3URLA

Endothiapepsin-db6 complex.
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
329
structure length
328
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Endothiapepsin
publication title An analysis of subdomain orientation, conformational change and disorder in relation to crystal packing of aspartic proteinases.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 328
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2011-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3urlA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3urlA01
2FDDA 5P3PA 5P7IA 3NU5A 4K8SA 3PWWA 4XX4A 5P5GA 2QMDA 3NSHA 2QZLA 5P1IA 2QD7A 5CONA 3CMSA 2HAHA 4RVJA 5DR8A 5P71A 5AHBA 4OBFA 5P68A 4X7IA 5P0VA 4J1HA 3TPJA 2G1SA 1FIVA 1BDRA 4KB9A 1BXOA 3GGXA 2AIDA 2G24A 2HB2A 3OQDA 1MRWA 2Q54A 5DGWA 1FMUA 4BEKA 5ENKA 4R92A 2QI1A 2PSUA 2AZ8A 4YOBA 5P0WA 4EJ8A 2CEJA 5ENMA 1TCWA 2AVQA 5P0QA 5P7FA 3LPIA 4F73A 1AJXA 5P2CA 2ZJIA 4D83A 3T11A 3NDUA 3ER3E 1HIHA 1HOSA 4U8WA 3TPLA 1B6MA 3HLOA 2V13A 2XFJA 1FG6C 3N4LA 3S43B 3Q4BA 4Y56A 5P4EA 5P8MA 1HVCA 4DUSA 4GJ8A 3PCZA 4XKXA 3QPJA 1FLHA 3VG1A 1DW6C 5OZ2A 5P6MA 5P6JA 2QNQA 5P8FA 3SA7A 1SDUA 2F3FA 3CYWA 1LYBA 5P2UA 2ZE1A 4JECA 5DR7A 5P3VA 4I0ZA 3N3IA 5OYRA 2SAMA 4QJAA 5T4SA 1ZTZA 1CPIA 2HS2A 3URLA 2OHQA 3Q5HA 7UPJA 1D4YA 5P80A 2IKUA 4J1CA 1B5FB 1W5YA 5E5JA 4DQEA 4Y5PA 2I4WA 3OU1A 3PSYA 5DR4A 1Z8CA 2AZCA 1NH0A 3KMYA 5OYVA 5P2BA 4ZLSA 5P5KA 4I8ZA 4EWOA 3EBZA 5P0SA 5P5BA 1GVTA 3ZPUA 3UDRA 1M4HA 4DQGA 1APTE 5P5TA 4B1DA 2ZJHA 5P36A 5P4BA 4EQJA 3D1XA 2WF3A 5P22A 5P51A 3K5GA 2QI7A 3VYFA 5AHAA 4CMSA 3BUFA 1HWRA 4Y3EA 3WB5A 3QP0A 2I4VA 3HBOA 5OZZA 3BRAA 4XXSA 2J9JA 5P1PA 4GIDA 3OXCA 1HVKA 1E80E 5P57A 2ZHTA 1YTHA 1EBKC 1PFZA 3AIDA 1MT9A 1E81E 1WBKA 3EL9A 5P1BA 2P8HA 1HTGA 4HLAA 4I1CA 3ZMGA 3U71A 2BPZA 4CPSA 2WECA 4ZPFA 3L5EA 1HIVA 4H1EA 1IBQA 3CIBA 4D89A 4Y4TA 2QCIA 3TTPA 4OD9A 3APPA 3B80A 1HXBA 1G35A 4NPTA 4Y5KA 1GVWA 3TLHA 5P3KA 5P0RA 1KJ7A 5OZAA 5P6TA 2VJ9A 3KMXA 5HVPA 5P1VA 4Z50A 5P6OA 2R38A 2FNSA 4NJTA 4ZEAA 2R9BA 5P7VA 3U7SA 3QI1A 5P2EA 1K2CA 1EPME 1KJHA 3ZKXA 5COPA 2WEBA 2PSGA 5P46A 5P7MA 5C9DA 4Y43A 5KQFA 3OK9A 5P81A 2FIVA 2O40A 1LYWB 5P8LA 1ODWA 3PI0A 3D91A 3NWQA 1BAIA 4PYVA 5P0AA 5P4MA 3VF5A 1D4LA 4YCYA 5P8HA 1HVJA 3K1WA 2QNNA 4L1AB 3VFBA 3VV8A 3SA4A 2QHZA 5P76A 2ZJKA 2F81A 4HA5A 5P7DA 5P3FA 1XE6A 3I2LA 1HPXA 2RKFA 4YD4A 3EL5A 5P2YA 2P3DA 3BHEA 5P07A 1NPAA 3SA3A 4JPCA 5DQ4A 2WKZA 1EAGA 3IXJA 5OZ4A 3Q6YA 5P60A 1U8GA 5P27A 5P52A 4ZIPA 4YCKA 5P83A 2BPYA 1SIVA 5P77A 1VIKA 5P54A 5P1JA 3S56A 4WY6A 3PJ6A 4Q1YA 4B1EA 3QROA 1K6TA 2QNPA 3I6OA 5P4DA 2XYEA 3DUYA 1PPLE 5AH9A 2Q55A 3EM6A 3SKFA 2BQVA 5P44A 5P0MA 5P4JA 2Q15A 5KR1A 1QRPE 3UQPA 4LL3A 1HHPA 1Z1RA 1XS7D 4L6BA 2AOEA 4RVIA 3DCRA 1LYAA 4FRKA 2AODA 3QRVA 5P2AA 3WB4A 4B1CA 1Q9PA 4UPJA 5OZQA 1EC1A 1EBYA 5P4AA 1QDMA 1EBWA 4AUCA 1UPJA 1IZHA 4Y38A 3T3CA 1WKRA 4J1KA 2Q11A 3K5CA 2NNPA 3NU6A 3OQ7A 4WTUA 4B0QA 3JVWA 2PYNA 2NMYA 5OYYA 2XYFA 4WY1A 4B77A 1YM2A 5P8PA 5P05A 5P4VA 3VYDA 3UHLA 4FE6A 4RYGA 5P6DA 3VSWA 3DOXA 4DJXA 3C9XA 1MSNA 2QU2A 4J0YA 5P13A 5HTZA 2ZJNA 4DJOA 1XDHA 5P1LA 2BB9A 3OWNA 5KQYA 5P2SA 2OHSA 5P20A 2IGYA 5BS4A 3L58A 3PCWA 5P5JA 1FFIC 4QLHA 1FQXA 1T7KA 5P85A 1RV7A 3HVGA 2IENA 4Y3HA 5P3UA 3GI5A 2QI5A 3DK1A 2V11C 4Y48A 4DJYA 1UH8A 2FGUA 5P5PA 4LAPA 2PH8A 3LINA 2G26A 5P15A 4Y54A 5P1HA 1BWBA 3LIZA 1MESA 4I0GA 5P6CA 5HDVA 5HDUA 5P2XA 1SMEA 3K5DA 3INFA 2IEOA 4M8XA 1AJVA 5COOA 1SDTA 1DPJA 5P7RA 3LIXA 1M43A 1MERA 3NWXA 8HVPA 2FMBA 4X2LA 1APUE 4Y3JA 2CENA 4PZXA 3OUAA 4YD5A 5AH8A 5JG1A 5OZBA 4KE0A 1BILA 5P0UA 7HVPA 2G27A 3LPJA 1D4JA 5APRE 5EZZA 1HPVA 1BXQA 3Q3TA 4ZPEA 3S2OA 1UH9A 1OEXA 5P0ZA 4DQCA 2B60A 1GVXA 3NR6A 4FM6A 5P8SA 3K4VC 3VSXA 4J1FA 1SP5A 2AVOA 5P1DA 4AMTA 5P0BA 5P4PA 2J9KA 4OBGA 1SMRA 3LHGA 2QMFA 3FIVA 2AZ9A 5P11A 4ZSPA 2V12C 1LF3A 5P7BA 3OUDB 5P3OA 5OZNA 2BPXA 1EPNE 4LHHA 1AM5A 5DR3A 5P7HA 1CZIE 4Y3MA 5P0YA 5P3GA 1K1TA 5P04A 2Q5KA 2ER6E 4YHQA 5P8RA 2HC0A 4Y4DA 3SFCA 4FL8A 5P53A 3EKTA 5P0HA 4I8WA 2VJ7A 4DVFA 5P6GA 5P74A 2ZJMA 5P7NA 3OXVA 4Y5MA 1Z1HA 5OZ1A 5P16A 1FQ8A 4Y3ZA 4Y3YA 2ZHRA 3KDCA 5COKA 2I0AA 5P4FA 2QK5A 5P3EA 5P7JA 3PSGA 4R95A 5P1GA 5P6BA 2VA7A 3EKXA 1PROA 4RCDA 5P2GA 5P4NA 5P3YA 4OBDA 5P6WA 5HCTA 2WF4A 4Y4EA 3LZSA 3ZKIA 4ZSQA 5P1NA 3UFLA 4GZFA 5P0NA 4PHVA 5SY2A 1GNNA 4ER4E 5P6ZA 1AIDA 5P43A 1W6HA 5P6HA 3IA9A 3LPKA 4FSLA 3OXXA 4YD6A 5OYWA 3T7PA 4DQFA 1E82E 4FGXA 2OHNA 4H3JA 1G6LA 4FLGA 4L7HA 5P8DA 5P17A 1HTEA 1LV1A 4OBKA 4ZSMA 5OZEA 2IQGA 2PK6A 1FMBA 5P5EA 4Y53A 4MC1A 4DJPA 3KDDA 4EP3A 3PLDA 1QBRA 3FV3A 5P1ZA 3TOHA 1EC0A 2G22A 3QAAA 3MWSA 5P84A 3R4BA 4U7QA 3L5FA 2FDPA 1GNMA 1HTRB 3UCBA 5KR8A 4A6CA 2I4DA 4EJLA 4IVSA 2P3BB 5P5FA 2J9JB 2UPJA 4D8CA 2RSPA 5HD0A 3HDKA 5P5HA 3BVBA 1MVPA 3SAAA 3PSUA 5OYUA 5OZLA 3L3AA 3QVCA 3T7QA 2AVMA 2R3WA 3SA5A 5P0DA 3LNKA 5P6PA 3ZKGA 4IVTA 3U6AA 5OZSA 5OZHA 4GJCA 5KR0A 1A8KA 3IAWA 4GJ9A 5P2FA 2QI0A 1SBGA 1BWAA 5OZOA 3IGBA 4L7JA 3HAUA 2VA6A 5PEPA 5P5YA 4YD7A 2RMPA 1META 2B7FA 1HVLA 3I7EA 4FRJA 5P2IA 2OF0A 1C70A 5P8KA 5EZXA 4PZWA 3VCMA 1PSOE 3S7MA 1FEJC 5I70A 3ZPTA 5P09A 1RPIA 5OYZA 4OBJA 3INDA 5P3WA 3O9EA 3ZKQA 4OC6B 5P4QA 4AA9A 2V10C 4EXHA 4Y37A 4Y3DA 4ACXA 4B05A 3VLBA 1WBMA 2G94A 5P0LA 5P2ZA 4DPIA 1IZEA 5OZTA 5P5WA 5P6KA 5P4ZA 1B6PA 1GNOA 3MSLA 1OHRA 4FM7A 1ZJ7A 3OQAA 3QIHA 3T6IA 2R3TA 3MXEA 5P70A 2R5QA 1FQ5A 4RCFA 5P7UA 2P3AA 2OHKA 1KJGA 5OYQA 5P4KA 1FQ7A 5P4LA 1CMSA 4K9HA 3GGUA 5P6AA 5P8QA 5P42A 5P0OA 4CPUA 4HZTA 4Q5MA 4YBIA 5KQXA 5ER2E 1HTFA 3OADB 2OHTA 4FAFA 4YA8A 4Y3SA 1EPLE 1YX9A 1HPOA 4Y3LA 3GI4A 2R43A 3O9CA 1HPSA 5P1SA 1IDBA 2ASIA 3QVIA 4EQ0A 5P55A 5I3VA 4Y5EA 5DPZA 4Y44A 4B00A 3FNUA 4TVGA 3R0WA 1ZSRA 2G1NA 3G72A 3H0BA 3NDTA 4GJBA 5P3DA 2QHCA 4Y3TA 5B18A 3UDYA 5P7CA 3I8WA 2NXLA 1BV9A 4FRIA 4DJWA 3TOFA 3KT2A 6APRE 3F9QA 1LYAB 3LZUA 5P66A 3GGAA 4Y5CA 5I3WA 5P1WA 5P02A 4D88A 4LC7A 4RLDA 1E5OE 5P87A 2CEMA 2RENA 4LP9A 4J17A 2ZYEA 5P48A 5DQ2A 1YG9A 1G0VA 3OU3A 2Q3KA 3LIYA 3NXNA 3QS1A 2HPFA 5ISJA 1MT7A 5HU0A 1F7AA 5P2VA 1K6PA 4Y5BA 2A4FA 5HDXA 4Y3AA 1B5FA 2P83A 5DR0A 5P32A 2Z54A 1C6XA 5P19A 1W6IA 4ZSRA 4J54A 5P5ZA 3GI0A 2QZKA 3RSVA 3UF3A 2B42A 3UDHA 5P6UA 3O9AA 1DAZC 4YDFA 1T6GA 2IGXA 3OHFA 5P33A 1MSMA 2PC0A 3SACA 4J0TA 2JXRA 1FB7A 3GGVA 2RKGA 4H3GA 5P4UA 2NPHA 3LZVA 2NR6A 5HE7A 3O9HA 3QRSA 5I3XA 5P35A 1MEUA 1K6VA 1FF0C 2BJUA 4PEPA 4CPXA 1A9MA 2BKTA 2ZDZA 1HVIA 2ER7E 5P89A 2VIZA 5P8BA 3PEPA 5P72A 4LBTA 3EM4A 3VFAA 3OGPA 5P1EA 5P1FA 2VIJA 3VV6A 3IXOA 4ER2E 2G1RA 4GJ6A 3EXOA 4Z2ZA 1ME6A 1PPME 5OZ8A 1APVE 2WJOA 3INHA 4EPJA 4CP7A 1FQ4A 5JFUA 1IIQA 2JJJA 5HCOA 5P6VA 3KFNA 4Q1XA 5P8NA 2FNTA 2XFKA 4U7VA 1IZDA 5OZUA 4Y3XA 4J1IA 2G1YA 4Q1WA 4CKUA 5DQCA 1W50A 5P6QA 4Y3GA 2WF2A 4J0ZA 3SM1A 1BDQA 5CLMA 1A8GA 2WEZA 4CPRA 3URIA 3PB5A 3BXSA 1GVVA 3FX5A 5HDZA 5OZ0A 5P1TA 1MRXA 3URJA 3LZYA 5P4IA 5P75A 1ZAPA 4MC9A 5UPJA 5P5SA 5SY3A 3B7VA 4HDPA 3SA6A 1AXAA 1ZP8A 3UPJA 3TKGA 5P56A 5P1AA 3TPRA 2QZWA 5P4WA 3PM4A 4KUPA 1NSOA 5AGZA 2UY0A 3UDKA 3EKQA 5I3YA 5ER1E 3R0YA 5P3ZA 3IXKA 2O4LA 1W5VA 5P45A 1LYWA 2FGVA 2PYMA 5P1UA 4DH6A 1B6JA 1MT8A 5P8OA 1A94A 1IDAA 2QI4A 5HU1A 5OYXA 4Y41A 5DQ1A 3OQKA 3RVIA 4I0JA 4DFGA 4L1AA 3D1YA 3L5DA 2I4XA 4OBZB 5P2JA 4F76A 4I0FA 5P8VA 3LIVA 3O9IA 5P5MA 1T7JA 5P3LA 3O9LB 4K4RA 4ER1E 6UPJA 4H3IA 4YOAA 3NDWA 4EJKA 4MC6A 3RU1A 5P3NA 2ER9E 3CYXA 3TKWA 2WF1A 5P38A 1FFFC 3JW2A 3VV7A 2ANLA 3K5FA 1EPPE 2VA5A 3WZ6A 3UDMA 3KF0A 3WZ7A 4Z22A 4RRSA 5P1OA 3HW1A 4FS4A 3IN3A 5P6NA 5P4XA 2EWYA 5OZFA 5P2NA 2AZBA 2ZJJA 1C6ZA 5P82A 3NUJA 5P5DA 3UQUA 4Y5GA 4DJRA 5P2HA 3BGBA 3SQFA 1F34A 5SZ9A 3MXDA 3CKPA 1DIFA 5P3HA 4M8YA 4AA8A 3KT5A 2PMAA 1SIPA 1D4IA 3ZPSA 4DJQA 2AOCA 5P18A 5P2MA 4J55A 5OZVA 3VYEA 4NJUA 3UQRA 5P2WA 3OY4A 3PWMA 5DR1A 5OZMA 2HIZA 5P1RA 5P3BA 3RTNA 5P79A 5P7TA 4I12A 3ZKMA 1NPWA 1XL5A 5P2LA 9HVPA 1MTRA 4APEA 3UFNA 5P8JA 3ECGA 4D85A 3EKVA 2Q64A 5IVRA 1AVFA 1TCXA 4GJ7A 1SGUA 3VEUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FDD A;  5P3P A;  5P7I A;  3NU5 A;  4K8S A;  3PWW A;  4XX4 A;  5P5G A;  2QMD A;  3NSH A;  2QZL A;  5P1I A;  2QD7 A;  5CON A;  3CMS A;  2HAH A;  4RVJ A;  5DR8 A;  5P71 A;  5AHB A;  4OBF A;  5P68 A;  4X7I A;  5P0V A;  4J1H A;  3TPJ A;  2G1S A;  1FIV A;  1BDR A;  4KB9 A;  1BXO A;  3GGX A;  2AID A;  2G24 A;  2HB2 A;  3OQD A;  1MRW A;  2Q54 A;  5DGW A;  1FMU A;  4BEK A;  5ENK A;  4R92 A;  2QI1 A;  2PSU A;  2AZ8 A;  4YOB A;  5P0W A;  4EJ8 A;  2CEJ A;  5ENM A;  1TCW A;  2AVQ A;  5P0Q A;  5P7F A;  3LPI A;  4F73 A;  1AJX A;  5P2C A;  2ZJI A;  4D83 A;  3T11 A;  3NDU A;  3ER3 E;  1HIH A;  1HOS A;  4U8W A;  3TPL A;  1B6M A;  3HLO A;  2V13 A;  2XFJ A;  1FG6 C;  3N4L A;  3S43 B;  3Q4B A;  4Y56 A;  5P4E A;  5P8M A;  1HVC A;  4DUS A;  4GJ8 A;  3PCZ A;  4XKX A;  3QPJ A;  1FLH A;  3VG1 A;  1DW6 C;  5OZ2 A;  5P6M A;  5P6J A;  2QNQ A;  5P8F A;  3SA7 A;  1SDU A;  2F3F A;  3CYW A;  1LYB A;  5P2U A;  2ZE1 A;  4JEC A;  5DR7 A;  5P3V A;  4I0Z A;  3N3I A;  5OYR A;  2SAM A;  4QJA A;  5T4S A;  1ZTZ A;  1CPI A;  2HS2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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