3TRQA

Crystal structure of native rabbit skeletal calsequestrin
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
353
structure length
353
Chain Sequence
EEGLDFPEYDGVDRVINVNAKNYKNVFKKYEVLALLYHEPPEDDKASQRQFEMEELILELAAQVLEDKGVGFGLVDSEKDAAVAKKLGLTEEDSIYVFKEDEVIEYDGEFSADTLVEFLLDVLEDPVELIEGERELQAFENIEDEIKLIGYFKNKDSEHYKAFKEAAEEFHPYIPFFATFDSKVAKKLTLKLNEIDFYEAFMEEPVTIPDKPNSEEEIVNFVEEHRRSTLRKLKPESMYETWEDDMDGIHIVAFAEEADPDGYEFLEILKSVAQDNTDNPDLSIIWIDPDDFPLLVPYWEKTFDIDLSAPQIGVVNVTDADSVWMEMDDEEDLPSAEELEDWLEDVLEGEINT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Calcium-binding protein
molecule keywords Calsequestrin-1
publication title Glycosylation of Skeletal Calsequestrin: IMPLICATIONS FOR ITS FUNCTION.
pubmed doi rcsb
total genus 104
structure length 353
sequence length 353
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-09-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3trqA03
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3trqA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3trqA02
5KEJA 2WB9A 4BPYA 3LYKA 2WFCA 2WGRA 5IO2A 1O85A 3E0UA 2K6VA 2HSYA 3IC4A 1R4WA 3IXRA 4KA0A 3HZ4A 1GTIA 4K6XA 5HR3A 2YOIA 4IJ3A 2CVKA 5IM9A 3NZNA 5IMCA 3VURA 9GSSA 1UC7A 2L57A 5IO0A 2V41A 4HDEA 4ZIJA 1DSBA 2A2SA 2C80A 2MBSA 4K9ZA 1XW6A 3UOMA 1B48A 1BX9A 2TRXA 2WJUA 4KSMA 4ML1A 3AY8A 1PRXA 5JCUA 5A5KA 1ABAA 11GSA 4MZBA 12GSA 1AQXA 3BCIA 3H1NA 1I5GA 1YEXA 2DJKA 1F3BA 2IMFA 3GX0A 4MK3A 4K7OA 2VM2A 1GP1A 1M2DA 2HZFA 1QXHA 1T7PB 4KH7A 3O3TA 1XFLA 3A2VA 4KAEA 3RHBA 2YZUA 5CRGA 4X0XA 3QPMA 5ECQB 3ZLPA 4TOPA 5DALA 4X1UA 3GFKA 4AF2A 4E8EA 2IMDA 4ZB8A 3S9FA 4WBRD 1E2YA 4Q5QA 2HSHA 1AXDA 4HJ2A 3DVXA 3F0IA 3ZMLA 4V2NA 5DJLA 2RLIA 2DJ2A 1QK8A 3P8WA 5JWQB 6GSSA 4MZCA 1OYJA 1YF0A 5CYYA 5LD0A 3WGXA 2LNTA 2X99A 3J7Yb 4KCAA 1GNWA 2B5XA 3ZL5A 1Z7RA 5AIVA 3H79A 5CRWA 2DJ0A 1TI1A 3VPQA 1BYEA 5IMVA 1HYUA 3WT2A 4G19A 2H1AA 4EO3A 2AV4A 3TKSE 2ALBA 4ILFA 3Q74A 4ML6A 2RM6A 3EURA 3PR8A 4N0ZA 2IIYA 3FR9A 4CHSA 5ELAA 4TW5A 4MJCA 3TKSA 3GL5A 1SK2A 3KD0A 3IAS2 1EP7A 4JRRA 4V2LA 3CSIA 2L6CA 5JCWA 2HFDA 5G1KA 4HQSA 2VAFA 4BWQA 3F6FA 5HQPA 3N9JA 2ES7A 4PUAA 4WXTA 4XHMA 5G1LA 3ME7A 3BOAA 3PINA 4GF0A 1HQOA 3KP9A 4GTUA 5IQYA 2YP6A 2I1UA 4L5OA 4DVCA 4TKYA 2H6YA 3NIVA 4DSRA 2TRCP 1OC3A 5DCGA 4L0WA 1GWCA 4KGIA 3FK8A 4HU7A 4TR1B 4LL1B 1WPIA 1U6TA 4XRAA 3LEFA 4F0CA 2DLXA 1SU9A 4O7HA 4MF5A 1MD3A 4ZB6A 5J4UA 2REMA 2MBTA 2OE1A 2MYGA 4DSQA 5J3RA 1HNCA 3A2XA 2H1BA 2H0IA 2LV3A 4IKHA 4HJMA 2FUG2 1JZWA 4V1Ap 5CREA 1UN2A 3P7XA 2LTKA 2LEGA 3KEBA 3A2WA 2GT5A 4MJEA 4GWRA 1T4YA 3U5RE 2PMTA 5JWRB 1ERTA 1PKZA 1GULA 3TB2A 2H19A 4F9ZA 3GURA 2CA8A 20GSA 1PL1A 5D73A 4PNFA 1Z3EA 1XWGA 2JZSA 3MDKA 2R6KA 2KP1A 1VRSD 3A5WA 4HZ2A 3I69A 5ECOB 2PWJA 3D21A 4POLA 1CQHA 2CVBA 3BBYA 2LSTA 4MF6A 4BWSA 4JU5A 3IE3A 4MA9A 4MH3A 1A8YA 4BVYA 3KJYA 1GUMA 4FYUA 2G0FA 1PGTA 4PQ1A 1FW1A 4I2UA 2A4VA 4OO5A 3ZFBA 3Q6OA 3CXGA 1YJ6A 4EF0A 4ZL9A 1VGLA 4F82A 2EIRA 2YWMA 3FR6A 2MMZA 2X8CA 1J0FA 2GS3A 3RBTA 2DIZA 2IJYA 1M0UA 2V2GA 1ERWA 3I43A 5G31A 1MDIA 3QFAC 3LG6A 3DIEA 1ACVA 1WP0A 2OA7A 4XCSA 3HY2A 2O8VB 1AQWA 3EC3A 2VD0A 1F9MA 1THOA 2OADA 1RW1A 1SL2B 1WE0A 2O87A 3CRTA 4GXZA 1PL2A 5ECKB 2VCZA 2WDUA 4TN8A 5GAPD 22GSA 4F0BA 3BCKA 1NW2A 2DJ3A 2HE3A 3HA9A 13GSA 1V9WA 1K0CA 4XS6A 2DSAA 1Z9HA 3GRXA 5CNWA 5D8IA 3FZ4A 4TR1A 2PN8A 5F0GA 4ECIA 3U6VA 2DBCA 1TKDB 2M80A 1YDKA 4AJ6A 3HCZA 4ID0A 3RPNA 2LJRA 2LJKA 5GZZB 3FHKA 2C3NA 4MABA 3H93A 2GGTA 2V6OA 1XXUA 3EE2A 3US3A 1HNAA 2OBKA 2YWIA 2A2RA 3CMIA 1K3OA 3G7JA 2VCVA 2K8VA 1EOGA 1TW9A 5J9BA 3LORA 1EWXA 3GNJA 1XZOA 1W4VA 4JR6A 3RAZA 2ON5A 3GH6A 1ON4A 2N5AA 2BMXA 4RI6A 3JCML 1VF4A 2XC2A 2PPTA 3LJRA 2ZNMA 3KP8A 5B8AA 3GSTA 3EINA 3WYWA 2WCIA 3RPPA 1JZRA 4MH2A 3WT1A 4MMMA 4NV5A 5D9WA 1FO5A 3WGDA 2R5GA 5DALB 5GSTA 5DQYA 4MPFA 3C71A 2C0EA 3HJPA 2MMAA 1GSDA 4YAVA 1LBKA 2F3MA 4TVEA 3F4RA 4ACSA 1LU4A 2H76A 3IDVA 2FLSA 1WWJA 2PVOC 3UBLA 2R3XA 5C04A 4L0UA 2I9HA 2F8FA 2VCTA 3DMLA 5DVBA 3Q18A 3QR6A 2CAQA 2FGXA 4IN0A 1U87A 3BD2A 2J9HA 2JU5A 3GSSA 3CBUA 1Z5YE 1IYIA 3CTFA 3IR4A 3MWHA 1ERVA 3ZITA 1K0OA 3KCMA 3TCOA 3C1RA 4ZL7A 2H66A 5DBQA 2N5BA 2AB6A 3ZTLA 5ABRA 1WRYA 1UA5A 3G7IA 1G0TA 2K9FA 4J2FA 5CRDA 3EU3A 3TOUA 2NTOA 4OWYA 4WBJA 2HLSA 2YV7A 3HVXA 1Q98A 2VL2A 2HNLA 1JZDA 3D4TA 1T4ZA 1AAZA 1X9WB 5J9CA 4Q5NA 1ILOA 1GSYA 1ZL9A 2GT6A 2K8SA 3CTGA 5J5NA 5L71A 4NPBA 1HNBA 4ULXA 2LS5A 4I5QA 1X5CA 2R2JA 4MPGA 1BAYA 1EGOA 2H71A 1MD4A 1WJKA 3LGCA 5D96A 3FZ5A 2YV9A 2C0FA 2WRTA 2AYTA 1GNEA 1GSFA 1G7OA 4CDOA 4AJ7A 5HFIA 3GKNA 1S3AA 1AW9A 4FIWA 3LQ7A 3F63A 1ZYEA 3APQA 2C3TA 3QAWA 1A2MA 1SJIA 3R2QA 1VF1A 2FA4A 2GQMA 2RIIA 3ERWA 1SKRB 5ECHB 4JE1A 2HRFA 4ZBDA 1A8LA 1R5AA 3IV4A 1EEJA 3ZRDA 2IMIA 3J7Yk 1O81A 4V2MA 1YQ1A 2FY6A 2QSIA 4IQAA 1XWBA 3HJOA 4ZBBA 2X8HA 1XBSA 1MTCA 4I6XA 3EWLA 2OJLA 4MF7A 1ML6A 4F2IA 5KN3A 4F03A 1YF1A 3LFLA 1TXXA 5DJMA 3H4KA 3F4TA 3DVWA 3IHQA 2OE0A 4JBBA 3TJJA 3MAKA 5HFKA 3VI7A 1KNGA 2X64A 1DUGA 1TTZA 1W89A 2GZPA 3HYPA 4K7NA 3DRNA 1SKWB 4O92A 5ECSA 2WZ9A 3TKPA 2F51A 2HYXA 3DEXA 1G6YA 2M46A 5ECMB 1XPVA 3LWAA 1K0BA 2ZCTA 1SK1A 5ID2A 1R26A 2ON7A 4D73A 4XRDA 2KLXA 2V1MA 3W8JA 2GSRA 3GUSA 3KMNA 5B6NA 1O73A 1BJXA 2R4VA 1I9DA 1FVJA 2P0GA 1FVKA 2IN3A 2OKAA 4I8BA 4XIHA 4AJ8A 2VL9A 4TXOB 1F3AA 19GSA 5EPFA 1A2LA 2D2ZA 3ERFA 4IELA 3D22A 5IOWA 2K18A 2WULA 1R5PA 1T3BA 5ENUA 2OBIA 2H1GA 3KMOA 3HJMA 5LNKe 3UVHA 4KE3A 1OE8A 2MMNA 1KBNA 4MZWA 1F2EA 3DKSA 2MZCA 3QD9A 1SJZA 1GSQA 2IFQA 3EVIA 1PA3A 2BTOT 2IMKA 3H8QA 1PX7A 1OC8A 2PGTA 3HHVA 1A0FA 3L9UA 1EZKA 2OE3A 2AHEA 3NOFA 3TJGA 4K0NA 5EL8A 4ZBAA 2VCXA 3EYTA 1XWCA 3LXTA 4GLTA 2H1DA 5ECIB 3VI5A 1XOAA 1K0DA 4OO4A 5CP1A 4YQVA 1S3CA 1Q4JA 5ECRB 4OFMA 5AIXA 1DBYA 2VIMA 5ELGA 3LSZA 3UL3A 3VFIA 3TRQA 2FA8A 5J41A 1EP8A 2EIOA 3CYNA 2EIQA 1PMTA 4N0VA 1AUCA 1T00A 1TP9A 1V58A 3PGTA 2VCWA 1IYHA 3DGQA 1K3YA 2YCDA 4LL4B 3M0FA 5AGYA 1SJ6A 3SBCA 2LRTA 1GL8A 4QL7A 1O6JA 3M3MA 2YJ7A 4O5RA 1H75A 5F07A 1N8JA 4EDZA 2LRCA 1UVZA 4IW9A 5ECNB 2CV4A 1FAAA 3G9BA 1CQGA 4IJIA 4YAPA 2TIRA 4RI7A 4Z7XA 2WS2A 1XWAA 2YPMA 2OACA 3D0ZA 4N30A 4K8MA 1SYRA 4JZQA 3F9UA 1V2AA 1X9MB 1A2JA 2GDRA 1VF3A 2LQOA 3DD3A 2P31A 5KN2A 3UEMA 2PBJA 5CRHA 1SD9A 2B1KA 1USBA 5D9XA 4TR4A 4TXOA 1JFUA 4YQMA 2L5OA 3TKSC 1S3DA 5D93A 3KTBA 2XHFA 3TRXA 6GSVA 2VLVA 1ZZYA 1TK5B 1DE1A 1Y6EA 2HZEA 2C0GA 4IGJA 1NM3A 4ECCA 2CZ3A 1EOHA 1NSWA 2C3QA 1GSEA 2CZ2A 4EUYA 3O76A 1SKSB 3A3TA 2PERA 3ZYWA 4KW6A 3GV1A 2B3SA 1PSQA 3UBKA 3ZZXA 3C7MA 16GSA 5A4VA 4ECJA 4BL7A 1TRVA 3DXBA 3LXZA 3UVTA 2GSSA 4LMWA 1XW5A 3V1WA 5EVOA 3HVSA 1AC1A 3GIXA 1M9AA 3OR5A 2H30A 2VLTA 1G6WA 3RHCA 4K1FA 2HI7A 3IK7A 1QMVA 2C4JA 4ZXGA 5DCHA 4OCFA 4TRXA 3HZ8A 4NXIA 4HUAA 3MSZA 4Q5RA 3HDCA 4PNGA 5A4UA 3KH7A 1TU8A 4O32A 2LRNA 4NWYA 3GMFA 7GSSA 6GSUA 1TK8B 4LMVA 3QMXA 3TKRA 1TU7A 4RQXA 3VWXA 4PX1A 6GSWA 1QQ2A 1YEPA 1EEMA 5H5RA 4MJBA 3ZVJA 4OMVA 2L6DA 1V57A 3IBHA 4PURA 4NAXA 4HOJA 1PKWA 1JHBA 3FR3A 2Z9SA 2M72A 4QQ7A 3TUEA 1MDKA 2H74A 3GN3A 4XTSA 3O6TA 4OD7A 2L4QA 1XVQA 2B5YA 2V32A 1GH2A 3ME8A 1FOVA 5IMFA 3HVVA 2DIYA 4PUFC 1THXA 2AJQB 4POMA 4KUNA 2RUEA 4BVXA 5JWOB 2J23A 4PQHA 2IL3A 3QOUA 4GQFA 3ZIJA 4AGSA 3QCPA 5HR2A 1RK4A 2R37A 3F6DA 1XIYA 3VK9A 2VL3A 4GSSA 3IAM2 1A24A 1A23A 4L8EA 3TOTA 1OKTA 1SL1B 2GZYA 3F3QA 1GSSA 2O7KA 2V6KA 1Z7PA 4PXOA 5ID2B 2JACA 4KB3A 4D73B 2O85A 1JLWA 3M8NA 3TGZA 4G2EA 1O8WA 4EVMA 3TKQA 1H4OA 5G2ZA 2B1LA 10GSA 2F9SA 5F8BA 4KDYA 4TR0A 3D4MA 1V40A 5INYA 4KSOA 5G30A 2L5LA 1OAZA 2XBIA 1M7TA 2VD1A 2B7JA 3MNGA 1K0MA 2NBSA 1J9BA 4ZL8A 4I97A 1ZMAA 2VM1A 4DSSB 4KNDA 1K0NA 5LCZA 2GSTA 4HI7A 4MP4A 5F06A 4WKWA 1PX6A 4FH8A 3GTUB 2IFQB 1R7HA 3EMPA 2FWEA 4OFTA 4KDUA 4FYCA 2GZZA 1VF2A 5GAND 5HFGA 3W8SA 3L4NA 3F4SA 1KTEA 5AN1A 2I81A 3UIWA 3WGEA 1URMA 1XVWA 5DAKA 4Q5FA 1U88A 2IWTA 3TDGA 2NDOA 4HS1A 4IHUA 5E59A 4GRFA 2IPAA 2NPBA 4KDXA 5CO3A 3ED3A 4IS0A 2RM5A 1JLVA 3VLNA 4K2DA 2RUFA 3L9SA 5ECPB 1M9BA 4ZILA 2C0DA 3ZMKA 5DQSA 2DJJA 2G2QA 1B9YC 2VLUA 1SL0B 2CAIA 18GSA 4HU9A 4FO5A 4K0GA 4GSTA 5FWGA 3E9JB 2KOKA 3IOSA 2PU9C 6GSXA 3G7YA 1C72A 4P3YB 2LJAA 3K8NA 1QUWA 2JSYA 2YWOA 1ZGNA 3KXOA 4X43A 1TDIA 2C8UA 3KH9A 4IVFA 4KCEA 4L5LA 3WD6A 1BQ7A 1TI3A 5F05A 1BG5A 1WOUA 1XWKA 3HD5A 4HEA2 2GQKA 5DDLA 1FHEA 1GSUA 2H01A 1ERUA 1G7EA 1B4PA 3C73A 3FY7A 2GQLA 1RQMA 2EC4A 2YNXA 4NV2A 1F6MC 2ZUPA 3VWWA 2I4AA 5IMDA 1FG4A 14GSA 5G5EA 1X0RA 3EMXA 3KGKA 3VWVA 1PD21 3UMAA 2KHPA 4XS4B 4JR4A 5IMAA 4IP6A 2L4CA 2E2MA 2B5EA 1XCCA 2VO4A 3TJFA 3APSA 1SYXA 1U3AA 1QFNA 1EV9A 2VL2C 4OFNA 4DSSA 2HZEB 4MDCA 2FNOA 1OC9A 4E8HA 3SWLA 3LYPA 3QAGA 3GTUA 2N5FA 3CSJA 1NHYA 3EU4A 3F8UA 5HR1A 2HXKA 3IA1A 2DJ1A 1YZXA 1F37A 2YZHA 3QAVA 4NMUA 5HR0A 3M1GA 1X5EA 1B4QA 4EKZA 2CQ9A 4JEDA 4GQCA 2NVLA 2O89A 2P5RA 3L0HA 1GTBA 1U3IA 2CT6A 5AISA 3FZ9A 4J57E 3GYKA 3ZIVA 4ECBA 2YN1A 6GSYA 1YY7A 1FB6A 2E7PA 4QL9A 5FHIA 4GCIA 1YKCA 4TR3A 1JZOA 3M9JA 3BJ5A 1TK0B 3PH9A 3KZQA 4K7IA 2CVDA 2FWHA 5CAXA 3CSHA 2C1YA 2VOCA 5COHA 3P2AA 4H86A 3I6AA 4HQZA 3KTLA 2DMMA 2JZTA 3C1SA 3HKRA 5D9VA 3L78A 1NHOA 1EGRA 1WIKA 5G5FA 2FWGA 4MCUA 4EDYA 4YQUA 2LKUA 4N11A 4WR5A 1T1VA 1M2BA 2KUCA 2LNSA 1SD8A 5B8BA 1TJDA 2PVQA 2LQQA 4XS4A 1SK0A 2H73A 2H0GA 1X5DA 1DE2A 2XPDA 5EY6A 1O8XA 2AAWA 5FT3A 3VPTA 1J08A 5B6MA 2H0HA 5JCGA 4GSNA 4IP1A 2CX3A 4NHWA 2H6XA 2HT9A 4NHZA 2GLRA 4WR4A 3VWUA 3UJ1A 4FYBA 5IMZA 2H8LA 1X9SB 1M2AA 1HD2A 3C8EA 2YANA 5KN0A 1KEBA 4KX4A 4EE0A 2DMLA 2YWNA 2PUKC 1OE7A 4HZ4A 4POKA 3IK9A 1TRWA 4YH2A 2DC5A 2HRNA 8GSSA 4PGTA 1K0AA 2E0QA 3IPZA 3GA4A 1AIUA 1ST9A 1Y25A 2I3YA 1ZCPA 2P5QA 1GRXA 1XOBA 2QKEA 4ZB9A 1MDJA 3HXSA 4PQIA 1E6BA 1PN9A 3GH9A 2QC7A 4BA7A 2FWFA 3P90A 2B6MA 1MEKA 2JZRA 3QDNA 3FKFA 4WF5A 2JADA 2GSQA 5H5QA 2KP2A 4V1Ag 5E4WA 5IOXA 4IBPA 4EXJA 5A4WA 3DWVA 2XPEA 1WMJA 2XBQA 4EC0A 2YJHA 3UAPA 3M9KA 1TRSA 3DYRA 1OVNA 5DAKB 3I9V2 1ZOFA 1QGVA 2FD3A 3W6GA 2L59A 5IIZA 3ZVJD 1GTAA 3D6IA 1AQVA 17GSA 3KM6A 2GTUA 1Z6NA 4RUVA 1A0RP 3D5JA 3N5OA 1ZYQB 2FCHA 5D9TA 4J56E 2FHEA 2GVPA 3CRUA 3QFBC 3FRCA 2B7KA 2JL4A 1SENA 5C00A 1XW9A 5IPGA 4WF4A 4WETA 4RQRA 3E3EA 4N10A 3TJBA 2F8AA 1GUHA 3FZAA 3TJKA 3Q19A 2H75A 4POBA 4WEYA 3ZREA 3IRAA 1FB0A 4DEJA 4I2TA 3GKXA 3GKMA 3ISOA 1LJRA 3GKKA 1BEDA 3L9VA 6GSTA 2JSZA 1GTUA 2IMEA 2H6ZA 4OCEA 1TOFA 3RDWA 3APOA 4MLYA 1OKDA 1Z6MA 4G9HA 1GLQA 5KN1A 2E2GA 4TXVA 5GSSA 3GX8A 3GHAA 2MMOA 3F3RA 4CW9A 2X8GA 5IPHA 1V98A 1B8XA 1GLPA 1N2AA 2VCQA 3TRPA 3FW2A 3ZFLA 2QGVA 2H70A 1O7UA 4G10A 5ECLB 2BJXA 4LA1A 4LLRA 4IQ1A 3FYGA 3GL3A 1TRUA 1B9XC 1M99A 3UARA 1K3LA 2CX4A 2H72A 3FEUA 4ISDA 2VUPA 1PQNA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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