3TTPA

Structure of multiresistant hiv-1 protease in complex with darunavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTVKIGGQLREALLDTGADDTIFEDINLPGKWTPKMVGGIGGFMKVRQYDQVVIEICGHKVTSPVLVGPTPLNIIGRNVLTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Thermodynamic and structural analysis of HIV protease resistance to darunavir - analysis of heavily mutated patient-derived HIV-1 proteases.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ttpA00
2O4LA 3I25A 2P83A 3FV3A 3WB5A 5HD0A 5P7UA 1FB7A 3K4VC 5P1UA 3TL9A 4Y5AA 2XFJA 3EBZA 4ER2E 3WZ6A 3PB5A 4YBIA 3TLHA 1C70A 3ER3E 3D1YA 2QU3A 5P7MA 3SFCA 5E5JA 3SA8A 1HEGE 3ZOVA 4CPTA 5P0OA 4I10A 3FSMA 4I0GA 4FRSA 5P0CA 3GI6A 3IAWA 4EJLA 1D4YA 1NSOA 1HVRA 5P6SA 5P77A 1APUE 5P63A 5P89A 5P6UA 5P5JA 3ZKMA 4GJ5A 2FNSA 4CP7A 5OZ6A 4RYCA 3SLZA 1SGUA 3VV7A 1EPQE 5P59A 4YCYA 3EL4A 5OZPA 1EEDP 4JP9A 4RLDA 3PJ6A 5OZTA 5P6VA 5IS4A 3EL5A 2QHYA 5P7GA 4ACUA 5P5QA 4DJXA 4J5JA 1KJGA 2NTRA 5P1OA 2WECA 1HHPA 4I8WA 3EKQA 1MTRA 3LIQA 5P1NA 5P8RA 1FQ6A 4D83A 3ZPTA 5P37A 1RV7A 5P3NA 3PMYA 1HVJA 3GGVA 5P4EA 2QZKA 1ER8E 3UDRA 3KYRA 5P7VA 1MTBA 4BEKA 3NYGA 4EPJA 5OZWA 2V10C 2BKTA 3EL0A 4JECA 4MC9A 2IEOA 2NNPA 3APPA 4Y48A 3I7EA 2ASIA 3O99A 1BXQA 4XX3A 3PRSA 4Y39A 1HEFE 1HIVA 3KM4A 5P0XA 4I0JA 5F01A 3PHVA 4FSEA 5P75A 4OBZA 5P3JA 2SAMA 5P6NA 4RVXA 4ACXA 1NPWA 2FMBA 2PWRA 1IZIA 3IVHA 5KQYA 2AZ9A 5P7NA 3EL9A 1IDAA 3PWRA 5P3UA 5P1XA 3WB4A 4B1EA 3I6OA 2ZHUA 5P50A 5P55A 2WKZA 5DGUA 2VA7A 3OK9A 4KB9A 5P19A 4A6BA 3DCRA 4FE6A 2ER0E 1A8GA 2QMPA 5P64A 3DV5A 3SKFA 3EM3A 2G27A 5P2MA 4FS4A 4H3JA 3TOFA 3ZKIA 3VF3A 5P8OA 4R92A 3QRSA 4GJ9A 4A4QA 2QI6A 5P02A 2QD8A 2JE4A 3PBZA 5P4OA 5OYUA 5KQFA 3NU3A 4GJCA 4Y47A 3S2OA 5P2WA 4H3GA 5P8LA 4WTUA 5OZQA 5P44A 5P7EA 2O40A 1TZSA 3GI4A 1T6GA 5P2QA 4M8XA 3UTLA 1MPPA 3S7MA 5P5OA 1TCXA 4FIVA 5P1BA 5HCTA 1WBKA 5P65A 3SACA 4OD9A 5P13A 2JJIA 2AODA 2AOGA 4L7JA 4OBZB 3ZKQA 2P3BA 2QI3A 5OZMA 5P3PA 5P0VA 3UDKA 3ECGA 3CICA 2CEJA 3NDUA 3KN0A 1GNMA 5P8UA 1ZAPA 2B7FA 4D8CA 2WF4A 2IGYA 4RVIA 1LF3A 3OTSA 3VLBA 1HVKA 5P0IA 4ZSRA 3L5BA 3LZYA 4Y4ZA 4F75A 5P0RA 4FRJA 5DQ1A 5P60A 4DPFA 3NWQA 4HDFA 3TPLA 1MEUA 1QBSA 1RNEA 2CENA 1BV7A 1T3RA 3RTMA 2RKGA 5P0FA 2BJUA 2RENA 5P0JA 3ZPSA 3R1GB 3UCBA 4OBGA 4K9HA 5P1KA 2PQZA 4DQHA 4ER4E 1QRPE 1E80E 4N00A 1HVCA 1IZHA 2VA5A 5P3SA 1W51A 3QBHA 3GGUA 3EM4A 3RTNA 2QI7A 5P7YA 3G6ZA 1E5OE 3QPJA 1GNNA 2VIZA 3A2OA 5P07A 1FQ8A 5P0TA 4RROA 2V00A 5OZSA 1EPPE 4I0ZA 1K1UA 5P6OA 3DUYA 2G1OA 1PSNA 5P43A 3IXJA 5P3DA 4J0TA 1DW6C 3EKWA 3VUCA 4YD5A 1RPIA 1EPOE 3OHFA 3EKYA 4JPCA 3NSHA 2IDWA 4OD9B 4Y4GA 1BXOA 4DI2A 1BV9A 3MSLA 3BUGA 4GJ6A 3BVAA 4K4PA 1GVTA 3UDYA 2P3BB 6UPJA 2P3CA 4DJVA 5P6MA 3RSVA 1TSQA 4U7VA 5P6LA 4FRKA 3JVWA 5I3XA 2NXDA 5P24A 1DPJA 4CPXA 3DOXA 5P3QA 5P4NA 2PYNA 1XN3A 5P7XA 3EKTA 3MWSA 4YOBA 1IVQA 2OHRA 4BELA 2AOIA 5P86A 3GI5A 1HOSA 1G0VA 4FLGA 1FG6C 5OZ9A 1EPME 1ZSFA 1MRWA 3L59A 4Y3RA 3ZMGA 5KR2A 4EYRA 1YM2A 5P8AA 4J0ZA 4KUPA 2OHUA 2I4QA 2F80A 4J1EA 3URIA 1Z1RA 1GVUA 5P4LA 1AJVA 5P7FA 4B78A 3EKVA 4Y5BA 4QJ8A 1J71A 3IA9A 2B7ZA 5OZCA 5P2DA 4MC2A 5P6CA 5P7DA 5P6AA 3K5CA 1SIVA 1WKRA 5P2AA 5KOSA 1AIDA 1BIMA 5OZKA 5P80A 4DQGA 5P57A 2ZHRA 5OZDA 2QMGA 5HE4A 5IVSA 5P09A 3O9GA 1HSIA 3LIZA 3BRAA 1LF4A 2FXEA 5P29A 5P2BA 4APEA 1K6PA 3U7SA 5P1PA 3KF0A 2R5QA 3NDWA 3UQPA 4TRYA 1CMSA 4DV9A 4AMTA 1EC3A 5AH8A 4Y4JA 3T7PA 2BPWA 3NUJA 3QBFA 3OOTA 4J1KA 1F34A 1SGZA 4JPEA 3VFBA 2P3DA 2IENA 5I3WA 5OZHA 4JOOA 4L7GA 4I0FA 5TOLA 1EAGA 1D4KA 4Y3AA 4Y6MA 4MC6A 5P2EA 1YTHA 4Y5CA 3SA6A 4FRIA 1HSGA 1D4SA 1APVE 2R5PA 4FAEA 4LAPA 5P33A 4Y3XA 5P8EA 4J1FA 4FGXA 5P4MA 3PCZA 5P2RA 1LYBA 3VYDA 5P66A 2AQUA 1YX9A 1QBUA 5P5UA 1W5XA 2UY0A 4I0EA 4RCDA 3JW2A 4GZFA 3EKPA 3BXSA 2ZE1A 5P88A 1ZBGA 4TVGA 5P3YA 2Q55A 3O9FA 5P5DA 2NPHA 4YD4A 4QLHA 2ZJIA 1CZIE 5P1JA 2Z4OA 4Z2ZA 1W50A 1SMEA 5P6WA 5P3BA 5P22A 5P5FA 5P7SA 5HDXA 3NU6A 1SDUA 3LNKA 2F3KA 1HSHA 5P5GA 3TPJA 5OZIA 3ZKGA 5P4KA 1DIFA 1HVHA 2QI5A 4Y3PA 2ZHTA 3DM6A 2R9BA 1MSMA 2VNMA 1D4LA 4Y5LA 2WEZA 5P3ZA 5P18A 4I12A 2QCIA 2PC0A 5P0WA 2R8NA 2QHZA 5P6KA 3VEUA 2QD7A 3OUBA 5P7TA 2J9JA 5P6JA 3SA3A 5P11A 3KFRA 3BXRA 3QRMA 4EHCA 5P6ZA 3VYFA 4F73A 1FEJC 3CMSA 1B6MA 5P6XA 4COEA 3PVKA 3UFNA 4GJDA 4HVPA 5P2OA 4U8WA 3LHGA 3PSYA 5P1IA 2HM1A 3EXOA 3SA5A 5P1SA 1LYBB 2FDDA 4R5NA 5P23A 3PLLA 2FIVA 1FIVA 5P5RA 3OXWA 2F81A 1FMXA 3OXXA 5P7PA 2ZJNA 2J9KA 2ZHVA 3CYWA 4FAFA 1FG8C 4RVJA 5C9BA 3KT5A 3Q5HA 4Y3WA 5P4GA 5P7HA 4OBJA 1HVIA 4X2LA 1KJ7A 1MERA 2QZLA 2APRA 5P0EA 4ZPEA 1XE6A 5OZUA 1G2KA 5P4CA 3OXCA 5P5CA 2RKFA 3MSJA 5P3VA 5P0HA 5P6DA 3VCMA 1F7AA 4Y3LA 3HVGA 3L38A 5ISKA 4Y4XA 2F3FA 2ZDZA 2Q11A 3TPPA 4Y50A 4EXGA 5P5PA 2V12C 2RSPA 3VYEA 2CEMA 3OXVA 4AZYA 5OZ2A 1EPRE 4HDPA 5P7WA 4YDGA 5P3CA 2FLEA 2OHLA 2ZJKA 5P6HA 1HTGA 3FIVA 5P4AA 2AOJA 5JFPA 3R0YA 3DK1A 4K8SA 2BPVA 1OEXA 2IL2A 3URJA 2AVVA 2J9JB 2G24A 2AVQA 5P4RA 3BC4A 3IVIA 5OZ4A 3OWNA 5P3AA 4F76A 2Q54A 3EC0A 5P73A 2ZYEA 4DQEA 5P4SA 3N4LA 2OHMA 5ER1E 1XE5A 5P6RA 3U6AA 1PPME 3I8WA 5DR8A 3QROA 4DJPA 4QJ6A 2BB9A 4DVFA 5P00A 2B42A 2Q64A 2WF2A 5P6TA 3SA9A 3ZKSA 4Y54A 5P3OA 3VF5A 5P4TA 5P3WA 4Y4EA 3L5CA 5BWYA 3PLDA 4B72A 4Y5PA 4CPQA 4ZEAA 4GB2A 1A9MA 3EMYA 5P8JA 2R43A 2FS4A 2XYFA 5P3FA 5OZYA 5CLMA 3EM6A 1FKNA 3ER5E 5P03A 2AZCA 3NXNA 3L3AA 3LZSA 5ENMA 4CPRA 3INFA 4LXKA 4ZSMA 1ZP8A 4FL8A 4GYEA 2ANLA 1HPVA 2AOEA 1KZKA 3OQDA 5P0PA 4QJ9A 3SPKA 3IN3A 3WZ7A 1ZPAA 3CKPA 1HPOA 3UDMA 3UDQA 5P2ZA 1MT8A 5P4VA 1M0BA 1ME6A 5OZ8A 4A6CA 4Y3YA 5P15A 3SQFA 1EPLE 2ER9E 2NMYA 3BHEA 5P58A 3G72A 4TRZA 4PYVA 3O9DA 3OOZA 1HRNA 3BVBA 1BDQA 4FSLA 5P40A 1KJFA 1B6KA 4B1CA 1GVXA 2ZJHA 1YTGA 5P5SA 3K5FA 4Y5NA 1AM5A 3TOGA 2EWYA 4Q1NA 1LS5A 1T7JA 3DCKA 3UQRA 3KFNA 4APRE 1SDTA 1FF0C 4HZTA 2WEDA 5P2CA 2WEAA 1UH9A 1UH7A 5OZBA 5P4HA 3UQUA 2JJJA 2WF0A 3OU3A 2QI1A 3KDCA 4YA8A 4Y58A 2OF0A 4XXSA 5P7QA 3NR6A 5P35A 1MRXA 5P41A 4Z50A 5IE1A 1EBKC 5P3EA 2V13A 4DJYA 1HTFA 3CIDA 5P5NA 2AOFA 2QU2A 1W6HA 2VS2A 2IKUA 4HA5A 2PWCA 3PWMA 4AA9A 1FQ7A 2PMAA 5P45A 1PPLE 1BVEA 5P5LA 3VLAA 3KMXA 2PK6A 5P04A 2NNKA 3PEPA 4HLAA 4WY6A 5P32A 5P48A 1BWAA 5P25A 1A94A 4YD3A 2Q3KA 1ODYA 2ZJLA 5OYTA 4B05A 5P8IA 3KFPA 3D1ZA 5OZ5A 5HDVA 1HIHA 3TTPA 5P39A 3FKTA 5OYRA 1GNOA 3SM2A 3SA4A 5P7BA 4S1GA 2G26A 3S54A 1TSUA 5P71A 1TCWA 2Q15A 4EJKA 4ZPGA 2FDPA 5P4QA 1BBSA 5P7ZA 4B00A 4YE3A 1LYAA 3MXDA 4D85A 4YCTA 3URLA 3NU4A 5P6QA 5OZVA 1B6PA 4Y38A 1ODWA 3PSGA 5P51A 2OHQA 1GVWA 4DPIA 5P4ZA 3L58A 4J0PA 5P7OA 5P1WA 1K1TA 2ZJMA 1B6LA 2ER7E 5CONA 2B60A 5DQCA 2I0AA 3Q70A 4Y3FA 1W5YA 2BQVA 1C6XA 4J17A 5HE7A 4BFBA 4J1IA 4ZPFA 4I1CA 3LIXA 1YM4A 5ENKA 3PBDA 4MC1A 2IGXA 1W5WA 2A1EA 1CPIA 3PI0A 3DV1A 5P68A 5P1EA 5HVPA 4HDBA 4Y4AA 4OBKA 5P6BA 5P0QA 1U8GA 3TH9A 3ST5A 2G94A 1LV1A 2I1AA 1YG9A 5JG1A 4Y51A 5P1RA 5P7KA 3O9HA 3UDPA 2QZXA 5OZFA 5HCOA 2B8VA 4DJOA 1BVGA 5P28A 3OU1A 5P30A 1FQ5A 5P2HA 5P5XA 2XYEA 1QBTA 2VJ9A 5P4DA 1MT7A 3INHA 3UF3A 5DPZA 4J1CA 4NJTA 1B5FA 4GJBA 2Q5KA 2IQGA 5P10A 2OHPA 5DR7A 4Y3SA 1LYAB 4D89A 3QN8A 4RCFA 4LL3A 2F3EA 4AA8A 2VJ6A 5P1LA 3ZKNA 3KMYA 3INEA 3APRE 3KA2A 5P5TA 1FGCC 3HZCA 4Y4WA 3S53A 4I8ZA 3GW5A 3OUDA 2QI4A 4E43A 3OU4A 2HPEA 5OYXA 1SDVA 5P2JA 4TRWA 5P36A 4XX4A 3R4BA 4DH6A 4DQFA 5P42A 1TW7A 2B8LA 5AHCA 5P8TA 1M4HA 5P5KA 2OHNA 5P2SA 3LIYA 5P0LA 5P38A 2I4DA 3D3TA 5OZAA 5P1CA 3HDKA 5I3YA 1EBYA 1ZJ7A 2PSVA 5P01A 5IVRA 3OY4A 3T3CA 5OZNA 4NJVA 1B6JA 1D4JA 1PSAA 4XKXA 3SKGA 5DR0A 1K6TA 3AIDA 5P4YA 2QNQA 3FNTA 3UDHA 3UPJA 5P7JA 2I4UA 1KJHA 3CIBA 3S56A 5B18A 1A30A 2PH6A 3SAAA 4EP3A 5KOQA 2WF1A 3BGCA 4GMIA 4Y3DA 3SABA 4YHQA 5P4BA 4I0HA 3OU1B 3CKRA 3D91A 2R38A 5ISJA 1MIQA 2AIDA 5DQ2A 3S45A 1T7IA 2V16C 4H3FA 2ZGAA 1MSNA 3BGBA 3NU9A 4HE9A 5P1MA 5SY3A 1B5FB 4L6BA 4EJDA 4L1AB 5OYSA 4Y36A 2HB4A 2RMPA 3G70A 1D4IA 2BPYA 3JVYA 2HIZA 3OQAA 5P3GA 3D1XA 5P5AA 3OUDB 3HD8A 1MUIA 3OU4B 2O4PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2O4L A;  3I25 A;  2P83 A;  3FV3 A;  3WB5 A;  5HD0 A;  5P7U A;  1FB7 A;  3K4V C;  5P1U A;  3TL9 A;  4Y5A A;  2XFJ A;  3EBZ A;  4ER2 E;  3WZ6 A;  3PB5 A;  4YBI A;  3TLH A;  1C70 A;  3ER3 E;  3D1Y A;  2QU3 A;  5P7M A;  3SFC A;  5E5J A;  3SA8 A;  1HEG E;  3ZOV A;  4CPT A;  5P0O A;  4I10 A;  3FSM A;  4I0G A;  4FRS A;  5P0C A;  3GI6 A;  3IAW A;  4EJL A;  1D4Y A;  1NSO A;  1HVR A;  5P6S A;  5P77 A;  1APU E;  5P63 A;  5P89 A;  5P6U A;  5P5J A;  3ZKM A;  4GJ5 A;  2FNS A;  4CP7 A;  5OZ6 A;  4RYC A;  3SLZ A;  1SGU A;  3VV7 A;  1EPQ E;  5P59 A;  4YCY A;  3EL4 A;  5OZP A;  1EED P;  4JP9 A;  4RLD A;  3PJ6 A;  5OZT A;  5P6V A;  5IS4 A;  3EL5 A;  2QHY A;  5P7G A;  4ACU A;  5P5Q A;  4DJX A;  4J5J A;  1KJG A;  2NTR A;  5P1O A;  2WEC A;  1HHP A;  4I8W A;  3EKQ A;  1MTR A;  3LIQ A;  5P1N A;  5P8R A;  1FQ6 A;  4D83 A;  3ZPT A;  5P37 A;  1RV7 A;  5P3N A;  3PMY A;  1HVJ A;  3GGV A;  5P4E A;  2QZK A;  1ER8 E;  3UDR A;  3KYR A;  5P7V A;  1MTB A;  4BEK A;  3NYG A;  4EPJ A;  5OZW A;  2V10 C;  2BKT A;  3EL0 A;  4JEC A;  4MC9 A;  2IEO A;  2NNP A;  3APP A;  4Y48 A;  3I7E A;  2ASI A;  3O99 A;  1BXQ A;  4XX3 A;  3PRS A;  4Y39 A;  1HEF E;  1HIV A;  3KM4 A;  5P0X A;  4I0J A;  5F01 A;  3PHV A;  4FSE A;  5P75 A;  4OBZ A;  5P3J A;  2SAM A;  5P6N A;  4RVX A;  4ACX A;  1NPW A;  2FMB A;  2PWR A;  1IZI A;  3IVH A;  5KQY A;  2AZ9 A;  5P7N A;  3EL9 A;  1IDA A;  3PWR A;  5P3U A;  5P1X A;  3WB4 A;  4B1E A;  3I6O A;  2ZHU A;  5P50 A;  5P55 A;  2WKZ A;  5DGU A;  2VA7 A;  3OK9 A;  4KB9 A;  5P19 A;  4A6B A;  3DCR A;  4FE6 A;  2ER0 E;  1A8G A;  2QMP A;  5P64 A;  3DV5 A;  3SKF A;  3EM3 A;  2G27 A;  5P2M A;  4FS4 A;  4H3J A;  3TOF A;  3ZKI A;  3VF3 A;  5P8O A;  4R92 A;  3QRS A;  4GJ9 A;  4A4Q A;  2QI6 A;  5P02 A;  2QD8 A;  2JE4 A;  3PBZ A;  5P4O A;  5OYU A;  5KQF A;  3NU3 A;  4GJC A;  4Y47 A;  3S2O A;  5P2W A;  4H3G A;  5P8L A;  4WTU A;  5OZQ A;  5P44 A;  5P7E A;  2O40 A;  1TZS A;  3GI4 A;  1T6G A;  5P2Q A;  4M8X A;  3UTL A;  1MPP A;  3S7M A;  5P5O A;  1TCX A;  4FIV A;  5P1B A;  5HCT A;  1WBK A;  5P65 A;  3SAC A;  4OD9 A;  5P13 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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