 5P6RA 2G1RA 2I4DA 1BV7A 1FG8C 5P12A 3LIYA 4DJYA 3S7MA 5HDVA 1C6YA 3EKQA 3QAAA 3BVBA 3VV6A 4FM8A 2BPVA 2ER7E 2Q3KA 3FIVA 1B5FA 2AQUA 2ZJLA 4WTUA 4OD9A 2V16C 4J0ZA 2PK5A 1BIMA 2G27A 4K9HA 5P3AA 2F80A 3LIQA 2ZHUA 5P49A 5P7GA 5COKA 3GGAA 1FF0C 4Y37A 5P6NA 2VJ6A 4I0IA 5P0LA 2OF0A 4Y45A 5P8UA 1D4SA 1K6TA 5P6JA 5P0FA 3VLBA 1TCXA 5P7IA 5OZAA 4RZ1A 2RSPA 3NUOA 1IDBA 5P78A 1A9MA 2ZHRA 5DQ4A 1M4HA 2A4FA 4N00A 5P33A 1A30A 4YA8A 1YTIA 5DQ1A 2AOJA 3SM2A 5HE5A 1N49A 4KUPA 6FIVA 3EL1A 5P1GA 1B6MA 1K1TA 5P2LA 3BXRA 3UCBA 5IVRA 3PVKA 2PK6A 3RTNA 1K2CA 5P7QA 3HDKA 3G6ZA 1W5VA 3DV5A 5DQ5A 2NMZA 2ZYEA 1FEJC 3CMSA 5COOA 3KDDA 5P07A 4AA8A 4OC6A 5P1TA 4FAFA 5HTZA 2IENA 5OYRA 4H3JA 3SA5A 5P6CA 3BVAA 4NPUA 5P5DA 5P38A 3QS1A 1DPJA 5P7RA 1MT7A 2FGUA 2B7FA 5P7VA 1J71A 5P7XA 2NTRA 3LZSA 3OWNA 3LPJA 4D85A 3PBDA 5P3QA 1EPQE 5P1QA 4DI2A 1IBQA 3U6AA 5P8JA 1K1UA 1Z1RA 4B05A 1DW6C 2WHHA 3UTLA 1QBSA 4A4QA 4DH6A 2AVMA 1NPVA 5P6LA 2OHUA 3NYGA 4FLGA 1EBYA 1F34A 5P8RA 4ACUA 4ZSRA 3H5BA 2QI4A 5BS4A 5P22A 3LZVA 3HD8A 4FRJA 1MVPA 1YTJA 1AJVA 3QN8A 4AMTA 4NJUA 5P3UA 5P0QA 5P7DA 2PH6A 1EPRE 2AOEA 1ODXA 4CPSA 1FQ7A 5IVQA 2BJUA 4FS4A 2QU2A 2F3EA 5P5PA 2HPEA 4LAPA 4DJOA 5KR2A 2WEDA 3ZOVA 4NJVA 2OHLA 3EC0A 5P5EA 5ER1E 1EC1A 2ANLA 1HXBA 2VIZA 1DP5A 5P72A 2RMPA 1E5OE 1K2BA 2WEZA 3AUPA 4J0YA 2NXMA 1HWRA 1XN2A 1W6IA 1MT9A 3GI6A 1EC3A 3PWMA 4DVFA 1FQ4A 5P4GA 3Q6YA 5P4RA 5P2ZA 2ZHSA 5HCTA 3D1YA 3QBFA 5P3OA 4Y48A 1BDRA 2PWRA 5P5AA 1HPVA 4ACXA 5P2YA 5P1VA 1ZSFA 3OADB 1RNEA 4Y4BA 4U8WA 1QBTA 5P2XA 3PGIA 5OYUA 4PPHA 3LPIA 4FM7A 4I10A 4CPXA 3JW2A 1G35A 2QD7A 2RENA 4B0QA 5P2WA 4YD3A 1MERA 5P56A 4Q1XA 3OU1A 5P5ZA 2BPWA 1LF4A 5P06A 1QRPE 1VIKA 1B6PA 5OZFA 4Y6MA 4L6BA 2UPJA 2O4PA 4IVSA 4I0EA 1FB7A 1ME6A 5KAOA 3T7QA 3UHLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KF0 A;  4YD7 A;  5P4O A;  4YOA A;  3BGC A;  2XFI A;  4EWO A;  1YG9 A;  3INH A;  1ZP8 A;  2R5P A;  1MET A;  1DIF A;  3IAW A;  5DQC A;  5P2Q A;  2CEN A;  5P1C A;  3F9Q A;  5P1P A;  1A94 A;  3PMY A;  5P5T A;  5P1S A;  2I0A A;  2FLE A;  4Y38 A;  3BHE A;  5P3Y A;  4J1C A;  3L5F A;  3LHG A;  4M8X A;  5P44 A;  3IXJ A;  3KT5 A;  3I25 A;  3OQ7 A;  5P3J A;  1SDU A;  1CPI A;  4I0H A;  4Y56 A;  5P5R A;  3T3C A;  5P0S A;  1W6H A;  5E5J A;  2I4V A;  4FAE A;  1HEF E;  5P3F A;  1FIV A;  2XYF A;  4AZY A;  4B77 A;  5P35 A;  2R3W A;  3INF A;  3SA4 A;  2QD8 A;  2MIP A;  5SY2 A;  1K6P A;  2B60 A;  5P7L A;  3UDM A;  2P83 A;  4L1A A;  5I3X A;  2UXZ A;  4EQ0 A;  5P7E A;  1SIV A;  2G1S A;  4YBI A;  3UDP A;  2PSV A;  2QZK A;  3U71 A;  4AA9 A;  4Y3D A;  5P2G A;  5P0A A;  3KDC A;  3OOZ A;  3QI1 A;  3ZPS A;  2WF4 A;  1KJF A;  3R4B A;  1ENT E;  4Y3H A;  1Z1H A;  5P2B A;  1HSG A;  1TW7 A;  5P4N A;  5P8O A;  2NNK A;  5OZV A;  2B8L A;  4QLH A;  3MSL A;  2WF2 A;  4Y3J A;  1BWB A;  2QK5 A;  5P4P A;  1GNO A;  4B1E A;  2AVS A;  4APR E;  4TRZ A;  5P05 A;  2WF3 A;  3O9C A;  5P63 A;  5P8T A;  5APR E;  3URJ A;  1APT E;  1WBK A;  3N3I A;  1ZJ7 A;  3EL0 A;  3NDW A;  5P50 A;  3VF5 A;  1IVQ A;  1ZPK A;  4DQE A;  1AXA A;  5P5U A;  4Y47 A;  3PRS A;  1MES A;  5OZT A;  3NU5 A;  6UPJ A;  2B42 A;  3EM4 A;  4Y5G A;  5P8E A;  4H3G A;  5OYW A;  3K5D A;  4GJ7 A;  2WEC A;  4K4R A;  2HPF A;  3BUH A;  3AID A;  1A8K A;  4I1C A;  5P1X A;  4XX4 A;  3HW1 A;  1KJ4 A;  5P7Y A;  2QI7 A;  5AH7 A;  2VNM A;  2V11 C;  5P4J A;  5IVS A;  3EKV A;  3G72 A;  3FSM A;  4OC6 B;  5OYY A;  1FQX A;  2J9K A;  5OZ9 A;  2QHY A;  1GVT A;  3ZMG A;  2AZ8 A;  5P0B A;  5P1W A;  5P3L A;  1LYW A;  2G24 A;  3OU3 A;  1RV7 A;  3S43 B;  3A2O A;  1MT8 A;  5P0M A;  1RPI A;  2Q55 A;  5P65 A;  3EKX A;  1BVG A;  5P28 A;  1HVR A;  1MTB A;  1G0V A;  5P59 A;  4JP9 A;  3OXW A;  3PSY A;  1ZAP A;  2QP8 A;  5P6H A;  3URL A;  3O9G A;  5P2H A;  4EJL A;  3M9F A;  5P6I A;  4ZPE A;  3TOF A;  3WZ7 A;  4YBF A;  1BIL A;  4Y3A A;  9HVP A;  2BKS A;  3DOX A;  3D20 A;  4Y3T A;  2ZHV A;  4PYV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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