3TKDA

Crystal structure of the glua2 ligand-binding domain (s1s2j-l483y-n754s) in complex with glutamate and cyclothiazide at 1.45 a resolution
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
262
structure length
262
Chain Sequence
GANKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITYVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR 2
publication title Thermodynamics and structural analysis of positive allosteric modulation of the ionotropic glutamate receptor GluA2.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 82
structure length 262
sequence length 262
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-26
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tkdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tkdA02
4KPTA 2I58A 3TCFA 4R9FA 4F1VA 1A54A 2F7BA 2H5YA 4NF8A 1P1OA 5ITOA 1Y9UA 4JWYA 2REJA 3Q26A 3G3IA 1Y1ZA 3DLNA 4C1UA 2AIXA 2Y7IA 1H76A 4NF8B 3THIA 4KHZE 4RPOA 4Q0CA 4GFRA 1UTHA 4G68C 4PFUA 1XS5A 4OERA 3Q28A 3MP1A 1ELJA 3M3FA 1OQGA 4R72A 4RY1A 2FYIA 1FQDA 4UA8A 3DP8A 3TELA 1QULA 4P11A 3VVFA 2ZXTA 3KN8A 1VFDA 3HO7A 1UTHB 5EHSA 2OLBA 4G8MA 1SD3A 4OQOA 3RPWA 3M3LA 3O6GA 2D5WA 3E9XA 4IO2A 1WODA 2H98A 3VXBA 1MY3A 4H8JA 1IIWA 1USYH 3UIFA 3GZGA 4LONB 4OWDA 3EHSA 2I49A 3VXCA 3KGCA 3H6WA 1EZ9A 3PMXA 1OLCA 1PBQA 4YICA 2XXTA 4BLAA 3OO8A 3VFJA 1A99A 2XXWA 2IA4A 4E0XA 1J1NA 1AMFA 2PVUA 2NVUB 2R71A 3QXMA 2VOZA 1JW1A 1MS7A 2Z8EA 3H03A 1DMBA 3U1OA 1A7LA 4O3AA 2XXPA 4DXUA 3MZ1A 1EU8A 1YAEA 2ALUA 1AL3A 3OO9A 5ISUA 1BIYA 1LBBA 2OBGA 4ELRA 5AA1A 4GXSB 1MPBA 4K3FA 4I9DA 1N3XA 4QSDA 4POXA 3C31A 2O84X 4YKIA 1LB9A 1B1HA 1I6AA 4RPNA 2P0SA 5L8DA 2ZYOA 3IB2A 3DELB 2ABHA 5I2NA 1DTGA 2DSFA 4IO4A 4OHNA 3FVKA 4LZ5A 5CBRA 4F2QA 4F29A 1R9LA 2V84A 3O97A 4R9GA 4QF9A 1ZKBA 2Q2CA 4ZEBA 1I6BA 5I2NB 1MQIA 3W9VA 1MQHA 5FHMA 3U8QA 4FIMA 1PB9A 2V3QA 1IXGA 4H6DA 3IK6B 2I3WA 3S2VA 5EHMA 1H3DA 2ZYMA 1F9BA 1SYHA 4LA9A 3KOSA 3I3VA 1MPDA 1H44A 1POY1 3OEMA 1FTJA 1ANFA 2F78A 3SEVA 2UXAA 4QFOA 4PETA 5ICTA 1NNPA 3TTLA 2DWIA 4TLLB 1D9VA 3S9EA 5I57A 3K4UA 2QPQA 4ZEKA 3SDFA 3RUMA 5KZTA 2D3IA 3AXFA 5J1DA 4IB2A 3N26A 4QHQA 4NWDA 2QS4A 2FNCA 4P0GA 4GWOA 3L6HA 5I57B 1LCFA 4HW8A 3ZKLA 3GXAA 4U23A 1QUIA 1VE4A 3TUSA 4M1VA 3OELA 1POTA 1MG1A 3T9XB 1B40A 1FQBA 3U72A 1LFIA 5HPQA 2Q8JA 1MY1A 1M5CA 1B5HA 3FZVA 1M5BA 4TQUQ 2I4CA 3KSXA 2M8CA 4EQ9A 4ZZAA 3EF7A 3VVDA 3MZ9A 3H6VA 1IXCA 2V3UA 2THIA 4KR5A 3S9LC 3PD8A 2X26A 1SI1A 3U94A 3M3KA 5KDTA 3CFXA 4ZE8A 3K6XA 3O2AA 4LUBA 4Q5TA 4I62A 1AIVA 4KCDA 4H0WA 3EN3A 2B65A 4G77A 1Q35A 2I3VA 2A5TA 4YMBA 3MZBA 4H5GA 4F3GA 3G3JA 1LSTA 5B7DA 2VGQA 5KDTB 5AA2A 1N04A 4U2RA 3KG2A 2CZLA 1EH3A 3TTKA 1ZMGA 5JTYA 1LGBC 4ZDMA 2A5TB 3B6TA 1JW5A 1WVJA 3Q29A 1D9YA 5AA2B 5M2VA 3FUZA 3QUFA 4GXAA 3SEWA 5JTYB 1B7ZA 3FVNA 4OYVA 2V3TA 2E0SA 4DXBA 1LCTA 4BDNA 5DVFA 3B6QA 3VLUA 2AL5A 1MXWA 1UQWA 2V25A 3IO6A 3S9NC 4HTGA 2VD3A 4QFNA 4ZS9A 3QUJA 1P1QA 3PUXE 4G8NA 3KZGA 1JNFA 3CFZA 3TCGA 4F3PA 1TT1A 3C32A 4JXIA 4F1UA 2DVCA 4RA1A 2DE4A 4N6PA 1B46A 4RK2A 2DE2A 1B0LA 2E1SA 2A5SA 5AA2D 3DM0A 3N5LA 1QVSA 3PU5A 2GFEA 4H8IA 4X48A 3LSLA 4ELOA 2I0CA 3PPNA 5I58A 4R6YA 4ESWA 2XXRA 4NTLA 2DVZA 3TZAA 2P1SA 4OFOA 4XXUA 5K2YA 2Q9TA 2VP1A 4XKNA 1BTJA 5HBCA 1P1NA 4IO6A 4FEBA 5CMKA 5I58B 4G2ZA 1MXUA 3W9WA 2HCAA 2XXUA 2GHBA 5L9OA 1PDAA 4IO7A 1I69A 3CIJA 5ICQA 1Y4TA 2OCUA 1HSJA 2RC9A 3LSFB 3MC2A 1MY0A 4U4SA 1B2HA 4IGRA 3N94A 2RKMA 1T0KA 2XXQA 4IO3A 4PFTA 3BFUA 1ZBMA 1B7HA 3JZJA 4YU0A 4U1ZA 4X1DA 1Y4CA 3IAZA 1WDNA 4YAHX 4LQ2A 3H7MA 3JV9A 4F1YA 5EYFA 3IL1B 3K02A 3TODA 4HCYA 1OQHA 3RNNA 3KJ7A 4KQPA 1B3GA 4U4XA 3D4CA 1B0HA 1CB6A 4POWA 4ZEDA 4IY6A 2F34A 3RT8A 1URSA 3RY3A 1MH3A 1MPCA 2BJJX 3TMGA 1LBCA 3K6VA 4N13A 4BDRA 1SW5A 1MXZA 2DS9A 1D4NA 4AB5A 3MP6A 1LAFE 3OSRA 3KEIA 1A55A 5FHNA 4PP0A 3KN7A 5H8FA 3FVGA 1VFEA 4MFIA 4EQBA 3V5AA 3MWBA 3ZS6A 2ANJA 3FJGA 3O6IA 3FXQA 3EHTA 4E0WA 5H8FB 4H5FA 1NL5A 4GD5A 3K0VA 2HEUA 3CSGA 1JQFA 3QAXA 1S7YA 3FATA 2O1MA 3SEYA 3IJOB 1ATGA 5TP9A 4GF8A 2WKYA 2QL3A 4ELQA 3IOWA 1B1XA 3FGSA 4NE4A 1ZJLA 3R6UA 4ECFA 5FTHA 5TP9B 3S9MC 3JYRA 2OZZA 3MVYA 1B58A 4FJPA 4QSCA 4NF4A 2F97A 4OZ9A 2UVHA 4ZEIA 4KYSA 2HAUA 1FTKA 1BP5A 1OVBA 1N0TA 5B70A 4DZ1A 3OSQA 3TAJA 5JEIA 3IORA 3O6HA 1MM7A 2H9BA 3A3UA 4NF4B 1B52A 3K6WA 3TTNA 3OMBA 5DVJA 2AL4A 4QFPA 3PMWA 4NWCA 4RNSA 1LLSA 3TYHA 4PE5B 3HHFA 3MPLA 2LAOA 4PQJA 1BLFA 3HN0A 3T9HB 3K1MA 3P7IA 3KFMA 4WKMA 2DWAA 4G68A 1DTZA 2OK2A 3UK4A 1M5DA 2DE3A 1SI0A 2VHAA 3ZSFA 3T96B 2QMXA 5CRYA 2NOOA 3Q27A 4DDDA 1NNTA 3C35A 4G68B 2I48A 1B5IA 2HXWA 3E4RA 3LSXA 1USYE 4OFJA 4X9TA 2O1LA 4YZZA 4BDMA 1MXYA 1D3KA 1US4A 1HSEA 4OXVA 3VV5A 1RYOA 2DWHA 2X7QA 2REGA 2I4BA 5TU0A 4RJZA 1JEVA 3H06B 4LVQA 2DQVA 5K2XA 4G8HA 2YPNA 3D4GA 4QRZA 2PBWA 1YTVA 4O3BA 2DXRA 1JW4A 4F22A 2Q2AA 3OD7A 1ZIUA 3MVWA 2H25A 4JBZA 3RTWB 2DWJA 2Q88A 4F39A 3TKDA 4KCCA 5BWJA 4ELPA 2Y7PA 4ONYA 3B6WA 4ESXA 1GV8A 1EZOA 1OMPA 3ODBA 3UP9A 2F6GA 4JB7A 5CMBA 4IY5A 1B5JA 1ZU0A 2Z23A 2DXYA 1OIBA 4R2FA 4F19A 4R6KA 4U22A 3TPAA 4TLMB 3EPEA 3E3KA 3MQ9A 4JDFA 2ONSA 2ZMBA 1A40A 2O68A 1US5A 3TCHA 1DSNA 3G3GA 1UIUA 1TFAA 4OEUA 2HAVA 3N6UA 4OTEA 3KSJA 4OFLA 4OENA 2O7UA 3TTMA 1TXFA 2Z22A 3TDJA 4QFLA 3G3HA 2CMOA 3V89B 3VLWA 1HSLA 3GLBA 4YKKA 3PMVA 3TFLA 2Y7WA 3BKIB 4DE8A 4EXKA 3K6UA 1B7UA 1B05A 3MP8A 1Z7NE 1UTBA 5DT6A 3ZKKA 3PPQA 3PPRA 1B9JA 3K2DA 2F7AA 5JK4A 4G4PA 4FORA 3T9UA 1PBPA 1UTBB 4HS7A 3T9VA 4GIZA 1M5FA 4X1BA 5DYHA 1Y3QA 3KN3A 4L17A 4PFWA 4OMBA 3RN8A 5AA3A 3ECRA 1FQFA 3DP4A 4N07A 3PGFA 4Q30B 4EF1A 4WEPA 4DIGA 1P99A 4XTCQ 2XD3A 3ILTB 1FTMA 3I5OA 3HHGA 1SDXA 3R7XA 1OVTA 4FEDA 3MJNA 2UYFA 3CG1A 3T93B 5H8QA 1XVYA 4GL0A 1NH8A 3TEPA 2HZLA 3C33A 1XVXA 5CM6A 1DPEA 3UGWA 2XXHA 5H8QB 3R26A 4MF3A 1OLAA 4IGTA 1SVXB 1PB8A 4R75A 1SQYA 4OESA 3SEXA 1FW0A 4GOTA 1GR2A 2P2AA 3B7DA 1H45A 2VD2A 2FA7A 3PUZE 2Y7KA 1Q1KA 2XHDA 3C36A 3RLFE 3T66A 4GQOA 2ZNTA 4O3CA 3A09A 3WAFA 1Y1MA 3Q25A 3O29A 3PUYE 1LB8A 1R9QA 2RCBA 3UORA 3A3CA 1O64A 1PEBA 1RKMA 3USDA 4KYDA 3PD9A 2XX7A 3ILUB 5I56A 1RYXA 5IAIA 2XX9A 1GVCA 5CMCA 5LOMA 1L5TA 1YPNA 4XKQA 2F36A 1JVXA 5H8HA 5CBSA 3M8UA 2UVGA 1Y3NA 1SW2A 1IZ1A 1FQEA 1XC1A 4H1XA 1TWYA 5I56B 2R6GE 3KOTA 4H67A 3K01A 1AH5A 3V8XB 5CC2A 5H8HB 4JWXA 1JETA 3RQTA 2V93A 4JSDA 3F11A 5KCJA 2UVJA 2B3BA 4ZZEA 3FIRA 3MAMA 1LAXA 1IUDA 4NF5A 4MBPA 4THIA 2RC8A 4ZE9A 5AE4A 4ZEFA 1IEJA 4KD5A 2OJTA 1M5EA 4YMAA 4U21A 2Z8FA 3RTFB 1H43A 1SYIA 1Y20A 5KCJB 1N84A 3QYTA 1TFDA 1N7WA 2Z8DA 3IX1A 3DP6A 5F7VA 3OO6A 4MH5A 2XXVA 4NF5B 1MXVA 1A8EA 3SKPA 5ITPA 5I84A 3CRBA 3ONMA 4NF6A 2XXIA 1B3EA 1II5A 2Y84A 1QJMA 2HFBA 4PFYA 1JEUA 3U93A 1FQAA 1FTOA 3G3FA 2GH9A 1VR5A 4NF6B 1LFGA 1VSOA 2RC7A 2ESNA 3T22A 4UACA 3C4MA 1QUJA 4OETA 1XT8A 4LP2B 4BDQA 3VDFA 2B3FA 2KLFA 4OVJA 1IXHA 3HSTA 5H8SA 4RXLA 4DCXA 2XX8A 2H99A 2QJEA 3LC8A 2O6AA 3U92A 1CE2A 2DP8A 3IO4A 1IXIA 1QUKA 1UIVA 4Q8RA 5F1QA 4Z0IA 2UVIA 4QSEA 3O66A 2IEEA 3OEKA 1PC3A 3IR1A 3PPPA 3FXRA 4H65A 2X7PA 1AOVA 4NMYA 2YJPA 1URDA 1KWHA 1GTKA 1QKAA 4I1DA 4XIGQ 1MDP1 5CMMA 3SETA 4GVOA 3TQLA 2H4IA 3FV2A 5HM4B 3SERA 3HV1A 3PPOA 1BKAA 3GBAA 4F3BA 4R73A 2NUVA 5I59A 2I0BA 3LSWA 1S9TA 4BDLA 2O51A 1IQ7A 4AB6A 5H8NA 1URGA 3SEUA 4M4GA 3H6TA 1SW4A 3H3GA 4I8CA 2ZYKA 5I59B 1N3WA 2QS1A 1SBPA 1B3FA 2PT2A 5H8NB 2HZKA 1B51A 3MPKA 4F2OA 1Y3PA 3UA8A 3UN6A 4R6HA 1NFTA 4EXLA 4HCWA 3O9PA 5ELVA 1NNFA 4YKPA 5IKBA 4YKJA 3N6TA 1YCJA 1R1NA 2G29A 4C0RA 2F7CA 3PV0E 4YB5A 3C34A 2RINA 1QW0A 3CR9A 3FJ7A 3VVEA 1A8FA 4F3SA 1JVYA 4FAJA 3QK6A 3OO7A 2NWJA 1P1WA 1S50A 3QIMA 3CVGA 5I2KA 4KYEA 2QS2A 1PB7A 4KFQA 1O7TA 2QMWA 4DXCA 4KI0E 3MVZA 2GHAA 1MQJA 1B6HA 1LAHE 4NEDA 5I2KB 3EQ1A 5DVIA 3IOVA 5AA4A 3O28A 3HPIA 2QS3A 3H4ZA 3KBRA 1B3LA 3K00A 2AYSA 3GBBA 4EUOA 4FATA 4WXJA 4EQ7A 2RF1A 2XXYA 2O7IA 2W7YA 3I6VA 2Y7RA 4OEVA 3V83A 1MQGA 1NKXA 1MY2A 4ND9A 3MUQA 5AA4B 4ISUA 2ZNUA 3LUYA 2R9JA 3PUVE 4GRKA 4ZECA 3H6UA 3BBRA 3VLVA 2OWTA 3MW0A 1MRPA 3K1PA 3IJXB 1FCKA 1QKBA 2I6EA 2F35A 4RYAA 2HQ0A 2RCAA 3IB1A 2YLNA 2F6PA 2ZNSA 1O63A 2G93A 3TTRA 2XD2A 5BUUA 4FECA 4GLIA 4MLVA 1I6QA 4EDPA 2PX1A 2PYYA 3VE1B 1N76A 3G3KA 4U1OA 3OOAA 3QSLA 3FD3A 3G7WA 2ONRA 3MVXA 3HCQA 4TOZA 1N7XA 4LQ5A 4WEDA 3RGYA 2UYEA 1LFHA 5CI5A 3IOUA 3BFTA 1MH4A 3C9HA 4JWOA 1ZTYA 4FE8A 1MM6A 3W15C 1NMUA 1GGGA 3FASA 2XXXA 2D21A 2GRVA 2ZYNA 4P0IA 4IO5A 5L9MA 3FJMA 3K1NA 1MQDA 3OENA 3SESA 1Z7ME 4EF2A 3RT6B 2F5XA 3CFLA 1MY4A 4R2BA 4Z7EA 4AQ4A 2Q89A 1XHYA 4JSOA 3KJTA 5DEXA 3E13X 3LBSA 1MDQA 2NXOA 4LZ7A 4LATA 1DOTA 4F18A 1DPPA 2ONKE 4YB7A 4YB6A 5FTIA 4XKPA 5DEXB 4F31B 2PMSA 1MXXA 1FQCA 1NH7A 1B3HA 3CG3A 1P1UA 2O69A 3FVOA 3IOTA 3EHUA 3CI8A 4GL8A 5A5XA 1ZLQA 3IB0A 2DOJA 3PUWE 1R6ZA 5FHOA 4C1TA 1LAGE 5DTBA 1B4ZA 3CSBA 1NNKA 3L6GA 5TPAA 4LZ8A 1SW1A 3LR1A 2DYXA 3MBPA 3TQWA 1XOCA 2F8DA 5A5XB 4MLQA 4DCYA 4DLDA 2PT1A 3OXNA 4RK9A 1B4HA 2QRYA 5TPAB 4R74A 3FXUA 3FV1A 1FTLA 4QFKA 1IITA 2OWSA 1EZPA 3S4UA 4XKRA 1B32A 3WAEA 2QSXA 5L9SA 4BDOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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