3UF3A

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLDTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 protease
publication title HIV-1 protease with 20 mutations exhibits extreme resistance to clinical inhibitors through coordinated structural rearrangements.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-10-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uf3A00
3CIBA 4Y5NA 1BDRA 5P4OA 4RROA 3BVBA 2P3BB 2G1YA 2AOGA 5P1OA 5P6AA 1E81E 2BB9A 2ZYEA 5P2NA 5DR8A 4K4PA 5P3YA 4Y3QA 2HS2A 2QMDA 1MIQA 3PWRA 1EAGA 1AXAA 5P5NA 5P5KA 4CPRA 3OXCA 3OHFA 4Y41A 4H3GA 3O9EA 3PSGA 5P1DA 8HVPA 3BC4A 5P2MA 3GGVA 3OADA 5KQXA 5OZVA 5P7ZA 4FCOA 3RTNA 5P1VA 4WTUA 1DAZC 3RVIA 1B6JA 1BBSA 3R0WA 5AH9A 2BKSA 5P4XA 3FNUA 1HPXA 3IGBA 3O9DA 5P75A 1ER8E 5SXNA 5P6ZA 4RLDA 3EM6A 5P3QA 1YM2A 3OXWA 1YM4A 3LZYA 1TW7A 3OU4B 3PVKA 5P1EA 2AZ8A 3CICA 3EMYA 5P1TA 3SM1A 1AZ5A 1K2CA 2ZJNA 4APEA 2G1OA 3OTSA 4YCKA 4YCYA 4J55A 1SMEA 5P02A 3KFRA 4CPSA 2HIZA 5P3OA 3K4VA 3EL9A 2G69A 3PBZA 1ZPKA 3MXEA 5OYSA 4L7JA 2AOJA 1FQ4A 4Y3EA 5P8RA 3L58A 5IVTA 4L7GA 1MRWA 4DPIA 5IVQA 2PH6A 5P4KA 6FIVA 5DQ1A 4OBZB 4R93A 5P04A 2B7FA 1EPNE 5OZMA 3BUHA 3GGAA 4FIVA 3H0BA 3DOXA 4R95A 5P0FA 5P76A 2F80A 1LYWA 4AZYA 3UDYA 3TOGA 3OU1B 4DJYA 5P7LA 1GNNA 4B0QA 3IN3A 5P2OA 3OGPA 5P3XA 2ZHRA 4KE0A 3NR6A 5OZAA 3OWNA 1FQ7A 1K6CA 4KUPA 5P2VA 1TSQA 3BXRA 3S8IA 2HS1A 4N00A 4NPUA 4RVIA 4Y4XA 3RU1A 5P7RA 1TSUA 5OZ0A 2VS2A 2WKZA 3SKFA 1T7JA 1U8GA 5P5UA 5P6CA 3TH9A 1HPOA 4Z22A 1YTIA 1VIJA 2FMBA 2Q15A 2ZJMA 3SA9A 3LIVA 5HTZA 1HTRB 5P5BA 2QD8A 1ZPAA 5OYWA 2IQGA 5KR8A 3L5FA 2V10C 2ZHVA 4OC6A 2OAHA 5DQ5A 1FEJC 2NTRA 4DJXA 5EZXA 5P39A 5OZWA 3GI5A 4LP9A 5P03A 5P3CA 4DQCA 3PJ6A 3PI5A 2G22A 2Q3KA 3KFNA 3NUOA 4R91A 2WF1A 4IVSA 5P85A 3APRE 4B78A 3SA6A 1OHRA 4Y5AA 1A9MA 2APRA 5P25A 4QJ9A 5P3FA 5P7WA 3MXDA 2QHCA 5APRE 1B6KA 1K1UA 4JPCA 3RTMA 5P7EA 3QROA 2P3AA 5P4PA 5P5XA 1UH7A 4Y4UA 4J1FA 2NPHA 5P0ZA 1LV1A 5HDZA 5P2JA 5P5MA 5P7MA 1PSOE 3CYXA 3M9FA 5HCOA 4Y4AA 3D20A 4F74A 1HTEA 1GVTA 3DV5A 1T6GA 5OYZA 1ODXA 5HU1A 2I4VA 3LPJA 1FQ5A 4RGHA 4YOAA 5P8DA 3HDKA 4DQEA 3UDKA 4F75A 1SDUA 5IVSA 2QI1A 3S53A 3OQAA 5P8IA 3KT5A 5P2GA 1D4IA 5P1BA 1MT9A 5P7JA 3UDHA 2I0AA 1A8GA 3K5GA 5P0UA 5P4AA 3UDNA 4GJ8A 3KT2A 2VNNA 3GW5A 2AZBA 5P3EA 5P67A 2ZHSA 3S56A 1XE5A 4HDFA 5OZZA 2NXMA 3OQDA 4RRSA 3URIA 2BJUA 4DJRA 3UHLA 4CPQA 4DJQA 2ER7E 5DR4A 1AM5A 4EJ8A 3DJKA 1DW6C 2PC0A 4Y51A 3TL9A 4Y3JA 4ZSQA 2P4JA 5BWYA 5COPA 3IVHA 3GGXA 1SGZA 1B6PA 5P6BA 5P82A 2V13A 4ZIPA 5DR7A 4DH6A 4J1KA 1W5VA 5P3UA 3QVIA 2PWCA 5F00A 1AIDA 3VV6A 1HPSA 2I1AA 4L6BA 4K8SA 5P26A 4DV9A 2BPXA 3PLDA 2QHYA 5P0RA 1FF0C 1ME6A 1SGUA 5P1QA 5P86A 4Y36A 2ER0E 1HEFE 3QBHA 3R1GB 4D83A 1A94A 2XYEA 4Y6MA 5P16A 4DUSA 5ER2E 5P7VA 3PBDA 4CMSA 1C70A 4DJWA 2IDWA 2WF2A 3SPKA 5P63A 1BWAA 1SIPA 5P47A 5P8OA 5P7GA 5AH6A 1YT9A 1D4YA 4QJ7A 4GJ7A 3KMYA 1E80E 4APRE 5HU0A 1IZDA 5P5ZA 5P6EA 5P8UA 3INEA 3L5BA 5P0LA 3QN8A 3PM4A 3KFSA 4ZPEA 3WSJA 3EC0A 2HM1A 4Y58A 5P0XA 5P19A 5KOSA 3KF0A 1IDAA 2RKFA 4GJCA 4BELA 2QI0A 5P80A 3TKWA 3NXEA 5P4IA 1EPLE 2QK5A 2WEBA 2AVQA 5OYTA 2G26A 4HDPA 1LYBB 3VEUA 2HPEA 1SP5A 2VA5A 3HBOA 5COOA 5P4WA 3VLBA 4TVHA 5P5TA 3O9LB 3DK1A 2O4LA 4EPJA 5I3VA 4D89A 4Y3XA 4DJPA 3UDQA 5P5OA 3OU4A 3VV8A 3AUPA 3NWXA 5P08A 2QCIA 3JW2A 3PCWA 2I4WA 5OZYA 5P61A 1MTBA 1OD1A 4DJOA 5P4CA 3AIDA 1UH9A 4Z2ZA 1KJ4A 3GI4A 5P3SA 5P8HA 3EM3A 5P7XA 1FMXA 3U71A 4FAEA 1FKNA 1M4HA 5P14A 4DQFA 3EXOA 3LIQA 1HHPA 4YCTA 3DCRA 1ZBGA 5P5AA 2V0ZC 4FM7A 3MSKA 4J17A 4Y45A 5P5IA 5DQCA 4Y4TA 4PEPA 4K4RA 2NNPA 2J9KA 5P8FA 4ZPGA 1CZIE 1D4JA 2CENA 2AVSA 2QZWA 2QI3A 1BXOA 5DGWA 1MSNA 5P2QA 4GJBA 3LPIA 3EBZA 4Q5MA 4DQBA 4Y5MA 1WKRA 5P6OA 5P38A 4FRJA 2QZKA 4Q1YA 2UPJA 4EXHA 2VJ6A 5P3DA 5P17A 1FB7A 1ZP8A 2PYMA 5P32A 1B6MA 5P4ZA 5DR3A 4TVGA 3S7LA 2BPVA 2OHTA 2NXDA 3L3AA 1MTRA 3SA5A 1META 5OZIA 2A1EA 4LXMA 2NMZA 4PZWA 4Y4DA 4B70A 2HPFA 4YD6A 5P8BA 3OOTA 2QD7A 1K6TA 2J9JB 1UH8A 4Y38A 3QAAA 2JXRA 2HC0A 2FNTA 3PGIA 1PSNA 5P34A 5SY3A 2PSGA 3S7MA 4M8YA 5P8PA 4Y48A 3EKQA 3NU5A 1EC1A 4EP2A 5P3LA 3URLA 3SM2A 4DQHA 5P8KA 4JP9A 3IA9A 3LPKA 5P70A 5P87A 3HZCA 5P0JA 2OF0A 2CEJA 3Q4BA 4RZ1A 1FQXA 1W5YA 4J0VA 4EWOA 4LXKA 5P4UA 3OK9A 5OYUA 4HEGA 5P2RA 5P2DA 4FS4A 5OZDA 3SKGA 2AOIA 5HVPA 4R5NA 5P0SA 3MWSA 5KQFA 1BAIA 1ENTE 4R92A 5P0PA 4RVJA 2WEZA 5P0QA 3G70A 4FM6A 5AH7A 5P2HA 3R0YA 4HA5A 5P2UA 4Y50A 1HIVA 1FG8C 4I0HA 5P0NA 3OXXA 4BEKA 5P10A 4L7HA 4DJVA 3UDPA 3QVCA 1QBSA 2MIPA 1HPVA 4ZLSA 2AODA 4Y3MA 1XS7D 3I6OA 3QPJA 5OZ8A 1PPLE 4Y5GA 3IVIA 1HXWA 4GIDA 2QNPA 5KAOA 1QBUA 5AH8A 5P3HA 2UY0A 4F73A 5P2IA 3PLLA 5P59A 5HE5A 2G1NA 3WZ8A 5OZGA 5P1HA 4DJUA 5ER1E 2V00A 1D4HA 5P8EA 2FLEA 4FM8A 2PMAA 1D4SA 3TPJA 3HLOA 5P0EA 2AIDA 3KFPA 1AAQA 5F01A 5P0AA 3L5DA 5DR1A 3EM4A 1PSAA 5P6FA 5P42A 3VF5A 3DUYA 2ZHTA 4XX3A 2WEDA 4NPTA 2OHRA 5P33A 1EC0A 3UDJA 4EJKA 4OBDA 5P01A 5HDUA 4GZFA 3LHGA 1MSMA 3OQ7A 2QMGA 2Z54A 5CONA 3NU9A 5P81A 4Z50A 5P35A 4UPJA 5P13A 5P1UA 1OEXA 3OQKA 2QI4A 4E43A 3BHEA 5I70A 4RRNA 3VF3A 4Y3DA 2HAHA 4ER2E 2ZJKA 2V12C 4GB2A 2O4SA 5P5FA 9HVPA 5OZQA 5OZ6A 5P4EA 3WZ6A 5P8LA 5C9FA 5P60A 1XN2A 2FDDA 5JFUA 5P1GA 3GI6A 2R3WA 1G0VA 2PSUA 4Y3GA 3HVGA 2F3FA 4GJ5A 2F8GA 2OHMA 5P3WA 3OUDB 5OZ9A 3OOZA 4GJAA 4OBHA 5ISJA 5T4SA 5P0BA 5P24A 3NXNA 5P4FA 4I11A 5P3PA 4B1EA 4Y4EA 2Q5KA 5SY2A 4Y57A 2VKMA 2R43A 3URJA 3OY4A 4Y39A 5KR0A 1RPIA 3UDMA 3FKTA 4EHCA 5P79A 3SA4A 4J1CA 4EXGA 3BUFA 4GMIA 1RV7A 3EL0A 1LYBA 4KB9A 3ZKXA 4YBFA 1HVSA 3O9LA 3S43B 5P6RA 2FGVA 3KDBA 3OAGA 4DVFA 4YBIA 3U6AA 3CKPA 3PEPA 5P3MA 5P8SA 5P00A 1LYAB 5C9BA 5P4YA 3L59A 4R8YA 4COEA 2QP8A 5P77A 1IZHA 2WF3A 5P6QA 1TQFA 1KZKA 2QI5A 4J0PA 3D1XA 3N3IA 3QS1A 4JECA 4Y3TA 5P3BA 4AUCA 4Q1WA 1LF2A 1WBKA 3QIHA 5P89A 3SFCA 2WECA 3ZKSA 4YHQA 4HZTA 5P50A 5COKA 1HVHA 1N49A 1AVFA 2P8HA 3FX5A 3ST5A 1QS8A 3PI0A 1JLDA 5KQYA 3EKWA 4AMTA 5P5SA 5P2EA 3PSUA 5OZ4A 5P4LA 5C9DA 2O40A 1SMRA 2SAMA 5KOQA 1C6XA 3C9XA 5OZLA 1NH0A 4QJ6A 1LS5A 2ZJJA 1DIFA 1EPRE 2WJOA 2IGXA 5P5VA 1FQ6A 2I0DA 1XL2A 4TRWA 3TOHA 3KYRA 3TKGA 3UQWA 1EEDP 3CIDA 2VIEA 2QI7A 2PYNA 5OZJA 4U7QA 1D4LA 4Y3LA 2AZ9A 2QZLA 3HAWA 4FRIA 5PEPA 3K4VC 5P5YA 5P2KA 3NLSA 3VUCA 5P3VA 4D85A 2H6SA 1APWE 1EC2A 5KR1A 3VFAA 1HOSA 3EKPA 4CPTA 3OHHA 5P27A 3NWQA 3EKYA 5DR0A 2XFKA 1APUE 4Y3HA 4Q1NA 5P0IA 4X7IA 5P6PA 2J9JA 3SABA 1HSHA 5OZBA 3QRVA 5P1JA 3WZ7A 3LZUA 4PPHA 3PB5A 1HVRA 1MPPA 4NJUA 1RQ9A 3QP0A 3O9AA 2B7ZA 2OHLA 4I0ZA 5P48A 4ACXA 3K5FA 1LEEA 3RTHA 5HDXA 5P6GA 5P7KA 2P3CA 1FQ8A 4B72A 4I8WA 1BDLA 2ZHUA 5P44A 2FIVA 5P7HA 2AOCA 5P45A 4AA9A 4NJVA 1HEGE 3D1YA 5P1AA 2NMYA 3NU4A 2P3BA 3GI0A 5P2CA 5P4NA 5P6HA 3HAUA 5P7OA 2HB4A 2PSVA 2ZGAA 4H3FA 6APRE 2IRZA 2V16C 5P6NA 1CMSA 1M43A 5P7SA 4QJAA 2WL0A 3UFNA 4Q1XA 5P1IA 1YTGA 3SA7A 1EBWA 5P53A 3OQFA 5P84A 4Y5EA 1FFIC 1MUIA 1HTFA 4X2LA 4Y43A 3EKTA 4Y3SA 2IKUA 3G72A 1HWRA 3R4BA 5P6XA 2HB2A 3UPJA 3HVPA 4QJ2A 4Y53A 3UCBA 4Z4XA 4CPUA 3S45A 3VV7A 4I8ZA 5P1XA 5P23A 1W6IA 1EPPE 2UXZA 1SDTA 1K1TA 5P55A 2FNSA 5P1RA 2QU2A 1MEUA 3BXSA 5P3JA 5ENMA 3ZPTA 4H3JA 3OU3A 5HE7A 1ZJ7A 2EWYA 4Y9WA 1PFZA 3NDTA 2FGUA 5P57A 2PK6A 1SIVA 2BBBA 3NUJA 4GYEA 5P4DA 3O9IA 5BRYA 4QJ8A 1YG9A 4B1DA 5P2LA 5P29A 2I4DA 3LZVA 5P3NA 5P6LA 2VJ9A 4OBZA 5I3YA 3LNKA 5OZ7A 3WB4A 5P4SA 5P8QA 5OZKA 3VF7A 5P0DA 1MT8A 5EZZA 5P1LA 3FNTA 3ZPUA 4FSEA 5P66A 5P5WA 1UPJA 4Y3RA 5P11A 4HVPA 5P7DA 1EBYA 5P62A 2ZJHA 3OU1A 5P0MA 2QI6A 3EKXA 1ZSFA 2A4FA 2QU3A 5P6VA 4S1GA 5OZ3A 4A4QA 1NSOA 4L1AB 1MERA 5P7BA 3VSWA 1GNMA 4PZXA 2QNNA 5AGZA 5OZFA 3UFLA 4LL3A 3DV1A 4EQ0A 3L5CA 4BFBA 3OUDA 3BGBA 3Q6YA 4MC6A 4JOOA 1FMBA 2FXEA 4FRKA 1K2BA 4Y4GA 1HXBA 4K9HA 2HB3A 3S2OA 1YX9A 1PROA 2QNQA 2XYFA 1EPME 4LBTA 1QRPE 5P7UA 1Z8CA 3O9GA 5OYRA 2ER6E 1MESA 2AZCA 5P5LA 4OBJA 3INFA 3IAWA 4YE3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CIB A;  4Y5N A;  1BDR A;  5P4O A;  4RRO A;  3BVB A;  2P3B B;  2G1Y A;  2AOG A;  5P1O A;  5P6A A;  1E81 E;  2BB9 A;  2ZYE A;  5P2N A;  5DR8 A;  4K4P A;  5P3Y A;  4Y3Q A;  2HS2 A;  2QMD A;  1MIQ A;  3PWR A;  1EAG A;  1AXA A;  5P5N A;  5P5K A;  4CPR A;  3OXC A;  3OHF A;  4Y41 A;  4H3G A;  3O9E A;  3PSG A;  5P1D A;  8HVP A;  3BC4 A;  5P2M A;  3GGV A;  3OAD A;  5KQX A;  5OZV A;  5P7Z A;  4FCO A;  3RTN A;  5P1V A;  4WTU A;  1DAZ C;  3RVI A;  1B6J A;  1BBS A;  3R0W A;  5AH9 A;  2BKS A;  5P4X A;  3FNU A;  1HPX A;  3IGB A;  3O9D A;  5P75 A;  1ER8 E;  5SXN A;  5P6Z A;  4RLD A;  3EM6 A;  5P3Q A;  1YM2 A;  3OXW A;  1YM4 A;  3LZY A;  1TW7 A;  3OU4 B;  3PVK A;  5P1E A;  2AZ8 A;  3CIC A;  3EMY A;  5P1T A;  3SM1 A;  1AZ5 A;  1K2C A;  2ZJN A;  4APE A;  2G1O A;  3OTS A;  4YCK A;  4YCY A;  4J55 A;  1SME A;  5P02 A;  3KFR A;  4CPS A;  2HIZ A;  5P3O A;  3K4V A;  3EL9 A;  2G69 A;  3PBZ A;  1ZPK A;  3MXE A;  5OYS A;  4L7J A;  2AOJ A;  1FQ4 A;  4Y3E A;  5P8R A;  3L58 A;  5IVT A;  4L7G A;  1MRW A;  4DPI A;  5IVQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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