3SQFA

Crystal structure of monomeric m-pmv retroviral protease
Total Genus 23
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
23
sequence length
95
structure length
95
Chain Sequence
KPSLTLWLDDKMFTGLINTGADVTIIKLEDWPPNWPITDTLTNLRGIGQSNNPKQSSKYLTWRDKENNSGLIKPFVIPNLPVNLWGRDLLSQMKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Crystal structure of a monomeric retroviral protease solved by protein folding game players.
pubmed doi rcsb
source organism Mason-pfizer monkey virus
total genus 23
structure length 95
sequence length 95
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.23: dUTP diphosphatase.
pdb deposition date 2011-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sqfA00
2A4FA 2QI3A 2HM1A 2BPVA 4YCYA 3INDA 5P2CA 4FLGA 4GJBA 3VV6A 4A4QA 4JOOA 5P4FA 5DQ2A 5SY2A 3K5DA 3NWQA 4RZ1A 2VS2A 2NXDA 3INFA 3OU4B 2A1EA 4DH6A 1C6ZA 3KMXA 2VNNA 3GI6A 3ZKMA 2AOHA 4HE9A 1IZEA 3EL9A 5P1BA 3ZL7A 5P8RA 3HVGA 3WZ6A 4YA8A 5P1MA 3OQDA 4DI2A 2Q11A 3OGQA 1D4IA 1PPKE 1EPME 5P1ZA 2OHKA 5P27A 3LIXA 4IVTA 2BBBA 5OYZA 3UTLA 3LIZA 1D4YA 5P2QA 5P5IA 4PHVA 3ZKQA 5B18A 1C70A 3OXXA 5P56A 3WZ8A 2IS0A 3IN4A 5P3IA 3Q6YA 5P58A 4Y45A 5C9FA 5P2HA 1FQ4A 1BV7A 5P7MA 1A8KA 4M8XA 5J25A 3TNEA 3UDKA 4EJ8A 2J9JA 5HU0A 4EJKA 2WL0A 1HHPA 4Y37A 1BAIA 3SKGA 5P42A 4ACXA 5SY3A 4PZXA 5AHCA 1K6TA 1SIPA 2FMBA 3PEPA 2OHUA 3O9LA 4B77A 5P1SA 3B7VA 3SM1A 4YOBA 5P87A 4NPUA 1ODXA 1FFIC 3OOTA 2PSUA 3G72A 4B0QA 1G0VA 2G1OA 1BXOA 1K6VA 5P7WA 4OD9B 1MVPA 3VLAA 3NLSA 4Q1YA 2WJOA 3VV7A 3H5BA 5P6VA 1FQXA 4JPEA 3VF7A 1VIKA 4QJ9A 4K4QA 3TKWA 5P0YA 1G35A 3PSYA 4J17A 4Y3AA 4RCEA 1HEGE 1OEWA 3L5DA 4B78A 4B00A 1FLHA 2FXDA 5I3XA 4YD5A 5OYYA 4YD3A 4WY6A 5P3SA 1B6KA 3QS1A 3VYDA 1DP5A 2FDDA 2CEJA 4Y4AA 5COKA 3O9IA 3TKGA 4OBFA 3IAWA 4LL3A 1ZSFA 5P2ZA 4Y41A 1HVKA 2I4DA 3PMYA 1ZJ7A 5P3WA 5OZ1A 3MSKA 1J71A 2QCIA 5P2FA 5P1UA 3LIYA 3QBHA 3PI0A 5P59A 2JE4A 4COEA 4DJPA 5P32A 4FSEA 4Y3QA 3NXNA 5P2XA 5EZZA 4GYEA 3UHLA 5P6EA 5OZPA 5P2YA 1MERA 4WY1A 2FGUA 3KDCA 3UDMA 4L1AB 2JYSA 5OZGA 4GJCA 5OZBA 5P78A 3QBFA 1LYAB 2G1YA 3EKQA 3EKYA 1MEUA 2HC0A 1XS7D 5P3DA 5KQFA 1A94A 4Y53A 5IS4A 4TRWA 4L6BA 5P7GA 4ZIPA 1OHRA 5P5CA 5P39A 5P53A 5P7JA 5P0OA 2IGYA 1F34A 5P8DA 2G24A 4DPIA 5OZ3A 3T7QA 1G6LA 2G21A 2I1AA 3OQAA 1K6PA 3ECGA 5P4PA 4J0PA 5OZZA 2AIDA 1A9MA 5P89A 4OBHA 5P51A 2QI1A 3ZKGA 2QZWA 5P3XA 2HS1A 1W50A 2WF1A 3OU1A 2Q55A 3NUOA 4QJ6A 3CKTA 1MRXA 3UDQA 3D3TA 2NNPA 4I0JA 4QLHA 2VKMA 4R95A 4Y5CA 4GJ5A 2I0DA 8HVPA 1AZ5A 2ER6E 5P64A 5P7VA 3K4VC 3RSVA 4Y47A 5P25A 5P7AA 5P2IA 5P0MA 5P4MA 5P6JA 3SO9A 5HTZA 5P11A 4X2LA 3PSGA 2BPWA 1LYWB 1MESA 2B8VA 3NU3A 3RSXA 4Y6MA 1DMPA 5P1HA 2UY0A 3PWRA 4GJ9A 3HLOA 5P5OA 3KT5A 4FSLA 4YDFA 1LF4A 4Y3JA 5OZWA 1SGUA 5P5YA 1ZPAA 5OYVA 3QIHA 3BUFA 5P5LA 2WHHA 5P3HA 3FV3A 4CPXA 5P3VA 5P6GA 1FMXA 4I1CA 2RKFA 3K1WA 5P5JA 5AHBA 1PFZA 5P8GA 5P0KA 3S8IA 5P5DA 4QJ8A 4MC6A 1EC1A 2SAMA 3I7EA 3L5FA 3Q70A 4GJAA 3U7SA 5DR7A 5AH6A 4ZSPA 4EPJA 2AOGA 5DR8A 4I0GA 2FDEA 4Y39A 5OZHA 5KQXA 5P4WA 4Y58A 5P3PA 5P3ZA 1TCWA 5P8PA 2R8NA 1OD1A 3VEUA 5P76A 1T7KA 5P04A 1EAGA 4ZPFA 4FS4A 1HXWA 1HXBA 2OHNA 2Z4OA 3JVWA 4K4RA 1BWBA 2PH8A 5IVRA 5P4HA 1ODYA 4ZSMA 2PH6A 4HDPA 4XKXA 5P80A 1EC2A 2XFJA 2XFIA 3WB4A 1W5VA 2HB4A 4R92A 2OF0A 1LYBB 5KOSA 4YBIA 5F00A 4FGXA 5P2TA 4OBGA 4ZLSA 5P4CA 4ZSQA 2G26A 4Y5KA 4Z4XA 5KQZA 2V0ZC 3UDHA 5P5RA 3OUCA 2V12C 1EPQE 2OHPA 2VA6A 3VSXA 2P3CA 4EQ0A 5P09A 4Y5MA 1K1UA 3BC4A 5P41A 5E5KA 5OZ0A 5P2SA 4DQCA 4AUCA 1APTE 4Z50A 1HVCA 5P6UA 4ZPEA 3TOFA 2I4WA 3NDUA 1GVUA 4OBJA 3S45A 4HVPA 2NXLA 4DUSA 5DPZA 5P1YA 2I4UA 5OYWA 3OXCA 3DV5A 4KE1A 5P0CA 3VCMA 4R8YA 5P2RA 4ER4E 5P31A 3GGUA 4RVIA 4DJXA 3K4VA 1HSHA 3EM3A 4Y56A 4OBDA 4A6BA 3KM4A 3QRSA 3D1XA 3R0WA 1IZDA 5P30A 2BKSA 3FNUA 3UDRA 2FIVA 2P8HA 3CIDA 4E43A 3QAAA 1RL8A 2BQVA 5DGUA 4IVSA 5P08A 5P4NA 4EWOA 2P4JA 3IVHA 4EQJA 1NH0A 3L3AA 4I0FA 4Y5GA 4B1CA 3SPKA 5P4UA 3OHHA 1PPME 4QGIA 1NSOA 1KJ7A 3KN0A 1HVLA 2Q64A 4RROA 3I2LA 5P3GA 2ZYEA 5P68A 5P3TA 3UPJA 5CONA 5P4AA 3GI5A 2ER7E 3FKTA 3CICA 1HVHA 1HTRB 5P7FA 1XE5A 2ER9E 1Q9PA 3K5FA 1HSGA 4XXSA 3EKVA 5OZ2A 3ZKNA 1FIVA 5P79A 5P7CA 5KAOA 2AZ8A 3VF3A 4DJRA 3T3CA 1HTEA 3KFRA 3ZKIA 4L1AA 2IQGA 3LITA 5P7KA 3ZKXA 1ZLFA 5P65A 4I0IA 1LYAA 2UXZA 4Y38A 5OZDA 2IKUA 3WZ7A 5P1EA 3OQ7A 4J55A 3UCBA 5KOQA 2EWYA 1ER8E 2F3KA 4GJ7A 1SDTA 3PGIA 5DGWA 2Z54A 1ME6A 3QRMA 5OZ8A 3NUJA 1YT9A 5P8QA 5OZIA 5HE7A 5P15A 1BDQA 4X7IA 4J1FA 5P8HA 5P24A 1EBZA 1ODWA 5P7XA 5P43A 4LAPA 5P16A 4CMSA 4DFGA 4H3GA 3QPJA 5P3MA 5P7TA 4LXKA 3APRE 3S2OA 4ER2E 2JJIA 4XX4A 5P61A 2XFKA 3DUYA 1HEFE 3B80A 3IN3A 3VUCA 4CPQA 3BUHA 1QBSA 5P52A 5P75A 2NR6A 5OZAA 1PSNA 5P7OA 5P4OA 2G1RA 2O4SA 2OHMA 4J0VA 4LBTA 2G27A 3UDYA 5P7LA 3QN8A 2Q54A 4CPRA 5P03A 2AVQA 4PZWA 3EL5A 4RCFA 5P6NA 3O9FA 4D85A 2QD7A 1LYWA 2B8LA 4RLDA 2AVMA 3FIVA 5KR8A 2VIZA 3T11A 1XN3A 5P6ZA 1UH8A 1K6CA 2QNQA 5P7HA 5HD0A 2NPHA 1YTHA 2B42A 3OXWA 4DQHA 1EPRE 2VIEA 3OY4A 3JW2A 5C9BA 4GJ6A 5UPJA 4NPTA 4YD4A 4D8CA 2IL2A 5OZVA 2PSVA 1SP5A 4I0ZA 1FB7A 5HDXA 1NPAA 4F73A 4YCTA 4CKUA 3IA9A 5P5GA 4RYGA 5P8NA 5P1VA 2P3BB 3QI1A 4Y5PA 4RVJA 1QS8A 1EPPE 2HPEA 1GNNA 4Y4JA 3RVIA 5OZOA 3SABA 2NNKA 2VJ6A 1G2KA 4J0YA 1B6MA 3IVIA 3LZYA 4KB9A 5P45A 1B11A 5P5HA 5P1TA 3LZVA 5P6KA 1YTIA 1E81E 2ZJMA 3H0BA 5HE5A 1FG8C 4J1IA 4GJ8A 5P0UA 2WEDA 5P5VA 3PHVA 5P1CA 3SQFA 3URIA 5P46A 4Y3GA 3EXOA 3IXJA 1LYBA 3GGVA 2HB2A 4DQGA 3UF3A 4B1DA 3Q3TA 1MPPA 3LPKA 3SA5A 4S1GA 1BXQA 2QZKA 3R4BA 5P1AA 2PYNA 1HPOA 4FIVA 3SFCA 2B7ZA 3S7MA 2IGXA 5P77A 5P73A 3WSJA 2NXMA 5P84A 1T6EX 6FIVA 3N4LA 3D91A 5DR0A 4YDGA 1FQ8A 5P4LA 1AJXA 2BPXA 1B6JA 4RYCA 1Z1HA 3LIVA 3BXRA 4DJOA 4I11A 3R0YA 5P7ZA 5P2NA 1EEDP 3KFNA 2B60A 5P7NA 2PC0A 4EXGA 4GIDA 3VF5A 5P0RA 1LV1A 3O9GA 2BJUA 3IGBA 3CMSA 2R3WA 1WBKA 2APRA 3BVAA 3AUPA 1T7JA 3O9EA 1FMBA 4HEGA 5P54A 2P83A 3MSJA 4MC1A 5P4SA 4FE6A 2Q63A 3OGPA 1W5XA 5HCTA 3BVBA 3LZSA 1YTJA 3EC0A 1IBQA 3SACA 3SA4A 1KJFA 5P1QA 3TH9A 4F76A 1SBGA 3TOGA 6UPJA 1YM4A 5OYTA 1K2BA 4I8WA 1YM2A 4FRJA 3PRSA 5P1NA 1IDAA 4Y5EA 1W6HA 2CENA 5P4BA 1HTFA 3DOXA 5PEPA 3T7XA 1ZP8A 1WBMA 2G20A 5P4QA 3LINA 5P5WA 4APRE 3ZPTA 5HDZA 2JJJA 1AVFA 5P5AA 1LEEA 5P1DA 3NWXA 5P55A 5P6MA 1A30A 5P0XA 1M4HA 5P1IA 2VJ7A 1FMUA 2VJ9A 1HPXA 4DQEA 1BVEA 3EBZA 3KF0A 4DPFA 3GGAA 4Y44A 2QI5A 5P3CA 5OZTA 4CPSA 2O4PA 3UQUA 5AH9A 3KFPA 5P3BA 4I8ZA 1TZSA 1EBWA 3TPJA 2AOIA 5P2VA 2I0AA 2J9KA 3RU1A 1ENTE 1K1TA 2RMPA 3S85A 5P5MA 3MWSA 4OBZA 5P1GA 3VFBA 1D4SA 5OYUA 5P2BA 1QBTA 4H3IA 5P28A 4NJSA 1APVE 1HVRA 5OZ4A 1F7AA 1ZAPA 5P00A 3OAGB 1BWAA 5P0TA 5P6XA 1D4HA 3HDKA 1SDUA 4AMTA 5OZYA 1ZSRA 4Y54A 4Y3LA 5P4JA 1BBSA 4UPJA 5E5JA 5P37A 4Q1WA 2F8GA 5OYSA 1LZQA 3EMYA 3NU5A 2WEAA 7HVPA 1D4KA 3SA8A 5P6AA 3GI4A 1IZIA 5CLMA 5P4TA 3OOZA 3UQWA 2AOFA 4J1HA 3NYGA 2QI7A 1GKTA 7UPJA 5P4ZA 5P5UA 3OU4A 3HAUA 5OZNA 3EKPA 4GZFA 2R3TA 4HDBA 1AXAA 5P05A 1PSOE 5HDVA 2AZ9A 3K5GA 1LS5A 5TOLA 4FCOA 5P36A 2MIPA 5HU1A 2AOJA 5OZJA 2I4VA 1C6XA 2QI0A 3D1YA 4JP9A 3S53A 4M8YA 4TRZA 1HTGA 1AAQA 4ZPGA 5P12A 5P20A 3VSWA 1D4JA 2ZHUA 2VA5A 3LHGA 4ACUA 5P19A 3RTNA 2Q5KA 5P4KA 1HRNA 3NDXA 3CYXA 4PYVA 1JLDA 5P23A 4DQFA 5P7YA 4WTUA 4Y3MA 3OHFA 3PVKA 3JVYA 4CP7A 2J9JB 3OADB 5P1WA 4QJ7A 2PWCA 3OQKA 2WECA 5OYQA 4I0HA 2BPZA 4HDFA 4FM7A 5P3EA 1QBRA 1MRWA 3KA2A 1APUE 4LP9A 1SMRA 1MT8A 3IXOA 4BFBA 3PM4A 5P6WA 4Y5LA 2V16C 4Y4UA 5P1OA 1GVTA 5P8OA 2G22A 4Q5MA 4H3JA 1MSMA 2OHQA 2V10C 1DPJA 5ER2E 4Q1NA 2RKGA 4J1KA 1ZPKA 4RRNA 5EZXA 5JODA 1QBUA 2HB3A 4APEA 5P5EA 4OD9A 1BILA 3EM6A 3WB5A 3SLZA 1ZTZA 2ER0E 5P3KA 2R9BA 5P7EA 4I0DA 1CMSA 3CIBA 3L38A 1EPLE 4FRIA 4Y4EA 4PPHA 3RTMA 5IVQA 4DJUA 5P0DA 1SIVA 3OUDB 4XX3A 5ENMA 3UFLA 5F01A 5P70A 4RCDA 4Y4ZA 4J1EA 5P7IA 2R5QA 2VA7A 1GVXA 1RV7A 5KR0A 4YOAA 1VIJA 5P60A 3AIDA 2RENA 4Y3DA 2QZLA 2RSPA 1RPIA 3D1ZA 3ZMGA 2ZHSA 3I25A 3R2FA 4EHCA 4CPWA 5P8TA 3INEA 5P57A 3R1GB 5P2AA 5P0WA 4R5NA 4ZSRA 5OZXA 4DJYA 5P2OA 2OHSA 5SXNA 5P82A 3GGXA 2FLEA 1XL2A 3UDNA 1HPVA 3SA6A 1KJGA 2G94A 3S43B 2QHZA 3ZPUA 5DR3A 3ER3E 2IRZA 3UDJA 4OC6B 1EC0A 1MIQA 5P66A 4TVGA 1TSUA 1AIDA 3OTYA 5P5SA 5KQYA 1HPSA 4DJQA 5P3QA 2QMGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2A4F A;  2QI3 A;  2HM1 A;  2BPV A;  4YCY A;  3IND A;  5P2C A;  4FLG A;  4GJB A;  3VV6 A;  4A4Q A;  4JOO A;  5P4F A;  5DQ2 A;  5SY2 A;  3K5D A;  3NWQ A;  4RZ1 A;  2VS2 A;  2NXD A;  3INF A;  3OU4 B;  2A1E A;  4DH6 A;  1C6Z A;  3KMX A;  2VNN A;  3GI6 A;  3ZKM A;  2AOH A;  4HE9 A;  1IZE A;  3EL9 A;  5P1B A;  3ZL7 A;  5P8R A;  3HVG A;  3WZ6 A;  4YA8 A;  5P1M A;  3OQD A;  4DI2 A;  2Q11 A;  3OGQ A;  1D4I A;  1PPK E;  1EPM E;  5P1Z A;  2OHK A;  5P27 A;  3LIX A;  4IVT A;  2BBB A;  5OYZ A;  3UTL A;  3LIZ A;  1D4Y A;  5P2Q A;  5P5I A;  4PHV A;  3ZKQ A;  5B18 A;  1C70 A;  3OXX A;  5P56 A;  3WZ8 A;  2IS0 A;  3IN4 A;  5P3I A;  3Q6Y A;  5P58 A;  4Y45 A;  5C9F A;  5P2H A;  1FQ4 A;  1BV7 A;  5P7M A;  1A8K A;  4M8X A;  5J25 A;  3TNE A;  3UDK A;  4EJ8 A;  2J9J A;  5HU0 A;  4EJK A;  2WL0 A;  1HHP A;  4Y37 A;  1BAI A;  3SKG A;  5P42 A;  4ACX A;  5SY3 A;  4PZX A;  5AHC A;  1K6T A;  1SIP A;  2FMB A;  3PEP A;  2OHU A;  3O9L A;  4B77 A;  5P1S A;  3B7V A;  3SM1 A;  4YOB A;  5P87 A;  4NPU A;  1ODX A;  1FFI C;  3OOT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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