3UFNA

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20 in complex with saquinavir
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLDTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title HIV-1 protease with 20 mutations exhibits extreme resistance to clinical inhibitors through coordinated structural rearrangements.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ufnA00
5P0MA 2I4XA 5P22A 3QBHA 5P7AA 3I6OA 1BVEA 5P5XA 5P6CA 5COKA 1E82E 3K1WA 7HVPA 7UPJA 5AH6A 2V0ZC 4JECA 4R91A 1BWAA 5HE5A 4NPUA 5P1PA 1NPAA 5P4TA 3QAAA 5IVSA 3BVAA 3PWMA 5P0DA 5P43A 5P12A 3SM1A 3GI5A 5P5DA 1E5OE 4AUCA 3KDBA 4I0EA 3HD8A 5P39A 2P3AA 1HVHA 4GIDA 1XL5A 3ER5E 5P4SA 3INDA 3D1XA 3VF7A 2QD6A 5P29A 4RCFA 5P3HA 4Z4XA 2WF2A 4Y39A 2R5QA 2OHKA 2AODA 4FSLA 2PYNA 4RZ1A 2QI4A 2H6SA 1B5FB 3O9AA 2AVSA 2G1SA 1FQ8A 1G6LA 2J9JB 3GGAA 5P4FA 4Y4TA 5P49A 4NJUA 5P59A 2BBBA 4I1CA 4B70A 4DI2A 4Y3JA 3PHVA 2PWCA 3APPA 4YBIA 2FDPA 5P2WA 3TL9A 5SXNA 3VV8A 5OZSA 4B77A 1MSNA 2BKSA 4J1CA 3IVIA 4OC6B 5P4EA 2Q64A 2NMZA 3B7VA 5P4XA 5P6ZA 1EBYA 3SA9A 5P0PA 5P82A 4Y3LA 3UDKA 5ENKA 1FQ7A 2P3BB 3PRSA 3D20A 2ZJMA 5P7PA 3AUPA 2NTRA 3G6ZA 4FRSA 4GJDA 4Y37A 3I25A 5P1VA 4RROA 4Y5NA 1ODXA 4PYVA 2R38A 4GJ9A 5P7BA 5P5VA 4Y9WA 1FFFC 2QNQA 2AQUA 4YHQA 2QZXA 5DR4A 5OYZA 2XYEA 2P3DA 5P6NA 3GGVA 4B05A 5P6DA 3LPJA 2AOIA 3D1ZA 3SPKA 4B72A 4QJAA 1FQ5A 1MT9A 5P8OA 3S53A 5P3KA 3OGQA 4Y54A 5EZXA 2AOGA 1ZLFA 4DPIA 5P31A 4EWOA 4ACXA 4DJXA 3G72A 5P3TA 5SY2A 1EPRE 2AOFA 5P1NA 1BXQA 1MTRA 3WSJA 5P4JA 3QVCA 1A94A 4FGXA 4EQJA 1WKRA 2QZWA 2XFIA 2JJIA 5OZZA 3TOHA 1LF4A 2HPEA 3IGBA 2HB2A 5P2DA 3UDPA 4EP3A 1GNNA 2ZJJA 2HB4A 5P6AA 4I0ZA 2R5PA 5SZ9A 5P5IA 2Q3KA 4YD5A 3NU5A 3MXDA 4PZXA 2HC0A 1QS8A 5P87A 4QJ9A 2WEAA 3OXWA 2A1EA 5P8CA 2G94A 4L7GA 3FX5A 5P0SA 2B8LA 2G21A 4IVTA 1HWRA 3KDDA 9HVPA 3K5CA 4NKKA 2QZKA 5OZ3A 1HXBA 3SFCA 5P8RA 4LP9A 2CENA 1LYWB 4Y5CA 1LEEA 1TW7A 2O4KA 3HBOA 4FRKA 2R43A 4Y3WA 3OAGA 4FLGA 5P40A 3EXOA 1B6MA 2JXRA 5P6FA 5P00A 3O9BA 5J25A 4NJVA 4Y47A 5OZAA 5P2KA 1IIQA 4Y4XA 3KFSA 1HPSA 4Y3QA 2ER0E 5P8IA 1LV1A 3EMYA 2BQVA 5HCOA 2VNNA 4CPXA 5P7RA 1SP5A 5JG1A 3T11A 5P6SA 2I4UA 5P8AA 2F3FA 5P46A 5P23A 3HVGA 5P6JA 4F74A 4Q1NA 5P2MA 3PBDA 4ZLSA 1B6LA 2BPYA 1FQXA 5JODA 4FM7A 5OZ2A 5P1TA 4R95A 3OU1A 6FIVA 3TTPA 3EKYA 4RRSA 1YTJA 2NNPA 3HZCA 2ER6E 3VYEA 2WEDA 5P6BA 3OUDA 5P4CA 5P4GA 1XN2A 1F34A 3EM3A 5P62A 4Y58A 5P28A 3I7EA 5P0IA 5P27A 4QGIA 3URJA 4EYRA 5P56A 5BWYA 4D83A 1IDBA 4YD6A 1W6IA 2XFKA 4FAFA 1IVQA 4YA8A 3FNTA 3L38A 1XS7D 3PSUA 3ZL7A 5P4ZA 3NDXA 3LIQA 2V00A 5P4QA 4M8YA 3T3CA 1SIVA 2JE4A 5P0RA 2ZJKA 3LITA 4RVXA 5P7GA 1SH9A 3ZPUA 1J71A 2Z54A 3CIDA 5OYWA 3RVIA 5OZ7A 5P1MA 5P77A 5P5EA 3Q3TA 4OBJA 1QBUA 4ACUA 4Y41A 2R3TA 4ER1E 2R3WA 4UPJA 5P6QA 2WF1A 2AOCA 1RQ9A 1M4HA 4Y5AA 1W50A 4Y3MA 4CPTA 4GJ5A 1SMRA 2PSUA 4FAEA 4B0QA 1ODYA 4BFBA 4J54A 5P5UA 5P25A 5P0UA 5OZGA 3RU1A 2H6TA 2OHMA 4F75A 4NJSA 3QN8A 2Q54A 3EL0A 3HAUA 1DIFA 5P8DA 1ZAPA 4B1DA 4Y4UA 4Y48A 2OHQA 5P4UA 3TOFA 2B8VA 4EQ0A 2ZHUA 5P0EA 2AZ8A 3LZUA 5P4RA 4LHHA 5P8BA 3GGXA 4CP7A 1FQ4A 5P1OA 4GJ6A 2QMDA 3ZKSA 2QZLA 4EJ8A 2P4JA 4Y4EA 1K2BA 1PPKE 1M43A 2AIDA 5OZMA 1TCWA 3CICA 3KT5A 5P7NA 5P4VA 3K5GA 1EC2A 3SA7A 1K6TA 4OBKA 2QI5A 2Q11A 5P69A 5PEPA 3INHA 3FV3A 5FIVA 1AJXA 2CEJA 1ZPKA 2ZE1A 3QS1A 4A6BA 5P3QA 1DAZC 3SO9A 2V12C 3K5FA 4L1AA 1IZHA 5P06A 2B7ZA 1JLDA 1YTIA 1SMEA 1KZKA 3VSXA 4Y5KA 2XYFA 3L5CA 4HZTA 4Y3NA 4DQBA 1W6HA 3IXJA 3NU4A 5P1XA 1B11A 5P1EA 1MUIA 5P80A 5P6HA 3OUBA 5KR2A 1T3RA 2ASIA 3UQXA 1GVTA 2ER9E 3UPJA 5OZ6A 3PWWA 5P61A 5P48A 2ZDZA 3GI0A 4FM8A 5P4PA 4Y44A 3D1YA 4J0PA 3EKPA 5P3PA 5P11A 4Y3HA 1MSMA 5P1YA 5P6PA 1FKNA 3ZKNA 5HVPA 5P79A 3ZOVA 3NXNA 1FMXA 1Z1HA 2AZCA 3VUCA 1EC0A 3ZPTA 3VCMA 2VIEA 5P1FA 3PI5A 1C6ZA 4Y4DA 5OYQA 4OBZA 5P4IA 3RTMA 1BXOA 4XXSA 2QMFA 2HS2A 5OZVA 1ME6A 4N00A 3UDJA 2NXDA 5P4KA 5P3NA 3SQFA 2AOEA 5P17A 1E80E 3UQUA 3EKQA 3WZ7A 3WZ6A 3PWRA 1LF2A 1GVUA 3SKGA 3LIVA 3TPLA 1HPOA 4U7QA 1APTE 4H3GA 4RCEA 3OHFA 2QHCA 3GI4A 3QROA 5AHAA 2R9BA 1W5YA 5P38A 5P74A 3SA4A 1C70A 2G1OA 2WKZA 3OXCA 4Y3PA 1AAQA 3BHEA 3GGUA 3LNKA 3OQFA 3R4BA 1BDQA 4MC9A 2CEMA 5OZYA 4XKXA 3EL9A 3Q6YA 2HS1A 5P45A 3R1GB 5P7CA 1TQFA 5P0VA 5OZPA 2QD7A 4H3JA 5P34A 4I0FA 4Y43A 4Y5GA 3R0WA 3QRMA 2HB3A 4GJ7A 2VA7A 5P5KA 1MRXA 2PH6A 3DCRA 4AZYA 1HVRA 1HSHA 3RTHA 2MIPA 3BUFA 2A4FA 4EPJA 4L7HA 1Z8CA 3U7SA 4FE6A 3CKRA 3NYGA 1IDAA 4LC7A 4DPFA 1MPPA 4I0IA 3OADA 4YDFA 4Y56A 1LS5A 5P3XA 4MC2A 3URIA 3F9QA 2G22A 4I11A 2G1NA 5P0BA 1PSNA 1XDHA 4U8WA 5P3LA 4FRIA 3NU3A 3M9FA 5OZEA 2AVMA 5OYRA 5B18A 4Y4BA 5P04A 3CIBA 4LXKA 5F01A 1MT8A 5P5FA 3I2LA 4I0HA 5P7VA 5P3SA 4KB9A 4LAPA 4B1CA 3OOTA 1KJFA 5DR7A 4Q1XA 5P6OA 3NLSA 1HHPA 1EPNE 5KQZA 3ZKQA 2IL2A 3RSVA 5P7JA 5P7OA 5P33A 1MIQA 4CMSA 3ER3E 5OZHA 5AH9A 5P75A 3VFAA 3LIXA 2WHHA 3KDCA 2IKOA 3DV1A 5HDUA 1BIMA 1WBKA 2Q63A 5P7QA 5P72A 3SACA 3LIZA 5P0HA 1G2KA 3R0YA 5I3WA 2WEBA 5P7SA 1MRWA 5ER1E 2B7FA 3MWSA 1FLHA 1Z1RA 1N49A 5P5ZA 4Y3YA 4Y3AA 3OTYA 1FGCC 2OHTA 2I1AA 1AIDA 3VYFA 4LXAA 2OHPA 4WY1A 4YCKA 1YT9A 5P2LA 5P5RA 5P6YA 1Q9PA 1LYAB 5AHCA 4YOBA 1LYBA 4K4RA 2VIJA 5P3ZA 3O9LA 3S45A 1LZQA 3QBFA 3QRVA 5I3VA 4I0DA 2Q55A 5P6LA 2G24A 3OU4A 5P03A 5P1KA 3SKFA 5E5KA 2V13A 4ZPGA 5P37A 3D3TA 4AA9A 1SBGA 3LPIA 4NPTA 5OZXA 3C9XA 4S1GA 5P89A 1D4KA 4FIVA 2AOJA 3S54A 2P8HA 1W5VA 5P36A 2OHNA 3ZKXA 5HTZA 3VV7A 4JPEA 2IEOA 4CPSA 5OZJA 1MVPA 3EM6A 5P58A 2I4VA 2APRA 1ZJ7A 2RENA 4IVSA 3OHHA 3QIHA 5P83A 5P51A 4Y5EA 3PGIA 5P1HA 4ZSMA 2I4WA 4J55A 4K9HA 5P5SA 5P2YA 4TVHA 2VS2A 2ER7E 5DQ5A 5OZCA 1F7AA 5CLMA 1MESA 5HCTA 5P1UA 1NSOA 5OZIA 1FG6C 2VA6A 3PM4A 4CKUA 3Q5HA 3PCZA 5P3CA 5P3AA 5I3YA 1B5FA 2OAHA 2V16C 2PWRA 3CKPA 5C9BA 4ZSPA 4EJDA 1KJGA 3INFA 5OZOA 4I8WA 5HDVA 4D85A 3UFNA 3L3AA 4HA5A 3NU6A 5OZ9A 4OD9B 5COPA 4Y3XA 1VIJA 2IENA 3ECGA 3UHLA 5P08A 3NU9A 4OC6A 4ZSRA 5P88A 3TPPA 5OYXA 1GVWA 4DUSA 4XX4A 5OZBA 5P0TA 4Y4ZA 5OZQA 1ZSFA 2PYMA 5IVQA 4F73A 3DJKA 1K6PA 2QU3A 1EPQE 2P3BA 1EPLE 3IN4A 5P5HA 5UPJA 1XE5A 5P2IA 1HEGE 3PSGA 1AVFA 4Y3DA 3PLLA 3KFNA 1AXAA 1D4YA 1META 3H0BA 2QMGA 2O40A 1T6EX 4YD4A 3UDYA 5P5GA 1OD1A 5P0AA 4YBFA 4L6BA 3S7MA 5P3MA 1AJVA 3QRSA 5P7ZA 1BILA 4Y5MA 2ZHRA 2BB9A 5P2JA 4DH6A 2V11C 5DPZA 3O9CA 3LHGA 4K8SA 4J1FA 2F3EA 1TSQA 3PVKA 4APEA 1K6VA 1HVSA 3EKXA 3VLBA 3LIYA 3MSLA 5P2CA 3RSXA 3O9EA 1IVPA 1M0BA 4H1EA 3OY4A 3NR6A 5ENMA 5P3UA 5DGUA 1PPLE 4DQHA 1FB7A 4RGHA 3UCBA 1E81E 4J1HA 1T7JA 3ST5A 5P0KA 5P1WA 3DK1A 5P2TA 4CPWA 5P1IA 4J5JA 5P67A 3VG1A 3UDHA 2UPJA 5BS4A 3H5BA 3G70A 3O9HA 1QDMA 5P0WA 5P8EA 3HDKA 5P0GA 1ZPAA 3TPJA 3BC4A 2G1YA 1HEFE 2PQZA 5I70A 3O9IA 8HVPA 5DQ1A 4RVJA 1FFIC 1UH7A 4JP9A 2G20A 3TH9A 5P2BA 4MC6A 4R5NA 4GJ8A 2XFJA 5P35A 3ZLQA 3LZSA 2PH8A 2Q5KA 3OQDA 1FMBA 3CYXA 5P6RA 1LYWA 5OZKA 1MT7A 3PI0A 3TKWA 4AA8A 3OUAA 3I8WA 3EKTA 2QI1A 5OYUA 3INEA 3UDQA 5P10A 4J17A 1A8GA 1EPOE 1BV7A 3JVWA 4DJQA 5P4BA 3AIDA 4ZEAA 4GMIA 1QBTA 1SGZA 1PSAA 4FM6A 5P8JA 4Y3FA 5HU0A 1K6CA 1APVE 3FIVA 4WY6A 2O4LA 1HVKA 5P4DA 5P78A 4Y3ZA 2IRZA 5OZRA 1ODWA 4B00A 1D4HA 3TOGA 1GKTA 5P57A 5P2EA 3KYRA 5P64A 2PK6A 4Y3RA 4I8ZA 1HVCA 4XX3A 4J0VA 1C6XA 2B42A 4HDBA 3IXKA 4J1EA 2JJJA 3OU3A 3KFRA 1BAIA 3PLDA 3Q4BA 2VNMA 5P1GA 2FGVA 4FRJA 4Y3SA 2WJOA 5P3VA 4TRZA 4HDFA 3OQKA 5P16A 3S43B 5OZLA 5P5YA 4GYEA 4M8XA 1BDLA 5HE4A 2VIYA 3FNUA 4DJWA 3BGCA 5OZFA 5P2VA 4NJTA 5IVRA 3KF0A 5DQCA 5IVTA 3FSMA 1A9MA 1OEWA 1QRPE 2AVQA 2UY0A 3R2FA 5P7EA 5P68A 2QI7A 3IAWA 3SA3A 5P2HA 5P4YA 5P8FA 4EP2A 4ER4E 2AVOA 5P71A 5P7WA 1AZ5A 2RMPA 1OEXA 5P5WA 3OUCA 5P8SA 3FNSA 5P8PA 2FGUA 3NWQA 2I0DA 5P70A 2QI6A 2BJUA 2RKGA 3DM6A 4DQFA 3SA5A 4OBHA 1SDVA 4FS4A 4YD3A 2RKFA 3IXOA 5P2XA 3PEPA 5P4WA 1EC3A 1MERA 1BVGA 5P8NA 5P8LA 4DVFA 3DOXA 5COOA 1RPIA 4KE1A 3VSWA 2WEZA 3ZMGA 1B6JA 5TOLA 1HIIA 5JFUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0M A;  2I4X A;  5P22 A;  3QBH A;  5P7A A;  3I6O A;  1BVE A;  5P5X A;  5P6C A;  5COK A;  1E82 E;  3K1W A;  7HVP A;  7UPJ A;  5AH6 A;  2V0Z C;  4JEC A;  4R91 A;  1BWA A;  5HE5 A;  4NPU A;  5P1P A;  1NPA A;  5P4T A;  3QAA A;  5IVS A;  3BVA A;  3PWM A;  5P0D A;  5P43 A;  5P12 A;  3SM1 A;  3GI5 A;  5P5D A;  1E5O E;  4AUC A;  3KDB A;  4I0E A;  3HD8 A;  5P39 A;  2P3A A;  1HVH A;  4GID A;  1XL5 A;  3ER5 E;  5P4S A;  3IND A;  3D1X A;  3VF7 A;  2QD6 A;  5P29 A;  4RCF A;  5P3H A;  4Z4X A;  2WF2 A;  4Y39 A;  2R5Q A;  2OHK A;  2AOD A;  4FSL A;  2PYN A;  4RZ1 A;  2QI4 A;  2H6S A;  1B5F B;  3O9A A;  2AVS A;  2G1S A;  1FQ8 A;  1G6L A;  2J9J B;  3GGA A;  5P4F A;  4Y4T A;  5P49 A;  4NJU A;  5P59 A;  2BBB A;  4I1C A;  4B70 A;  4DI2 A;  4Y3J A;  3PHV A;  2PWC A;  3APP A;  4YBI A;  2FDP A;  5P2W A;  3TL9 A;  5SXN A;  3VV8 A;  5OZS A;  4B77 A;  1MSN A;  2BKS A;  4J1C A;  3IVI A;  4OC6 B;  5P4E A;  2Q64 A;  2NMZ A;  3B7V A;  5P4X A;  5P6Z A;  1EBY A;  3SA9 A;  5P0P A;  5P82 A;  4Y3L A;  3UDK A;  5ENK A;  1FQ7 A; 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 3TPL A;  1HPO A;  4U7Q A;  1APT E;  4H3G A;  4RCE A;  3OHF A;  2QHC A;  3GI4 A;  3QRO A;  5AHA A;  2R9B A;  1W5Y A;  5P38 A;  5P74 A;  3SA4 A;  1C70 A;  2G1O A;  2WKZ A;  3OXC A;  4Y3P A;  1AAQ A;  3BHE A;  3GGU A;  3LNK A;  3OQF A;  3R4B A;  1BDQ A;  4MC9 A;  2CEM A;  5OZY A;  4XKX A;  3EL9 A;  3Q6Y A;  2HS1 A;  5P45 A;  3R1G B;  5P7C A;  1TQF A;  5P0V A;  5OZP A;  2QD7 A;  4H3J A;  5P34 A;  4I0F A;  4Y43 A;  4Y5G A;  3R0W A;  3QRM A;  2HB3 A;  4GJ7 A;  2VA7 A;  5P5K A;  1MRX A;  2PH6 A;  3DCR A;  4AZY A;  1HVR A;  1HSH A;  3RTH A;  2MIP A;  3BUF A;  2A4F A;  4EPJ A;  4L7H A;  1Z8C A;  3U7S A;  4FE6 A;  3CKR A;  3NYG A;  1IDA A;  4LC7 A;  4DPF A;  1MPP A;  4I0I A;  3OAD A;  4YDF A;  4Y56 A;  1LS5 A;  5P3X A;  4MC2 A;  3URI A;  3F9Q A;  2G22 A;  4I11 A;  2G1N A;  5P0B A;  1PSN A;  1XDH A;  4U8W A;  5P3L A;  4FRI A;  3NU3 A;  3M9F A;  5OZE A;  2AVM A;  5OYR A;  5B18 A;  4Y4B A;  5P04 A;  3CIB A;  4LXK A;  5F01 A;  1MT8 A;  5P5F A;  3I2L A;  4I0H A;  5P7V A;  5P3S A;  4KB9 A;  4LAP A;  4B1C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1U8G A;  5P02 A;  1K1T A;  1VIK A;  2O4P A;  3D91 A;  3KMY A;  3FKT A;  4DJR A;  1YTH A;  2NMY A;  4BEL A;  3MSJ A;  5P4A A;  1YG9 A;  3SAA A;  1PRO A;  4Q1Y A;  5F00 A;  2VIZ A;  5P5P A;  2QI0 A;  3L5E A;  2ZJL A;  1CMS A;  3UQP A;  5P5A A;  2BPW A;  4DJO A;  5P3F A;  2WF3 A;  4U7V A;  1W5W A;  3K4V A;  1FF0 C;  3BXR A;  5P65 A;  3O99 A;  3L5F A;  5P0J A;  1GVX A;  4DJU A;  1EBK C;  3UQW A;  4YCT A;  4EXH A;  1NH0 A;  5P2G A;  1IBQ A;  5P7Y A;  1FQ6 A;  2Z4O A;  4Y35 A;  5P50 A;  2OHL A;  3MXE A;  4J0T A;  1XL2 A;  2ZHS A;  5P7L A;  5P8T A;  2NPH A;  5P19 A;  4B78 A;  3CMS A;  4KUP A;  4OD9 A;  3PCW A;  3EL1 A;  4OBZ B;  3ZKI A;  4L7J A;  3DV5 A;  2I0A A;  1EBW A;  1PSO E;  4YDG A;  1SGU A;  2SAM A;  5P1B A;  5P0O A;  5DR0 A;  2FMB A;  3SLZ A;  2HPF A;  1LF3 A;  3N3I A;  5HD0 A;  1D4L A;  3KN0 A;  4CPR A;  1FEJ C;  3NDW A;  5P0F A;  2ZYE A;  1B6K A;  4PEP A;  4QJ8 A;  4R8Y A;  2AZB A;  3LIN A;  5KAO A;  1T7I A;  5P8H A;  5OZW A;  2OHS A;  5OYS A;  2F80 A;  1UH9 A;  5P0L A;  2ANL A;  4J1K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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