3SQFA

Crystal structure of monomeric m-pmv retroviral protease
Total Genus 23
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
23
sequence length
95
structure length
95
Chain Sequence
KPSLTLWLDDKMFTGLINTGADVTIIKLEDWPPNWPITDTLTNLRGIGQSNNPKQSSKYLTWRDKENNSGLIKPFVIPNLPVNLWGRDLLSQMKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Crystal structure of a monomeric retroviral protease solved by protein folding game players.
pubmed doi rcsb
source organism Mason-pfizer monkey virus
total genus 23
structure length 95
sequence length 95
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.23: dUTP diphosphatase.
pdb deposition date 2011-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sqfA00
1HSHA 3KDBA 5P8LA 1BAIA 4I12A 1BV7A 2J9JA 3FKTA 5OZWA 4Y3WA 4Y4XA 5P26A 4MC1A 3CYWA 1KJHA 3EKTA 2VIJA 4LXMA 5P1OA 5P80A 4B0QA 3BGCA 1IVQA 3EC0A 2FMBA 5P40A 5P5CA 3NU5A 3PI5A 4D85A 3O99A 1MSMA 3OWNA 5P61A 4Z2ZA 1T7IA 4NPUA 2BPXA 3PB5A 3EKWA 5P69A 5BS4A 2RENA 4Y3TA 5P3VA 1YG9A 2P8HA 2PSVA 3D91A 2QI4A 3PMYA 4YDFA 4YOAA 5P8OA 4F74A 1FG6C 5P66A 3EBZA 5P5MA 5P1GA 3OUBA 1M43A 5P0VA 5P4MA 3D3TA 1ME6A 3O9IA 1LYWA 4DJUA 3KDCA 5P08A 1MT7A 3OUDA 2FS4A 5P3PA 5P3IA 3OOTA 1MVPA 4ZSRA 1XDHA 2VNNA 4J0ZA 5P2CA 1SDTA 2HB3A 1LF3A 3I6OA 1Z1HA 5KAOA 2OHNA 4Y4AA 1A9MA 1HSGA 4LL3A 4FE6A 1BVEA 2P3AA 3EL9A 3DV5A 2P3DA 5OZVA 2FGVA 5P6KA 5P8NA 1DP5A 4D88A 4H3JA 1YTJA 4L7HA 1ZTZA 3NYGA 2P3CA 4J0VA 5DR0A 5E5KA 4Y3AA 5P1SA 2QI5A 1HTGA 3UHLA 1HPXA 3L3AA 2VA7A 3MSJA 4QJAA 3OY4A 5P1PA 4Y51A 3PBDA 3VV6A 1GVVA 1FFIC 3IVIA 4QJ7A 3IN4A 2F8GA 2JJIA 3S8IA 2Q11A 2VS2A 4AMTA 5P5NA 1FMUA 5HTZA 3HLOA 1HOSA 5P82A 1BBSA 3PM4A 2I0AA 1QDMA 1WBMA 3KT5A 4A4QA 1SMRA 4FM8A 5P6NA 3HVPA 3QN8A 4I0JA 2PSGA 1PSNA 4J17A 2OHKA 4OBJA 4Y4EA 2F80A 4YE3A 3PLLA 3UDMA 3HAWA 2PH8A 5HD0A 2ER7E 4U8WA 5DQ1A 3PI0A 2R38A 2G1SA 3VUCA 4ER1E 1MERA 1W6HA 4CPTA 1XL2A 5P7JA 5JFUA 4DJOA 3LITA 1YM2A 2AZBA 4X7IA 5OZYA 3OXWA 5OZOA 3O9BA 5P0ZA 4RLDA 5P6GA 5DR4A 1HTEA 4J0PA 3LIYA 3CIDA 5P3DA 3VEUA 1EBYA 1TQFA 1BDLA 4FRIA 5OZ9A 3KFPA 4OBZB 2NMZA 3K1WA 2QU2A 2QD8A 4RZ1A 1E80E 2QCIA 1FQ8A 5P2HA 2XFKA 2G1RA 5P1CA 4I0EA 4WY6A 5P0WA 3JVWA 3DV1A 5OZHA 4K4RA 1XN3A 5P5RA 3QP0A 4Y57A 3HDKA 5P14A 1IBQA 3INHA 3L38A 5OYTA 3WSJA 4QJ6A 2QZWA 3B80A 4MC2A 4Y36A 4R95A 3OQFA 2CENA 3NLSA 2OF0A 5ENMA 4FAFA 2NPHA 1AZ5A 1A30A 5OZDA 1FMBA 1ZJ7A 5P43A 1NH0A 4J1IA 1SGZA 5P5FA 4D83A 2PYMA 5P3WA 4J1KA 1W51A 5KOQA 3PBZA 3BVBA 2PYNA 2FLEA 5P1AA 4K8SA 1B6JA 4L6BA 3O9LB 3PCZA 5P2NA 4PHVA 1MEUA 1MIQA 2AVVA 4DPIA 3SA7A 3INDA 2WF4A 2VA6A 5ER1E 5P3OA 5P3MA 3MXDA 4DJXA 1MESA 3HD8A 3EL5A 5P4XA 5JG1A 5P0BA 1LV1A 3O9AA 2AZ9A 1SIPA 3PWMA 4CPUA 5P06A 5KQFA 4GB2A 2V10C 3NU4A 3VV8A 4ZPFA 5P1NA 4OBFA 3DCKA 5P13A 5P65A 4CPSA 2WF0A 5P0IA 1HPSA 2OHQA 4YCYA 5DR7A 3O9HA 4U7QA 3I25A 4GJ5A 4GZFA 5P5UA 4DI2A 5SY2A 5OZ2A 5P2TA 4FM7A 4OBZA 5P0HA 2ZJHA 3NU9A 5P03A 3SM2A 5P3YA 3ZKQA 5P89A 3T7XA 1BXQA 3CKTA 1HPVA 1FQXA 2ZHTA 5P1EA 3H5BA 2AOEA 3CICA 4AA8A 3CMSA 5SXNA 5P4ZA 2HS2A 5P70A 3ER5E 1PPME 3KA2A 3NDXA 5OYRA 5P3LA 5OZZA 1BILA 4M8YA 2NNPA 3EKYA 4ZE6A 3VYFA 5P4EA 3INEA 5SZ9A 1FEJC 5OZMA 4B72A 4APRE 4JOOA 3PGIA 1LZQA 1HSIA 4Y3DA 5P5BA 4LBTA 5OYUA 2V0ZC 4PEPA 4Y41A 5P7BA 5P4QA 4HDPA 5P4PA 2I1AA 2HAHA 3NUJA 3OUCA 2IS0A 4DQHA 2V13A 4Y3GA 4B77A 1ZSRA 4S1GA 3VLBA 3URLA 3IAWA 4M8XA 5DR3A 1YT9A 3APRE 3UQWA 4Y4WA 5P2OA 5KR2A 3IGBA 3L59A 4Y3ZA 4ZSMA 5ISKA 2B8VA 3L5EA 5AHCA 2BKSA 4YD4A 3NU6A 3G72A 5P7LA 5COPA 3UDRA 5P1QA 3EL4A 2ZJLA 2AZ8A 3ZKXA 4EP2A 1WKRA 5P8RA 1NPWA 2AODA 2I4DA 2R8NA 5P6FA 3KM4A 5F01A 1FMXA 4RVIA 2ZYEA 5P2DA 2BKTA 1MTRA 5P0QA 3VF7A 1K6PA 4GJ8A 1T7KA 5P8IA 4R8YA 3UQXA 3QPJA 2WF2A 3VYEA 3ST5A 2Z54A 3OXXA 2I4VA 5P1IA 5P44A 3T7QA 3PSYA 1C6YA 5P7FA 5I3VA 2QHCA 1CMSA 2QU3A 4B1DA 4PZWA 5IVQA 3R2FA 3NXEA 3FX5A 3KT2A 1D4HA 2R43A 3KMXA 5P0MA 2VJ9A 3NR6A 2J9JB 1XE6A 3C9XA 1BIMA 1SGUA 3H0BA 3I8WA 5P56A 1ENTE 1PFZA 2ER0E 4L7GA 4CP7A 4HVPA 2OHTA 5P73A 1UH7A 3DJKA 5P2IA 5OYVA 3MXEA 4Y4JA 5EZXA 2JE4A 4I1CA 2HB4A 1HVJA 3HZCA 4Y3PA 1APUE 5P2LA 5UPJA 4YCKA 5P4CA 5P7YA 2PC0A 5P7IA 2VIZA 1FQ7A 3PRSA 4EXGA 2Q5KA 5P4KA 3S43B 3PWRA 4OC6A 3LIZA 3OUAA 5P00A 2FDDA 5P8DA 2FDEA 5P5KA 3LINA 2QI7A 4ACUA 4I10A 1IZDA 3K5GA 2QD6A 2IRZA 3OHHA 4I0IA 4Y4BA 5P4GA 1T6EX 3RVIA 3OTYA 4LP9A 5KR8A 3MWSA 1D4JA 5IE1A 4JP9A 5P3NA 3GGUA 1E5OE 1GVXA 4RYGA 4R92A 5OYZA 1FG8C 3WZ6A 1K6VA 3TOFA 3UDJA 5TOLA 3CKRA 1F34A 1ZPKA 2QI1A 3KFRA 1LEEA 4HLAA 3TPPA 5P7UA 5P1RA 3S7LA 3VSXA 5PEPA 5P42A 5DQ4A 5P0FA 4FLGA 4Y3LA 2WEAA 1OEXA 4DQGA 2ASIA 3TLHA 3Q6YA 1YM4A 4PZXA 5P7QA 3TPRA 4YBIA 4EQJA 1W50A 5P4IA 5P8TA 2F3EA 2IENA 5P5EA 3EKVA 4HDFA 4HEGA 3UFLA 4CPRA 4PYVA 5P6LA 1JLDA 5P1XA 1HPOA 4YA8A 3L5BA 4OBKA 5P1VA 5P7OA 1HVLA 5P48A 5P30A 4RCEA 1Z8CA 4RGHA 4YD6A 5EZZA 5P5PA 1RQ9A 4Y5LA 1MRWA 2P83A 3IXKA 1APVE 4FAEA 3INFA 4XX3A 5P6DA 3K5DA 3EL1A 1W5WA 3SA8A 3BXSA 5P31A 4Q1XA 5OZ5A 4PPHA 2FXDA 5P77A 3NDWA 2QI3A 5P0EA 3RTNA 3VSWA 3S43A 4Y5PA 5P05A 1ZBGA 3KFNA 3NUOA 4I0FA 2V11C 3QI1A 1DMPA 4CKUA 5P6JA 1FLHA 4Y3YA 5P1YA 2IQGA 2UXZA 4Y3QA 4JECA 3BXRA 4CPXA 3PVKA 5P5JA 1HVHA 4EHCA 5HCOA 4H3FA 3OAGB 3SACA 1B6LA 4DUSA 5P0LA 2XFIA 5BRYA 5P2AA 5P1LA 5IS4A 5ISJA 5P62A 4R93A 1PSAA 2QK5A 5P7DA 5P25A 3R0WA 1APWE 5AH9A 1XS7D 3OXCA 2F3KA 2UPJA 5P6IA 3VCMA 4MC6A 3OOZA 4DJWA 5I3YA 5P58A 2AIDA 5AGZA 1HVKA 4I0DA 4Y47A 3OGPA 3UPJA 5OZUA 3DK1A 3OGQA 3WZ8A 4JPCA 2WHHA 1IZEA 2BPWA 5OZ1A 3CKPA 1B5FB 4CPWA 2O4NA 1N49A 3VFBA 3EKPA 1D4IA 3EKQA 4DJVA 4LXKA 5OZIA 5P5GA 5OZ3A 1ZLFA 2AZCA 1HIVA 3N4LA 5KR0A 5P12A 4Z22A 5P6OA 1OHRA 4Y4ZA 5P6CA 5P7XA 3TL9A 5OZBA 1EC1A 4EPJA 2IKUA 1BWAA 4J1HA 4L1AB 5P6SA 2CEJA 2UY0A 2B7ZA 4OD9A 1EAGA 5P7CA 4EJDA 1MT9A 1XL5A 4YD7A 5JODA 2OHSA 3EXOA 2NR6A 3L5FA 1MPPA 4Y5KA 1ZSFA 5P79A 4Y35A 1IDAA 3VV7A 5P6EA 2ER9E 2P3BA 5P7EA 2VKMA 3G6ZA 3LHGA 3OAGA 4Y3SA 2OHRA 3Q5HA 3GGAA 5P11A 5OYQA 2IKOA 5I3XA 4Y44A 4XX4A 2Q3KA 5P20A 4Y3NA 1C6ZA 3K4VA 1AIDA 1CZIE 1AXAA 3NWQA 1D4KA 2AOJA 1W5YA 5P5VA 4DFGA 4ZPGA 3T7PA 5P86A 2G24A 4DH6A 1Q9PA 1HIIA 2OHPA 1FQ5A 3UQRA 5OZRA 3TTPA 5P83A 4TRYA 1TCXA 2ZHUA 2OHLA 3R1GB 3LZYA 1A8KA 2AVMA 2AVOA 5P53A 3PSGA 1GNNA 3O9DA 3Q70A 1B5FA 3D20A 5C9BA 3LZSA 5P29A 4NJTA 3ZOVA 3OHFA 5IVSA 4KE0A 3LPJA 1HHPA 4JPEA 4H3GA 5P1UA 4LC7A 1SMEA 3IXOA 5OZNA 5AH8A 5P16A 5P5ZA 3T11A 5P4OA 2QZLA 3EM3A 2PK5A 1DIFA 1W5VA 3PSUA 5P3HA 2VNMA 2AQUA 1EBWA 4ER4E 5P3KA 2A1EA 5P5AA 4Q5MA 5P5QA 1SP5A 1QRPE 2VJ6A 3GI4A 4D89A 3EM6A 1QBUA 4L1AA 5P7NA 3QRSA 5P04A 1MT8A 5P0PA 2QMFA 3FNUA 3OQ7A 4QJ9A 5P5YA 2ANLA 5P8MA 5P49A 5P15A 4LXAA 1SBGA 2FXEA 5ENKA 1BV9A 3G70A 1W6IA 2BPVA 3K4VC 1PPKE 3APPA 3U71A 5P8FA 3U7SA 2O4LA 4ZPEA 2JJJA 3FIVA 3WZ7A 4Q1NA 5P6YA 4Y43A 4CMSA 3L58A 1TSQA 1QBTA 1FQ6A 5P1HA 3HVGA 4Y38A 2QHZA 5P10A 5P0YA 1DAZC 4IVSA 2QI0A 4FGXA 3TH9A 3A2OA 3KN0A 2QZXA 1GNMA 4XKXA 5P37A 1OEWA 1RL8A 2WKZA 5P0XA 4GJDA 4XXSA 2RKGA 4TVGA 1HEFE 3JVYA 5DR1A 1MSNA 1LYAA 4ZSQA 5OYSA 2Q15A 5P7HA 3OQDA 2G22A 4FRSA 2O4KA 4RVXA 5BWYA 8HVPA 3OK9A 3NDTA 3K5FA 3VG1A 5P4NA 4GJBA 5OYWA 4BEKA 5P5XA 5P84A 2ZHVA 1IZHA 4Y5MA 4OC6B 1WBKA 5P22A 3M9FA 4Y3JA 3IVHA 2VIYA 4J1EA 1F7AA 2QNNA 4COEA 1K2BA 5P3JA 2AOCA 2VA5A 3NU3A 5COKA 1B6KA 5OZQA 4EYRA 5P1JA 5P4UA 3BRAA 1LYBB 2FGUA 3DOXA 3S56A 3ZKNA 1T7JA 5P1DA 1HTRB 3EKXA 4HZTA 4Y9WA 3SA9A 1NPVA 3BHEA 2QI6A 3DM6A 5P2VA 5P78A 2XYFA 3UCBA 5P4FA 3DUYA 5P0KA 2B7FA 4Y53A 1HVCA 5P2EA 4FCOA 3PWWA 5OZCA 5HU1A 5OZJA 3URJA 5P4DA 2NXDA 2Q64A 1BDRA 1UPJA 4Y4GA 3ZL7A 3S7MA 1K1UA 2WEBA 1IVPA 3ZKIA 1EC2A 4Y5NA 5OZ0A 1ER8E 1FGCC 2R5PA 3Q3TA 5P3EA 3TPJA 3OU4B 5P50A 4Y50A 4EQ0A 5HE7A 2ZHRA 5P7WA 5P8HA 3QRMA 3SA4A 5P5IA 5P3SA 4IVTA 5P81A 3UF3A 3UQPA 2ZJJA 5P3XA 3OU1A 1EC0A 1FB7A 2B60A 2ZJNA 5P46A 1HVSA 3KMYA 3HAUA 2SAMA 4GJ7A 3ECGA 5KR1A 3I7EA 4J55A 5P4YA 2APRA 4B1CA 5I70A 5OYYA 5P7KA 5OZ7A 4DJRA 1J71A 1MRXA 2QMPA 1AVFA 2IEOA 1XE5A 5KQZA 3SKGA 4FS4A 3FSMA 5P6QA 2ER6E 4J1FA 2BBBA 5P6MA 5P24A 5P5DA 7HVPA 4OBGA 3OQAA 5P2GA 3SA3A 4FSEA 2O4PA 2WL0A 4D8CA 1ZAPA 1HEGE 4HDBA 5P3ZA 3U6AA 3Q4BA 3PMUA 2HIZA 3R4BA 5P3CA 4FM6A 1LYBA 3O9CA 5APRE 3ZKSA 1RV7A 1Z1RA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HSH A;  3KDB A;  5P8L A;  1BAI A;  4I12 A;  1BV7 A;  2J9J A;  3FKT A;  5OZW A;  4Y3W A;  4Y4X A;  5P26 A;  4MC1 A;  3CYW A;  1KJH A;  3EKT A;  2VIJ A;  4LXM A;  5P1O A;  5P80 A;  4B0Q A;  3BGC A;  1IVQ A;  3EC0 A;  2FMB A;  5P40 A;  5P5C A;  3NU5 A;  3PI5 A;  4D85 A;  3O99 A;  1MSM A;  3OWN A;  5P61 A;  4Z2Z A;  1T7I A;  4NPU A;  2BPX A;  3PB5 A;  3EKW A;  5P69 A;  5BS4 A;  2REN A;  4Y3T A;  5P3V A;  1YG9 A;  2P8H A;  2PSV A;  3D91 A;  2QI4 A;  3PMY A;  4YDF A;  4YOA A;  5P8O A;  4F74 A;  1FG6 C;  5P66 A;  3EBZ A;  5P5M A;  5P1G A;  3OUB A;  1M43 A;  5P0V A;  5P4M A;  3D3T A;  1ME6 A;  3O9I A;  1LYW A;  4DJU A;  3KDC A;  5P08 A;  1MT7 A;  3OUD A;  2FS4 A;  5P3P A;  5P3I A;  3OOT A;  1MVP A;  4ZSR A;  1XDH A;  2VNN A;  4J0Z A;  5P2C A;  1SDT A;  2HB3 A;  1LF3 A;  3I6O A;  1Z1H A;  5KAO A;  2OHN A;  4Y4A A;  1A9M A;  1HSG A;  4LL3 A;  4FE6 A;  1BVE A;  2P3A A;  3EL9 A;  3DV5 A;  2P3D A;  5OZV A;  2FGV A;  5P6K A;  5P8N A;  1DP5 A;  4D88 A;  4H3J A;  1YTJ A;  4L7H A;  1ZTZ A;  3NYG A;  2P3C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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