3THQ | Genus

Total Genus 81

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	216
structure length	216
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Crystal structure of Methanothermobacter thermautotrophicus orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with 6-amino-UMP rcsb
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	81
structure length	216
sequence length	216
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-08-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3thqA00

2H90A 3LCHA 1UUOA 2QDHA 2Y70A 3UPBA 3W1LA 2A4AA 2E5DA 4UCGA 4CQ8A 3M0ZA 4QISA 1I45A 5IBXA 5BW6A 2CLKA 3PUEA 4MZYA 5F4SA 3GK0A 2H6RA 1T96A 2DZUA 2ZRXA 1H1ZA 3BGGA 3R89A 1K02A 3CEUA 5G1TA 3W71A 3BPWA 4JTUA 1WQ5A 3L66A 3NPUA 3QMSA 2XN1A 3G1XA 4CNNA 3LHUA 1DOSA 2WQPA 1TYGA 4AHQA 4PFMA 1OX4A 3UWVA 1DBTA 3LI0A 3UZ5A 3O15A 2ABAA 2CFFA 3C2VA 4FIQA 4OV4A 2QCHA 1SPQA 2ZYFA 3NM3A 4C1LA 3BO9A 4E2DA 1KM5A 3WJYA 2V2DA 2W0UA 2WJZA 3EWZA 4O1DA 1A5SA 4R7JA 3W23A 2ZRUA 1FCVA 3LI1A 5D02A 3O63A 2NV1A 5HQEA 1SUXA 5AC8A 3QPZA 3SGZA 3LGEA 4FX7A 3O05A 1OF8A 3EXSA 4GUGA 2A7RA 4JTIA 2VENA 4PL2A 2VEPA 4Z1BA 1Z41A 3E02A 3MYPA 3VCRA 4AXKA 3W86A 4FB7A 1VCVA 4Y90A 3S5OA 5CZ0A 1I2NA 3W9ZA 2E77A 5L9FA 3NL3A 4XWUA 2WOQA 3W1PA 1XFBA 2C18A 4ZQRA 3TQKA 2ZA1A 4DF0A 5G2IA 3PY2A 1FWSA 3LV6A 3TXZA 3HGOA 4UTIA 3FKRA 1SO4A 3G1SA 3W7GA 2V2CA 5I3FA 4WY0B 1OFAA 1DJNA 2WNNA 2HMCA 5H2ZA 2QCDB 1K8XA 1N7KA 1H7WA 3W2NA 3W1UA 1LDCA 3GXPA 1FDJA 5G1YA 1H61A 2QCEA 5F2MA 2ZRZA 1VGAA 5HUPA 1M5WA 1FXPA 5KTLA 2CLEA 3HMJG 4Q4KA 1Z48A 3TR2A 4K38A 2X30A 3DKJA 3HF3A 4LVGA 1ZY9A 2E6AA 5KZDA 2J88A 5HNRA 3UY7A 3CHVA 3N73A 3WK2A 2VOMA 2E5BA 3DHDA 2YCEA 3LCXA 3QSRA 4OBTA 1F2JA 4TMCA 5F2LA 4W9TA 3ANYA 1YPIA 4DO4A 1JUEA 4IMGA 4NNBA 1AG1O 2DZTA 3HGRA 5EKYA 2B4GA 1H7RA 3B0VC 3W7JA 5HR7A 4AB4A 1NEYA 1SU5A 2JGQA 1CX9A 5L6UA 2VELA 3KRZA 2A6NA 1DVJA 2C15A 3PSWA 3L21A 4FX8A 3GKFA 4UMBA 4LV9A 1RZMA 1L6YA 3W83A 1IIGA 1LZOA 4K7YA 4NXSA 1XI3A 3UWQA 3KVKA 3N3MA 5DY2A 2CLLA 3TXVA 3P82A 1I8JA 1UB3A 2ZA2A 4HSNA 2PCQA 3C56A 1RQBA 3GDLA 1ME7A 1JRBA 5DCBA 4JN6A 1C29A 4JX5A 1AMKA 5F4WA 3HPZA 2PE4A 3M47A 4AWTA 4IMCA 3A23A 3NQ2A 1NAL1 2B7OA 4EOUA 5I3JA 2VFEA 3ZFHA 2YFOA 4Y9AA 4AF0B 5FESA 5F1VA 1DHPA 1U83A 3LRKA 1TO3A 3TMQA 4NZFA 4GUIA 5EY5A 2ZA3A 3KHJA 2ISVA 3K30A 3U2OA 3QQ0A 4AMAA 1VQTA 5A8GA 1VHCA 5D2XA 3FJLA 1JUBA 2XFWA 4IX2A 2LLEA 1W31A 2CZEA 2DJLA 3FA5A 3IVUA 5D2VA 4O16A 4EVZA 5FI8A 3SGUA 1K7EA 3SR7A 1ME9A 3LTPA 4FNUA 4RXGA 3PULA 1LRTA 2A7PA 5CPLA 5D2TA 4OQVA 1W3IA 4DXVA 2QUTA 5EA9A 1TV7A 2YSWA 5DXYA 4O52A 3QRHA 4Z0JA 1EP1A 3PG8A 3TSMA 2YX0A 3G8RA 3UWYA 1P0NA 2Y6ZA 2BXVA 1XBVA 2YPIA 5BMXA 1Q6QA 1H7PA 1VYPX 2YYUA 1TMHA 2B0MA 4MJMA 3W2JA 5J5DA 2X2GA 2H8XA 2OCZA 4O8RA 1D9EA 5AYYA 1A5CA 2HS8A 1CW2A 1H60A 1GTEA 3OEXA 1FWRA 4RK8A 3ZS4A 1FCBA 4A29A 3M44A 4JTFA 1Z44A 5LGZA 2WKJA 4L4MA 3LHVA 2A7NA 3LLFA 3DU0A 4B5NA 1OX6A 3CWNA 3SSJA 5AHIA 4MY1A 1LLZA 2D73A 3ABRA 4LT9A 3LCFA 4GRSA 2EKCA 3S5YA 1OVDA 1QPQA 1AL8A 3GAKA 1BKSA 3LTYA 3UWZA 4PC8A 4AWSA 3R8RA 4U28A 3U8GA 3OA3A 1VJIA 2NWRA 3TKFA 1IIHA 4P2VA 2GJNA 1F05A 1S3HA 5C54A 1GQNA 2F7FA 2JK2A 3AO0A 5LZLA 3R13A 4OHQA 1OK6A 2E1DA 4NJJA 1LTDA 5BOOA 4DO5A 2WSQA 3VFLA 2H8ZA 3P7YA 2EAWA 5I3KA 3RF9A 3MHUA 3W7HA 1TTQA 3C3NA 3DAQA 3TV8A 2QR6A 5FF2A 4DBDA 3W1QA 1OG0A 5DBTA 5KSWA 3P8IA 5FEPA 3NVTA 1TIMA 3NPXA 5D2WA 1FDZA 1P4CA 1SZGA 1SO6A 3E49A 5D04C 1F76A 3N14A 1RQEA 1TPH1 2C3ZA 4MIMA 3V1PA 3VKJA 4Q33A 5CPNA 2BSLA 4GWEA 4JYDA 3TA6A 1TJRA 1VLWA 3STCA 2HTMA 4IOTA 2GVJA 3C6CA 1ZHAA 1LP6A 1VCGA 2V0TA 2FLIA 4YLWA 4A3UA 2Z6IA 2EGZA 1GVSA 1EWEA 2Z6JA 3G0XA 4AEOA 2E6FA 3C8FA 3MI2A 2ATMA 1BWKA 1FCQA 4FHAA 4MYXA 4XUGA 1KFLA 4O19A 1H62A 4LY8A 5AHEA 3ELFA 3NA8A 4LC8A 2RKXA 3PAJA 4TO8A 4CCDA 5FEXA 4R34A 4GXMA 1ONRA 3C2EA 4LNYA 2ZZ2A 4LUJA 3RMJA 1TRIA 3WJZA 5K4XA 1M6JA 3G18A 3KVMA 1TJPA 2NXHA 5HUOA 1HO4A 4UTHA 3MP5A 2AGKA 4MLJA 5CPOA 4FIRA 3EX1A 1MEIA 3W3OA 1JCXA 4O18A 5HMSA 1WA3A 2CLOA 3UXAA 3W74A 4DPPA 3O06A 4CLMA 1LORA 1D3HA 4UMAA 3GDMA 1OYCA 3A9IA 3S5ZA 5CG7A 4TX9A 1WXJA 1BWLA 3BARA 1NF0A 2Y85A 4JTHA 1LBLA 1JCMP 1VC4A 2ZZ1A 3W1AA 1C9DA 4ADSA 1Q6LA 4ZQNA 3GZ3A 2JBMA 1ICPA 2C19A 5C6MA 4MKNA 3A5VA 4FNTA 3EX3A 2PRLA 1U5JA 1QOQA 4IQLA 1RPXA 3GLCA 2ISSA 3KRSA 3HGSA 3E0IA 4N9EA 1TTJA 3L65A 3OVPA 3B0PA 3G1AA 4JTJA 5F2IA 2A21A 3T4CA 4HHPA 2QJGA 1ZJIA 1OX5A 5AYXA 2A6LA 1AW2A 1O5KA 3F03K 5DN1A 1TPB1 3C2FA 3TJXA 1OJXA 1OK4A 4RCXA 3FYOA 1PVNA 3GDRA 1KLYA 4K39A 4H6KA 1B3OA 4S1FA 1PE1A 4ZQMA 1TCDA 3NQGA 4WX2A 4WQ6A 4HPXA 1G4TA 1G67A 1L9WA 4TU1A 4NU7A 3R12A 4BWLC 2WNQA 2YYTA 1T0OA 2R8WA 4LOCA 3HGJA 3NR0A 4K8HA 3G1VA 4N6EA 3P60A 5K7JA 3G1FA 4JYFA 3W70A 2OX1A 3ABSA 1K03A 2G97A 3TC6A 2P0OA 4UTKA 4AHPA 2E09A 3IGXA 5CPMA 4XBSA 3SJ3A 1F74A 1WV2A 4TIMA 2CZDA 2GQ9A 2O7QA 3IIPA 4MUZA 3G22A 2G96A 5C55A 3L0KA 3EKLA 5D05A 5E0KA 4O14A 4XQ6A 4MLRA 3BLEA 5K2ZA 1ZAJA 3HB9A 3N19B 3STEA 3H55A 4X2RA 1XXXA 4G1KA 3FLUA 1XUZA 4O4WA 4RXFA 5D30A 4X22A 1Q3NA 4L4LA 1P5BA 3TK7A 4XKYB 1UBSA 2E6YA 3EXRA 3DBPA 2WSYA 4H4IA 2X1UA 3MUXA 1A50A 2I1OA 4KFNA 3UD6A 3SW6A 2DZWA 4FF7A 1KTCA 4WOQA 5D38A 4JYEA 5DXXA 4HSOA 3QFEA 1RVGA 3MWAA 3KFTA 1KTBA 2EPHA 3EX6A 2V8ZA 4O50A 5C5YA 3HQ1A 4UR8A 3GX9A 3LTSA 2JKAA 4QSHA 3NQEA 1OHLA 3N2XA 2W79A 1VR6A 1IGSA 4K36A 3TSBA 5GVJA 4GUFA 4DBEA 4Y96A 1PV8A 4HPJA 4DQWA 2B7PA 1ALDA 3TMLA 4ZVJA 1JJKA 4K7VA 2VEKA 5HWNA 5FF4A 1ICQA 1ZAHA 2V5LA 5CZTA 5EMUA 1JULA 4JXCA 4N4QA 4BFAA 5G2HA 3DI0A 3FKKA 3G1YA 3KOFA 3L5MA 8TIMA 3W1NA 1YXCA 1PL9A 2V30A 4RR4A 4NXKA 1PS9A 1GYLA 4RKAA 5LNVA 1GG1A 1XBXA 2CU0A 4K6AA 2DZPA 4OU1A 4GC4A 3DI1A 3IGSA 4JDBA 3TW7A 1MEWA 1WX0A 3W7MA 3TQVA 3OBKA 1VYRA 4O13A 2X1RA 1I2RA 3UYCA 1Z42A 2C16A 1F6PA 1WBJA 4EF8A 4FX6M 3KVLA 4GNJA 4MZ8A 2J27A 4U4MA 4ZZ9A 3N9RA 2H3DA 3W1XA 4LS2A 3VNDA 2Y88A 3O6YX 4ORIA 3NG3A 3PBUA 1P1XA 1VHNA 2FB3A 4UTWA 1K8ZA 1L2UA 4WUIA 2J9YA 2VFFA 1EUNA 3L5LA 1G7UA 4N4PA 2FTPA 3GVGA 2A85A 3FOKA 4JNMA 5G4WA 1H7XA 3NQMA 1ADOA 4A21A 4MFDA 4HNTA 5FEWA 3Q37A 1LOQA 1W56A 3Q58A 4UFMA 1SFJA 2GOUA 1OFBA 2W6RA 4BI5A 3C4UA 1FWWA 1MZHA 1IXOA 3GXTA 3PB0A 2P1FA 2C14A 1IXQA 3OHIA 1K8YA 4YCPA 1GPWA 4A2SA 4GJ1A 3MHFA 4KFPA 1EP3A 1VYSX 3S9YA 1WYIA 4RX0A 3W87A 3G1DA 2XN0A 3BV4A 3WK0A 4O53A 2JKPA 4I7VA 2RH9A 1Q45A 3IV3A 4N6FA 1HUVA 1I2QA 5LNWA 3ABOA 4GBUA 5BRBA 1OYAA 3B03A 2Z2UA 2V82A 2CLFA 5DELA 4IPJA 2PURA 4RLIA 3KAOA 2Y63A 5D32A 3ZWTA 4NVTA 4KWWA 3L68A 3LDVA 3W85A 3P62A 1SZNA 1XDLA 3MBFA 3HPSA 3G8EA 4IWWA 5FF0A 4GFSA 1YDOA 3S0CA 2VEIA 2FIQA 3NDOA 3T55A 4LS0A 5AHMA 3WK1A 1KTNA 2WPBA 5D33A 3T44A 4O0KA 2QCLA 5SWUA 4O10A 3NAVA 4LVFA 3OVRA 3NGJA 1EX5A 4I7UA 3SECA 4WY0A 1FDYA 4UTTA 2YDAA 1YXDA 3HG2A 3QQ1A 4KKXA 4YCOA 1KV8A 2FJKA 2B7NA 2QCDA 3BW2A 3I68A 2CLMA 4WZHA 3EB2A 3NZRA 1DV7A 2FDSA 1SSGA 1TSIA 2VFDA 2VFGA 3JRKA 2PC4A 3G0UA 1K3UA 1GVRA 4Z1AA 4M19A 3W84A 2JGYA 3PUOA 4D2JA 1TPUA 3O1NA 3H53A 1G69A 3T78A 3HG5A 4UFLA 3DFSA 7TIMA 5D37A 4HKPA 1O95A 4JTTA 3C2RA 3I7QA 4IXXA 3M9YA 4UNKA 3P84A 1KLZA 3ABQA 4N9CA 4C1KA 4UTJA 4LTSA 4GUJA 4LV4A 1VH7A 3LRLA 4PA8A 4EWND 3L0GA 1V5XA 1FY6A 3B04A 3G1HA 2ZZ7A 4M5PA 1W0MA 4JX4A 4M7SA 1T99A 4CNOA 5F2GA 4I9AA 5LGXA 2A2IA 5K4ZA 4LU0A 3PWAA 3SY5A 6ALDA 3P5YA 1YLVA 5C2XA 1O60A 2ZDRA 1IXPA 1ZFJA 6TIMA 3IGUA 1F6KA 1YDVA 5LNSA 4ONVA 4O54A 4JICA 1PHWA 3INPA 4JIPA 1W3TA 2DZSA 2V9DA 4O15A 2UV8G 4H3DA 4OT7A 1THFD 4BWLA 1XBYA 2QDGA 3G0SA 1SO5A 3W7DA 3DHFA 3C52A 1GJPA 2GVLA 2A5HA 1W5PA 2NUYA 4AAJA 3TSDA 4MZ1A 1FXQA 1E51A 5HINA 2ZRWA 4AF0A 4UTMA 3EX2A 3SZ8A 1GYNA 1ZCOA 3W1TA 2NZLA 4R53A 2NV2A 1JCLA 2X1SA 3BVJA 3JS3A 4LRTA 4N9DA 1W5MA 4XBKA 1JR1A 2R91A 3M5XA 3S1WA 1FWNA 1LCOA 3CEPA 1TPC1 3BG3A 1FWTA 2ZFAA 2E5CA 1G7VA 1GEQA 3PS7A 1TRDA 1VS1A 1VCFA 4MYAA 2GVGA 3PSVA 3LCGA 5U4NA 4CCEA 4O28A 3I7SA 2YGYA 4JY9A 1MXSA 3DFTA 1JCYA 5A5WA 4KFOA 3CPRA 5TQLA 3TDFA 3WK3A 3GDTA 5D2YA 1FX6A 3W76A 3L9CA 5HR6A 3DGRA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3THQA

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