3TFC | Genus

Total Genus 121

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	121
sequence length	348
structure length	343
Chain Sequence	LRTQVDQLNIDLLELISKRANLVQEIGKIKLRFDPLREREMLNTILAANEGPFEDSTVQKLFKEIFKAGLELQEEDHSKALLVSRKNKKEDTIVTVKGLPIGNGEPVFVFGPCSVESYEQVAAVAESIKAKGLKLIRGGAFKPRTSPYDFQGLGLEGLKILKRVSDEYGLGVISEIVTPADIEVALDYVDVIQIGARNMQNFELLKAAGRVDKPILLKRGLSATIEEFIGAAEYIMSQGNGKIILCERGIRTYEKATRNTLDISAVPILKKETHLPVMVDVTHSTGRKDLLLPCAKAALAIEADGVMAEVHPDPAVALSDSAQQMDIPEFEEFWNAILASNLV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/isomerase
molecule keywords	3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase
publication title	Structural analysis of a 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase with an N-terminal chorismate mutase-like regulatory domain. pubmed doi rcsb
source organism	Listeria monocytogenes
total genus	121
structure length	343
sequence length	348
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2011-08-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family
A	PF01817	CM_2	Chorismate mutase type II

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.59.10	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Chorismate Mutase Domain, subunit A	Chorismate mutase	3tfcA01
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3tfcA02

1ZJIA 5KTLA 4NNCA 3UZJA 2WPBA 4PEKA 1LM1A 3UWVA 3L5LA 4UUIA 1FCVA 3W1LA 1XUUA 1VLWA 4GE8A 1TTQA 2EGZA 5AHLA 3W3OA 1W8SA 3F1QA 5AC8A 1R2SA 5D2VA 3NO5A 3QH2A 3MMTA 4ICNA 1SQ7A 4EOUA 2ZTKA 1ME9A 1OYCA 1OX4A 2WSYA 3UWYA 3V75A 1A5SA 4GNJA 2E1DA 4BI5A 4UFIA 2ZA1A 1A5AA 1I2PA 4JX5A 1ZAJA 1NFBA 1OFQA 3U6WA 4AWUA 1Q6LA 3SIZA 3DU0A 2Z6IA 3AJXA 4LS2A 3BG5A 3QMSA 5D05A 4Z1DA 2YX0A 5KSWA 4DQWA 2Q8ZA 2ZRUA 2G5WA 1R30A 4OE7A 3IV3A 3WJXA 2ZRYA 2QDGA 1GJPA 4TR9A 1QWGA 1P4CA 3I68A 3Q2DA 3C2FA 2H90A 5EMUA 3EX3A 3TIMA 1PHWA 4GUIA 4DO4A 3G8RA 1ZAHA 3WJYA 4TU1A 3W2JA 3QYQA 4IXXA 4N9EA 3STFA 2A6NA 4DF2A 2E5BA 3ABOA 1QPOA 2CLOA 3PM6A 1D9EA 3NOEA 2O7SA 2GQ8A 1PCWA 4FNQA 2Y6ZA 3C2VA 3G3DA 3QJAA 1KM1A 5K9XA 3FJ6A 4MOZA 4UTKA 1Q6RA 3HG3A 3E02A 3MHGA 2QCNA 4WUIA 3PG9A 1QR7A 4UFMA 3UD6A 2OMAA 1X1OA 3W73A 2H9DA 5D2XA 2QCDA 1HUVA 1EIXA 3LTPA 3W1AA 2Y7DA 4HSNA 4A22A 4LU0A 1KFJA 4IWWA 5K4ZA 3TJXA 1TPVA 4JGDA 3GDRA 1YDNA 2ZA2A 3B04A 4LRTA 2OX1A 2QCHA 3NZRA 2GJNA 1YXDA 5TBOA 2KZHA 2VC6A 1TV5A 4UTIA 1TPDA 5HUOA 3DGRA 2Q8LA 1TO3A 3A22A 4FNPA 3TAKA 1M7PA 1O94A 3C2OA 3TW7A 3S1VA 3LOTA 1I2QA 2IQTA 1KFBA 5LSMA 2ZTJA 4P2VA 1A5BA 3LB0A 3B05A 4L4LA 1SO5A 3B03A 4HT3A 3GDMA 1IXOA 2QCDB 3G0SA 4DXVA 2WSRA 5CG7A 5FF7A 1HG3A 1SR9A 3REMA 4XQ6A 1TV7A 5FEWA 1PS9A 1ZALA 1GG0A 3DHFA 1VHCA 1KM2A 3UNDA 1NAL1 2YW3A 1VS1A 1PIIA 4A2SA 3DFPA 3PAJA 5K7JA 2Y89A 1Q45A 3SZ8A 3GYEA 3P60A 4DBDA 2NV1A 1CX9A 3R12A 5DXXA 4YLWA 5HWJA 5EBUA 3RETA 3C6CA 3S1WA 3L0KA 2YXGA 1SU5A 4C1KA 5D2YA 1FWNA 3TX9A 4FNTA 3GXNA 5K9CA 1WDWA 3S5NA 3MI3A 5D03A 1SPQA 2X1TA 4FB7A 1MSSA 4UR7A 3ABSA 3M5VA 3KVLA 2CZDA 1DKWA 2B7QA 4AVFA 3JR2A 3TCEA 2ATSA 2YCEA 3KOFA 1YDVA 3NZ1A 4FX8A 4GWEA 2GQ9A 4O57A 4U28A 4UTJA 2NX3A 1VZWA 1TSIA 1MZHA 1H62A 1KFEA 1WA3A 3P84A 4IQLA 3U2OA 3O1NA 3MO7A 5LNWA 4OBTA 4KFOA 3LBCA 2F84A 1TQJA 2NLIA 1B4EA 5G2WA 3P8IA 1FWTA 1ADOA 5H91A 1FX6A 4IMFA 4XBKA 1EEPA 4K7VA 2FPVA 4HSOA 1LZOA 3HGOA 1J5TA 4O53A 1M6JA 3BARA 4QQ3A 4TMCA 4Q33A 2VXNA 1RD5A 5AYYA 4YL2A 3W86A 2H3BA 4JTHA 1H63A 3PBWA 3H55A 3LBMA 5LKYA 1XUZA 4N9CA 3GVGA 4MVAA 3DFSA 3SI9A 1O60A 5HUPA 5SWUA 1YTKA 3DBPA 1LOQA 1H50A 4NUWA 1FXQA 3NNTA 3MI6A 4MIMA 1JCXA 5HQEA 3EXSA 2YYUA 4IOTA 1TTIA 1TPC1 2C18A 4Q32A 3T4CA 2ZFAA 2JGYA 1DVJA 1LP6A 1ME8A 4NZFA 2W0UA 1GT8A 3KX6A 3KVKA 3GDKA 2NX9A 2RDUA 1R2TA 4UTLA 3E9AA 4CNPA 2ISWA 2EKCA 1H1ZA 5EPDA 4IPIA 4HNNA 3CTLA 1Q6OA 4LRSA 1OVDA 1EWEA 3QMRA 2BTMA 4BI6A 3BW4A 3TMLA 2QDHA 1SFJA 2A5HA 4M7TA 3W7OA 3GNNA 1RR2A 2A1YA 4WXZA 1GYLA 5AC6A 1VC4A 2DZWA 3NXFA 1AG1O 3KRZA 3LHZA 3HO8A 2EPHA 2PCQA 5AHIA 1L2UA 1UB3A 4HPXA 1J4EA 1ML1A 1DORA 2E5DA 2TYSA 4A29A 1VYPX 3GR7A 3N14A 3HIJA 1I45A 1TTJA 1QPQA 3W7IA 3RMIA 5EY5A 4GUGA 2NUXA 2BZNA 3S9YA 1TPEA 4A21A 1QAPA 1GVSA 1VLIA 4NT0A 3F03K 2H9CA 4FX6M 4WXYA 3THQA 1A53A 2GUUA 3RFAA 4KFPA 1N8FA 1ICQA 1Z42A 1SZEA 2Y7GA 4GRSA 2A85A 1LTDA 3W2LA 1KFLA 4OQVA 1EB3A 4I9AA 1TRIA 4O10A 4IJBA 3S1XA 3S0CA 5I3KA 3BW3A 3LV5A 4ZQPA 4O14A 3M47A 3ZWTA 4JTFA 3F4NA 2G96A 2Z2UA 2XN2A 1PHQA 4PH6A 5LNRA 5F2LA 3NGJA 1U5JA 3FIGA 2WOQA 4DO6A 3T44A 3I65A 4MZ1A 3PF3A 4UR8A 4XWUA 1XKYA 4S2BA 3P67A 1EPXA 1NEYA 3G1DA 3HG5A 3O63A 5L9FA 1YYAA 3WK2A 3BW2A 3TQKA 2VFIA 3A23A 2QUVA 3STEA 2RH9A 4X2RA 2ZZ1A 3R8RA 4JIQA 4UNKA 1OK6A 4N9DA 3W7PA 1GVFA 3E49A 4K36A 1A50A 1SW0A 1L6SA 3C52A 3BVJA 3OHIA 3TXZA 4Z1AA 4XBSA 1YADA 1OF8A 3SW6A 2JGQA 5FF0A 3T40A 1T99A 2C16A 3DENA 2E77A 4UTHA 4LC6A 1ZY9A 4K8EA 4ZQMA 3M6YA 3TJLA 3LHVA 3TW6A 1OYAA 1JQVA 2C3ZA 4OV4A 3HF3A 1HO4A 4RXFA 1H5YA 3N9SA 3T55A 1I4NA 4AEOA 3L66A 4JTJA 1IF2A 2PRLA 4PODA 1LBMA 2E6FA 3TE9A 4K7YA 1S5VA 2P1FA 2B4GA 3CWOX 5D37A 2DZSA 3P5YA 3NPVA 2NV2A 3TFCA 2JK2A 4A2RA 4RZ5A 5FEPA 4JTSA 1JCNA 4IUOA 2ZZ7A 3MYPA 4XTDA 2WKJA 3NDOA 2Y85A 4MKNA 4UTWA 2B7OA 4UTWC 3K30A 4Q4KA 1O5KA 4XUGA 5K3VA 3PUOA 5G4WA 5AFDA 3W1PA 1F2JA 1XBXA 1OFOA 3P8JA 1VYRA 3V1PA 4RZ6A 3B0UX 2A6LA 4KKXA 4LOCA 3TROA 5E0KA 3LI1A 3CIWA 4I7VA 3TAOA 1YTDA 1VQTA 5F4WA 1W56A 3EX2A 3MBDA 4JIPA 1AW2A 3BK0A 4UC5A 3S5YA 2W19C 3KXQA 3CT7A 1NF0A 2ZA3A 3QZEA 4ADUA 4IMDA 1ME7A 4LUIA 4NX5A 1W3IA 3BPWA 4DEFA 3HPSA 3TV8A 4K38A 3RK8A 1WYIA 3DFQA 2CLFA 5G4EA 2GQAA 3GKAA 4ZZ9A 1SW7A 3W2NA 5F1UA 3EXTA 3SFKA 1HL2A 2RDTA 5KZDA 3GK0A 3Q37A 1N55A 1ZCOA 1SZFA 1M5WA 4JTUA 1SSGA 3MW7A 1FCQA 1OHLA 3UXAA 4UTTA 3HGWA 1RVGA 4UTTC 3ZS4A 2Y7FA 5AYXA 4IMEA 2DZTA 4CNNA 2Y7EA 5CPMA 2ABAA 2QEZA 2NXGA 2FDSA 1K03A 3OA3A 3M41A 5J5DA 3G1YA 3GKFA 3ANYA 4WJEA 1GZGA 3UYCA 3W84A 4AF0B 3M43A 3LXCA 4O1BA 4HNTA 4NJGA 4EWND 3NL2A 1S5WA 3MJYA 4JYDA 4O54A 3PBVA 1IXPA 3IRDA 3QPZA 3B0PA 2B7PA 5CKXC 4GC4A 5DXYA 3SECA 1ZHAA 2YW4A 5CZJA 3W75A 1I2OA 3D0CA 1LBFA 1MO0A 3MP5A 4DPQA 2P10A 3CIXA 1QPRA 3GB6A 3LTSA 1H7XA 4Y90A 3E12A 4IGHA 5F2MA 3TDFA 4JXCA 4CCEA 3L9CA 2YR1A 2JBMA 4FF7A 1QCWA 5DCEA 3DZ1A 1VJIA 5LNSA 5T26A 5IM51 3L67A 3RU6A 4AAJA 2QAFA 3MP4A 5DELA 1EP3A 1FXPA 2NWRA 1EUNA 1LOSA 4O52A 3DFNA 1SO4A 1C29A 2X30A 2Z0IA 1YPIA 3IIOA 1R46A 2X1RA 3UY8A 1O5XA 1YXCA 1T96A 3GAKA 3S8HA 1UUMA 3NQDA 3TSMA 2NXIA 4O15A 3L68A 4BR1A 2JKPA 2OCZA 2E5CA 4RX0A 2ZRXA 3M44A 5CZTA 4O8RA 2GJLA 1Y0EA 1BTMA 3M9YA 3BGJA 3PVFA 4JTGA 5J5RA 2LLEA 3OEXA 4RZ4A 4LV9A 2ZRZA 5C5YA 3EWBX 3CHVA 2QCEA 3W76A 2AAMA 4E2DA 1KM3A 3FYOA 5ABTA 2B7NA 1LLZA 3W72A 2R8WA 2WQPA 3S1UA 3LCFA 4FXRA 3C61A 2RFGA 2WNNA 1G4EA 3U8GA 2V82A 3W1UA 1KTNA 3FFSA 3EWWA 4MLRA 2CU0A 2YFNA 1KM5A 4I7WA 4E2BA 2DZVA 3UWZA 5IBXA 1GOXA 2HS8A 3PBUA 5IBXC 2Y70A 3THAA 3N2XA 1NSJA 3W6YA 3S42A 5CSSA 3GIYA 3M16A 3R13A 3O16A 1H1YA 4BFAA 5CPNA 1F5ZA 2E09A 4JY9A 3HMJG 3G0XA 1S3HA 1W54A 2NX1A 3A21A 3LHUA 2QBVA 4GBUA 5CGQA 3P74A 5GVJA 1F6KA 1VPXA 3UPBA 3OVRA 1DJNA 3QW4B 1K7XA 1JUEA 2H8XA 3NQ2A 4O18A 4R7JA 3STGA 1OJXA 3A9IA 1GQNA 1LLWA 3W1QA 1OX5A 3DH7A 3EWZA 1XFBA 3L5MA 3R2GA 4LVFA 1LCOA 5DY3A 4XTIA 3LHTA 3NM3A 2ZZ2A 1JJKA 3STCA 4O16A 4OHQA 1EP1A 2QAPA 3W7MA 3I6RA 1XDMA 1Z48A 3G0UA 3BLFA 5FEXA 4LY8A 4Z08A 4O11A 1TPUA 3TNOA 1VGAA 3IVTA 4HPJA 1QOPA 4R33A 4ZQOA 1UBSA 1F74A 5CZSA 2CZ5A 4RXGA 3VKJA 3N2MA 4N6EA 2VELA 4OV9A 1VH7A 1TREA 2NUYA 4O50A 3G22A 3G1SA 3A24A 7TIMA 3NQ6A 4WY0A 4JTTA 2X1UA 1VYSX 3LGEA 2R94A 4LTSA 2BWGA 3T78A 3CPRA 5D04C 2DU2A 5F2IA 4O13A 3ATZA 4GJ1A 5F1VA 1AW5A 1X6UA 2J88A 4L4MA 4AXKA 3W9ZA 3G3MA 5AHEA 3IGUA 5CPOA 4R53A 1G67A 4JEQA 3QF0A 4MLJA 5D09A 2V81A 5LZLA 2ZQ0A 1SO3A 3MYOA 3W70A 4N4PA 1C8VA 4TX9A 3EWXA 2QCCA 3GXTA 4EIVA 1FBAA 3HGXA 2FPTA 3WFAA 2F7FA 3C2EA 1E51A 1F05A 3P5ZA 2G97A 2ZZ5A 1ALDA 2RKXA 4HHPA 4WY0B 2I1OA 4M5PA 1PV8A 4B5NA 4ORMA 4QAIA 3VCRA 4KWWA 1TRDA 3VI2A 2C6QA 1XCFA 1QO2A 1TPH1 2DP3A 3PBYA 3ELFA 5BOOA 5G2HA 1DL3A 4NJKA 2DORA 5AOUA 2GPTA 1T8XA 3USBA 4N2YA 4QISA 3BLIA 3CEUA 3DXIA 2CLEA 5F4SA 4E38A 1KLYA 3W2MA 1TPWA 4JX4A 1M7OA 3E96A 1OK4A 3HB9A 4FIRA 3ATYA 3G18A 1DQWA 2Z6JA 1XL9A 4PCFA 2CZFA 3LLFA 4H4IA 2PE4A 5LGZA 5FF2A 3M5ZA 2CZEA 2QUTA 1I2NA 3G1HA 2A0NA 4HIBA 4NJIA 4ADSA 2Q3RA 1LRNA 2TRSA 3LCWA 2JKAA 4UFLA 3FOKA 3W7NA 1KM0A 3W1XA 4UMBA 1W31A 2VFHA 2ISSA 5BRBA 1JUBA 3P81A 3QRHA 1Z41A 3HPZA 4ML9A 3P80A 5HR6A 4DPPA 1R2RA 1K02A 1DOSA 2PURA 4A3UA 4NNAA 2E6AA 2HTMA 4MPQA 1QPNA 5F2GA 2A2IA 2XN1A 1TPB1 3O6YX 5DCBA 3DAQA 2V2DA 3FKRA 1HO1A 1IXQA 5HJLA 1KFKA 1FDZA 3PSVA 4NVTA 3VNDA 3NQFA 1YPFA 2YSWA 2O7QA 2VEIA 4WD0A 4JNMA 2R91A 1DBTA 3GXPA 1P5BA 4FNRA 1AK5A 3LX9A 2FB3A 5AB3A 1FCUA 2GVLA 3GDTA 3HG4A 5LGXA 1FWWA 3RF9A 4CQAA 1F76A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3TFCA

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Chord Diagram

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